シスコ大佐の留守を預かるキラは中佐に昇進。ベイジョー領デルナ星に医療施設建設を求められたキラはベイジョー内閣から許可を得る。が、後にロミュランがデルナに無断でプラズマ魚雷を配備していることが明らかになり、キラはロミュランに不信感を抱く。

DS9では、武器を配備したロミュランを阻止しようと、キラが防御ブロックを強化する。一方ウォーフ、オブライエン、ベシアーとクワークは自分たちのミッションの準備をしていた。それはクリンゴン艦でドミニオンの造船所を破壊するというものだった。

自分の「前世」の記憶と格闘するエズリはDS9における自分の立場というものを考えされられる。結局DS9を去る決意をしたエズリだったが、シスコは彼女に、閉所恐怖症に見舞われているガラックのカウンセリングを頼む。ガラックはカーデシアの軍事情報を解読する宇宙艦隊には欠かせない人物であり、エズリはこれを引き受ける。

ある日DS9にシスコの積年のライバル、ソロックが訪れた。ヴァルカン人である彼はアカデミー時代、短気を起こしてレスリングの試合を申し込んできたシスコを打ち負かし、その一件を現在に至るまで地球人の愚行の見本として論文に取り上げ続けているのだ。そして今度はシスコが愛してやまない野球で勝負を挑んできた。

DS9に遺伝子操作を受けたミュータントが４人やってきた。そのうちの1人セレーナに、ベシアーの手術を受けさせるため無断で研究所を脱出してきたのだ。彼らは遺伝子操作の副作用で通常の社会生活は送れず、ずっと研究所で暮らしている。特にセレーナは意識はあるが身動きも喋りもせずただ石のように座っている。ベシアーはセレーナのため新しい治療法を開発していた。

死んだはずの情報屋から呼び出しを受けたオドーが現場に着くと、そこにはウェイユンが待っていた。彼はドミニオンからの亡命を希望、今後は創設者オドーに仕え、ドミニオンの情報も提供するという。オドーは疑いつつもウェイユンをランナバウトに乗せる。

クリンゴンの英雄コールがウォーフを訪ねてDS9にやってきた。年老いたとはいえ、コールはドミニオン戦争に参加し、戦士として死にたいと望んでいる。ところがコールの存在はクリンゴン帝国では過去のものとなり、彼が戦争に参加する方法はなかった。コールは戦闘の指揮をとらせてほしいと、ウォーフに願い出たのである。

通信アンテナを守っているAR558ベースキャンプへ補給に行く任務がシスコらにくだる。着いてみるとキャンプはひどい状態だった。シスコらの任務は物資補給だけだったが、見かねたシスコは彼らを助ける事にする。

ノーグは戦闘で片足を失い、義足でDS9に帰還する。しかし彼は足を失ったショックで親友ジェイクやカウンセラーのエズリにまで心を閉ざし、現実逃避するようにホロスイートで暮らし始める。

行方不明になったオブライエンの捜索のため、シスコはエズリの家族に仲介役を依頼する。しかしエズリの母親はこれに条件を提示。エズリが家に戻らなければシスコの依頼には応じられないと言う。

突然クワークの部屋にエズリが現れる。喜びも束の間、彼女は平行世界からやって来た仕事人で、瓜二つだがエズリとは別人だった。クワークはグランド・ネーガス、ゼクが平行世界で皇帝軍の捕虜となっている事を知る。

ジェムハダー船を一人で6機撃墜し、DS9に来たばかりのイラリオ中尉が自室内で何者かに射殺された。シスコに犯人のプロファイリングを命じられたエズリは早速捜査を開始するが、なぜか顔色がすぐれない。

会議からの帰途、オドーとオブライエンは宇宙を飛ぶ未知の生命体に遭遇した。光る液体のようになって船内に侵入してきたそれはやがて人の形をとった。オドーと同じ流動体生物ラーズである。

ヴィックのホロスイート・プログラムに仇敵フランキーが現れ、ラウンジのあるホテルを買収しヴィックを首にした。店の雰囲気がすっかり変わってしまったため、ベシアーとオブライエンはプログラムを元に戻そうとするがコマンドが効かない。

ロミュランと連邦の会議に出席するベシアーの前に独立諜報機関セクション31のスローンが現れた。会議でロミュラン政府について情報収集しろという指令を残しスローンは消えてしまう。

ウォーフの船がジェム・ハダーにより撃墜された。ウォーフが消息不明となるが、ジェム・ハダーのため思うように捜索ができない。エズリはジャッジアとウォーフの結婚生活を思い出し一人捜索に出る。

シスコの結婚式を仕切るというカイ・ウィンに対し、預言者はベイジョーの復活をもたらすのは自分で案内人を遣わすと伝える。シスコはキャシディとの結婚をとりやめたものの……。

捕虜としてカーデシアに連行されたエズリとウォーフは脱出を図るが失敗、戦犯として裁かれ、処刑を覚悟しろと通告される。二人は極限状態の中、互いの本音を吐き出す。

ウェイユンらドミニオン同盟軍の暗躍は止まらず、とうとうブリーンが地球への攻撃を決行する。DS9でも緊張が高まり、士官達は戦闘準備を開始、ブリーンとの直接対決は目の前に迫っていた。

現時点で対ブリーンに有効なのはクリンゴン船のみと分かり連邦やロミュランが対応可能となるまで、クリンゴン船に戦線を任せることになるが、それだけではドミニオンの攻撃をかわせないと判断したシスコは反乱軍にキラ、オドーらを投入し、ドミニオンのかく乱を図る。一方オドーが創設者特有のウイルスに感染し……。

ブリーンが近々ジェム・ハダー船に新兵器を搭載するという情報がもたらされ、カーデシア反乱軍はキラを捕虜として潜り込み、ジェム・ハダー船ごと新兵器を奪おうと画策する。

ベシアーとオブライエンが放った罠にスローンが飛び込んできた。もはや独自でオドーの治療法を発見するのは不可能と判断した二人はセクション31からスパイをおびき寄せるべくダミーの情報を流していたのだ。

ある日クワークにグランド･ネーガスのゼクから連絡が入る。どうやらクワークにグランド･ネーガスを譲ると言っているようだ。しかし、今やフェレンギ星では法改正がなされ労働者の権利保障といった今までタブーとされてきた社会秩序がまかり通っているらしい。

連邦はドミニオンとの戦争を終わらせるため、いよいよ総攻撃に出ることとなった。クルーらはそれぞれ最後になるかもしれない時を過ごし、お互い生きて戻ることを誓う。そして彼らはディファイアントに乗り込み、全艦隊でカーデシア領域に向かう。

ドミニオン司令本部に突入したキラ、ガラック、エクールの三人は他のメンバーをすべて失いながらもなんとか創設者とウェイユンを捕らえた。キラの降伏勧告を創設者は断固として聞き入れない。連邦側にさらなる被疑を負わせるため最後のひとりまで戦わせるというのだ。