マートク将軍率いるクリンゴンの大艦隊がDS9にやってくる。力を合わせてドミニオンと戦おうというのだ。さらに彼らは行き来する船を足止めして、流動体生物が化けて乗っていないか無差別に強制捜査を行っていた。クリンゴンの無謀な行動を不審に思ったシスコは、調査のため同じクリンゴン人であるウォーフを呼び寄せる。

ウォーフはガウロンの誘いを断り、クリンゴンに帰れぬ身となる。彼はこのままDS9にいてはクリンゴンとの争いに皆を巻き込んでしまうと思い辞任を申し出るが、シスコに止められる。シスコ達はディファイアントで出動し、カーデシア新政府の評議会メンバーを救出に向かう。

ある嵐の夜、年老いたジェイクの家に作家志望のメラニーという若い女性が訪れる。なぜ40歳という若さで断筆したのかを問われたジェイクは、長い物語を話し始める。それはジェイクが18歳の時だった。父シスコとガンマ宇宙域へ行ったとき、ディファイアントに事故が起き、ジェイクの目の前でシスコは消滅してしまうのだ。

ベシアーとオブライエンは任務を終えてDS9へ帰還する途中、マグネトン・パルスを探知。マグネトン・パルスはワープ・コア破損時に放出されるため、宇宙船が遭難したのではと思い、救出に向かうが、プラズマ・フィールドにとらえられボパク星系のとある惑星に不時着。ジェム・ハダーにとらえられる。

キラのもとに金属のスクラップを扱う商人ラズカから、6年前に行方不明になった船ラビノクの残骸らしきものを手に入れたとの連絡が入る。ラビノクにはキラの友人ロリット・アクレムが乗っていた。キラはさっそくラズカのもとへ向かおうとするが、カーデシアから横やりが入り、デュカットが同行すると言う。

DS9にダックスの母星トリルから化学プロジェクトチームが訪れる。今回のプロジェクトは人工的にワームホールを作り出そうというもので、チームのリーダーはリナーラ・カーン博士。リナーラは共生生物カーンと合体したトリル族で、以前ニラーニという本体のときに、当時のダックスの本体トライアスと結婚していた。

ノーグが艦隊アカデミーに入学することになった。クワークは彼を地球へ送ることを口実に、いとこのゲイラからもらった宇宙船でロムと共に旅立つ。彼の本当の目的はキマサイトの密輸だった。しかし、間もなく地球へ着くというところで宇宙船に故障が生じ、タイムワープしてしまう。気がつくと彼らは1947年のアメリカ軍事基地にいた。

シスコはディファイアントを率いてガンマ宇宙域へ赴く。カレマ族の商務省長官のハノックとの話し合いの途中、ジェム・ハダーの戦闘機が現われ、カレマ船は逃げ出す。それを見たシスコはカレマ船を助けようとして、カレマ船が逃げ込んだ近くの巨大なガス惑星の大気圏へと突入する。ところが……。

ウォーフはクリンゴンの勇者コールと出会い、彼が千年前に失われたクリンゴンの宝「カーレスの剣」を探す旅に出ることを聞き、ぜひ連れていってほしいと申し出る。シャトルに乗りガンマ宇宙域へ向かったコール、ウォーフ、ダックスの3人は、みごとカーレスの剣を探しあてるのだが……。

ベシアーは最近、新しいホロスイートのプログラムに夢中。いったいどんなプログラムなのかと、ガラックが偵察に訪れる。そのプログラムでベシアーは1960年代の東西冷戦を生きるスパイという、まるでジェームズ・ボンドのような設定。もちろん、ボンド・ガールならぬベシアー・ガールの美女たちも大勢登場するのだが、なんとキラまで現われたではないか!

ある日、DS9へ衝撃的なニュースが届いた。地球で開かれた惑星連邦とロミュラン帝国との会議の最中に爆弾が爆発し、27名の命が奪われたのである。そのときのテープを再生してみると、はっきりと可変種の姿が映っていた。ついに可変種が地球に侵入したのである。シスコはオドーとジェイクを伴って、可変種対策のため地球に赴く。

地球全体を襲ったパワー・リレー・システムのダウン。原因を調べていくうちに、シスコとオドーはアカデミーの士官候補生のエリート集団「レッド・スクワッド」が妙な動きを見せていたことに気づき、疑問を持つ。シスコはノーグから「レッド・スクワッド」に属する候補生の名前を聞き出し、その1人シェパードからある情報を聞きだす。

ベイショーの首相となったシャカールがDS9へやって来る。カーデシアの極右組織「真実の道」がシャカール暗殺を企んでいるという情報を得たオドーは、シャカールの警護に躍起になる。しかし、常にシャカールの身辺に付き添うことは、オドーにとって苦痛であった。なぜならオドーは……。

キラはシャカールに頼まれ、ベイショーの代表として、クリンゴンについての情報を交換するため、カーデシアの前線基地コーマへ赴くことになる。出発を控えたキラを迎えに来たのは、なんどデュカットであった。デュカットは、ベイジョー女性との間にできた娘をカーデシアに連れて帰ったために左遷され、今は貨物輸送船グロウモールの船長となっていた。

ウォーフのもとへ弟カーンが訪ねてきた。ウォーフがガウロンと対立したせいで家がとり潰しになり、クリンゴン帝国での未来を断たれた彼は、死を選び、兄であるウォーフの手で殺してもらうために来たのだ。クリンゴンでは自殺は不名誉な死、家族の手で死ぬのは「モクトヴァの儀式」といって名誉ある死とされている。ウォーフは弟の願いを聞き入れ……。

ロムがクワークの店の従業員を率いて労働組合を作った。クワークの突然の減給通達に今まで抑圧されていた不満が爆発したのだ。フェレンギの法律に反するこの行為はすぐにFCA、フェレンギ会計監査局の耳に入り、監査官ブラントがストの鎮圧のためDS9に派遣される。しかし手段は選ばない過激なブラントは……。

シスコはDS9の司令官として、またベイジョーの人々にとっては「選ばれし者」として、多忙な毎日を送っていた。そんなある日、ワームホールから100年前のものと思われる宇宙船が出現。その船には1人のベイジョー人が乗っていた。彼はアコレムと名乗り、自分は「選ばれし者」であると告げる。

カーデシアの植民地ペンタス・スリーで疫病が発生、カーデシアは医療品を届けようとしたが、ペンタス星系はクリンゴンの領域に近く、クリンゴンの襲撃を恐れたカーデシア政府は宇宙艦隊に保護を要請していたのである。人道的な見地からカーデシアの要請を受け入れたシスコは、ウォーフにディファイアントの指揮を任せる。

チーフ・オブライエンは惑星アグラッサを訪問したおり、アグラッサのテクノロジーに興味を持ってあれこれと質問したため、スパイ活動ではないかと疑われ、逮捕されて矯正プログラムにかけられることに。その矯正プログラムとは、受刑者の思考内に人工的な現実を作り出し、わずか数時間のうちに数十年も服役していたようなイメージを与えるというものだった。

ある日、平行世界からジェニファーがシスコ父子を訪問する。亡き母そっくりのジェニファーにジェイクは大喜び。ところがジェニファーは、シスコがミーティングに出ている隙に、ジェイクを向こうの世界へ連れ去ってしまった。シスコはジェイクを取り戻すため、後を追う。

ラクサナがDS9にやってきた。タブニア人の新しい夫、ジェヤールとの間に子供ができたためだ。タブニアのしきたりでは男の子は男が、女の子は女が育てることになっており、男の子を身ごもったラクサナは夫に子供を奪われるのを恐れ、オドーに助けを求めに来たのだった。

ある日、エディングトンが艦隊司令部からDS9に派遣されてきた。クリンゴンの激しい侵攻に悩むカーデシアに、連邦がレプリケーター12機を提供することになったのだが、マキに奪略される可能性があるのでDS9の警備を強化してほしいというのだ。更にキャシディがマキの手先である疑いがあるとシスコに告げる。

DS9がジェム・ハダーに襲われ、シスコ達はディファイアントで追跡する。そしてオメティクラン率いるジェム・ハダー軍に遭遇する。彼らの話によれば、DS9を襲ったジェム・ハダーは反乱軍で、古代アイコニア人の設備であるゲートウェイを盗んで逃亡したらしい。

キラ、ダックス、ベシアーの3人がガンマ宇宙域をパトロール中、ある星からの救難信号をキャッチした。ダックスとベシアーは早速救援に向かうが、あまりの荒廃ぶりに愕然とする。その星は2世紀前、無謀にもジェム・ハダーに戦いを挑み、逆に破壊され、人々は生まれつきブライトという不時の病をを背負わされるようになってしまったのだ。

クワークが故郷への帰省から戻り、ロムに「オレの命はもう長くない」と告白する。定期健診を受けた結果、500万人のフェレンギ人に1人と言われる難病、ドレク症候群にかかっており、余命があと6、7日と診断されたのだ。多額の借金を抱えているクワークは困り果てる。

ガラックの店に呼ばれたオドーは、突然の発作に襲われ、その場に倒れ込む。ドクター・ベシアーの検査でも原因が分からない。ともすれば液化してしまう不安定な状態だ。一方、クリンゴン帝国のガウロン総裁は、アーケイナス星域にある宇宙艦隊の基地と軍事施設を撤去するよう、連邦評議会に要請する。

宇宙艦隊は、クリンゴン帝国の総裁ガウロンが本当に流動体生物なのかどうかを確かめるため、シスコを派遣することを決めた。キラたちは困難な任務を思って呆然とする。ガウロンはタイゴコールに置かれているクリンゴン軍本部にいると見られ、ヤン・イスレスと呼ばれる護衛隊が身辺を守っていた。

シスコはダックス、オブライエン、ウォーフらを率いてガンマ宇宙域の無人惑星トーガ・フォーへ地質調査に出かける。ところが突然、ジェム・ハダーの戦艦が現われ、地表に激突した。中へ入ってみるとジェム・ハダーの戦士たち30人以上が全員、骨壊死ですでに死亡していた。そこへ新たに別のジェム・ハダーの戦艦が現れる。

DS9にクリンゴン帝国からグリルカがやって来る。グリルカはかつて一度、クワークと結婚したことのある仲であり、今回も一門の財政危機を救ってもらうためアドバイスを聞きにクワークを訪ねてやってきたのだ。エアロックを出てきたグリルカを見て一目惚れしてしまったウォーフは、仲がよいグリルカとクワークを見て苦々しい気持ちを隠せない。

DS9への帰路、クリンゴンに襲われたアジロン星からの救難信号をキャッチしたドクター・ベシアーとジェイクは応援に向かう。ベシアーを取材して記事を書こうとしていたジェイクは、これはいい記事になると内心ほくそ笑む。だが戦場の様子も病院の様子もそんな生やさしいものではなく……。

オブライエンの妻・ケイコが5日間のベイジョーの旅から帰ってくる。ケイコは「炎の洞窟」の植物調査に出かけていたのだ。ところがケイコは、迎えに出たオブライエンに、「私はケイコではない」と告げる。ケイコの肉体は何者かに乗っ取られてしまっていたのだ。オブライエンは、言うとおりにしなければケイコを殺すと脅される。

カーデシアから返還の申し出のあった「時間の発光体」を受け取ったシスコたちは、バリスと名乗る男の策略でディファイアントごと100年前に送られ、そこでカーク船長率いるエンタープライズ号に遭遇してしまう！

ウォーフとダックスは休暇を2人だけでライサで過ごそうと計画していた。ところがダックスがそのことを友人たちに喋ってしまったため、2人だけの旅行のはずが、なぜかベシアーやクワークたちが同行することになる。社交性が豊かで友人が大勢いるダックスたちを苦々しく思うウォーフは、「真・本質主義運動」の指導者と名乗るフラートンの思想に共鳴し……。

シスコはダックス、オドー、ガラックを伴ってベイジョーへ出張へ。DS9の留守を預かるのはウォーフである。無事会議も終わり、帰途についたシスコたちだったが、DS9へ帰途寸前にプラズマ嵐に巻き込まれアクシデントが発生。急ぎベシアーを伴ってシャトルへと乗り込んだウォーフが見たものは、死んでこそいないが、無意識のまま横たわるシスコたち4名だった。

ついにジェイクが独立することに。親友のノーグがDS9へ帰ってくるのを機会に2人で同居することになったのである。いざ同居が始まってみると、2人のライフスタイルの違いからいさかいが絶えない。結局2人は大喧嘩し、ノーグは部屋を出て行ってしまう。

シスコは、ベイジョーの伝説の古代都市バハラを探し出すべく調査を始める。その途中で事故に遭い、そのショックから、たびたび幻覚を見るようになる。その「預言者の導き」とも思われる幻覚を頼りに、ついにシスコはバハラの遺跡を発見する。だがその後もシスコは幻覚を見続けた。預言者が彼に何かを伝えようとしているのだが……。

司教のレイサが瞑想中に殺害された。レイサは元シャカール・レジスタンスのメンバーで、キラ少佐の仲間だった人物だ。報告を聞き、ショックを受けるキラの元に謎のメッセージが届く。犯人はレジスタンスに恨みを持つ人間ではないかというのがオドーの見解だ。そんな折、キラの友人ファラから通信が入る。ファラはかつてレジスタンス側でスパイ行為をしていたのだ。

ある日、クワークがオドーに、イリディアン人から買ったと言って、流動体生物の赤ん坊を持ってきた。オドー自身も赤ん坊時代にモーラ博士に拾われて育てられた。そのとき実験動物扱いされたことで、オドーは未だにモーラ博士を恨んでいた。この赤ん坊だけは自分のような辛い目に遭わせまいと決心したオドーは、モーラ博士の協力の申し出を断って自分一人で育てようとする。

シスコは、元部下で現在はマキの指導者となっているエディングトンの消息を聞くべく、マキ内部の情報提供者に会いに出かける。しかし提供者は現われず、シスコを待ち受けていたのはエディグトンその人だった。シスコは自分と艦隊を裏切ったエディングトンを8か月前から追跡していた。しかしエディングトンは常にシスコの一歩前を行き……。

DS9に飛び込んできた暗号を見せられたガラックは、ただちに旅支度をして飛び立とうとする。実はその暗号は、エナブラン・テインから発信されたものだった。カーデシアの秘密警察オブシディアン・オーダーの長だったテインは、かつてカーデシア・ロミュラン連合軍を率いガンマ宇宙域へ乗り込んだが、連合軍はドミニオンの反撃の前になすすべもなく敗北、テインの消息は分からなくなっていたのだ。

ドミニオンの収容所にとらわれたガラックたちは、互いに協力し合い、なんとかして脱出しようとする。一方、ジェム・ハダーの襲撃が迫ったことを知ったシスコは、窮余の策としてワームホールを破壊することにする。ところがベシアーの偽者の破壊工作のせいで、ワームホール破壊作戦は失敗。呆然とするシスコたちの目の前に、ジェム・ハダーの大軍団が現われる。

ある日、DS9にドクター・ジマーマンがベシアーを訪ねてくる。なんとジマーマンはベシアーをモデルにして救急医療ホログラム・プログラムを作ろうとしていた。このプログラムは、宇宙の辺鄙なところにある観測基地や亜空間通信ステーション等、生命維持装置や移住スペースが限られているところで、生身の医師ではなく、ホログラムによる医師に医療行為をおこなわせようというものであった。

オドーはある日、クワークのバーで美しい女性アリッサと出会う。アリッサから「セクシーな目をしている」と言われたオドーは、アリッサを意識するようになる。アリッサがDS9にやって来たのは、トービッド・レムというアイダニアン人と接触するためだった。アリッサはオリオン・シンジケートのドレイムという男の部下として働いていたが、もう足を洗おうと決心し、逃げてきたのだ。

クワークは、鉱山の発見による物価の急落で経済的窮地に立たされる。そこへ、いとこのゲイラがうまい儲け話を持ってくる。ホロスウィートを利用して法の目をくぐり、武器売買を行おうというのだ。クワークは迷いながらもその話を受け、短気な武器商人ハガスと組み、ビジネスを始める。そこへパロマー星の総督代理が商談に訪れたのだが……。

DS9にテケニー・ゲモール評議員が訪ねてきた。ゲモールとキラは旧知の仲だった。かつてキラは誘拐されてゲモールの娘イリアナそっくりに整形されたことがあり、その縁でゲモールはキラを実の娘のように愛していたのである。キラはカーデシア・ドミニオン連合に対して反対運動を起こすのには、リーダーにゲモールを担ぐのが一番いいと考えていた。しかし……。

クワークは元気がない。バーにネズミが出没し、その駆除のため休業を余儀なくされてしまったのだ。それでなくてもこの一年、悪いことが続いていたクワークはすっかり打ちひしがれてしまい、フェレンギ星の母イシュカの元へと帰省する。ところが帰省したクワークはびっくり。なんとイシュカはグランド・ネーガスのゼクと恋愛関係にあるというではないか。

DS9に駐在するクリンゴン軍の指揮官であるマートクに任務が課せられた。カーデシアとの境界付近でパトロールに当たっていて消息を絶ったクリンゴン戦艦バモスを、戦艦ロンタンを率いて救出せよという命令が下ったのだ。マートクは、副官としてウォーフを、科学士官としてダックスを同行させる。ロンタンは最近、戦いに勝利を収めていなかったため、クルーの中には不満と自信喪失が渦巻いており……。

ガンマ宇宙域の調整を終えてDS9へ帰還中のディファイアント。ダックスがエネルギー・バリアに包まれた奇妙な惑星ガイアを見つける。バリアを通り抜けて地表に降りたシスコたちを出迎えた住民の代表2人はそれぞれ「ミランダ・オブライエン」「イェドリン・ダックス」と名乗り、シスコたちを待ち受けていたと言う。

カーデシアとの国境にパトロールに出ていたマートクが暗号通信を傍受した。その通信は、かつて艦隊士官でありながらマキに参加し、今は逮捕されて服役中のマイケル・エディングトンにあてられたもので、内容は「カーデシアへ報復ミサイルを打ち込んだ、13日後にカーデシアは破滅する」というものであった。

ノーグはチーフ・オブライエンのもとで研修を積むことになった。そんな折り、プラズマ分配マニホルドが故障する。DS9はもともとカーデシアのステーションだったので、レプリケーターで複製することができない。スペアのマニホルドを得るため、オブライエンたちはカーデシア人のガラックを伴い、今は使われていないカーデシアのステーション、エムポック・ノールへと向かう。

ドミニオンの脅威が迫るDS9。多くの人々がDS9を脱出し、司令部スタッフの間には暗いムードが漂っていた。そんな父を見てジェイクは心を痛め、なんとかして父を励まそうとする。そんな折り、クワークの店で開かれるオークションにベースボール・カードが出品されることを知ったジェイクは、ノーグから金を借り、野球好きの父のためにそのカードを手に入れようとする。

ドミニオンはアルファ宇宙域へ次々に軍隊を派遣。ドミニオンの侵攻はもう時間の問題であった。連邦の不利と見てとったロミュラン等はドミニオンと相互不可侵条約を結び、連邦は窮地に追い込まれつつあった。連邦からの援軍も期待できくなったシスコは、断腸の思いで、ベイジョーにもドミニオンと不可侵条約を結ぶことを勧める。シスコは「選ばれし者」としてベイジョーを滅亡させたくなかったのだ。

DS9はドミニオンと組んだカーデシアに占領された。ドミニオンからはウェイユン、カーデシアからはデュカットがやってきてDS9を統治することになる。惑星連邦の者は全員退去した。キラとオドーはDS9に残り、そしてジャーナリストとなったジェイクも連邦市民としてただ一人残り、占領下の取材を続けていた。一方シスコたちはジェム・ハダーとの戦いを続けていたが、戦況は思わしくなく……。

ジェム・ハダーの船に追われたシスコたちは、付近にあった暗黒物質の星雲に逃げ込むが、重力の影響で墜落してしまう。しかもその星には彼らより先に難破したジェム・ハダーたちと、彼等のリーダーで瀕死の重傷を負ったヴォルタ人が居た。

シスコたちはクリンゴン将軍マートクの船で、地球に居るはずのウォーフの息子アレキサンダー・ロジェンコに出会う。クリンゴン戦士になることを嫌っていた息子の変わりように戸惑うウォーフ。一方DS9にはベイジョーの大学に進学したデュカットの娘ジヤルが来ていた。カーデシアとベイジョーのハーフの彼女には、ベイジョーでの生活は辛いようで、キラはそんなジヤルを心配する。

これまで、なぜ宇宙艦隊の動きが常にジェム・ハダーに読まれていたのか、理由がわかった。アルゴリス星団にドミニオンの巨大なセンサー基地があり、それで艦隊の動きが察知されていたのだ。ディファイアントがセンサー破壊の任務を受けることに。一方DS9ではキラ達が密かにレジスタンス活動を始めていた。

宇宙艦隊のドミニオンとの闘いは前進と後退を繰り返し、決定的な勝利もないままで、兵士たちの士気も落ちていた。そんな中、シスコはついにDS9の奪還計画を立てる。一方DS9では、ワーム・ホールの機雷除去に向けて準備が着々と進んでいた。

DS9奪還に向けての艦隊とドミニオンとの決戦が始まる。しかし、ドミニオンの大艦隊は数では圧倒的に有利だ。しかもデュカットらによるワーム・ホールの機雷除去準備も着々と進んでおり、機雷が除去されればさらなるドミニオンの軍勢がアルファ宇宙域にやってくる。残された時間はあとわずかだった……。

DS9はドミニオンから解放され、しばし平和の雰囲気に浸る。そんな中ウォーフの息子アレクサンダーがロタランから別の船に転属になる事が決まり、次にいつ会えるか分からないため、ウォーフとダックスは、戦争後に予定していた結婚式を急遽クワークの店で6日後に挙げる事に。

DS9の司令室に、突然男が転送でやって来た。その男は並行宇宙から来たと言いヴェデク・バライルにそっくりだった。彼はキラに銃を突きつけ小型船を盗もうとする。

DS9のドクター・ベシアの元にベシア同様に遺伝子を操作された4人が預けられることに。しかし彼等は社会に適応できずにいた。一方カーデシアの新しいリーダーとなったダマールは、宇宙艦隊に和平交渉を持ちかけてくる。

クワークの元に母親イシュカがドミニオンに捕まったという知らせが入り、グランド・ネーガスに救出を依頼される。報酬はラチナムの延べ棒50本。早速フェレンギ人をかき集めて6人の救出チームを結成するクワークだが……。

かつてのカーデシア軍のリーダー、デュカットは、戦犯として連邦の囚人となっていた。あるとき、デュカットを移送していた船がカーデシア軍に奇襲攻撃を受ける。

クワークのバーの常連、モーンがイオン台風に巻きこまれて死んだとのニュースが飛び込んできた。さらに、モーンはクワークに全財産を相続するという遺言を残したというのだ。しかしモーンは一文無し。そこでクワークはモーンの隠し遺産が無いか調べることに。

シスコの友人が艦長を務めるコルテス号がカーデシア境界で行方不明になり、クルー400名が失われた。ショックを受けたシスコは、尋ねてきていた父親に「引退するかも知れない」と弱音を吐く。するとシスコは幻覚を見始め、気がつくと1953年のニューヨークに居り、ベニー・ラッセルという小説家だった。

ドミニオンとの戦闘から小休止し、久しぶりの科学調査に出かけたシスコたち。宇宙空間に不思議な空間圧縮現象が見られるため、ダックス、ベシアー、オブライエンを小型船ルビコンで現象内へ送るのだ。空間の圧縮に伴い、ルビコン自体もオモチャの飛行機ほどに縮むことに。

宇宙艦隊情報局に協力し、ファリアス星へ潜入捜査員として赴いたオブライエン。この星のオリオン・シンジケートという犯罪組織に艦隊の捜査員が5名も殺されており、内通者の名前を掴むのがオブライエンの仕事だ。彼は腕はいいがうだつの上がらない修理人として、組織のビルビーという男に雇われることに。

艦隊は2か月前からカーデシア人のスパイによりドミニオンの情報を定期的に入手していた。ところがこのスパイ、ラサランから、至急会って伝えるべき重要情報を掴んだと言う連絡が入り、ウォーフとダックスが小型船でドミニオンの領域に迎えに行くことになる。

幼い時に母を失ったキラ。生きていたら60歳の誕生日にあたる日を祝おうと、キラは母の好きだった花を買う。占領時代もカーデシアに屈せずに命を落としたと父から教えられ、キラにとっては目標でもあり自慢の母だ。だが誕生日当日にデュカットからメッセージが入り、キラの母は占領時代、彼の愛人だったと言う。

カスペリア1号星での学会の論文発表を翌日にひかえたベシアー。しかしDS9に内務監査局からスローン副長官がやってくる。DS9から重要な情報漏洩があるという疑いがあり調査に来たのだ。上級士官は全員任務を解かれ、1人ずつ尋問されることになった。

シスコ大佐はある極秘事件に心の整理をつけるため、日誌に語り始めた……。惑星連邦では日増しに戦争の犠牲者が増え続けていた。ロミュランの中立地帯での犠牲者が多いと知ったシスコは、ドミニオンと不可侵条約を結ぶロミュランを連邦の味方につけ、ドミニオンとの戦争に引き入れる事を密かに図る。

ドクター・ベシアーは自分のホログラム（60年代地球のラスヴェガス）にクルーたちを招待、シナトラばりの歌手ヴィックを皆に紹介する。ヴィックはホログラムである事を自覚し、人の心もわかる特別なホログラムで、ベシアーは彼に恋愛相談までしていた。キラがシャカールに会いに行くと知り、心を乱されていたオドーは悩んだ末思い切ってヴィックに悩みを打ち明けようと決意する。

ドミニオンの勢力拡大が懸念される中、預言者たちが選ばれし者にあてたメッセージが刻まれた石版がベイジョーの遺跡で発見される。シスコたちが現地に向かうと、洞窟でキラやジェイクたちの姿を借りてシスコの前に現れた預言者たちは「対決」という謎の言葉を残し、強烈なエネルギーを放電する。

ノーグとジェイクの乗った小型船がフェレンギナーに向かう途中、ジェムハダーの戦闘艦に追われドミニオン領に入ってしまうが、8か月前から行方不明だった連邦の宇宙艦ヴァリアントに救われる。ヴァリアントは戦闘で正規の士官を失い、アカデミーのエリート・クラス“レッド・スクワッド”の候補生たちによって操艦されていた。

フェレンギナーからイシュカとゼクがやって来る。ゼクは経済顧問イシュカの提案に従い、男尊女卑のフェレンギ社会で女性に着衣を許可したためグランド・ネーガスを解任されたのだった。宿敵ブラントが暫定グランド・ネーガスとなり、このままでは三日後フェレンギ会計監査局によって正式に承認されてしまう。

オブライエン夫妻は八歳の娘モーリーと十四ヶ月の息子ヨシを連れて惑星ゴラーナへピクニックに行くが、モーリーが古代文明の残した“時の入口”に落ちて三百年前に戻ってしまう。三百年前のゴラーナは無人の惑星であった。やがてモーリーは救出されるが、戻ってきたのは十八歳に成長したモーリーだった。

クワークはオドーにキラとの初デート一ヶ月記念日を祝えと勧める。オドーたちが祝っている隙にクリスタルを密輸しようと企んでいたのだった。一方護衛任務で出かけていたディファイアントは救難信号を受信する。相手は8年前に連邦を出発したオリンピアの艦長、リサ・キューザックだった。オリンピアは遭難し、唯一生き残ったリサは生物の生存に適さない惑星で救助を待っていたのだ。

宇宙艦隊はついにドミニオン侵攻を決定、シスコが作戦のリーダーに抜擢される。その後、預言者からカーデシアに行くべきではない、危険だという啓示を受けるが、シスコは『選ばれし者』より『司令官』を優先させカーデシア行きを決意、宇宙艦隊はクリンゴン、ロミュランと手を組み出発する。

シスコ大佐の留守を預かるキラは中佐に昇進。ベイジョー領デルナ星に医療施設建設を求められたキラはベイジョー内閣から許可を得る。が、後にロミュランがデルナに無断でプラズマ魚雷を配備していることが明らかになり、キラはロミュランに不信感を抱く。

DS9では、武器を配備したロミュランを阻止しようと、キラが防御ブロックを強化する。一方ウォーフ、オブライエン、ベシアーとクワークは自分たちのミッションの準備をしていた。それはクリンゴン艦でドミニオンの造船所を破壊するというものだった。

自分の「前世」の記憶と格闘するエズリはDS9における自分の立場というものを考えされられる。結局DS9を去る決意をしたエズリだったが、シスコは彼女に、閉所恐怖症に見舞われているガラックのカウンセリングを頼む。ガラックはカーデシアの軍事情報を解読する宇宙艦隊には欠かせない人物であり、エズリはこれを引き受ける。

ある日DS9にシスコの積年のライバル、ソロックが訪れた。ヴァルカン人である彼はアカデミー時代、短気を起こしてレスリングの試合を申し込んできたシスコを打ち負かし、その一件を現在に至るまで地球人の愚行の見本として論文に取り上げ続けているのだ。そして今度はシスコが愛してやまない野球で勝負を挑んできた。

DS9に遺伝子操作を受けたミュータントが４人やってきた。そのうちの1人セレーナに、ベシアーの手術を受けさせるため無断で研究所を脱出してきたのだ。彼らは遺伝子操作の副作用で通常の社会生活は送れず、ずっと研究所で暮らしている。特にセレーナは意識はあるが身動きも喋りもせずただ石のように座っている。ベシアーはセレーナのため新しい治療法を開発していた。

死んだはずの情報屋から呼び出しを受けたオドーが現場に着くと、そこにはウェイユンが待っていた。彼はドミニオンからの亡命を希望、今後は創設者オドーに仕え、ドミニオンの情報も提供するという。オドーは疑いつつもウェイユンをランナバウトに乗せる。

クリンゴンの英雄コールがウォーフを訪ねてDS9にやってきた。年老いたとはいえ、コールはドミニオン戦争に参加し、戦士として死にたいと望んでいる。ところがコールの存在はクリンゴン帝国では過去のものとなり、彼が戦争に参加する方法はなかった。コールは戦闘の指揮をとらせてほしいと、ウォーフに願い出たのである。

通信アンテナを守っているAR558ベースキャンプへ補給に行く任務がシスコらにくだる。着いてみるとキャンプはひどい状態だった。シスコらの任務は物資補給だけだったが、見かねたシスコは彼らを助ける事にする。

ある日、キラの収容所時代の恩人ヴェデク・ファラが訪ねてきた。彼はキラに「見せたい物がある」と言う。手に取ると小さな石状のトランスポンダーで、キラは瞬時にどこかへ転送されさらわれてしまった。

ノーグは戦闘で片足を失い、義足でDS9に帰還する。しかし彼は足を失ったショックで親友ジェイクやカウンセラーのエズリにまで心を閉ざし、現実逃避するようにホロスイートで暮らし始める。

行方不明になったオブライエンの捜索のため、シスコはエズリの家族に仲介役を依頼する。しかしエズリの母親はこれに条件を提示。エズリが家に戻らなければシスコの依頼には応じられないと言う。

突然クワークの部屋にエズリが現れる。喜びも束の間、彼女は平行世界からやって来た仕事人で、瓜二つだがエズリとは別人だった。クワークはグランド・ネーガス、ゼクが平行世界で皇帝軍の捕虜となっている事を知る。

ジェムハダー船を一人で6機撃墜し、DS9に来たばかりのイラリオ中尉が自室内で何者かに射殺された。シスコに犯人のプロファイリングを命じられたエズリは早速捜査を開始するが、なぜか顔色がすぐれない。

会議からの帰途、オドーとオブライエンは宇宙を飛ぶ未知の生命体に遭遇した。光る液体のようになって船内に侵入してきたそれはやがて人の形をとった。オドーと同じ流動体生物ラーズである。

ヴィックのホロスイート・プログラムに仇敵フランキーが現れ、ラウンジのあるホテルを買収しヴィックを首にした。店の雰囲気がすっかり変わってしまったため、ベシアーとオブライエンはプログラムを元に戻そうとするがコマンドが効かない。

ロミュランと連邦の会議に出席するベシアーの前に独立諜報機関セクション31のスローンが現れた。会議でロミュラン政府について情報収集しろという指令を残しスローンは消えてしまう。

ウォーフの船がジェム・ハダーにより撃墜された。ウォーフが消息不明となるが、ジェム・ハダーのため思うように捜索ができない。エズリはジャッジアとウォーフの結婚生活を思い出し一人捜索に出る。

シスコの結婚式を仕切るというカイ・ウィンに対し、預言者はベイジョーの復活をもたらすのは自分で案内人を遣わすと伝える。シスコはキャシディとの結婚をとりやめたものの……。

捕虜としてカーデシアに連行されたエズリとウォーフは脱出を図るが失敗、戦犯として裁かれ、処刑を覚悟しろと通告される。二人は極限状態の中、互いの本音を吐き出す。

ウェイユンらドミニオン同盟軍の暗躍は止まらず、とうとうブリーンが地球への攻撃を決行する。DS9でも緊張が高まり、士官達は戦闘準備を開始、ブリーンとの直接対決は目の前に迫っていた。

現時点で対ブリーンに有効なのはクリンゴン船のみと分かり連邦やロミュランが対応可能となるまで、クリンゴン船に戦線を任せることになるが、それだけではドミニオンの攻撃をかわせないと判断したシスコは反乱軍にキラ、オドーらを投入し、ドミニオンのかく乱を図る。一方オドーが創設者特有のウイルスに感染し……。

ブリーンが近々ジェム・ハダー船に新兵器を搭載するという情報がもたらされ、カーデシア反乱軍はキラを捕虜として潜り込み、ジェム・ハダー船ごと新兵器を奪おうと画策する。

ベシアーとオブライエンが放った罠にスローンが飛び込んできた。もはや独自でオドーの治療法を発見するのは不可能と判断した二人はセクション31からスパイをおびき寄せるべくダミーの情報を流していたのだ。

ある日クワークにグランド･ネーガスのゼクから連絡が入る。どうやらクワークにグランド･ネーガスを譲ると言っているようだ。しかし、今やフェレンギ星では法改正がなされ労働者の権利保障といった今までタブーとされてきた社会秩序がまかり通っているらしい。

連邦はドミニオンとの戦争を終わらせるため、いよいよ総攻撃に出ることとなった。クルーらはそれぞれ最後になるかもしれない時を過ごし、お互い生きて戻ることを誓う。そして彼らはディファイアントに乗り込み、全艦隊でカーデシア領域に向かう。

ドミニオン司令本部に突入したキラ、ガラック、エクールの三人は他のメンバーをすべて失いながらもなんとか創設者とウェイユンを捕らえた。キラの降伏勧告を創設者は断固として聞き入れない。連邦側にさらなる被疑を負わせるため最後のひとりまで戦わせるというのだ。