La squadra SG-1 si ritrova persa in un'altra galassia, con una nave danneggiata ed Apophis che minaccia di distruggerli. Teal'C, dopo essere stato sottoposto ad un trattamento di lavaggio del cervello, è nuovamente fedele ad Apophis. Nel frattempo i Replicatori assumono il controllo delle due navi.

Con la sua mente alterata da Apophis, Teal'C deve sottoporsi ad un antico rituale per ritrovare se stesso o condurlo alla morte.

Orlin, un Asceso, assume forma umana per dichiarare a Carter il suo amore ma lei rifiuta e chiama una squadra di bonifica. Orlin scompare e Hammond pensando che Carter deliri le chiede di sottoporsi a una valutazione psicologica, quando Carter torna a casa Orlin si ripresenta e le chiede di condividere almeno per una volta la comunione spirituale delle sue emozioni.

La squadra SG1 viene attaccata da un gruppo di Jaffa. Carter, Teal'c e Jackson riescono a passare lo Stargate, ma O'Neill e il tenente Tyler cadono vittime di un'imboscata e vengono perciò spinti oltre le linee nemiche. Ma chi è veramente il tenente Tyler?

Il team SG-1 scopre che l'avere usato lo Stargate per raggiungere un nuovo mondo rischia di condurre alla distruzione di quello stesso mondo. Così chiedono aiuto agli Asgard per risolvere il problema, ma gli Asgard decidono di non intervenire, e anche la popolazione del pianeta si rifiuta di ascoltare i consigli dell'SG-1.

Al suo 14º compleanno Cassandra inizia a dimostrare delle particolari doti che la fanno ammalare, ma che al tempo stesso conducono il team SG-1 sul suo pianeta natale (P8X-987) dove viene scoperto un oscuro segreto.

Il team SG-1 scopre una civiltà che sta utilizzando gli Unas come schiavi. Così i membri della squadra devono insegnare alla tribù di Chaka, un amico di Daniel, il concetto di insurrezione.

Il team SG-1 deve collaborare di nuovo con l'unità russa, dopo che una loro squadra è scomparsa mentre stava ispezionando uno ziggurat alieno.

I Tollan offrono alla Terra nuove ed avanzate armi tecnologiche. Inizia una investigazione che porterà ad una scoperta sul mondo natale dei Tollan.

I membri della squadra SG-1 incontrano un nuovo potenziale alleato nella loro guerra contro i Goa'uld, ma purtroppo non sono a conoscenza di tutti i segreti che gli Ashen nascondono.

Carter viene rapita da un uomo malato e in punto di morte, il quale sta cercando un simbionte per salvarsi. Così O'Neill è costretto ad allearsi con un poco di buono allo scopo di ritrovare Sam.

Mentre una nave aliena si avvicina alla Terra, la squadra SG-1 ritrova un vecchio amico, il quale ha creato uno show televisivo ispirandosi alle vicende del programma Stargate.

Mentre sta addestrando alcuni cadetti in una struttura segreta, il Colonnello O'Neill deve affrontare la possibilità di una incursione aliena nel Quartier Generale. Così l'uomo si vede costretto a coinvolgere i suoi allievi in una reale operazione di battaglia.

Un disastro allo Stargate blocca Teal'C durante il passaggio intrappolandolo nella rete degli anelli, così il gruppo deve recarsi in Russia per chiedere aiuto.

I Tok'ra informano il commando stargate che i signori del sistema stanno organizzando un incontro al vertice e attuano un piano per distruggerli con una potente arma chimica facendo infiltrare Daniel Jackson al summit. Intanto la SG-1 si reca su Revanna, la base dei Tok'ra.

Mentre su Revanna la base Tok'ra è sotto l'assedio di Zipacna, Daniel Jackson scopre che il Goa'uld Anubis è ancora vivo e che è lui il mandante di Osiris, così decide di non uccidere i signori del sistema per non spianare la strada ad Anubis. Tenta però di salvare Sarah.

La Terra è minacciata da un asteroide in rotta di collisione. La SG-1 viene mandata con una bomba al naquadah a fare saltare l'asteroide ma qualcosa va male, la navicella precipita sull'asteroide e l'asteroide precipita verso la Terra.

Un carismatico leader dei Jaffa sta cercando di fomentare la ribellione della sua gente contro i Goa'uld. Per questo chiede aiuto ed alleanza alla Terra. Così crea un nuovo pianeta natale dei Jaffa, grazie alle armi dei Signori del Sistema i cui eserciti sono stati sconfitti.

La squadra SG-1 trova un mondo controllato dai Replicatori e una giovane ragazza che potrebbe conoscere il segreto per la salvezza degli Asgard.

Gli uomini della SG-1 trovano un mondo sotto assedio dalle forze di Anubis. La squadra è costretta a collaborare con due criminali per evitare l'invasione.

I Kelowniani (abitanti di una delle nazioni del pianeta Langara) rischiano l'estinzione, nel tentativo di costruire un'arma di distruzione di massa a base di naquadriah, un variante di naquadah molto più potente. Un incidente minaccia la vita di migliaia di persone e Daniel Jackson sacrifica la sua vita per salvarli, esponendosi ad una dose letale di radiazioni. In seguito verrà anche accusato da questi ultimi di avere sabotato la ricerca dell'arma.