Durante la ricerca della Città Perduta degli Antichi su un pianeta lontano, l'SG-1 rimane sbalordita nel trovare Daniel Jackson vivo e in forma umana, ma privato della sua memoria. O'Neill convince Daniel a tornare con loro all'SGC, dove viene reintegrato per un'audace missione volta a distruggere la nuova potente superarma di Anubis!

La squadra torna sul mondo natale di Jonas quando scopre che i Goa'uld stanno cercando i suoi naquadriah. Quando Jonas viene catturato da Anubis, Daniel è la sua unica speranza.

Un adolescente si presenta all'S.G.C. affermando di essere Jack O'Neill, mandando la squadra in missione per scoprire la sua vera identità.

Dopo una ferita, Teal'c deve mettere da parte i suoi dubbi quando l'SG-1 lancia una missione per salvare suo figlio e il suo mentore da un campo di sterminio Jaffa.

La squadra si reca in un ambiente a clima controllato in mezzo a una landa tossica, i cui abitanti sono tutti collegati a un computer centrale.

Quando l'SG-1 trova una nave spaziale aliena precipitata, la mente di Daniel viene assorbita dai suoi passeggeri disincarnati.

Quando i tentativi della Terra di sfruttare una miniera di naquadah appena scoperta vengono ostacolati da una tribù di indigeni Unas, l'SG-1 deve chiedere aiuto a un vecchio amico.

Il maggiore Carter si unisce a un pilota alieno per una gara spaziale, in cui il vincitore si aggiudica un lucroso contratto con la più potente società del pianeta. Ma il resto della squadra scopre che la posta in gioco è ben più alta del traguardo.

Uno scienziato dell'S.G.C. crea un virus informatico da usare per disabilitare gli Stargate nemici, ma riesce a disattivare l'intera rete di Stargate.

La squadra trova una colonia fuggitiva di donne Jaffa, che devono predare altri Jaffa per acquisire i simbionti.

La squadra indaga su un nuovo inarrestabile soldato nemico creato da Anubis. Il dottor Jackson guida una squadra alla ricerca di un dispositivo alieno in America Centrale, ma ottiene più di quanto si aspettasse.

O'Neill chiede aiuto a un ex compagno per salvare Daniel e il dottor Lee, rapiti in America Centrale. Carter, Teal'c e Jacob si infiltrano nella struttura di super-soldati di Anubis.

Carter rimane ferito quando il Prometheus viene attaccato da una nave sconosciuta e si risveglia trovandosi da solo nello spazio profondo.

Quando i Kelownani scoprono che un'enorme vena sotterranea di naquadah si sta trasformando in naquadria, Jonas Quinn chiede aiuto alla Terra per evitare la distruzione totale del suo pianeta.

La base segreta della Terra viene attaccata dalle forze di Anubis e il Maggiore Carter si ritrova ad essere braccato dal nemico. Il generale Hammond e Jacob Carter fanno una scoperta inquietante sull'alleanza Terra-Tok'ra.

Una troupe cinematografica arriva per documentare il lavoro dell'S.G.C. in vista di un'eventuale divulgazione al pubblico, ma scopre che il personale della base non è affatto entusiasta di partecipare.

L'SG-1 viene chiamata in azione mentre una troupe cinematografica sta documentando il programma Stargate, ma l'S.G.C. viene indagato dopo che la missione va terribilmente male.

L'SG-1 indaga su un laboratorio segreto della N.I.D., dove uno spietato scienziato ha usato la tecnologia della clonazione per creare un ibrido Goa'uld-umano.

Il giorno dell'insediamento del nuovo presidente, dopo che questi è stato informato del programma Stargate, il suo vice, l'ex-senatore Kinsey, cerca di convincerlo a togliere al generale Hammond la responsabilità di guidare il comando Stargate.

O'Neill fa di tutto per evitare che le conoscenze degli Antichi cadano nelle mani dei Goa'uld quando la squadra scopre un secondo deposito. Il Presidente sostituisce il Generale Hammond con un diplomatico civile.

Anubis inizia un assalto sistematico alla Terra e l'unica speranza di salvezza del pianeta dipende dalla capacità dell'SG-1 di trovare la mitica Città Perduta degli Antichi.