ペイン戦で瓦礫の山と化してしまった木ノ葉の里。復興の為、アカデミー跡地を片付けようとするイルカは、校門前にあったブランコのついた木が無事である事に気付く。それはいたずらっ子だったアカデミー時代のナルトがよく乗っていたものだった。イルカは当時のことを懐かしく思い出す。当時新米教師だったイルカは、火影・ヒルゼンより押し付けられた問題児ナルトに手を焼いていた。九尾に両親を殺された過去を持つイルカだが、憎しみを押さえ込み、あくまで一生徒として距離を置いてナルトに接しようとするが…。

ことあるごとに優等生のサスケに噛み付き、逆にクラスの笑いものになる日々を送っているナルト。しかしイルカは自分の両親を奪った16年前の九尾襲撃事件のトラウマから、ナルトに教師としてうまく接する事ができないでいた。たわいない悪戯も上手にいさめる事ができず、ついにナルトは「もうアカデミーにはいかない」と宣言し、学校に来なくなってしまう。自信を失い、三代目に担任を外してくれるよう頼むイルカだが…。しかしヒルゼンはそんなイルカを冷たく突き放すのだった。

木ノ葉の森では昨晩、侵入しようとした他国の忍との戦闘があった。まだ森が危険な状態にあるとも知らず、ナルトはクラスメイト達の「仲間」に入れてもらうため、忍者の死体から戦利品を奪おうと森に入ってしまう。すぐに追いつき、連れ帰ろうとするイルカだが、ナルトは激しく拒絶する。ナルトの抱える孤独を垣間見、ハッとするイルカだったが…。その時、仲間の密書を探していた敵の忍達がナルトとイルカに襲い掛かる…！

ペイン戦直後、火の国の大名殿では、大名の前にご意見番、ダンゾウ、シカク、などの重役が集まり、木ノ葉の里復興の為の会議が行われていた。ダンゾウは倒れた綱手に代わる新たな火影を選出すべきと提案するが…。一方、木ノ葉の里ではカカシとナルトが綱手の見舞いに訪れていた。意識が戻らない綱手を案じるナルト。その横顔を目にしたカカシは第7班結成直前の、とある出来事を思い出す。

手分けして、里の復興作業に取り掛かる忍達。ヤマトの木遁忍術で更地に建物を建築してゆくも、再生までの道のりは遠く思えた。そんな中、ナルトとサクラは懐かしい人物に遭遇する。それはかつて波の国で出会った大工、タヅナとイナリだった。二人は他の大工仲間と共に、木ノ葉復興の為、駆けつけたのだという。再会を喜ぶナルト達は波の国の任務直後に起こったある事件に想いを馳せる。

イナリ、タヅナと久々の再会を喜び合うナルトとサクラ。二人は波の国の任務のすぐ後に巻き込まれたある出来事を思い出す。約三年前、「逃げ出したダチョウを捕まえて連れ戻す」というＤ級任務を終えた第七班が立ち寄ったとある宿場町では、無念の死を遂げた親戚の仇を討つべく、ツカドという男が犯人の男（カタズ）に仇討ちを仕掛けようとしていた…。

木ノ葉壊滅の報は砂の国にも届いていた。自国に有事が起こった場合に備え、一人黙々と傀儡を仕込むカンクロウ。するとそこに我愛羅とテマリがやってくる。同盟国である木ノ葉の惨状を案じるカンクロウとテマリに、「あの里にはうずまきナルトがいる」と呟く我愛羅。その脳裏に、木ノ葉崩し後にナルト達木ノ葉の第七班と共同で行った、ある任務での出来事が蘇る…。

綱手の看病をしているサクラの元を訪れるナルト。戦いでの疲れを微塵も感じさせないナルトの元気な様子に、サクラは昔里で起きたある騒動の事を思い出す。三年前、サクラが突如高熱に襲われ、倒れた事があった。その症状はある村で発生した「忍のチャクラを熱に変えてしまう謎のウイルス」による症状と酷似しており――最後にサクラと接触したナルトには、その村を訪れた記録があったのだ…。

里の復興の為、必要な忍具を調達しに「木ノ葉忍具研究所・分室」を目指すテンテンとネジ。人里離れた山中にある施設を目指す二人は、かつて研究所を訪れたときに起きたある事件の事を懐かしく思い出す。当時、怪我の治療の為任務につけないリーの代わりにナルトを加えた三人一組で研究所に赴いたテンテンとネジは、風変わりな忍具研究者イオウとその助手ショウセキに迎えられるが…。

とある森の中、ひしめく子供ダチョウを前に立つ風格ある一羽のダチョウ――名はコンドル。コンドルはかつてナルト達第七班が捕獲したダチョウである。しかし逃亡を繰り返し、修業を重ねたコンドルは今では人語を操る忍ダチョウに成長していた。興味津々の子ダチョウ達を前に、コンドルはナルトと繰り返した闘争の歴史を語り始める…。

中忍試験で我愛羅戦に受けた傷が癒えず、ロック・リーが入院生活を余儀なくされている頃。ふとしたことから、ナルトはリーのためにガイが作成した特製青春ドリンクを飲み干してしまう。慌ててガイにドリンクの追加作成を依頼するが、そのために必要な薬『徐福草』の在庫は切れてしまっていた。次の任務の行き先が徐福草の生息地だと知ったナルトは、リーのため、徐福草の入手を決意するが…。

里を抜けたサスケを取り戻す為、暁から己を守る術を身につけるため、自来也と共に修業の旅に出たナルト。写輪眼が得意とする幻術への対抗策を身につけさせようと考える自来也は、昔世話になったという村へナルトを連れて行く事にする。村を囲む樹海には特殊な磁場があり、脳内のチャクラに影響を与え人々を幻術に似た状況に陥れるのだ。到着した自来也は顔見知りの少年タニシと再会するが…。

猫科の肉球スタンプを集めた書『肉球大全』を完成させるため、サスケ達第七班に最後の一枚を取ってくるよう依頼する武器商人の猫バア。Ｄランク任務の為、カカシ抜きの７班が任務に向かう事になるが、その最後のターゲットというのは忍猫界の裏を仕切る超大物・猫又だった。難攻不落の砦に守られ、数多の忍猫を従える猫又の元に潜入する為、ナルト達がとった秘策とは。そしてその任務には衝撃の秘密が隠されていた…

時は里が木ノ葉崩しを受けた直後の頃。虎視眈々と里を狙う他国の忍達への牽制の為、ナルトは上忍ハヤマの隊に参加し北の国境パトロールに赴く事になる。しかし隊には、とても忍には見えない鉄鍋を背負った老人がいた。名はコスケ。万年下忍の異名をとるコスケは五十年も下忍として働いているのだという。夜営を続けながら警戒を続けるナルト達だが――襲撃をかけてきた敵の規模は、予想を遥かに超えるものだった。

任務帰りのナルト達第七班は、暗部に引っ立てられて行く美しい女性を目撃する。名はハナレ。女芸人に扮して木ノ葉の情報を探ろうとしていたくノ一だという。ハナレの任務内容と背後にある里を調べるべく、早速情報部の面々によって、ハナレの尋問が開始されるが、強情なハナレはけして口を割ろうとしない。ならばといのいちが直接ハナレの脳内に探りを入れると、そこにはなぜか幼い頃のカカシの姿が映りこんでいた…。

中忍試験本選の最中、ナルトに敗北したネジは医務室で傷を癒していた。気遣ったテンテンが見舞いに訪れたその時――大蛇丸による木ノ葉崩しが勃発する。里が混乱の坩堝と化す中、客席に駆けつけるネジとテンテンは傷つき倒れた日向の長老を発見する。長老は試合観戦に来ていた雲の忍二人組によってヒナタが連れ去られた事を告げ、ネジに白眼の奪還を命じる。テンテンと、キバと赤丸が任務に加わり、基本小隊でのＡランク任務がスタートする。

自主練を終えた帰り道、岩に張られた奇妙なお札を発見するナルト。深く考えずに剥がして帰るが、その晩寝ていると、枕元に男の幽霊が現れる。ビックリするナルトだが、幽霊のほうも自分がお化けになっている事に驚いている様子。なんと幽霊は記憶喪失だったのだ。お札に残っている文字から幽霊の名が「寄介」である事はわかったが――。一方その頃、木ノ葉の里では新たな警備網を実現すべく、重大な会議が行われていた。

大名の妹が大切にしている黄金像を取り戻す為、盗賊を追う第七班。二手に分かれる必要があるため、連絡手段を残してカカシが去った所で、件の盗賊団が目の前に現れた。指示通りカカシに連絡しようとするサクラだが、功を焦ったナルトとサスケが飛び出してしまう。結果、黄金像は取り戻せたものの、連絡手段は奪われ、サクラが人質となってしまった。更にまずい事に、敵の術によってナルトとサスケの手はゴムボールに包まれ、完全に繋がってしまい…。

長年盗賊団の被害に悩まされているとある村に派遣される、第七班と第十班の面々。断崖にあり、天然の要塞と化した盗賊のアジトを叩く為、上忍のカカシとアスマは潜入ルートの確保に出向く。残された下忍たちだが――その目前で、寝返った元盗賊団のトウフウが敵にさらわれてしまう。のっぴきならない事態に緊張する下忍達。知将と呼ばれるバジ率いる数十人の盗賊と、人質、頑強な砦を前に「策士」シカマルが打った手とは――

ナルトの驚異的な成長に焦りを覚えるサスケ。イタチに歯が立たなかった己のふがいなさに苛立ち、ナルトとの対立を深めつつあった。このままでは任務に支障をきたしかねないという綱手の判断で、サスケとナルトに別々の任務を与えて、冷却期間を設ける事に…。ナルトとサクラは大名縁者の娘ナホを村まで送るという任務につくが、何故かナホは護衛をサスケに頼みたいと駄々をこねる。一方、火の国領内に入り込んだ忍の偵察に出るサスケとカカシは、とんでもない事実に突き当たっていた。