Во вступлении, которое показывает события 52 серии, показано разрушенное убежище Оротимару, в котором нахоядтся Саскэ и Команда Какаси: Наруто, Сакура и её новый член — Сай. Наруто говорит с Саскэ о прошлом, о Долине Завершения, и понимает, что лучший друг уже не тот. Более того, Саскэ демонстрирует Удзумаки свои способности, заглянув во внутренний мир Наруто и увидев там Девятихвостого Лиса. Реальная же история сериала начинается с возвращения Наруто и Дзирайи в Коноху. Зрителям вновь представляют некоторых персонажей аниме, таких как Сакура, Конохамару, Сикамару, Тэмари и Какаси.

Цунадэ хочет посмотреть на прогресс Наруто после двух лет тренировок. Для их проверки Какаси ставит перед ними ту же цель, что и несколько лет назад — отобрать у него колокольчики.

Члены Акацуки Дэйдара и Сасори начинают атаку на Деревню Песка с целью похитить Кадзэкагэ Гаару. Дэйдара атакует с воздуха, используя созданных им взрывающихся глиняных животных.

Наруто и Сакура выполняют задание — отбирают колокольчики у Какаси. Гаара сражается с Дэйдарой.

Цунадэ объявляет о создании команды Какаси — теперь Наруто и Сакура не ученики, а равноправные с Какаси ниндзя. Дзирайя снова отправляется собирать информацию об Акацуки. Гаара отрывает левую руку врага, Дэйдара, в свою очередь, производит мощный взрыв в Деревне Песка.

Гаара создаёт огромный песчаный щит для защиты Деревни Песка от разрушений, Дэйдара пользуется моментом, чтобы атаковать Кадзэкагэ. Ослабленный Гаара попадает в руки Акацуки.

Канкуро преследует Дэйдару и Сасори. Деревня Песка отправляет в Коноху послание с просьбой о помощи.

Канкуро сражается с Сасори, который, как оказывается, и есть создатель кукол Карасу, Куроари и Сансё, которых в бою использует брат Гаары. Команда Какаси отправляется на помощь.

Команда преследования Деревни Песка находит Канкуро в пустыне без сознания. Команда Какаси по пути встречает Тэмари. Один из дзёнинов Деревни Песка, Баки, обращается за помощью к бабушке Сасори — Тиё и её брату Эбидзо.

На помощь Команде Какаси, которая в данный момент пережидает бурю в пустыне, в Деревню Песка отправляется Команда Гая: Рок Ли, Тэн-Тэн и Нэдзи. Члены Акацуки проводят ритуал над телом Гаары с целью извлечения живущего в нём монстра Сюкаку.

Команда Какаси прибывает в Деревню Песка. Сакура излечивает отравленного Канкуро. Какаси рассказывает о своём отце, получившем прозвище «Белый Клык Конохи». Вызванные им же собаки пытаются отыскать по запаху Дэйдару и Сасори.

Команда Какаси и Тиё отправляются в выслеженное собаками логово Акацуки. По дороге Тиё рассказывает о существовании девяти бидзю — легендарных хвостатых существ (к примеру, Девятихвостый бидзю в Наруто, Однохвостый бидзю в Гааре). Паккун (пёс Какаси) предупреждает Команду Гая; они также направляются к логову Акацуки, но на них нападает Кисамэ, член организации. На пути Команды Какаси встаёт Итати Утиха.

Битва между командой Гая и Кисамэ, командой Какаси и Итати.

Чтобы противостоять врагу, Гай открывает Шестые Врата. Нэдзи освобождает своих сокомандников от действия клонов Кисамэ. Наруто вспоминает урок Дзирайи о том, как противостоять гэндзюцу Итати Утихи.

Гай побеждает Кисамэ. Наруто вспоминает урок Дзирайи по усовершенствованию Расэнгана; он применяет гигантскую версию этой техники против Итати Утихи. Впоследствии выясняется, что побеждённые Кисамэ и Итати — это не настоящие члены Акацуки, а лишь их марионетки.

Тиё рассказывает о дзинтюрики — людях, внутри которых запечатаны бидзю; также она посылает письмо в Деревню Песка с сообщением, что Юра, ответственный ранее за безопасность Деревни, оказался предателем, и его тело было использовано членами Акацуки. Отряд Тэмари добирается до границ, которые по приказу Совета Деревни Песка они должны охранять.

Акацуки окончательно извлекают бидзю из тела Кадзэкагэ, Гаара умирает. Команды Гая и Какаси встречаются у входа в логово Акацуки.

Члены объединённой команды понимают, что преодолеть препятствие на входе в логово Акацуки они смогут, если одновременно снимут 5 наложенных печатей в радиусе 1 км. Благодаря рациям Гая это становится возможным.

Команда Какаси проникает внутрь Логова Акацуки, начинается битва. На Команду Гая, рассредоточенную для снятия печатей, нападают монстры, принявшие их облик и перенявшие их техники. Дэйдара уносит тело Гаары на созданной им птице, его преследуют Наруто и Какаси; для битвы с Сасори остаются Сакура и Тиё.

Тиё рассказывает, что Сасори, каким его видят окружающие, — это кукла Хируко, а сам Сасори — внутри неё. Сакура уничтожает Хируко.

Вернувшийся в Деревню Песка отряд Тэмари и Канкуро направляются к Логову Акацуки. Сакура и Тиё видят истинное лицо Сасори — оно ничуть не изменилось за 20 лет, что очень их удивляет. Сасори вызывает куклу, сделанную из Третьего Кадзэкагэ, чьё исчезновение до этого момента оставалось загадкой для всей Деревни Песка.

Для боя с Сасори Тиё также вызывает кукол, в своё время сделанных Сасори, похожих на его погибших родителей.

Кукла Сасори использует против Сакуры и Тиё ту же технику Железного Песка, что и Третий Кадзэкагэ, из которого она сделана.

В результате борьбы Сакуры и Сасори свод пещеры, в которой находится логово Акацуки, обрушивается. Мощный звук слышат все герои. В результате нового нападения Сасори в тело Сакуры попадает яд, она падает на землю; Сасори, думая что яд парализовал девушку, подпускает куклу Третьего Кадзэкагэ слишком близко к Сакуре, и она уничтожает марионетку.

Выясняется, что Сакура приняла противоядие, которое ранее сделала для Канкуро и которое действует только в течение 3-х минут после попадания в организм. Дэйдара производит мощную атаку преследующего его Какаси с помощью глиняных взрывающихся насекомых; цель Дэйдары — сразиться с Наруто один на один. Какаси, используя теневого клона, отражает атаку. Секрет молодого лица Сасори раскрывается — он сделал куклу из самого себя.

Сакура думает, что уничтожила Сасори, однако его состоящее из множества частей кукольное тело восстанавливается. Для продолжения борьбы Тиё призывает 10 кукол, Сасори в ответ — 100.

Сильно раненая Сакура и отравленная попавшим в её организм ядом Тиё из последних сил, используя куклы родителей Сасори, уничтожают врага. Перед смертью Сасори сообщает Сакуре о том, где через 10 дней должна была состояться его встреча со шпионом, подосланным к Оротимару, — на мосту Небес и Земли в Скрытой Деревне Травы.

Члены Команды Гая побеждают своих клонов-противников.

Какаси использует мангэкё сяринган против Дэйдары, который в результате атаки лишается второй руки. Наруто уничтожает птицу, на которой летел Дэйдара, в её клюве находят тело Гаары.

В Наруто снова просыпается Девятихвостый, чакра юноши принимает форму Лиса, образуя т. н. «покров Лиса». Для предотвращения опасного развития событий Какаси накладывает на Наруто печать, ранее переданную ему Дзирайей. К Наруто и Какаси поспевают Сакура и Тиё. Дэйдара сталкивается лицом к лицу с Командой Гая и взрывает себя; впоследствии оказывается, что это была лишь его копия-камикадзе.

Тиё использует технику Кисё Тэнсэй (яп. 己生転生) и ценой собственной жизни оживляет Гаару. На место событий прибывает команда Тэмари и другие ниндзя Деревни Песка.

Гаара возвращается в Деревню Песка.

Команды Гая и Какаси прибывают в Коноху. Ослабленный использованием мангэкё сярингана Какаси отправляется в больницу. Сакура сообщает Цунадэ о поведанном ей Сасори будущем расположении шпиона Оротимару. Наруто занят поиском новых членов команды из-за отсутствия Саскэ и выбывшего на некоторое время из строя Какаси, и впервые со времени своего возвращения встречает Сино, Кибу, сильно выросшего Акамару и Хинату. На Наруто нападает ниндзя, владеющий Техникой Рисованных Зверей.

Старейшины Конохи выступают против участия Наруто в крупных миссиях и даже хотят чтобы он никогда не покидал деревню; они, тем самым, пытаются оградить юношу от Акацуки. Цунадэ формирует новую команду: Наруто, Сакура, член АНБУ, Ямато, временно исполняющий обязанности Какаси, и ранее напавший на Наруто ниндзя, Сай, назначенный в команду Дандзо, руководителем запрещённой организации «Корень АНБУ».

Наруто противится назначению Сая в команду. Цунадэ, Ямато и Дзирайя в палате Какаси обсуждают возможность проявления у Наруто «покрова Лиса».

По пути на миссию Наруто повторно высказывает претензии к Саю, которого он невзлюбил «с первого взгляда». Обстановка в команде заметно напряжена. Команда Ямато останавливается на горячих источниках.

Продолжая путь, команда останавливается для ночёвки в лесу и для этого Ямато вызывает... целый дом! Ямато просит Сакуру рассказать о Сасори.

Команда Ямато моделирует возможные варианты встречи со шпионом Сасори на мосту Тэнти.

Ямато преображается в Сасори в виде его куклы Хируко; Наруто, Сакура и Сай ожидают в засаде. Шпионом Сасори оказывается Кабуто. Но, как выясняется, когда-то завербованный Акацуки он был перевербован и уже давно по собственной воле служит также появившемуся Оротимару.

После едких слов Оротимару в Наруто снова пробуждается Девятихвостый. Количество хвостов покрова Лиса достигает трёх — максимальное количество, при котором Наруто ещё может контролировать его силу.

Разрушается мост. Сай на нарисованной им птице преследует углубившихся в лес Наруто и Оротимару. Число хвостов покрова Лиса достигает 4-х.

Наруто-Лис и Оротимару поочерёдно обмениваются мощными атаками. Саннин из глубины леса отбрасывает Наруто-Лиса к мосту.

Сакура вспоминает о том, как Наруто обещал во что бы то ни стало вернуть Саскэ и хочет остановить его, чтобы тот полностью не превратился в Лиса, однако Наруто-Лис ранит её. Кабуто неожиданно оказывает помощь Сакуре, после чего временно отступает, в то время как Ямато блокирует следующее нападение Наруто-Лиса и начинает наложение новой печати для подавления силы Лиса. К оставшемуся в лесу Оротимару подходит Сай и говорит, что у него есть послание от Дандзо, главы Корня АНБУ.

Наруто снова принимает человеческий облик. Сай передаёт Оротимару послание Дандзо, после чего Оротимару говорит появившемуся Кабуто, что Сай теперь в их команде. Преследование Оротимару и Сая продолжает древесный клон Ямато. Сакура и Ямато делают предположение, что Сай, под руководством Дандзо, мог использовать миссию команды Ямато чтобы ближе подобраться к Оротимару.

Высказывается предположение, что Дандзо хочет устроить переворот в Конохе с целью захвата власти. Наруто практически ничего не помнит о произошедшем. Клон Ямато обнаруживает поддельный труп Сая.

Set in an Alternate Universe from the main continuity, the OVA tells the story of Naruto and his misadventures at the high school he attends as a transfer student. From the first day, he swiftly establishes a fierce rivalry with Sasuke, picks fights with every person he can, and fends off gangsters who would seek to defeat him. The story also outlines the three girls' reactions to Naruto's antics, as well as teasing the famous NaruHina ship somewhat.

Ямато рассказывает Наруто, что именно он разрушил мост и нанёс травму Сакуре. Оротимару, Кабуто и Сай добираются до убежища. Древесный клон сообщает Ямато о местонахождении пристанища.

В логове Сай знакомится с Саскэ. Среди документов, переданных Оротимару от Дандзо, оказываются личные дела членов АНБУ. Ямато, Наруто и Сакура проникают в убежище.

Сай, в чью комнату проникают Ямато, Наруто и Сакура, утверждает что его цель — помощь Дандзо в заговоре против нынешнего руководства Конохи.

Команда связывает Сая и вытаскивает его на поверхность, но на них нападает Кабуто. Кабуто освобождает Сая, однако, неожиданно для всех, Сай нападает на Кабуто и связывает его. Снова проникшая в логово Саннина команда Ямато разделяется на две пары.

Оротимару нападает на Наруто и Сая. Наруто настаивает на том, чтобы Сай продолжал поиски Саскэ. К Наруто присоединяются Ямато и Сакура. Оротимару отступает. Ямато обнаруживает книгу убийств Сая — книгу, в которой записаны имена тех, кого ниндзя должен убить; на одной из её страниц — Саскэ.

Сай, решив не выполнять миссию по убийству Утихи, хочет лишь вернуть его в Коноху, сохранив узы дружбы между Саскэ и Наруто, подбирается ко спящему Саскэ и рисует змей, чтобы связать его, не убивая. Рисованные змеи Сая нападают на Саскэ, в ответ лишь притворявшийся спящим Утиха производит мощный взрыв. До места действий добираются Сакура, Наруто и Ямато.

Саскэ пытается убить Наруто, но вмешивается Сай. Саскэ использует Тидори Нагаси, после чего ранит Ямато. Древесный клон исчезает, и Кабуто, которого он сторожил, освобождается. Саскэ, используя сяринган, проникает в душу Наруто и видит там Девятихвостого, силу которого свободно подавляет.

Саскэ пытается нанести финальный удар Кирин по оглушённым после Нагаси друзьям, однако его останавливает Оротимару под предлогом, что синоби Конохи ещё могут им послужить — убить членов Акацуки. Команда Ямато возвращается в деревню и докладывает о произошедшем Цунадэ.

Наруто, Сакура и Сай навещают Какаси в больнице. Какаси предлагает Наруто создать свою собственную технику, по силе превосходящую даже Расэнган. Сай предпринимает попытки наладить отношения с друзьями Наруто.

Какаси выписывается из больницы, начинает тренировать Наруто и рассказывает ему о пяти стихиях, основе силы ниндзя, — Огонь, Ветер, Вода, Молния, Земля.

Наруто продолжает тренировки. Выясняется, что Асума, сын Третьего Хокагэ и дядя Конохамару, так же, как и Наруто, управляет стихией Ветра. Какаси, так же, как и Дзирайя, получает задание собирать информацию об Акацуки. Команда Ямато отправляется на миссию.

Ямато сообщает членам команды, что за последнее время вблизи Храма Огня были вскрыты 4 гробницы ниндзя. Наруто находит одну из скрытых гробниц, на него, по ошибке, нападает Сора, послушник Храма, который вместе с другими монахами должен был встретиться с командой Ямато.

Настоятель Храма рассказывает о том, что среди похищенных тел — тела членов Двенадцати Стражей Ниндзя, лучших синоби Страны Огня, защищавших феодала, среди которых когда-то был и Асума.

Сора и Команда Ямато попадают в ловушку похитителей тел, способных с помощью земляных техник менять ландшафт. Цунадэ приказывает АНБУ следить за Дандзо.

Синоби Конохи пытаются выбраться из лабиринта скал, созданного врагами. Сай спасает Сакуру, убивая огромного паука, но при этом получает травму руки.

На помощь попавшим в ловушку приходят монахи Храма Огня.

Сора и Команда Ямато возвращаются в Коноху. Сай ложится в больницу. Сора затевает драку с тюнинами деревни. Фуридо, Фука, Фуэн и Фудо, Четвёрка похитителей тел, нападают на деревню клана Кохаку.

Асума тренирует Наруто и Сору. Выясняется, что Асума когда-то убил предавшего Коноху Кадзуму, отца Соры. Цунадэ докладывают, что Дандзо куда-то исчез.

АНБУ захватывают Дандзо и неизвестного ниндзя Деревни Скрытого Дождя, для их допроса привлекают Ибики Морино, бывшего экзаменатора Наруто. Сора проникает в Зал допросов, где, используя свою особую силу когда-то разрушившую Храм Огня, нападает на Асуму, подтвердившего, что именно он убил Кадзуму. АНБУ использует против Соры сюрикэны, однако на себя весь удар принимает Наруто. Соре удаётся бежать. Фуридо пытается убедить Сору (мнение, которое когда-то разделял и Кадзума), что существование двух правителей — лорда-феодала Страны Огня и Хокагэ Конохи большой минус для блага людей. Сора нападает на Цунадэ, но вовремя вмешивается Наруто.

Во всей Конохе внезапно отключается электричество. Цунадэ вызывает всех капитанов Команд и объявляет в деревне 2-й уровень тревоги. Асума, как и Наруто, начинает преследовать Сору. Четвёрка похитителей тел вызывает Пять Врат, благодаря которым деревня окружается силовым барьером, после чего Цунадэ объявляет 1-ый уровень тревоги. Атакующие используют мощную воскрешающую технику Стихии Земли, после чего становится понятно зачем они раскапывали могилы — на синоби деревни нападают зомби, в числе которых и недавно убитые члены клана Кохаку. Асума делает предположение, что цель Четвёрки — полное уничтожение Конохи.

Великие синоби из числа Двенадцати Стражей Ниндзя — Сэйто, Тоу, Наума и Китанэ, тела которых были похищены, оживают.

Сора, не согласный с планами Четвёрки, нападает на их предводителя, Фуридо. Сакура и Ямато побеждают своих противников из числа Четвёрки похитителей тел — Фуэн и Фудо. Силовой барьер вокруг Конохи, также как и ниндзя-мертвецы исчезает.

Наруто побеждает Фуку. Фуридо рассказывает Соре, что в его тело запечатана часть чакры Девятихвостого Лиса. Асума уничтожает Китанэ, после чего трое других оживших ниндзя также исчезают. Фуридо снимает с Соры некогда наложенную на него печать для ограничения живущей в нём силы.

В Соре пробуждается чакра Девятихвостого Лиса, часть которой была в него помещена. Фуридо, как оказывается, не кто иной, как выживший Кадзума. Прибывшие на подмогу синоби безуспешно пытаются сдержать силу Соры.

Сора вызывает пробуждение чакры Девятихвостого Лиса в Наруто, однако Удзумаки подавляет её.

Асума убивает Фуридо (Кадзуму). Чакра Девятихвостого Лиса покидает тело Соры; тем самым опасность миновала. Наруто говорит Соре, что он его друг. Последние кадры серии показывают как члены Акацуки Хидан и Какудзу охотятся за Двухвостым бидзю.

Какаси докладывает Цунадэ о семи недавних битвах с участием Акацуки. Югито Нии из Деревни Скрытого Облака, в чьём теле заключён Двухвостый бидзю, отчаянно сражается с Хиданом и Какудзу, но всё-таки проигрывает.

Наруто продолжает тренировки: от Какаси и Ямато он получает задание — используя чакру Ветра, разрезать водопад пополам. Хидан и Какудзу нападают на Храм Огня и убивают его настоятеля, Тирику, бывшего члена Двенадцати Стражей Ниндзя.

Цунадэ создаёт 12 Команд ниндзя, цель которых — захват либо убийство проникших в Страну Огня членов Акацуки. Наруто успешно раздваивает водопад.

Команда Асумы (Сикамару, Котэцу Хаганэ и Идзумо Камидзуки) отправляется к ближайшему от Храма Огня чёрному рынку, где Акацуки могли продать тело Тирику, за которого была назначена награда в 30 млн. Оголодавший от постоянных тренировок Наруто узнаёт, что его любимый Итираку больше не продаёт рамэн, а занимается изготовлением цукэмэна. Вечно препирающиеся Хидан и Какудзу чуть было не затевают драку из-за тела Тирику. Какаси показывает Наруто, что он также владеет Расэнганом.

Наруто начинает тренировки по усовершенствованию Расэнгана. Хидан и Какудзу продают тело Тирику.

Команда Асумы обнаруживает Акацуки и начинает бой. Выясняется, что Хидан бессмертен.

Хидан с помощью техник связывает своё тело и тело Асумы — любая травма Хидана становится травмой Асумы, но Сикамару придумывает хитрый план, как этого избежать. Асума обезглавливает Хидана.

Выясняется, что даже обезглавленный Хидан ещё жив. Какудзу, до этого безразлично наблюдавший за сражением, пришивает голову Хидана к телу и сам начинает бой. Асума снова попадает под действие связывающей техники Хидана и получает смертельные ранения.

На помощь прибывает ещё одна Команда, среди членов которой Ино и Тёдзи. Хидан и Какудзу получают от лидера Акацуки приказ срочно возвращаться, чтобы начать запечатывание Двухвостого бидзю.

Наруто продолжает тренировки по усовершенствованию Расэнгана. Акацуки начинают извлечение бидзю. Лидер организации рассказывает Хидану, что главная цель Акацуки — захват мира. Члены Команды Асумы возвращаются в Коноху с печальным известием.

Похороны Асумы. Сикамару очень сильно переживает потерю сэнсэя. Ино, Тёдзи и Сикамару посещают могилу Асумы и решают во что бы то ни стало отомстить. Какаси предлагает себя в качестве капитана их Команды.

Команда под руководством Какаси выслеживает Акацуки. Сикамару ловит в тень Хидана и Какудзу, но второму удаётся освободиться. Хидан, чьи действия контролирует Сикамару, нападает на Какудзу.

Наруто узнаёт от Ямато о слабостях каждой из пяти стихий. Какаси атакует Какудзу с помощью Тидори (Райкири) в сердце, однако Какудзу удаётся выжить, после чего из его тела появляются 4 неведомых существа. Одно из этих существ, в которого, судя по всему, и попал Какаси, умирает.

Соперники поочерёдно обмениваются мощными атаками. Выясняется, что сила Какудзу в использовании сердец побеждённых им синоби — именно они принимают форму неведомых существ. Сикамару, используя Теневое Подражание, уводит Хидана от места сражения в лес, где ограничивает пространство его передвижений при помощи взрывных печатей. Хидану удаётся ранить Сикамару, после чего он снова использует Связывающие техники, как и в бое с Асумой.

Хидан ранит себя в сердце, чтобы таким образом убить Сикамару, однако выясняется, что кровь, необходимая для этой техники, была кровью не Сикамару, а Какудзу, и таким образом связанными между собой оказались члены Акацуки. Существа Какудзу снова возвращаются в тело хозяина, чтобы встать на замену только что уничтоженному сердцу. На помощь сражающимся прибывает команда Ямато (Наруто, Сай и Сакура).

Сикамару взрывает Хидана. Наруто начинает атаку усовершенствованным Расэнганом и он поражает Какудзу своей новой техникой — Расэнсюрикэном.

Первая атака Наруто проваливается. Сикамару погребает ещё живые части тела Хидана под грудой камней. Наруто повторяет технику, и ему удаётся поразить Какудзу.

Какаси добивает Какудзу. Наруто снова попадает в больницу. Из-за травм, нанесённых Расэнсюрикэном, Цунадэ запрещает ему использовать эту технику. Кабуто сообщает Оротимару об уничтожении двух членов Акацуки.

Член АНБУ перед смертью успевает отправить Хокагэ сообщение о приблизительном месторасположении логова Оротимару. Для продолжения опытов с людьми, Кабуто, по приказу Оротимару, привлекает таинственную Гурэн, когда-то служившую кандидатом в сосуды для души Оротимару. В деревню возвращается Дзирайя и предлагает Наруто снова его тренировать. Какаси, Хината, Киба с Акамару и Сино отправляются на разведывательную миссию по поиску убежища Оротимару.

Команда под руководством Какаси обнаруживает бывшее логово Оротимару и находит в нём тела подопытных, боровшихся друг с другом. Часть сильнейших подопытных, выбранных Гурэн, поднимают против неё бунт, однако она их уничтожает. Наруто тренируется новой технике с призванной Дзирайей жабой Гамакити.

Кабуто отвозит странного мальчика Юкимару в центр озера и пытается изучить его неведомые способности. Оротимару проверяет силы Саскэ. Наруто призывает жаб Гамакити и Гаматацу для тренировок с ними. Какаси отправляет Паккуна к Цунадэ с просьбой узнать о технике Гурэн — уничтожение врагов с помощью превращения их в кристаллы.

Дзирайя из-за срочного вызова вынужден покинуть Наруто, который после этого возвращается в Коноху для продолжения тренировок с жабами Гамакити и Гаматацу, не умеющими при всём при этом использовать стихию Воды.

Гурэн и Юкимару отправляются на задание Оротимару, но мальчик быстро устаёт и теряет сознание, после чего они вынуждены прятаться в домике в лесу. Команда под руководством Какаси укрывается от дождя в пещере.

Наруто продолжает усиленные тренировки с жабами. Гурэн и Юкимару добираются до временного пристанища оставшихся подопытных, согласных служить Оротимару.

Команда Ямато отправляется в подмогу. На команду под руководством Какаси нападают ранее выжившие подопытные — подчинённые Гурэн. Один из них использует дым, однако Киба и Акамару разрушают окружающие деревья и дым рассеивается. Враги неожиданно отступают.

На долину спускается туман, Сай отправляется на разведку, а Наруто встречает Юкимару, которого ранее видел на горячих источниках, но ещё не знает, что тот имеет отношение к Оротимару. Гурэн нападает на Команду Какаси используя кристальных клонов, один из которых заключает Хинату в кристалл. Тем временем Команда Ямато натыкается на кристальный барьер, внутри которого находятся другие синоби Листвы, но Наруто, используя технику Жабьего Водяного Пистолета, разрушает его.

Объединённые синоби забирают кристалл с Хинатой внутри и прячутся в лесу. Кристалл трескается и девушка освобождается. Возвращается Паккун с сообщением, что Стихия Кристалла может превращать в кристалл каждую клетку тела, а Хинату спасло лишь то, что она использовала чакру как защиту. Кабуто при участии Гурэн снова проводит опыт по пробуждению силы Юкимару в центре озера, в результате чего появляется Трёххвостый бидзю.

Трёххвостный бидзю начинает выходить из-под контроля, но Гурэн вовремя заключает его в кристалл. Синоби Конохи сталкиваются с подчинёнными Гурэн. Наруто на Гаматацу плывёт к центру озера и видит там, как Трёххвостый разрушает кристальный панцирь. Гурэн и Юкимару выбираются на берег.

Меж тем члены Акацуки Дэйдара и Тоби оправляются на охоту за Трёххвостым.

Наруто также выбирается на берег и находит свою Команду. Из Конохи в подмогу отправляется ещё одна — Команда Сидзунэ (Рок Ли, Ино и Тэн-Тэн). Наруто в одиночку пытается разыскать Юкимару.

Какаси вызывает пса Бискэ для поисков Наруто. Гурэн нападает на Удзумаки, появляется Юкимару. Их находит Какаси; Гурэн и Юкимару исчезают. Кабуто говорит Гурэн, что Юкимару всего лишь инструмент для контроля Трёххвостого и других причин жить у него нет. Прибывает команда Сидзунэ.

Один из подчинённых Гурэн, Риндзи, оказывается шпионом Кабуто за ней самой. Синоби Конохи обсуждают план дальнейших действий. Туман над озером рассеивается.

Сидзунэ, Сакура, Ино и Хината создают Четырёхугольный Запечатывающий Барьер для поиска скрывающегося под водой бидзю. На Какаси, Наруто, Сая и Сино нападает Гурэн, а её подчинённые на остальных синоби Листвы, которые, впрочем, успешно отбивают атаку.

На место сражения случайно забредает Тоби, член Акацуки, и начинает наблюдать за происходящим. Гурэн, для защиты от нападения, ограждает себя кристальной защитой. Гозу, один из её подчинённых, спасает Гурэн. Команда под руководством Сидзунэ обнаруживает месторасположение бидзю и начинают его запечатывать. Выясняется, что Гурэн — та женщина, что убила мать Юкимару.

Гурэн и Риндзи нападают на Рок Ли и Тэн-Тэн, охраняющих Запечатывающую Команду. На помощь приходят Сино и Наруто. Трёххвостый выходит из-под контроля и разрушает барьер. Бидзю пытается напасть на Гурэн, но Юкимару, используя свою силу, пробует остановить монстра.

Риндзи ранит Гурэн. Бидзю атакует стоящих на утёсе Риндзи, Гурэн и Юкимару. Тоби отправляется на поиски напарника, Дэйдары. Гурэн атакует Трёххвостого, к ней присоединяется появившийся Наруто. Какаси находит Юкимару.

Синоби Конохи, в отсутствие Наруто, вырабатывают новый план. Гурэн и Наруто обнаруживают, что они в желудке Трёххвостого. Удзумаки вызывает множество клонов чтобы найти выход из бидзю.

Наруто и Гурэн сражаются с монстрами в желудке Трёххвостого и борются с иллюзиями, создаваемыми туманом бидзю. Юкимару, используя свои силы, создаёт проход во внешний мир для Наруто и Гурэн.

Сай эвакуирует Юкимару из центра озера в лес, но на них сразу нападают. Риндзи захватывает Юкимару. Запечатывающую Команду, снова начавшую работу, также атакуют. Какаси и другие ниндзя защищают их. Киба, Рок Ли и Тэн-Тэн находят раненого Сая. Риндзи заставляет Юкимару снова высвободить свою силу.

Цунадэ на помощь Запечатывающей Команде присылает улитку Кацую. Появляются Гурэн и Наруто. Юкимару узнаёт, что Гурэн — убийца его матери, но он прощает её. Наруто царапает лицо Риндзи, который после этого срывает кожную маску, и оказывается, что на этот раз под ним скрывается Кабуто, а сам Риндзи убит.

Кабуто вызывает оживлённого Риндзи для боя с Наруто и Гурэн. Гурэн, для защиты Юкимару, заключает себя и Риндзи в кристалл. От ужаса потери в Юкимару снова пробуждает его сила и Трёххвостый прорывает технику Запечатывания, после чего уничтожает противников, напавших на Запечатывающих. Наруто призывает Гамакити и Гаматацу, с помощью которых использует против бидзю новую технику — Огненный Заряд Жабьего Масла. Трёххвостый скрывается под водой.

Цунадэ через Кацую сообщает Командам о завершении миссии на данный момент. Гурэн оказывается жива, Юкимару ночью сбегает из лагеря синоби Конохи, и Наруто становится понятно, что Юкимару, Гурэн и Гозу решают начать новую жизнь. Дэйдара и Тоби уничтожают АНБУ, направленный на замену Командам, после чего они захватывают Трёххвостого.

Цунадэ докладывают, что посланный на озеро отряд АНБУ исчез вместе с Трёххвостым. Оротимару, которому из-за старения тела становится всё хуже, решает как можно скорее переселить свою душу в тело Саскэ. Однако Саскэ такой вариант больше не устраивает и он начинает против Оротимару бой. Оротимару в виде сплетённых друг с другом змей выходит из своего тела.

Вставка воспоминаний Оротимару о его пути к познанию силы и вечной молодости. Саскэ, используя сяринган, поглощает Оротимару и удерживает его душу и силы внутри себя.

Саскэ освобождает из лаборатории Оротимару Суйгэцу Ходзуки, ученика Дзабудзы. Они узнают у кого в данный момент находится Великий Меч Дзабудзы и с лёгкостью его достают.

Саскэ продолжает собирать Команду. Новый член — Карин, ранее руководившая одной из лабораторий. Суйгэцу по приказу Саскэ освобождает всех заключённых лаборатории.

Цунадэ сообщает Сакуре и Наруто о произошедшем между Оротимару и Саскэ. Карин, Суйгэцу и Саскэ наведываются в тюрьму, где содержится Дзюго, сила которого была использована Оротимару для создания Проклятой Метки, однако тот нападает на них.

Дзюго узнаёт, что его лучший друг Кимимаро мёртв и соглашается вступить в Команду Саскэ «Хэби». Саскэ объявляет, что цель Команды — убийство Итати Утихи.

Две серии рассказывают о молодом Какаси Хатакэ в составе команды будущего Четвёртого Хокагэ Минато Намикадзэ (вместе с Обито Утихой и Рин). Время действия — Третья мировая война синоби. Команда Минато получает задание уничтожить мост Каннаби. Минато и Какаси, Обито, Рин разделяются. Враги захватывают Рин.

Один из захватчиков Рин ранит глаз Какаси, Обито убивает нападавшего. Второй захватчик при появлении Какаси и Обито устраивает в пещере, где содержалась Рин, обвал. Рин освобождена, но Обито смертельно ранен, и он, в качестве подарка Какаси в честь получения тем звания дзёнина, отдаёт ему свой сяринган. Какаси уничтожает второго нападавшего. Миссия по взрыву моста оказывается выполненной.

Кисамэ и Итати Утиха ловят дзинтюрики Четырёххвостого. Лидер Акацуки сообщает подчинённым о смерти Оротимару. Акацуки начинают запечатывание ранее пойманного Трёххвостого бидзю и Четырёххвостого. Команда Саскэ посещает тайный склад оружия клана Утиха. Цунадэ поручает созданной Команде Какаси (Ямато, Наруто, Сакура, Сай, Сино, Киба, Хината) поимку Итати Утихи.

Какаси вызывает своих псов-ниндзя. Способ поиска, предложенный Какаси таков: Команда выбирает общую точку сбора и, разделяясь на группы, включающие синоби и пса-ниндзя, прочёсывает округу в радиусе 5 км в поисках следов Итати или Саскэ Утихи; в случае отсутствия результатов выбирается другая точка сбора. Команда Саскэ и члены Акацуки также занимаются поисками своих врагов. Кабуто пересекается с группой Наруто-Ямато-Хината и передаёт им книгу с накопленной Оротимару информацией об Акацуки и показывает им, что он пересадил себе фрагменты тела Оротимару, содержащие в том числе часть силы злодея. Дэйдара и Тоби нападают на Саскэ.

Дэйдара и Саскэ продолжают упорно сражаться. Вечно вопящий Тоби участия в битве не принимает. Дэйдара вспоминает, как впервые встретился с Акацуки.

Дэйдара создаёт множество микроскопических бомб, способных, попав в тело, уничтожить человека на клеточном уровне. Однако Саскэ, используя сяринган, удаётся выжить. Тогда Дэйдара использует последнюю глину и взрывает себя рядом с Саскэ.

Вспышка от взрыва видна на многие километры. Дзэцу сообщает другим членам Акацуки, что скорее всего вместе с Дэйдарой погибли Саскэ и Тоби. Но, как оказывается, Саскэ в последний момент призвал Манду, короля змей, ранее служившего Оротимару. Змей погиб, но спас Саскэ. На место взрыва прибывают члены Команды Какаси, и Киба по запаху делает вывод, что Саскэ выжил и у него есть своя Команда. В последних кадрах серии показывается, что Тоби, представившийся как Мадара Утиха, жив, и более того является истинным лидером Акацуки.

Дзирайя сообщает Цунадэ об обнаружении месторасположения Пэйна, в Деревне Дождя, и своём желании отправиться туда. Команда Какаси отправляется на поиски следов Саскэ. Отделившийся от своей Команды Наруто обнаруживает в лесу теневого клона Итати Утихи, который недолгое время с ним говорит. В серии кратко рассказывается о родителях Наруто и становится понятно, что отцом главного героя является Четвёртый Хокагэ.

Две серии рассказывают о молодом Дзирайе. В результате неудачного использования техники Дзирайя оказывается в Стране Жаб, и её повелитель делает мальчику Предсказание о том, что ученик Дзирайи станет Великим ниндзя, изменившим весь мир.

Действие происходит во время Второй великой войны синоби. После ужасной битвы Три Великих Саннина встречаются с голодными детьми — Нагато, Яхико и Конан. Дзирайя решает обучать их искусству ниндзя. Из воспоминаний становится понятно, что Наруто — сын Четвёртого Хокагэ, а Дзирайя — его крёстный отец.

Дзирайя проникает в Деревню Дождя и допрашивает двоих её жителей, которые все до единого боготворят лидера Деревни, Пэйна.

Дзирайя вызывает одну из своих жаб и обсуждает с ней ключ, способный снять с Наруто Печать, ограничивающую силу Кюби. Также Дзирайя высказывает мысль, что нападение Девятихвостого на Коноху около 16-ти лет назад могло быть вызвано специально, однако единственный известный синоби, способный контролировать силу бидзю, Мадара Утиха, был побеждён ещё Первым Хокагэ очень много лет назад и едва ли дожил до этого. Дзирайя отправляет в желудке жабы к Ибики одного из ранее захваченных жителей деревни, а второго контролирует своей техникой. Конан, подручная Пэйна, обнаруживает Дзирайю и нападает на него. Появляется Пэйн и называется себя Богом этого мира.

Для сражения с псами Пэйна Дзирайя вызывает гигантскую жабу Гамакэна. Псы уничтожены, однако Дзирайя и Гамакэн подвергаются атакам новых гигантских животных. Дзирайя отпускает Гамакэна обратно в Страну Жаб, после чего призывает двух других жаб и активирует т. н. Режим Отшельника. Пэйн призывает двух человек, странным образом на него похожих.

Дзирайя использует МегаРасэнган, однако один из призванных полностью поглощает это дзюцу. Дзирайя ослепляет второго призванного. Жабы используют мощнейшее гэндзюцу, в результате чего Дзирайя захватывает тройку врагов и убивает их, однако перед смертью те призывают ещё троих ниндзя, и оказывается, что Пэйн — псевдоним шестерых сильных синоби, среди которых Нагато и Яхико. Дзирайя лишается руки. Тройка убитых неведомым образом оживает. Дзирайя недоумевает почему у всех шестерых риннэган, глаза Нагато.

Дзирайя убивает одного из шестёрки Пэйна. Остальные пятеро смертельно ранят Дзирайю. Последняя мысль Легендарного Саннина была о том, что ученик, про которого рассказывало предсказание, это Наруто Удзумаки.

Саскэ осматривает одно из убежищ Акацуки, найденных Дзюго, и встречает там клона Итати, который называет место для их следующей битвы. Команда Саскэ пересекается с одним из клонов Наруто, после чего Наруто узнаёт, где их искать. На пути Команды Саскэ встаёт Кисамэ и говорит, что дальше (для битвы с Итати) пройдёт только Саскэ. Младший Утиха принимает это условие. На пути Команды Какаси встаёт Тоби.

Вставка воспоминаний Итати о днях до и после убийства им членов клана Утиха. Саскэ находит Итати. Итати называет имя третьего ныне живущего обладателя мангэкё сярингана — Мадара Утиха.

Итати рассказывает историю Мадары Утихи и о том, что именно он — основатель Акацуки и ответственен за нападение Девятихвостого на Коноху. Саскэ и Итати начинают сражение.

Итати и Саскэ обмениваются мощными атаками. Итати использует Аматэрасу.

В результате длительной битвы у Саскэ заканчивается чакра, и Оротимару, поглощённый когда-то младшим Утихой, высвобождается. Однако Итати применяет свою самую мощную технику — Сусаноо и пронзает Оротимару мечом Тоцука-но-Цуруги, также известным как клинок Сакэгари (яп. 酒刈太刀 Сакэгари Тати). Итати подходит к Саскэ, щелкает его по лбу двумя пальцами, как он делал это ему в детстве и чрезвычайно истощённый, падает замертво.

Члены Команды Какаси поочерёдно безуспешно пытаются атаковать Тоби, любая атака странным образом проходит сквозь врага. На место сражения прибывает Дзэцу и сообщает, что Саскэ убил Итати. Тоби вместе с Дзэцу покидают поле битвы и переносят тела братьев Утиха в одно из убежищ Акацуки, туда же направляются остальные члены «Хэби» и Кисамэ. Команда Какаси спешит на поиски Саскэ, однако, прибыв на поле его боя, понимают, что опоздали. Тоби говорит Саскэ, что Итати перед смертью передал ему все свои техники с целью защитить младшего брата.

Тоби рассказывает Саскэ о давнем противостоянии двух сильнейших кланов — Утиха и Сэндзю, к которым принадлежали основатели Конохи (Мадара Утиха и Хасирама Сэндзю соответственно). Выясняется, что убийство клана Утиха, готовившего в Конохе переворот, было миссией Итати и об этом знали лишь несколько человек — Дандзо, Третий Хокагэ и его советники Кохару и Хомура (старейшины Деревни Листа).

Тоби рассказывает Саскэ историю о том, как Итати стал двойным агентом и затем обратился к нему, Мадаре, с просьбой помочь в выполнении своей жестокой миссии. Тоби отрицает свою причастность к нападению Девятихвостого Лиса на Деревню Листвы 16 лет назад. Саскэ заявляет о переименовании своей команды «Хэби» («Змея») в «Така» («Ястреб») и объявляет главной целью «Ястреба» полное уничтожение Конохи.

Команда Какаси, после неудачных поисков Саскэ, решает вернуться в Коноху. Тоби раскрывает свою истинную личность перед Кисамэ. Мадара Утиха объявляет, что у Акацуки и «Така» есть общие цели, и Саскэ, принимающий предложение Тоби заполучить силу Восьмихвостого бидзю, соглашается с ним. Акацуки, в свою очередь, обязуются захватить Девятихвостого. «Ястреб» выслеживает дзинтюрики Восьмихвостого, Киллера Би, имеющем привычку говорить стихами, и вступают с ним в бой. Суйгэцу и Дзюго проигрывают.

Саскэ начинает сражение против Киллера Би, который серьёзно его травмирует. Карин даёт Саскэ «выпить» часть своей чакры, и смертельные раны синоби затягиваются. Саскэ, Дзюго и Суйгэцу совместно атакуют Киллера Би, однако тот высвобождает чакру Восьмихвостого бидзю и повторно ранит Саскэ. Для спасения своего лидера, Дзюго отдаёт ему часть своей плоти и чакры. Дзинтюрики полностью преображается в Восьмихвостого Быка-Осьминога; Саскэ использует против него свой мангэкё сяринган и Аматэрасу. «Така» захватывает Киллера Би, свидетелями чего становятся двое синоби, которые решают отправиться с докладом о произошедшем к Райкагэ, старшему брату Киллера Би.

На Утакату, молодого человека, Хотару, девушку, и её слугу старика Тонби нападает группа из четырёх ниндзя, разыскивающих древнее разрушительное дзюцу, однако перед этим троица успевает отправить в Коноху просьбу о помощи. Команда № 7 под руководством Ямато отправляется туда и обнаруживает сначала раненого слугу, для лечения которого остаётся Сакура, а затем Утакату и Хотару. Утаката в очередной раз отказывается стать учителем Хотару и используя своё дзюцу улетает внутри мыльного пузыря, девушку же ниндзя деревни Листвы собираются сопровождать в ближайшую деревню.

Ямато, Сай и Наруто сопровождают Хотару до деревни и начинают путь обратно в Деревню Листа. На Утакату в лесу нападают четвёрка охотящихся за дзюцу ниндзя. Наруто, вспоминая негативное отношение жителей к приходу Хотару, понимает, что что-то неладно и решает туда вернуться.

В деревне на Хотару нападает четвёрка ниндзя, но ей удаётся сбежать в лес, где её находит Утаката. На Утакату нападают АНБУ Деревни Тумана с целью арестовать его как преступника. На месте событий появляется Команда № 7.

Лидер АНБУ Тумана, Цуруги, для недопущения возможного конфликта между двумя деревнями даёт согласие не арестовывать Утакату вплоть до завершения синоби Листа своей миссии по защите Хотару.

Тонби предлагает удалить запретное дзюцу, которое, как выясняется, запечатано в Хотару из тела девушки. Та в свою очередь предлагает найти Сиранами, единственного человека, способного использовать эту технику. Наруто, используя своих теневых клонов, пытается разыскать Сиранами, который, как оказывается является лидером четвёрки ниндзя, напавших на Хотару. Утаката отправляется на разговор к Цуруги, однако на АНБУ Тумана нападает огромный зверь, обладающий риннэганом.

Сиранами захватывает Хотару и начинает процесс извлечения из неё запретного дзюцу. Четвёрка ниндзя безуспешно пытается схватить Наруто, и тот вместе с Утакатой отправляются в родную деревню Хотару, где на них нападают зомбированные Сиранами жители. На месте событий появляются Ямато, Сай и Сакура. Четвёрка ниндзя начинает новую атаку.

Команда № 7 ведёт борьбу с бандитами и местными жителями, находящимися под действием их дзюцу. Сиранами обездвиживает Хотару, а также прибывших на место действия Утакату и Наруто, после чего начинает активацию запретного дзюцу, используя поглощаемую девушкой чакру природы.

Команда № 7 ловит четвёрку ниндзя-бандитов. Утаката и Наруто, к которым вернулась способность двигаться заставляют Сиранами прекратить мучения девушки, однако природная чакра выходит из-под контроля и лишь вмешательство Шестихвостого бидзю, заключённого внутри Утакаты позволяют избежать трагедии. История с запретной техникой заканчивается благополучно. Команда № 7 отправляется в Коноху, но на Утакату нападает Пэйн с целью схватить живущего в нём бидзю.

Четвёртому Райкагэ сообщают о похищении его брата, Киллера Би, членами Акацуки. Один из двух великих жаб-отшельников Фукасаку прибывает в Коноху с ужасной новостью о смерти Дзирайи. Фукасаку, на чьей спине Дзирайя оставил предсмертное послание, которое предстоит расшифровать, также сообщает о пленённом жителе Деревни Дождя, а также об убитом одном из тел Пэйна, чьё вскрытие предстоит провести.

Мероприятия по вскрытию одного из тел Пэйна и расшифровке послания Дзирайи возглавляют Сидзунэ и Сикамару соответственно. Выясняется, что Курэнай Юхи беременна от ныне погибшего Асумы.

Наруто разгадывает цифровой шифр, оставленный Дзирайей — в виде номеров страниц последнего романа Саннина скрывалась фраза «В действительности настоящего среди них нет». Фукасаку забирает с собой Наруто в Страну Жаб Мёбоку, где начинает обучение того сэндзюцу — использованию природной чакры.

Наруто достигает определённых успехов в сэндзюцу, сумев с его помощью поднять огромную статую жабы. Члены Акацуки обнаруживают, что пойманный командой Саскэ Киллер Би всего лишь клон. Пэйн и Конан отправляются в Коноху с целью захвата дзинтюрики Девятихвостого.

Наруто продолжает совместные тренировки с Фукасаку и овладевает Режимом Отшельника. После похищения Киллера Би его брат, Четвёртый Райкагэ принимает решение созвать Совет пяти Кагэ для противодействия Акацуки.

Пэйн и Конан нападают на Коноху с целью узнать местонахождение дзинтюрики Девятихвостого. В составе команды вскрытия, Сидзунэ определяет, что металл на лице убитого тела Пэйна, — это чакроприёмники. Цунадэ объявляет тревогу и приказывает вернуть Наруто в деревню.

Пэйн и Конан продолжают разрушать деревню в поисках дзинтюрики. Дандзо убивает жабу, которую собиралась послать Цунадэ на гору Мёбоку за Наруто, пытаясь таким образом «защитить его». На пути одного из тел Пэйна встаёт Какаси.

Какаси погибает в сражении с Пэйном, однако участвовавшему в этой битве Тёдзи удаётся передать ценную информацию о противнике.

Во время тренировок у Фукасаку возникают проблемы при попытке объединения чакры сэндзюцу с Наруто — Девятихвостый этого просто не позволяет. Иноити Яманака (отец Ино) узнаёт в одном из тел Пэйна труп, который видел в воспоминаниях пленённого жителя Страны Дождя. В купе с информацией, полученной Сидзунэ это должно стать очень важным для победы над врагом.

Конохамару приходит на помощь своему учителю Эбису, и с помощью Расэнгана одолевает одно из тел Пэйна — Путь Ада. Наруто в это время неудачно пытается овладеть переходом в Режим Отшельника в движении из-за того, что Лис не позволяет Фукасаку слиться с юношей для обмена чакрой сэндзюцу.

Используя полученные сведения, группе расследования Конохи удаётся установить, что тела Пэйна управляются кем-то со стороны. Одно из тел Пэйна извлекает из Сидзунэ информацию о том, где находится Наруто, после чего убивает её. Тела Пэйна, узнав необходимое, покидают территорию деревни и устраивают мощнейший взрыв, разрушивший почти все постройки. На горе Мёбоку узнают, что посыльная жаба Косуки была убита, в то же время очутившаяся недалеко от Конохи Сима понимает, что на деревню напали, после чего призывает Фукасаку и Наруто с сильнейшими жабами клана Гама.

Жители деревни выживают благодаря Цунадэ, отдавшей почти всю чакру Кацую, чтобы та спасла людей от атаки Пэйна. Сама Хокагэ впадает в кому. Прибывшему Наруто удаётся одолеть два тела Пэйна с использованием Режима Отшельника.

Посредством передачи чакры сэндзюцу от клона Наруто к настоящему юноше, тому удаётся максимально использовать имеющиеся возможности для атаки, и тем самым уничтожает ещё два тела Пэйна.

Наруто побеждает еще одно тело Пэйна. Мир Бога убивает Фукасаку и приковывает Наруто к земле, после чего рассказывает о причинах почему хочет принести в этот мир боль — чтобы люди, испугавшись её, прекратили войны. Используя полученные ранее сведения, отец Ино догадывается, что ниндзя, руководящий телами Пэйна находится на самой высокой горе возле Конохи.

Хината, рискуя жизнью, приходит на помощь Наруто и признаётся ему в любви, однако вскоре её серьёзно ранит Пэйн. Вид поверженной девушки вызывает у юноши ярость, и в нём пробуждается чакра Лиса.

В процессе битвы с оставшимся телом Пэйна (Миром Бога) у Наруто постепенно появляются четыре, затем шесть, а в итоге восемь хвостов Лиса. Член Акацуки пытается применить против него одну из своих самых мощных техник, Тибаку Тэнсэй, создав гигантскую земляную сферу. Когда Наруто уже был готов снять печать, чтобы высвободить Девятихвостого, в его сознании появляется образ Четвёртого Хокагэ.

Четвёртый Хокагэ, благодаря части чакры, оставленной в мальчике при запечатывании Лиса, рассказывает Наруто, что именно он его отец, а также сообщает, что 16 лет назад Девятихвостым, напавшим на Коноху, управлял член Акацуки в маске. После этого образ Минато восстанавливает печать и исчезает. Наруто принимает свою обычную форму и уничтожает Мир Богов.

Кацую сообщает выжившим, что Наруто одолел Пэйна и идёт к тому, кто управлял им. Наруто находит Нагато, бывшего ученика Дзирайи, но подвергается его атаке. Юноша выдерживает удар и начинает говорить с Нагато, чтобы узнать, почему он и Конан стали такими.

Наряду с 171 серией — филлер, посвящённый выходу в прокат 7-го по счёту анимационного фильма Наруто, «Наруто Сиппудэн: Затерянная башня».

Действие двух серий происходит за один день до начала в Конохе третьего экзамена на звание тюнина. Дзирайя упоминает при Наруто некое «наследство Четвёртого Хокагэ» и мальчик берётся расспрашивать знакомых о том, что это может быть. Подстрекаемые Майт Гаем, он и его друзья отправляются на поиски «наследства». В то же время провалившие первые экзамены гэнины Страны Дождя замышляют атаку на них.

Саскэ с помощью Тидори и других своих боевых навыков удаётся прогнать ниндзя Дождя, а Наруто и его друзья узнают, что под «наследством Четвёртого Хокагэ» подразумевалось любимая фраза Гая о силе юности.

Нагато рассказывает Наруто о том, как во время войны он лишился родителей, познакомился с Конан и Яхико и вместе с ними нашёл троицу легендарных ниндзя, Саннинов.

Нагато вспоминает, как он, Конан и Яхико обучались у Дзирайи. Несколько лет спустя по вине Хандзо, лидера Деревни Дождя, и Дандзо, желавшего добиться поста Хокагэ, погиб Яхико, и тогда Нагато перенимает идею о том, что люди поймут друг друга только после того, как познают боль.

Нагато заканчивает историю о своей жизни. Наруто заявляет, что его дальнейший путь — идти вперёд, не сдаваться, и пытаться изменить мир ненависти, как когда-то хотел сделать сам Нагато, благодаря чьим словам родилась книга Дзирайи — «Сказание о бесстрашном ниндзя». Нагато говорит, что готов поверить в Наруто и его мечты и решает воскресить всех жителей деревни, погибших при его нападении.

Ценой своей жизни Нагато воскрешает всех убитых им в Конохе. Вместе с ними из мира мёртвых возвращаются Фукасаку, Сидзунэ, а также Какаси, встретивший во тьме своего отца и успевший сказать ему слова, которые давно хотел донести до него — о том, что он его понимает и прощает. Конан отрекается от Акацуки и сообщает Наруто, что будет помогать ему как лидер Деревни Дождя. В Конохе Наруто приветствуют как героя.

Дзэцу, следивший за нападением на Коноху, констатирует поражение Нагато и покидает деревню. Ниндзя Страны Молнии отправляются в Скрытый Лист.

Бо́льшую часть серии составляет филлерная часть-флешбэк: история о том, как Ирука преподавал в Академии ниндзя, когда там обучались Саскэ и Наруто.

Флешбэк-часть: рассказывает о том, как Ирука поборол в себе неприязнь к Наруто, вспомнив свои детские страдания от одиночества и потери родителей. В конце серии Наруто подставляют его товарищи по классу в Академии, и Ирука хочет его спасти.

Филлерная часть — Наруто находит кунай с секретным документом Конохи, из-за чего попадает в переделку. Какаси и Ирука совместными силами побеждают нападавших.

Экранизация манги — в конце серии ведётся небольшой диалог между оставшимися в живых членами Акацуки — Тоби приказывает Кисамэ отправляться за Восьмихвостым. Команда «Така» решает направиться в Коноху.

Экранизация манги — Советом Страны Огня исполняющим обязанности Хокагэ выбран Дандзо.

Филлерная часть — бо́льшая часть серии посвящена воспоминаниям Какаси.

Экранизация манги — на помощь Конохе в её восстановлении от атаки Пэйна приходят Инари и его дедушка.

Филлерная часть — бо́льшая часть серии посвящена событиям, произошедшим после того, как команда № 7 расправилась с Дзабудзой и Хаку.

Наруто и Саскэ возвращаются к мосту, так как Наруто потерял свой купон на обед в Итираку Рамэн. Но в это время бывшие разбойники Гато похищают мальчиков, среди которых и Инари. Всё заканчивается тем, что разбойников побеждают синоби Конохи и Тадзуна со своими товарищами.

Филлерная часть — Наруто и Сакура вспоминают о случае, который произошёл тремя годами ранее, когда те возвращались с миссии. Команда № 7 ищет ночлег в поселении, которое встретилось им на пути. Там они становятся свидетелями неудавшейся вендетты — Цукадо, человек, который, желавший её совершить, утверждает, что хочет отомстить за старика Сикадзо, но участвуя в 34-х поединках, ни разу не смог этого сделать. Тогда Наруто вызывается обучить его боевым приёмам.

Филлер рассказывает о воспоминаниях Гаары. После нападения на Коноху Оротимару, Деревня Песка и Деревня Листа заключили союз. Команде № 7 дают задание встретиться с союзниками из Песка и ликвидировать группу синоби. К великому удивлению членов команды, их партнёрами становятся Гаара и двое новичков под его командованием: Яоки и Короби. На пути к цели на Гаару, Яоки и Короби нападает АНБУ Деревни Песка. Тем временем Какаси встречает членов АНБУ, которые говорят, что хотят убить Гаару. Команде № 7 не без помощи самого Гаары удаётся нейтрализовать противников.

Филлер рассказывает об опасной болезни чакры, которую якобы подхватил Наруто во время очередного задания. Сакура заражается от Наруто. Жителей Конохи эвакуируют во избежание эпидемии, а Наруто пытаются отловить, чтобы эту самую эпидемию избежать. Однако вскоре оказывается, что никакой болезни чакры нет.

В филлере рассказывается о миссии, в которой Тэн-Тэн, Нэдзи и Наруто отправляются к синоби-учёному из Скрытого Листа, чтобы купить у него оружие для деревни.

В филлере рассказывается о том, как Наруто, Ли, Сино и Котэцу Хаганэ в качестве руководителя группы трёх гэнинов получают приказ от Цунадэ поймать страуса-ниндзя, что им в итоге с большим трудом удаётся сделать.

Ли хочет помочь находящейся в коме Пятой Хокагэ в благодарность за то, что та вылечила его 2,5 года назад, и юноша рекомендует Сакуре Лекарство Юности, созданное Гаем. Бо́льшая часть серии рассказывает о том, как во время болезни Рока Ли Сакура, Ино и Наруто искали у границы Страны Огня цветок Дзёфуку, ингредиент, необходимый для приготовления лекарства.

Рассказ о том, как Дзирайя обучал Наруто сопротивлению гэндзюцу. Саннин считал, что если Наруто научится освобождаться от техник иллюзий, то сможет вернуть Саскэ. В результате Дзирайя и Наруто оказываются в деревне, живущей иллюзиями.

Дзирайя и Наруто спасают деревню иллюзий от Кандати — человека, захватившего власть и взявшего её жителей в заложники.

Команда № 7 выполняет миссию ранга D — заполучить отпечаток лапы Нэкоматы, повелителя кошек-ниндзя, для энциклопедии, в которую Саскэ собирал отпечатки лап кошек, когда был маленьким.

Наруто и Коско, «вечный гэнин», выполняют миссию ранга C, которая заключается в патрулировании северной границы Конохи и защите её от врагов, неожиданно напавших на деревню.

Рассказ о куноити из скрытой Деревни Замка Страны Ключа Ханарэ, которая по мнению Конохи была шпионкой. Она была схвачена АНБУ Скрытого Листа; Иноити Яманака, пробравшись в сознание Ханарэ, узнал, что она видела Какаси в детстве.

Команда Конохомару просит Нэдзи рассказать историю про великие поступки Наруто. Но Нэдзи рассказывает о преследовании им, Кибой и Тэн-Тэн двух синоби Скрытого Облака, похитивших Хинату. Ребята в недоумении — ведь Наруто не имеет к этому никакого отношения! Но Нэдзи объясняет им, что Наруто поменял его жизненные взгляды, что является важной частью истории.

UNIQLO clothing stores throughout Japan will be offering a Naruto x UT Original DVD with all-new animation on January 1. The DVD will contain an original Naruto anime video set to an exclusive version of Mayonaka no Orchestra, the upcoming song by the Japanese rock band Aqua Timez. A limited number of the DVDs will be offered as presents to people who buy UNIQLO's Naruto graphic T-shirts online or in stores.

Наруто встречает призрака человека, ничего не помнящего о своём прошлом. Удзумаки узнаёт, что этот человек в данный момент лежит в коме в больнице. Вскоре призрак вспоминает, что он, будучи членом АНБУ, выследил Сабиру, предателя деревни, но проиграл ему в бою в битве и тот поджёг его дом. С помощью Наруто призраку удаётся вывести преступника на чистую воду.

Команде № 7 поручают задание вернуть сокровище сестры лорда феодала. При выполнении миссии Наруто и Саскэ были связаны грабителями особой «липучей» техникой, а Сакура похищена. Тем не менее героям удалось освободиться и завершить начатое.

Сикамару вспоминает миссию, которую поручили командам № 7 и № 10 тремя годами ранее. Целью было освобождение внучки старейшины одной из деревень. Во время миссии на Сикамару накладывают технику, из-за которой тот не может больше отдавать приказы, и его берут в плен. Но ребятам удаётся спасти товарища и завершить миссию.

Саскэ вспоминает о миссиях, порученных команде № 7 тремя годами ранее. Саскэ и Какаси поручают отправиться к границе Страны Огня, а Наруто и Сакуре сопровождать Нахо — родственницу феодального Лорда в деревню Сидзумэ. По пути на вторых нападают разыскиваемые ниндзя с целью захватить Нахо; ребят берут в плен. Но позже их находит Саскэ. Освободив ребят, он побеждает главаря. Во время битвы противник вспоминает Итати Утиху, что напомнило юноше о его мести.

Дандзо становится Шестым Хокагэ (при этом его полномочия не считаются полностью подтверждёнными до совета дзёнинов). Получив письмо от Райкагэ, он даёт согласие на уничтожение Саскэ как синоби-отступника (нукэнина). Наруто и Сакура узнают о произошедшем, но по совету Какаси решают пока подождать и не действовать активно. В Коноху прибывают синоби из деревни Скрытого Облака. Тоби сообщает команде «Така» о разрушении Конохи и назначении Дандзо, Саскэ решает отправиться на Совет Кагэ дабы там убить нового Хокагэ. В этом их сопровождает белая половина Дзэцу.

Синоби Скрытого Облака пытаются всеми силами добыть информацию о Саскэ. Дандзо поручает Корню АНБУ отыскать Кабуто, опасаясь, что тот знает о его связях с Оротимару. Наруто решает последовать за синоби Скрытого Облака с целью встретиться и поговорить с Райкагэ, надеясь, что тот изменит своё мнение о Саскэ и перестанет считать его преступником. Какаси и Ямато соглашаются сопровождать Наруто.

Кагэ скрытых деревень отправляются к месту встречи пяти Кагэ (в Страну Железа). Наруто, Какаси и Ямато преследуют синоби Скрытого Облака; им удаётся нагнать группу во главе с Райкагэ. Команда «Така», а также белая часть Дзэцу, пытаются проникнуть в Страну Железа.

Наруто получает от Райкагэ отказ в помиловании Саскэ. Сам Саскэ и его команда, сидя в засаде, готовятся к нападению на Дандзо. Начинается совет Пяти Кагэ: между лидерами деревень сразу возникают разногласия. Тем не менее они соглашаются с тем, что для противостояния Акацуки необходимо создание военного альянса. Председатель собрания Мифунэ предлагает Дандзо на роль руководителя альянса.

Сакура, Сай, Сикамару понимают, что им самостоятельно необходимо захватить Саскэ, чтобы тот не стал причиной войны между деревнями. На Совете Кагэ один из сопроводителей Мидзукагэ, Ао, с помощью бякугана узнаёт, что Дандзо пересадил себе сяринган Сисуй Утихи, с помощью которого на собрании контролировал Мифунэ, и разоблачает его. В то же время в зале заседаний появляется Дзэцу и сообщает Кагэ, что в здании находится Саскэ. Тоби перемещается к Наруто, чтобы поговорить с ним.

Сразу после появления Тоби его окружают Ямато и Какаси: первый создаёт деревянную ловушку, а второй готовит на случай битвы Тидори. Однако Тоби утверждает, что не собирается сражаться, а только пришёл чтобы поговорить о Саскэ и Итати. Дандзо полностью теряет доверие других Кагэ. Райкагэ, а затем и Кадзэкагэ со своими помощниками отправляются чтобы сражаться с Саскэ. Младший Утиха при помощи Суйгэцу и Дзюго убивает несколько самураев, после чего готовится вступить в бой с Райкагэ.

Тоби рассказывает Наруто истинную правду об Итати. По его словам, проклятье клана Утиха в том, что цель их жизни — месть. Райкагэ лишается руки. Карин обнаруживает местонахождение Дандзо, а Гаара делает безуспешную попытку в последний раз переубедить Саскэ. Младший Утиха использует третью технику мангэкё сярингана — Сусаноо.

Наруто, Какаси и Ямато решают пока что никому не сообщать о рассказе Тоби-Мадары. Киллер Би, ранее спасшийся от Саскэ на глубине озера, решает на время покинуть своё селение. Саскэ, используя силу Сусаноо, обрушивает колонны здания, тем самым временно блокируя силы Облака и Песка. Суйгэцу и Дзюго чудом удаётся выжить. Карин находит Дандзо и показывает его местонахождение Саскэ.

Перенесённая Мадарой Карин излечивает Саскэ. Тоби рассказывает о своём плане «Глаз Луны»: он планирует воссоздать Десятихвостого монстра, собрав воедино всех бидзю, чтобы, стать его дзинтюрики и увеличив свою силу, создать гэндзюцу на весь мир для его контроля. Он предлагает Кагэ выдать ему двух оставшихся дзинтюрики (при этом Райкагэ узнаёт, что его брат на самом деле на свободе), но лидеры деревень отказываются. Тоби объявляет о начале Четвёртой мировой войны синоби. Кагэ решают создать военный альянс стран.

Сакура признаётся Наруто в любви, однако тот сразу понимает неискренность слов девушки. После неудавшегося признания Сакура вместе с Кибой, Ли и Саем отправляется на поиски Саскэ. Кагэ окончательно формируют военный альянс, его руководителем избирается Эй (Четвёртый Райкагэ). Кисамэ находит Киллера Би и вступает с ним бой.

Ао продолжает преследовать Дандзо, но попадает в ловушку одного из подчинённых последнего, Фу: выбраться из неё он сумел лишь с помощью подоспевшей Мидзукагэ. Кисамэ продолжает бой с Киллером Би: во время него он сливается с Самэхадой, изматывая противника сражением в воде. Однако в последний момент Самэхада, которой настолько понравилась чакра дзинтюрики, отказывается повиноваться Хосигаки. В то же время на помощь подоспевает Райкагэ, и братья вдвоём обезглавливают пытавшегося произнести очередную технику Кисамэ.

Самураи ловят замаскировавшихся Суйгэцу и Дзюго. Сай, вопреки обещанию, рассказывает Наруто о том, что синоби Конохи решили сами расправиться с Саскэ, и что на это готова пойти даже Сакура. Гаара, Тэмари и Канкуро находят Какаси, Ямато, Наруто и Сая и рассказывают о произошедшем на Совете Кагэ. Тоби находит Дандзо, устраняет его подручных Фу и Торунэ и переносит к месту действия Саскэ и Карин. Саскэ готовится начать бой с Дандзо, и выясняется, что в правую руку Хокагэ имплантировано множество сяринганов.

Какаси решает остановить Сакуру, отправившись за ней вместе с клоном Сая. От нервного напряжения у Наруто начинается гипервентиляция лёгких, и он теряет сознание. Начинается бой между Саскэ и Дандзо. Дандзо подтверждает, что Итати уничтожил клан Утиха по приказу старейшин Конохи. Саскэ несколько раз безуспешно пытается убить Дандзо. Во время боя внезапно появляется Итати.

Итати оказывается иллюзией, созданной Саскэ. Сам Саскэ на время парализован печатью, наложенной на него Дандзо во время их столкновения. Карин раскрывает секрет дзюцу Дандзо — Идзанаги (дзюцу сярингана, превращающее любое повреждение, даже смерть, в иллюзию, платой чему является закрытие используемого глаза навсегда). После многочисленных атак у Дандзо на руке остаётся последний глаз. Противники атакуют друг друга.

Дандзо обнаруживает, что казавшийся открытым глаз является созданной Саскэ иллюзией. Утиха наносит ему удар с помощью Тидори, при этом серьёзно ранив Карин. Дандзо вспоминает о том, как он соперничал с Третьим Хокагэ, после чего активирует обратную Печать Четырёх Символов, пытаясь уничтожить всех в радиусе действия техники.

Дандзо умирает, так и не сумев убить Саскэ. Сакура вместе с Саем, Кибой и Ли отправляется на поиски Саскэ. Сакура, решившая разобраться с Утихой самостоятельно, усыпляет всех. Какаси продолжает погоню за Сакурой. Найдя Саскэ, Сакура заявляет, что покинула Коноху и готова присоединиться к команде «Така».

Наруто просыпается после обморока и застаёт около себя Ямато, который говорит, что им с Наруто нужно возвращаться в деревню, а с Саскэ разберётся Какаси. Наруто, прикинувшись спящим, дожидается пока Ямато засыпает и отправляется вслед за Какаси.

Саскэ пытается убить Сакуру, но Какаси отклоняет его атаку и вступает в бой со своим бывшим учеником. Неожиданно после использования Сусаноо Саскэ начинает слепнуть. Сакура исцеляет Карин, а потом нападает на ослабевшего Саскэ, который затем пытается убить её кунаем, но в последний миг появляется Наруто и спасает Сакуру.

Какаси продолжает атаковать Саскэ, но Наруто останавливает Какаси и вступает в схватку вместо него. После этого Наруто рассказывает Саскэ о том, что он также ненавидел Коноху долгое время.

Наруто заявляет о своём решении спасти Саскэ, но Утиха не оставляет мысли о мести за Итати и разрушении Конохи. Появляются Тоби и белая половина Дзэцу. Кунай, которым Сакура собиралась убить Саскэ, был ядовитым, и яд попал в Наруто через царапину. Саскэ и Тоби отступают. Саскэ просит Тоби пересадить ему глаза брата.

Члены АНБУ узнают о смерти Дандзо (т. к. пропадает печать молчания, ранее им поставленная на языки подчинённых). Какаси, Наруто, Сакура, Рок Ли, Киба и Сай возвращаются в Коноху, забирая с собой и Карин. Райкагэ и Киллер Би возвращаются в свою деревню. Вместе с ними туда тайно проникает Кисамэ, ранее подстроивший свою смерть в битве с Киллером Би с помощью Дзэцу.