土蜘蛛一族の役の行者の孫娘、ホタルを警護し、山中にある土蜘蛛一族の里に送り届ける事になったナルト達。しかしホタルはナルト達と交代する形で別れてしまったウタカタに未練を残していた。ウタカタの強さに憧れ、弟子入りしたいと願うホタルだが、ウタカタは拒絶するのだという。一方その頃、禁術の強奪に失敗した賞金稼ぎのマガキ衆と頭領のシラナミは次の策を練っていた。ホタルの行く手に先回りすべく動き出すが――突如、ウタカタと出くわしたことから交戦へとなだれ込む。

里に到着し、ナルト達と別れたホタル。しかしそこには既にマガキ衆の手が回っていた。追い詰められ禁術を渡すように迫られるホタル。絶体絶命のその時、現れたのはウタカタだった。シラナミはウタカタが霧隠れのビンゴブックに乗っている賞金首である事に気付くが…。一方、ホタルの様子が気になり、土蜘蛛の里へと戻るナルト。しかし村人達は消えたホタルを探そうとしてはいなかった。その冷淡な態度に憤るナルトだが、ナルトを追って戻ったヤマトに諭され、ホタルを探索する事にする。

相手が霧の追い忍と悟り、ためらうヤマトとサイ。しかし問答無用でナルトは戦闘に突入してしまう。霧隠れの追い忍達はホタルと引き換えに抜け忍であるウタカタの身柄を要求するが、従えばホタルはウタカタを追い、任務に支障が出ると考えたヤマトはこれを拒否。譲れぬ任務を抱えたもの同士、泥沼の争いに突入するかと思われたその時――両勢力の間に追い忍たちのリーダー・ツルギが割って入る。無駄な争いを避ける為、ウタカタとも知己であるツルギは、ウタカタとヤマトにある交渉を持ちかける。

ホタルを連れ、葛城山の砦に戻る木ノ葉達。ナルトは『土蜘蛛の禁術』がホタルの背中に埋め込まれている事に憤り、遁兵衛に詰め寄る。しかしそれを望んだのは他ならぬホタル自身だった。だが「衰退した土蜘蛛一族にはもはや術を守りきる力がない」と判断する遁兵衛は、実は孫の身を案じた役の行者が、ホタルから禁術を抜く術を残していった事を明かす。禁術を葬る事を促す一同だが、ホタルはこれを拒否。遥か昔に姿を消した、土蜘蛛一族の兄弟子「シラナミ」ならば禁術を守れるはずだと切実な想いをナルトに打ち明ける。

現れたシラナミの言葉を信じ、ウタカタ宛の別れの手紙を残して葛城山を後にするホタル。一方、シラナミを探すナルトは、策に嵌められ、マガキ衆の罠に捕らわれていた。そこに突如ウタカタが現れた事により辛くも難を逃れる。ホタルが再会を願う「シラナミ」こそが、葛城山を襲った盗賊と同一人物だと悟るナルトとウタカタは、消えたホタルの身を案じ、共に追尾を開始するが……辿り着いた土蜘蛛一族の里は、シラナミの術によって恐るべき変貌を遂げていた。

サクラ、サイ、ヤマトの活躍により、土蜘蛛の里への潜入を果たしたナルト達。自然界のチャクラが不穏な動きをするのに気付いたウタカタは、ナルトと共にその中心地である洞窟に乗り込む。そこでは字縛術によってホタルの自由を奪ったシラナミが、外部から禁術を発動させようとしていた。ホタルを禁術の器として扱い、想いを踏みにじるシラナミの態度に激昂するナルト。何とかシラナミの行為を止めようとする二人だが――抵抗空しく、字縛術に捕らわれてしまう。

シラナミの術に操られ、ナルトとウタカタに禁術を向けてしまうホタル。禁術の力を目の当たりにし、歓喜するシラナミの傍らで、ホタルは深い絶望に捕らわれていた。完全に心を閉ざしたホタルはシラナミの制御を離れ、禁術を暴走させてしまう。このままではホタルもろとも周囲一帯が吹き飛ぶと判断し、逃走するシラナミ。その時、ホタルの事を託されたウタカタが取った行動とは…。