綱手の顔岩が増えた木ノ葉の里では、下忍へと成長した木ノ葉丸軍団が担当のエビスの元、Ｄランク任務にいそしんでいた。「こんなショボイ任務じゃやる気が出ない」と駄々をこねる木ノ葉丸に、昔のナルトの姿を重ね合わせ苦笑するイルカ達。そんな折、木ノ葉の門をくぐる人影があった。その人物こそ自来也との長き旅を終え、大きく成長したうずまきナルト本人だった！！「みんなー！　うずまきナルトが帰ってきたぞ――っ！！」

お待ちかね。血沸き肉踊る『ナルト疾風伝』いよいよ開幕！

自来也の最新作『イチャイチャタクティクス』を受け取り浮かれるカカシ。しかし自来也は暁が動き出したという極秘情報をも里に持ち帰った。約束どおりナルトは再びカカシの元に就く事になるが、これまでの修業の成果を見せる為にサクラとタッグを組み、かつて行った『サバイバル演習』にてカカシに挑む事になる。一方、砂の里では風影となった我愛羅の近くで不審な動きが始まろうとしていた。遂に『暁』のメンバーが砂の里に降り立ったのだ。

白熱するナルト達のサバイバル演習。二人の成長を肌で感じるカカシは、はじめから写輪眼を解放する。術の連係に切れを増したナルト。医療忍者としての修行を重ね、戦闘に不向きと思われていたサクラも、綱手直伝の必殺技を駆使して激しくカカシを追い込んでいく。その頃、砂の里では我愛羅を狙う暁のデイダラが極秘潜入工作を開始していた。たやすく張り巡らされた数々の警備を突破していくデイダラ。潜入成功かと思われたそのとき――。

いち早くデイダラの存在に気付いた我愛羅によって開かれる戦端。巨鳥に乗るデイダラと砂に乗る我愛羅の空中戦が展開される。砂隠れの里は上忍・由良が暁の手下であったとは知らず、続く甚大な被害に混乱に陥る。一方、木ノ葉ではナルト達のサバイバル演習が続いていた。夜明けというタイムリミットに追われ、じりじりと焦るナルトとサクラは改めて『コピー忍者のカカシ』の凄さを実感する。膠着する戦況。遂に二人は、いちかばちかのある作戦に出る。

カカシとの勝負に勝ち、自分達の成長を証明してみせたナルトとサクラ。綱手は二人の力を認め、三人一組(スリーマンセル)としてカカシ班に配属する。先生であったカカシに『対等な木ノ葉の忍』と認められ、がぜん張り切る二人。一方、砂の里では我愛羅とデイダラの激しい戦闘が続いていた。戦況を見守るバキは万一、守鶴が発現した場合を考え警戒するが、カンクロウはその可能性を否定する。カンクロウは弟である我愛羅の胸に秘められた強い決意を知っていたのだ…。

デイダラの起爆粘土から里を守るため、チャクラを総動員して巨大な砂の盾を完成させる我愛羅。辛くも里を救うがその代償はあまりに大きかった。生じた隙から絶対防御を逆手に取られ、次々とデイダラの罠に絡め取られていく。絶望の戦況を覆す術はない。砂忍たちの応援も虚しく――遂に我愛羅は最後の力を里の為に使い、デイダラの手に落ちるのだった…。 (TV Tokyo)

力尽きた我愛羅を奪い去るデイダラ。カンクロウはバキの制止を振り切り、弟・我愛羅を取り戻すべくすぐさま小隊にて追跡を開始する。しかし追っ手がかかる事は暁の想定の範囲内。巧妙に仕掛けたトラップで次々と砂の追っ手を脱落させていく。――しかしカンクロウは執念の追跡で、ただ一人暁の元に辿り着くのだった。一方その頃、木ノ葉ではナルト達が新チーム初任務の日を迎えていた。

砂の里に急ぐ道すがら、テマリと合流するカカシ班。隊列を乱してまで先を急ぐナルトを諌めるカカシだが、ナルトは暁に対する激しい怒りを爆発させる。体に化物を飼うという、同じ苦しみを分かち合う仲間として心から我愛羅の身を案じるナルト。その涙はテマリの心を深く揺さぶる。一方、瀕死の状態で回収されるカンクロウ。早速治療が施されるが、その身に受けた未知の毒のせいで解毒は不能。このままでは二、三日の内に命が尽きると判明する。

砂の里からの緊急通信により、暁による風影誘拐の報せが木ノ葉に届く。一刻を争うと判断した綱手は、早速『暁』に関しての情報をもつカカシ班を砂の里に向かわせる。一方、我愛羅を取り戻すべく暁との戦端を開くカンクロウ。しかし傀儡の仕込みを次々と読まれ苦境に追い込まれる。その敵の正体はカンクロウの傀儡の製作者であり、かつて砂の傀儡部隊の天才造形師と謳われた『赤砂のサソリ』だったのだ――！

一刻を争うカンクロウの病状に手を尽くす砂忍達。しかしそれは毒の専門であるチヨ婆の手にすら余る代物だった。唯一の望みは、医療スペシャリスト・綱手より遣わされた木ノ葉の援軍のみ。しかし肝心のナルト達は、砂嵐により行く手を阻まれてしまう。一方、木ノ葉にてカカシ班の任務の行方を案ずる綱手は最悪の事態を想定し、 任務帰りのガイ班四名を援軍として砂へ走らせる。同じ頃、我愛羅を奪取しアジトに運んだ“暁”達は我愛羅から尾獣を引き剥がすべく 『封印術・幻龍九封尽(げんりゅうきゅうふうじん)』を開始するのだった。

危篤状態のカンクロウの治療を開始するサクラ。修業期間を経、一人前の医療忍者となったサクラは皆が目を見張る鮮やかな手並みで完璧な処置を施していく。初めこそ仇敵である木ノ葉に不信感を募らせていたチヨばあだが、砂の危機に直弟子を遣わす綱手の心遣い、またサクラの懸命な治療に心を打たれ、時代の変化を知るのだった。一命を取り留めたカンクロウは暁追跡への手掛かりを提供。早速カカシは忍犬による追跡を開始する。

かつて敗北を喫した因縁の相手、うちはイタチと遭遇したカカシ班。カカシは瞳術にかけられるのを防ぐ為、写輪眼を見ないよう皆に警告する。イタチ戦を一手に引き受けんとするカカシは、ナルトに後方の援護を要請し、臨戦態勢に突入する。一方、同じく因縁の相手、干柿鬼鮫との戦闘に突入するガイ班。かつてガイに受けた『借り』を返そうとする鬼鮫は、圧倒的なチャクラ量で木ノ葉勢を追い込み、遂にはネジ、リー、テンテンを水牢の術に囲い込む！

教え子三人を水牢の術に捕らえられ、失策を悔いるガイ。次こそ自らの武器で対抗すべく愛用のヌンチャクで鬼鮫に挑む。超体術ＶＳ怪力の激しい肉弾戦になだれ込む両者。テンテンが酸素不足の限界を迎える中、遂にガイは一気に勝負をつけるため禁断の奥義の準備に入る。一方、写輪眼を見ていないのにもかかわらずイタチの幻術に捕らわれてしまったナルト。焦燥にかられるナルトだが、その脳裏を過ぎったのは師・自来也による『幻術対策』の修業の数々だった。

幻術返しが決まらず窮地に陥るナルトを救ったのは、チヨとサクラだった。すかさず反撃に転じるカカシ。イタチ相手にハイレベルな忍者戦を繰り広げ、裏の裏を読む作戦でカカシは天才忍者の本領を発揮。遂にナルトと協力してイタチを仕留めるのだった。一方、鬼鮫相手に苦戦を強いられていたガイだが、大技『朝孔雀』にて鬼鮫を撃破。無事因縁の敵を倒した筈の木ノ葉勢だったが――！？

倒された鬼鮫とイタチは『象転の術』によって姿と能力を模されたまったくの別人だった。これを時間稼ぎと読むチヨバアとカカシは、既に暁は我愛羅から尾獣を引き剥がしにかかっていると推測、焦りをにじませる。状況が把握できないサクラとナルトに『尾獣』とそれを宿す『人柱力』の関係について語り始めるチヨバア。その衝撃の内容に『人柱力』であるナルトの運命を重ね、サクラは思わず一筋の涙を流す。

過酷な道行きに備え、それぞれ束の間の休息をとるガイ班とカカシ班。チヨバアはまどろむナルトに幼い日のサソリの面影を重ねる。追跡再開の道中、ナルトの我愛羅への入れ込みようを不思議がるチヨバアに、カカシはナルトが人柱力であることを説明。他国から砂隠れを守るためとはいえ、自ら進んで我愛羅に守鶴を憑依させたチヨバアは、己の過去の過ちを悔い、これから成すべき事に思いを巡らせる。一方その頃、暁による『封印術・幻龍九封尽』は完成の時を迎えていた。薄れゆく我愛羅の意識は白い光の中に飲み込まれていき――。

暁のアジトにたどり着いたカカシ班とガイ班。早速侵入を試みるも、暁の仕掛けた五封結界に行く手を阻まれてしまう。結界解除の方法は、仕掛けられた五枚の札を同時に剥がすことのみ。ネジの白眼で札のありかを探り出し、連係プレイで結界を破壊する木ノ葉勢。だがその動きはすでに暁の知るところだった。洞窟内でナルトが見た衝撃の光景、またガイ班を襲う、予測不能のトラップとは――！？

「五封結界」解除の際のトラップにより、おのれの写し身との戦いを余儀なくされるガイ班。各自の能力をもコピーする精巧な偽物に思わぬ足止めを食わされてしまう。一方、暁のアジトでは「九尾の人柱力」を奪い合うデイダラとサソリが対立していた。我愛羅を攫ってアジトを飛び出すデイダラを怒りに任せて追っていってしまうナルト。必然、後を追わざるを得ないカカシは残るチヨバアとサクラに「無茶をするな」と言い残すが――。

遂に対決の時を迎える祖母と孫。あらわになったサソリ異形におののくサクラに、チヨバアは攻防一体の傀儡『ヒルコ』の説明をする。中にいるサソリ本体を倒すにはまずヒルコを破壊せねばならない。しかしヒルコの持つ毒は猛毒で、かすり傷でさえ致命傷になる。

サソリの複雑な仕込みを読みとっさの状況判断ができるのは、祖母であるチヨバアだけ。その反面、ヒルコを破壊する決定打はサクラしか持ち得ない。明らかになる窮地に、二人が取った秘策とは――？

ヒルコからサソリを引きずり出す事に成功したチヨバアとサクラ。しかし驚いた事にサソリは二十年前と変わらぬ風貌をしていた。

絶句するチヨバアだが、次いでサソリが引き出した第二の傀儡の姿に更に驚嘆する。それは歴代最強と謳われた、三代目風影の人傀儡だった。十年以上前の風影失踪事件の黒幕はサソリだったのだ。

事実を知り、三度までも風影を手にかけた孫への怒りにチヨバアは身を震わせる。

一方その頃、砂隠れではカンクロウとテマリを始めとする忍達がある場所を目指していた。

サソリの策にはまり毒煙を浴びるサクラ。しかしサクラは起爆札を用い、自分ごと毒煙を吹き飛ばすという荒業で窮地を打破する。「自らが傷ついても必ずサソリを捕まえ、大蛇丸の事を吐かせる」と宣言するサクラの猛々しい覚悟はチヨバアの心に大きく響く。サソリの攻撃にさらされるサクラを守るため、チヨバアはこの戦いのためにだけ持ち出した、因縁の傀儡を口寄せする。一方その頃、攫われた我愛羅をデイダラから取り戻すべく、ナルトとカカシは必死の追跡を続けていた。

人体から作った『人傀儡』最大の利点は生前のその者の術を扱えるという事。チャクラを磁力に変えるという特殊体質を持つ三代目風影の人傀儡を前に、不利と読むチヨバアはサクラに退避を促す。だがときすでに遅く三代目風影を使ったサソリの猛攻撃が開始。サクラを庇いつつ戦うチヨバアだが、瞬く間に『父』と『母』を砂鉄で封じられ、傀儡を失ってしまった。一気に勝負を畳み掛けるサソリ。訪れる絶体絶命の窮地の中で、サクラはひとつの決断をする。

三代目風影の砂鉄攻撃を怪力で押し返すサクラ。「医療忍者に最も必要な能力は、攻撃に対する回避能力」その信念の元、修業期間中綱手に徹底的に鍛えられたサクラは短時間の戦闘にもかかわらず、早くもサソリの攻撃パターンを見切り始めていた。このままでは時間を食うと判断したサソリは、チャクラ消費を覚悟で広域にて標的を捉える「砂鉄界法」を繰り出す。空間を覆いつくす絶対不可避の砂鉄攻撃は、遂にサクラに毒を伴う手傷を負わせ――！？

隠し玉の解毒薬にて三代目風影を破壊したサクラ。驚愕のチヨバアにサクラは解毒薬の説明をする。毒を無害なタンパク質に変える解毒薬の効果が持続する時間は約三分。チヨバアとサクラは何としても制限時間内にサソリを倒そうと決意する。ここにきてサクラの実力を認めざるをえないサソリは、遂に奥の手のカラクリを披露。――その頃、我愛羅奪還の為デイダラを追うナルトとカカシは標的捕獲の為、ある作戦を立てていた。

人傀儡として己を使うサソリと壮絶な死闘を繰り広げるサクラ達。なんとか制限時間内にサソリを倒すことに成功するが、傀儡であるサソリは再び蘇ってしまう。この戦いを幕引きとする為、チヨバアは己で禁じていたカラクリ「白秘儀・十機近松の集」を口寄せ、対するサソリは「赤秘儀・百機の操演」の構えに入る。解毒剤が切れたサクラも加わり、両勢力は正真正銘、終劇に向けた最後の戦いに突入する。未曾有の傀儡バトルの結果は果たして――！？

身を挺して自分の危機を救ったサクラの為、同じく毒に侵されたチヨバアは迷わず最後の解毒薬を使った。互いを思いやるくノ一達の行動をせせら笑うサソリがチヨバアにとどめを刺そうとした瞬間、チヨバアの最後の反撃がついにサソリを打ち倒す。しかし毒刃を急所に受けたサクラは瀕死の状態だった。もはや医療忍術では救いきれないサクラの命を繋ぎとめたのは、皮肉にもチヨバアがかつてサソリのために開発した禁断の術だった。

遠く、サクラ達の死闘の結末を察するガイ班。しかし未だ己の偽者相手の戦闘は続いていた。時間と共に疲労の色を見せる本体とは逆に、出現時の動きをキープし続ける偽者に追い込まれていくガイ班たち。しかし無線越しにリーが唱えた逆転の秘策が、班員のしぼみかけた闘志に火をつける！一方、我愛羅を攫ったデイダラを追うナルト達。激しい追走の最中でもカカシの新術の準備は着々と進められていた。

毒を受けたチヨバアを支え、ナルトの元に急ぐサクラ。同じく戦闘を終えたガイ班もカカシ班援護のため走り出していた。一方、すべての準備を終え、ついに発動するカカシの「万華鏡写輪眼」。その術は瞳に捕らえられた空間をべつの空間に転送してしまうという脅威の瞳術だった。術を食らったデイダラの隙をつき、ようやく我愛羅奪還に成功するナルト。しかし改めて目にする我愛羅の姿はナルトの怒りに火をつけ、凶暴な感情を呼び起こす。

怒りに理性を吹き飛ばされ、己を失い九尾に支配されゆくナルト。事前に自来也の忠告を受けていたカカシは、すんでのところで九尾の暴走を抑える事に成功する。潜んで成り行きを見守っていたデイダラは、合流してきたサクラ達の様子からサソリの敗北を知るが、時を同じくして駆けつけたガイ班に退路を塞がれる。腕を失い、もはや印を組めぬデイダラは最後の手段として――諸共に死すべく、木ノ葉勢を巻き込んだ自爆を図るのだった。

ナルトの力を借りつつ、我愛羅に転生忍術を施すチヨバア。術の代償を知るサクラは涙をにじませるが、チヨバアはしっかりとした言葉で若き忍達に未来を託す。やがて目覚めた我愛羅が目にしたのはナルト達の他、我愛羅を慕い駆けつけた多くの砂忍たちの姿だった。我愛羅復活の賑わいの中、ひっそりとその命を終えるチヨバア。転生忍術の真実を知ったナルト達は偉大なくノ一チヨバアのために深く黙祷を捧げるのだった。

我愛羅と共に砂隠れに凱旋するナルト達を歓迎する里人たち。しかしナルト達はサソリから得た情報を報告する為、直ぐに木ノ葉に戻る必要があった。チヨの墓参りを済ませ、別れを惜しむ一同。照れるナルトは我愛羅に促され、別れの握手を交わす。一方、森はずれの荒野では暁のゼツと手下トビの前に、満身創痍のデイダラが現れる。デイダラは自爆分身を陽動に逃げおおせていたのだった。さらに木ノ葉では謎の少年サイをカカシ班に潜入させようという動きが――！？