ナルトは雷影の説得に成功し、いよいよ戦場へと向かって動き出した！誰に変化しているのか分からない白ゼツに対処するにはナルトの感知能力に頼るしかない。さらに白ゼツのデータからマダラが不死だという事が判明する。シカクはこれから戦いに参加するナルトにそれらの情報を伝えると共に、マダラは平和など望まない憎しみを利用する危険な敵だと忠告する。しかし、それを聞いたナルトは「この戦争はオレが止める！」と一層決意を固めるのだった。

歴代影たちを引き付けていた我愛羅第四部隊の戦いが始まる！その一人、我愛羅の父である四代目風影は息子が風影になった事、そして忍連合の連隊長を務めている事に驚愕し、息子にその価値が本当にあるのかを確かめるため磁遁で砂金を操り襲いかかる。その激しい戦いの末、我愛羅が自分を超え、成長したと感じた父は自分がかつて息子にしてしまった過ちを後悔し、砂を操る力と我愛羅を生んで死んでしまった母“加瑠羅(かるら)”の真実について語り始める。

戦場へと進むナルトとビーの前に、穢土転生体であるうちはイタチと長門が現れた！九尾の力をコントロールするナルトの姿に成長を感じる二人だが、カブトの術により戦闘を始めてしまう。サスケが今どうしているのかナルトに確認しつつも強力な口寄せや写輪眼を駆使し、圧倒的な力で二人を追い詰めるイタチと長門。戦いながら改めてナルトにサスケを託そうとイタチが決意した瞬間、万華鏡写輪眼が発動してしまった。その時、ナルトの体に異変が起こる。

最強幻術“別天神(ことあまつかみ)”の力によって、イタチは穢土転生の術から解き放たれた！一方、長門は完全に意識を乗っ取られてしまい、輪廻眼の力でナルトたちに襲いかかる。恐るべき輪廻眼の術の前に手も足もでないナルトとビー。もはや絶体絶命のピンチ…！という所で自由に動けるようになったイタチがその危機を救う！しかし、さらに長門が放つ大術、一度捕らえられたら二度と抜け出す事のできない“地爆天星”により三人は成す術なく窮地に追い込まれてしまう。

歴代影たちと戦う第４部隊。我愛羅の活躍によって二代目水影と三代目雷影を封印するにまで追い詰めたのだが、あと少しの所で破られてしまう。二代目土影・ムウと戦うオオノキに加勢するため名も無き忍たちに二代目水影を託してその場からいなくなる我愛羅。勝つ気のない二代目水影は名だたる忍がいない状況で自分と戦う事になってしまった忍たちのために自分の忍術や弱点をレクチャーしながら戦わせるのだが、それでも太刀打ちできない忍たちに次第に苛立ってゆく。

風遁を駆使して三代目雷影と戦うテマリ。雷遁を使う三代目には風の忍術が有効なハズなのだが、いくら攻撃してもダメージを与えられない。テマリはかなりの風遁使いなのだが、雲の忍・ドダイはさらに強力な風遁使いがいなければ勝目はないと言う。その場にはテマリ以上の使い手はいないのだが…そこに突如、ナルトが駆けつけた！ナルトの得意技“螺旋手裏剣”は風遁系の中でも超強力忍術！果たしてナルトは、三代目雷影の動きを止める事ができるのか！？

二代目水影の蜃気楼を破った我愛羅とオオノキ。しかし、これまで協力的だった二代目水影はバトルが楽しくなってきてしまい、さらなる忍術で攻撃してくる。それは二代目土影も手を焼いたという無限爆破忍術・蒸危暴威！広範囲に渡って何度も水蒸気爆発を起こすその大技に我愛羅たちは苦戦を強いられてしまう！しかし、その容赦のない攻撃はただ戦いを楽しむためではなく“自分に勝てないようではマダラに勝つ事などできない”と二代目水影が我愛羅たちを思っての事だった。

白ゼツが紛れ込んでいるかもしれないという疑念の中、休息をとるシカマルたち。一方、違う戦場では戦いを続けているネジやキバ。その離れた戦場で同時に意外な敵の忍が現れた。それはかつてのサスケ奪還任務の時、追いかけるナルトたちを阻止するべく立ち塞がった強敵・音の四人衆！カブトの穢土転生の術によって復活したのだ。かつてシカマルやネジたちを恐ろしい力で窮地に追い込んだ因縁の音の四人衆。彼らが復活したその目的とは一体何なのか！？

それぞれの戦場で木ノ葉の面々に倒されてしまった音の四人衆たち。だがそれは、四人衆の作戦だった！四人の体が朽ちていくと共に発動した忍術、それは『時空術式――黄泉転身（よみてんしん）の術』。肉体から魂だけを結界へと転移させ、閉じ込めてしまう結界忍術だったのだ。その術で魂を結界に閉じ込められてしまったシカマルたち。この結界忍術を破り、早く魂を肉体に戻さなければ死を迎えてしまうのだが音の四人衆たちは復讐のため容赦なく攻撃をしてくるのだった。

四人衆を倒せたとしても結界が解かれる事はないと知ったシカマルたち。このままでは命尽きるのも時間の問題なのだが、いのやシノが必死に肉体にチャクラを送り命を繋ぎとめているのだった。しかし、二人のチャクラも残りわずか。そして本部にいるシカクは息子のピンチにも関わらず、唯一の希望であるナルトに“助けに行くな”と命令する。まさに絶体絶命の状況の中、復讐に燃える音の四人衆は呪印状態２よりもさらに力を上げ、シカマルたちに襲いかかる！

戦場で白ゼツと交戦するネジとヒナタ。ネジは死角を突かれ襲われてしまうのだが、そのピンチをヒナタが救う。“ネジ兄さんは私が守る”と気合い充分のヒナタ。それは綱手が火影に就任し、サスケがまだ里にいた頃――同じようにネジが自分を守ってくれた時の事を思い出したからだった。数日後にある花火大会へナルトと行く事になり嬉しいヒナタ。しかし、ネジとの厳しい稽古により、視力を使いすぎ目が見えなくなってしまう。ネジはそれに責任を感じ…？

木ノ葉の元暗部・卯月夕顔（うづき　ゆうがお）と死んでしまった中忍試験の試験官・月光（げっこう）ハヤテはかつて恋人同士だった。夕顔はすでに暗部を辞め、今は医療忍者たちが慌しく走り回る医療部隊テントの手伝いをしている。一方、カブトの元では穢土転生の術によりハヤテが蘇っていたのだった。ハヤテが蘇った事など知る由もない夕顔。そして、死体を奪うようカブトから命令されてしまったハヤテは、夕顔がいる事など知るはずもなく医療部隊テントへと出撃してしまうのだった。

思いもよらぬハヤテとの再会に戸惑う夕顔だが、敵の情報を誰よりも知っているとして無情にもハヤテを追うよう命令されてしまう。追いかけるも脳裏に二人で過ごした思い出が次々と浮かぶ中、ついにハヤテと対面する。カブトの穢土転生の術により操られ斬りたくないという意思とは裏腹に連合の忍たちに斬りかかってしまうハヤテは自分を“斬ってくれ”と夕顔に頼むのだが、かつてハヤテが死んだ時以来夕顔は、刀を持つ事ができなくなっていたのだった。

戦場へと向かい疾走するナルトは、戦闘をする忍連合の忍たちと遭遇する。それはカルイを主とする小隊なのだが相手は穢土転生体の侍、タテワキという男。実はナルトとこの侍は、とある任務で出会った事があったのだった！それは３年前、任務で訪れた“此（こ）の国”での出来事。ナルトたちは城にいる若殿を連れ出す任務を受けていたのだが、若殿の側には常に護衛のためタテワキがいる。果たして、ナルトはタテワキの目をかいくぐり無事任務を果たす事ができるのか！？

此の国で人質として扱われている若殿・シュウとナルトを入れ替える作戦が成功した！あとは無事、若殿を“彼（か）の国”まで送り届けるだけなのだが、シュウは町を見て回りたいと言い出す。一方、シュウに変化しているナルトはタテワキに正体を見破られてしまい、すごい剣幕で迫るタテワキと侍たちに取り囲まれ絶体絶命の大ピンチに。だが突如、シュウのいる城下町の方で爆発が起こった！立ち上がる噴煙の中、“暁”のデイダラとサソリがその不敵な影と共に姿を現す。

劇場版ナルト『ROAD TO NINJA』の前夜に起こった物語をアニメ化！仮面の男・マダラが新しい忍術、限定月読をかける相手をナルトに定めていた頃…。

木ノ葉の里では各班の面々が任務から帰りクタクタに疲れていた。一方、任務のなかったナルトは休日を一人寂しく過ごしていたのだが…そんな寂しそうなナルトを目撃したリーは、皆に声をかけナルトも一緒に銭湯に行くよう誘い出す。銭湯でリフレッシュするナルトたちだが…突如、女湯の屋根が崩れ落ちた！

次々と素早い人影にやられていく忍たち。そこに駆けつけたガイが見た人影の正体は、穢土転生体のチェン老師という老人だった。見た目は弱そうなのだが、かつて木ノ葉の英雄と言われた最強の体術使い。そんな相手と戦える事にガイは感激するが、苦戦を強いられてしまう。そのガイのピンチにリーが駆けつけるのだが、チェンが死んだのはリーが生まれる前の事。にも関わらずリーはこの老人と会った事があると言うのだった。果たして二人の過去に一体何が!?

猪鹿蝶の三人とサクラ、そしてキバはそれぞれ違う戦場にいる。にも関わらず、同じ姿をした少年の穢土転生体が各戦場に同時に現れた。その少年は天気を操り体を押し付けるほどの強烈な雨や雪、雷で攻撃をしかけてくる。苦戦しながらもそれに立ち向かうシカマルやキバたち。しかし、その少年は突然みんなの名前を口にする。なぜこの少年が自分たちの名前を知っているのか…と不思議に思う面々だが、この少年と子供の頃に出会っていた事を少しずつ思い出す。

みんなの前に現れた穢土転生体はヨタという少年だった。まだナルトとサクラが知り合うよりも前にヨタはどこからともなく現れ、泣くと雨が降り、笑うと風が吹く天気を操る術でたちまちみんなの人気者に。その頃のナルトは一人寂しく過ごしていたが、不思議な雰囲気のヨタとすぐ友達になりそのおかげでサクラやシカマルたちと仲良くなる事ができた。しかし、何故みんなはヨタの事を忘れていたのか？そして何故、ヨタは穢土転生の術で蘇る事になったのか!?

ナルトたちはヨタとの思い出を完全に思い出した。しかし、それは悲しい思い出――子供の頃、ナルトやシカマルたちと仲良くなったヨタだが、敵のスパイだと疑われ里の大人たちに捕まってしまう。ナルトたちはそれを何とか助け出しヨタを安全な場所まで逃がそうとするが、激しく流れる川がそれを拒む。意を決し川に飛び込むナルトたち。しかし、激しい流れに足を取られ溺れてしまう。…その時、ヨタの命懸けの行動により逆にみんなが助けられたのだった。

忍連合軍に手駒を減らされたカブトは封印された穢土転生体を取り戻すべく、大蛇丸と各地を回った時に集めた失敗作とも呼べる穢土転生の忍たちを大量に蘇らせ、忍連合軍を数で攻める作戦に出る。かつてダンゾウの護衛役で穢土転生体となったトルネがそれを指揮するのだが、トルネ以外は皆弱く次々と連合軍の忍に封印されてしまう。中には死ぬ前に言えなかった想いを伝え出す者も現れる始末で戦場は混乱するのだが、その混乱に乗じてトルネは一人単独行動をとるのだった。

白ゼツと戦い続けるキバたちだがその最中、シノの蟲が何かを感知した。キバたちに白ゼツを託し、戦場を離れ感知した場所に駆けつけるシノ。するとそこには大量の毒蟲を培養し、禁術の準備をするトルネの姿があった。シノとトルネは同じ油女一族で幼少時代二人は兄弟のように過ごした。しかし、ダンゾウによりトルネが“根”に引き取られて以来会う事はなかった。久々に再会をする二人だが、トルネを封印すべく、強力な毒蟲に対しシノはどう挑むのか！？

ミフネと共に戦うカンクロウの前に、穢土転生で操られている傀儡使い・チヨバアが襲いかかる。迎え撃つカンクロウが使う傀儡はチヨバアの孫でもあった『人傀儡のサソリ』。そのサソリを目の前にしたチヨバアは後悔の過去を思い出す。サソリが幼かった頃、彼の両親が死んでしまった事を言い出せなかったチヨバア。最も辛く愛情を欲していたサソリから距離を置いてしまった事でサソリの心は歪み“人傀儡”に興味を持ち始めてしまった事を…。

忍連合本部にオモイが戦場から脱走したと報せが入った。オモイに信頼をよせていた雷影はその事に動揺し、共に戦っていた仲間たちにも衝撃が走る。しかし、オモイが向かったのは“雷雲隊（らいうんたい）”と呼ばれる部隊がいる戦場。その部隊は１２、３歳の子供たちで編成されているのだが、大量の白ゼツに囲まれて孤立し、絶体絶命の危機に陥っていた。それを知ったオモイは命令違反にも関わらず救出に向うのだが…果たして、雷雲隊は助かるのか!?そしてオモイの運命は!?