DS9はドミニオンと組んだカーデシアに占領された。ドミニオンからはウェイユン、カーデシアからはデュカットがやってきてDS9を統治することになる。惑星連邦の者は全員退去した。キラとオドーはDS9に残り、そしてジャーナリストとなったジェイクも連邦市民としてただ一人残り、占領下の取材を続けていた。一方シスコたちはジェム・ハダーとの戦いを続けていたが、戦況は思わしくなく……。

ジェム・ハダーの船に追われたシスコたちは、付近にあった暗黒物質の星雲に逃げ込むが、重力の影響で墜落してしまう。しかもその星には彼らより先に難破したジェム・ハダーたちと、彼等のリーダーで瀕死の重傷を負ったヴォルタ人が居た。

シスコたちはクリンゴン将軍マートクの船で、地球に居るはずのウォーフの息子アレキサンダー・ロジェンコに出会う。クリンゴン戦士になることを嫌っていた息子の変わりように戸惑うウォーフ。一方DS9にはベイジョーの大学に進学したデュカットの娘ジヤルが来ていた。カーデシアとベイジョーのハーフの彼女には、ベイジョーでの生活は辛いようで、キラはそんなジヤルを心配する。

これまで、なぜ宇宙艦隊の動きが常にジェム・ハダーに読まれていたのか、理由がわかった。アルゴリス星団にドミニオンの巨大なセンサー基地があり、それで艦隊の動きが察知されていたのだ。ディファイアントがセンサー破壊の任務を受けることに。一方DS9ではキラ達が密かにレジスタンス活動を始めていた。

宇宙艦隊のドミニオンとの闘いは前進と後退を繰り返し、決定的な勝利もないままで、兵士たちの士気も落ちていた。そんな中、シスコはついにDS9の奪還計画を立てる。一方DS9では、ワーム・ホールの機雷除去に向けて準備が着々と進んでいた。

DS9奪還に向けての艦隊とドミニオンとの決戦が始まる。しかし、ドミニオンの大艦隊は数では圧倒的に有利だ。しかもデュカットらによるワーム・ホールの機雷除去準備も着々と進んでおり、機雷が除去されればさらなるドミニオンの軍勢がアルファ宇宙域にやってくる。残された時間はあとわずかだった……。

DS9はドミニオンから解放され、しばし平和の雰囲気に浸る。そんな中ウォーフの息子アレクサンダーがロタランから別の船に転属になる事が決まり、次にいつ会えるか分からないため、ウォーフとダックスは、戦争後に予定していた結婚式を急遽クワークの店で6日後に挙げる事に。

DS9の司令室に、突然男が転送でやって来た。その男は並行宇宙から来たと言いヴェデク・バライルにそっくりだった。彼はキラに銃を突きつけ小型船を盗もうとする。

DS9のドクター・ベシアの元にベシア同様に遺伝子を操作された4人が預けられることに。しかし彼等は社会に適応できずにいた。一方カーデシアの新しいリーダーとなったダマールは、宇宙艦隊に和平交渉を持ちかけてくる。

クワークの元に母親イシュカがドミニオンに捕まったという知らせが入り、グランド・ネーガスに救出を依頼される。報酬はラチナムの延べ棒50本。早速フェレンギ人をかき集めて6人の救出チームを結成するクワークだが……。

かつてのカーデシア軍のリーダー、デュカットは、戦犯として連邦の囚人となっていた。あるとき、デュカットを移送していた船がカーデシア軍に奇襲攻撃を受ける。

クワークのバーの常連、モーンがイオン台風に巻きこまれて死んだとのニュースが飛び込んできた。さらに、モーンはクワークに全財産を相続するという遺言を残したというのだ。しかしモーンは一文無し。そこでクワークはモーンの隠し遺産が無いか調べることに。

シスコの友人が艦長を務めるコルテス号がカーデシア境界で行方不明になり、クルー400名が失われた。ショックを受けたシスコは、尋ねてきていた父親に「引退するかも知れない」と弱音を吐く。するとシスコは幻覚を見始め、気がつくと1953年のニューヨークに居り、ベニー・ラッセルという小説家だった。

宇宙艦隊情報局に協力し、ファリアス星へ潜入捜査員として赴いたオブライエン。この星のオリオン・シンジケートという犯罪組織に艦隊の捜査員が5名も殺されており、内通者の名前を掴むのがオブライエンの仕事だ。彼は腕はいいがうだつの上がらない修理人として、組織のビルビーという男に雇われることに。

艦隊は2か月前からカーデシア人のスパイによりドミニオンの情報を定期的に入手していた。ところがこのスパイ、ラサランから、至急会って伝えるべき重要情報を掴んだと言う連絡が入り、ウォーフとダックスが小型船でドミニオンの領域に迎えに行くことになる。

幼い時に母を失ったキラ。生きていたら60歳の誕生日にあたる日を祝おうと、キラは母の好きだった花を買う。占領時代もカーデシアに屈せずに命を落としたと父から教えられ、キラにとっては目標でもあり自慢の母だ。だが誕生日当日にデュカットからメッセージが入り、キラの母は占領時代、彼の愛人だったと言う。

カスペリア1号星での学会の論文発表を翌日にひかえたベシアー。しかしDS9に内務監査局からスローン副長官がやってくる。DS9から重要な情報漏洩があるという疑いがあり調査に来たのだ。上級士官は全員任務を解かれ、1人ずつ尋問されることになった。

シスコ大佐はある極秘事件に心の整理をつけるため、日誌に語り始めた……。惑星連邦では日増しに戦争の犠牲者が増え続けていた。ロミュランの中立地帯での犠牲者が多いと知ったシスコは、ドミニオンと不可侵条約を結ぶロミュランを連邦の味方につけ、ドミニオンとの戦争に引き入れる事を密かに図る。

ドクター・ベシアーは自分のホログラム（60年代地球のラスヴェガス）にクルーたちを招待、シナトラばりの歌手ヴィックを皆に紹介する。ヴィックはホログラムである事を自覚し、人の心もわかる特別なホログラムで、ベシアーは彼に恋愛相談までしていた。キラがシャカールに会いに行くと知り、心を乱されていたオドーは悩んだ末思い切ってヴィックに悩みを打ち明けようと決意する。

ドミニオンの勢力拡大が懸念される中、預言者たちが選ばれし者にあてたメッセージが刻まれた石版がベイジョーの遺跡で発見される。シスコたちが現地に向かうと、洞窟でキラやジェイクたちの姿を借りてシスコの前に現れた預言者たちは「対決」という謎の言葉を残し、強烈なエネルギーを放電する。

ノーグとジェイクの乗った小型船がフェレンギナーに向かう途中、ジェムハダーの戦闘艦に追われドミニオン領に入ってしまうが、8か月前から行方不明だった連邦の宇宙艦ヴァリアントに救われる。ヴァリアントは戦闘で正規の士官を失い、アカデミーのエリート・クラス“レッド・スクワッド”の候補生たちによって操艦されていた。

フェレンギナーからイシュカとゼクがやって来る。ゼクは経済顧問イシュカの提案に従い、男尊女卑のフェレンギ社会で女性に着衣を許可したためグランド・ネーガスを解任されたのだった。宿敵ブラントが暫定グランド・ネーガスとなり、このままでは三日後フェレンギ会計監査局によって正式に承認されてしまう。

オブライエン夫妻は八歳の娘モーリーと十四ヶ月の息子ヨシを連れて惑星ゴラーナへピクニックに行くが、モーリーが古代文明の残した“時の入口”に落ちて三百年前に戻ってしまう。三百年前のゴラーナは無人の惑星であった。やがてモーリーは救出されるが、戻ってきたのは十八歳に成長したモーリーだった。

クワークはオドーにキラとの初デート一ヶ月記念日を祝えと勧める。オドーたちが祝っている隙にクリスタルを密輸しようと企んでいたのだった。一方護衛任務で出かけていたディファイアントは救難信号を受信する。相手は8年前に連邦を出発したオリンピアの艦長、リサ・キューザックだった。オリンピアは遭難し、唯一生き残ったリサは生物の生存に適さない惑星で救助を待っていたのだ。

宇宙艦隊はついにドミニオン侵攻を決定、シスコが作戦のリーダーに抜擢される。その後、預言者からカーデシアに行くべきではない、危険だという啓示を受けるが、シスコは『選ばれし者』より『司令官』を優先させカーデシア行きを決意、宇宙艦隊はクリンゴン、ロミュランと手を組み出発する。