L'episodio si colloca un anno dopo le vicende narrate nel film Stargate, quando il portale rimasto inutilizzato in una base militare si attiva improvvisamente e da esso fuoriescono creature aliene agli ordini di Apophis, un goa'uld della stessa razza del defunto Ra, che uccidono alcuni soldati e rapiscono una soldatessa.

Il programma Stargate viene riattivato agli ordini del generale George Hammond, che fa richiamare in servizio il colonnello Jack O'Neill e lo invia su Abydos assieme al capitano Samantha Carter con il compito di trovare il professor Jackson, la cui moglie Sha're viene rapita dai goa'uld poco dopo.

I soldati riescono ad arrivare sul pianeta Chulak, dove Apophis vuole usare Sha're come ospite per sua moglie; vengono fatti prigionieri ma riescono a liberarsi grazie all'aiuto di Teal'c, una delle guardie di Apophis ribellatasi al suo padrone. Ritornano sulla Terra, ma lasciano i loro cari nelle mani dei loro nemici

Colonel O'Neill, leading the new SG-1, track Apophis back to the planet Chulak to rescue Sha're and Skaara, and befriend one of Apophis' Jaffa guards.

Il comandante della SG-2 Charles Kawalsky soffre di una terribile cefalea, causata da un giovane goa'uld penetrato nel suo cervello. Piuttosto che subire questa orribile intrusione, che gli fa perdere qualsiasi coscienza e volontà Kawalsky si sottopone ad un delicato e pericoloso intervento neurochirurgico di rimozione che purtroppo non avrà successo e il maggiore morirà dopo un duro scontro con Teal'c il quale, per ordine del presidente degli Stati Uniti, diventa ufficialmente il nuovo componente della SG-1.

Jack O'Neill e la sua squadra arrivano sul pianeta P3X-797 e scoprono che è diviso in due zone: in una, illuminata, abitano gli Intoccati, organizzati in una civiltà simile all'età del bronzo; nell'altra, perennemente oscura, vivono allo stato primitivo i Posseduti, ominidi aggressivi e selvaggi. Al ritorno alla base i membri della squadra portano con sé un virus che rischia di trasformare tutti i membri della base in Posseduti.

La squadra SG-9 è scomparsa. Inviato ad indagare, l'SG-1 scopre che Jonas Hanson, comandante della squadra dispersa, nonché ex fidanzato di Sam, ha sfruttato le sue conoscenze tecnologiche per soggiogare brutalmente la primitiva popolazione del pianeta, recitando la parte di una divinità. L'SG-1 smaschererà l'inganno, ma non riuscirà a salvare Hanson dal suo delirio di onnipotenza.

Durante l'esplorazione di un nuovo pianeta, il cui suolo è disseminato di cristalli frantumati, Jack O'Neill ne trova uno intatto e viene colpito da una scarica d'energia che lo tramortisce. Un duplicato di O'Neill, rientrato sulla Terra assieme alla squadra ignara dello scambio, prende ad interessarsi della vita privata del colonnello, ed in particolare della sua ex-moglie e del figlio morto in un incidente.

I membri della squadra SG-1, andati ad indagare sull'esistenza di una forma di vita capace di rendersi invisibile, vengono attaccati ed uccisi dai Jaffa di Apophis, che si trova sul pianeta per lo stesso motivo. Ma sono riportati in vita dai Nox, un popolo dotato di poteri magici, ma di indole gentile ed ingenua, che l'SG-1 dovrà proteggere da Apophis e da se stessi.

Sul pianeta Argos, Jack O'Neill ed i suoi uomini scoprono una società apparentemente felice e dedita ai festeggiamenti, che però soffre di un invecchiamento accelerato. Sedotto da una donna del posto, O'Neill prende anch'egli ad invecchiare rapidamente, mentre il resto della squadra torna sulla Terra per cercare una soluzione.

Gli uomini dell'SG-1 arrivano a Cimmeria, dove Jack O'Neill e Teal'c vengono risucchiati in un labirinto e si scontrano con un Unas, una creatura che è stata la prima ospite per i Goa'uld. Qui si trova anche il martello di Thor, un'arma degli Asgard progettata per distruggere i Goa'uld.

Visionando alcuni vecchi filmati Daniel Jackson intuisce che nel 1945 lo scopritore dello stargate professor Langford riuscì a inviare il suo assistente Ernest Littlefield attraverso il portale, senza fare più ritorno. l'SG-1 parte sulle tracce di Littlefield assieme alla figlia del professore Catherine Langford, allora fidanzata del giovane assistente scomparso.

Teal'c rivela all'SG-1 di aver abbandonato sua moglie e suo figlio sul pianeta Chulak, e di volerli ricontattare. Il generale Hammond organizza una spedizione allo scopo di salvare il piccolo Rya'c, che ha raggiunto l'età per ricevere un simbionte Goa'uld.

Daniel Jackson viene ritenuto morto in missione, mentre è in realtà tenuto prigioniero dall'alieno anfibio Nem, un Oannes, che ha manipolato e suggestionato il resto della squadra inculcando loro falsi ricordi per evitarne il ritorno sul pianeta. L'alieno crede che Jackson sia un servitore dei Goa'uld e che possa sapere qualcosa sulla scomparsa della sua compagna, avvenuta 4000 anni prima nella città di Babilonia.

In un sito archeologico in Messico viene liberata per caso Hathor, la madre di tutti i Goa'uld e moglie di Ra. Infiltratasi nel Comando Stargate, inizia a soggiogare e manipolare i soldati di sesso maschile, mentre le donne sembrano immuni ai suoi metodi. Lo scopo di Hathor è quello di dare alla luce un nuovo tipo di larva Goa'uld, usando il colonnello O'Neill come ospite.

Una strana malattia ha ucciso tutti gli abitanti del pianeta P8X-987, tranne una bambina di nome Cassandra, che viene portata sulla Terra. Samantha Carter si affeziona rapidamente alla piccola, rimanendo sconvolta quando scopre che la bambina potrebbe essere stata usata dai Goa'uld come cavallo di Troia per trasportare una bomba all'interno del proprio corpo.

Durante una missione Teal'c viene arrestato per aver ucciso un uomo mentre era agli ordini di Apophis e sottoposto al Cor-ai, un processo in cui l'accusatore è anche giuria e giudice. Viene condannato a morte, ma poco prima dell'esecuzione le truppe di Apophis attaccano il pianeta e Teal'c salva gli abitanti del luogo.

Il colonnello Jack O'Neill e la sua squadra arrivano sul pianeta Tollan, dove regnano morte e distruzione. Il team porta sulla Terra un gruppo di sopravvissuti tecnologicamente evoluti, i quali però non desiderano condividere le proprie conoscenze, per timore che vengano male impiegate. L'intelligence militare tenta di costringerli a collaborare, ma l'SG-1 non condivide i metodi adottati e riesce a trovare una collocazione temporanea per i sopravvissuti.

Un incidente al DHD dello stargate causa il mancato rientro di Jack O'Neill e Samantha Carter, che si ritrovano feriti e dispersi su un pianeta ghiacciato, a breve distanza da un portale non funzionante. Dopo estenuanti ricerche Daniel Jackson riesce ad intuire l'esistenza di un secondo stargate sotto i ghiacci dell'Antartide.

La squadra SG-1 in missione viene colpita da una misteriosa energia e soccorsa da un solitario nativo che afferma di averli guariti e migliorati. Ma una volta ritornati sulla Terra i componenti si accorgono di essere stati modificati e trasformati in robot. Ritornano quindi sul pianeta per affrontare colui che li ha omaggiati di un così discutibile dono, per scoprire che anch'egli condivide la loro stessa sorte.

Un manufatto di origine aliena trasporta Daniel Jackson in una realtà parallela, nella quale egli non è membro della SG-1 ed il programma Stargate è condotto da Catherine Langford. In questo universo i Goa'uld stanno attaccando con successo la Terra e le loro truppe guidate da Teal'c si preparano a sferrare l'ultimo assalto al Comando Stargate. Jackson riuscirà a tornare alla sua realtà portando con sé le preziose coordinate che indicano da quale pianeta è partito l'attacco alla terra dell'universo alternativo, consapevole che molto probabilmente un simile attacco potrebbe avvenire anche nella sua realtà.

Il senatore Kinsey è incaricato di svolgere indagini sull'attività della sezione Stargate, in vista di una chiusura della base. Infatti il senatore è convinto che il programma sia in realtà una montatura dei militari per ottenere ingenti finanziamenti dal governo. Inutili sono le narrazioni delle minacce sventate dalla squadra e gli avvertimenti di Daniel Jackson, che continua a sostenere che un attacco dei Goa'uld sia imminente.

Mentre Daniel Jackson tenta di convincere suoi compagni dell'imminenza di un attacco dei Goa'uld, il senatore Kinsey riesce a far chiudere lo Stargate, ma ciò non impedisce che la squadra SG-1 passi attraverso il portale contravvenendo agli ordini. I quattro si ritrovano catapultati in una astronave Goa'uld diretta contro la Terra al comando del figlio di Apophis Klorell, che è ospite del corpo di Skaara, un tempo amico di O'Neill. La nave viene minata ma parte della squadra viene catturata. Il destino della Terra dipende dai due compagni rimasti liberi e dall'opposizione di Skaara al controllo del suo ospite.