サスケ奪還失敗より数日後、奇妙な悪夢がナルトを襲う。目覚めた後も忘れがたい不思議な余韻に捕らわれ、しばし呆然とするナルト。次の日、医療関係の資料を探しに図書館を訪れたサクラは、人間関係についての本を真剣に読み漁るサイに遭遇。そこに一日も早くカカシ班に馴染もうとする努力を見て取り、微笑ましい気分になるサクラは、ナルトと計画していたカカシの見舞いにサイを誘う。早速病院を訪れた一行だが、そこでカカシはナルトにある提案をする。

待ちに待ったカカシとの修業に入るナルト。口頭での説明がまったく入っていかないナルトに脱力するカカシだが、ナルトはどの道経験して覚えるタイプと開き直る。「螺旋丸を超える、ナルトだけのオリジナル忍術」を開発する為、病床にてカカシが編み出した膨大な時間と努力を短期に圧縮するためのとっておきの修業方法とは。そのための強力な助っ人の登場にテンションがあがるナルトは、更に新術開発に必要になる己の「チャクラの性質」を調べる事になるが…。

自分が戦闘能力抜群のチャクラ「風」の性質を持つ事を知り、修業に熱が入るナルト。しかしなかなか進まない状況に業を煮やしたナルトは、早速影分身の特性を生かして同じ「風」のチャクラを持つアスマにコツを聴きに行く事に。一方その頃、綱手は国境付近の村で起きた襲撃事件についての報告を受けていた。敵が「暁」である可能性を考慮し、調査開始を命ずる綱手。できればナルトに修業期間を与えてやりたいと考えていたが、万が一にも暁にナルトの居場所を特定されるのは避けたい――そう判断する綱手は、一時ナルトの修業を中断させ、カカシ班に任務を与える決断をする。

カカシ班に命じられたのは火の寺で頻発している「墓荒らし事件」の解決だった。その犯行は通常の墓荒らしとは違い、副葬品狙いではないとの事から、ヤマトはその狙いは火の寺周辺にある「四つの隠し墓」に葬られた忍の遺体ではないかと睨む。早速、隠し墓の周辺で火の寺の僧・地陸と待ち合わせる事になるが、修業を中断され乗り気ではないナルトは、こっそりと一人修業に励むうち仲間達とはぐれてしまう。夜の森を彷徨うナルトの前に、突如現れた驚くべき光景、そして遭遇する謎の人影の正体とは――！？

万一に備え、火の寺にて待機するカカシ班。その間、地陸は隠し墓の主が火の国大名の直属組織『守護忍十二士』である事を告げ、かつて地陸とアスマも組織に所属していた事を明かす。驚く仲間たちは更に、守護忍十二士たちがかつて起こしたある恐ろしい事件について知る事になる。一方、少年僧の修業を見ていたナルトは寺の僧達とソラの間に漂う微妙な空気に疑問を抱く

最後の隠し墓が暴かれたとの連絡を受け、急ぎ柩の行方を追うナルト達。しかしそれはナルト達を呼び込むための敵の罠だった。柩を強奪するのみならず、わざわざ戦闘に持ち込もうとする敵の真意を測りかねるヤマトだが、有無を言わさず戦闘が開始される。一方木ノ葉では、いまだに読めぬダンゾウの思惑や、暁や大蛇丸の動きなど…数々の不安材料に頭を痛める綱手の姿があった。

別の場所の地形を丸々呼び寄せる敵の「土地寄せの術」によって分断されたナルト達。個々を襲う刺客との戦闘を余儀なくされるが、圧倒的に地の利がある敵に苦戦を強いられてしまう。打ち込まれたマーカーにより動きの全てを読まれたサイは、サクラを庇ってその身に毒を受ける。解毒にまわるサクラだが――。一方その頃、ナルトは最低三つの属性を持つ、くノ一フウカに追い詰められていた。更に一人きりになったソラの前に怪しい人影が現われ…。

隠し墓を襲った謎の男、フリドとの戦闘になだれ込むソラ。ソラの人並みならぬ力を賞賛し、「天から授かったその力の使い道を考えるべきだ」と諭すフリドは、自分がソラの父の旧知であることをにおわせて姿を消してしまう。一方、ナルトは不可思議な術を操るくの一フウカ相手に苦戦を強いられていた。全ての属性を操り、致命傷を受けてなお立ち上がるフウカに絶体絶命の危機に追い込まれるナルト。そこに駆けつける助っ人とは…。

「隠し墓を襲撃した連中の狙いはソラにあるのではないか？」そう推測するヤマトは、しばし戦列に戻れないサイの代わりを理由にソラを臨時のカカシ班員として迎え入れる事を決める。気乗りしないナルトだが、里に戻った途端ソラの面倒を丸ごと押し付けられてしまうことに…。ナルト目前で次々と信じられないトラブルを起こすソラ。挙句の果てにキバやチョウジまで巻き込んでの乱闘騒ぎにもつれ込むが、それを止めたのは意外な人物だった。一方、火の国の一角で襲撃者フリドは次なる行動を開始していた。

ひょんな事からアスマに修業を見てもらう事になるナルトとソラ。アスマの鉄拳指導の下、二人は風の属性修業に没頭していく。アスマの言葉により胸のつかえが取れ、木ノ葉での生活に安らぎを見出しつつあるソラだったが――その眼前に突如姿を現したフリドは「ソラの父を殺したのはアスマだ」と衝撃の事実を告げる。一方、火の寺の地陸よりの手紙を受け取る綱手。そこにはソラが十年前に起こした事件の詳細がしたためてあった。

敵対しかねない雨隠れの忍との密会という、不審行動をとるダンゾウを拘束する綱手。しかし、密会の相手は木ノ葉の草であった。情報によると墓荒らしの四人組の狙いはソラであるらしい。木ノ葉にとって危険な存在になりかねない、ソラの抹殺を唱えるダンゾウ。ダンゾウを制止しようとする綱手だが…。一方、アスマこそが父の仇であるという確信を得て、ショックを受けるソラ。憎悪に駆られるソラはフリドの導きのままに――一度は心を許しかけた、木ノ葉へと刃を向けてしまう。

大停電に端を発し、遂にフリド達による木ノ葉襲撃が幕を開ける。すぐさま警戒態勢に入る木ノ葉だが、フリド勢の作った防御結界により、住人全員が里内に閉じ込められる事態に。混乱を極める状況の中、逃亡を図るソラにようやく追いつくナルトとアスマ。厳しく「綱手を襲撃した理由」を問い詰めるナルト達に対し、ソラは怒りを爆発させる。だが、その言葉の裏に「守護二士忍のクーデター未遂事件」を知る何者かの存在を感じ取るアスマは、里に迫りつつある大きな危険に気づくのだった。

迫りつつある最悪の事態を阻止すべく、発電施設に向うアスマ。そこで目にしたのは蘇生忍術によりふたたび生を得た、墓を暴かれた守護忍十二士達の姿だった。フリドの目標は雷遁四人衆の術で里を焼き尽くす事だったのだ。アスマは駆けつけたサクラとヤマトを雷遁四人衆の阻止に向わせ、その場に残った元十二士のキタネとの戦闘に突入する。一方、フリドの元へ向かおうとするソラを止めようとするナルト。だがその前に再び、フリド勢のくノ一、フウカが立ちふさがる。

フリドの狙いが玉である火影抹殺のみならず、木ノ葉の里の徹底殲滅である事を知り、絶句するソラ。フリドを止めようとするが、圧倒的な力量差で押さえ込まれてしまう。そのころ里のいたるところでは忍達の死闘が繰り広げられていた。死人の跋扈を防ごうと大門付近で策を尽くす木ノ葉の仲間たち。フウカ、フエン、フドウとの因縁の対決を強いられるナルト、サクラ、ヤマト。蘇ったかつての同胞キタネと対峙するアスマ――混乱を極める騒乱の中、刻一刻と木ノ葉に雷夢雷人の危機が迫る。

里の各所ではキタネ以外の雷遁四人衆がすでに雷夢雷人の配置についていた。木ノ葉殲滅まであとわずかという危機の中、諦めないアスマはキタネを止める為、懸命に力を振り絞る。「結局、玉とは何だったのか」問いかけるキタネの問いに対するアスマの答えは――。一方その頃、ナルトは全属性を駆使するというフウカの不可思議な術に追い込まれ劣勢を強いられていた。果たして風のチャクラの応用で勝機を掴むことができるのか…。そして同じ頃、フリドに捕らわれたソラの体に起こり始めたある異変とは？

遂にソラの元に辿り着くナルトとアスマがそこで目にしたのは、禍々しいチャクラに全身を覆われた、変わり果てたソラの姿だった。唖然とするナルト達に、ソラの出生の秘密を明かすフリド。ソラの中には十年前ナルトの中に封印し切れなかった、九尾のチャクラが植えつけられていたのだ。同じ立場の者としてソラの苦しみを想像し、怒りに身を震わせるナルトだが――。信じたものに裏切られ続けた絶望の中で、ソラは自暴自棄な破壊衝動に身を任せてしまうのだった。

フリドの正体は死んだはずの守護忍十二士のクーデター首謀者、カズマだった。アスマは己の義をかけ、十年の時を超え、再びフリドと対決する。一方、暴走し始めるソラを止めようとする木ノ葉の仲間たちは戦いの疲労の為、次々とチャクラの限界を迎えてゆく。力づくでソラを押さえ込もうとするナルトだが…そこで誰も予想しなかった最悪の事態、ソラとナルトの二つの九尾による、チャクラの共鳴現象が起こってしまう。果たしてナルトは己の暴走を抑え、ソラを救う事ができるのか？