Цунадэ докладывают, что посланный на озеро отряд АНБУ исчез вместе с Трёххвостым. Оротимару, которому из-за старения тела становится всё хуже, решает как можно скорее переселить свою душу в тело Саскэ. Однако Саскэ такой вариант больше не устраивает и он начинает против Оротимару бой. Оротимару в виде сплетённых друг с другом змей выходит из своего тела.

Вставка воспоминаний Оротимару о его пути к познанию силы и вечной молодости. Саскэ, используя сяринган, поглощает Оротимару и удерживает его душу и силы внутри себя.

Саскэ освобождает из лаборатории Оротимару Суйгэцу Ходзуки, ученика Дзабудзы. Они узнают у кого в данный момент находится Великий Меч Дзабудзы и с лёгкостью его достают.

Саскэ продолжает собирать Команду. Новый член — Карин, ранее руководившая одной из лабораторий. Суйгэцу по приказу Саскэ освобождает всех заключённых лаборатории.

Цунадэ сообщает Сакуре и Наруто о произошедшем между Оротимару и Саскэ. Карин, Суйгэцу и Саскэ наведываются в тюрьму, где содержится Дзюго, сила которого была использована Оротимару для создания Проклятой Метки, однако тот нападает на них.

Дзюго узнаёт, что его лучший друг Кимимаро мёртв и соглашается вступить в Команду Саскэ «Хэби». Саскэ объявляет, что цель Команды — убийство Итати Утихи.

Две серии рассказывают о молодом Какаси Хатакэ в составе команды будущего Четвёртого Хокагэ Минато Намикадзэ (вместе с Обито Утихой и Рин). Время действия — Третья мировая война синоби. Команда Минато получает задание уничтожить мост Каннаби. Минато и Какаси, Обито, Рин разделяются. Враги захватывают Рин.

Один из захватчиков Рин ранит глаз Какаси, Обито убивает нападавшего. Второй захватчик при появлении Какаси и Обито устраивает в пещере, где содержалась Рин, обвал. Рин освобождена, но Обито смертельно ранен, и он, в качестве подарка Какаси в честь получения тем звания дзёнина, отдаёт ему свой сяринган. Какаси уничтожает второго нападавшего. Миссия по взрыву моста оказывается выполненной.

Кисамэ и Итати Утиха ловят дзинтюрики Четырёххвостого. Лидер Акацуки сообщает подчинённым о смерти Оротимару. Акацуки начинают запечатывание ранее пойманного Трёххвостого бидзю и Четырёххвостого. Команда Саскэ посещает тайный склад оружия клана Утиха. Цунадэ поручает созданной Команде Какаси (Ямато, Наруто, Сакура, Сай, Сино, Киба, Хината) поимку Итати Утихи.

Какаси вызывает своих псов-ниндзя. Способ поиска, предложенный Какаси таков: Команда выбирает общую точку сбора и, разделяясь на группы, включающие синоби и пса-ниндзя, прочёсывает округу в радиусе 5 км в поисках следов Итати или Саскэ Утихи; в случае отсутствия результатов выбирается другая точка сбора. Команда Саскэ и члены Акацуки также занимаются поисками своих врагов. Кабуто пересекается с группой Наруто-Ямато-Хината и передаёт им книгу с накопленной Оротимару информацией об Акацуки и показывает им, что он пересадил себе фрагменты тела Оротимару, содержащие в том числе часть силы злодея. Дэйдара и Тоби нападают на Саскэ.

Дэйдара и Саскэ продолжают упорно сражаться. Вечно вопящий Тоби участия в битве не принимает. Дэйдара вспоминает, как впервые встретился с Акацуки.

Дэйдара создаёт множество микроскопических бомб, способных, попав в тело, уничтожить человека на клеточном уровне. Однако Саскэ, используя сяринган, удаётся выжить. Тогда Дэйдара использует последнюю глину и взрывает себя рядом с Саскэ.

Вспышка от взрыва видна на многие километры. Дзэцу сообщает другим членам Акацуки, что скорее всего вместе с Дэйдарой погибли Саскэ и Тоби. Но, как оказывается, Саскэ в последний момент призвал Манду, короля змей, ранее служившего Оротимару. Змей погиб, но спас Саскэ. На место взрыва прибывают члены Команды Какаси, и Киба по запаху делает вывод, что Саскэ выжил и у него есть своя Команда. В последних кадрах серии показывается, что Тоби, представившийся как Мадара Утиха, жив, и более того является истинным лидером Акацуки.

Дзирайя сообщает Цунадэ об обнаружении месторасположения Пэйна, в Деревне Дождя, и своём желании отправиться туда. Команда Какаси отправляется на поиски следов Саскэ. Отделившийся от своей Команды Наруто обнаруживает в лесу теневого клона Итати Утихи, который недолгое время с ним говорит. В серии кратко рассказывается о родителях Наруто и становится понятно, что отцом главного героя является Четвёртый Хокагэ.

Две серии рассказывают о молодом Дзирайе. В результате неудачного использования техники Дзирайя оказывается в Стране Жаб, и её повелитель делает мальчику Предсказание о том, что ученик Дзирайи станет Великим ниндзя, изменившим весь мир.

Действие происходит во время Второй великой войны синоби. После ужасной битвы Три Великих Саннина встречаются с голодными детьми — Нагато, Яхико и Конан. Дзирайя решает обучать их искусству ниндзя. Из воспоминаний становится понятно, что Наруто — сын Четвёртого Хокагэ, а Дзирайя — его крёстный отец.

Дзирайя проникает в Деревню Дождя и допрашивает двоих её жителей, которые все до единого боготворят лидера Деревни, Пэйна.

Дзирайя вызывает одну из своих жаб и обсуждает с ней ключ, способный снять с Наруто Печать, ограничивающую силу Кюби. Также Дзирайя высказывает мысль, что нападение Девятихвостого на Коноху около 16-ти лет назад могло быть вызвано специально, однако единственный известный синоби, способный контролировать силу бидзю, Мадара Утиха, был побеждён ещё Первым Хокагэ очень много лет назад и едва ли дожил до этого. Дзирайя отправляет в желудке жабы к Ибики одного из ранее захваченных жителей деревни, а второго контролирует своей техникой. Конан, подручная Пэйна, обнаруживает Дзирайю и нападает на него. Появляется Пэйн и называется себя Богом этого мира.

Для сражения с псами Пэйна Дзирайя вызывает гигантскую жабу Гамакэна. Псы уничтожены, однако Дзирайя и Гамакэн подвергаются атакам новых гигантских животных. Дзирайя отпускает Гамакэна обратно в Страну Жаб, после чего призывает двух других жаб и активирует т. н. Режим Отшельника. Пэйн призывает двух человек, странным образом на него похожих.

Дзирайя использует МегаРасэнган, однако один из призванных полностью поглощает это дзюцу. Дзирайя ослепляет второго призванного. Жабы используют мощнейшее гэндзюцу, в результате чего Дзирайя захватывает тройку врагов и убивает их, однако перед смертью те призывают ещё троих ниндзя, и оказывается, что Пэйн — псевдоним шестерых сильных синоби, среди которых Нагато и Яхико. Дзирайя лишается руки. Тройка убитых неведомым образом оживает. Дзирайя недоумевает почему у всех шестерых риннэган, глаза Нагато.

Дзирайя убивает одного из шестёрки Пэйна. Остальные пятеро смертельно ранят Дзирайю. Последняя мысль Легендарного Саннина была о том, что ученик, про которого рассказывало предсказание, это Наруто Удзумаки.

Саскэ осматривает одно из убежищ Акацуки, найденных Дзюго, и встречает там клона Итати, который называет место для их следующей битвы. Команда Саскэ пересекается с одним из клонов Наруто, после чего Наруто узнаёт, где их искать. На пути Команды Саскэ встаёт Кисамэ и говорит, что дальше (для битвы с Итати) пройдёт только Саскэ. Младший Утиха принимает это условие. На пути Команды Какаси встаёт Тоби.

Вставка воспоминаний Итати о днях до и после убийства им членов клана Утиха. Саскэ находит Итати. Итати называет имя третьего ныне живущего обладателя мангэкё сярингана — Мадара Утиха.

Итати рассказывает историю Мадары Утихи и о том, что именно он — основатель Акацуки и ответственен за нападение Девятихвостого на Коноху. Саскэ и Итати начинают сражение.

Итати и Саскэ обмениваются мощными атаками. Итати использует Аматэрасу.

В результате длительной битвы у Саскэ заканчивается чакра, и Оротимару, поглощённый когда-то младшим Утихой, высвобождается. Однако Итати применяет свою самую мощную технику — Сусаноо и пронзает Оротимару мечом Тоцука-но-Цуруги, также известным как клинок Сакэгари (яп. 酒刈太刀 Сакэгари Тати). Итати подходит к Саскэ, щелкает его по лбу двумя пальцами, как он делал это ему в детстве и чрезвычайно истощённый, падает замертво.

Тоби рассказывает Саскэ о давнем противостоянии двух сильнейших кланов — Утиха и Сэндзю, к которым принадлежали основатели Конохи (Мадара Утиха и Хасирама Сэндзю соответственно). Выясняется, что убийство клана Утиха, готовившего в Конохе переворот, было миссией Итати и об этом знали лишь несколько человек — Дандзо, Третий Хокагэ и его советники Кохару и Хомура (старейшины Деревни Листа).

Тоби рассказывает Саскэ историю о том, как Итати стал двойным агентом и затем обратился к нему, Мадаре, с просьбой помочь в выполнении своей жестокой миссии. Тоби отрицает свою причастность к нападению Девятихвостого Лиса на Деревню Листвы 16 лет назад. Саскэ заявляет о переименовании своей команды «Хэби» («Змея») в «Така» («Ястреб») и объявляет главной целью «Ястреба» полное уничтожение Конохи.

Команда Какаси, после неудачных поисков Саскэ, решает вернуться в Коноху. Тоби раскрывает свою истинную личность перед Кисамэ. Мадара Утиха объявляет, что у Акацуки и «Така» есть общие цели, и Саскэ, принимающий предложение Тоби заполучить силу Восьмихвостого бидзю, соглашается с ним. Акацуки, в свою очередь, обязуются захватить Девятихвостого. «Ястреб» выслеживает дзинтюрики Восьмихвостого, Киллера Би, имеющем привычку говорить стихами, и вступают с ним в бой. Суйгэцу и Дзюго проигрывают.

Саскэ начинает сражение против Киллера Би, который серьёзно его травмирует. Карин даёт Саскэ «выпить» часть своей чакры, и смертельные раны синоби затягиваются. Саскэ, Дзюго и Суйгэцу совместно атакуют Киллера Би, однако тот высвобождает чакру Восьмихвостого бидзю и повторно ранит Саскэ. Для спасения своего лидера, Дзюго отдаёт ему часть своей плоти и чакры. Дзинтюрики полностью преображается в Восьмихвостого Быка-Осьминога; Саскэ использует против него свой мангэкё сяринган и Аматэрасу. «Така» захватывает Киллера Би, свидетелями чего становятся двое синоби, которые решают отправиться с докладом о произошедшем к Райкагэ, старшему брату Киллера Би.