Carter e Teal'c vanno alla ricerca degli Asgard per cercare di salvare il colonnello O'Neill, ma scoprono che il nemico degli Asgard è tornato per vendetta. I Signori del Sistema cercano un'alleanza con la Terra contro un nemico comune.

Mentre i Goa'uld minacciano di attaccare la Terra, l'SG-1 e gli Asgard fanno un'ultima, disperata resistenza contro i Replicatori, che hanno catturato il Maggiore Carter e invaso l'ultimo avamposto della civiltà Asgard.

L'S.G.C. viene messo in quarantena dopo che una misteriosa infezione lascia un ufficiale russo in infermeria, ma la malattia potrebbe non essere affatto una malattia.

Il Generale O'Neill cerca di ambientarsi nel suo nuovo lavoro, ma deve affrontare crisi senza fine, tra cui la cattura dell'SG-1 da parte dei Goa'uld.

Daniel è bloccato su un altro pianeta dopo che l'arrivo della squadra su un mondo alieno scatena una violenta guerra civile.

Teal'c è intrappolato in una simulazione di realtà virtuale, in cui deve difendere la base da un'incursione di super-soldati Goa'uld.

Teal'c diventa il principale sospettato in un'indagine per omicidio dopo essersi trasferito in un appartamento fuori dalla base. Carter valuta il suo futuro con Pete.

Un uomo d'affari minaccia di rivelare al mondo i segreti della vita aliena, costringendo il Comando Stargate a coinvolgerlo.

L'imminente matrimonio di suo figlio è l'ultima delle preoccupazioni di Teal'c quando gli Hak'tyl pianificano una rivolta contro il Goa'uld Moloc, mettendo in crisi Teal'c e Ishta.

Lo Stargate viene rubato e l'SG-1 scopre che il Trust ha preso il controllo di una nave avanzata in orbita. Teal'c indaga su una serie di una diffusa morte di Jaffa.

Un duplicato del Colonnello Carter chiede aiuto al Comando Stargate per sconfiggere il Quinto Replicatore, che sostiene di aver trovato un modo per contrastare la nuova arma degli Asgard.

Dopo che la Prometheus risponde a una richiesta di soccorso da parte di una nave Goa'uld, Daniel Jackson si ritrova prigioniero quando la nave terrestre viene rubata.

L'SG-1 viene in aiuto di un mondo che sta per essere invaso dai Goa'uld, solo per scoprire che il re locale è l'Harry Maybourne della Terra.

Le relazioni tra gli Stati Uniti e la Russia sono tese quando i leader militari russi affermano che il governo americano è stato compromesso dai Goa'uld.

Joe Spencer, un barbiere dell'Indiana, dopo aver comprato una strana pietra, comincia ad avere delle visioni delle missioni della SG-1.

Mentre i replicanti iniziano un attacco massiccio contro i goa'uld, il dottor Jackson viene rapito da una nave di replicanti.

Il destino della galassia è in bilico mentre Sam e Jacob cercano l'unica arma in grado di fermare l'assalto dei Replicatori. O'Neill guida la difesa dell'S.G.C., mentre Daniel si scontra con il replicatore Carter.

Mentre Daniel si ritrova in una misteriosa tavola calda sospesa tra la morte e l'ascensione, il destino di Jacob prende una piega inaspettata, Jack e Sam riflettono sulle loro vite sentimentali e Anubis scatena il suo piano di distruzione galattica.

L'SG-1 viaggia indietro nel tempo con un audace piano per rubare un pezzo di tecnologia antica a Ra, il potente Goa'uld che regnava nell'antico Egitto.