Четвёртому Райкагэ сообщают о похищении его брата, Киллера Би, членами Акацуки. Один из двух великих жаб-отшельников Фукасаку прибывает в Коноху с ужасной новостью о смерти Дзирайи. Фукасаку, на чьей спине Дзирайя оставил предсмертное послание, которое предстоит расшифровать, также сообщает о пленённом жителе Деревни Дождя, а также об убитом одном из тел Пэйна, чьё вскрытие предстоит провести.

Мероприятия по вскрытию одного из тел Пэйна и расшифровке послания Дзирайи возглавляют Сидзунэ и Сикамару соответственно. Выясняется, что Курэнай Юхи беременна от ныне погибшего Асумы.

Наруто разгадывает цифровой шифр, оставленный Дзирайей — в виде номеров страниц последнего романа Саннина скрывалась фраза «В действительности настоящего среди них нет». Фукасаку забирает с собой Наруто в Страну Жаб Мёбоку, где начинает обучение того сэндзюцу — использованию природной чакры.

Наруто достигает определённых успехов в сэндзюцу, сумев с его помощью поднять огромную статую жабы. Члены Акацуки обнаруживают, что пойманный командой Саскэ Киллер Би всего лишь клон. Пэйн и Конан отправляются в Коноху с целью захвата дзинтюрики Девятихвостого.

Наруто продолжает совместные тренировки с Фукасаку и овладевает Режимом Отшельника. После похищения Киллера Би его брат, Четвёртый Райкагэ принимает решение созвать Совет пяти Кагэ для противодействия Акацуки.

Пэйн и Конан нападают на Коноху с целью узнать местонахождение дзинтюрики Девятихвостого. В составе команды вскрытия, Сидзунэ определяет, что металл на лице убитого тела Пэйна, — это чакроприёмники. Цунадэ объявляет тревогу и приказывает вернуть Наруто в деревню.

Пэйн и Конан продолжают разрушать деревню в поисках дзинтюрики. Дандзо убивает жабу, которую собиралась послать Цунадэ на гору Мёбоку за Наруто, пытаясь таким образом «защитить его». На пути одного из тел Пэйна встаёт Какаси.

Какаси погибает в сражении с Пэйном, однако участвовавшему в этой битве Тёдзи удаётся передать ценную информацию о противнике.

Во время тренировок у Фукасаку возникают проблемы при попытке объединения чакры сэндзюцу с Наруто — Девятихвостый этого просто не позволяет. Иноити Яманака (отец Ино) узнаёт в одном из тел Пэйна труп, который видел в воспоминаниях пленённого жителя Страны Дождя. В купе с информацией, полученной Сидзунэ это должно стать очень важным для победы над врагом.

Конохамару приходит на помощь своему учителю Эбису, и с помощью Расэнгана одолевает одно из тел Пэйна — Путь Ада. Наруто в это время неудачно пытается овладеть переходом в Режим Отшельника в движении из-за того, что Лис не позволяет Фукасаку слиться с юношей для обмена чакрой сэндзюцу.

Используя полученные сведения, группе расследования Конохи удаётся установить, что тела Пэйна управляются кем-то со стороны. Одно из тел Пэйна извлекает из Сидзунэ информацию о том, где находится Наруто, после чего убивает её. Тела Пэйна, узнав необходимое, покидают территорию деревни и устраивают мощнейший взрыв, разрушивший почти все постройки. На горе Мёбоку узнают, что посыльная жаба Косуки была убита, в то же время очутившаяся недалеко от Конохи Сима понимает, что на деревню напали, после чего призывает Фукасаку и Наруто с сильнейшими жабами клана Гама.

Жители деревни выживают благодаря Цунадэ, отдавшей почти всю чакру Кацую, чтобы та спасла людей от атаки Пэйна. Сама Хокагэ впадает в кому. Прибывшему Наруто удаётся одолеть два тела Пэйна с использованием Режима Отшельника.

Наруто побеждает еще одно тело Пэйна. Мир Бога убивает Фукасаку и приковывает Наруто к земле, после чего рассказывает о причинах почему хочет принести в этот мир боль — чтобы люди, испугавшись её, прекратили войны. Используя полученные ранее сведения, отец Ино догадывается, что ниндзя, руководящий телами Пэйна находится на самой высокой горе возле Конохи.

Хината, рискуя жизнью, приходит на помощь Наруто и признаётся ему в любви, однако вскоре её серьёзно ранит Пэйн. Вид поверженной девушки вызывает у юноши ярость, и в нём пробуждается чакра Лиса.

В процессе битвы с оставшимся телом Пэйна (Миром Бога) у Наруто постепенно появляются четыре, затем шесть, а в итоге восемь хвостов Лиса. Член Акацуки пытается применить против него одну из своих самых мощных техник, Тибаку Тэнсэй, создав гигантскую земляную сферу. Когда Наруто уже был готов снять печать, чтобы высвободить Девятихвостого, в его сознании появляется образ Четвёртого Хокагэ.

Четвёртый Хокагэ, благодаря части чакры, оставленной в мальчике при запечатывании Лиса, рассказывает Наруто, что именно он его отец, а также сообщает, что 16 лет назад Девятихвостым, напавшим на Коноху, управлял член Акацуки в маске. После этого образ Минато восстанавливает печать и исчезает. Наруто принимает свою обычную форму и уничтожает Мир Богов.

Кацую сообщает выжившим, что Наруто одолел Пэйна и идёт к тому, кто управлял им. Наруто находит Нагато, бывшего ученика Дзирайи, но подвергается его атаке. Юноша выдерживает удар и начинает говорить с Нагато, чтобы узнать, почему он и Конан стали такими.

Наряду с 171 серией — филлер, посвящённый выходу в прокат 7-го по счёту анимационного фильма Наруто, «Наруто Сиппудэн: Затерянная башня».

Действие двух серий происходит за один день до начала в Конохе третьего экзамена на звание тюнина. Дзирайя упоминает при Наруто некое «наследство Четвёртого Хокагэ» и мальчик берётся расспрашивать знакомых о том, что это может быть. Подстрекаемые Майт Гаем, он и его друзья отправляются на поиски «наследства». В то же время провалившие первые экзамены гэнины Страны Дождя замышляют атаку на них.

Саскэ с помощью Тидори и других своих боевых навыков удаётся прогнать ниндзя Дождя, а Наруто и его друзья узнают, что под «наследством Четвёртого Хокагэ» подразумевалось любимая фраза Гая о силе юности.

Нагато рассказывает Наруто о том, как во время войны он лишился родителей, познакомился с Конан и Яхико и вместе с ними нашёл троицу легендарных ниндзя, Саннинов.

Нагато вспоминает, как он, Конан и Яхико обучались у Дзирайи. Несколько лет спустя по вине Хандзо, лидера Деревни Дождя, и Дандзо, желавшего добиться поста Хокагэ, погиб Яхико, и тогда Нагато перенимает идею о том, что люди поймут друг друга только после того, как познают боль.

Нагато заканчивает историю о своей жизни. Наруто заявляет, что его дальнейший путь — идти вперёд, не сдаваться, и пытаться изменить мир ненависти, как когда-то хотел сделать сам Нагато, благодаря чьим словам родилась книга Дзирайи — «Сказание о бесстрашном ниндзя». Нагато говорит, что готов поверить в Наруто и его мечты и решает воскресить всех жителей деревни, погибших при его нападении.

Ценой своей жизни Нагато воскрешает всех убитых им в Конохе. Вместе с ними из мира мёртвых возвращаются Фукасаку, Сидзунэ, а также Какаси, встретивший во тьме своего отца и успевший сказать ему слова, которые давно хотел донести до него — о том, что он его понимает и прощает. Конан отрекается от Акацуки и сообщает Наруто, что будет помогать ему как лидер Деревни Дождя. В Конохе Наруто приветствуют как героя.