Проходит совет военного альянса синоби, на котором принимается решение изолировать Наруто и Би с целью защиты их от Акацуки на острове в Стране Молнии. Цунадэ просит Райкагэ о том, чтобы Би научил Наруто контролю бидзю. Под видом суперсекретной миссии Цунадэ отправляет Наруто на остров вместе с командой сопровождения.

Наруто, Ямато, Гай и Аоба Ямасиро отправляются в порт, чтобы сесть на корабль до Скрытого Облака. Прибыв на место, они узнают, что моряки не хотят выходить в море из-за огромной рыбы-меч, призванной ещё в Третьей мировой войне синоби и не дающей плыть судам. В бою с ней они встречают Юсукэ, сына рыбака, погибшего при её отлове. Команда решает помочь ему отомстить. Вместе им удаётся поймать рыбину и отправить туда, откуда она была призвана.

Наруто и его команда останавливаются на острове, где встречают Сакуру, Ино и Тёдзи которых послала Цунадэ за лечебными травами. Они сталкиваются с синоби из Бэнису, которые хотят продать эти травы, но они отказываются платить. Достав целебной грязи, торговцы попадают к гигантской ящерице. Наруто побеждает ящерицу и спасает торговцев. В знак благодарности торговцы отдают им целебные травы даром. Наруто направляется дальше в путь, а Сакура и её команда возвращаются в Коноху.

Ямато рассказывает Наруто легенду о корабле-призраке на котором живут мертвецы. Они сталкиваются с этим кораблём, но на борту никого нет кроме мальчика Хисяку, которого встретил Наруто. Он рассказывает что вся команда этого корабля погибла от гигантского краба. Краб нападает на корабль, но Наруто и Хисяку побеждают его. Позже выясняется что Хисяку был привидением, а корабль-призрак существует.

На Наруто и его команду нападают пираты. Капитан пиратов забирает его повязку и готов убить его, однако Наруто спасает его команда. Попав под остров через пещеру на подводной лодке, сооруженной капитаном Ямато, Наруто находит тетрадь, в которой написано, что этот остров захватили эти же пираты и убили всех его жителей. Наруто клянётся отомстить за них. Позже он побеждает всех пиратов и возвращает свою повязку.

Во время шторма на корабль нападает огромная птица и уносит в когтях Гая. Команда отправляется за ним и высаживается на острове, населённом животными призыва. Выясняется, что это результат работы учёных-генетиков, которые погибли от ими же созданного «идеального призываемого животного». После разгрома базы учёных монстр впал в спячку, но вот-вот должен пробудиться. Наруто и его спутникам предстоит отправить чудовище в небытие.

Серия посвящена воспоминаниям Гая о том, как он узнал, что Рок Ли — гений Пьяного кулака.

Запасаясь провизией перед двухнедельным плаванием по «Пути молчания», Наруто принимает в подарок от незнакомца странный гриб. Позже он размножается и прорастает по всему кораблю, уничтожая всю провизию и воду во время плавания. Наруто и Гай от сильного голода съедают все грибы и начинают драку друг с другом, в ней побеждает Наруто. Но в итоге Наруто с помощью призыва достаёт еду из Страны Жаб и мстит высадившимся на корабле пиратам, во главе которых был тот самый торговец, который дал Наруто гриб, рассчитывавшим на лёгкую наживу умерших от голода героев.

Теневые клоны перестают слушаться Наруто, они берут его в плен и поднимают бунт на судне.

Сикамару и Тэн-Тэн отправляются на помощь к Наруто и его команде. Они попадают в туман, где образуются рифы и гигантский водоворот. С помощью Сикамару им удаётся выбраться из ловушки и победить бандитов, соорудивших её.

Нэдзи был назначен Хиаси командующим клана на передовой, что вызвало сомнения многих членов Клана. Тэн-Тэн организовывает девичник и приглашает Сакуру, Хинату и Ино, позже к ним присоединяются Цунадэ и Сидзунэ. В этом же ресторане организовывают мальчишник парни. Все они разговаривают о Наруто, мировой войне, вспоминают прошлое. Возвращаясь домой, Хината говорит Нэдзи, что хочет стать ещё сильнее и что только благодаря Наруто она достигла многого. Нэдзи отвечает, что она и так сильная, и он сам благодаря Наруто стал свободным. На следующий день, во время тренировки с Нэдзи, Хината говорит, что не имеет значения из какой кто ветви, и её отец сделал правильное решение, назначив Нэдзи командиром.

Наруто и его команда сталкиваются с бандитом Банной, который выдаёт себя за Наруто. Наруто побеждает Банну, но того выручает сообщник Игги, выдающий себя за охранника. Позже Банну захватывают наёмные ниндзя, и Игги не может спасти его. Он обращается за помощью к Наруто. Сначала тот ему отказывает, но позже приходит на подмогу, после того как видит, что они настоящие друзья, и они вместе побеждают наёмников и выручают Банну.

Серия посвящена тому, как Конохамару хотел вступить в армию и отправиться на войну.

Куноити ищет ученика Дзирайи, чтобы тот дрался с девушкой и в случае победы женился на ней. Наруто убеждает девушку искать свою настоящую любовь.

Серия посвящена воспоминаниям Сино о его составе в команде № 8.

Серия посвящена воспоминаниям Тэн-Тэн о том, как она хотела стать похожей на Цунадэ.

Серия посвящена отдыху Сая, которого настиг творческий кризис, и его воспоминаниям о дружбе с Наруто и Сакурой.

Серия посвящённая троице Ино-Сика-Тё. В ней вечный гэнин Косукэ рассказывает Сикамару, Тёдзи и Ино о том, как их отцы спасли ему жизнь.

Киба завидует Наруто, считая его сильнее себя. Киба просит Какаси о совместной тренировке, но взамен сэнсэй призывает псов-ниндзя. После нескольких неудачных попыток сражения с ними, Киба сдаётся и уходит с тренировки. Хината рассказывает, как Наруто, путём долгих тренировок, однажды смог превзойти рекорд Кибы в детской гонке. Киба решает брать пример с Наруто и побеждает призванных псов.

В начале серии Цунадэ сообщает Какаси, что он возглавит объединенные войска пяти стран. После чего их чуть не убивает черепашка Гая с сообщением SOS. Позже Гай рассказывает Наруто как начиналось их соперничество с Какаси. Затем появляется Какаси, но Гай думает что он враг, замаскированный под Какаси и они начинают сражаться. Но потом всё разъясняется и Какаси возвращается в деревню, а Наруто, Гай и Ямато продолжают путь в Страну Молнии.