Il figlio di Apophis Klorel, ospite del corpo di Skaara sta per attaccare la Terra, ma in sprezzo degli ordini ricevuti a bordo si trova la squadra SG-1, che ha minato la nave. L'arrivo di Apophis stesso a bordo di una seconda nave rende necessaria una modifica dei piani. l'SG-1 viene catturato, ma liberato da Bra'tac, un Jaffa al servizio di Klorell ed amico di Teal'c, che ha in progetto di far combattere le due navi Goa'uld fra loro. Nel frattempo gli attacchi missilistici terrestri sono inefficaci e generale Hammond sta evacuando la base attraverso lo stargate.

Durante una missione il capitano Samantha Carter viene aggredita da un simbionte Goa'uld che penetra nel suo organismo attraverso la bocca. Posseduta dal suo ospite, Carter tenta di dissimulare la situazione ma viene scoperta dalla piccola Cassandra ed catturata. Rivela così di chiamarsi Jolinar e di appartenere ad una fazione ribelle dei Goa'uld denominata Tok'ra, che si oppone ai Signori del Sistema. Ma sulle sue tracce si trova un cacciatore assassino, che per uccidere Jolinar non si farà fermare da scrupoli per la vita di Carter.

I membri dell'SG-1 soccorrono un uomo in fuga, ma scoprono troppo tardi che si tratta di un criminale inseguito dalla giustizia, e vengono reclusi nella prigione sotterranea di Adante, la cui unica uscita è uno stargate privo di DHD.

La squadra di O'Neill è in missione in un gradevole mondo verde, i cui abitanti sono però inconsci e collegati a strane macchine. La squadra stessa viene catturata e connessa a questi dispositivi, che li precipitano in una realtà virtuale in cui vivono ripetutamente esperienze traumatiche del loro passato, mentre un misterioso personaggio, il Guardiano, tenta di convincerli di riscrivere i fatti accaduti. Il team rifiuta di partecipare a questo gioco e viene rimandato sulla Terra, dove fa rapporto al generale Hammond. Ma il generale si comporta in modo strano, ed in effetti la SG-1 sta ancora vivendo una esperienza virtuale.

In una missione su P3R-636 Daniel Jackson salva la vita della Principessa Shyla, ma per un malinteso viene condannato da Re Pryus, ai lavori forzati nella miniera di Naquadah insieme alla squadra SG-1.

O'Neill ed i suoi uomini rispondono ad una chiamata di soccorso proveniente da Cimmeria: la squadra SG-1 scopre che i Goa'uld stanno per invadere il pianeta. L'unico modo per salvare i Cimmeriani è trovare la Sala del Potere di Thor.

Durante l'esplorazione di un nuovo pianeta, la squadra SG-1 riporta un oggetto sferico di metallo che potrebbe contenere delle preziose informazioni. Quest'ultimo aggredisce O'Neill e comincia a nutrirsi delle infrastrutture del Comando Stargate.

Bra'tac torna sulla Terra per comunicare a Teal'c che suo figlio è stato rapito da Apophis. Costui pensa di servirsi del piccolo per immettere sulla Terra un'arma biologica dagli effetti devastanti.

Su Abidos, Daniel ritrova Kasuf e la moglie Sha're, la quale aspetta un figlio da Apophis. Inoltre sul pianeta arrivano le truppe di Heru-ur, uno dei più acerrimi nemici di Apophis. Sulla Terra O'Neill viene avvicinato da un giornalista, il quale dichiara di essere a conoscenza dell'esistenza dello stargate.

Teal'c viene assalito da una specie estremamente aggressiva di insetti giganti. Sulla Terra, il suo DNA comincia a subire dei profondi mutamenti, allo scopo di costringere il suo corpo a produrre nuovi insetti.

Sam ha una visione che la porta a conoscere l'ubicazione di un gruppo di Tok'ra. Hammond organizza una spedizione, ma l'incontro con i Goa'uld ribelli non è dei migliori.

Sam pensa di chiedere al padre morente di diventare il nuovo ospite per Selmak, un tok'ra morente. Jacob accetta. Ma bisogna fare in fretta perché un tok'ra traditore ha venduto i suoi amici ai Goa'uld.

Su un pianeta dove vive una tribù d'origine indiana, i Salish, è stata scoperta la presenza di un minerale molto raro e utile all'SGC, il Trinium, cento volte più leggero e resistente dell'acciaio. Quando le squadre SG chiedono di estrarre più minerale di quello che è naturalmente possibile raccogliere dai letti dei fiumi gli indigeni consultano gli "spiriti", presenze per loro fonte di ispirazione e devozione, i quali vieteranno ulteriori estrazioni del minerale.

Dal pianeta Madrona viene sottratto un manufatto in grado di controllare il clima e la squadra SG-1 è accusata del furto.

O'Neill viene in contatto con un manufatto alieno che gli trasferisce le conoscenze degli Antichi, coloro i quali hanno costruito la rete degli stargate. In seguito il colonnello incontra gli Asgard, una delle quattro razze più potenti della Via Lattea.

Daniel Jackson cade vittima di un dispositivo che trasferisce la sua coscienza nel corpo di un altro uomo, di nome Ma'chello, che si trova in punto di morte. Ma'chello ha speso molti anni della sua vita a combattere i Goa'uld ed ora vuole continuare a vivere a spese di Daniel.

Apophis chiede asilo al Comando Stargate dopo essere stato catturato e torturato da Sokar, un altro Signore del Sistema. La presenza del nemico scatena reazioni contrastanti fra i membri della squadra.

Un piccolo aereo telecomandato, chiamato UAV, in ricognizione, si schianta, danneggiando una pianta, su un pianeta abitato da strani umanoidi dipinti a strisce bianche, che ripetono muti, con simpatia ogni gesto che la SG-1 fa. La pianta vive in simbiosi con gli alieni ed emette ultrasuoni che li mantiene in vita ma dopo lo scontro con l'UAV, l'ultrasuono si è alterato, provocando una malattia mortale negli alieni ed una emicrania nei terrestri, che fa litigare O'Neill e Jackson in modo insolito.

Un ragazzino si presenta al Comando Stargate e preannuncia l'imminente invasione da parte dei Re'tu (una razza non umanoide in conflitto con i Goa'uld).

Prima di un normale viaggio attraverso lo stargate il generale Hammond consegna a Carter un misterioso biglietto. Dopo essere giunti a destinazione i quattro si accorgono di trovarsi nel passato, esattamente nel 1969.

Risvegliatosi da una sospensione criogenica, O'Neill scopre che sono trascorsi 79 anni. Il colonnello ben presto capisce di essere, insieme a Daniel e Sam, prigioniero dei Goa'uld, i quali vogliono ottenere informazioni. Durante la fuga i tre vengono bloccati da Hathor...