Un pilota dell'Air Force tenta di riassemblare l'SG-1 dopo che le loro strade si sono separate. Una vecchia "amica" arriva sulla Terra chiedendo l'aiuto di Daniel per trovare un antico tesoro, e non accetta un no come risposta.

Un dispositivo di comunicazione degli Antichi rende Daniel e Vala incoscienti, inviando le loro menti in un'altra galassia, dove abitano i corpi di due persone perseguitate dai seguaci di una religione malvagia.

Daniel si trova faccia a faccia con gli Ori, una razza di esseri infuocati che pretendono l'adorazione dei mortali. Altrove, il Comando Stargate incontra il primo missionario Ori nella nostra galassia.

L'SG-1 visita un mondo il cui popolo un tempo venerava Vala come una divinità... e chiede che venga processata quando confessa di averli manipolati.

Samantha Carter torna al Comando Stargate quando gli Ori prendono il controllo di un pianeta, usando un campo di forza in espansione per prendere piede nella nostra galassia.

L'SG-1 indaga quando le prove suggeriscono che sulla Terra si nascondono ancora dei Goa'uld, compreso un ex Signore del Sistema. Le tensioni tra la Terra e i Free Jaffa continuano a crescere.

Il colonnello Mitchell viene ferito in una scaramuccia con un guerriero di una mitica tribù di Jaffa ribelli, e viene addestrato alle loro tecniche di combattimento solo per poter ingaggiare una battaglia rituale all'ultimo sangue.

L'SG-1 trova un ibrido Goa'uld-umano geneticamente avanzato creato da Anubis e lo riporta sulla Terra per studiarlo. Ma anche tenerlo in vita potrebbe non valere il rischio.

La Terra è infettata da una mortale piaga Ori, che spinge un alleato del passato dell'SG-1 a venire in loro aiuto. Gerak propone ai Jaffa liberi di seguire la religione Ori.

Mentre la piaga Ori si diffonde rapidamente, l'SG-1 spera che il Priore che ha causato la malattia possa avere la chiave per la sua cura. Gerak cerca di radunare i Jaffa alla causa degli Ori, spingendo Teal'c e Bra'tac a iniziare una resistenza.

Quando l'SG-1 si reca su un pianeta protetto da Asgard, il colonnello Mitchell viene accusato di un omicidio che non ha commesso.

Più SG-1 si presentano al Comando Stargate, portando la "vera" squadra a concludere che ognuno di loro è stato inavvertitamente spostato da diverse realtà parallele.

Baal rapisce Teal'c come parte di un complotto per fare il lavaggio del cervello ai Jaffa che sostengono un passo verso la democrazia. Cameron Mitchell apprende che un vecchio amico sta per morire.

Daniel è imprigionato su un mondo sotto l'influenza degli Ori e il Prometheus è coinvolto in uno scontro a fuoco quando l'SG-1 cerca di salvarlo.

L'SG-1 viene catturata dopo che un accordo con l'Alleanza Lucian va male... e lo Stargate del pianeta scompare. Nel frattempo, un ex Signore del Sistema tenta di ricostruire il suo impero.

Il giro all'interno del Sito Gamma a 24.000 anni luce dalla Terra da parte di un gruppo di diplomatici stranieri si trasforma in una situazione potenzialmente pericolosa quando un'insidiosa specie di insetti, sospettati di essere la nuova arma segreta dei Priori, molto ghiotti di carne, riesce a sfuggire al controllo degli scienziati.

Mitchell e Carter vengono spostati in un'altra dimensione, rendendoli invisibili a tutti i membri dell'S.G.C. Nel frattempo, Teal'c e l'SG-9 scoprono che i Sodan sono stati brutalmente attaccati.

Vala Mal Doran si mette in contatto con il Comando Stargate dalla galassia natale degli Ori e racconta la sua vita sotto copertura in un villaggio di seguaci che costruiscono la flotta d'invasione degli Ori.

L'SG-1 scopre il villaggio di Camelot su un mondo alieno e deve affrontare il sistema di sicurezza di Merlino quando va alla ricerca di un'arma antica. Altrove, la Terra e i suoi alleati assemblano una flotta quando viene scoperto un Supergate Ori funzionante.