Дандзо становится Шестым Хокагэ (при этом его полномочия не считаются полностью подтверждёнными до совета дзёнинов). Получив письмо от Райкагэ, он даёт согласие на уничтожение Саскэ как синоби-отступника (нукэнина). Наруто и Сакура узнают о произошедшем, но по совету Какаси решают пока подождать и не действовать активно. В Коноху прибывают синоби из деревни Скрытого Облака. Тоби сообщает команде «Така» о разрушении Конохи и назначении Дандзо, Саскэ решает отправиться на Совет Кагэ дабы там убить нового Хокагэ. В этом их сопровождает белая половина Дзэцу.

Синоби Скрытого Облака пытаются всеми силами добыть информацию о Саскэ. Дандзо поручает Корню АНБУ отыскать Кабуто, опасаясь, что тот знает о его связях с Оротимару. Наруто решает последовать за синоби Скрытого Облака с целью встретиться и поговорить с Райкагэ, надеясь, что тот изменит своё мнение о Саскэ и перестанет считать его преступником. Какаси и Ямато соглашаются сопровождать Наруто.

Наруто получает от Райкагэ отказ в помиловании Саскэ. Сам Саскэ и его команда, сидя в засаде, готовятся к нападению на Дандзо. Начинается совет Пяти Кагэ: между лидерами деревень сразу возникают разногласия. Тем не менее они соглашаются с тем, что для противостояния Акацуки необходимо создание военного альянса. Председатель собрания Мифунэ предлагает Дандзо на роль руководителя альянса.

Сакура, Сай, Сикамару понимают, что им самостоятельно необходимо захватить Саскэ, чтобы тот не стал причиной войны между деревнями. На Совете Кагэ один из сопроводителей Мидзукагэ, Ао, с помощью бякугана узнаёт, что Дандзо пересадил себе сяринган Сисуй Утихи, с помощью которого на собрании контролировал Мифунэ, и разоблачает его. В то же время в зале заседаний появляется Дзэцу и сообщает Кагэ, что в здании находится Саскэ. Тоби перемещается к Наруто, чтобы поговорить с ним.

Сразу после появления Тоби его окружают Ямато и Какаси: первый создаёт деревянную ловушку, а второй готовит на случай битвы Тидори. Однако Тоби утверждает, что не собирается сражаться, а только пришёл чтобы поговорить о Саскэ и Итати. Дандзо полностью теряет доверие других Кагэ. Райкагэ, а затем и Кадзэкагэ со своими помощниками отправляются чтобы сражаться с Саскэ. Младший Утиха при помощи Суйгэцу и Дзюго убивает несколько самураев, после чего готовится вступить в бой с Райкагэ.

Тоби рассказывает Наруто истинную правду об Итати. По его словам, проклятье клана Утиха в том, что цель их жизни — месть. Райкагэ лишается руки. Карин обнаруживает местонахождение Дандзо, а Гаара делает безуспешную попытку в последний раз переубедить Саскэ. Младший Утиха использует третью технику мангэкё сярингана — Сусаноо.

Наруто, Какаси и Ямато решают пока что никому не сообщать о рассказе Тоби-Мадары. Киллер Би, ранее спасшийся от Саскэ на глубине озера, решает на время покинуть своё селение. Саскэ, используя силу Сусаноо, обрушивает колонны здания, тем самым временно блокируя силы Облака и Песка. Суйгэцу и Дзюго чудом удаётся выжить. Карин находит Дандзо и показывает его местонахождение Саскэ.

Перенесённая Мадарой Карин излечивает Саскэ. Тоби рассказывает о своём плане «Глаз Луны»: он планирует воссоздать Десятихвостого монстра, собрав воедино всех бидзю, чтобы, стать его дзинтюрики и увеличив свою силу, создать гэндзюцу на весь мир для его контроля. Он предлагает Кагэ выдать ему двух оставшихся дзинтюрики (при этом Райкагэ узнаёт, что его брат на самом деле на свободе), но лидеры деревень отказываются. Тоби объявляет о начале Четвёртой мировой войны синоби. Кагэ решают создать военный альянс стран.

Сакура признаётся Наруто в любви, однако тот сразу понимает неискренность слов девушки. После неудавшегося признания Сакура вместе с Кибой, Ли и Саем отправляется на поиски Саскэ. Кагэ окончательно формируют военный альянс, его руководителем избирается Эй (Четвёртый Райкагэ). Кисамэ находит Киллера Би и вступает с ним бой.

Ао продолжает преследовать Дандзо, но попадает в ловушку одного из подчинённых последнего, Фу: выбраться из неё он сумел лишь с помощью подоспевшей Мидзукагэ. Кисамэ продолжает бой с Киллером Би: во время него он сливается с Самэхадой, изматывая противника сражением в воде. Однако в последний момент Самэхада, которой настолько понравилась чакра дзинтюрики, отказывается повиноваться Хосигаки. В то же время на помощь подоспевает Райкагэ, и братья вдвоём обезглавливают пытавшегося произнести очередную технику Кисамэ.

Самураи ловят замаскировавшихся Суйгэцу и Дзюго. Сай, вопреки обещанию, рассказывает Наруто о том, что синоби Конохи решили сами расправиться с Саскэ, и что на это готова пойти даже Сакура. Гаара, Тэмари и Канкуро находят Какаси, Ямато, Наруто и Сая и рассказывают о произошедшем на Совете Кагэ. Тоби находит Дандзо, устраняет его подручных Фу и Торунэ и переносит к месту действия Саскэ и Карин. Саскэ готовится начать бой с Дандзо, и выясняется, что в правую руку Хокагэ имплантировано множество сяринганов.

Какаси решает остановить Сакуру, отправившись за ней вместе с клоном Сая. От нервного напряжения у Наруто начинается гипервентиляция лёгких, и он теряет сознание. Начинается бой между Саскэ и Дандзо. Дандзо подтверждает, что Итати уничтожил клан Утиха по приказу старейшин Конохи. Саскэ несколько раз безуспешно пытается убить Дандзо. Во время боя внезапно появляется Итати.

Итати оказывается иллюзией, созданной Саскэ. Сам Саскэ на время парализован печатью, наложенной на него Дандзо во время их столкновения. Карин раскрывает секрет дзюцу Дандзо — Идзанаги (дзюцу сярингана, превращающее любое повреждение, даже смерть, в иллюзию, платой чему является закрытие используемого глаза навсегда). После многочисленных атак у Дандзо на руке остаётся последний глаз. Противники атакуют друг друга.

Дандзо обнаруживает, что казавшийся открытым глаз является созданной Саскэ иллюзией. Утиха наносит ему удар с помощью Тидори, при этом серьёзно ранив Карин. Дандзо вспоминает о том, как он соперничал с Третьим Хокагэ, после чего активирует обратную Печать Четырёх Символов, пытаясь уничтожить всех в радиусе действия техники.

Дандзо умирает, так и не сумев убить Саскэ. Сакура вместе с Саем, Кибой и Ли отправляется на поиски Саскэ. Сакура, решившая разобраться с Утихой самостоятельно, усыпляет всех. Какаси продолжает погоню за Сакурой. Найдя Саскэ, Сакура заявляет, что покинула Коноху и готова присоединиться к команде «Така».

Наруто просыпается после обморока и застаёт около себя Ямато, который говорит, что им с Наруто нужно возвращаться в деревню, а с Саскэ разберётся Какаси. Наруто, прикинувшись спящим, дожидается пока Ямато засыпает и отправляется вслед за Какаси.

Саскэ пытается убить Сакуру, но Какаси отклоняет его атаку и вступает в бой со своим бывшим учеником. Неожиданно после использования Сусаноо Саскэ начинает слепнуть. Сакура исцеляет Карин, а потом нападает на ослабевшего Саскэ, который затем пытается убить её кунаем, но в последний миг появляется Наруто и спасает Сакуру.

Какаси продолжает атаковать Саскэ, но Наруто останавливает Какаси и вступает в схватку вместо него. После этого Наруто рассказывает Саскэ о том, что он также ненавидел Коноху долгое время.

Наруто заявляет о своём решении спасти Саскэ, но Утиха не оставляет мысли о мести за Итати и разрушении Конохи. Появляются Тоби и белая половина Дзэцу. Кунай, которым Сакура собиралась убить Саскэ, был ядовитым, и яд попал в Наруто через царапину. Саскэ и Тоби отступают. Саскэ просит Тоби пересадить ему глаза брата.

Члены АНБУ узнают о смерти Дандзо (т. к. пропадает печать молчания, ранее им поставленная на языки подчинённых). Какаси, Наруто, Сакура, Рок Ли, Киба и Сай возвращаются в Коноху, забирая с собой и Карин. Райкагэ и Киллер Би возвращаются в свою деревню. Вместе с ними туда тайно проникает Кисамэ, ранее подстроивший свою смерть в битве с Киллером Би с помощью Дзэцу.

Пять Великих Стран, сформировав военный альянс синоби, начинают подготовку к войне. Деревня Песка узнаёт о смерти Дандзо. Наруто и остальные возвращаются в Коноху.

Ибики собирается допросить Карин. Какаси собираются утвердить в качестве Хокагэ, но приходит срочное известие — Цунадэ вышла из комы.

Филлерная часть (в середине серии): Майт Гай, предполагая, что Какаси Хатакэ скоро станет Хокагэ, устраивает с ним «последнее» соревнование, целью которого является как можно быстрее добежать до скалы, на которой высечены лица Хокагэ. Выигрывает Какаси.

Цунадэ принимается за активную работу в качестве Хокагэ и созывает военный совет деревни. Тоби пересаживает Саскэ глаза Итати. Великая жаба предсказывает Наруто встречу с Восьмихвостым и юношей «с великой силой в глазах». Наруто получает ключ от печати, удерживающей Лиса в его теле.

Филлерная часть: Конохамару, Удон и Моэги пытаются выяснить у Наруто куда он идёт, Наруто их замечает и пытается от них отвязаться.

Наруто поглощает ключ от печати, контролирующей Девятихвостого. Кабуто находит логово Акацуки и предлагает Тоби свою помощь. В обмен на призыв тел умерших ниндзя с помощью Эдо Тэнсэй и использование их в качестве военной силы, Тоби даёт согласие передать Кабуто Саскэ для использования в своих целях с условием, что он не будет приближаться к Саскэ до окончания Четвёртой мировой войны. Отряд Анко по следам Кабуто находит это же убежище.