マートク将軍率いるクリンゴンの大艦隊がDS9にやってくる。力を合わせてドミニオンと戦おうというのだ。さらに彼らは行き来する船を足止めして、流動体生物が化けて乗っていないか無差別に強制捜査を行っていた。クリンゴンの無謀な行動を不審に思ったシスコは、調査のため同じクリンゴン人であるウォーフを呼び寄せる。

ウォーフはガウロンの誘いを断り、クリンゴンに帰れぬ身となる。彼はこのままDS9にいてはクリンゴンとの争いに皆を巻き込んでしまうと思い辞任を申し出るが、シスコに止められる。シスコ達はディファイアントで出動し、カーデシア新政府の評議会メンバーを救出に向かう。

ある嵐の夜、年老いたジェイクの家に作家志望のメラニーという若い女性が訪れる。なぜ40歳という若さで断筆したのかを問われたジェイクは、長い物語を話し始める。それはジェイクが18歳の時だった。父シスコとガンマ宇宙域へ行ったとき、ディファイアントに事故が起き、ジェイクの目の前でシスコは消滅してしまうのだ。

ベシアーとオブライエンは任務を終えてDS9へ帰還する途中、マグネトン・パルスを探知。マグネトン・パルスはワープ・コア破損時に放出されるため、宇宙船が遭難したのではと思い、救出に向かうが、プラズマ・フィールドにとらえられボパク星系のとある惑星に不時着。ジェム・ハダーにとらえられる。

キラのもとに金属のスクラップを扱う商人ラズカから、6年前に行方不明になった船ラビノクの残骸らしきものを手に入れたとの連絡が入る。ラビノクにはキラの友人ロリット・アクレムが乗っていた。キラはさっそくラズカのもとへ向かおうとするが、カーデシアから横やりが入り、デュカットが同行すると言う。

DS9にダックスの母星トリルから化学プロジェクトチームが訪れる。今回のプロジェクトは人工的にワームホールを作り出そうというもので、チームのリーダーはリナーラ・カーン博士。リナーラは共生生物カーンと合体したトリル族で、以前ニラーニという本体のときに、当時のダックスの本体トライアスと結婚していた。

ノーグが艦隊アカデミーに入学することになった。クワークは彼を地球へ送ることを口実に、いとこのゲイラからもらった宇宙船でロムと共に旅立つ。彼の本当の目的はキマサイトの密輸だった。しかし、間もなく地球へ着くというところで宇宙船に故障が生じ、タイムワープしてしまう。気がつくと彼らは1947年のアメリカ軍事基地にいた。

シスコはディファイアントを率いてガンマ宇宙域へ赴く。カレマ族の商務省長官のハノックとの話し合いの途中、ジェム・ハダーの戦闘機が現われ、カレマ船は逃げ出す。それを見たシスコはカレマ船を助けようとして、カレマ船が逃げ込んだ近くの巨大なガス惑星の大気圏へと突入する。ところが……。

ウォーフはクリンゴンの勇者コールと出会い、彼が千年前に失われたクリンゴンの宝「カーレスの剣」を探す旅に出ることを聞き、ぜひ連れていってほしいと申し出る。シャトルに乗りガンマ宇宙域へ向かったコール、ウォーフ、ダックスの3人は、みごとカーレスの剣を探しあてるのだが……。

ベシアーは最近、新しいホロスイートのプログラムに夢中。いったいどんなプログラムなのかと、ガラックが偵察に訪れる。そのプログラムでベシアーは1960年代の東西冷戦を生きるスパイという、まるでジェームズ・ボンドのような設定。もちろん、ボンド・ガールならぬベシアー・ガールの美女たちも大勢登場するのだが、なんとキラまで現われたではないか!

ある日、DS9へ衝撃的なニュースが届いた。地球で開かれた惑星連邦とロミュラン帝国との会議の最中に爆弾が爆発し、27名の命が奪われたのである。そのときのテープを再生してみると、はっきりと可変種の姿が映っていた。ついに可変種が地球に侵入したのである。シスコはオドーとジェイクを伴って、可変種対策のため地球に赴く。

地球全体を襲ったパワー・リレー・システムのダウン。原因を調べていくうちに、シスコとオドーはアカデミーの士官候補生のエリート集団「レッド・スクワッド」が妙な動きを見せていたことに気づき、疑問を持つ。シスコはノーグから「レッド・スクワッド」に属する候補生の名前を聞き出し、その1人シェパードからある情報を聞きだす。

ベイショーの首相となったシャカールがDS9へやって来る。カーデシアの極右組織「真実の道」がシャカール暗殺を企んでいるという情報を得たオドーは、シャカールの警護に躍起になる。しかし、常にシャカールの身辺に付き添うことは、オドーにとって苦痛であった。なぜならオドーは……。

キラはシャカールに頼まれ、ベイショーの代表として、クリンゴンについての情報を交換するため、カーデシアの前線基地コーマへ赴くことになる。出発を控えたキラを迎えに来たのは、なんどデュカットであった。デュカットは、ベイジョー女性との間にできた娘をカーデシアに連れて帰ったために左遷され、今は貨物輸送船グロウモールの船長となっていた。

ウォーフのもとへ弟カーンが訪ねてきた。ウォーフがガウロンと対立したせいで家がとり潰しになり、クリンゴン帝国での未来を断たれた彼は、死を選び、兄であるウォーフの手で殺してもらうために来たのだ。クリンゴンでは自殺は不名誉な死、家族の手で死ぬのは「モクトヴァの儀式」といって名誉ある死とされている。ウォーフは弟の願いを聞き入れ……。

ロムがクワークの店の従業員を率いて労働組合を作った。クワークの突然の減給通達に今まで抑圧されていた不満が爆発したのだ。フェレンギの法律に反するこの行為はすぐにFCA、フェレンギ会計監査局の耳に入り、監査官ブラントがストの鎮圧のためDS9に派遣される。しかし手段は選ばない過激なブラントは……。

シスコはDS9の司令官として、またベイジョーの人々にとっては「選ばれし者」として、多忙な毎日を送っていた。そんなある日、ワームホールから100年前のものと思われる宇宙船が出現。その船には1人のベイジョー人が乗っていた。彼はアコレムと名乗り、自分は「選ばれし者」であると告げる。

カーデシアの植民地ペンタス・スリーで疫病が発生、カーデシアは医療品を届けようとしたが、ペンタス星系はクリンゴンの領域に近く、クリンゴンの襲撃を恐れたカーデシア政府は宇宙艦隊に保護を要請していたのである。人道的な見地からカーデシアの要請を受け入れたシスコは、ウォーフにディファイアントの指揮を任せる。

チーフ・オブライエンは惑星アグラッサを訪問したおり、アグラッサのテクノロジーに興味を持ってあれこれと質問したため、スパイ活動ではないかと疑われ、逮捕されて矯正プログラムにかけられることに。その矯正プログラムとは、受刑者の思考内に人工的な現実を作り出し、わずか数時間のうちに数十年も服役していたようなイメージを与えるというものだった。

ある日、平行世界からジェニファーがシスコ父子を訪問する。亡き母そっくりのジェニファーにジェイクは大喜び。ところがジェニファーは、シスコがミーティングに出ている隙に、ジェイクを向こうの世界へ連れ去ってしまった。シスコはジェイクを取り戻すため、後を追う。

ラクサナがDS9にやってきた。タブニア人の新しい夫、ジェヤールとの間に子供ができたためだ。タブニアのしきたりでは男の子は男が、女の子は女が育てることになっており、男の子を身ごもったラクサナは夫に子供を奪われるのを恐れ、オドーに助けを求めに来たのだった。

ある日、エディングトンが艦隊司令部からDS9に派遣されてきた。クリンゴンの激しい侵攻に悩むカーデシアに、連邦がレプリケーター12機を提供することになったのだが、マキに奪略される可能性があるのでDS9の警備を強化してほしいというのだ。更にキャシディがマキの手先である疑いがあるとシスコに告げる。

DS9がジェム・ハダーに襲われ、シスコ達はディファイアントで追跡する。そしてオメティクラン率いるジェム・ハダー軍に遭遇する。彼らの話によれば、DS9を襲ったジェム・ハダーは反乱軍で、古代アイコニア人の設備であるゲートウェイを盗んで逃亡したらしい。

キラ、ダックス、ベシアーの3人がガンマ宇宙域をパトロール中、ある星からの救難信号をキャッチした。ダックスとベシアーは早速救援に向かうが、あまりの荒廃ぶりに愕然とする。その星は2世紀前、無謀にもジェム・ハダーに戦いを挑み、逆に破壊され、人々は生まれつきブライトという不時の病をを背負わされるようになってしまったのだ。

クワークが故郷への帰省から戻り、ロムに「オレの命はもう長くない」と告白する。定期健診を受けた結果、500万人のフェレンギ人に1人と言われる難病、ドレク症候群にかかっており、余命があと6、7日と診断されたのだ。多額の借金を抱えているクワークは困り果てる。