L'episodio si colloca un anno dopo le vicende narrate nel film Stargate, quando il portale rimasto inutilizzato in una base militare si attiva improvvisamente e da esso fuoriescono creature aliene agli ordini di Apophis, un goa'uld della stessa razza del defunto Ra, che uccidono alcuni soldati e rapiscono una soldatessa.

Il programma Stargate viene riattivato agli ordini del generale George Hammond, che fa richiamare in servizio il colonnello Jack O'Neill e lo invia su Abydos assieme al capitano Samantha Carter con il compito di trovare il professor Jackson, la cui moglie Sha're viene rapita dai goa'uld poco dopo.

I soldati riescono ad arrivare sul pianeta Chulak, dove Apophis vuole usare Sha're come ospite per sua moglie; vengono fatti prigionieri ma riescono a liberarsi grazie all'aiuto di Teal'c, una delle guardie di Apophis ribellatasi al suo padrone. Ritornano sulla Terra, ma lasciano i loro cari nelle mani dei loro nemici

Colonel O'Neill, leading the new SG-1, track Apophis back to the planet Chulak to rescue Sha're and Skaara, and befriend one of Apophis' Jaffa guards.

Il comandante della SG-2 Charles Kawalsky soffre di una terribile cefalea, causata da un giovane goa'uld penetrato nel suo cervello. Piuttosto che subire questa orribile intrusione, che gli fa perdere qualsiasi coscienza e volontà Kawalsky si sottopone ad un delicato e pericoloso intervento neurochirurgico di rimozione che purtroppo non avrà successo e il maggiore morirà dopo un duro scontro con Teal'c il quale, per ordine del presidente degli Stati Uniti, diventa ufficialmente il nuovo componente della SG-1.

Sul pianeta Simarka la squadra SG-1 incontra gli Shavadai, abili e fieri guerrieri che però considerano le donne inferiori agli uomini e le assoggettano a pesanti restrizioni. Il capitano Carter si trova invischiata nei conflitti fra i capi guerrieri e la sua lotta contro le regole e pregiudizi diventa un vero e proprio duello per la vita.

Jack O'Neill e la sua squadra arrivano sul pianeta P3X-797 e scoprono che è diviso in due zone: in una, illuminata, abitano gli Intoccati, organizzati in una civiltà simile all'età del bronzo; nell'altra, perennemente oscura, vivono allo stato primitivo i Posseduti, ominidi aggressivi e selvaggi. Al ritorno alla base i membri della squadra portano con sé un virus che rischia di trasformare tutti i membri della base in Posseduti.

La squadra SG-9 è scomparsa. Inviato ad indagare, l'SG-1 scopre che Jonas Hanson, comandante della squadra dispersa, nonché ex fidanzato di Sam, ha sfruttato le sue conoscenze tecnologiche per soggiogare brutalmente la primitiva popolazione del pianeta, recitando la parte di una divinità. L'SG-1 smaschererà l'inganno, ma non riuscirà a salvare Hanson dal suo delirio di onnipotenza.

Durante l'esplorazione di un nuovo pianeta, il cui suolo è disseminato di cristalli frantumati, Jack O'Neill ne trova uno intatto e viene colpito da una scarica d'energia che lo tramortisce. Un duplicato di O'Neill, rientrato sulla Terra assieme alla squadra ignara dello scambio, prende ad interessarsi della vita privata del colonnello, ed in particolare della sua ex-moglie e del figlio morto in un incidente.

I membri della squadra SG-1, andati ad indagare sull'esistenza di una forma di vita capace di rendersi invisibile, vengono attaccati ed uccisi dai Jaffa di Apophis, che si trova sul pianeta per lo stesso motivo. Ma sono riportati in vita dai Nox, un popolo dotato di poteri magici, ma di indole gentile ed ingenua, che l'SG-1 dovrà proteggere da Apophis e da se stessi.

Sul pianeta Argos, Jack O'Neill ed i suoi uomini scoprono una società apparentemente felice e dedita ai festeggiamenti, che però soffre di un invecchiamento accelerato. Sedotto da una donna del posto, O'Neill prende anch'egli ad invecchiare rapidamente, mentre il resto della squadra torna sulla Terra per cercare una soluzione.

Gli uomini dell'SG-1 arrivano a Cimmeria, dove Jack O'Neill e Teal'c vengono risucchiati in un labirinto e si scontrano con un Unas, una creatura che è stata la prima ospite per i Goa'uld. Qui si trova anche il martello di Thor, un'arma degli Asgard progettata per distruggere i Goa'uld.

Visionando alcuni vecchi filmati Daniel Jackson intuisce che nel 1945 lo scopritore dello stargate professor Langford riuscì a inviare il suo assistente Ernest Littlefield attraverso il portale, senza fare più ritorno. l'SG-1 parte sulle tracce di Littlefield assieme alla figlia del professore Catherine Langford, allora fidanzata del giovane assistente scomparso.

Teal'c rivela all'SG-1 di aver abbandonato sua moglie e suo figlio sul pianeta Chulak, e di volerli ricontattare. Il generale Hammond organizza una spedizione allo scopo di salvare il piccolo Rya'c, che ha raggiunto l'età per ricevere un simbionte Goa'uld.

Daniel Jackson viene ritenuto morto in missione, mentre è in realtà tenuto prigioniero dall'alieno anfibio Nem, un Oannes, che ha manipolato e suggestionato il resto della squadra inculcando loro falsi ricordi per evitarne il ritorno sul pianeta. L'alieno crede che Jackson sia un servitore dei Goa'uld e che possa sapere qualcosa sulla scomparsa della sua compagna, avvenuta 4000 anni prima nella città di Babilonia.

In un sito archeologico in Messico viene liberata per caso Hathor, la madre di tutti i Goa'uld e moglie di Ra. Infiltratasi nel Comando Stargate, inizia a soggiogare e manipolare i soldati di sesso maschile, mentre le donne sembrano immuni ai suoi metodi. Lo scopo di Hathor è quello di dare alla luce un nuovo tipo di larva Goa'uld, usando il colonnello O'Neill come ospite.

Una strana malattia ha ucciso tutti gli abitanti del pianeta P8X-987, tranne una bambina di nome Cassandra, che viene portata sulla Terra. Samantha Carter si affeziona rapidamente alla piccola, rimanendo sconvolta quando scopre che la bambina potrebbe essere stata usata dai Goa'uld come cavallo di Troia per trasportare una bomba all'interno del proprio corpo.

Durante una missione Teal'c viene arrestato per aver ucciso un uomo mentre era agli ordini di Apophis e sottoposto al Cor-ai, un processo in cui l'accusatore è anche giuria e giudice. Viene condannato a morte, ma poco prima dell'esecuzione le truppe di Apophis attaccano il pianeta e Teal'c salva gli abitanti del luogo.

Il colonnello Jack O'Neill e la sua squadra arrivano sul pianeta Tollan, dove regnano morte e distruzione. Il team porta sulla Terra un gruppo di sopravvissuti tecnologicamente evoluti, i quali però non desiderano condividere le proprie conoscenze, per timore che vengano male impiegate. L'intelligence militare tenta di costringerli a collaborare, ma l'SG-1 non condivide i metodi adottati e riesce a trovare una collocazione temporanea per i sopravvissuti.

Un incidente al DHD dello stargate causa il mancato rientro di Jack O'Neill e Samantha Carter, che si ritrovano feriti e dispersi su un pianeta ghiacciato, a breve distanza da un portale non funzionante. Dopo estenuanti ricerche Daniel Jackson riesce ad intuire l'esistenza di un secondo stargate sotto i ghiacci dell'Antartide.

La squadra SG-1 in missione viene colpita da una misteriosa energia e soccorsa da un solitario nativo che afferma di averli guariti e migliorati. Ma una volta ritornati sulla Terra i componenti si accorgono di essere stati modificati e trasformati in robot. Ritornano quindi sul pianeta per affrontare colui che li ha omaggiati di un così discutibile dono, per scoprire che anch'egli condivide la loro stessa sorte.

Un manufatto di origine aliena trasporta Daniel Jackson in una realtà parallela, nella quale egli non è membro della SG-1 ed il programma Stargate è condotto da Catherine Langford. In questo universo i Goa'uld stanno attaccando con successo la Terra e le loro truppe guidate da Teal'c si preparano a sferrare l'ultimo assalto al Comando Stargate. Jackson riuscirà a tornare alla sua realtà portando con sé le preziose coordinate che indicano da quale pianeta è partito l'attacco alla terra dell'universo alternativo, consapevole che molto probabilmente un simile attacco potrebbe avvenire anche nella sua realtà.

Il senatore Kinsey è incaricato di svolgere indagini sull'attività della sezione Stargate, in vista di una chiusura della base. Infatti il senatore è convinto che il programma sia in realtà una montatura dei militari per ottenere ingenti finanziamenti dal governo. Inutili sono le narrazioni delle minacce sventate dalla squadra e gli avvertimenti di Daniel Jackson, che continua a sostenere che un attacco dei Goa'uld sia imminente.

Mentre Daniel Jackson tenta di convincere suoi compagni dell'imminenza di un attacco dei Goa'uld, il senatore Kinsey riesce a far chiudere lo Stargate, ma ciò non impedisce che la squadra SG-1 passi attraverso il portale contravvenendo agli ordini. I quattro si ritrovano catapultati in una astronave Goa'uld diretta contro la Terra al comando del figlio di Apophis Klorell, che è ospite del corpo di Skaara, un tempo amico di O'Neill. La nave viene minata ma parte della squadra viene catturata. Il destino della Terra dipende dai due compagni rimasti liberi e dall'opposizione di Skaara al controllo del suo ospite.

Il figlio di Apophis Klorel, ospite del corpo di Skaara sta per attaccare la Terra, ma in sprezzo degli ordini ricevuti a bordo si trova la squadra SG-1, che ha minato la nave. L'arrivo di Apophis stesso a bordo di una seconda nave rende necessaria una modifica dei piani. l'SG-1 viene catturato, ma liberato da Bra'tac, un Jaffa al servizio di Klorell ed amico di Teal'c, che ha in progetto di far combattere le due navi Goa'uld fra loro. Nel frattempo gli attacchi missilistici terrestri sono inefficaci e generale Hammond sta evacuando la base attraverso lo stargate.

Durante una missione il capitano Samantha Carter viene aggredita da un simbionte Goa'uld che penetra nel suo organismo attraverso la bocca. Posseduta dal suo ospite, Carter tenta di dissimulare la situazione ma viene scoperta dalla piccola Cassandra ed catturata. Rivela così di chiamarsi Jolinar e di appartenere ad una fazione ribelle dei Goa'uld denominata Tok'ra, che si oppone ai Signori del Sistema. Ma sulle sue tracce si trova un cacciatore assassino, che per uccidere Jolinar non si farà fermare da scrupoli per la vita di Carter.

I membri dell'SG-1 soccorrono un uomo in fuga, ma scoprono troppo tardi che si tratta di un criminale inseguito dalla giustizia, e vengono reclusi nella prigione sotterranea di Adante, la cui unica uscita è uno stargate privo di DHD.

La squadra di O'Neill è in missione in un gradevole mondo verde, i cui abitanti sono però inconsci e collegati a strane macchine. La squadra stessa viene catturata e connessa a questi dispositivi, che li precipitano in una realtà virtuale in cui vivono ripetutamente esperienze traumatiche del loro passato, mentre un misterioso personaggio, il Guardiano, tenta di convincerli di riscrivere i fatti accaduti. Il team rifiuta di partecipare a questo gioco e viene rimandato sulla Terra, dove fa rapporto al generale Hammond. Ma il generale si comporta in modo strano, ed in effetti la SG-1 sta ancora vivendo una esperienza virtuale.

In una missione su P3R-636 Daniel Jackson salva la vita della Principessa Shyla, ma per un malinteso viene condannato da Re Pryus, ai lavori forzati nella miniera di Naquadah insieme alla squadra SG-1.

O'Neill ed i suoi uomini rispondono ad una chiamata di soccorso proveniente da Cimmeria: la squadra SG-1 scopre che i Goa'uld stanno per invadere il pianeta. L'unico modo per salvare i Cimmeriani è trovare la Sala del Potere di Thor.

Durante l'esplorazione di un nuovo pianeta, la squadra SG-1 riporta un oggetto sferico di metallo che potrebbe contenere delle preziose informazioni. Quest'ultimo aggredisce O'Neill e comincia a nutrirsi delle infrastrutture del Comando Stargate.

Bra'tac torna sulla Terra per comunicare a Teal'c che suo figlio è stato rapito da Apophis. Costui pensa di servirsi del piccolo per immettere sulla Terra un'arma biologica dagli effetti devastanti.

Su Abidos, Daniel ritrova Kasuf e la moglie Sha're, la quale aspetta un figlio da Apophis. Inoltre sul pianeta arrivano le truppe di Heru-ur, uno dei più acerrimi nemici di Apophis. Sulla Terra O'Neill viene avvicinato da un giornalista, il quale dichiara di essere a conoscenza dell'esistenza dello stargate.

Teal'c viene assalito da una specie estremamente aggressiva di insetti giganti. Sulla Terra, il suo DNA comincia a subire dei profondi mutamenti, allo scopo di costringere il suo corpo a produrre nuovi insetti.

Sam ha una visione che la porta a conoscere l'ubicazione di un gruppo di Tok'ra. Hammond organizza una spedizione, ma l'incontro con i Goa'uld ribelli non è dei migliori.

Sam pensa di chiedere al padre morente di diventare il nuovo ospite per Selmak, un tok'ra morente. Jacob accetta. Ma bisogna fare in fretta perché un tok'ra traditore ha venduto i suoi amici ai Goa'uld.

Su un pianeta dove vive una tribù d'origine indiana, i Salish, è stata scoperta la presenza di un minerale molto raro e utile all'SGC, il Trinium, cento volte più leggero e resistente dell'acciaio. Quando le squadre SG chiedono di estrarre più minerale di quello che è naturalmente possibile raccogliere dai letti dei fiumi gli indigeni consultano gli "spiriti", presenze per loro fonte di ispirazione e devozione, i quali vieteranno ulteriori estrazioni del minerale.

Dal pianeta Madrona viene sottratto un manufatto in grado di controllare il clima e la squadra SG-1 è accusata del furto.

O'Neill viene in contatto con un manufatto alieno che gli trasferisce le conoscenze degli Antichi, coloro i quali hanno costruito la rete degli stargate. In seguito il colonnello incontra gli Asgard, una delle quattro razze più potenti della Via Lattea.

Mentre cercano di salvare un gruppo di ufficiali dell'SGC da un buco nero, i membri dell'SG-1 e l'intero pianeta Terra vengono minacciati dalla potente forza gravitazionale del buco stesso.

Daniel Jackson cade vittima di un dispositivo che trasferisce la sua coscienza nel corpo di un altro uomo, di nome Ma'chello, che si trova in punto di morte. Ma'chello ha speso molti anni della sua vita a combattere i Goa'uld ed ora vuole continuare a vivere a spese di Daniel.

Apophis chiede asilo al Comando Stargate dopo essere stato catturato e torturato da Sokar, un altro Signore del Sistema. La presenza del nemico scatena reazioni contrastanti fra i membri della squadra.

Un piccolo aereo telecomandato, chiamato UAV, in ricognizione, si schianta, danneggiando una pianta, su un pianeta abitato da strani umanoidi dipinti a strisce bianche, che ripetono muti, con simpatia ogni gesto che la SG-1 fa. La pianta vive in simbiosi con gli alieni ed emette ultrasuoni che li mantiene in vita ma dopo lo scontro con l'UAV, l'ultrasuono si è alterato, provocando una malattia mortale negli alieni ed una emicrania nei terrestri, che fa litigare O'Neill e Jackson in modo insolito.

Un ragazzino si presenta al Comando Stargate e preannuncia l'imminente invasione da parte dei Re'tu (una razza non umanoide in conflitto con i Goa'uld).

Prima di un normale viaggio attraverso lo stargate il generale Hammond consegna a Carter un misterioso biglietto. Dopo essere giunti a destinazione i quattro si accorgono di trovarsi nel passato, esattamente nel 1969.

Risvegliatosi da una sospensione criogenica, O'Neill scopre che sono trascorsi 79 anni. Il colonnello ben presto capisce di essere, insieme a Daniel e Sam, prigioniero dei Goa'uld, i quali vogliono ottenere informazioni. Durante la fuga i tre vengono bloccati da Hathor...

O'Neill, Carter e Jackson sono prigionieri sul pianeta di Hathor, mentre su Chulak, Teal'c sta cercando di organizzare una nuova armata di jaffa. L'unica speranza di salvezza per gli uomini dell'SG-1 è l'intervento di Hammond.

L'SG-1 viene mandata alla ricerca del Signore del Sistema Seth, che ha trovato rifugio nello Stato di Washington ed è a capo di un nuovo culto religioso. La squadra cade però vittima del Nish'ta, un agente biologico virale, ipnotizzante.

I Signori del Sistema goa'uld stanno pianificando un attacco alla Terra e Thor offre il suo aiuto per negoziare un trattato di non aggressione. Vengono inviati Yu, Nirrti e Cronus ma Nirrti sabota il negoziato. Sam viene promossa a maggiore.

Al ritorno da una missione Daniel mostra segni di squilibrio mentale, con allucinazioni uditive e visive a causa della tecnologia anti-Goa'uld progettata da Ma'chello. Per caso vengono infettati anche la dottoressa Fraiser, Carter e O'Neill.

Sul pianeta Orban i bambini sono molto intelligenti a causa della nanite, una nanotecnologia che viene iniettata loro alla nascita. I bambini vengono strumentalizzati per acquisire e condividere la conoscenza ma non conoscono nessun tipo di svago o gioco e O'Neill rischia la corte marziale per portare una di loro, Merrin con lui fuori dalla base, per insegnarle i giochi dei bambini e i loro disegni.

Carter e Kawalsky di una realtà alternativa fuggono dal loro universo, dove la Terra è invasa dai Goa'uld e tramite lo specchio quantico si ritrovano nell'Area 51 di questa realtà. L'SG-1 offre loro il suo aiuto per far sì che nella loro realtà essi possano contattare gli Asgard e da essi farsi aiutare contro i Goa'uld.

Un cacciatore di taglie alieno, Aris Boch, che deve catturare un goa'uld di nome Kel'tar, per ordine del malvagio Signore del Sistema Sokar, chiede l'aiuto della squadra SG-1. In realtà Kel'tar è un Tok'ra di nome Korra.

L'SG-1 arriva su un pianeta simile alla Terra dell'epoca cristiano-medievale e salva Mary, una donna lasciata incatenata ad un palo nella piazza del villaggio, offerta in sacrificio a Sokar attraverso il suo demone Unas. L'SG-1 deve convincere gli indigeni a ribellarsi e liberare per sempre il villaggio dai demoni.

L'SG-1 arriva in un campo d'addestramento militare in cui alcuni soldati si addestrano a combattere con armi terrestri nell'attesa del ritorno di Apophis. In realtà Apophis è morto, ma i soldati non lo sanno ancora. Per errore iniziano ad usare le armi confiscate all'SG-1.

Durante una missione di salvataggio, Teal'c uccide Amonet per salvare la vita del dottor Jackson, che non crede alla morte di sua moglie Sha're finché non ne vede il corpo privo di vita, e, infuriato, dà le dimissioni dal Comando Stargate. La donna continua a fargli visita in sogno e lo sprona a perdonare Teal'c e tornare al Programma Stargate allo scopo di ritrovare suo figlio: l'Harcesis.

Sul pianeta Vyus gli abitanti sono stati colpiti dal Vorlix, un'amnesia retrograda di massa, causata da un filtro per l'eterna giovinezza ideato da una scienziata pazza di nome Linnea. La donna è una vecchia conoscenza dell'SG-1 ma come tutti gli altri ha perso la memoria e finisce con l'innamorarsi del dottor Jackson.

Jacob Carter e il suo simbionte Selmak, sono prigionieri di Sokar, e portati su una luna-prigione chiamata Ne'tu, l'Inferno. L'SG-1, guidata dal Tok'ra Martouf, tenta di infiltrarsi nella prigione per liberarli, ma solo Jolinar riuscì a scappare da quell'inferno Sam si trova a doversi confrontare con quel triste e ben nascosto ricordo.

Su Ne'tu la squadra viene catturata da Apophis, redivivo con il sarcofago. Apophis è determinato ad uccidere Sokar e riprendere il potere. I Tok'ra riescono però a distruggere Ne'tu uccidendo Sokar. La vita della squadra è salva, ma anche quella di Apophis.

Il comando SG è invaso da alieni, che, per mezzo di un disco elettronico, diventano sosia dei militari. Teal'c è il primo ad accorgersene e risveglia il maggiore Carter per cercare aiuto fuori della base. I membri dell'SG-1 devono riporre le loro speranze sull'unica persona di cui non si fidano affatto, il colonnello Maybourne.

Il Tollan Narim informa l'SG-1 che il simbionte goa'uld Klorel è precipitato con un aliante della morte sul pianeta, e che verrà processato per mezzo di un'antica cerimonia di giustizia, la Triad, che giudicherà quale personalità avrà per sempre il controllo del corpo di Skaara. Per far valere le proprie ragioni Skaara chiama in aiuto il suo amico O'Neill.

Dopo essere partiti nell'esplorazione di un pianeta, P4X-884, i membri dell'SG-1 ritornano senza alcun ricordo della loro permanenza sul pianeta. Vengono controllati e si scopre che hanno ricevuto alcuni impianti mentali; successivamente le loro menti vengono invase da un essere bizzarro e curioso, Urgo, il quale rivela loro che, se disattivati erroneamente, gli impianti potrebbero causare la loro morte. La squadra viene sollevata dagli incarichi e messa in isolamento, finché non ricontatta il pianeta dove ha ricevuto gli impianti.

L'SG-1 si trova sul pianeta Edora per assistere all'annuale spettacolo della pioggia di fuoco. Il fenomeno è però al culmine della sua intensità e lo spettacolo in breve si trasforma in dramma. Una meteora colpisce lo stargate seppellendolo sottoterra prima che O'Neill abbia il tempo di tornare sulla Terra. Jack si rassegna a passare il resto della sua vita su quel pianeta con Laira. Dopo molto tempo, proprio quando comincia ad ambientarsi, la ricetrasmittente comincia a diffondere la voce di Teal'c. L'SGC è riuscito a trovare un modo per salvare il Colonnello.

Il colonnello O'Neill viene costretto a lasciare il Programma Stargate per aver sottratto tecnologia ai Tollan. Il colonnello Maybourne gli propone di collaborare con una squadra segreta che ha il compito di impadronirsi di tecnologia aliena, e parte per la sua prima missione. Ma non è tutto come sembra.

L'SG-1 si reca sul pianeta Bedrosia, dove due culture, Optricani e Bedrosiani, si combattono per motivi religiosi ed ideologici. O'Neill, Carter e Daniel vengono fatti prigionieri da Rigar, capo di un gruppo di Bedrosiani che credono nel dio Nefertu. Teal'c e Nyan, uno scienziato bedrosiano, riescono a fuggire.

Chulak è stato attaccato da Apophis alla ricerca di suo figlio, l'Harcesis. Il bambino è però al sicuro sul pianeta Kheb, sotto la protezione di Oma Desala. Qui un monaco zen illumina Jackson sull'uso del potere della mente. Intanto è arrivato anche Apophis.

L'SG-1 si reca su un pianeta per esplorare un'enorme piramide ma Daniel scompare misteriosamente dopo aver toccato un inquietante teschio di cristallo. Per scoprire che fine ha fatto i suoi compagni di viaggio chiedono la collaborazione del nonno dello scienziato, un noto archeologo ricoverato presso un ospedale psichiatrico.

O'Neill viene teletrasportato sul Beliskner di Thor, dove si trovano migliaia di minacciosi insetti metallici, chiamati Replicatori, che minacciano l'intero vascello nutrendosi della sua tecnologia. Thor, inerme e spaventato, è sul punto di morte, e il vascello, ormai sotto il controllo dei Replicatori, sta per schiantarsi sulla Terra, preparandola ad una nuova invasione.

La squadra SG-1 si ritrova persa in un'altra galassia, con una nave danneggiata ed Apophis che minaccia di distruggerli. Teal'C, dopo essere stato sottoposto ad un trattamento di lavaggio del cervello, è nuovamente fedele ad Apophis. Nel frattempo i Replicatori assumono il controllo delle due navi.

Con la sua mente alterata da Apophis, Teal'C deve sottoporsi ad un antico rituale per ritrovare se stesso o condurlo alla morte.

Orlin, un Asceso, assume forma umana per dichiarare a Carter il suo amore ma lei rifiuta e chiama una squadra di bonifica. Orlin scompare e Hammond pensando che Carter deliri le chiede di sottoporsi a una valutazione psicologica, quando Carter torna a casa Orlin si ripresenta e le chiede di condividere almeno per una volta la comunione spirituale delle sue emozioni.

La squadra SG1 viene attaccata da un gruppo di Jaffa. Carter, Teal'c e Jackson riescono a passare lo Stargate, ma O'Neill e il tenente Tyler cadono vittime di un'imboscata e vengono perciò spinti oltre le linee nemiche. Ma chi è veramente il tenente Tyler?

Il team SG-1 scopre che l'avere usato lo Stargate per raggiungere un nuovo mondo rischia di condurre alla distruzione di quello stesso mondo. Così chiedono aiuto agli Asgard per risolvere il problema, ma gli Asgard decidono di non intervenire, e anche la popolazione del pianeta si rifiuta di ascoltare i consigli dell'SG-1.

Al suo 14º compleanno Cassandra inizia a dimostrare delle particolari doti che la fanno ammalare, ma che al tempo stesso conducono il team SG-1 sul suo pianeta natale (P8X-987) dove viene scoperto un oscuro segreto.

Il team SG-1 scopre una civiltà che sta utilizzando gli Unas come schiavi. Così i membri della squadra devono insegnare alla tribù di Chaka, un amico di Daniel, il concetto di insurrezione.

Il team SG-1 deve collaborare di nuovo con l'unità russa, dopo che una loro squadra è scomparsa mentre stava ispezionando uno ziggurat alieno.

I Tollan offrono alla Terra nuove ed avanzate armi tecnologiche. Inizia una investigazione che porterà ad una scoperta sul mondo natale dei Tollan.

I membri della squadra SG-1 incontrano un nuovo potenziale alleato nella loro guerra contro i Goa'uld, ma purtroppo non sono a conoscenza di tutti i segreti che gli Ashen nascondono.

Carter viene rapita da un uomo malato e in punto di morte, il quale sta cercando un simbionte per salvarsi. Così O'Neill è costretto ad allearsi con un poco di buono allo scopo di ritrovare Sam.

Mentre una nave aliena si avvicina alla Terra, la squadra SG-1 ritrova un vecchio amico, il quale ha creato uno show televisivo ispirandosi alle vicende del programma Stargate.

Mentre sta addestrando alcuni cadetti in una struttura segreta, il Colonnello O'Neill deve affrontare la possibilità di una incursione aliena nel Quartier Generale. Così l'uomo si vede costretto a coinvolgere i suoi allievi in una reale operazione di battaglia.

Un disastro allo Stargate blocca Teal'C durante il passaggio intrappolandolo nella rete degli anelli, così il gruppo deve recarsi in Russia per chiedere aiuto.

I Tok'ra informano il commando stargate che i signori del sistema stanno organizzando un incontro al vertice e attuano un piano per distruggerli con una potente arma chimica facendo infiltrare Daniel Jackson al summit. Intanto la SG-1 si reca su Revanna, la base dei Tok'ra.

Mentre su Revanna la base Tok'ra è sotto l'assedio di Zipacna, Daniel Jackson scopre che il Goa'uld Anubis è ancora vivo e che è lui il mandante di Osiris, così decide di non uccidere i signori del sistema per non spianare la strada ad Anubis. Tenta però di salvare Sarah.

La Terra è minacciata da un asteroide in rotta di collisione. La SG-1 viene mandata con una bomba al naquadah a fare saltare l'asteroide ma qualcosa va male, la navicella precipita sull'asteroide e l'asteroide precipita verso la Terra.

Un carismatico leader dei Jaffa sta cercando di fomentare la ribellione della sua gente contro i Goa'uld. Per questo chiede aiuto ed alleanza alla Terra. Così crea un nuovo pianeta natale dei Jaffa, grazie alle armi dei Signori del Sistema i cui eserciti sono stati sconfitti.

La squadra SG-1 trova un mondo controllato dai Replicatori e una giovane ragazza che potrebbe conoscere il segreto per la salvezza degli Asgard.

Gli uomini della SG-1 trovano un mondo sotto assedio dalle forze di Anubis. La squadra è costretta a collaborare con due criminali per evitare l'invasione.

I Kelowniani (abitanti di una delle nazioni del pianeta Langara) rischiano l'estinzione, nel tentativo di costruire un'arma di distruzione di massa a base di naquadriah, un variante di naquadah molto più potente. Un incidente minaccia la vita di migliaia di persone e Daniel Jackson sacrifica la sua vita per salvarli, esponendosi ad una dose letale di radiazioni. In seguito verrà anche accusato da questi ultimi di avere sabotato la ricerca dell'arma.

L'SG-1 riesce ad infiltrarsi nella nave madre di Anubis, il quale sta per sferrare un attacco ad un laboratorio sotterraneo degli Asgard.

Una tragedia riunisce Teal'c con il figlio, che lo incolpa della morte della madre. O'Neill e Carter lanciano un piano rischioso con una tecnologia non testata quando la Terra viene attaccata dai Goa'uld.

Carter deve trovare un modo per salvare la Terra dalla distruzione totale per mano dei Goa'uld, che hanno trasformato lo Stargate in una bomba apocalittica. Rya'c si unisce al padre in una missione per distruggere l'arma Goa'uld.

L'SG-1 sale a bordo di una nave madre Goa'uld abbandonata, misteriosamente giunta nell'orbita terrestre, e deve fuggire dal vascello condannato quando si schianta nell'oceano.

L'SG-1 indaga sulla scoperta di una donna congelata nel ghiaccio in Antartide, che potrebbe essere un collegamento con i costruttori di gate. Una misteriosa malattia minaccia di uccidere tutti i membri della base di ricerca.

Carter, Teal'c e Jonas indagano sulla morte di uno scienziato legato ai Goa'uld e scoprono una piccola città i cui cittadini nascondono un oscuro segreto.

O'Neill viene catturato da Ba'al, il quale lo tortura per ottenere delle informazioni dal simbionte che i tok'ra gli avevano impiantato. Mentre Daniel Jackson gli appare per convincerlo ad ascendere per evitare le torture, Jonas Quinn, sulla Terra, propone di chiedere aiuto a lord Yu per liberare il colonnello.

La SG-1 ritorna sul pianeta di Jonas Quinn per evitare che i kelowniani usino il loro nuovo tipo di bomba, causando una guerra. Durante la loro permanenza, Jonas è avvicinato dal suo maestro, il quale gli rivela che esiste un'organizzazione segreta che tenta di evitare la guerra. Mentre le trattative sono in stallo, il professore rimane ferito e viene quindi trasportato sulla Terra, dove si scopre che è affetto da schizofrenia.

La SG-1 viene catturata da un goa'uld; Felger e Coombs, due scienziati andati in missione con la squadra, tentano di salvarli, ma nel farlo scoprono che la cattura era in realtà stata programmata.

La tensione tra i Tok'ra e i Jaffa ribelli nella base extramondo dell'S.G.C. aumenta quando vengono attaccati da un nemico invisibile.

Un mondo alieno offre alla Terra una medicina in grado di curare qualsiasi malattia, ma il prezzo nascosto potrebbe essere troppo alto da pagare.

Una giornalista minaccia di rivelare un progetto militare top-secret, ma quando Carter e Jonas le fanno visitare l'X-303, scoprono che è una pedina di un complotto molto più grande.

La squadra è chiamata a combattere inaspettatamente quando il pianeta natale di Asgard viene invaso dai Replicatori, che si sono evoluti in una nuova forma sorprendente.

La squadra torna sulla Terra con un pezzo di tecnologia che permette di vedere creature aliene ovunque e deve cercare di contenere il problema quando si diffonde oltre la base.

Il colonnello O'Neill è accusato dell'omicidio del senatore Kinsey e il resto della squadra deve scoprire una cospirazione per scagionarlo.

Il colonnello O'Neill è intrappolato su un pianeta alieno con Maybourne e deve lottare per rimanere in vita mentre il suo compagno diventa sempre più paranoico.

L'SG-1 tenta di salvare gli abitanti di un pianeta dalla sperimentazione genetica di Nirrti, ma si ritrovano a essere le sue prossime vittime.

Il generale Hammond e il Pentagono rivelano l'esistenza dello Stargate agli altri governi mondiali e devono difendere il fatto che il programma è gestito dall'esercito degli Stati Uniti.

Quando la squadra trova una nave precipitata su un altro pianeta, i loro sforzi per aiutare l'equipaggio a effettuare le riparazioni sono ostacolati da un gruppo di alieni.

Una prova di pre-morte porta Teal'c a immaginare una vita molto diversa da quella che conosce, in cui è una persona normale che vive sulla Terra, finché non riesce più a distinguere la realtà.

Prometheus è costretto ad atterrare su un mondo alieno, dove lo Stargate locale è l'unica possibilità per la squadra di tornare a casa, anche se la popolazione locale crede che lo Stargate sia un mito.

La squadra trova un mondo impoverito schiavizzato da un signore dei Goa'uld, ma i loro piani per liberarlo potrebbero essere compromessi quando Jonas sperimenta visioni inspiegabili del futuro.

L'SG-1 è chiamata a difendere ancora una volta la popolazione di Abydos dai Goa'uld quando viene a sapere che Anubis, alla ricerca di un potente dispositivo, sta per attaccare.

Durante la ricerca della Città Perduta degli Antichi su un pianeta lontano, l'SG-1 rimane sbalordita nel trovare Daniel Jackson vivo e in forma umana, ma privato della sua memoria. O'Neill convince Daniel a tornare con loro all'SGC, dove viene reintegrato per un'audace missione volta a distruggere la nuova potente superarma di Anubis!

La squadra torna sul mondo natale di Jonas quando scopre che i Goa'uld stanno cercando i suoi naquadriah. Quando Jonas viene catturato da Anubis, Daniel è la sua unica speranza.

Un adolescente si presenta all'S.G.C. affermando di essere Jack O'Neill, mandando la squadra in missione per scoprire la sua vera identità.

Dopo una ferita, Teal'c deve mettere da parte i suoi dubbi quando l'SG-1 lancia una missione per salvare suo figlio e il suo mentore da un campo di sterminio Jaffa.

La squadra si reca in un ambiente a clima controllato in mezzo a una landa tossica, i cui abitanti sono tutti collegati a un computer centrale.

Quando l'SG-1 trova una nave spaziale aliena precipitata, la mente di Daniel viene assorbita dai suoi passeggeri disincarnati.

Quando i tentativi della Terra di sfruttare una miniera di naquadah appena scoperta vengono ostacolati da una tribù di indigeni Unas, l'SG-1 deve chiedere aiuto a un vecchio amico.

Il maggiore Carter si unisce a un pilota alieno per una gara spaziale, in cui il vincitore si aggiudica un lucroso contratto con la più potente società del pianeta. Ma il resto della squadra scopre che la posta in gioco è ben più alta del traguardo.

Uno scienziato dell'S.G.C. crea un virus informatico da usare per disabilitare gli Stargate nemici, ma riesce a disattivare l'intera rete di Stargate.

La squadra trova una colonia fuggitiva di donne Jaffa, che devono predare altri Jaffa per acquisire i simbionti.

La squadra indaga su un nuovo inarrestabile soldato nemico creato da Anubis. Il dottor Jackson guida una squadra alla ricerca di un dispositivo alieno in America Centrale, ma ottiene più di quanto si aspettasse.

O'Neill chiede aiuto a un ex compagno per salvare Daniel e il dottor Lee, rapiti in America Centrale. Carter, Teal'c e Jacob si infiltrano nella struttura di super-soldati di Anubis.

Carter rimane ferito quando il Prometheus viene attaccato da una nave sconosciuta e si risveglia trovandosi da solo nello spazio profondo.

Quando i Kelownani scoprono che un'enorme vena sotterranea di naquadah si sta trasformando in naquadria, Jonas Quinn chiede aiuto alla Terra per evitare la distruzione totale del suo pianeta.

Daniel è tormentato dai sogni della sua ex ragazza, che è stata presa come ospite Goa'uld. Samantha Carter inizia una relazione sentimentale con un detective, al quale deve nascondere la sua vita al Comando Stargate.

La base segreta della Terra viene attaccata dalle forze di Anubis e il Maggiore Carter si ritrova ad essere braccato dal nemico. Il generale Hammond e Jacob Carter fanno una scoperta inquietante sull'alleanza Terra-Tok'ra.

Una troupe cinematografica arriva per documentare il lavoro dell'S.G.C. in vista di un'eventuale divulgazione al pubblico, ma scopre che il personale della base non è affatto entusiasta di partecipare.

L'SG-1 viene chiamata in azione mentre una troupe cinematografica sta documentando il programma Stargate, ma l'S.G.C. viene indagato dopo che la missione va terribilmente male.

L'SG-1 indaga su un laboratorio segreto della N.I.D., dove uno spietato scienziato ha usato la tecnologia della clonazione per creare un ibrido Goa'uld-umano.

Il giorno dell'insediamento del nuovo presidente, dopo che questi è stato informato del programma Stargate, il suo vice, l'ex-senatore Kinsey, cerca di convincerlo a togliere al generale Hammond la responsabilità di guidare il comando Stargate.

O'Neill fa di tutto per evitare che le conoscenze degli Antichi cadano nelle mani dei Goa'uld quando la squadra scopre un secondo deposito. Il Presidente sostituisce il Generale Hammond con un diplomatico civile.

Anubis inizia un assalto sistematico alla Terra e l'unica speranza di salvezza del pianeta dipende dalla capacità dell'SG-1 di trovare la mitica Città Perduta degli Antichi.

Carter e Teal'c vanno alla ricerca degli Asgard per cercare di salvare il colonnello O'Neill, ma scoprono che il nemico degli Asgard è tornato per vendetta. I Signori del Sistema cercano un'alleanza con la Terra contro un nemico comune.

Mentre i Goa'uld minacciano di attaccare la Terra, l'SG-1 e gli Asgard fanno un'ultima, disperata resistenza contro i Replicatori, che hanno catturato il Maggiore Carter e invaso l'ultimo avamposto della civiltà Asgard.

L'S.G.C. viene messo in quarantena dopo che una misteriosa infezione lascia un ufficiale russo in infermeria, ma la malattia potrebbe non essere affatto una malattia.

Il Generale O'Neill cerca di ambientarsi nel suo nuovo lavoro, ma deve affrontare crisi senza fine, tra cui la cattura dell'SG-1 da parte dei Goa'uld.

Daniel è bloccato su un altro pianeta dopo che l'arrivo della squadra su un mondo alieno scatena una violenta guerra civile.

Teal'c è intrappolato in una simulazione di realtà virtuale, in cui deve difendere la base da un'incursione di super-soldati Goa'uld.

Teal'c diventa il principale sospettato in un'indagine per omicidio dopo essersi trasferito in un appartamento fuori dalla base. Carter valuta il suo futuro con Pete.

Un uomo d'affari minaccia di rivelare al mondo i segreti della vita aliena, costringendo il Comando Stargate a coinvolgerlo.

L'imminente matrimonio di suo figlio è l'ultima delle preoccupazioni di Teal'c quando gli Hak'tyl pianificano una rivolta contro il Goa'uld Moloc, mettendo in crisi Teal'c e Ishta.

Lo Stargate viene rubato e l'SG-1 scopre che il Trust ha preso il controllo di una nave avanzata in orbita. Teal'c indaga su una serie di una diffusa morte di Jaffa.

Un duplicato del Colonnello Carter chiede aiuto al Comando Stargate per sconfiggere il Quinto Replicatore, che sostiene di aver trovato un modo per contrastare la nuova arma degli Asgard.

Dopo che la Prometheus risponde a una richiesta di soccorso da parte di una nave Goa'uld, Daniel Jackson si ritrova prigioniero quando la nave terrestre viene rubata.

L'SG-1 viene in aiuto di un mondo che sta per essere invaso dai Goa'uld, solo per scoprire che il re locale è l'Harry Maybourne della Terra.

Le relazioni tra gli Stati Uniti e la Russia sono tese quando i leader militari russi affermano che il governo americano è stato compromesso dai Goa'uld.

Joe Spencer, un barbiere dell'Indiana, dopo aver comprato una strana pietra, comincia ad avere delle visioni delle missioni della SG-1.

Mentre i replicanti iniziano un attacco massiccio contro i goa'uld, il dottor Jackson viene rapito da una nave di replicanti.

Il destino della galassia è in bilico mentre Sam e Jacob cercano l'unica arma in grado di fermare l'assalto dei Replicatori. O'Neill guida la difesa dell'S.G.C., mentre Daniel si scontra con il replicatore Carter.

Mentre Daniel si ritrova in una misteriosa tavola calda sospesa tra la morte e l'ascensione, il destino di Jacob prende una piega inaspettata, Jack e Sam riflettono sulle loro vite sentimentali e Anubis scatena il suo piano di distruzione galattica.

L'SG-1 viaggia indietro nel tempo con un audace piano per rubare un pezzo di tecnologia antica a Ra, il potente Goa'uld che regnava nell'antico Egitto.

Con la linea temporale modificata dalle azioni dell'SG-1 nel lontano passato, una versione alternativa dell'SG-1 deve usare la nave del tempo appena scoperta per rimettere le cose a posto.

Un pilota dell'Air Force tenta di riassemblare l'SG-1 dopo che le loro strade si sono separate. Una vecchia "amica" arriva sulla Terra chiedendo l'aiuto di Daniel per trovare un antico tesoro, e non accetta un no come risposta.

Un dispositivo di comunicazione degli Antichi rende Daniel e Vala incoscienti, inviando le loro menti in un'altra galassia, dove abitano i corpi di due persone perseguitate dai seguaci di una religione malvagia.

Daniel si trova faccia a faccia con gli Ori, una razza di esseri infuocati che pretendono l'adorazione dei mortali. Altrove, il Comando Stargate incontra il primo missionario Ori nella nostra galassia.

Jackson e Mitchell devono unirsi a Vala in una caccia al tesoro interplanetaria quando scoprono di essere ancora legati da un campo energetico alieno.

L'SG-1 visita un mondo il cui popolo un tempo venerava Vala come una divinità... e chiede che venga processata quando confessa di averli manipolati.

Samantha Carter torna al Comando Stargate quando gli Ori prendono il controllo di un pianeta, usando un campo di forza in espansione per prendere piede nella nostra galassia.

L'SG-1 indaga quando le prove suggeriscono che sulla Terra si nascondono ancora dei Goa'uld, compreso un ex Signore del Sistema. Le tensioni tra la Terra e i Free Jaffa continuano a crescere.

Il colonnello Mitchell viene ferito in una scaramuccia con un guerriero di una mitica tribù di Jaffa ribelli, e viene addestrato alle loro tecniche di combattimento solo per poter ingaggiare una battaglia rituale all'ultimo sangue.

L'SG-1 trova un ibrido Goa'uld-umano geneticamente avanzato creato da Anubis e lo riporta sulla Terra per studiarlo. Ma anche tenerlo in vita potrebbe non valere il rischio.

La Terra è infettata da una mortale piaga Ori, che spinge un alleato del passato dell'SG-1 a venire in loro aiuto. Gerak propone ai Jaffa liberi di seguire la religione Ori.

Mentre la piaga Ori si diffonde rapidamente, l'SG-1 spera che il Priore che ha causato la malattia possa avere la chiave per la sua cura. Gerak cerca di radunare i Jaffa alla causa degli Ori, spingendo Teal'c e Bra'tac a iniziare una resistenza.

Quando l'SG-1 si reca su un pianeta protetto da Asgard, il colonnello Mitchell viene accusato di un omicidio che non ha commesso.

Più SG-1 si presentano al Comando Stargate, portando la "vera" squadra a concludere che ognuno di loro è stato inavvertitamente spostato da diverse realtà parallele.

Baal rapisce Teal'c come parte di un complotto per fare il lavaggio del cervello ai Jaffa che sostengono un passo verso la democrazia. Cameron Mitchell apprende che un vecchio amico sta per morire.

Daniel è imprigionato su un mondo sotto l'influenza degli Ori e il Prometheus è coinvolto in uno scontro a fuoco quando l'SG-1 cerca di salvarlo.

L'SG-1 viene catturata dopo che un accordo con l'Alleanza Lucian va male... e lo Stargate del pianeta scompare. Nel frattempo, un ex Signore del Sistema tenta di ricostruire il suo impero.

Il giro all'interno del Sito Gamma a 24.000 anni luce dalla Terra da parte di un gruppo di diplomatici stranieri si trasforma in una situazione potenzialmente pericolosa quando un'insidiosa specie di insetti, sospettati di essere la nuova arma segreta dei Priori, molto ghiotti di carne, riesce a sfuggire al controllo degli scienziati.

Mitchell e Carter vengono spostati in un'altra dimensione, rendendoli invisibili a tutti i membri dell'S.G.C. Nel frattempo, Teal'c e l'SG-9 scoprono che i Sodan sono stati brutalmente attaccati.

Vala Mal Doran si mette in contatto con il Comando Stargate dalla galassia natale degli Ori e racconta la sua vita sotto copertura in un villaggio di seguaci che costruiscono la flotta d'invasione degli Ori.

L'SG-1 scopre il villaggio di Camelot su un mondo alieno e deve affrontare il sistema di sicurezza di Merlino quando va alla ricerca di un'arma antica. Altrove, la Terra e i suoi alleati assemblano una flotta quando viene scoperto un Supergate Ori funzionante.

Mentre gli Ori invadono il pianeta Jaffa Chulak, Vala e Daniel devono affrontare il loro leader: La giovane figlia di Vala, rapidamente invecchiata dagli Ori per servire i loro scopi.

L'SG-1 indaga su un problema fuori dal mondo e presto scopre di essere diventata essa stessa una vittima: non riesce a rimanere sveglia. Nel frattempo, Vala Mal Doran si sottopone a una valutazione sulla Terra, con la speranza di unirsi all'SG-1.

Daniel e Vala si recano ad Atlantide alla ricerca dell'arma anti-Ori di Merlino, mentre Sam e Mitchell uniscono le forze con il dottor McKay per bloccare il supergate Ori.

Quando Ba'al arriva sulla Terra in cerca di aiuto, il Comando Stargate deve catturare i suoi cloni e determinare quale sia quello autentico.

Teal'c scopre un mondo in cui le persone vengono selvaggiamente attaccate da una creatura inafferrabile, portando l'SG-1 a una scoperta sorprendente sulla sua potenziale origine.

Martin Lloyd chiede assistenza all'SG-1 quando il suo fallimentare show televisivo basato sul vero programma Stargate diventa un lungometraggio.

I Jaffa portano la lotta agli Ori, usando un'arma genocida sui loro nuovi adoratori e facendo finire l'SG-1 nel mezzo di una guerra che non possono controllare.

Colpita da amnesia e in fuga, Vala accetta un lavoro come cameriera mentre cerca di ricostruire chi è e cosa le è successo.

Cameron Mitchell deve andare sotto copertura all'interno della letale Alleanza Lucian per evitare che i suoi compagni di squadra diventino vittime di una guerra civile dell'Alleanza.

L'SG-1 si scontra con Baal nella caccia al Sangraal, l'arma anti-Ori di Merlino, e si scontra con una serie di antiche prove.

Quando la squadra trova Merlino deve aiutarlo a completare l'arma Sangraal prima che Adria e le sue forze Ori possano rintracciarli.

L'SG-1 cerca di difendere un pianeta dagli Ori nascondendo i suoi abitanti in un'altra dimensione. Vala cerca di convincere suo marito Tomin delle vere motivazioni degli Ori.

Un esperimento andato male trascina Samantha Carter in una realtà parallela, dove deve salvare la Terra da un assalto degli Ori prima di poter tornare a casa.

Quando l'SG-1 scopre che Daniel Jackson è stato trasformato in un Priore degli Ori, deve stabilire se il suo piano per distruggere gli Ori sia autentico o meno.

Quando l'Alleanza Lucian mette una taglia sulla testa dell'SG-1, Cameron Mitchell si ritrova ad essere un bersaglio mentre partecipa alla riunione del suo liceo.

L'SG-1 si rende conto di aver varcato il cancello del museo di un altro pianeta, ma viene scambiata per una banda di ribelli che hanno preso degli ostaggi.

Quando un attacco terroristico decima un vertice Jaffa, Teal'c parte alla ricerca di vendetta, credendo che il colpevole sia uno dei suoi stessi allievi.

Jacek, il padre di Vala, fornisce informazioni rilevanti riguardo ad un piano d'attacco alla Terra in cambio di asilo politico. Vala non è convinta della veridicità dell'informazione.

L'SG-1 escogita un piano per catturare Adria sfruttando il legame familiare con Vala. Il piano riesce, però viene sfruttato da Ba'al per catturare Adria a sua volta.

Intrappolati a bordo della Odyssey, i membri dell'SG-1 devono vivere il resto delle loro vite insieme quando Carter attiva un campo di dilatazione temporale per salvare la nave dalla distruzione.