Наруто и его спутники прибывают на остров в Стране Молний. Перед островом на них нападает гигантский кальмар, но корабль спасает Киллер Би. Позже они заселяются в дом на самом острове. Наруто спешит начать тренировки, но Киллер Би отказывает ему в этом, заявляя, что приплыл на остров по поручению брата только для отдыха. Наруто просит хозяина дома — Мотои, отвести его к тому месту, где тренировался дзинтюрики Восьмихвостого.

Мотои рассказывает Наруто как он дружил с Киллером Би, но после того как в него запечатали Восьмихвостого, Мотои хотел убить Би, но не смог. Наруто отлучается. Ямато и Мотои беспокоятся и идут к Наруто. На Мотои нападает кальмар, однако ему на помощь приходит Киллер Би. Мотои рассказывает ему правду, но Би говорит, что они всё равно остаются лучшими друзьями.

Наруто находит общий язык с Би, и тот соглашается его тренировать и научить контролировать силу Девятихвостого. Вновь подойдя к Водопаду Правды, Наруто побеждает свою тёмную сторону и переходит к следующей тренировке. Пройдя сквозь Водопад, Наруто, Би и Ямато попадают в Зал Очищения, где Наруто, находясь в трансе, попадает в глубину своего сознания и сталкивается с Девятихвостым. Наруто разрушает печать, сдерживающую Девятихвостого, и начинает с ним сражение.

Наруто, продолжая сражение с Девятихвостым, встречает свою мать Кусину Удзумаки, которую путает с истинной формой Девятихвостого, но всё разъясняется. Кусина повествует Наруто о своём трудном детстве, и о том, как она познакомилась с его отцом, Минато.

С помощью матери Наруто удаётся победить Лиса и, забрав часть его силы, овладеть Режимом Лиса. Кусина продолжает рассказывать историю, произошедшую 16 лет назад, — в тот самый день, когда родился Наруто, и Девятихвостый напал на Коноху.

Кусина продолжает рассказывать об этом событии. Сначала Тоби для отвлечения Минато похищает новорождённого Наруто, а затем и Кусину. После извлечения из неё Девятихвостого, Тоби натравливает его на Коноху. Минато вступает в сражение с ним.

Окончание рассказа Кусины. Тоби, потеряв контроль над Лисом, покидает поле боя. Четвёртый Хокагэ запечатывает одну половину чакры Девятихвостого в себя печатью Бога Смерти, а вторую — в Наруто, печатью Восьми Элементов. Кусина и Минато произносят последнее напутствие Наруто на будущую жизнь. Кусина благодарит Наруто и исчезает.

Наруто полностью подчиняет себе Девятихвостого. Он пробует использовать его чакру в Режиме Лиса и замечает, что, помимо Ямато и Киллера Би, в комнате присутствует ещё один синоби. Кисамэ, до этого прятавшийся в Самэхаде, выходит наружу и старается сбежать, открыв дверь Зала Очищения. Тем временем Майт Гай начинает тренировку перед водопадом. Он просит показаться свою внутреннюю сущность, а из водопада выскакивает Кисамэ. Гай успевает атаковать его и задержать, но Кисамэ удаётся уйти и здесь. Киллер Би помогает Гаю догнать Кисамэ и начинается схватка, в которой победу одерживает Гай.

Гай одержав победу доставляет Кисамэ к остальным, где Аоба Ямасиро путём чтения мыслей извлекает из него информацию о том, что когда-то Мадара контролировал все действия Четвёртого Мидзукагэ, Ягуры. Дабы не допустить дальнейшей утечки информации Кисамэ совершает самоубийство: заключает себя в водяную тюрьму, где призванные акулы съедают его тело.

Тоби отправляется в Страну Дождя, чтобы забрать риннэган. Конан вспоминает прошлое: Нагато, Яхико, Дзирайю. Тоби довольно быстро находит её, но Конан отказывается добровольно возвращать риннэган, мотивируя свой поступок верой в Наруто, которому доверился Нагато. Тоби рассказывает, благодаря кому возникла организация Акацуки, и что именно он — Тоби, — дал риннэган Нагато. Конан не верит его словам и уводит Тоби за город на огромное озеро, где начинает бой с разрушительной атаки.

Тоби падает в ловушку из 600 миллиардов взрывных печатей. Конан не даёт ему переместиться и активирует печати. Происходит мощный взрыв. Обессиленная Конан понимает, что на эту технику ушло слишком много чакры, но главное — Мадара мёртв. Однако, Тоби внезапно появляется из-за спины Конан и пронзает её обломком: он сумел выжить с помощью техники Идзанаги. Над Амэгакурэ проясняется небо и появляется радуга. Конан в последний раз нападает на Тоби, но он убивает её.

Кагэ узнают о том что Акацуки обнаружили местонахождение Наруто и Би, к ним отправляются Ооноки, Акацути и Куроцути в качестве подкрепления. Тоби показывает Кабуто копию Хасирамы Сэндзю, заключённого в Статую Демона, и армию из 100 000 белых Дзэцу созданных Тоби с помощью чакры семи захваченных бидзю. Кабуто и воскрешённый Дэйдара отправляются на остров чтобы захватить оставшихся двух дзинтюрики, но по пути на остров они сталкиваются с Ооноки и его помощниками и те начинают с ними сражение.

Дэйдара и Кабуто продолжают сражение с Ооноки, Акацути и Куроцути. В ходе битвы Куроцути удаётся загнать Кабуто в ловушку. Ямато, Аоба и Мотои приходят к ним на подмогу.

Наруто Удзумаки, Киллер Би, Аоба и Мотои возвращаются в Деревню Скрытого Облака, вместе с Цутикагэ, который несёт Остров-черепаху по воздуху, Куроцути и Акацути. Совет Кагэ образовывает союзные войска синоби, во главе которых стоят: правая рука Райкагэ — Даруи, Кицути из Скрытых Скал, Какаси Хатакэ, Мифунэ, даймё Страны Железа, и Кадзэкагэ Гаара.

Продолжение воспоминаний. Наруто, Саскэ и Сакура принимают участие в экзамене на звания тюнина и в первой же битве им приходится сражаться с Оротимару.

Продолжение воспоминаний. Саскэ вступает в бой с Гаарой. Ему на помощь приходят Наруто и Сакура. Сакуру берут в заложники, но Наруто, не собираясь проигрывать, призывает Гамабунту для боя с Сюкаку, которого освободил Гаара. Действующие члены Акацуки, Итати Утиха и Кисамэ Хосигаки, появляются в окрестностях Деревни Скрытого Листа, чтобы захватить Наруто, но в их планы вмешивается один из трёх легендарных Саннинов — Дзирайя.

Конец воспоминаний. Битва Наруто и Саскэ в Долине Завершения.

В армии Союзных Сил начинается конфликт: несмотря на единство всех перед лицом опасности, у синоби из разных деревень остаётся неприязнь друг к другу. Гаара произносит пламенную речь, краткий смысл которой состоит в следующем — им следует забыть прошлое, ведь в прошлом он сам был машиной для убийств, но его спас Наруто, которому сейчас грозит гибель, и которого необходимо защитить.

Отряд Канкуро встречается с диверсионным отрядом, в состав которого входят Сасори, Дэйдара и другие воскрешённые синоби. Начинается битва. 1-й отряд отделяется от 4-го и идёт по своему пути, а тем временем Сай сталкивается со своим названным братом Сином, с которым ему придётся сразиться.

Сай вспоминает о том как он и Син были братьями. Отряд Канкуро побеждает Сасори и Сина, а Дэйдару захватывают в плен.

Тоби приказывает Кабуто рассказать ему всю правду об Эдо Тэнсэй, и тот рассказывает. Наруто с помощью Киллера Би начинает тренировку своих новых способностей.

Полк Какаси вступает в бой с ниндзя, в числе которых состоят Хаку, Дзабудза Момоти, Гари и Пакура. В самый разгар боя с помощью Эдо Тэнсэй призывается последнее поколение Семи мечников Тумана.

Суйгэцу и Дзюго выбираются из тюрьмы. Полк Какаси продолжает сражение с воскрешёнными синоби. Хаку и Дзабудзу удаётся победить. Второй отряд продолжает сражение с клонами Дзэцу. Один из таких клонов копирует чакру Нэдзи. Четвёртый отряд сталкивается со Вторым Цутикагэ Му.

Сикаку Нара основывает мудрый план противостояния армии мертвецов Эдо Тэнсэй. Полк Даруи готовится принять бой против Какудзу, Асумы, Хидзаси, Дана и братьев Кинкаку и Гинкаку. Гаара готовится вступить в бой против четвёрки воскресших Кагэ: его отец, Четвёртый Кадзэкагэ, замечает его. Кицути и его дивизия продолжают сражения против Дзэцу.

Чёрный Дзэцу готовится к нападению на укрытие даймё. Ооноки и Гаара решают вступить в бой против воскресших Кагэ. Отряд Мифунэ пересекается с Хандзо, Тиё, Кимимаро и Тюкити. Даруи начинает бой против Кинкаку и Гинкаку. Дан, Асума, Какудзу и армия Дзэцу атакует берег, охраняемый Первой Дивизией. Хидзаси сражается против своего брата. Мэй и Тёдзиро транспортируют даймё.

Даруи вступает в бой против братьев Кинкаку и Гинкаку. Во время боя братья, используя сокровища Рикудо Сэннина, запечатывают подчинённых Даруи: Самуи и Ацуи. Даруи вводит братьев в заблуждение и запечатывает Гинкаку. Разъяренный Кинкаку использует чакру Девятихвостого и атакует Даруи.

Наруто продолжает изучать Бомбу Хвостатого (яп. 尾獣玉 Бидзю:дама, «Шар хвостатого зверя») при помощи Киллера Би, но во время тренировки Наруто почувствовал чакру Девятихвостого в Кинкаку. Ино, Сикамару и Тёдзи помогают Даруи запечатать Кинкаку с помощью Янтарного Кувшина Очищения. После этого они готовятся вступить в бой против Асумы и Какудзу.

Серия, посвящённая выходу в прокат 9-го по счёту анимационного фильма Наруто, «Наруто: Путь ниндзя».

Мифунэ начинает сражение с Хандзо, а Кимимаро и Тиё против самураев. После долгих воспоминаний о старом сражении с Мифунэ, Хандзо сдаётся, и его запечатывают.

Сикамару, Ино и Тёдзи начинают сражение с Асумой. Тёдзи готовится перейти на новый уровень.

Сикамару, Ино и Тёдзи побеждают Асуму.

Наруто догадывается, что от него что-то скрывают, и сбегает с тренировок. Его останавливает отряд во главе с Сиби — отцом Сино. Сбежав от них, Наруто замечает письмо от учителя Ируки, скрытое в своей налобной повязке. Киллер Би даёт Ируке обещание, что будет защищать Наруто до конца, и отправляется вслед за ним. Вместе они пробивают барьер и покидают остров.