O'Neill, Carter e Jackson sono prigionieri sul pianeta di Hathor, mentre su Chulak, Teal'c sta cercando di organizzare una nuova armata di jaffa. L'unica speranza di salvezza per gli uomini dell'SG-1 è l'intervento di Hammond.

L'SG-1 viene mandata alla ricerca del Signore del Sistema Seth, che ha trovato rifugio nello Stato di Washington ed è a capo di un nuovo culto religioso. La squadra cade però vittima del Nish'ta, un agente biologico virale, ipnotizzante.

I Signori del Sistema goa'uld stanno pianificando un attacco alla Terra e Thor offre il suo aiuto per negoziare un trattato di non aggressione. Vengono inviati Yu, Nirrti e Cronus ma Nirrti sabota il negoziato. Sam viene promossa a maggiore.

Al ritorno da una missione Daniel mostra segni di squilibrio mentale, con allucinazioni uditive e visive a causa della tecnologia anti-Goa'uld progettata da Ma'chello. Per caso vengono infettati anche la dottoressa Fraiser, Carter e O'Neill.

Sul pianeta Orban i bambini sono molto intelligenti a causa della nanite, una nanotecnologia che viene iniettata loro alla nascita. I bambini vengono strumentalizzati per acquisire e condividere la conoscenza ma non conoscono nessun tipo di svago o gioco e O'Neill rischia la corte marziale per portare una di loro, Merrin con lui fuori dalla base, per insegnarle i giochi dei bambini e i loro disegni.

Carter e Kawalsky di una realtà alternativa fuggono dal loro universo, dove la Terra è invasa dai Goa'uld e tramite lo specchio quantico si ritrovano nell'Area 51 di questa realtà. L'SG-1 offre loro il suo aiuto per far sì che nella loro realtà essi possano contattare gli Asgard e da essi farsi aiutare contro i Goa'uld.

Un cacciatore di taglie alieno, Aris Boch, che deve catturare un goa'uld di nome Kel'tar, per ordine del malvagio Signore del Sistema Sokar, chiede l'aiuto della squadra SG-1. In realtà Kel'tar è un Tok'ra di nome Korra.

L'SG-1 arriva su un pianeta simile alla Terra dell'epoca cristiano-medievale e salva Mary, una donna lasciata incatenata ad un palo nella piazza del villaggio, offerta in sacrificio a Sokar attraverso il suo demone Unas. L'SG-1 deve convincere gli indigeni a ribellarsi e liberare per sempre il villaggio dai demoni.

L'SG-1 arriva in un campo d'addestramento militare in cui alcuni soldati si addestrano a combattere con armi terrestri nell'attesa del ritorno di Apophis. In realtà Apophis è morto, ma i soldati non lo sanno ancora. Per errore iniziano ad usare le armi confiscate all'SG-1.

Durante una missione di salvataggio, Teal'c uccide Amonet per salvare la vita del dottor Jackson, che non crede alla morte di sua moglie Sha're finché non ne vede il corpo privo di vita, e, infuriato, dà le dimissioni dal Comando Stargate. La donna continua a fargli visita in sogno e lo sprona a perdonare Teal'c e tornare al Programma Stargate allo scopo di ritrovare suo figlio: l'Harcesis.

Sul pianeta Vyus gli abitanti sono stati colpiti dal Vorlix, un'amnesia retrograda di massa, causata da un filtro per l'eterna giovinezza ideato da una scienziata pazza di nome Linnea. La donna è una vecchia conoscenza dell'SG-1 ma come tutti gli altri ha perso la memoria e finisce con l'innamorarsi del dottor Jackson.

Jacob Carter e il suo simbionte Selmak, sono prigionieri di Sokar, e portati su una luna-prigione chiamata Ne'tu, l'Inferno. L'SG-1, guidata dal Tok'ra Martouf, tenta di infiltrarsi nella prigione per liberarli, ma solo Jolinar riuscì a scappare da quell'inferno Sam si trova a doversi confrontare con quel triste e ben nascosto ricordo.

Su Ne'tu la squadra viene catturata da Apophis, redivivo con il sarcofago. Apophis è determinato ad uccidere Sokar e riprendere il potere. I Tok'ra riescono però a distruggere Ne'tu uccidendo Sokar. La vita della squadra è salva, ma anche quella di Apophis.

Il comando SG è invaso da alieni, che, per mezzo di un disco elettronico, diventano sosia dei militari. Teal'c è il primo ad accorgersene e risveglia il maggiore Carter per cercare aiuto fuori della base. I membri dell'SG-1 devono riporre le loro speranze sull'unica persona di cui non si fidano affatto, il colonnello Maybourne.

Il Tollan Narim informa l'SG-1 che il simbionte goa'uld Klorel è precipitato con un aliante della morte sul pianeta, e che verrà processato per mezzo di un'antica cerimonia di giustizia, la Triad, che giudicherà quale personalità avrà per sempre il controllo del corpo di Skaara. Per far valere le proprie ragioni Skaara chiama in aiuto il suo amico O'Neill.

Dopo essere partiti nell'esplorazione di un pianeta, P4X-884, i membri dell'SG-1 ritornano senza alcun ricordo della loro permanenza sul pianeta. Vengono controllati e si scopre che hanno ricevuto alcuni impianti mentali; successivamente le loro menti vengono invase da un essere bizzarro e curioso, Urgo, il quale rivela loro che, se disattivati erroneamente, gli impianti potrebbero causare la loro morte. La squadra viene sollevata dagli incarichi e messa in isolamento, finché non ricontatta il pianeta dove ha ricevuto gli impianti.

L'SG-1 si trova sul pianeta Edora per assistere all'annuale spettacolo della pioggia di fuoco. Il fenomeno è però al culmine della sua intensità e lo spettacolo in breve si trasforma in dramma. Una meteora colpisce lo stargate seppellendolo sottoterra prima che O'Neill abbia il tempo di tornare sulla Terra. Jack si rassegna a passare il resto della sua vita su quel pianeta con Laira. Dopo molto tempo, proprio quando comincia ad ambientarsi, la ricetrasmittente comincia a diffondere la voce di Teal'c. L'SGC è riuscito a trovare un modo per salvare il Colonnello.

L'SG-1 si reca sul pianeta Bedrosia, dove due culture, Optricani e Bedrosiani, si combattono per motivi religiosi ed ideologici. O'Neill, Carter e Daniel vengono fatti prigionieri da Rigar, capo di un gruppo di Bedrosiani che credono nel dio Nefertu. Teal'c e Nyan, uno scienziato bedrosiano, riescono a fuggire.

Chulak è stato attaccato da Apophis alla ricerca di suo figlio, l'Harcesis. Il bambino è però al sicuro sul pianeta Kheb, sotto la protezione di Oma Desala. Qui un monaco zen illumina Jackson sull'uso del potere della mente. Intanto è arrivato anche Apophis.

L'SG-1 si reca su un pianeta per esplorare un'enorme piramide ma Daniel scompare misteriosamente dopo aver toccato un inquietante teschio di cristallo. Per scoprire che fine ha fatto i suoi compagni di viaggio chiedono la collaborazione del nonno dello scienziato, un noto archeologo ricoverato presso un ospedale psichiatrico.

O'Neill viene teletrasportato sul Beliskner di Thor, dove si trovano migliaia di minacciosi insetti metallici, chiamati Replicatori, che minacciano l'intero vascello nutrendosi della sua tecnologia. Thor, inerme e spaventato, è sul punto di morte, e il vascello, ormai sotto il controllo dei Replicatori, sta per schiantarsi sulla Terra, preparandola ad una nuova invasione.