任務から帰ったナルトはイタチとの遭遇時に起こった不可解な出来事を回想していた。既に死んだとされるイタチが何を言いたかったのか。考え込むナルトのもとに、突如尋ねてくるカカシ。有無を言わさず火影邸への呼び出しを受けるナルトに告げられた衝撃の知らせとは――。一方、その頃サスケは捕らえた八尾をトビに引き渡していた。傷を癒し、木ノ葉に向かうと宣言するサスケの背に、トビはサスケと交わしたある会話を思い出していた。

自来也を失った深い悲しみの中、木ノ葉の町をさ迷い歩くナルト。深い喪失感から立ち直れずに、自来也との懐かしい思い出を辿っていく。失意の中にいるナルトを立ち直らせたものとは…。一方、綱手もまた盟友の死に衝撃を受けていた。しかしフカサクより自来也が遺したペインの情報を託され、ペイン攻略の手がかりを掴む事を誓うのだった。

自来也の遺した暗号の解読に取り組むナルト達。ナルトが持っていた情報をきっかけとして、遂に自来也の遺したメッセージにたどり着くナルト達。さっそくフカサクを呼び出すが、その情報だけではペインの謎を解く事は難しかった。雨忍の尋問と持ち帰ったペインの死体の解剖を待つ事になる一同だが…。自来也の仇を討つという決意を滲ませるナルトに対し、フカサクは意外な提案を持ちかける。

妙木山にて、フカサクより仙術の修業を受けるナルト。その第一の課題は『動くな』と言うものだった。自然エネルギーを取り込むには膨大な時間がかかるという。修業時間の制限があるナルトが難色を示すと、フカサクは時間短縮のための秘策を提案。しかしその修業法にはとんでもない危険が潜んでいた。ナルトは無事修業を続けることができるのか。そして仙人になれる者の条件とは…。

妙木山にて仙人修業を続けるナルト。しかしなかなかはかどらない修業に業を煮やしたフカサクは、ナルトに次なる修業を提案する。それは若き日の自来也もこなしたという過酷な修業だった。俄然やる気になるナルトだが、果たして仙人モードを完成させる事ができるのか…。一方その頃、遠方では八尾を狩り終えた鷹の面々が休息を取っていた。しかしその行動は雷の国の忍・ジェイにより監視をうけていた。弟の八尾をさらわれたと知り、激怒する雷影だが…。

自来也が持ち帰った情報の解析を待つシカマル達。情報解析を進める木ノ葉の面々だが、その時、里の各地で異変が起きる。白昼堂々、木ノ葉の結界を破ってペイン六道が襲撃を開始したのだ。突然の来襲に事態が飲み込めず、騒乱に飲み込まれてゆく木ノ葉の住人達。忍達も反撃を開始するが、ペイン達の攻撃はあまりにも強力だった。一方その頃、妙木山ではナルトがフカサクより無敵にみえる仙人モードが抱える、重大なリスクについての説明を受けるが…。

里の一角でペイン天道との戦いに突入するカカシ。しかし天道の不可思議な攻撃を前に苦戦を強いられる。更にそこに修羅道が加わり、二対一の不利な戦いに追い込まれていくが、窮地を救ったのは駆けつけた秋道チョウザ率いる小隊だった。闘いの中で天道の能力は『引力』と『斥力』である事を見抜くカカシはチョウザ、チョウジ親子と連携して、二体のペイン攻略作戦を決行する。カカシが見抜いた天道の術がもつ弱点とは――。

暁の猛攻にさらされる木ノ葉の里。その地下ではダンゾウが己の野望の為、行動を開始していた。一方、情報部にて雨忍の脳内を探っていた山中いのいちは、重大な情報を掴もうとしていた。駆けつけたシズネが持つ情報と照らし合わせ、ペインの正体の謎に迫ろうとするが、突如、畜生道と人間道が情報部の襲撃を開始する。ペインの正体に迫る為、暗号部のもとへ急ごうとするいのいちとシズネに代わり、イビキ率いる暗部の精鋭が畜生道の前に立ち塞がる。

故郷の惨状に衝撃を受ける木ノ葉丸とモエギとウドン。しかし下忍としての責務――人々を安全な場所に誘導する――を果たす為、それぞれ走り出してゆく。瓦礫の下から里人を救出する木ノ葉丸だが、その先でペインの一人、地獄道と鉢合わせしてしまうことに。地獄道の恐ろしい術に度肝を抜かれる木ノ葉丸。しかしその危機に駆けつけたのは、木ノ葉丸の師であるエビスだった。木ノ葉丸を逃がす為、命を賭して戦うエビス。その姿を見た木ノ葉丸の胸に、ナルトと交わしたある約束が蘇る…。

火影邸の屋上にてペイン天道と対峙する綱手。九尾を渡すよう迫るペインの要求を拒否する綱手だが、ペインは遠く離れた人間道の能力を使い、ナルトの居所は妙木山であることを看破する。次々と増えてゆく木ノ葉の犠牲に歯がみする綱手。しかし大国である木ノ葉の思い上がりを責めるペインは、真の痛みを思い知らせる為――木ノ葉に壊滅的ダメージを与えることを選択する。

異変を察知し、フカサクと共に妙木山から駆けつけるナルト。しかしそこで目にしたのは原形をとどめることなく破壊しつくされた木ノ葉の里の姿だった。あまりに甚大な被害に我を忘れ、激昂する綱手だが、既にそのチャクラは里人の命を救うカツユの術によって底をついてしまっていた。仙術の力によって遠く離れたカカシの死を感知したナルトは極限の怒りと悲しみを胸に――遂にペインとの闘いに身を投じてゆく！

仙術により完成した、風遁螺旋手裏剣を叩きつけるナルト。ペイン人間道を倒す事に成功するが、残りの複数のペイン達がナルトの前に次々と立ちはだかる。シカマルら仲間達はナルトの戦いに気づくが、加勢しようにも、仙術を身につけたナルトの側で戦う事は足手まといに他ならず、静観を余儀なくされてしまう。畜生道の巨大口寄せ動物の攻撃をガマブン太、ガマヒロ、ガマケンが迎え撃ち、フカサクとシマが輪廻眼の繋がりを断ち切るために動き出すが――そんな中、ナルトの仙人モードが切れる瞬間が刻一刻と迫りつつあった…。

ガマブン太たちが倒され、ついにペインに押さえ込まれてしまうナルト。仙人モードで対抗しようとするが、餓鬼道にチャクラを吸収され、仙術モードを強制解除されてしまう。フカサクは自来也の時同様に、ペインの輪廻眼の繋がりを断ち切るため、シマと共に幻術の準備を始めるが…。一方、シズネの死に報いる為にも、ペインの本体を見つけ出す事を固く誓うシカマル達。更なる情報収集を始めようとしたその時、山中いのいちが気付いた重大な事実とは…。

フカサクが倒され、シマが倒され、遂に天道によって完全に捕らわれてしまうナルト。絶体絶命と思われたその時――天道の前に躍り出たのは、白眼で戦いの行方を見守っていたヒナタだった。逃げろ、と叫ぶナルトの制止を振り切り、戦闘の構えを取るヒナタ。自分の行動を独りよがりだと説明するヒナタは胸に秘めていた想いを静かに語りはじめる。一方その頃、ガイ班は嫌な予感を胸に木ノ葉へと帰路を急いでいた。その時ネジは前方に、ある異変を感じ取るが…。

目前でヒナタを倒された衝撃に我を忘れるナルト。かつてない怒りが引き金となり、九尾のチャクラが大暴走を始めてしまう。カツユを介し、ナルトの九尾化を知る仲間達だが、暴走を止める事ができる可能性のあるヤマトははるか遠方で任務についていた。初代火影の首飾りが持つ封印術を完全破壊し、衝動の赴くまま、戦闘を開始する九尾ナルト。対抗する術で九尾捕獲を開始する天道。全てを薙ぎ払う人知を超えた戦いの中、ナルトの尾の数は、遂に八本に届こうとしていた――。

精神世界にて、四代目火影、波風ミナトと遭遇するナルト。ミナトはナルトが八本目の尾まで封印を解除すると意識の中に出てくるよう、あらかじめ細工をしていたのだという。自分こそが父親だと告げるミナトの言葉に衝撃を受けるナルトは、悲喜こもごもの複雑な感情を父親にぶつけるのだった。父の言葉に背を押され、全ての迷いを振り切ったナルトは――自来也の探していた答えを見つけるべく、ペインの待つ現実世界に舞い戻る…！

憎しみの連鎖を断ち切る為、ペインの本体の居所を目指して駆けるナルト。だが途中、シカクといのいち率いるペイン探索隊に遭遇してしまう。「一人で本体の元に向かい、話をしたい」というナルトの主張に驚愕し、反対するいのいち。しかし息子シカマルの言葉を思い出したシカクは、いのいちを諫め、ナルトの為に道を譲るのだった。そして遂にナルトは、かつて同じ師・自来也のもとで学んだ兄弟子、長門との対面を果たす…。

時はさかのぼって中忍試験本戦前。来るべき試合に向けて修業に励んでいたナルトは、自来也の口から「四代目の遺産」という謎の言葉を聞く。どうやらそれは四代目が残した究極の忍の奥義のことらしい。七班の中忍試験突破のため是が非でも手に入れようと張り切るナルトとサクラ。それを聞きつけたチョウジら十班が道行に加わり、『究極の奥義』を巡る過酷なる冒険が幕を開ける…！

四代目が残した記録を破り、奥義を入手するため、襲い掛かる難題に挑んでいくナルト達。しかし先を急ぐナルトの行動は仲間たちに度々ピンチを招いてしまう。さらに奥義を狙う雨隠れの襲撃により、窮地に追い込まれる仲間たちのもとに現れたある人物とは――。果たしてナルト達は四代目が残したという、忍の奥義を手に入れることができるのか…？

辿りついたナルトを迎える、長門と小南。世界にはびこる憎しみとどう向き合うか――長門の話を聞いてから、その答えを出すというナルトの言葉に応じる長門は、静かに過去の出来事を語り始める。大国に巻き込まれ戦場となった雨隠れに暮らしていた幼い長門は、両親を木ノ葉の忍に殺され、天涯孤独となった。わずかな食料も底をつき、ついに行き倒れた長門の前に現れたのは、同じく戦争孤児である小南と弥彦だった。三人は身を寄せ合い、乱世を生きのびようとする。

弥彦の夢をかなえる為、戦地を潜り抜け、自来也の元に辿りつく長門、弥彦、小南。自来也の元で成長した三人は、弥彦をリーダーに据え組織を立ち上げ、極力武力に頼らない平和を構築しようと活動を始める。しかしその頃、世界では岩・木ノ葉・砂の三大国間の戦争が行われていた。雨隠れの長・半蔵は長門達の組織に、平和の為に手を組もうと持ちかけるが…。

長門の語る痛みの記憶に圧倒され、ただ俯くナルト。この呪われた世界に本当の平和など存在しない、自来也の言葉は全て虚構だと切り捨てる長門は、ナルトに投げかけた問いの答を促す。全てを聞いたナルトが導き出した平和への答とは…？　苛立ち、ナルトの答を否定しようとする長門だが――その脳裏に、遥か昔に忘れ去った自来也との会話が蘇る。

ナルトの選択に共感し、全てを賭けると決めた長門は最後の大術「外道・輪廻転生の術」を放つ。それは長門の命と引き換えに、この戦いで命を落とした忍達の魂をこの世に呼び戻す、禁断の術だった。息絶えた長門と弥彦の遺体を連れ帰ろうとする小南。弥彦と長門の夢を受け継いだナルトは、師匠と兄弟子から貰った大切なものを胸に、変わらずに平和を掴み取ってみせると小南に約束する。