Una tragedia riunisce Teal'c con il figlio, che lo incolpa della morte della madre. O'Neill e Carter lanciano un piano rischioso con una tecnologia non testata quando la Terra viene attaccata dai Goa'uld.

L'SG-1 sale a bordo di una nave madre Goa'uld abbandonata, misteriosamente giunta nell'orbita terrestre, e deve fuggire dal vascello condannato quando si schianta nell'oceano.

L'SG-1 indaga sulla scoperta di una donna congelata nel ghiaccio in Antartide, che potrebbe essere un collegamento con i costruttori di gate. Una misteriosa malattia minaccia di uccidere tutti i membri della base di ricerca.

Carter, Teal'c e Jonas indagano sulla morte di uno scienziato legato ai Goa'uld e scoprono una piccola città i cui cittadini nascondono un oscuro segreto.

O'Neill viene catturato da Ba'al, il quale lo tortura per ottenere delle informazioni dal simbionte che i tok'ra gli avevano impiantato. Mentre Daniel Jackson gli appare per convincerlo ad ascendere per evitare le torture, Jonas Quinn, sulla Terra, propone di chiedere aiuto a lord Yu per liberare il colonnello.

La SG-1 ritorna sul pianeta di Jonas Quinn per evitare che i kelowniani usino il loro nuovo tipo di bomba, causando una guerra. Durante la loro permanenza, Jonas è avvicinato dal suo maestro, il quale gli rivela che esiste un'organizzazione segreta che tenta di evitare la guerra. Mentre le trattative sono in stallo, il professore rimane ferito e viene quindi trasportato sulla Terra, dove si scopre che è affetto da schizofrenia.

La SG-1 viene catturata da un goa'uld; Felger e Coombs, due scienziati andati in missione con la squadra, tentano di salvarli, ma nel farlo scoprono che la cattura era in realtà stata programmata.

La tensione tra i Tok'ra e i Jaffa ribelli nella base extramondo dell'S.G.C. aumenta quando vengono attaccati da un nemico invisibile.

Un mondo alieno offre alla Terra una medicina in grado di curare qualsiasi malattia, ma il prezzo nascosto potrebbe essere troppo alto da pagare.

Una giornalista minaccia di rivelare un progetto militare top-secret, ma quando Carter e Jonas le fanno visitare l'X-303, scoprono che è una pedina di un complotto molto più grande.

La squadra è chiamata a combattere inaspettatamente quando il pianeta natale di Asgard viene invaso dai Replicatori, che si sono evoluti in una nuova forma sorprendente.

La squadra torna sulla Terra con un pezzo di tecnologia che permette di vedere creature aliene ovunque e deve cercare di contenere il problema quando si diffonde oltre la base.

Il colonnello O'Neill è accusato dell'omicidio del senatore Kinsey e il resto della squadra deve scoprire una cospirazione per scagionarlo.

Il colonnello O'Neill è intrappolato su un pianeta alieno con Maybourne e deve lottare per rimanere in vita mentre il suo compagno diventa sempre più paranoico.

L'SG-1 tenta di salvare gli abitanti di un pianeta dalla sperimentazione genetica di Nirrti, ma si ritrovano a essere le sue prossime vittime.

Il generale Hammond e il Pentagono rivelano l'esistenza dello Stargate agli altri governi mondiali e devono difendere il fatto che il programma è gestito dall'esercito degli Stati Uniti.

Quando la squadra trova una nave precipitata su un altro pianeta, i loro sforzi per aiutare l'equipaggio a effettuare le riparazioni sono ostacolati da un gruppo di alieni.

Una prova di pre-morte porta Teal'c a immaginare una vita molto diversa da quella che conosce, in cui è una persona normale che vive sulla Terra, finché non riesce più a distinguere la realtà.

Prometheus è costretto ad atterrare su un mondo alieno, dove lo Stargate locale è l'unica possibilità per la squadra di tornare a casa, anche se la popolazione locale crede che lo Stargate sia un mito.

La squadra trova un mondo impoverito schiavizzato da un signore dei Goa'uld, ma i loro piani per liberarlo potrebbero essere compromessi quando Jonas sperimenta visioni inspiegabili del futuro.

L'SG-1 è chiamata a difendere ancora una volta la popolazione di Abydos dai Goa'uld quando viene a sapere che Anubis, alla ricerca di un potente dispositivo, sta per attaccare.