綱手の顔岩が増えた木ノ葉の里では、下忍へと成長した木ノ葉丸軍団が担当のエビスの元、Ｄランク任務にいそしんでいた。「こんなショボイ任務じゃやる気が出ない」と駄々をこねる木ノ葉丸に、昔のナルトの姿を重ね合わせ苦笑するイルカ達。そんな折、木ノ葉の門をくぐる人影があった。その人物こそ自来也との長き旅を終え、大きく成長したうずまきナルト本人だった！！「みんなー！　うずまきナルトが帰ってきたぞ――っ！！」

お待ちかね。血沸き肉踊る『ナルト疾風伝』いよいよ開幕！

自来也の最新作『イチャイチャタクティクス』を受け取り浮かれるカカシ。しかし自来也は暁が動き出したという極秘情報をも里に持ち帰った。約束どおりナルトは再びカカシの元に就く事になるが、これまでの修業の成果を見せる為にサクラとタッグを組み、かつて行った『サバイバル演習』にてカカシに挑む事になる。一方、砂の里では風影となった我愛羅の近くで不審な動きが始まろうとしていた。遂に『暁』のメンバーが砂の里に降り立ったのだ。

白熱するナルト達のサバイバル演習。二人の成長を肌で感じるカカシは、はじめから写輪眼を解放する。術の連係に切れを増したナルト。医療忍者としての修行を重ね、戦闘に不向きと思われていたサクラも、綱手直伝の必殺技を駆使して激しくカカシを追い込んでいく。その頃、砂の里では我愛羅を狙う暁のデイダラが極秘潜入工作を開始していた。たやすく張り巡らされた数々の警備を突破していくデイダラ。潜入成功かと思われたそのとき――。

いち早くデイダラの存在に気付いた我愛羅によって開かれる戦端。巨鳥に乗るデイダラと砂に乗る我愛羅の空中戦が展開される。砂隠れの里は上忍・由良が暁の手下であったとは知らず、続く甚大な被害に混乱に陥る。一方、木ノ葉ではナルト達のサバイバル演習が続いていた。夜明けというタイムリミットに追われ、じりじりと焦るナルトとサクラは改めて『コピー忍者のカカシ』の凄さを実感する。膠着する戦況。遂に二人は、いちかばちかのある作戦に出る。

カカシとの勝負に勝ち、自分達の成長を証明してみせたナルトとサクラ。綱手は二人の力を認め、三人一組(スリーマンセル)としてカカシ班に配属する。先生であったカカシに『対等な木ノ葉の忍』と認められ、がぜん張り切る二人。一方、砂の里では我愛羅とデイダラの激しい戦闘が続いていた。戦況を見守るバキは万一、守鶴が発現した場合を考え警戒するが、カンクロウはその可能性を否定する。カンクロウは弟である我愛羅の胸に秘められた強い決意を知っていたのだ…。

デイダラの起爆粘土から里を守るため、チャクラを総動員して巨大な砂の盾を完成させる我愛羅。辛くも里を救うがその代償はあまりに大きかった。生じた隙から絶対防御を逆手に取られ、次々とデイダラの罠に絡め取られていく。絶望の戦況を覆す術はない。砂忍たちの応援も虚しく――遂に我愛羅は最後の力を里の為に使い、デイダラの手に落ちるのだった…。 (TV Tokyo)

力尽きた我愛羅を奪い去るデイダラ。カンクロウはバキの制止を振り切り、弟・我愛羅を取り戻すべくすぐさま小隊にて追跡を開始する。しかし追っ手がかかる事は暁の想定の範囲内。巧妙に仕掛けたトラップで次々と砂の追っ手を脱落させていく。――しかしカンクロウは執念の追跡で、ただ一人暁の元に辿り着くのだった。一方その頃、木ノ葉ではナルト達が新チーム初任務の日を迎えていた。

砂の里に急ぐ道すがら、テマリと合流するカカシ班。隊列を乱してまで先を急ぐナルトを諌めるカカシだが、ナルトは暁に対する激しい怒りを爆発させる。体に化物を飼うという、同じ苦しみを分かち合う仲間として心から我愛羅の身を案じるナルト。その涙はテマリの心を深く揺さぶる。一方、瀕死の状態で回収されるカンクロウ。早速治療が施されるが、その身に受けた未知の毒のせいで解毒は不能。このままでは二、三日の内に命が尽きると判明する。

砂の里からの緊急通信により、暁による風影誘拐の報せが木ノ葉に届く。一刻を争うと判断した綱手は、早速『暁』に関しての情報をもつカカシ班を砂の里に向かわせる。一方、我愛羅を取り戻すべく暁との戦端を開くカンクロウ。しかし傀儡の仕込みを次々と読まれ苦境に追い込まれる。その敵の正体はカンクロウの傀儡の製作者であり、かつて砂の傀儡部隊の天才造形師と謳われた『赤砂のサソリ』だったのだ――！

一刻を争うカンクロウの病状に手を尽くす砂忍達。しかしそれは毒の専門であるチヨ婆の手にすら余る代物だった。唯一の望みは、医療スペシャリスト・綱手より遣わされた木ノ葉の援軍のみ。しかし肝心のナルト達は、砂嵐により行く手を阻まれてしまう。一方、木ノ葉にてカカシ班の任務の行方を案ずる綱手は最悪の事態を想定し、 任務帰りのガイ班四名を援軍として砂へ走らせる。同じ頃、我愛羅を奪取しアジトに運んだ“暁”達は我愛羅から尾獣を引き剥がすべく 『封印術・幻龍九封尽(げんりゅうきゅうふうじん)』を開始するのだった。

危篤状態のカンクロウの治療を開始するサクラ。修業期間を経、一人前の医療忍者となったサクラは皆が目を見張る鮮やかな手並みで完璧な処置を施していく。初めこそ仇敵である木ノ葉に不信感を募らせていたチヨばあだが、砂の危機に直弟子を遣わす綱手の心遣い、またサクラの懸命な治療に心を打たれ、時代の変化を知るのだった。一命を取り留めたカンクロウは暁追跡への手掛かりを提供。早速カカシは忍犬による追跡を開始する。

危暁のアジトを突き止めるパックン。直ちに我愛羅奪還に発とうとするカカシ班とテマリだが、テマリは里の上役により手薄になっている里の警備を命じられてしまう。代わって名乗りをあげたのはチヨバアだった。四人一組となったナルト達は暁のアジトを目指すが、道すがらチヨバアより『尾獣』の話を聞き、衝撃を受けるナルトとサクラ。一方、その頃パックンは砂へ向かう途中のガイ班の元に辿り付いていた。現在最も暁のアジト近くにいるガイ班は、パックンの案内のもと直接アジトを目指す。だがその動きは既に敵の知る所だった。

かつて敗北を喫した因縁の相手、うちはイタチと遭遇したカカシ班。カカシは瞳術にかけられるのを防ぐ為、写輪眼を見ないよう皆に警告する。イタチ戦を一手に引き受けんとするカカシは、ナルトに後方の援護を要請し、臨戦態勢に突入する。一方、同じく因縁の相手、干柿鬼鮫との戦闘に突入するガイ班。かつてガイに受けた『借り』を返そうとする鬼鮫は、圧倒的なチャクラ量で木ノ葉勢を追い込み、遂にはネジ、リー、テンテンを水牢の術に囲い込む！

教え子三人を水牢の術に捕らえられ、失策を悔いるガイ。次こそ自らの武器で対抗すべく愛用のヌンチャクで鬼鮫に挑む。超体術ＶＳ怪力の激しい肉弾戦になだれ込む両者。テンテンが酸素不足の限界を迎える中、遂にガイは一気に勝負をつけるため禁断の奥義の準備に入る。一方、写輪眼を見ていないのにもかかわらずイタチの幻術に捕らわれてしまったナルト。焦燥にかられるナルトだが、その脳裏を過ぎったのは師・自来也による『幻術対策』の修業の数々だった。

幻術返しが決まらず窮地に陥るナルトを救ったのは、チヨとサクラだった。すかさず反撃に転じるカカシ。イタチ相手にハイレベルな忍者戦を繰り広げ、裏の裏を読む作戦でカカシは天才忍者の本領を発揮。遂にナルトと協力してイタチを仕留めるのだった。一方、鬼鮫相手に苦戦を強いられていたガイだが、大技『朝孔雀』にて鬼鮫を撃破。無事因縁の敵を倒した筈の木ノ葉勢だったが――！？

倒された鬼鮫とイタチは『象転の術』によって姿と能力を模されたまったくの別人だった。これを時間稼ぎと読むチヨバアとカカシは、既に暁は我愛羅から尾獣を引き剥がしにかかっていると推測、焦りをにじませる。状況が把握できないサクラとナルトに『尾獣』とそれを宿す『人柱力』の関係について語り始めるチヨバア。その衝撃の内容に『人柱力』であるナルトの運命を重ね、サクラは思わず一筋の涙を流す。

過酷な道行きに備え、それぞれ束の間の休息をとるガイ班とカカシ班。チヨバアはまどろむナルトに幼い日のサソリの面影を重ねる。追跡再開の道中、ナルトの我愛羅への入れ込みようを不思議がるチヨバアに、カカシはナルトが人柱力であることを説明。他国から砂隠れを守るためとはいえ、自ら進んで我愛羅に守鶴を憑依させたチヨバアは、己の過去の過ちを悔い、これから成すべき事に思いを巡らせる。一方その頃、暁による『封印術・幻龍九封尽』は完成の時を迎えていた。薄れゆく我愛羅の意識は白い光の中に飲み込まれていき――。

暁のアジトにたどり着いたカカシ班とガイ班。早速侵入を試みるも、暁の仕掛けた五封結界に行く手を阻まれてしまう。結界解除の方法は、仕掛けられた五枚の札を同時に剥がすことのみ。ネジの白眼で札のありかを探り出し、連係プレイで結界を破壊する木ノ葉勢。だがその動きはすでに暁の知るところだった。洞窟内でナルトが見た衝撃の光景、またガイ班を襲う、予測不能のトラップとは――！？

「五封結界」解除の際のトラップにより、おのれの写し身との戦いを余儀なくされるガイ班。各自の能力をもコピーする精巧な偽物に思わぬ足止めを食わされてしまう。一方、暁のアジトでは「九尾の人柱力」を奪い合うデイダラとサソリが対立していた。我愛羅を攫ってアジトを飛び出すデイダラを怒りに任せて追っていってしまうナルト。必然、後を追わざるを得ないカカシは残るチヨバアとサクラに「無茶をするな」と言い残すが――。

遂に対決の時を迎える祖母と孫。あらわになったサソリ異形におののくサクラに、チヨバアは攻防一体の傀儡『ヒルコ』の説明をする。中にいるサソリ本体を倒すにはまずヒルコを破壊せねばならない。しかしヒルコの持つ毒は猛毒で、かすり傷でさえ致命傷になる。

サソリの複雑な仕込みを読みとっさの状況判断ができるのは、祖母であるチヨバアだけ。その反面、ヒルコを破壊する決定打はサクラしか持ち得ない。明らかになる窮地に、二人が取った秘策とは――？

ヒルコからサソリを引きずり出す事に成功したチヨバアとサクラ。しかし驚いた事にサソリは二十年前と変わらぬ風貌をしていた。

絶句するチヨバアだが、次いでサソリが引き出した第二の傀儡の姿に更に驚嘆する。それは歴代最強と謳われた、三代目風影の人傀儡だった。十年以上前の風影失踪事件の黒幕はサソリだったのだ。

事実を知り、三度までも風影を手にかけた孫への怒りにチヨバアは身を震わせる。

一方その頃、砂隠れではカンクロウとテマリを始めとする忍達がある場所を目指していた。

サソリの策にはまり毒煙を浴びるサクラ。しかしサクラは起爆札を用い、自分ごと毒煙を吹き飛ばすという荒業で窮地を打破する。「自らが傷ついても必ずサソリを捕まえ、大蛇丸の事を吐かせる」と宣言するサクラの猛々しい覚悟はチヨバアの心に大きく響く。サソリの攻撃にさらされるサクラを守るため、チヨバアはこの戦いのためにだけ持ち出した、因縁の傀儡を口寄せする。一方その頃、攫われた我愛羅をデイダラから取り戻すべく、ナルトとカカシは必死の追跡を続けていた。

人体から作った『人傀儡』最大の利点は生前のその者の術を扱えるという事。チャクラを磁力に変えるという特殊体質を持つ三代目風影の人傀儡を前に、不利と読むチヨバアはサクラに退避を促す。だがときすでに遅く三代目風影を使ったサソリの猛攻撃が開始。サクラを庇いつつ戦うチヨバアだが、瞬く間に『父』と『母』を砂鉄で封じられ、傀儡を失ってしまった。一気に勝負を畳み掛けるサソリ。訪れる絶体絶命の窮地の中で、サクラはひとつの決断をする。

三代目風影の砂鉄攻撃を怪力で押し返すサクラ。「医療忍者に最も必要な能力は、攻撃に対する回避能力」その信念の元、修業期間中綱手に徹底的に鍛えられたサクラは短時間の戦闘にもかかわらず、早くもサソリの攻撃パターンを見切り始めていた。このままでは時間を食うと判断したサソリは、チャクラ消費を覚悟で広域にて標的を捉える「砂鉄界法」を繰り出す。空間を覆いつくす絶対不可避の砂鉄攻撃は、遂にサクラに毒を伴う手傷を負わせ――！？

隠し玉の解毒薬にて三代目風影を破壊したサクラ。驚愕のチヨバアにサクラは解毒薬の説明をする。毒を無害なタンパク質に変える解毒薬の効果が持続する時間は約三分。チヨバアとサクラは何としても制限時間内にサソリを倒そうと決意する。ここにきてサクラの実力を認めざるをえないサソリは、遂に奥の手のカラクリを披露。――その頃、我愛羅奪還の為デイダラを追うナルトとカカシは標的捕獲の為、ある作戦を立てていた。

人傀儡として己を使うサソリと壮絶な死闘を繰り広げるサクラ達。なんとか制限時間内にサソリを倒すことに成功するが、傀儡であるサソリは再び蘇ってしまう。この戦いを幕引きとする為、チヨバアは己で禁じていたカラクリ「白秘儀・十機近松の集」を口寄せ、対するサソリは「赤秘儀・百機の操演」の構えに入る。解毒剤が切れたサクラも加わり、両勢力は正真正銘、終劇に向けた最後の戦いに突入する。未曾有の傀儡バトルの結果は果たして――！？

身を挺して自分の危機を救ったサクラの為、同じく毒に侵されたチヨバアは迷わず最後の解毒薬を使った。互いを思いやるくノ一達の行動をせせら笑うサソリがチヨバアにとどめを刺そうとした瞬間、チヨバアの最後の反撃がついにサソリを打ち倒す。しかし毒刃を急所に受けたサクラは瀕死の状態だった。もはや医療忍術では救いきれないサクラの命を繋ぎとめたのは、皮肉にもチヨバアがかつてサソリのために開発した禁断の術だった。

遠く、サクラ達の死闘の結末を察するガイ班。しかし未だ己の偽者相手の戦闘は続いていた。時間と共に疲労の色を見せる本体とは逆に、出現時の動きをキープし続ける偽者に追い込まれていくガイ班たち。しかし無線越しにリーが唱えた逆転の秘策が、班員のしぼみかけた闘志に火をつける！一方、我愛羅を攫ったデイダラを追うナルト達。激しい追走の最中でもカカシの新術の準備は着々と進められていた。

毒を受けたチヨバアを支え、ナルトの元に急ぐサクラ。同じく戦闘を終えたガイ班もカカシ班援護のため走り出していた。一方、すべての準備を終え、ついに発動するカカシの「万華鏡写輪眼」。その術は瞳に捕らえられた空間をべつの空間に転送してしまうという脅威の瞳術だった。術を食らったデイダラの隙をつき、ようやく我愛羅奪還に成功するナルト。しかし改めて目にする我愛羅の姿はナルトの怒りに火をつけ、凶暴な感情を呼び起こす。

怒りに理性を吹き飛ばされ、己を失い九尾に支配されゆくナルト。事前に自来也の忠告を受けていたカカシは、すんでのところで九尾の暴走を抑える事に成功する。潜んで成り行きを見守っていたデイダラは、合流してきたサクラ達の様子からサソリの敗北を知るが、時を同じくして駆けつけたガイ班に退路を塞がれる。腕を失い、もはや印を組めぬデイダラは最後の手段として――諸共に死すべく、木ノ葉勢を巻き込んだ自爆を図るのだった。

ナルトの力を借りつつ、我愛羅に転生忍術を施すチヨバア。術の代償を知るサクラは涙をにじませるが、チヨバアはしっかりとした言葉で若き忍達に未来を託す。やがて目覚めた我愛羅が目にしたのはナルト達の他、我愛羅を慕い駆けつけた多くの砂忍たちの姿だった。我愛羅復活の賑わいの中、ひっそりとその命を終えるチヨバア。転生忍術の真実を知ったナルト達は偉大なくノ一チヨバアのために深く黙祷を捧げるのだった。

我愛羅と共に砂隠れに凱旋するナルト達を歓迎する里人たち。しかしナルト達はサソリから得た情報を報告する為、直ぐに木ノ葉に戻る必要があった。チヨの墓参りを済ませ、別れを惜しむ一同。照れるナルトは我愛羅に促され、別れの握手を交わす。一方、森はずれの荒野では暁のゼツと手下トビの前に、満身創痍のデイダラが現れる。デイダラは自爆分身を陽動に逃げおおせていたのだった。さらに木ノ葉では謎の少年サイをカカシ班に潜入させようという動きが――！？

木ノ葉に帰還する木ノ葉たち。万華鏡写輪眼のダメージが抜け切らないカカシは病院に収容され、一週間の安静を言いつけられる。しかし大蛇丸の部下との接触の機会は四日後と迫っていた。「別の隊を派遣すべき」というシズネの主張を押し切って、綱手は欠員を補充したカカシ班を任務に差し向けると宣言。それを聞きつけたナルトは早速補充メンバーを探すべく里に繰り出すが、途中謎の少年サイの襲撃を受ける――！

ナルトに近いうちの再会を予言し、鮮やかに姿を消す襲撃者サイ。一方その頃、綱手は里のご意見番、ホムラとコハルの呼び出しを受けていた。「人柱力であるナルトを暁絡みの任務につけるべきではない」と主張するご意見番は、今後ナルトには優秀な忍をつけ、監視と護衛を強化すべきだと提案する。断る綱手だが、ご意見番は綱手の無理を聞く交換条件として、綱手にとって対抗勢力にあたるダンゾウの推薦する人物をカカシ班の追加要員とする事を要求する。

先の襲撃はサイによる力試しだった事を知り憤るナルト。サクラが止めに入るものの、早くも結成したばかりのカカシ班に険悪なムードが漂い始める。一方、木ノ葉病院のカカシの病室には綱手、自来也、ヤマト、シズネが集まっていた。自来也は過去に見たナルトの暴走の様子を報告し、ヤマトに注意を喚起する。同じ頃、サイは『根』の者より謎の封筒を手渡されていた。果たしてダンゾウよりサイが下された極秘任務とは？――それぞれの思惑が交錯する中、カカシ班に出発の時が迫る。

天地橋を目指す新カカシ班。「サイはサスケ不在の間の穴埋め」と考え、あくまで班員として認めようとしないナルトに対し、応じたサイがサスケを侮蔑した事から、新旧班員の対立はついに決定的な局面を迎える。力づくでその場を収める隊長のヤマト。しかし驚くべき事にヤマトは初代火影のみが使用したとされる伝説の「木遁忍術」の使い手だった。動揺するサクラを尻目に、ヤマトはチームプレイに支障をきたしかねない絶望的な人間関係を改善する為、道中温泉旅館に一泊する事を提案する。

出発までの間に、一人抽象画を書くサイを発見するサクラ。絵のタイトルを尋ねるが、サイはタイトルはつけられないと答える。その様子が気にかかるサクラは、サイの持ち物の中に特徴的な絵本を発見する。その後、暁の待ち伏せを警戒しつつ、天地橋への道のりを急ぐナルト達。あくまで「サソリのスパイの拘束」を目標とする今回の任務の難しさを知るヤマトは、万一戦闘に突入した場合に備え、作戦中は二人一組のバディシステムで動く事を提案する。ナルトのバディの相手は果たして――？

天地橋での本番を前に、各自の実際の戦闘スキルや術の系統を把握する為、半日をチームプレイのシミュレーションに当てるカカシ班。サイは模擬戦にてナルトを見捨てる事で任務を成功させる。当然噛み付くナルトだが、逆に戦闘力の低さを指摘され歯噛みする羽目に。衝突は必至と思われたが、ナルトは「サスケを救う為なら、サイとでも組んでやる」と宣言。サスケを思うナルトの強い気持ちを察するサクラだが、サイは突然、「自分には感情がない」と告白する。

遂に訪れるスパイ拘束の日。かねてよりの作戦通り、サソリに変化したヤマトが待ち受ける中、姿を見せる暁のスパイ。だがなんとその正体は薬師カブトだった。驚きを隠せないナルト達だが、更にそこにカブトを尾行してきた大蛇丸が突如参戦し、怒涛の急展開に突入する！

さすがに焦りをにじませる隊長ヤマト。想定外の窮地に陥るカカシ班の運命と任務の行方は――！？

仇敵である大蛇丸の出現を受け、いきなり九尾の力を解放するナルト。その驚異的な力を目の当たりにしたヤマトはナルトの四本目の尾を見、命を落としかけたという自来也の話を思い出していた。ナルト自身の体をも蝕む九尾のチャクラを押さえ込む事こそヤマトに託された使命だったのだ。――そして明らかになるヤマト木遁忍術の秘密。しかし大蛇丸への怒りが引き金となり、ナルトは三本目の尾を発動する…！

三本目の尾を発動し、大蛇丸のみを標的として追うナルトの目に仲間の姿は映らない。激しさを増す戦いに巻き込まれ、意識を失うサクラ。サクラ救出に手を差し伸べるヤマトの隙をつき、サイは遂にダンゾウから託された極秘任務をスタートさせる。一方大蛇丸の挑発を受けたナルトは先走るサスケ奪還への願いと焦燥の中、ついに禁断の四本目の尾を発動してしまうのだった。

四本目の尾の発動により完全に意識を失い、破壊衝動に支配されるナルト。ようやく近付いたサイとヤマトの分身が目にしたのは、大蛇丸と九尾ナルトの人知を超えたおぞましい戦いだった。常人には耐えられない程邪念の強いチャクラを纏うナルトが何故動けるのか、疑問を抱くヤマト。ぶつかり合う三重羅生門と高密度のチャクラが生み出す爆風の中、ナルトの力と姿は更に――妖魔・九尾の妖狐へと近付いていく。

完全に意識を失い化け物の姿と成り果てても「サスケを絶対に連れ帰る」という想いを手放さないナルト。その悲しい姿に深く胸を抉られるサクラはヤマトの制止を振り切ってナルトに駆け寄り、傷を負ってしまう。だがその隙をつきヤマトはようやく木遁忍術にて九尾の暴走を止めることに成功するのだった。一方その頃、活動時間の限界を迎え戦線を離脱しようとしていた大蛇丸の前にダンゾウからの伝言を携えたサイが現れ――。

戦闘の混乱に乗じて大蛇丸との接触を無事果たすサイ。大蛇丸は渡された資料の内容からサイを受け入れ、アジトに連れ帰ることを決める。一方、ヤマトによって暴走を止められたナルトだが、その肉体は深刻なダメージを受けていた。己の無力さを噛みしめるサクラの姿にヤマトはサクラのある想いを感じ取る。やがて意識を取り戻したナルトとサクラに、ヤマトはサイの不在を告げ――サイの上司、ダンゾウによる恐るべき陰謀の可能性を語る。

ダンゾウの目的が「大蛇丸と組んでの第二の木ノ葉崩し」と知り戦慄するナルト達。暴走の後遺症が残るナルトの身を案じるサクラだが「大蛇丸相手にチャンスは二度ない」とのヤマトの説得を受け、早速追跡を開始する。しかしサクラの脱落により程なく追跡休止を余儀なくされるカカシ班。実は九尾化したナルトから受けた傷は思いのほかサクラを苦しめていたのだ。一方、分身ヤマトの追尾に気付いた大蛇丸一行は追っ手をまくために、同行のサイを使ったある手段に出るが――。

Set in an Alternate Universe from the main continuity, the OVA tells the story of Naruto and his misadventures at the high school he attends as a transfer student. From the first day, he swiftly establishes a fierce rivalry with Sasuke, picks fights with every person he can, and fends off gangsters who would seek to defeat him. The story also outlines the three girls' reactions to Naruto's antics, as well as teasing the famous NaruHina ship somewhat.

ヤマトから周辺を破壊しサクラを傷つけた犯人は九尾解放時の自分と知らされ、ショックを受けるナルト。今後九尾の力は木遁で抑えると宣言するヤマトはナルトの持つ本来の力について触れ、九尾に頼らずに自分の力で仲間を取り戻すようナルトを諭す。一方、サイの絵本を見ていたサクラはそこに描かれた奇妙な物語に疑問を抱いていた。内容はサイとサイの「兄さん」についてのものと思われるのだが…。

大蛇丸のアジトにてサスケとの戦慄の対面を果たすサイ。そして以前サイが大蛇丸に渡したリストは火影直轄部隊・暗部の構成員リストである事が知れる。貴重な情報と引き換えに大蛇丸の下についたサイだが、信用が完全なものとなるまでしばらくの間、部屋をあてがわれ軟禁されることに。しかし一人きりになったサイはなぜか周囲を警戒しつつ、謎の冊子を口寄せする…。一方その頃、ヤマトから渡された発信機を飲んだナルト達は、サスケ奪還への決意を新たに、アジトへの潜入を開始していた。

ヤマトの先導によってサイの居所を突き止めるカカシ班。早速ダンソウによる「木ノ葉崩し計画」について問い詰めるが、不思議な事にサイはあっさりと計画の全貌を暴露する。全く悪びれない態度に苛立つナルト達だが、根の者であるサイは「自分は存在しない者」と言い放つ。しかし一連の行動からサイの意識下にある強い思いを感じ取るサクラは、サイに絵本を返却し、その行動に隠された矛盾を指摘するのだった。

いち早く異変に気づいたカブトによる襲撃を受けるカカシ班。不意打ちの形でサイを奪還されてしまうが、サクラに矛盾を指摘されたサイの心にはある変化が生まれていた。戦闘態勢に入ったナルト達を驚かせるサイの驚愕の行動とは――！？そして捕縛したカブトからの情報により、サスケの探索はついに大詰めを迎える。探索の為二手に分かれるカカシ班。走り出すナルトとサクラの胸に、サスケとの懐かしい思い出と別れの記憶が蘇る――。

九尾化のダメージの残る体で懸命にサスケを探し続けるナルト。その不器用で必死な姿はサイの心に兄の記憶を呼び起こさせるものだった。かつての気持ちを思い出し、遂に未完成の見開きを完成させたサイは初めて心の底からの笑顔を見せる。しかし突如として襲い掛かる大蛇丸の襲撃が束の間の平穏を打ち壊す。「サスケ君は必ず助け出す」と約束し、その場をナルトに任せて消えるサイ。しかし駆けつけたヤマトはサイが残した荷物の中に恐るべき真実を発見する。

サイに課せられた本当の任務が「サスケ暗殺」だったと知り、愕然とするカカシ班。サイが見せた笑顔を本物と信じたいナルトだが、芝居の可能性も否定できない。一方その頃、サイはサスケのもとに辿り着いていた。暗殺か救出か…根の者であるサイが選んだ結末とは――！？アジトの一部を崩壊させながら、交戦に突入するサイとサスケ。そしてチャクラの気配を手繰りサイのもとに駆けつけたナルト達は、遂に悲願だったサスケとの再会を果たすのだった。

遂に念願のサスケとの再会を果たしたナルト達。しかしサスケの心は三年の時を経てもまったく変わっていなかった。兄イタチへの復讐を第一の目的に据え、ナルト達とのつながりはすでに断ち切ったと告げるサスケは、容赦なく木ノ葉達に切りかかる。圧倒的な成長を見せ付けられ、徐々に追い込まれていく木ノ葉達。宿主の劣勢を感じ取った九尾は内面世界でナルトに加勢を呼びかけるが、サスケは進化した写輪眼の力で内面世界に侵入。制止を呼びかける、九尾の狐を打ち砕いてしまう。

必死に呼びかけるナルトの思いもむなしく、サスケの復讐への覚悟が翻る事はなかった。これ以上の説得は無意味と判断するヤマトは実力行使でサスケ拘束を試みようとするが、大蛇丸の介入により事態は急激なる終結を迎える。またもサスケを取り戻せなかったという後悔と己の無力さに打ちひしがれるナルトだが、うずくまるナルトの背に優しくも厳しい言葉がかけられる…。大蛇丸の転生までの期限は約半年。ようやく真の結束に辿り着いた新生カカシ班は、胸に刻んだ誓いを新たにする。

サスケ奪還失敗より数日後、奇妙な悪夢がナルトを襲う。目覚めた後も忘れがたい不思議な余韻に捕らわれ、しばし呆然とするナルト。次の日、医療関係の資料を探しに図書館を訪れたサクラは、人間関係についての本を真剣に読み漁るサイに遭遇。そこに一日も早くカカシ班に馴染もうとする努力を見て取り、微笑ましい気分になるサクラは、ナルトと計画していたカカシの見舞いにサイを誘う。早速病院を訪れた一行だが、そこでカカシはナルトにある提案をする。

待ちに待ったカカシとの修業に入るナルト。口頭での説明がまったく入っていかないナルトに脱力するカカシだが、ナルトはどの道経験して覚えるタイプと開き直る。「螺旋丸を超える、ナルトだけのオリジナル忍術」を開発する為、病床にてカカシが編み出した膨大な時間と努力を短期に圧縮するためのとっておきの修業方法とは。そのための強力な助っ人の登場にテンションがあがるナルトは、更に新術開発に必要になる己の「チャクラの性質」を調べる事になるが…。

自分が戦闘能力抜群のチャクラ「風」の性質を持つ事を知り、修業に熱が入るナルト。しかしなかなか進まない状況に業を煮やしたナルトは、早速影分身の特性を生かして同じ「風」のチャクラを持つアスマにコツを聴きに行く事に。一方その頃、綱手は国境付近の村で起きた襲撃事件についての報告を受けていた。敵が「暁」である可能性を考慮し、調査開始を命ずる綱手。できればナルトに修業期間を与えてやりたいと考えていたが、万が一にも暁にナルトの居場所を特定されるのは避けたい――そう判断する綱手は、一時ナルトの修業を中断させ、カカシ班に任務を与える決断をする。

カカシ班に命じられたのは火の寺で頻発している「墓荒らし事件」の解決だった。その犯行は通常の墓荒らしとは違い、副葬品狙いではないとの事から、ヤマトはその狙いは火の寺周辺にある「四つの隠し墓」に葬られた忍の遺体ではないかと睨む。早速、隠し墓の周辺で火の寺の僧・地陸と待ち合わせる事になるが、修業を中断され乗り気ではないナルトは、こっそりと一人修業に励むうち仲間達とはぐれてしまう。夜の森を彷徨うナルトの前に、突如現れた驚くべき光景、そして遭遇する謎の人影の正体とは――！？

万一に備え、火の寺にて待機するカカシ班。その間、地陸は隠し墓の主が火の国大名の直属組織『守護忍十二士』である事を告げ、かつて地陸とアスマも組織に所属していた事を明かす。驚く仲間たちは更に、守護忍十二士たちがかつて起こしたある恐ろしい事件について知る事になる。一方、少年僧の修業を見ていたナルトは寺の僧達とソラの間に漂う微妙な空気に疑問を抱く

最後の隠し墓が暴かれたとの連絡を受け、急ぎ柩の行方を追うナルト達。しかしそれはナルト達を呼び込むための敵の罠だった。柩を強奪するのみならず、わざわざ戦闘に持ち込もうとする敵の真意を測りかねるヤマトだが、有無を言わさず戦闘が開始される。一方木ノ葉では、いまだに読めぬダンゾウの思惑や、暁や大蛇丸の動きなど…数々の不安材料に頭を痛める綱手の姿があった。

別の場所の地形を丸々呼び寄せる敵の「土地寄せの術」によって分断されたナルト達。個々を襲う刺客との戦闘を余儀なくされるが、圧倒的に地の利がある敵に苦戦を強いられてしまう。打ち込まれたマーカーにより動きの全てを読まれたサイは、サクラを庇ってその身に毒を受ける。解毒にまわるサクラだが――。一方その頃、ナルトは最低三つの属性を持つ、くノ一フウカに追い詰められていた。更に一人きりになったソラの前に怪しい人影が現われ…。

隠し墓を襲った謎の男、フリドとの戦闘になだれ込むソラ。ソラの人並みならぬ力を賞賛し、「天から授かったその力の使い道を考えるべきだ」と諭すフリドは、自分がソラの父の旧知であることをにおわせて姿を消してしまう。一方、ナルトは不可思議な術を操るくの一フウカ相手に苦戦を強いられていた。全ての属性を操り、致命傷を受けてなお立ち上がるフウカに絶体絶命の危機に追い込まれるナルト。そこに駆けつける助っ人とは…。

「隠し墓を襲撃した連中の狙いはソラにあるのではないか？」そう推測するヤマトは、しばし戦列に戻れないサイの代わりを理由にソラを臨時のカカシ班員として迎え入れる事を決める。気乗りしないナルトだが、里に戻った途端ソラの面倒を丸ごと押し付けられてしまうことに…。ナルト目前で次々と信じられないトラブルを起こすソラ。挙句の果てにキバやチョウジまで巻き込んでの乱闘騒ぎにもつれ込むが、それを止めたのは意外な人物だった。一方、火の国の一角で襲撃者フリドは次なる行動を開始していた。

ひょんな事からアスマに修業を見てもらう事になるナルトとソラ。アスマの鉄拳指導の下、二人は風の属性修業に没頭していく。アスマの言葉により胸のつかえが取れ、木ノ葉での生活に安らぎを見出しつつあるソラだったが――その眼前に突如姿を現したフリドは「ソラの父を殺したのはアスマだ」と衝撃の事実を告げる。一方、火の寺の地陸よりの手紙を受け取る綱手。そこにはソラが十年前に起こした事件の詳細がしたためてあった。

敵対しかねない雨隠れの忍との密会という、不審行動をとるダンゾウを拘束する綱手。しかし、密会の相手は木ノ葉の草であった。情報によると墓荒らしの四人組の狙いはソラであるらしい。木ノ葉にとって危険な存在になりかねない、ソラの抹殺を唱えるダンゾウ。ダンゾウを制止しようとする綱手だが…。一方、アスマこそが父の仇であるという確信を得て、ショックを受けるソラ。憎悪に駆られるソラはフリドの導きのままに――一度は心を許しかけた、木ノ葉へと刃を向けてしまう。

大停電に端を発し、遂にフリド達による木ノ葉襲撃が幕を開ける。すぐさま警戒態勢に入る木ノ葉だが、フリド勢の作った防御結界により、住人全員が里内に閉じ込められる事態に。混乱を極める状況の中、逃亡を図るソラにようやく追いつくナルトとアスマ。厳しく「綱手を襲撃した理由」を問い詰めるナルト達に対し、ソラは怒りを爆発させる。だが、その言葉の裏に「守護二士忍のクーデター未遂事件」を知る何者かの存在を感じ取るアスマは、里に迫りつつある大きな危険に気づくのだった。

迫りつつある最悪の事態を阻止すべく、発電施設に向うアスマ。そこで目にしたのは蘇生忍術によりふたたび生を得た、墓を暴かれた守護忍十二士達の姿だった。フリドの目標は雷遁四人衆の術で里を焼き尽くす事だったのだ。アスマは駆けつけたサクラとヤマトを雷遁四人衆の阻止に向わせ、その場に残った元十二士のキタネとの戦闘に突入する。一方、フリドの元へ向かおうとするソラを止めようとするナルト。だがその前に再び、フリド勢のくノ一、フウカが立ちふさがる。

フリドの狙いが玉である火影抹殺のみならず、木ノ葉の里の徹底殲滅である事を知り、絶句するソラ。フリドを止めようとするが、圧倒的な力量差で押さえ込まれてしまう。そのころ里のいたるところでは忍達の死闘が繰り広げられていた。死人の跋扈を防ごうと大門付近で策を尽くす木ノ葉の仲間たち。フウカ、フエン、フドウとの因縁の対決を強いられるナルト、サクラ、ヤマト。蘇ったかつての同胞キタネと対峙するアスマ――混乱を極める騒乱の中、刻一刻と木ノ葉に雷夢雷人の危機が迫る。

里の各所ではキタネ以外の雷遁四人衆がすでに雷夢雷人の配置についていた。木ノ葉殲滅まであとわずかという危機の中、諦めないアスマはキタネを止める為、懸命に力を振り絞る。「結局、玉とは何だったのか」問いかけるキタネの問いに対するアスマの答えは――。一方その頃、ナルトは全属性を駆使するというフウカの不可思議な術に追い込まれ劣勢を強いられていた。果たして風のチャクラの応用で勝機を掴むことができるのか…。そして同じ頃、フリドに捕らわれたソラの体に起こり始めたある異変とは？

遂にソラの元に辿り着くナルトとアスマがそこで目にしたのは、禍々しいチャクラに全身を覆われた、変わり果てたソラの姿だった。唖然とするナルト達に、ソラの出生の秘密を明かすフリド。ソラの中には十年前ナルトの中に封印し切れなかった、九尾のチャクラが植えつけられていたのだ。同じ立場の者としてソラの苦しみを想像し、怒りに身を震わせるナルトだが――。信じたものに裏切られ続けた絶望の中で、ソラは自暴自棄な破壊衝動に身を任せてしまうのだった。

フリドの正体は死んだはずの守護忍十二士のクーデター首謀者、カズマだった。アスマは己の義をかけ、十年の時を超え、再びフリドと対決する。一方、暴走し始めるソラを止めようとする木ノ葉の仲間たちは戦いの疲労の為、次々とチャクラの限界を迎えてゆく。力づくでソラを押さえ込もうとするナルトだが…そこで誰も予想しなかった最悪の事態、ソラとナルトの二つの九尾による、チャクラの共鳴現象が起こってしまう。果たしてナルトは己の暴走を抑え、ソラを救う事ができるのか？

前に出ようとする九尾を懸命に抑えつつ、懸命にソラの心を呼び戻そうとするナルト。ソラのまとう九尾のチャクラにより、一切の手出しができない仲間たちは、ただ固唾を飲んで戦いを見守る。果たしてナルトの命がけの制止はソラの心に届くのか？　一方、ソラの暴走を見届け、戦線離脱を図ろうとするフリドとアスマの戦いも決着の時を迎えていた。玉とは、義とは、親子とは――壮絶なる戦いを繰り広げた元守護忍十二士がたどり着く結論とは――。だがその頃、遠く離れた地では『二尾』狩りを開始する暁の二人、飛段と角都の姿があった。

戦いの爪跡の残る木ノ葉では復興作業が進められていた。作業を手伝う木ノ葉丸達の姿に、生徒達の成長を実感するイルカ。一方、自来也との調査から戻ったカカシは、綱手に暁が動き出した旨を報告していた。新術開発が中断したままのナルトの身を案じる綱手だが――その頃、雷の国雲隠れの里では飛段と角都による二尾狩りが終盤を迎えつつあった。

カカシの帰還により、再開されるナルトの新術開発。張り切るナルトだが、性質変化の修業は次段階に入り、今度は風のチャクラのみで滝を切る事になるとの説明を受ける。一方、捕縛した二尾をゼツに託した飛段と角都は、九尾を求めて火の国に向うことに。火の国にて、九尾のいそうな場所をしらみつぶしにする二人が最初に訪れたのは火ノ寺だった。招かれざる訪問者を前に色めき立つ僧侶たちを背に、暁を迎え撃つ地陸の辿る運命は…？

生き残った僧により木ノ葉にもたらされる、火ノ寺全滅の報せ。暁の火の国侵攻を知った綱手は、国内で暁を討つべく、新編成した二十小隊を対暁戦へと差し向ける。一方その頃、ナルトは滝を切る修業に懸命に打ち込んでいた。常人では成し得ないハードな修業を見守るサクラは、もはや修業では追いつけない力の差を感じとる。自分たちが「七班」と呼ばれた頃の懐かしい記憶が蘇り、満天の星を見上げるサクラ。ナルトもまた星空を見上げ、去っていったサスケを思うのだった。

暁を追い、蟻の這い出る隙もない包囲網を敷く木ノ葉達。しかし一考につかめぬ足取りに、ツナデの苛立ちはつのってゆく。一方その頃、アスマ班は無残に壊滅した火ノ寺に到着していた。地陸の遺体だけが見当たらないことから、暁の目的は地陸にかかっていた賞金ではないかと推測するアスマ達。早速、木ノ葉に伝令を走らせ、自分たちは近隣の換金所に向かう事にする。その頃木ノ葉では、休憩の為一楽を訪れたナルトにかつてない事態が襲い掛かっていた。

風遁属性を入手したナルトはカカシに新術開発の難しさを告げられていた。螺旋丸に属性を組み込む事は四代目火影にさえできなかったと知らされるが、カカシの言葉に背を押され、渾身の力で新術の開発に打ち込んでいく。一方、暁の二人は換金所に到着、そこで地陸を倒した賞金を受け取っていた。暁探索のため、換金所に向かう木ノ葉達の運命は――！？

遂に暁の飛段との戦いになだれ込むアスマ班。隙を突いて先手を取るも、次第に明らかになる飛段の能力に戦慄する一同。そこにもう一人の暁、角都も登場し、圧倒的な実力差の元、木ノ葉勢は絶体絶命の窮地に立たされる。撤退すら不可能と悟り、厳しい表情で皆に作戦を言い渡すアスマだが――その内容はシカマルを始め、仲間達を驚かせるものだった。

飛段が行った不可解な術によって、全ての攻撃をわが身に受けてしまうアスマ。その術は特殊な仕掛けで飛段とアスマの体をリンクさせるというものだった。間一髪、影首縛りで飛段の動きを止めるシカマルだが、その効力は長くは持たない。増援部隊も期待できない圧倒的窮地の中、飛段の術の分析を進めるシカマルは、時間内にその秘密を暴く事ができるのか――！？

シカマルがカラクリを見破った事により、飛段に渾身の一撃を叩き込むアスマ。しかし、首を切断されたにもかかわらず飛段は生き続けていた。その人間離れした不死性に唖然とする木ノ葉達の前で、今まで静観を決め込んでいたもう一人の暁、角都が参戦を宣言する。賞金首を狩りにかかるノーダメージの暁二人からアスマを救おうとする木ノ葉勢だったが――一瞬の隙をつき、アスマは飛段の術中に落ちてしまう。

飛段の術により瀕死の重傷を負うアスマ。暁によってそれぞれ窮地に追い込まれ、絶体絶命のシカマルたち。しかしそこに駆けつけたのは、イノとチョウジをはじめとする木ノ葉の増援部隊だった。仲間達を救出し、再び暁とにらみ合う木ノ葉達だが――何者かの突然の介入により、暁達は突如撤退してゆく。辛くも戦闘を回避した木ノ葉勢だが…急所を貫かれたアスマには最期の時が迫っていた。

はるか遠方の地で、暁が『世界征服』こそ組織の目標である事を明かしていた頃――木ノ葉では帰還したシカマルたちが綱手に任務報告をしていた。紅の心中を慮る綱手だが、シカマルは自らアスマの死を紅に告げる役を買って出る。一方、困難を極める新術開発に行き詰まりを感じているナルトは、カカシの助言をきっかけに思わぬヒントを得ることになるが――そこに、アスマの訃報が飛び込んでくる。

深い悲しみの中、木ノ葉の里ではアスマの葬儀が営まれていた。一人葬儀を欠席したシカマルは、深い喪失感から立ち直れずにいた。同じくチョウジもまた、やりきれない思いを噛み締めていた。失意の第十班それぞれが冷静に己を見つめなおした時、見えてくる『通すべき筋』とは…。自らの意思で『暁拘束任務』の続行を決める第十班。綱手に無謀な出撃を反対されるシカマル達だが――そこに思わぬ救いの手が差し伸べられる。

暁拘束の為、旅立った十班とカカシ。連携のとり易さから、増援はナルト達七班が最適と考える綱手は、ナルトに24時間以内に新術を完成させるように命じる。一方、全ての策を確認し終えたシカマル達は、角都、飛段との対決の時を待っていた。そしてイノの心転身の術が飛段達を発見した時――遂に戦いの火蓋が切って落とされる。張り巡らされたシカマルの計略は、暁の二人を倒すことができるのか…？

先制攻撃を仕掛けるものの、物理攻撃一切を無効化する角都の能力に戦慄するシカマルとチョウジ。だが、そのカラクリを看破したカカシにより、角都はあっけなく倒される。――だがそこに起こるある異変とは？　想像を超えた現象を目の当たりにするシカマル達は新たなる窮地に追い込まれる。一方その頃、着々とオリジナル忍術をと完成させつつあるナルトは、ヤマトより『五大性質変化の優劣関係』について説明を受けていた。

頭刻苦の猛烈な火遁攻撃をかろうじてかわすシカマル達。だが、写輪眼と雷切を連続で使ったカカシには疲労が蓄積していた。不死身である飛段と角都を倒す為には、敵を分断するしかないと判断するシカマルは自ら進んで飛段を角都から遠ざけるための陽動役を買って出る。シカマルに飛段を任せ、角都の相手を引き受けるカカシだが――その時、不意に明かされた、角都の恐るべき秘密とは…？

一人森の奥で飛段と対峙するシカマルは、チャクラ切れにより飛段に血を取られ絶対絶命の危機を迎えていた。同じ頃、カカシもまた角都の猛攻撃を受け、遂に捕らわれてしまう。潰した心臓の代替品として心臓を抜き取られる寸前のカカシだが――その時、優位に立っていた筈の角都にある異変が起きる。だが全ては予定調和だった。今、シカマルが考えぬいた作戦の全貌が明らかになる…！

間一髪のタイミングでカカシ班の増援に駆けつけたナルト達。サクラとサイはカカシの指示で孤軍奮闘するシカマルの援護に向かうことに。その頃、飛段に追い詰められたかに見えたシカマルには、勝負の時が迫っていた。不死身の飛段を倒すべく、シカマルが周到に用立てたモノとは…そして勝負の行方は？　一方、修業の経験を活かし、影分身を使って角都の情報収集を行うナルトは、新術である『風遁・螺旋丸手裏剣』を作り上げてゆく。

ナルトの新術の威力に驚くイノとチョウジ。角都もまた本能的にナルトの術の危険性を察知するが、発動時間の短い新術は角都に当たる手前で消滅してしまう。手の内がバレた以上、ナルトの新術で角都を倒すのは難しいと判断する仲間たち。しかしナルトは自分の更なる成長の為、もう一度やらせて欲しいと懇願する。その真摯な気持ちに折れる仲間たちだが…。ナルトの新術を避ける為、遠距離タイプに形態を変化させる角都に、ゼロ距離で当てなければならない『風遁・螺旋手裏剣』は届くのか？

遂に新術にて角都を倒したナルト。カカシはその姿に訪れつつある世代交代の時を感じ取る。綱手は里に戻った一行をねぎらい、アスマ班とヤマト班にしばしの休息を与える事に。アスマの墓前で妊娠中の紅に会ったシカマルは、アスマの残した『玉』を今度は自分が守ると宣言するのだった。一方、角都戦で痛めたナルトの右腕は思いの他重症だった。風遁螺旋手裏剣の危険性を把握した綱手は、ヤマトとカカシに二度とナルトに新術を使わせないよう警告する。――その頃、遠方の地では大蛇丸の次なる計画が動き出そうとしていた。

やっと訪れた束の間の平和を打ち破る『大蛇丸のアジト』発見の報。報せを受けた綱手は直ちにカカシ、ヒナタ、シノ、キバによる探索班を結成し、早速アジトを探らせる事に。一方、新術『風遁螺旋手裏剣』が、術者をも蝕む術である事を感じ取り、悩みに悩むナルトは、丁度里に戻ってきた自来也に新たな術を伝授してもらう為、共に温泉郷へと旅立ってゆく。――丁度その頃、遠く離れた地では大蛇丸の女配下・紅蓮が大蛇丸から与えられた任務遂行の為、部下の選抜を開始する。

温泉地に着いたナルトと自来也。自来也はナルトに風遁螺旋手裏剣に代わるガマとのコラボ忍術を提案する。ところが相棒のガマとして口寄せされたのは、三年間の修業期間でナルトと決定的にウマがあわなかった忍ガマのガマ力さんだった。一方、大蛇丸の指令を受けた紅蓮はそれに見合う実力を持つものをアジトの忍の中から選抜していた。紅蓮はその強引なやり方に反発する者達を一気に叩き伏せ、実力を見せ付ける。その後をひそかに追尾するカカシ達だが…

大蛇丸のアジトにて、サスケの千人斬りを目撃する紅蓮。かつて大蛇丸の器になり損ねた紅蓮は嫉妬心をあらわにする。そんな紅蓮に大蛇丸が持ちかけた計画とは――？　一方、三尾召還実験をするカブトと幽鬼丸。消耗の激しい幽鬼丸を癒す為、カブトは温泉に立ち寄る事にする。しかしそこではナルトと自来也が滞在し、ガマ吉、ガマ竜とのコラボ忍術修業にはげんでいた。立ち込める湯煙の中、ナルトは敵とは知らず、幽鬼丸との出会いを果たす。その頃、紅蓮達の追尾を続けるカカシは戦況の変化を伝える為、木ノ葉へ伝令を放つのだった。

自来也の元に届く新たなる情報。ナルトの新術に一応の目処が立ったと考える自来也は、暁の動向を探るため旅立ってしまう。骨折の治ったナルトは里に戻り、修業の続きを行うことに。その木ノ葉の里では、カカシからの伝令を受けた綱手が、届けられた謎の結晶の調査を開始していた。一方その頃、大蛇丸配下の者たちの探索を続けているカカシ達だったが、シノが晶遁で死滅したと思われていた寄壊蟲の生き残りの気配を察知する。ともすれば敵への有効な切り札となりえる蟲を入手するため、シノは皆と別れ、蟲の探索を開始するが…。

アジトに残されたリンジとゴズは、残された痕跡から自分達を追尾する忍の存在を感じ取っていた。時を同じくして、敵がコウモリを使って周辺を監視していることに気づくカカシ達。両勢力は互いの存在を意識しつつ、互いの動きを探りあうことに。――その頃、幽鬼丸を連れて部下のもとに急ぐ紅蓮だったが、道中、雨に打たれた幽鬼丸が熱を出し看病せざるを得なくなってしまう。慣れない看病に疲れ、いつしかまどろんでしまう紅蓮は、夢の中で奇妙な光景を目撃する。

木ノ葉にてガマ吉、ガマ竜と共に修業に励むナルト。だがカカシ達が大蛇丸のアジト探索任務に当たっている事を知ると居ても立ってもいられず、綱手に直談判を申し込む。「お前がこの任務に志願するのは何のためだ？」厳しく問う綱手にナルトが提示した答えとは…？　一方その頃、カカシ達は蟲を連れ帰ったシノと合流するが、シノは晶遁に対する免疫を持つ寄壊蟲を増やすため、一度戦線を離脱する事に。木ノ葉のリスク回避のため、引き続き探索続行を決意するキバとヒナタに、カカシが提案した新たなる追尾手段とは…。

カカシ班の援護に出発するヤマト班。ナルトは出発直前にガマ竜の腹に入ることで新術へのヒントを掴むのだった。一方、手がかりのない中、追跡任務を続けていたカカシ達だが、間一髪の差で気取られ、そのまま紅蓮の配下たちと予定外の戦闘へとなだれ込んでしまう。不意打ちにて二手に分断される探索班。苦戦を強いられる中で明らかになるゴズとリンジの能力、そして探索班を待つ運命とは――？

結晶化した寄壊蟲の解析結果により、カカシ達が戦っている相手は「晶遁」という稀少な術の使い手である事が判明した。未だ見えぬ大蛇丸の目的に苛立つ綱手は焦りをにじませる。一方、ゴズとリンジを退けた探索班にはある異変が起きていた。展開しているシノの寄壊蟲の包囲網ごと、結界忍術に捕らわれたのだ。それは紅蓮の翠晶迷宮の術だった。晶遁使いとの直接対決を覚悟するカカシ。しかし部下に行わせた戦闘により、木ノ葉の手の内を把握している紅蓮が取った戦術とは…？　――その頃、増援班としてカカシ班を追いかけるナルトは、温泉で会った少年・幽鬼丸と再び遭遇する。

ガマとのコラボ忍法を成功させ、結界を粉砕してカカシ班の元に駆けつけたナルト達増援班。しかし、ナルトの新術は流体を結晶化させる紅蓮の能力により返り討ちになってしまう。戦況を不利と判断するカカシは増援班の協力の元、盾に取られたヒナタを奪還し、辛くも戦闘から離脱する事に成功する。木ノ葉に追い討ちをかけようとする紅蓮だったが、現れたカブトに促され、本来の任務に戻る事に…。たどり着いた湖で再び行われる実験の果てに紅蓮たちが目にしたものとは ――？

蝙蝠を使って、紅蓮たちを追尾する木ノ葉達。その行く先に大量のチャクラの気配を感じ取る赤丸とキバ。ただならぬ事態が起こりつつあると確信するカカシは、現れたリンジ達との交戦に入る直前にナルトを湖に向かわせることに。その頃、湖では紅蓮達による三尾捕獲作戦が展開していた。幽鬼丸の消耗により制御不能となる三尾を力づくで押さえつける紅蓮。その紅蓮に危機が迫った時、幽鬼丸が発揮するおもわぬ力とは…？　ガマ吉、ガマ竜と共に湖にたどり着いたナルトは信じられないものを目撃する。

濃霧の中、ナルトとの合流を果たす木ノ葉達。湖を覆う霧に幻覚作用がある事を知り、仲間たちは警戒感を強めてゆく。またナルトの報告により、敵の狙いが三尾である事を知るカカシは、想定外の事態に綱手の判断を仰ぐ事に…。一方、幽鬼丸と共に取り残された紅蓮は、三尾の吐き出す霧の作用で不思議な幻覚に捕らわれる。幻覚に苦しむ紅蓮を救ったのは…。――そして同じ頃、木ノ葉では三尾出現の報告を受けた綱手が対策を打ち出していた。

幽鬼丸を探して霧の中に入ってゆくナルト。分断された状況の中で動けない幽鬼丸を守るべく、警戒を強める紅蓮。はからずも両者が相対した時、幽鬼丸を巡る激しい感情が火花を散らす。その一触即発のギリギリの緊張を打ち破ったものとは――？　一方、姿を消したナルトを探す、木ノ葉の仲間達。敵の尾獣捕獲手段を考察するカカシはナルトの話から、ある推論に辿り着いていた。

木ノ葉より増援部隊が到着した。綱手より下された新たな任務は「尾獣三尾を誰の手にも渡らぬよう封印する事」と「尾獣に関わる能力を持つ幽鬼丸を保護する事」。チャクラコントロールに長けたヒナタ、サクラ、いの、シズネで封印班を組み、残りの仲間達は二班に別れ、封印班を護衛する事に。予測される晶遁使いとの再戦に備え、カカシが打ち出した対策とは。一方その頃、対する大蛇丸陣営では、紅蓮がカブトへの不信感を募らせていた。その時、カブトに歩み寄る人影とは――？

三尾を封印したい木ノ葉側と、何としても阻止したい紅蓮側。それぞれの思惑を抱き、作戦を開始する両陣営。三尾捕獲の為の結界四方封陣を発動し、三尾の探索を開始するシズネ達封印班と、それを護衛するヤマト班とカカシ班。それぞれの元にリンジ班、紅蓮班が現われた時、ついに再戦の幕が上がる。ヤマト班として再びキギリ、ヌラリ、キホウと対峙するキバは以前戦ったときの事を思い出し、リーとテンテンに忠告をするが――。

三尾封印の為の結界四方封陣を守るべく、紅蓮との死闘を繰り広げるカカシとナルト。サイは一人、ゴズとの闘いを繰り広げる。紅蓮の圧倒的な晶遁の威力に劣勢に追い込まれるカカシ班。カカシ達の奥の手は紅蓮の晶遁を切り崩す事は出来るのか？　一方、遂に三尾の居場所を探し当てる封印班達。チャクラコントロールに全神経を集中させるが、護衛班が迎撃に出払い、無防備になったその側面に敵の影が忍び寄る…

幽鬼丸の力を使って三尾を暴れさせ、内側から木ノ葉の結界四方封陣を破ろうと考えるカブト。カブトに弱みを握られ、逆らう事が出来ない紅蓮だが、もう一度だけ自分に結界四方封陣を壊すチャンスをくれと進言する。そこでカブトが提示した条件とは…？　一方、カカシとサイ、ナルトとシノは二手に別れ、逃れた紅蓮の探索を続けていた。幽鬼丸の居場所を特定する為、何としても紅蓮と接触したいナルトだが…。また同じ頃、湖では三尾封印の為の結界四方封陣が完成のときを迎えていた。

怒れる三尾から紅蓮の身を守ろうと、限界を超えた力を発揮する幽鬼丸。その決意に心を打たれる紅蓮は、幽鬼丸の母を殺した己の罪を心から悔いる。しかし幽鬼丸が力尽きるのと同時に、コントロールから解き放たれた三尾は己を操る幽鬼丸に激しい怒りをぶつけ、亡き者にしようと攻撃を加えるのだった。執拗な攻撃から必死に幽鬼丸を遠ざけようとする紅蓮だが――そんな互いを想い守りあう二人の関係を冷静に眺めている人物がいた。そして紅蓮に、最大の窮地が訪れる…！

幽鬼丸を守る為の共闘の果てに、三尾に飲み込まれてしまったナルトと紅蓮。そこはどこまでも鍾乳洞が広がる異様な世界だった。幽鬼丸を巡り互いに敵意をむき出しにする両者だが…そこには思いがけぬ危機が迫りつつあった。一方、戦いの中、幽鬼丸を保護するも、ナルトの姿を見失ってしまった木ノ葉の仲間たち。幽鬼丸の治療に当たるサクラに目覚めた幽鬼丸が告げた驚くべき言葉とは――。その頃、湖近くの洞窟では瀕死の重傷を負ったヌラリ、キホウ、キギリを冷酷に見据えるカブトの姿があった。

ナルトが三尾の中にいると聞かされる木ノ葉の仲間たち。幽鬼丸の不可思議な感覚を信じるしかないカカシ達は導きに従い、救出作戦を試みる事に。異空間に消えた三尾の中にいるナルト達を救い出す手段とは――？　その頃、三尾の内部では襲い来る小型三尾の攻撃にさらされたナルトと紅蓮が窮地に陥っていた。霧に包まれた峡谷で二人が目の当たりにする恐るべきものとは…？　絶体絶命の危機の中、自らの命運が尽きたと感じる紅蓮は、幽鬼丸をナルトに託そうとするが…

救助手段を講じても戻らないナルトと紅蓮に、焦燥感を募らせる仲間達。しかし目覚めてしまった三尾に対抗する為、再び封印班は結界四方封陣を試みる事に。危険な場所から幽鬼丸を遠ざけようとするサイだが、カブトの術によって強化されたヌラリ、キホウ、キギリの突然の奇襲を受け、幽鬼丸を奪われてしまう。だが、木ノ葉による三尾封印が完成しかねない状況はカブトの心に暗い影を落としていた。逡巡の果てに、カブトが取った行動とは？　そして消えたナルトと紅蓮の行方とは――？

幽鬼丸の全ての力と命を使い切り、三尾に木ノ葉を叩かせようと目論むカブト。幽鬼丸に操られた三尾の凄まじい力に封印を破られそうになるシズネ達の危機を救った意外な存在とは――。一方、力を引き出され、憔悴する幽鬼丸の元に駆けつけるナルトと紅蓮。紅蓮の懸命の呼びかけに意識を取り戻す幽鬼丸だが、リンジは幽鬼丸に、母親の死の真相を暴露してしまう。真実を明かされた幽鬼丸がたどり着いた答えとは――。

遂にナルトの前に姿を現したカブト。紅蓮と幽鬼丸の気持ちを利用した、大蛇丸の計画を聞かされ激昂するナルトは、カブトとの戦闘に突入する。衰弱した幽鬼丸と共に、その場から脱出を図る紅蓮だったが、カブトに操られたリンジがその前に立ちはだかる。超音波の干渉によりあらゆる結晶化を阻止され、劣勢に追い込まれる紅蓮。「絶対に守る」と約束した幽鬼丸の為に、紅蓮が取った戦術とは――。幽鬼丸の絶叫と共に、制御不能の暴走を始める三尾を前に立ち尽くす仲間達。幽鬼丸の命を救う為、そして果たせなかった約束を受け継ぐ為、暴走を止めるべくナルトが三尾に立ち向かう。

一度拠点に戻り、それぞれの治療をする木ノ葉の仲間達。しかし先の戦闘は皆に深刻なダメージを残していた。昏睡する幽鬼丸を診るシズネだが、幽鬼丸は二度と三尾を操れぬ体となっていた。全ての報告を聞いた綱手は、これ以上の任務続行は不可能と判断。これまで得た情報を元に新たな対策を練るべく、代替要員を派遣し、交代で皆に里へ戻るよう告げる。しかしその夜、幽鬼丸は一人姿をくらましてしまう。幽鬼丸を案じ、懸命に追いかけるナルトが月明かりの中で目にしたものとは――？　そしてナルト達の出立の日、湖には三尾を求めてやってきた暁のデイダラとトビの姿があった…。

アジトでもがき苦しむ大蛇丸。その肉体を永らえさせるにはもはやレベル10の薬が必要だった。しかしやまぬ激痛の中、転生への気力を漲らせる大蛇丸の姿は、カブトに大蛇丸の持つ更なる可能性を予感させる。一方、サスケもまた転生の時が近い事を感じていた。里抜けから三年という歳月を経て、サスケが出した結論とは？　――今存在の全てをかけて、鷹と大蛇が激突する。

古き肉体を脱ぎ捨て、白大蛇の姿と化す大蛇丸。サスケの肉体を得ようと襲い掛かる大蛇丸の脳裏に、両親の墓前で見た白蛇の抜け殻の思い出がよみがえる。写輪眼への渇望に突き動かされるまま、遂にサスケの自由を奪う大蛇丸。やがてはじまる、誰も抗えない『転生の儀式』とは…。やがて薬の調合から戻ったカブトは信じられない光景を目撃する。――西の空に血のような夕日が沈む時、一つの時代が終わりを告げる。

大蛇丸を倒したサスケは水槽に捕らわれていた男――水月に自由を与える。しかし水月は、自分と一緒に来るようにとのサスケの申し出を簡単には受け付けない。しかしサスケがかつて百地再不斬を倒した小隊に属していたと知る水月は、その刀の所在に興味を持ち「自分が再不斬の大刀を手に入れられたら、サスケに付いてもいい」と条件を出すのだった。かくして再不斬の大刀入手の為、波の国を目指す二人だが――そこには思わぬ事態が待ち構えていた。

次なる面子、香燐を連れに行く為、南アジトを訪れるサスケと水月。アジトの警備の手薄さに驚く水月だが、それでも囚人たちが逃げられないのは香燐の能力ゆえだという。鉄壁の守りと秩序を保つ香燐の能力とは･･･。同行を渋る香燐を「牢番」という役割から解放するため、水月に捕らわれた囚人達を解放させてしまうサスケ。取り残された密室でサスケを見つめる香燐の脳裏には、数年前の出会いの光景がよみがえっていた。

次なる同行者、重吾を連れにいく為、北アジトに向かうサスケ達。道行き、香燐は北アジトが恐るべき人体実験場であることである事を告げる。重吾は異常な殺人衝動を持つ忍で、大蛇丸の呪印の元となる酵素を持つ、唯一のオリジナルだという。気を引き締める一行だが、たどり着いた北アジトでは、「大蛇丸死す」との情報を受けた呪印実験体たちが大規模な暴動を起こしていた。実験体達をなぎ払い、重吾を探すサスケ達が、アジト深奥では見たものとは――。

暴動を潜り抜け、重吾のもとに辿りつくサスケ。しかし重吾は連れ出される事を断固拒否する。このままのたれ死んだとしても絶対にアジトを出ないと、頑なに心を閉ざす重吾。湧き上がる殺人衝動に身を任せ、サスケとの戦闘に突入してゆく。水月が加わり、更に熾烈を極めてゆく戦いのなかで、重吾の脳裏に蘇る懐かしい面影とは。…果たしてサスケは、重吾を同行者に加えることができるのか…？

時は十数年前、大陸では忍五大国の統治が揺らぎ、全土を巻き込む第三次忍界大戦が勃発していた。後の四代目火影である波風ミナトの小隊に属する少年カカシは、うちは一族のオビトと医療忍者リンと共に、任務の為、神無毘橋に赴く事になる。ことあるごとに掟を振りかざすカカシを鬱陶しがるオビトだが、カカシのこだわりにはある理由があった。ミナトに諭され、カカシを理解しようと勤めるオビトは、上忍となったカカシをリーダーに、別任務に向かうミナト抜きの三人一組で、敵地への潜入を試みるが…。

時は十数年前、大陸では忍五大国の統治が揺らぎ、全土を巻き込む第三次忍界大戦が勃発していた。後の四代目火影である波風ミナトの小隊に属する少年カカシは、うちは一族のオビトと医療忍者リンと共に、任務の為、神無毘橋に赴く事になる。ことあるごとに掟を振りかざすカカシを鬱陶しがるオビトだが、カカシのこだわりにはある理由があった。ミナトに諭され、カカシを理解しようと勤めるオビトは、上忍となったカカシをリーダーに、別任務に向かうミナト抜きの三人一組で、敵地への潜入を試みるが…。

“四尾”を狩り終えたイタチと鬼鮫を呼びつける『暁』のリーダー。一堂に会したメンバー達に、リーダーは大蛇丸の死と、それを倒したサスケが今後『暁』を標的に動き出すであろう事を忠告する。一方、報せを受けた木ノ葉達はサスケを止めるため、サスケの標的である『暁』メンバー、イタチを拘束する為の準備に動き出していた。その頃遠方では、サスケ達もまた、来るべきイタチとの戦いに備え、廃墟の武器屋を訪れていた。やがて全ての準備が整った時――共通の標的を目指し、『木ノ葉』と『蛇』が動き出す。

カカシの指揮の元、ポイントを定め、イタチの探索を開始する木ノ葉達。木ノ葉達はカカシの忍犬を用いて、各自情報を求めて散開する。一方、『蛇』の面々もまたイタチの情報を集めるため、各自で動き出していた。サスケの匂いを探知した忍犬に導かれ、町を訪れたサクラは香燐と接近するが…。また、時を同じくして、目標に向け動き出すデイダラとトビ。デイダラの目標は「サスケ」か、それとも「ナルト」なのか――？　ギリギリと高まる緊張の中、サスケとナルトそれぞれの前に、思いがけない人物が現れる。

遭遇と同時に、戦闘に突入するサスケとデイダラ。二手三手かわしてサスケの能力を確認したデイダラは、十八番のひとつであるドラゴンを作り出す。ドラゴンの飛翔能力により、上空から一方的な遠距離攻撃を仕掛けてゆくデイダラ。更にトビのサポートにより、辺りはサスケにとって圧倒的不利なバトルフィールドと化してしまう。追い詰められるサスケは空に逃れてデイダラの攻撃をやりすごそうとするが…。裏の裏を読みあう壮絶な戦いの果てに、睨み合う両者。その時、サスケの写輪眼を見たデイダラの胸に忌まわしい記憶が蘇る…。

イタチから受けた敗北感を消し去る為、写輪眼崩しに執念を燃やすデイダラは、遂にイタチを倒す為の大技「Ｃ４カルラ」を炸裂させる。それは目に見えない小型爆弾をばら撒く事により、あらゆる生物を内側から破壊しつくす脅威の攻撃だった。対写輪眼を念頭に組まれたデイダラの攻撃を、サスケは回避することができるのか…？　激しい戦いの果てに、遂に限界を迎える両者。それでも戦う意志を曲げないサスケを前にした時、デイダラの怒りと矜持が爆発する…！

デイダラの自爆に巻き込まれ、消息を絶つサスケ。サスケの異変に気づいた重吾、香燐、水月は急ぎサスケのもとに向かう。そこで『蛇』の面々が目にしたものとは――。一方、探索を続けるナルト達も巨大な爆発に気付いていた。駆けつけた爆心地にサスケのニオイを嗅ぎ取るキバは、その行方を追跡しようとするが…。更にその頃、遠く離れた雨隠れの里では暁のメンバー、ペインと小南（コナン）が意外な人物と密談をかわしていた…。

キバを先頭に、爆心地で見つけたサスケの匂いを追跡する木ノ葉達。しかし忍犬の気配から木ノ葉の追っ手の存在を察知した香燐の報告により、『蛇』達は急ぎ宿を後にしていた。イタチ戦に集中したいサスケの為に、香燐が打ち出した木ノ葉サイドをかく乱する秘策とは…。香燐の策に翻弄されるも、多重影分身の術を使って、手当たり次第にサスケを探そうとするナルトの前に、ふいにうちはイタチが現れる。一方その頃、遠く離れた木ノ葉の里では、自来也が暁のリーダーの所在を掴んでいた。

時は二代目火影の統治時代。下忍になったばかりの少年自来也は、大蛇丸、綱手と共に猿飛ヒルゼンの小隊に配属されていた。猿飛に口寄せの術を見せられた事をきっかけに、時空間忍術修業にのめりこむ自来也は、ひょんな事から妙木山に迷い込んでしまう。しかしそれこそが自来也に定められた運命の幕開けであった。幼少ガマブン太と共に大蝦蟇仙人に謁見した自来也は、自分があらかじめ来訪を予言された存在である事を知り、大蝦蟇仙人の予言を待ちながらフカサクを師に、仙人修業にはげむ事になるが――。

第三次忍界大戦勃発の為、弟子探しの旅を中断し、木ノ葉の忍として綱手、大蛇丸と共に雨隠れでの戦闘に参戦する自来也。渡り合った雨忍山椒魚の半蔵により、『木ノ葉の三忍』の名を与えられた自来也達が帰途に着こうとしたとき、その目前に腹をすかせた三忍の子供たち長門、弥彦、小南が現れる。成り行き上、子供たちが自立できるようになるまで雨隠れに残って面倒を見る事になる自来也が見たものとは――。過酷なる戦いの時代が、忍の定めが、自来也とその弟子達を次々と翻弄してゆく。

蝦蟇のガマ五郎の腹中に隠れ、雨隠れへの潜入を果たす自来也。早速情報収集を開始する自来也だが、里内に内戦の影は見えない。里人達は前の里長・山椒魚の半蔵の影が一切払拭された街でペインを長とあがめていた。違和感を覚え、現在の半蔵の所在と更なるペインの情報を求める自来也は、下忍二人を拘束し、尋問する。結果、半蔵が一族郎党共々抹殺された事を知るが――。しかし自来也の動向は、既に雨隠れ新里長である暁の首領・ペインに察知されていた。

予測される戦闘に備え、体内からナルトの八卦封印の鍵を司る巻物蝦蟇を蔵出しする自来也。捕らえた下忍の一人をガマ五郎に託し、自分は下忍の姿を借りて偵察任務を再開する。しかしその動きはペインに察知されていた。突如、自来也に襲い掛かる紙ふぶき。咄嗟に攻撃を回避する自来也だが、眼前に現われたのはかつての弟子の一人、小南だった。そしてもう一人――変わり果てた姿のかつての教え子が自来也の前に立ちはだかる。

暁の一員となり、歪んだ思想に捕らわれた弟子を倒す為、戦闘に突入する自来也。自来也は巨大蝦蟇、ガマケンを口寄せし、口寄せを使うペインに対抗しようとする。伝説の輪廻眼を持つ敵を前に、奥の手である「仙人モード」を使う事を決める自来也。しかし不穏な術を察知したペインは次々と口寄せを繰り出し、自来也の術を妨げる。果たして自来也は絶え間ない攻撃の中、無事「仙人モード」を完成させる事ができるのか…！？

仙人モードを完成させ、三人のペインとの戦いに突入する自来也。二大仙人フカサクとシマと共にパワーアップした攻撃を繰り出すも、忍術はことごとく消し去られ、体術もペイン達の謎の連携によって阻止されてしまう。何らかの方法でペイン達が視界を共有しているのではないかと推測するフカサクは策を練るため、自来也に一時退却を呼びかける。自来也達が分析の末辿りついた、ペイン打破の為の秘策とは？　――そして激突の果てに自来也を待っていたものとは？

片腕を失い、劣勢に立たされる自来也の前に現れる六人のペイン。うち一人、天道と呼ばれるペインはかつての自来也の教え子『弥彦』だった。深まる輪廻眼の謎に困惑する自来也だが、思案の間もなく激戦へと突入していく。結界に引きずり込み、何とか内一人を倒す事に成功する自来也の脳裏に閃く、一つの可能性とは――。大ガマ仙人から告げられた『選択の時』が訪れたと感じる自来也は、己の全てを賭け、ペインの正体を解き明かすべく立ち上がる。

イタチの痕跡を追いかけるサスケは暁のアジトの一つに到達していた。仲間達を残し、アジト潜入を試みるサスケの前に、遂に兄・イタチが姿を現す。しかしそれは幻術による偽者だった。偽イタチはサスケに、うちはのアジトに来る様にと告げるのだった。一方、木ノ葉達はサスケを追っていた。影分身によりサスケの位置を掴むナルトだが、追尾しようとするその眼前に暁のトビが現れる。戦いを挑む木ノ葉達だが――

うちはのアジトにてサスケを待つイタチ。その胸中には木ノ葉を出奔するに至った過去の出来事がよみがえっていた。サスケの到着とともに、二人は因縁の兄弟対決へと突入する。激しい体術の応酬の中、サスケはかねてよりの疑問をイタチにぶつける。サスケに胸を貫かれたイタチは質問に応じ、三人目の写輪眼を持つ男について言及するが――

写輪眼による凄まじい幻術合戦の後、イタチは最強の瞳術である万華鏡写輪眼の秘密と、それにまつわるうちは一族の歴史を語り始める。それは力を求め、互いに血を流し合うさだめを負った呪われた歴史であった。うちはマダラ同様に『永遠の瞳力』を求める為、サスケの写輪眼を奪うと宣言するイタチ。そして遂に兄弟の死力を尽くした、本格戦闘が開始される。

イタチによって左目を奪われたサスケだが、それはすべて万華鏡写輪眼による幻術であった。力ずくで『月読』を破ったサスケは、ダメージを受けたイタチに怒涛の反撃を開始する。サスケの成長とセンスに驚愕するゼツ。しかしイタチは更なる強力な忍術『天照』でサスケを迎えうつ。チャクラの限界を超えた凄絶な勝負に憔悴してゆく兄弟。その時、サスケの中ではある計画が進行していた。

壮絶な戦いの果てに遂にチャクラ切れを迎えたイタチとサスケ。しかしサスケのすべての行動は最後の大術への布石にすぎなかった。サスケは自然界の力を利用し、イタチに新術『麒麟』を放つ。雷による絶対不可避の攻撃を受け、倒れるイタチだが――その体は謎の術『須佐能乎』によって守られていた。最後の切り札を破られ、唖然とするサスケ。しかしその時、突然サスケの奥底に、とある異変が訪れる。

ナルト達はトビによる足止めに手を焼かされていた。幻術などでは説明の付かない不可思議な術に対抗するため、寄壊蟲による広範囲型攻撃を展開するが、すべての攻撃は届かず、かわされてしまう。しかしそこに突如ゼツが現れ、サスケとイタチの戦いが終結した事を告げるのだった。驚く木ノ葉達をあざ笑うかのように姿を消してしまうトビとゼツ。ナルト達はヒナタの白眼探知で戦闘場所を特定し、サスケの元に急ぐのだが…。

暁のアジトにてマダラと向かい合うサスケ。マダラは自分こそがあの夜の協力者である事を明かし、サスケが知らなかった「イタチの真実」について語ろうとする。しかし切り出された話は、信じがたいものだった。極度の疲労状態の中与えられた新たな情報に混乱し、過呼吸に陥るサスケ。しかし話を聞くことこそサスケの義務だと言い切るマダラは、イタチの真実を伝える為、歴史を遡って、うちは一族と木ノ葉の千手一族の因縁について語り始めるのだった。

うちは一族は木ノ葉に対するクーデターを企てていた。次々とマダラが語る信じがたい話に、サスケはただただ絶句する。その優秀さゆえに、木ノ葉とうちは一族の間に板ばさみになったイタチは、地獄のような日々を送っていた。幼くして忍界大戦を経験し、そのトラウマから何よりも里の安定と平和を愛する男となったイタチを待っていた、残酷すぎる運命とは――。うちは殲滅の夜にまつわる全ての謎が明らかになったとき、サスケは初めて兄イタチが抱いていた本当の想いに辿りつくのだった。

『天照』の炎が残る戦闘跡地で懸命にサスケの捜索を続けるナルト達。しかし探索チームの能力を持ってしても痕跡を見つける事はできなかった。出来る限りの手を打ったと判断するカカシは、里への引き上げを決める。一方、イタチの真実を知ったサスケはその写輪眼を移植する事を拒否し、木ノ葉を潰す事を次なる目標と定め、利害が一致する暁と手を組むのだった。

暁と手分けして尾獣を狩る為、雷の国・雲雷峡にて八尾のキラービーと対峙する鷹の面々。雷遁に加え、七本の刀を操るキラービーとの戦闘に鷹たちは苦戦を強いられていく。更に尾獣のチャクラをまとう特殊攻撃に隙をつかれ、瀕死の重傷を負ってしまうサスケ。絶体絶命の窮地の中、明らかになる「八尾」の全貌、そしてサスケに宿った新たなる力とは――。

イタチ捕獲任務に失敗しサスケの行方も見失った木ノ葉達。探索を切り上げ、帰郷しようとするところに、綱手より火急の任務が入る。それは先の大戦後に三代目火影と土蜘蛛一族の役の行者の間で交わされた、ある盟約によるものだった。莫大な力を持つ土蜘蛛の秘術を危険視した三代目はそれを禁術指定する代わり、一族に危機が迫った時は木ノ葉が駆けつけるという約束を交わしたのだ。

ヤマトを隊長にした第7班は、早速、何者かに襲われた砦に駆けつけるが――ナルトはそこで謎の男ウタカタと戦う事になる。

土蜘蛛一族の役の行者の孫娘、ホタルを警護し、山中にある土蜘蛛一族の里に送り届ける事になったナルト達。しかしホタルはナルト達と交代する形で別れてしまったウタカタに未練を残していた。ウタカタの強さに憧れ、弟子入りしたいと願うホタルだが、ウタカタは拒絶するのだという。一方その頃、禁術の強奪に失敗した賞金稼ぎのマガキ衆と頭領のシラナミは次の策を練っていた。ホタルの行く手に先回りすべく動き出すが――突如、ウタカタと出くわしたことから交戦へとなだれ込む。

里に到着し、ナルト達と別れたホタル。しかしそこには既にマガキ衆の手が回っていた。追い詰められ禁術を渡すように迫られるホタル。絶体絶命のその時、現れたのはウタカタだった。シラナミはウタカタが霧隠れのビンゴブックに乗っている賞金首である事に気付くが…。一方、ホタルの様子が気になり、土蜘蛛の里へと戻るナルト。しかし村人達は消えたホタルを探そうとしてはいなかった。その冷淡な態度に憤るナルトだが、ナルトを追って戻ったヤマトに諭され、ホタルを探索する事にする。

相手が霧の追い忍と悟り、ためらうヤマトとサイ。しかし問答無用でナルトは戦闘に突入してしまう。霧隠れの追い忍達はホタルと引き換えに抜け忍であるウタカタの身柄を要求するが、従えばホタルはウタカタを追い、任務に支障が出ると考えたヤマトはこれを拒否。譲れぬ任務を抱えたもの同士、泥沼の争いに突入するかと思われたその時――両勢力の間に追い忍たちのリーダー・ツルギが割って入る。無駄な争いを避ける為、ウタカタとも知己であるツルギは、ウタカタとヤマトにある交渉を持ちかける。

ホタルを連れ、葛城山の砦に戻る木ノ葉達。ナルトは『土蜘蛛の禁術』がホタルの背中に埋め込まれている事に憤り、遁兵衛に詰め寄る。しかしそれを望んだのは他ならぬホタル自身だった。だが「衰退した土蜘蛛一族にはもはや術を守りきる力がない」と判断する遁兵衛は、実は孫の身を案じた役の行者が、ホタルから禁術を抜く術を残していった事を明かす。禁術を葬る事を促す一同だが、ホタルはこれを拒否。遥か昔に姿を消した、土蜘蛛一族の兄弟子「シラナミ」ならば禁術を守れるはずだと切実な想いをナルトに打ち明ける。

現れたシラナミの言葉を信じ、ウタカタ宛の別れの手紙を残して葛城山を後にするホタル。一方、シラナミを探すナルトは、策に嵌められ、マガキ衆の罠に捕らわれていた。そこに突如ウタカタが現れた事により辛くも難を逃れる。ホタルが再会を願う「シラナミ」こそが、葛城山を襲った盗賊と同一人物だと悟るナルトとウタカタは、消えたホタルの身を案じ、共に追尾を開始するが……辿り着いた土蜘蛛一族の里は、シラナミの術によって恐るべき変貌を遂げていた。

サクラ、サイ、ヤマトの活躍により、土蜘蛛の里への潜入を果たしたナルト達。自然界のチャクラが不穏な動きをするのに気付いたウタカタは、ナルトと共にその中心地である洞窟に乗り込む。そこでは字縛術によってホタルの自由を奪ったシラナミが、外部から禁術を発動させようとしていた。ホタルを禁術の器として扱い、想いを踏みにじるシラナミの態度に激昂するナルト。何とかシラナミの行為を止めようとする二人だが――抵抗空しく、字縛術に捕らわれてしまう。

シラナミの術に操られ、ナルトとウタカタに禁術を向けてしまうホタル。禁術の力を目の当たりにし、歓喜するシラナミの傍らで、ホタルは深い絶望に捕らわれていた。完全に心を閉ざしたホタルはシラナミの制御を離れ、禁術を暴走させてしまう。このままではホタルもろとも周囲一帯が吹き飛ぶと判断し、逃走するシラナミ。その時、ホタルの事を託されたウタカタが取った行動とは…。

任務から帰ったナルトはイタチとの遭遇時に起こった不可解な出来事を回想していた。既に死んだとされるイタチが何を言いたかったのか。考え込むナルトのもとに、突如尋ねてくるカカシ。有無を言わさず火影邸への呼び出しを受けるナルトに告げられた衝撃の知らせとは――。一方、その頃サスケは捕らえた八尾をトビに引き渡していた。傷を癒し、木ノ葉に向かうと宣言するサスケの背に、トビはサスケと交わしたある会話を思い出していた。

自来也を失った深い悲しみの中、木ノ葉の町をさ迷い歩くナルト。深い喪失感から立ち直れずに、自来也との懐かしい思い出を辿っていく。失意の中にいるナルトを立ち直らせたものとは…。一方、綱手もまた盟友の死に衝撃を受けていた。しかしフカサクより自来也が遺したペインの情報を託され、ペイン攻略の手がかりを掴む事を誓うのだった。

自来也の遺した暗号の解読に取り組むナルト達。ナルトが持っていた情報をきっかけとして、遂に自来也の遺したメッセージにたどり着くナルト達。さっそくフカサクを呼び出すが、その情報だけではペインの謎を解く事は難しかった。雨忍の尋問と持ち帰ったペインの死体の解剖を待つ事になる一同だが…。自来也の仇を討つという決意を滲ませるナルトに対し、フカサクは意外な提案を持ちかける。

妙木山にて、フカサクより仙術の修業を受けるナルト。その第一の課題は『動くな』と言うものだった。自然エネルギーを取り込むには膨大な時間がかかるという。修業時間の制限があるナルトが難色を示すと、フカサクは時間短縮のための秘策を提案。しかしその修業法にはとんでもない危険が潜んでいた。ナルトは無事修業を続けることができるのか。そして仙人になれる者の条件とは…。

妙木山にて仙人修業を続けるナルト。しかしなかなかはかどらない修業に業を煮やしたフカサクは、ナルトに次なる修業を提案する。それは若き日の自来也もこなしたという過酷な修業だった。俄然やる気になるナルトだが、果たして仙人モードを完成させる事ができるのか…。一方その頃、遠方では八尾を狩り終えた鷹の面々が休息を取っていた。しかしその行動は雷の国の忍・ジェイにより監視をうけていた。弟の八尾をさらわれたと知り、激怒する雷影だが…。

自来也が持ち帰った情報の解析を待つシカマル達。情報解析を進める木ノ葉の面々だが、その時、里の各地で異変が起きる。白昼堂々、木ノ葉の結界を破ってペイン六道が襲撃を開始したのだ。突然の来襲に事態が飲み込めず、騒乱に飲み込まれてゆく木ノ葉の住人達。忍達も反撃を開始するが、ペイン達の攻撃はあまりにも強力だった。一方その頃、妙木山ではナルトがフカサクより無敵にみえる仙人モードが抱える、重大なリスクについての説明を受けるが…。

ペインと小南の激しい攻撃にさらされる木ノ葉の里。暁による襲撃の報を受けた綱手は、フカサクに連絡をとろうとする。しかしダンゾウに炊き付けられたご意見番のホムラとコハルはナルトを呼び戻す事に強く反対するのだった。あくまでナルトを戦争抑止の道具とみなそうとするホムラたちの言動に激怒する綱手は反対を押し切り、木ノ葉を守る一人の忍として、うずまきナルトを呼び戻す事を決めるが…。

里の一角でペイン天道との戦いに突入するカカシ。しかし天道の不可思議な攻撃を前に苦戦を強いられる。更にそこに修羅道が加わり、二対一の不利な戦いに追い込まれていくが、窮地を救ったのは駆けつけた秋道チョウザ率いる小隊だった。闘いの中で天道の能力は『引力』と『斥力』である事を見抜くカカシはチョウザ、チョウジ親子と連携して、二体のペイン攻略作戦を決行する。カカシが見抜いた天道の術がもつ弱点とは――。

暁の猛攻にさらされる木ノ葉の里。その地下ではダンゾウが己の野望の為、行動を開始していた。一方、情報部にて雨忍の脳内を探っていた山中いのいちは、重大な情報を掴もうとしていた。駆けつけたシズネが持つ情報と照らし合わせ、ペインの正体の謎に迫ろうとするが、突如、畜生道と人間道が情報部の襲撃を開始する。ペインの正体に迫る為、暗号部のもとへ急ごうとするいのいちとシズネに代わり、イビキ率いる暗部の精鋭が畜生道の前に立ち塞がる。

故郷の惨状に衝撃を受ける木ノ葉丸とモエギとウドン。しかし下忍としての責務――人々を安全な場所に誘導する――を果たす為、それぞれ走り出してゆく。瓦礫の下から里人を救出する木ノ葉丸だが、その先でペインの一人、地獄道と鉢合わせしてしまうことに。地獄道の恐ろしい術に度肝を抜かれる木ノ葉丸。しかしその危機に駆けつけたのは、木ノ葉丸の師であるエビスだった。木ノ葉丸を逃がす為、命を賭して戦うエビス。その姿を見た木ノ葉丸の胸に、ナルトと交わしたある約束が蘇る…。

火影邸の屋上にてペイン天道と対峙する綱手。九尾を渡すよう迫るペインの要求を拒否する綱手だが、ペインは遠く離れた人間道の能力を使い、ナルトの居所は妙木山であることを看破する。次々と増えてゆく木ノ葉の犠牲に歯がみする綱手。しかし大国である木ノ葉の思い上がりを責めるペインは、真の痛みを思い知らせる為――木ノ葉に壊滅的ダメージを与えることを選択する。

異変を察知し、フカサクと共に妙木山から駆けつけるナルト。しかしそこで目にしたのは原形をとどめることなく破壊しつくされた木ノ葉の里の姿だった。あまりに甚大な被害に我を忘れ、激昂する綱手だが、既にそのチャクラは里人の命を救うカツユの術によって底をついてしまっていた。仙術の力によって遠く離れたカカシの死を感知したナルトは極限の怒りと悲しみを胸に――遂にペインとの闘いに身を投じてゆく！

仙術により完成した、風遁螺旋手裏剣を叩きつけるナルト。ペイン人間道を倒す事に成功するが、残りの複数のペイン達がナルトの前に次々と立ちはだかる。シカマルら仲間達はナルトの戦いに気づくが、加勢しようにも、仙術を身につけたナルトの側で戦う事は足手まといに他ならず、静観を余儀なくされてしまう。畜生道の巨大口寄せ動物の攻撃をガマブン太、ガマヒロ、ガマケンが迎え撃ち、フカサクとシマが輪廻眼の繋がりを断ち切るために動き出すが――そんな中、ナルトの仙人モードが切れる瞬間が刻一刻と迫りつつあった…。

ガマブン太たちが倒され、ついにペインに押さえ込まれてしまうナルト。仙人モードで対抗しようとするが、餓鬼道にチャクラを吸収され、仙術モードを強制解除されてしまう。フカサクは自来也の時同様に、ペインの輪廻眼の繋がりを断ち切るため、シマと共に幻術の準備を始めるが…。一方、シズネの死に報いる為にも、ペインの本体を見つけ出す事を固く誓うシカマル達。更なる情報収集を始めようとしたその時、山中いのいちが気付いた重大な事実とは…。

フカサクが倒され、シマが倒され、遂に天道によって完全に捕らわれてしまうナルト。絶体絶命と思われたその時――天道の前に躍り出たのは、白眼で戦いの行方を見守っていたヒナタだった。逃げろ、と叫ぶナルトの制止を振り切り、戦闘の構えを取るヒナタ。自分の行動を独りよがりだと説明するヒナタは胸に秘めていた想いを静かに語りはじめる。一方その頃、ガイ班は嫌な予感を胸に木ノ葉へと帰路を急いでいた。その時ネジは前方に、ある異変を感じ取るが…。

目前でヒナタを倒された衝撃に我を忘れるナルト。かつてない怒りが引き金となり、九尾のチャクラが大暴走を始めてしまう。カツユを介し、ナルトの九尾化を知る仲間達だが、暴走を止める事ができる可能性のあるヤマトははるか遠方で任務についていた。初代火影の首飾りが持つ封印術を完全破壊し、衝動の赴くまま、戦闘を開始する九尾ナルト。対抗する術で九尾捕獲を開始する天道。全てを薙ぎ払う人知を超えた戦いの中、ナルトの尾の数は、遂に八本に届こうとしていた――。

精神世界にて、四代目火影、波風ミナトと遭遇するナルト。ミナトはナルトが八本目の尾まで封印を解除すると意識の中に出てくるよう、あらかじめ細工をしていたのだという。自分こそが父親だと告げるミナトの言葉に衝撃を受けるナルトは、悲喜こもごもの複雑な感情を父親にぶつけるのだった。父の言葉に背を押され、全ての迷いを振り切ったナルトは――自来也の探していた答えを見つけるべく、ペインの待つ現実世界に舞い戻る…！

憎しみの連鎖を断ち切る為、ペインの本体の居所を目指して駆けるナルト。だが途中、シカクといのいち率いるペイン探索隊に遭遇してしまう。「一人で本体の元に向かい、話をしたい」というナルトの主張に驚愕し、反対するいのいち。しかし息子シカマルの言葉を思い出したシカクは、いのいちを諫め、ナルトの為に道を譲るのだった。そして遂にナルトは、かつて同じ師・自来也のもとで学んだ兄弟子、長門との対面を果たす…。

時はさかのぼって中忍試験本戦前。来るべき試合に向けて修業に励んでいたナルトは、自来也の口から「四代目の遺産」という謎の言葉を聞く。どうやらそれは四代目が残した究極の忍の奥義のことらしい。七班の中忍試験突破のため是が非でも手に入れようと張り切るナルトとサクラ。それを聞きつけたチョウジら十班が道行に加わり、『究極の奥義』を巡る過酷なる冒険が幕を開ける…！

四代目が残した記録を破り、奥義を入手するため、襲い掛かる難題に挑んでいくナルト達。しかし先を急ぐナルトの行動は仲間たちに度々ピンチを招いてしまう。さらに奥義を狙う雨隠れの襲撃により、窮地に追い込まれる仲間たちのもとに現れたある人物とは――。果たしてナルト達は四代目が残したという、忍の奥義を手に入れることができるのか…？

辿りついたナルトを迎える、長門と小南。世界にはびこる憎しみとどう向き合うか――長門の話を聞いてから、その答えを出すというナルトの言葉に応じる長門は、静かに過去の出来事を語り始める。大国に巻き込まれ戦場となった雨隠れに暮らしていた幼い長門は、両親を木ノ葉の忍に殺され、天涯孤独となった。わずかな食料も底をつき、ついに行き倒れた長門の前に現れたのは、同じく戦争孤児である小南と弥彦だった。三人は身を寄せ合い、乱世を生きのびようとする。

弥彦の夢をかなえる為、戦地を潜り抜け、自来也の元に辿りつく長門、弥彦、小南。自来也の元で成長した三人は、弥彦をリーダーに据え組織を立ち上げ、極力武力に頼らない平和を構築しようと活動を始める。しかしその頃、世界では岩・木ノ葉・砂の三大国間の戦争が行われていた。雨隠れの長・半蔵は長門達の組織に、平和の為に手を組もうと持ちかけるが…。

長門の語る痛みの記憶に圧倒され、ただ俯くナルト。この呪われた世界に本当の平和など存在しない、自来也の言葉は全て虚構だと切り捨てる長門は、ナルトに投げかけた問いの答を促す。全てを聞いたナルトが導き出した平和への答とは…？　苛立ち、ナルトの答を否定しようとする長門だが――その脳裏に、遥か昔に忘れ去った自来也との会話が蘇る。

ナルトの選択に共感し、全てを賭けると決めた長門は最後の大術「外道・輪廻転生の術」を放つ。それは長門の命と引き換えに、この戦いで命を落とした忍達の魂をこの世に呼び戻す、禁断の術だった。息絶えた長門と弥彦の遺体を連れ帰ろうとする小南。弥彦と長門の夢を受け継いだナルトは、師匠と兄弟子から貰った大切なものを胸に、変わらずに平和を掴み取ってみせると小南に約束する。

ペイン戦で瓦礫の山と化してしまった木ノ葉の里。復興の為、アカデミー跡地を片付けようとするイルカは、校門前にあったブランコのついた木が無事である事に気付く。それはいたずらっ子だったアカデミー時代のナルトがよく乗っていたものだった。イルカは当時のことを懐かしく思い出す。当時新米教師だったイルカは、火影・ヒルゼンより押し付けられた問題児ナルトに手を焼いていた。九尾に両親を殺された過去を持つイルカだが、憎しみを押さえ込み、あくまで一生徒として距離を置いてナルトに接しようとするが…。

ことあるごとに優等生のサスケに噛み付き、逆にクラスの笑いものになる日々を送っているナルト。しかしイルカは自分の両親を奪った16年前の九尾襲撃事件のトラウマから、ナルトに教師としてうまく接する事ができないでいた。たわいない悪戯も上手にいさめる事ができず、ついにナルトは「もうアカデミーにはいかない」と宣言し、学校に来なくなってしまう。自信を失い、三代目に担任を外してくれるよう頼むイルカだが…。しかしヒルゼンはそんなイルカを冷たく突き放すのだった。

木ノ葉の森では昨晩、侵入しようとした他国の忍との戦闘があった。まだ森が危険な状態にあるとも知らず、ナルトはクラスメイト達の「仲間」に入れてもらうため、忍者の死体から戦利品を奪おうと森に入ってしまう。すぐに追いつき、連れ帰ろうとするイルカだが、ナルトは激しく拒絶する。ナルトの抱える孤独を垣間見、ハッとするイルカだったが…。その時、仲間の密書を探していた敵の忍達がナルトとイルカに襲い掛かる…！

ペイン戦直後、火の国の大名殿では、大名の前にご意見番、ダンゾウ、シカク、などの重役が集まり、木ノ葉の里復興の為の会議が行われていた。ダンゾウは倒れた綱手に代わる新たな火影を選出すべきと提案するが…。一方、木ノ葉の里ではカカシとナルトが綱手の見舞いに訪れていた。意識が戻らない綱手を案じるナルト。その横顔を目にしたカカシは第7班結成直前の、とある出来事を思い出す。

手分けして、里の復興作業に取り掛かる忍達。ヤマトの木遁忍術で更地に建物を建築してゆくも、再生までの道のりは遠く思えた。そんな中、ナルトとサクラは懐かしい人物に遭遇する。それはかつて波の国で出会った大工、タヅナとイナリだった。二人は他の大工仲間と共に、木ノ葉復興の為、駆けつけたのだという。再会を喜ぶナルト達は波の国の任務直後に起こったある事件に想いを馳せる。

イナリ、タヅナと久々の再会を喜び合うナルトとサクラ。二人は波の国の任務のすぐ後に巻き込まれたある出来事を思い出す。約三年前、「逃げ出したダチョウを捕まえて連れ戻す」というＤ級任務を終えた第七班が立ち寄ったとある宿場町では、無念の死を遂げた親戚の仇を討つべく、ツカドという男が犯人の男（カタズ）に仇討ちを仕掛けようとしていた…。

木ノ葉壊滅の報は砂の国にも届いていた。自国に有事が起こった場合に備え、一人黙々と傀儡を仕込むカンクロウ。するとそこに我愛羅とテマリがやってくる。同盟国である木ノ葉の惨状を案じるカンクロウとテマリに、「あの里にはうずまきナルトがいる」と呟く我愛羅。その脳裏に、木ノ葉崩し後にナルト達木ノ葉の第七班と共同で行った、ある任務での出来事が蘇る…。

綱手の看病をしているサクラの元を訪れるナルト。戦いでの疲れを微塵も感じさせないナルトの元気な様子に、サクラは昔里で起きたある騒動の事を思い出す。三年前、サクラが突如高熱に襲われ、倒れた事があった。その症状はある村で発生した「忍のチャクラを熱に変えてしまう謎のウイルス」による症状と酷似しており――最後にサクラと接触したナルトには、その村を訪れた記録があったのだ…。

里の復興の為、必要な忍具を調達しに「木ノ葉忍具研究所・分室」を目指すテンテンとネジ。人里離れた山中にある施設を目指す二人は、かつて研究所を訪れたときに起きたある事件の事を懐かしく思い出す。当時、怪我の治療の為任務につけないリーの代わりにナルトを加えた三人一組で研究所に赴いたテンテンとネジは、風変わりな忍具研究者イオウとその助手ショウセキに迎えられるが…。

とある森の中、ひしめく子供ダチョウを前に立つ風格ある一羽のダチョウ――名はコンドル。コンドルはかつてナルト達第七班が捕獲したダチョウである。しかし逃亡を繰り返し、修業を重ねたコンドルは今では人語を操る忍ダチョウに成長していた。興味津々の子ダチョウ達を前に、コンドルはナルトと繰り返した闘争の歴史を語り始める…。

中忍試験で我愛羅戦に受けた傷が癒えず、ロック・リーが入院生活を余儀なくされている頃。ふとしたことから、ナルトはリーのためにガイが作成した特製青春ドリンクを飲み干してしまう。慌ててガイにドリンクの追加作成を依頼するが、そのために必要な薬『徐福草』の在庫は切れてしまっていた。次の任務の行き先が徐福草の生息地だと知ったナルトは、リーのため、徐福草の入手を決意するが…。

里を抜けたサスケを取り戻す為、暁から己を守る術を身につけるため、自来也と共に修業の旅に出たナルト。写輪眼が得意とする幻術への対抗策を身につけさせようと考える自来也は、昔世話になったという村へナルトを連れて行く事にする。村を囲む樹海には特殊な磁場があり、脳内のチャクラに影響を与え人々を幻術に似た状況に陥れるのだ。到着した自来也は顔見知りの少年タニシと再会するが…。

村は雨隠れの半蔵の右腕であった忍、カンダチによって人質を取られ、完全に支配下に置かれていた。村を救おうと立ち上がるナルトと自来也だが、雨忍の報復を恐れたタニシがナルト達の正体をばらし、作戦を台無しにしてしまう。怒り狂い、人質を口寄せの生贄にしようとする雨忍達。力を合わせ、村人達を救おうとするナルトと自来也だが、カンダチの口寄せ・貝螺王の能力に追い詰められていく――

猫科の肉球スタンプを集めた書『肉球大全』を完成させるため、サスケ達第七班に最後の一枚を取ってくるよう依頼する武器商人の猫バア。Ｄランク任務の為、カカシ抜きの７班が任務に向かう事になるが、その最後のターゲットというのは忍猫界の裏を仕切る超大物・猫又だった。難攻不落の砦に守られ、数多の忍猫を従える猫又の元に潜入する為、ナルト達がとった秘策とは。そしてその任務には衝撃の秘密が隠されていた…

時は里が木ノ葉崩しを受けた直後の頃。虎視眈々と里を狙う他国の忍達への牽制の為、ナルトは上忍ハヤマの隊に参加し北の国境パトロールに赴く事になる。しかし隊には、とても忍には見えない鉄鍋を背負った老人がいた。名はコスケ。万年下忍の異名をとるコスケは五十年も下忍として働いているのだという。夜営を続けながら警戒を続けるナルト達だが――襲撃をかけてきた敵の規模は、予想を遥かに超えるものだった。

任務帰りのナルト達第七班は、暗部に引っ立てられて行く美しい女性を目撃する。名はハナレ。女芸人に扮して木ノ葉の情報を探ろうとしていたくノ一だという。ハナレの任務内容と背後にある里を調べるべく、早速情報部の面々によって、ハナレの尋問が開始されるが、強情なハナレはけして口を割ろうとしない。ならばといのいちが直接ハナレの脳内に探りを入れると、そこにはなぜか幼い頃のカカシの姿が映りこんでいた…。

中忍試験本選の最中、ナルトに敗北したネジは医務室で傷を癒していた。気遣ったテンテンが見舞いに訪れたその時――大蛇丸による木ノ葉崩しが勃発する。里が混乱の坩堝と化す中、客席に駆けつけるネジとテンテンは傷つき倒れた日向の長老を発見する。長老は試合観戦に来ていた雲の忍二人組によってヒナタが連れ去られた事を告げ、ネジに白眼の奪還を命じる。テンテンと、キバと赤丸が任務に加わり、基本小隊でのＡランク任務がスタートする。

UNIQLO clothing stores throughout Japan will be offering a Naruto x UT Original DVD with all-new animation on January 1. The DVD will contain an original Naruto anime video set to an exclusive version of Mayonaka no Orchestra, the upcoming song by the Japanese rock band Aqua Timez. A limited number of the DVDs will be offered as presents to people who buy UNIQLO's Naruto graphic T-shirts online or in stores.

自主練を終えた帰り道、岩に張られた奇妙なお札を発見するナルト。深く考えずに剥がして帰るが、その晩寝ていると、枕元に男の幽霊が現れる。ビックリするナルトだが、幽霊のほうも自分がお化けになっている事に驚いている様子。なんと幽霊は記憶喪失だったのだ。お札に残っている文字から幽霊の名が「寄介」である事はわかったが――。一方その頃、木ノ葉の里では新たな警備網を実現すべく、重大な会議が行われていた。

大名の妹が大切にしている黄金像を取り戻す為、盗賊を追う第七班。二手に分かれる必要があるため、連絡手段を残してカカシが去った所で、件の盗賊団が目の前に現れた。指示通りカカシに連絡しようとするサクラだが、功を焦ったナルトとサスケが飛び出してしまう。結果、黄金像は取り戻せたものの、連絡手段は奪われ、サクラが人質となってしまった。更にまずい事に、敵の術によってナルトとサスケの手はゴムボールに包まれ、完全に繋がってしまい…。

長年盗賊団の被害に悩まされているとある村に派遣される、第七班と第十班の面々。断崖にあり、天然の要塞と化した盗賊のアジトを叩く為、上忍のカカシとアスマは潜入ルートの確保に出向く。残された下忍たちだが――その目前で、寝返った元盗賊団のトウフウが敵にさらわれてしまう。のっぴきならない事態に緊張する下忍達。知将と呼ばれるバジ率いる数十人の盗賊と、人質、頑強な砦を前に「策士」シカマルが打った手とは――

ナルトの驚異的な成長に焦りを覚えるサスケ。イタチに歯が立たなかった己のふがいなさに苛立ち、ナルトとの対立を深めつつあった。このままでは任務に支障をきたしかねないという綱手の判断で、サスケとナルトに別々の任務を与えて、冷却期間を設ける事に…。ナルトとサクラは大名縁者の娘ナホを村まで送るという任務につくが、何故かナホは護衛をサスケに頼みたいと駄々をこねる。一方、火の国領内に入り込んだ忍の偵察に出るサスケとカカシは、とんでもない事実に突き当たっていた。

跡形もなく崩壊した木ノ葉の様子に唖然とする雲隠れのサムイ小隊。ともかく雷影より預かった書状を火影に渡そうとするが、現れたダンゾウは自分が新たな火影である事を告げ、書状を受け取るのだった。一方、駆けつけたキバにより、倒れた綱手のかわりにダンゾウが火影になった事、さらに抜け忍としてサスケを始末する許可を出した事を聞くナルトとサクラ。憤り、ダンゾウに撤回させようとするふたりだが、カカシは逸る二人を制止する。

雲隠れのカルイ、オモイに連れられ、サスケについての情報を渡せと迫られるナルト。二人が師匠を想う気持ちに打たれ、一度は情報を渡す事を了承したものの、やはり仲間を売ることはできないと思いとどまる。その代わり、気がすむまで殴ってくれと申し出るナルトに向かって、容赦なく拳を叩き込んでいくカルイ。無抵抗に殴られ続けるナルトを見つめる、サイの胸中にあるものとは――。一方、火影となったダンゾウは五影会談に出席する為、根の者の中から手練れの護衛を呼び出すのだった。

各里の人々に見送られ、五影会議へと旅立っていく五影たち。同じく議場へと向かうダンゾウは、道中、謎の忍達の襲撃を受ける。戦闘にてこれを殲滅するダンゾウは、なんとしても今回の会談を成功させ、火影としての足場を固めようと考えていた。一方、雷影にサスケの助命嘆願をするため、ヤマト、カカシと共に旅立つナルト。五影会談の開催前に雷影に接触すべく、サムイ達の尾行を開始するが…

雷影と対面するナルト、カカシ、ヤマト。サスケ抹殺に始まる復讐の連鎖を食い止めるべく、土下座してサスケへの処分撤回を嘆願するナルトだが、雷影はまったく取り合わなかった。無力感の中、涙を流しうなだれるナルト。一方、五影会議開催国である鉄の国に次々と到着する五影たち。それぞれの思惑を腹に抱えたまま、互いを訝る剣呑な空気の中、五影会議が幕を開ける。

暁に対抗する為、忍連合軍の結成を呼びかけるミフネ。連合軍の指揮を火影に持たせたいと提案するが、それはダンゾウの策略によるものだった。ダンゾウは右目に、人を意識下で操る瞳術の使い手であった、うちはシスイの瞳を隠していたのだ。一方、木ノ葉の里ではサクラの元をサイが訪れていた。告げられたナルトの行動に驚くサクラに、サイはサスケ同様、サクラもまたナルトを苦しめているのではないかと問いかける。

突如、ナルトの前に現れたマダラ。カカシとヤマトは戦闘に突入するが、ナルトに興味が出てきたと語るマダラは、ナルト達にイタチの身に起きた真実を語り始める。一方、鉄の国ではサスケ達の侵入に気付いた侍たちと鷹の面々の戦いが繰り広げられていた。次々と侍達を薙ぎ払いながら、標的であるダンゾウを探すサスケだが――その眼前に、怒りを滾らせた雷影と雲隠れの忍達が立ちはだかる。

マダラからイタチの真実を聞かされ、茫然とするナルトたち。更にマダラは伝説の六道仙人とその後継者である二人の息子に端を発する、永劫に続く憎しみの呪いとうちは一族の関係を明かすのだった。一方、鉄の国ではダンゾウを狙うサスケと迎え撃つ雷影が、互いの身を削る、激しい死闘を繰り広げていた。『天照』の黒炎をものともせずに攻撃を仕掛ける雷影だが――突如、両者の間に風影・我愛羅が割って入る･･･

我愛羅、テマリ、カンクロウ、ダルイによる総攻撃を『須佐能乎』で防ぎ、フロアそのものを破壊するサスケ。感知能力を持つ香燐を引きつれダンゾウのいる会場を目指すが、襲撃の混乱の中、ダンゾウ一行は会場から姿を消してしまう。すぐさま追おうとするサスケだったが、その前に水影が立ち塞がった。水影と土影の二人を前に、サスケは新たな戦いへと突入する。

突如、目の前に現れたうちはマダラに驚く四人の影たち。マダラは救い出したサスケを時空間忍術で隔離すると、自らが掲げる『月の眼計画』の詳細について語り始める。マダラは九匹の尾獣のもととなった化物『十尾』を復活させ、自らその人柱力となり、世界を幻術にかけるつもりだという。「残り二匹の尾獣を差し出せ」との要求を拒否する四人の影達に、マダラは第四次忍界大戦を宣戦する。

マダラの宣戦布告を受けた影達は雷影を長とし、忍連合軍を結成。早速、大名の承認を求める事になる。その頃、鉄の国の宿屋ではナルトの元にサクラたち一行が到着していた。サクラがナルトに切り出した「大事な話」の内容に驚くナルトだが――。また同じ頃、遠方の地では演歌忍者キンちゃんに弟子入りしているキラービーの元に招かれざる客、暁の干柿鬼鮫が到着していた…

八尾入手の為にやってきた鬼鮫との死闘を繰り広げるキラービー。尾獣のチャクラをまとい戦うが、大食いの鮫肌は次々とビーのチャクラを喰らい、刀身を巨大化させてしまう。鮫肌は敵対する者のチャクラを奪い、刀の持ち主のスタミナにする能力を持っていたのだ。鮫肌より強大なスタミナを得た鬼鮫は、『尾のない尾獣』の真の実力を見せ付ける。一方その頃、逃げたダンゾウを追う青は、ダンゾウ配下のフーが仕掛けた恐るべき罠に捕らえられていた。

サイの墨分身からサクラが言えなかった真実を聞くナルト達。サスケを想うが故に、一人でサスケを殺す事を決意したサクラの壮絶な覚悟にナルトはただ絶句する。そこに到着し、五影会談で起きた事件のあらましを伝える砂の三兄弟。我愛羅は自らの方針を伝え、「サスケの友としてナルトがすべき事」を問いかける。一方その頃、追っ手から逃れ先を急ぐダンソウたちの前に、突如マダラが現れた。

風影達からの情報を受け、今後の行動を決めるカカシ達。カカシがサクラを止めに向かい、ヤマトとナルトは先に里に戻る事になるが、一連の出来事に苦悩するナルトは過呼吸の発作を起こし、倒れてしまう。その頃、サスケは因縁の敵ダンゾウと対峙していた。ダンゾウの右手から現れたあまたの写輪眼に激怒するサスケは「イタチにうちは一族を抹殺させたのは本当か」と真実を確かめようとする。

攻撃が通じない、ダンゾウの不可思議な術に翻弄されるサスケ。途中ダンゾウの呪印に動きを封じられるも、須佐能乎を完成させ、さらなる攻撃を仕掛ける。その中にできた一瞬のヒントに注目し、ダンゾウの術分析を始める香燐。間違いないと確信を得るマダラ。ダンゾウが用いているのはうちは一族の中でも禁術とされていた瞳術イザナギ――代償と引き換えに幻と現実の狭間をコントロールできる究極の幻術だったのだ。

ぶつかり合い、互いに刺し違えたかのように見えたサスケとダンゾウ。勝負はイザナギを使うダンゾウの勝利に見えたが、ダンゾウは一瞬の隙を突いたサスケの幻術に落ちていた。イザナギの有効時間が既に尽きていた事を知らず、深手を負うダンゾウ。そして制御できなくなった初代火影の細胞が暴走を始める。目的の為何とか生きのびようとするダンゾウは、香燐を人質に取るが――

仲間達とともにサスケの行方を捜すサクラたち。鋭い嗅覚でサスケの居所を突き止めるキバ。するとサクラは突如、皆を眠り玉で眠らせようとする。サクラが始めからサスケを一人で倒す気でいた事を知り、憤るキバとリー。しかしサイがカカシの命によりサクラ、リー、キバをその場にとどめようとした事から仲間割れが起きてしまう。だがその隙を突いて動き出すサクラ。サスケの元にひた走るサクラの胸に、懐かしい思いが蘇る。

過呼吸の発作から、宿での休息を余儀なくされるナルト。友としてサスケにすべき事はなんなのか。じっと考え込むナルトの脳裏に、少年時代から続く、さまざまな出来事が思い起こされる。今は何も知らなかった少年時代とは違う。大切なモノを得た喜びと、それを失う痛みを経験したナルトが導き出す答とは――。ナルトは宿を抜け出し、サクラとカカシの後を追ってサスケの元に走り出す。

サスケの元に辿りつき、サスケに同行して里を抜けると宣言するサクラ。その行動を疑うサスケは「自分の望みは木ノ葉を潰すこと」と伝えた上で、瀕死の香燐に止めをさしたならサクラの行動を信じると提案する。代わり果てたサスケの言動に息を呑むサクラ。クナイを握り締め、香燐を前に逡巡するその背中に、突如、殺意のこもったサスケの千鳥が襲い掛る。――しかし、間一髪でカカシが駆けつける。

あわやという所で、サスケからサクラを奪い返すナルト。サスケの行動をとがめるナルトに、サスケは自らの手でダンゾウを殺めた事を告げる。うちは一族を穢した木ノ葉の全てを殺しつくし、うちはを浄化すると宣言するサスケ。その闇の深さに言葉を失うサクラ。カカシは師である者の勤めとして二人を逃がしサスケと闘おうとするが――隙を突かれてナルトに止められてしまう。制止を無視して、サスケ目掛けて突っ込んでいくナルト。迎え撃つサスケ。今、渾身の螺旋丸と千鳥がぶつかりあう。

「一流の忍同士なら拳を交えただけで互いの心の内がわかる」。かつて「終末の谷」でのサスケの言葉のままに、サスケの心の内を読み取るナルト。それはサスケも同様だった。自分達は一流の忍となったと告げるナルトは自分達が戦えば二人とも死ぬのだと告げる。死の覚悟を持って憎しみの全てを自分にぶつけろと語るナルト。苛立ちを噛み締めるサスケの問いかけに対する、ナルトの答とは――

雷影に連れられ、雲隠れの里に帰還するビー。感涙するオモイとカルイと久々の対面を果たす。ビーに懐き、側を離れようとしない鮫肌だが…その行動の影には暁の思惑があった。一方その頃、香燐を連れ、眠らせた仲間達を回収して木ノ葉へ向かおうとするナルト達。しかし目覚めたサイの舌からは呪印が消失していた。ダンゾウが死んだため、術が解けたのだ。同じ理由でダンゾウの死に気付く木ノ葉の根の者達。木ノ葉に静かな動揺が広がってゆく。