Depuis sa mise à l’abandon, la Porte des Etoiles, une passerelle entre la Terre et les autres planètes, est étroitement surveillée par l’Armée de l’Air. Soudainement, elle s’active et une horde d’extraterrestres, les Goa’ulds, débarque et extermine le détachement de soldats en place. La seule survivante, un sergent, est emmenée de force sur leur planète d’origine : Abydos. Dépassé par les évènements, le Général Hammond rappelle d’urgence le Colonel Jack O’Neill pour qu’il reprenne du service. Le programme Stargate est alors relancé et la première équipe d’expédition, le commando SG-1, est paré pour sa mission de sauvetage…

Sur Chulak, un garde sépare les jeunes femmes d'un groupe de prisonniers ; Sha're en fait partie malgré les protestations de Skaara. Sur Terre, Jackson et O'Neill se remémorent leurs souvenirs de la première mission sur Abydos et discutent ensuite sur l'identité du ravisseur : ils arrivent à la conclusion que ce n'est pas Râ. Alors que sur Chulak un être parasitaire ayant l'apparence d'un serpent prend possession du corps de Sha're, le général Hammond créé les neuf premières équipes d'exploration et lance le programme Porte des étoiles. Leur première mission sera d'aller sur Chulak.

De retour de la mission sur Chulak, O’Neill tente de faire intégrer au sein du SGC un extraterrestre qui a sauvé la vie de ses coéquipiers. Ce dernier, nommé Teal'c, est plutôt traité comme un rat de laboratoire parce qu'il a en lui le même type de larve que celle qui a parasité le Major Kawalsky

L'équipe SG-1 visite Simarka, une planète habitée par un peuple similaire aux Mongols et qui vit selon un code de loi très strict ; les femmes sont traitées comme des êtres inférieurs qu'on peut vendre comme de la vulgaire marchandise. Carter est enlevée pour être échangée contre une autre femme. Elle se bat alors pour prouver que les hommes ne sont pas supérieurs aux femmes.

SG-1 découvre P3X-797, une planète divisée en une terre d’ombre et une terre de lumière. La terre de lumière est peuplée par des humains semblables à ceux de l'âge du bronze, alors que la terre d’ombre est peuplée par des êtres primitifs et violents qui attaquent les membres de SG-1. À leur retour sur Terre, O’Neill commence à régresser à un stade primitif de l'évolution de l'être humain. Bientôt, toute la base est infectée, à l’exception du docteur Fraiser ainsi que de Daniel et Teal'c qui repartent sur la planète afin d'y découvrir la source de la maladie.

L'équipe SG-9 est portée disparue, alors qu'elle était en mission sur une planète. SG-1 est envoyé pour les retrouver. Une fois sur la planète où SG-9 a disparu, ils découvrent que la population locale travaille comme des esclaves pour leur nouveau dieu. Ce dieu n'est autre que le Capitaine Jonas Hanson, le responsable de SG-9. Hanson était autrefois épris de Carter et il a toujours un faible pour elle. Carter profite de cette situation pour essayer de le ramener à la raison. De son côté, O'Neill se prépare à attaquer Hanson et ses hommes. Mais Daniel et Teal'c proposent un autre plan pour arrêter Hanson.

En mission sur le monde désertique P3X-562, SG-1 découvre une vallée où sont entassés des cristaux cassés. Jack O'Neill touche le seul cristal intact et il reçoit une décharge électrique qui le rend inconscient. Après avoir repris connaissance, O'Neill découvre que SG-1 est reparti sans lui. C'est un autre O'Neill qui est rentré sur Terre.

Poussés à rechercher de nouvelles technologies, les membres de SG-1 visitent une planète qui, selon Teal’c, abriterait des créatures volantes ayant le pouvoir de se rendre invisibles, les Fenri. En arrivant sur la planète où vivent ces créatures, ils rencontrent Apophis. Ils en profitent pour lui tendre une embuscade, mais tout se déroule mal. O'Neill, Carter et Jackson sont tués. Mais ils sont ramenés à la vie par les Nox, qui sont les véritables détenteurs du pouvoir d'invisibilité. Les Nox sont un peuple totalement pacifique. Ils paraissent assez primitifs et vulnérables. Ils ont aussi ramené à la vie Shak'l, un Jaffa d'Apophis qui n'hésitera pas à apprendre l'existence des Nox à son maître dès qu'il sera à nouveau d'aplomb.

SG-1 explore Argos, une planète paradisiaque créé par le dieu Goa'uld nommé Pélops. Les habitants d'Argos vieillissent cependant à une vitesse très élevée et ils ne dépassent guère l'âge de 100 jours. O'Neill est séduit par Kynthia, une magnifique Argosienne. Mais sa relation n’est pas sans conséquences. Il est lui aussi victime du phénomène de vieillissement accéléré et il ne lui reste plus que quelques jours à vivre.

Teal'c informe le SGC qu'il existe une planète dont aucun Goa'uld n'est jamais revenu. SG-1 se rend sur place pour y découvrir une arme Asgard : le marteau de Thor.

En regardant des films d'archives, Daniel découvre qu'une équipe de savants a activé la Porte des Étoiles en 1945. Un homme l'a traversée et n'en n'est jamais revenu. Utilisant la même séquence d'activation de la Porte, le SG-1 part à sa recherche de ce héros oublié.

Au péril de sa vie, Teal'c retourne sur sa planète natale pour empêcher l'implantation d'une larve de Goa'uld dans le corps de son fils, Rya'c. Arrivé sur Chulak, il découvre que sa famille est proscrite et que son fils est gravement malade.

SG-1 revient d'une mission sans Daniel, qu'ils pensent avoir vu brûler vif. En réalité, il est détenu dans une prison sous-marine par un alien amphibie et doit déchiffrer un texte pour découvrir ce qui est arrivé à la compagne de la créature... dans l'antique Babylone ! Cette seule condition lui assurera la vie sauve.

Des archéologues trouvent un sarcophage égyptien dans une tombe maya, et libèrent le Goa'uld Hathor. Se servant de son charme fatal, Hathor entreprend de séduire tous les hommes pour faire aboutir son plan de domination mondiale.

Sur P8X-987, SG-1 découvre qu'une étrange maladie a anéanti toute vie sur la planète, à l'exception d'une petite fille nommée Cassandra...

Sur P3X-1279, Hanno, un villageois, accuse Teal'c d'avoir tué son père. Teal'c est alors jugé lors d'un procès. Cependant, ce procès se déroule très différemment d'un procès terrien ; Hanno joue à la fois le rôle de juge et de jury...

Sur P3X-7763, un volcan en éruption expulse des cendres et de la lave ardente aux alentours de la Porte des Étoiles. SG-1 rassemble quelques survivants et traverse la Porte vers la Terre. Les rescapés du cataclysme, les Tollan, ne sont pas reconnaissants de leur avoir sauvé la vie. Leur chef, Omoc, qui ne fait pas confiance à une société humaine si primitive, refuse de répondre à toutes les questions à propos de la technologie très avancée de sa planète. Il demande à être renvoyé avec les siens dans un monde similaire du point de vue technologique. Mais le gouvernement ne souhaite pas perdre une occasion d'acquérir des nouvelles technologies.

Suite à un disfonctionnement de la Porte des Étoiles, le Colonel Jack O'Neill et le Capitaine Samantha Carter sont coincés près d'une autre Porte des Étoiles dans une crevasse glacière sur une planète inconnue.

Sur P3X-989, les membres de SG-1 sont victimes d'un piège électrique qui les rend inconscients. À leur réveil, ils se retrouvent dans un laboratoire souterrain avec Harlan, un habitant de cette planète âgé de 11 000 ans leur disant qu'il a supprimé leurs problèmes et les a améliorés. Quand ils retournent sur Terre, en dépit des recommandations d'Harlan, les membres de l'équipe découvrent ce qu'il voulait dire : ils sont maintenant dans des corps mécaniques immortels.

Sur P3R-233, Daniel Jackson découvre un miroir quantique. En le touchant, il reçoit une légère secousse. Voyant que tous ses coéquipiers ne sont plus là, il retourne sur Terre. Il découvre alors qu'il est dans une réalité alternative. Dans cette réalité, la Terre est sous l'emprise des Goa'uld qui s'apprêtent à envahir le SGC après avoir rayé de la carte plusieurs des grandes villes de la Terre.

Après avoir réussi à s'échapper in extremis de la réalité alternative de l'épisode précédent, Daniel informe le SCG de la menace de l'attaque imminente d'Apophis mais il se heurte au sénateur Kinsey qui ne voit dans le programme Porte des Étoiles qu'un gaspillage d'argent et qui considère les déclarations de Daniel comme celles d'un illuminé.

La Porte des Étoiles est condamnée en dépit des avertissements de Daniel concernant une imminente attaque Goa'uld contre la Terre. Cependant, SG-1 défie tous les ordres et fait un voyage non-autorisé à travers la Porte des Étoiles vers ce qu'ils pensent être l'origine de l'attaque. Ils se retrouvent dans un vaisseau-mère d'Apophis - rempli de guerriers Jaffa - qui traverse l'espace et fonce droit vers la Terre.

Comme une flotte de vaisseaux de guerre Goa'uld se dirige tout droit vers la Terre, menaçant de la détruire, la base du SGC se prépare au pire, en envoyant les meilleurs et les plus brillants de la société américaine à travers la porte des étoiles vers le site Alpha, une planète sûre. Pendant ce temps, O'Neill et son équipe se servent d'une Porte des Etoiles (cf. Saison 1 - Dans le Nid du Serpent) pour arriver dans le vaisseau commandé par Klorel, le fils d'Apophis. L'équipe SG-1 tente une mission suicide, en plaçant des explosifs à bord pour essayer de stopper l'attaque. Ils sont

L'équipe SG-1 est en mission sur Nasya, en espérant secourir les survivants d'une planète attaquée par les Goa'uld. Pendant le sauvetage, le Capitaine Samantha Carter qui tentait de ranimer un Nasyan mortellement blessé, est prise comme hôte par un Goa'uld qui se cachait dans le corps du Nasyan. Elle repart sur Terre avec ses coéquipiers qui ignorent qu'elle est devenue un Goa'uld. Sur Terre, la jeune amie de Carter, Cassandra, reconnaît le Goa'uld immédiatement (cf. Saison 1 - Cassandra). Cassandra le dit à O'Neill et Carter est emprisonnée dans une cellule. O'Neill tente de négocier avec le Goa'uld pour la vie de Carter. Le Goa'uld dit à Teal'c qu'il est Jolinar de Malkshur, un des Tok'ra, un groupe rebelle opposé aux méthodes sanguinaires des Grands Maîtres du système. Mais, il révèle aussi qu'il a été suivi par l'Ashrak, un Goa'uld assassin entraîné et envoyé par les Grands Maîtres. À moins qu'il ne soit arrêté, l'Ashrak tuera Jolinar, et le Capitaine Carter avec...

En explorant une planète apparemment insignifiante, O'Neill et ses compagnons sont abordés par un homme en lambeaux implorant de l'aider d'un poursuivant nommé Taldor. Ils essaient de le défendre, et découvrent que l'homme est un assassin en fuite. Taldor veut dire Justice et, en aidant l'homme, ils se sont faits complices de son crime. Bien qu'ils aient clamé leur innocence, l'équipe est envoyée à travers la Porte des Etoiles sur Hadante, un monde pénitentiaire où règnent la force brutale et la règle du pouvoir. Étrangement, la personne la plus puissante sur Hadante paraît être Linea, une femme qui terrorise les brutes de peur tel que Vindoor avec ses pouvoirs mystérieux. SG-1 conclut un marché avec Linea : si elle aide à trouver de l'énergie pour la Porte des Etoiles en utilisant la source de puissance de sa fusion froide, ils l'aideront à s'échapper avec eux.

SG-1 part sur P7J-989 où ils découvrent un beau jardin et un dôme rempli d'étranges machines, contenant chacunes une personne inconsciente. Alors qu'ils examinent les machines, ils sont piégés et deviennent inconscients. Ils se réveillent pour revivre des moments essentiels de leurs vies dans l'espoir de changer le futur. Teal'c rejoint O'Neill sur un champ de bataille où le Colonel avait perdu une patrouille... Un personnage étrange appelé Le Maître s'avance et leur explique; ils font partie d'un jeu qui nourrit des mémoires dans une réalité virtuelle qu'il a créée pour amuser 'ses résidents' des machines...

En explorant la planète P3R-636, l'équipe SG-1 tombe sur ce qui paraît être une troupe de guerriers Jaffa et des prêtres de cérémonie livrant du Naquadah, un minerai apprécié des Goa'uld, à travers la Porte des Etoiles. Cependant, ce qui attire l'attention de Daniel Jackson est la belle Princesse Shyla, la mélancolique fille du souverain de la planète, Pyrus. Lorsqu'elle essaie de se suicider, Daniel sauve sa vie, mais en faisant cela, SG-1 est capturé et forcé à travailler dans les mines de Naquadah. Dans une tentative d'évasion, Daniel est blessé; la princesse l'emmène au palais, le nourrit et le guérit en utilisant un sarcophage Goa'uld. Etant donné que ses équipiers travaillent toujours dans la mine comme esclaves, Daniel essaie de négocier leur libération. La Princesse Shyla lui livre les secrets de la planète...

L'équipe SG-1 retourne sur Cimmeria après avoir appris que les Goa'uld ont envahi la planète. SG-1 se sent responsables depuis qu'ils ont détruit, lors de leur précédente visite, "le Marteau de Thor", l'instrument principal de défense de la planète contre les Goa'uld. L'équipe fait des découvertes remarquables sur la planète et Samantha Carter découvre qu'elle a le pouvoir d'utiliser l'appareil de ruban Goa'uld. Il devient bientôt évident que SG-1 aura besoin d'aide pour lutter face à la force massive de l'ennemi menée par le vicieux Goa'uld Heru-ur. Teal'c, O'Neill et Olaf partent en reconnaissance vers le camp Goa'uld et ne tardent pas à se retrouver face à face avec l'ennemi. Pendant ce temps, Daniel Jackson, Samantha et Gairwyn cherchent la Salle de la Puissance de Thor où ils croient pouvoir trouver des armes pour combattre les Goa'uld. Des surprises les attendent...

En explorant une planète morte, l'équipe SG-1 découvre une sonde qui envoie des signaux électromagnétiques. Ils pensent qu'il s'agit d'une capsule temporelle et sont intrigués par sa source de puissance qui semble avoir duré un millénaire; ils la rapportent sur Terre. Lorsque Samantha Carter et Daniel Jackson commencent leurs tests, l'objet commence à chauffer et l'équipe décide de le renvoyer à travers la Porte des Etoiles. Cependant, l'objet semble avoir d'autres plans. Pendant qu'ils le transportent vers la Porte, l'objet tire des sortes de bras qui s'allongent à travers les murs, le sol et le plafond de la Base en s'immobilisant; un bras perfore l'épaule du Colonel O'Neill avant de se planter dans le mur. Plus tard, l'enquête révèle que l'objet envoie un organisme étranger qui infecte les gens, les ordinateurs, et le bâtiment lui-même. Les tentatives pour détruire la sonde ne font qu'amplifier sa puissance...

Le mentor de Teal'c, Bra'tac, arrive de façon inattendue à travers la Porte des Etoiles avec de mauvaises nouvelles : le Goa'uld Apophis a survécu à la destruction de son vaisseau et a à présent enlevé le fils de Teal'c, Rya'c. L'équipe SG-1 consent à accompagner Teal'c sur Chulak pour secourir Rya'c, mais à leur arrivée, ils trouvent que beaucoup de choses ont changé. Parce que Teal'c n'est pas revenu de la Terre, sa femme, Drey'auc, a supposé qu'il était mort et s'est remarié avec son vieil ami, Fro'tak. Le pire est que Rya'c a subi un lavage de cerveau par Apophis afin qu'il dénonce son père comme étant un traître; dès lors, les tentatives de SG-1 pour le secourir deviennent délicates. Fro'tak jaloux, tente de les livrer à Apophis...

Daniel Jackson et Teal'c retournent sur Abydos, étant donné qu'il s'est écoulé une année depuis que Daniel est parti après la promesse qu'il a faite à Kasuf de retrouver sa fille Sha're. A leur arrivée, Daniel apprend que sa femme qu'il n'a pas revue depuis qu'elle a été enlevée par le Goa'uld Apophis, est revenue sur Abydos et est enceinte de neuf mois. Le père de l'enfant est Apophis et il a l'intention d'utiliser le bébé comme son nouvel hôte. O'Neill et Carter sont à Washington pour recevoir une médaille de bravoure; ils ont eux-aussi leur propre surprise. O'Neill est contacté par un journaliste nommé Armin Selig qui dit avoir un scoop sur le programme Porte des Etoiles et va écrire un article à ce sujet. Carter revoit son père qui lui apprend qu'il a un cancer...

En explorant la planète BP6-3Q1, l'équipe SG-1 est attaquée par des insectes géants. Ils réussissent à s'échapper à travers la Porte des Etoiles, mais pas avant que Teal'c ne soit piqué. A leur retour à la Base, une mutation étrange commence; le virus de l'insecte transforme l'ADN de Teal'c comme son propre ADN. La mutation intrigue le Dr Samantha Carter et le généticien Dr Richard Harlow; elle terrifie Teal'c qui fait promettre à O'Neill d'arrêter la mutation. Mais, l'état de Teal'c intéresse le Colonel Maybourne qui voit une possibilité de développement pour des armes biologiques avec le venin de l'insecte. Maybourne utilise son mandat présidentiel pour prendre en charge Teal'c mais le Jaffa s'échappe pendant son transfert, sans son symbiote...

Les Tok'ra ont réfléchi à la proposition de SG-1 pour une alliance contre les Goa'uld mais comme Garshaw l'a expliqué, les habitants de la terre ne leur apportent pas assez pour justifier une alliance. Et aussi, le fait qu'aucun d'entre eux ne soit volontaire pour être l'hôte de Selmak, un Tok'ra dont l'hôte se meurt, ne fait rien qui puisse établir une confiance mutuelle. Le Capitaine Samantha Carter a une idée : son père, le Général Jacob Carter est atteint d'un cancer en face terminale. S'il devient un hôte, il sauvera sa vie de même que celle de Selmak. Alors qu'elle repart à la Base avec O'Neill faire cette proposition au Général, les Goa'uld, avertis par un espion, lancent une attaque sur la planète des Tok'ra...

Alors que Selmak est en train de guérir Jacob Carter, la base des Tok'ra est en train d'être détruite par les Goa'Uld. Mais Selmak est trop faible pour partir tout de suite et il doit attendre encore un peu de temps avant de fuire. Pendant ce temps-là, les membres de la Tok'ra s'enfuissent par la Porte des étoiles et vont se réfugier sur nouvelle planète. Une fois Jacob et Selmak guéri, la Terre et les Tok'ra peuvent enfin signer une alliance contre les Goa'Uld.

L'équipe SG-11 n'est pas revenue de sa mission sur la planète PXY-887, où ils ont récemment découvert un élément, le Trinium, cent fois plus léger et plus fort que l'acier. En plus, les habitants de la planète ont tiré une flèche faite de Trinium à travers la Porte des Etoiles vers le SGC. Avec O'Neill à l'infirmerie, l'équipe SG-1 menée par le Capitaine Samantha Carter, part enquêter et négocier un traité minier avec les habitants. SG-1 est assommé à son arrivée et lorsqu'ils se réveillent, ils rencontrent Tonané, un Indien qui leur explique que l'équipe SG-11 a été enlevée par

Lorsqu'un groupe ressemblant à l'équipe SG-1 vole la Clé de Voûte qui contrôle le climat de la planète Madrona, le temps de la planète se détériore, menaçant les habitants de mort imminente, à moins que la Clé ne soit retrouvée. Le Grand Prêtre de Madrona Roham et sa petite-fille la Princesse La-Moor, blâment l'équipe SG-1 pour le vol. SG-1 fait une découverte inquiétante : la deuxième Porte des Etoiles de la Terre, officiellement déconnectée, a été réactivée par des ordres de haut niveau et utilisée pour voler la Clé de Voûte. Maintenant l'appareil du climat est sur Terre et quelqu'un s'en sert pour manipuler le temps...

Dans le but de décoder un langage extraterrestre découvert par une sonde, Daniel et le reste de l'équipe SG-1 passent la Porte des Etoiles et arrivent dans une ancienne salle qui abrite des inscriptions aliens. Lorsque O'Neill regarde à travers une sorte de trappe dans l'ancienne salle, il est momentanément immobilisé avant de s'écrouler par terre. Ils rentrent d'urgence à la Base où les examens ne décèlent rien. Bien qu'étant en pleine forme, O'Neill commencent à utiliser des mots étrangers dans un langage inconnu. Le Dr Fraiser explique que son cerveau fonctionne plus que la normale, avec des connaissances supérieures, pratiquement indéchiffrables pour le reste de l'équipe SG-1. Après des recherches, Daniel est maintenant certain que O'Neill possède toute la connaissance des Anciens, la race alien qui aurait probablement construit le réseau de Portes des Etoiles...

En essayant de sauver les membres de SG-10 d'un trou noir qui est apparu sur la planète P3X-451, l'équipe SG-1 depuis la Base du SGC, active la Porte des Etoiles et se retrouve eux-mêmes exposés à l'attraction gravitationnelle du trou. En tentant de se libérer de cette attraction, ils coupent la source de puissance de la Porte et dans les explosions qui en résultent, Teal'c et Daniel sont blessés. Même sans puissance, la gravité du trou noir continue d'attirer le SGC à travers le vortex. A cause de l'intense champ de gravité qui fausse le continuum espace/temps, le SGC perd tout contact avec le monde extérieur et le Pentagone envoie le Colonel Cromwell, un ancien compagnon d'armes de O'Neill, enquêter. Carter doit trouver une solution avant que le trou noir n'absorbe tout le SGC d'abord, puis toute la planète...

Quand l'équipe SG-1 tombe par hasard sur la machine du vieil ennemi des Goa'uld, Machello, ils sont victimes de sa puissante invention. Une machine capable de permuter les corps. Machello prend le corps de Daniel et le jeune archéologue se retrouve piégé dans le corps d'un vieil homme mourant. Dans le corps de Daniel, Machello s'enfuit du SGC et prend goût à la vie pour la première fois sur Terre, pendant que Daniel est couché sur son lit de mort à l'hôpital. En essayant d'aider leur ami, O'Neill et Teal'c apportent l'invention au SGC, mais déclenchent accidentellement la machine et se retrouvent permutés. Quand Machello est localisé et ramené au SGC, il révèle que le processus de la machine est irréversible...

Poursuivi par les Planeurs de la mort Goa'uld, le conquérant Goa'uld et ennemi juré du SGC, Apophis, se jette lui-même à la merci de SG-1. En dépit de son passé, SG-1 lui accorde l'asile et le ramène à la Base. Apophis qui montre des signes de torture, est en train de mourir lentement; il promet au SGC toute la connaissance Goa'uld en échange d'un nouvel l'hôte. Lorsque O'Neill rejette son offre, Apophis révèle qu'il est poursuivi par un ancien et puissant Grand Maître Goa'uld appelé Sokar, le dieu original de la mort. Conquis par Apophis dans les temps de l'ancienne Egypte, Sokar est venu assouvir sa vengeance, et tuera n'importe qui se met sur le chemin qui le mène à Apophis. Le Tok'ra allié Martouf, dit à SG-1 qu'à moins qu'Apophis ne soit renvoyé pour faire face à son destin, non seulement Sokar mais les autres Goa'uld, sont bien décidés à tout détruire pour reprendre Apophis leur ennemi et le torturer...

Pendant une mission de routine de reconnaissance, l'UAV heurte une plante qui ressemble à un cactus, sur une planète habitée par une forme de vie inhabituelle. Envoyée pour retrouver l'avion, l'équipe SG-1 découvre que ceux qui vivent sur la planète sont amicaux, gentils et de loin plus simples que leurs équivalents humains. Peu après l'arrivée de l'équipe, les aliens commencent à tomber malades et avant qu'un fléau de maladie ne décime toute la race, Carter revient à la Base avec le plus malade des aliens pour trouver un remède. O'Neill et Daniel commencent à agir capricieusement et se plaignent de maux de tête qui disparaissent une fois rentrés au SGC. Comme le nombre d'aliens malades grandit, il apparaît que l'équipe SG-1 a involontairement détaché quelque chose qui menace la survie de cette civilisation entière.

Un jeune garçon arrive au SGC et dit à SG-1 qu'il est venu avec sa mère, un membre de la race invisible des Reetous. Le garçon qui demande à être appelé Charlie comme le fils décédé de O'Neill, annonce que les Goa'uld ont détruit sa planète Reetalia et que pour se venger, les rebelles Reetous projettent de tuer tous les êtres humains susceptibles d'être des hôtes des Goa'uld. Les rebelles croient qu'en tuant tous les hôtes potentiels des Goa'uld, ils élimineront ainsi progressivement les Goa'uld eux-mêmes. Sa mère a créé Charlie pour servir d'intermédiaire entre les Reetous et les humains et les prévenir de la future attaque rebelle, mais à cause de sa croissance accélérée, les organes du garçon sont maintenant défaillants et à moins qu'il ne reçoive des soins médicaux, il mourra bientôt. SG-1 fait appel à Jacob le père de Carter, à présent un Tok'ra, pour les aider...

Une violente éruption solaire heurte le vortex de la Porte des Etoiles pendant que SG-1 partait sur la planète P2X-555. L'équipe est propulsée sur Terre en 1969 et débarque dans une Base militaire Top secret. Ayant dans sa poche une lettre que le Général Hammond l'a donnée, Carter est cherchée par un jeune Lieutenant qui est étonné par le contenu de la lettre. Quand l'équipe est transportée pour subir des interrogatoires supplémentaires, le Lieutenant les aide à s'échapper et leur dit que la lettre paraît être de lui et qu'il s'appelle Hammond. Désespérés de trouver la Porte des Etoiles, SG-1 tente de retrouver Catherine Langford en espérant qu'elle sait où est la Porte. Carter découvre que la note du Général Hammond inclut la date de la prochaine éruption solaire...

Se réveillant de ce qui paraît être une suspension cryogénique, O'Neill se retrouve dans une version futuriste du SGC entouré de visages peu familiers. Les docteurs lui disent qu'il a été congelé pendant 79 ans et que le reste de l'équipe SG-1 a péri il y a bien longtemps. Les docteurs branchent O'Neill à un appareil qui transforme sa pensée en hologrammes pendant qu'il est interrogé au sujet de races capables d'anéantir les Goa'uld. Les docteurs disent qu'ils ont besoin de toute information qui peut aider dans leur guerre actuelle contre les Goa'uld. Lorsque O'Neill entend par hasard les docteurs parler avec des voix Goa'uld, il se rend compte qu'il pourrait s'agir d'un piège. Il s'échappe et découvre que le SGC n'est qu'une copie exacte construite à l'intérieur d'une forteresse Goa'uld, et que dans les pièces voisines, Daniel et Carter subissent des traitements semblables. En essayant de s'échapper, les trois sont arrêtés par Hathor qui, furieuse, s'apprête à implanter un symbiote Goa'Uld dans l'un d'entre eux...

Hathor retient Jack, Sam et Daniel prisonniers. Celle-ci, désirant connaître le code d'ouverture de l'iris de la porte des étoiles sur Terre décide que Jack sera l'hôte d'un Goa'uld bientôt arrivé à maturité. Le SG-C envoit des hommes pour récupérer les membres de SG-1.

Des membres de la Tok’ra, dont Jacob, le père de Sam, arrivent à la base de commandement du SG-C. Ils traquent un dangereux Goa’uld, Setesh, dit « Seth ». Il s’agit de l’ancien dieu égyptien du chaos, incarnation du mal…

Samantha Carter est promue major de l’armée de l’air. Au cours de la cérémonie officielle, le colonel O’Neill disparaît brutalement, alors qu’il s’apprêtait à faire un discours. Il s’avère qu’il a été « transporté » sur le vaisseau mère des Asgards, où il rencontre Thor…

Daniel découvre une tablette qui lui rappelle celle qu'il avait trouvée sur Argos. Il la ramène sur terre mais il est bientôt victime d'hallucinations cauchemardesques qui le rendent à moitié fou. Il semblerait que des parasites aient pris possession de son corps...

Selon Daniel Jackson, les habitants de la planète Orbade forment l'une des sociétés les plus remarquables de la galaxie. Il ne leur a fallu que quelques décennies pour parvenir au même niveau technologique que les humains. Tout semble indiquer qu'ils feraient d'excellents alliés. Le colonel O'Neill rentre à la base du SG-C en compagnie de leur chef, Kalan, et de sa fille Meryn. Ils ont conclu un marché : chacun échangera ses connaissances avec l'autre. Le capitaine Carter pourra ainsi étudier le fameux réacteur Naquada. Meryn restera à la base le temps d'initier Samantha au fonctionnement de l'engin. Le Naquada est un métal extraterestre rare, très recherché par les Goa'uld, qui en font des armes redoutables...

Un couple est arrêté dans une zone de haute sécurité du SG-C. La jeune femme prétend être le Dr Samantha Carter ; l’homme se présente sous le nom de Kawalsky. Ils affirment avoir franchi le miroir quantique que les forces du SG-1 ont verrouillé dans la zone 51…

L’équipe du SG-1 visite une planète inconnue, qui semble avoir été épargnée par la civilisation goa’uld. Dans la forêt, le colonel O’Neill et ses compagnons sont menacés par un mystérieux chasseur de primes, qui affirme avoir neutralisé le dispositif de la Porte des étoiles, empêchant le SG-1 de rentrer…

Dans un village médiéval, la SG-1 libère une jeune femme attachée à un pieu et apprend par le père Simon qu'elle était destinée à servir d'offrande au démon qui terrorise les villageois. Pour les punir, ce dernier exige que cinq humains soient sacrifiés...

Le colonel O’Neill et ses compagnons sont les témoins des violents affrontement auxquels se livrent de jeunes soldats. Certains d’entre eux pourraient appartenir à l’équipe du SG-11, disparue depuis plus de 8 mois. En voulant leur porter secours, les quatre membres du SG-1 sont neutralisés par des armes paralysantes. A leur réveil, ils font la connaissance du capitaine Kyle Rogers, commandant en chef du Cadran A…

L’équipe du SG-1 s’apprête à quitter PX8-873, où les quatre voyageurs ont libéré des esclaves asservis par les Goa’uld. Soudain, Daniel Jackson croit apercevoir la silhouette de sa femme, Sha’re, portée disparue depuis de nombreuses années…

SG-1 arrive sur un planète où ils découvrent que toute la population souffre d'amnésie depuis quelques mois... En aidant ce peuple à "soigner" cette amnésie collective, ils vont faire de mystérieuses découvertes...

Des membres de la Tok'ra viennet prévenir le SGC que Jacob Carter, le père de Sam, a été fait prisonnier sur Netu, la planète de feu commandée par Sokar, un puissant et maléfique Goa'uld.

SG-1 est faite prisonnière par Apophis sur Netu avec Jacob Carter. Seul Teal'c, en orbite dans un chasseur Goa'uld autour de la planète, peut leur venir en aide...

Lors d'un retour de mission, lorsqu'ils passent par l'infirmerie, les membres de SG-1 se font administrer un puissant sédatif. Seul Teal'c arrive à se réveiller et surprend une conversation entre Hammond et un alien. Il comprend alors que la base a été envahie durant leur absence.

Un représentant du peuple Tolla arrive sur Terre pour inviter SG-1 au procès d'un Goa'uld. Mais le Goau'ld en question n'est autre que Skaa'ra, que SG-1 va devoir défendre au "tribunate" Tolla.

De retour de l'exploration d'un monde paradisiaque, les membres de SG-1 commencent à avoir un comportement bizarre, puis à entendre des voix.

SG-1 se trouve sur un planète où va avoir lieu une pluie d'astéroïdes. Carter pense qu'il est préférable d'évacuer les habitants. Mais lors de l'évacuation, O'neill reste coincé avec quelques habitants...

SG-1 est en mission sur Tollana pour essayer d'établir avec les Tollas d'obtenir quelques unes de leurs technologies très avancées. Mais les Tollas refusent de partager. Dans un accès de colère, O'neill vole avant de rentrer un appareil sophistiqué...

A leur arrivée sur une planète, les membres de SG-1 sont capturés (sauf Teal'c) et faits prisonniers.

Bra'tac, le maître de Teal'c, vient demander l'aide de la Terre : Chulak est attaquée par Apophis, qui est à la recherche de l'Arsiesis.

SG-1 découvre un crâne de cristal lors d'une mission. Lorsque Daniel s'en rapproche pour l'observer, il est projeté dans une autre dimension, de sorte que plus personne ne le voit, alors que lui voit tout...

Les Asguards demandent l'aide de la Terre pour affronter leurs pires ennemis : les réplicateurs. Ces sales petites bestioles en fer se reproduisent à une vitesse incroyable et détruisent tout sur leur passage...

O'neill, Carter et Teal'c revienne sur Terre. Peu après leur arrivée, Teal'c et O'neill doivent risquer leur vie pour empêcher les Réplicateurs d'envahir la Terre. Entre-temps, Carter accompagne Thor sur une planète Asgard pour l'aider à trouver un moyen de détruire les Réplicateurs qui sont sur le point d'envahir cette planète.

Le SGC reçoit un signal de détresse d'une planète inconnue. Les habitants de cette planète sont sur le point d'être éliminés par leur ennemis et demandent notre aide. Sg-1 franchi donc la Porte des Étoiles pour leur offrir notre aide, mais ils découvrent petit à petit que la situation n'est pas ce qu'elle semble être.

Une scientifique Tok'ra apporte une technologie phénoménale au SGC: des brassards qui augmente la vitesse et la force de la personne qui le porte. Ces brassards avaient été construits par les Atoneikans, une race qui combattaient les Goa'ulds.

Le SGC accueille une ancienne compagne de Teal'c, une Jaffa qui prétends être capable de communiquer avec succès avec son symbiote et aurait été capable de le retourner contre sa race. Si c'est vrai, le symbiote pourrait fournir beaucoup d'informations.

Lorsqu'un membre du SGC devient fou et essaie de tuer l'ambassadeur Tok'ra, Sg-1 découvre que celui-ci avait été la victime de la machine mnémonique Goa'uld . Les Tok'ras testent alors les autres membres du SGC pour detecter les éventuels victimes de cette manipulation.

Le SGC est pris dans une anomalie temporelle, mais seulement Jack et Teal'c s'en rende compte. Ils essayent de convaincre les autres qu'ils revivent constamment les mêmes six heures encore et encore et qu'ils doivent brisés la boucle.

Les Russes ont trouvés une Porte des étoiles au fond de l'océan. Mais lorsqu'une scientifique Russe contacte le SGC pour de l'aide, Sg-1 part à la découverte d'une base militaire et vers un mystère déconcertant.

Pendant une expédition archéologique sur un monde extraterrestre, Daniel Jackson est enlevé et capturé par un Unas et doit utiliser ses nombreux talents pour pouvoir survivre. Le reste de Sg-1 part à sa recherche, mais ils rencontrent assez vite un lot de problèmes.

Sg-1 est pris dans un conflit entre deux civilisations qui essayent de coloniser la même planète. Sg-1 étudie la situation et découvre que le vaisseau extraterrestre est entrain de terraformer la planète pour une autre sorte de vie différente de la physiologie humaine.

Après avoir visiter un monde qui traverse une ère glacière, la mémoire des membres de SG-1 est effacé par les autorités de la planète. Ils sont par la suite forcés de travailler dans un usine souterraine, sous des nouvelles identités qui ont été créées par les autorités de la planète.

Sg-1 rencontre un homme qui aurait entendu des rumeurs à propos de la Porte des étoiles. En plus de cela, il pense qu'il est un extraterrestre et clame avoir des vagues souvenirs de sa vie d'extraterrestre. Sg-1 s'en va au Montana pour enquêter sur cette possible menace

Utilisant deux Planeurs de la Mort Goa'ulds, les scientifiques de la zone 51 ont créés un vaisseau hybride contenant de la technologique humaine et Goa'uld. O'neill et Teal'c font passés une série de test au nouveau vaisseau lorsque qu'ils sont rapidement entraînés dans l'espace.

Un professeur d'archéologie découvre l'existence d'un symbiote Goa qui contient le coeur momifié d'un pharaon ayant vécu il y a plus de trois mille ans. Mais il meurt dans une explosion...

A la suite de nombreux massacres, certains survivants annoncent qu'ils sont prêts à se rebeller contre Apophis et son armée. En rendant visite à Chulak, dans l'espoir d'organiser une rebellion, Teal'c est fait prisonnier par les Goa'uld. Pendant ce temps, à Cheyenne Mountain, le SG-C intercepte une conversation entre Apophis et Heru'ur : il y est question d'une alliance secrète pour anéantir les Goa'uld...

Le commandant Hammond annonce brusquement sa démission. Son remplaçant est le major général Bauer, venu du Pentagone. Ce dernier a de nouveaux projets, notamment l'élaboration d'une nouvelle arme nucléaire...

Dix ans ont passé. Les Aschen, une race extraterrestre très avancée, a finalement réussi à vaincre les Goa-uld. Mais l'équipe du SG-1, aujourd'hui dissoute, découvre l'existence d'un terrible complot...

Un mystérieux garçon nommé Shifus transmet sa mémoire génétique à l'archéologue Daniel Jackson. Ce dernier parvient à déchiffrer les données top-secrètes d'un satellite révolutionnaire...

Le lieutenant Barber de SG-5 se suicide en se jetant dans le vortex. Pendant qu'ils enquêtent sur la cause de son suicide, Sg-1 arrive sur une planète où ils trouvent un "centre de villégiature" Goa'uld où ils deviennent hypnotisés par une magnifique et mortelle lumière.

Carter essaie de motiver une brillante, mais rebelle étudiante en l'emmenant à travers la Porte des étoiles. Mais cette promenade devient mortelle lorsqu'ils sont attaqués par des êtres de pure énergie. O'neill ordonne l'évacuation, mais les entités leur bloque le chemin.

Le SGC contacte un monde qui fut découvert grâce au savoir des anciens et envoie une sonde par la Porte. Un virus extraterrestre infiltre les ordinateurs du SGC et ramasse des informations. Croyant le virus détruit, ils découvrent qu'il c'est réfugié dans le corps de Carter.

Les membres de SG-1 rencontre le maître Goa'uld Chronos pendant qu'ils essaient de réparer une erreur qu'ils auraient faite lors d'une mission précédente. Ils affrontent Chronos avec l'aide provenant d'une source inattendue.

Pendant que SG-1 aide les Tok'ras à déménager vers une nouvelle base, un espion révèle leur position à Apophis. L'équipe monte alors un plan ingénieux pour anéantir la flotte de vaisseau Goa'uld, mais l'espion réussi à s'échapper, mettant alors leur plan en danger.

Après avoir détruit la flotte d'Apophis en créant une supernova, SG-1 et Jacob Carter passent en hyper-espace à bord du vaisseau mère de Cronos mais les choses ne se passent pas aussi bien que prévu car la déflagration interfère sur le passage en hyper-espace et les emmène dans une galaxie inconnue. Pour ne rien arranger, le vaisseau mère d'Apophis les a suivis et une armée de Réplicateurs rôde dans les parages.

Depuis son lavage de cerveau, Teal'c reste psychologiquement loyal envers son ancien Maître, Apophis. Bra'tac suggère de pratiquer un ancien rite Jaffa appelé M'al Sharran afin de ramener Teal'c des abysses. Mais ce rite pourrait aussi le tuer puisqu'il demande de retirer le symbiote de son hôte. Ce processus n'est pas sans rappeler l'afflux des souvenirs d'une vie vécue lorsque l'on frôle la mort.

Après avoir examiné un appareil extraterrestre sur une autre planète, Carter tombe inconsciente. De retour sur Terre, un être invisible lui rend visite chez elle. Cet être, nommé Orlin, appartient à une espèce similaire à celle d'Oma Desala. Il détient des secrets concernant l'appareil mais il choisit de rester invisible aux yeux des autres humains. Nombre de personnes pensent alors que Carter a gagné le droit à une évaluation psychiatrique gratuite.

O'Neill reste sur un monde extraterrestre pour secourir le lieutenant Tyler, le récent nouveau membre de SG-1. Sur Terre, Hammond informe l'équipe que Tyler n'existe pas !

En traversant la Porte des Étoiles vers une planète protégée par les Asgards, le vortex entraîne avec lui du plutonium qui se perd dans le soleil de cette planète. La réaction nucléaire se trouve modifiée et ce monde est condamné à une mort certaine à moins que les Asgards n'acceptent d'intervenir ou que SG-1 parvienne à réparer les dégâts lui même en envoyant un élément super lourd dans ce soleil.

Lorsque Cassandra, maintenant âgée de 16 ans, tombe soudainement malade et devient capable d'utiliser la télékinésie, SG-1 retourne vers Hanka, son monde natal, en essayant de trouver quelque chose qui pourrait l'aider. En effet, le rétrovirus qu'elle a contracté semble issu d'une expérience menée par la Goa'uld Nirrti.

Après avoir quitté l'Unas que Daniel avait baptisé Chaka (voir l'épisode 8 de la saison 4), du matériel de surveillance est laissé sur place pour observer comment évoluent les Unas primitifs. Cependant, les vidéos indiquent que les habitants d'une autre planète auraient capturé Chaka afin de l'utiliser comme esclave. SG-1 compte se rendre sur la planète des ravisseurs pour libérer Chaka.

Sur P2X-338, SG-1 fait équipe avec une escouade de la Porte des Étoiles russe pour rechercher des soldats perdus dans une mystérieuse ziggurat datant de plusieurs milliers d'années. Cette dernière serait le tombeau du Goa'uld Marduk de l'ancienne Babylone. Des tensions vont apparaître entre O'Neill et le chef de l'équipe Russe qui n'ont pas la même approche pour les missions.

Mystérieusement, les Tollans changent d'avis et proposent aux Terriens de leur fournir un canon à ion pour assurer la défense de leur planète. Ce revirement semble louche et il pourrait bien y avoir anguille sous roche.

La rencontre avec les Aschen n'a jamais eu lieu depuis que SG-1 est parvenu à envoyer un message à travers la Porte des Étoiles lors d'une éruption solaire afin de remonter le temps (lors de l'épisode 16 de la saison 4) et plus précisément juste avant qu'ils n'explorent leur planète. Hélas, le message d'avertissement est parvenu sans aucune autre explication et le SGC de notre époque, ignorant que les Aschen constituent une menace, a juste retiré leur planète de la liste des planètes à explorer. SG-1 refera-t-il ma même erreur ou se rendra-t-il compte plus vite du danger que représente les Aschen ?

Après l'enlèvement de Carter, le Colonel O'Neill est forcé de faire à nouveau équipe avec le Colonel Maybourne car toutes les preuves pointent vers le N.I.D.

Lorsque Martin Lloyd est engagé pour diriger un studio de télévision tournant une série télévisée avec un scénario ressemblant suspicieusement à celui de Stargate SG-1, O'Neill est chargé de s'assurer que la sécurité du programme Porte des Étoiles n'est pas compromise.

La session d'entraînement de O'Neill avec de jeunes cadets de l'Air Force, postulants aux nouvelles équipes SG, est brutalement interrompue lorsque O'Neill apprend qu'il y a en ce moment une invasion extraterrestre au SGC.

Après avoir abattu l'Al'kesh de Tannith, Teal'c franchit la Porte des Étoiles mais il demeure prisonnier dans la mémoire tampon du système. En effet, le crash de l'appareil a interrompu le vortex empêchant la rematérialisation de Teal'c. Le Docteur McKay fait son apparition dans la série en planchant avec Carter sur le moyen d'extraire Teal'c de sa prison. Pendant ce temps, O'Neill va devoir refaire équipe avec Maybourne afin d'extorquer des informations concernant les protocoles de la Porte au Goa'uld captif du N.I.D. ; enfin, Daniel demande l'aide de la Russie pour récupérer leur DHD avant que la mémoire tampon ne soit effacée lors de l'ouverture du prochain vortex.

Daniel Jackson est recruté par la Tok'ra pour aller clandestinement à une rencontre secrète entre les Grands Maîtres Goa'uld. Sa mission consiste à profiter de l'occasion pour répandre un gaz qui tuera tous les symbiotes, ce qui sonnera le glas des Grands Maîtres Goa'uld.

Alors que la base Tok’ra a été détruite par les troupes de Lord Zipacna - étant lui même au service d'Anubis - Daniel cherche à quitter le Sommet des Grands Maîtres Goa'uld puisque l'ennemi le plus redoutable de la Terre ne se trouve pas sur place. En effet, Anubis a préféré se faire représenter par Osiris - la Goa'uld qui s'est échappée de la jarre lors de l' épisode 13 de la saison 4 - et exige sa réintégration au sein des Grands Maîtres.

Un astronome amateur observe grâce à son télescope qu'un astéroïde gigantesque est en train de se rapprocher de la Terre. Il avertit immédiatement les autorités puis l'Air Force arrive et confie ses informations au SGC. D'après les calculs de Carter, l'impact aura lieu dans 11 jours et ce sera la fin de l'humanité telle que nous la connaissons. Grâce à la Porte des Étoiles, ils ont maintenant la possibilité de l'empêcher en contactant leurs alliés. Cependant, les Asgards rétorquent qu'il ne peuvent intervenir car cela violerait le traité de non agression signé avec les Goa'uld qui les empêche d'intervenir pour éviter un accident naturel. la seule solution consiste alors à réparer le Tel'tac s'étant écrasé sur Revanna afin de l'utiliser pour aller sur l'astéroïde et le faire exploser avant qu'il n'entre en collision avec la Terre.

Katano - ancien Prima du Goa'uld Imhotep, qu'il a vaincu - tente de rallier son peuple dans la lutte contre les Goa'uld. Avec l'appui des Jaffa, il essaye de forger une alliance avec la Terre.

Sur une planète sans aucun habitant, SG-1 rencontre Reese, un robot désactivé ressemblant à s'y méprendre à une jeune femme. SG-1 décide de l'emporter sur Terre afin de l'étudier.

Durant les activités illicites du N.I.D. (deux ans auparavant), un moyen de défense surpuissant nommé la Sentinelle a été mis hors service sur une autre planète, la rendant vulnérable aux attaques ennemies. SG-1 est envoyé pour le réparer à présent que les Goa'uld ont eu vent de la panne.

Alors qu'une erreur de manipulation conduit du Naquadria à émettre des doses mortelles de radiation, Daniel n'écoute que son courage pour arrêter la réaction et sauver des millions de vie. Cependant, les doses de radiation auxquelles il a été exposé sont irrémédiables...

Osiris attaque délibérément une planète protégée par les Asgards afin de tester les nouveaux boucliers des vaisseaux offerts par Anubis. Thor intervient et fait feu sans résultat sur le vaisseau mère d'Osiris. En revanche, le Beliskner est abattu par les forces d'Osiris et Thor fait prisonnier. SG-1 est contacté par les Asgards afin de secourir Heimdall, une scientifique Asgard faisant des recherches cruciales sur la survie des Asgards dans le laboratoire de la planète attaquée par Osiris. SG-1 compte également en profiter pour libérer Thor des griffes d'Osiris.

Brat'ac avertit Teal'c du décès de sa femme. Le veuf se rend sur Shulak pour assister aux funérailles. Il y retrouve son fils, Rya'c, qui l'accuse d'être responsable de la mort de sa mère. Le garçon veut une preuve tangible que les Goa'uld peuvent être anéantis. Le SG-C est alors attaqué par Anubis. Celui-ci veut faire exploser la fameuse Porte des Etoiles...

Le compte à rebours avant la destruction de la Porte des Etoiles et de la Terre a commencé. Les efforts déployés pour déjouer le plan d'Anubis semblent vains. Tandis que Carter cherche désespérément une solution, Teal'c et Brata'c décident d'une ultime mission pour essayer de sauver la planète. Ils partent dans le but de localiser le mécanisme qui doit activer la désintégration de la Porte...

Un vaisseau abandonné des Goa'uld se trouve près de l'atmosphère terrestre. L'équipe SG est envoyée pour l'inspecter, accompagnée de Jacob Carter. Il s'agit de l'engin spatial où Thor avait été retenu prisonnier par Anubis...

Un corps, prisonnier des glaces, est mis au jour à proximité de la Porte des Etoiles, dans l'Antarctique. L'équipe du SG-1 se rend sur place. Il s'agit d'une jeune femme, qu'ils baptisent Ayiana. Une fois réchauffée, sa dépouille semble étonnamment intacte. Et, de fait, Ayiana se réveille, apparemment en bonne santé, comme si elle s'était régénérée ! Les scientifiques voient leur théorie sur l'évolution voler en éclats. La «ressuscitée» appartiendrait à la race qui a créé la Porte, dont le stade d'évolution est beaucoup plus avancé que celui de l'espèce humaine...

L'équipe du SG-1 recherche un scientifique qui avait pris contact avec Carter avant de disparaître mystérieusement. Il travaillait pour un laboratoire de biotechnologie qui a procédé à des expériences génétiques. Mais le clonage d'une larve Goa'uld a dégénéré...

O'Neill se retrouve prisonnier d'un seigneur Goa'uld, Baal. Son symbiote, Kanan, a quitté son corps, préférant mourir plutôt que de se laisser capturer. Baal torture O'Neill pour qu'il lui donne les informations en possession de Kanan. A chaque fois que le colonel refuse de parler, son geôlier le tue avant de la ranimer grâce à un sarcophage...

La planète de Jonas est au coeur d'un conflit qui implique trois grandes nations. Une délégation, composée entre autres de scientifiques, se rend sur la Terre pour obtenir un soutien. Ils ont besoin de matériel militaire et proposent de l'échanger avec du Naquadria, un matériau très proche du Naquada...

Partie en mission d'exploration des ruines, l'équipe SG-1 est capturée par des Jaffas. L'un des scientifiques qu'elle était censée escorter suit le groupe à bonne distance pour tenter de leur porter secours. Il décide de monter avec l'un de ses confrères à bord d'un vaisseau mère Goa'uld, faisant fi des ordres formels d'O'Neill...

Les relations entre Jaffas, Tok'ras et plusieurs équipes SG deviennent electriques lorsqu'un mystérieux agresseur les prend pour cible sur le site Alpha du SGC, la colonie spatiale terrienne où ils cohabitent. Lorsque des meurtres sont commis dans leurs camps respectifs, ils commencent à s'accuser mutuellement...

Le SG-1 établit des contacts avec un peuple pacifiste dont l'évolution technologique est proche de celle de la Terre. Les relations, d'abord diplomatiques, deviennent rapidement commerciales. L'équipe se livre au troc : elle propose un vaccin universel contre les coordonnées de la planète d'origine des Goa'ulds...

Une journaliste menace de rendre public un projet militaire classé top secret et baptisé Prometheus. Afin de la dissuader de divulguer ses informations, le SGC lui fait faire une visite guidée du X303. Mais l'équipe découvre bientôt que cette femme n'est qu'un pion...

Les Asgards réclament de l'aide à SG-1 pour repousser de leur planète une invasion des Réplicateurs. Ils expliquent à O'Neill que le vaisseau de l'équipe leur est indispensable pour parvenir jusqu'à une machine assez puissante pour neutraliser les envahisseurs. Encore faut-il réussir à l'activer...

Des civils parviennent à voir des espèces d'insectes inoffensifs présents depuis toujours sur Terre mais vivant sur un plan astral différent, en principe supposé invisible par les humains. SG-1 doit trouver un moyen de stopper ce phénomène afin d'éviter un mouvement de panique. En allant pêcher, O'Neil accélère pourtant le processus... Sam et Jonas décident une mise en quarantaine, mais un militaire, vétéran de la guerre du Golfe, parvient à s'échapper...

Le sénateur Kinsey, un vieil ami de l'équipe du SG-1, est assassiné. Les images enregistrées à partir d'une caméra de surveillance et l'arme du crime découverte dans un lac près du lieu où il était censé pêcher désignent Jack O'Neil comme le suspect numéro un. L'enquête, menée par Samantha et l'agent Barrett, démontre qu'il s'agit d'une conspiration fomentée par un groupe d'hommes d'affaires...

Maybourne contacte le colonel O'Neill afin de lui proposer un marché. S'il obtient une grâce présidentielle pour son accusation de trahison, il s'engage à lui indiquer l'accès à la planète que Simmons souhaitait atteindre...

L'équipe du SG-1 doit, à nouveau, affronter la terrible Nirrti. Les Russes ont introduit dans la base un Oktar qui implore leur aide : Nirrti a emprisonné ses compatriotes malades dans une forteresse et les utilise comme cobayes. Elle a inventé une machine qui modifierait l'ADN dans le but de créer une race humaine supérieure. A peine Oktar leur a-t-il exposé la situation qu'il meurt, victime d'une explosion cellulaire commandée à distance par Nirrti. Le général Hammond dépêche sur les lieux l'équipe du SG-1, mais celle-ci se heurte rapidement à l'aveuglement des Oktars, qui voient en Nirrti une déesse vénérée...

Au cours d'une réunion secrète au Pentagone, les Etats-Unis et la Russie révèlent l'existence du SGC au Royaume-Uni, à la Chine et à la France. Pendant que le major Davis s'entretient avec les ambassadeurs, le sénateur Kinsey veille au bon déroulement des négociations. En effet, les pays en présence ne sont pas enthousiastes à l'idée que le SG demeure sous la coupe des Etats-Unis...

Les membres du SG-1 arrivent sur une nouvelle planète où ils rencontrent des humains issus d'une colonie de Celtes. Ces derniers sont apparemment attaqués sans raison par une race d'extra-terrestres inconnue. Carter tente de réparer leur vaisseau, le Ceberus, qui s'est crashé. Jack et Teal'C découvrent que leur bâtiment est une prison. Ils entrent également en contact avec l'un des extra-terrestres qui prétend être...le capitaine du Ceberus...

Teal'C ne parvient plus à distinguer le réel du surnaturel. Il fait des rêves dans lesquels il se prépare à faire don d'un de ses reins. Pris de visions, il croit apercevoir le Dr Daniel Jackson et Apophis...

A bord du Prométhée pour un vol d'essai, l'équipe du SG-1 doit atterrir d'urgence sur une planète inexplorée. Ils font la connaissance des habitants, les Tagreans, qui semblent avoir oublié qu'ils ont possédé autrefois un Stargate. Jonas et Teal'C découvrent que la planète a été réduite en esclavage par Horus et tentent de localiser l'endroit où le vaisseau a été enfoui. Mais, Calfas, le commandant de l'armée des Tagreans, les fait prisonniers...

L'équipe SG-1 débarque sur une planète dont les habitants vivent depuis des décennies sous le joug du seigneur Mot. Ce dernier oblige la population à extraire du Naquadah afin de l'offrir à leur divinité, Baal. Les autochtones voient dans l'arrivée du colonel O'Neill et de ses amis la réalisation d'une prophétie ancestrale : les étrangers viennent les libérer de la tyrannie...

Les troupes d'Anubis s'apprêtent à débarquer sur la planète Abydos. La résistance s'organise grâce à Daniel Jackson dont l'esprit se matérialise auprès d'O'Neill. Il le prévient : si Anubis met la main sur la pierre « l'oeil de Râ», dissimulée dans une pyramide, il disposera de toutes les pièces lui permettant d'être invincible. Une fois sur place, Jonas, Carter et O'Neill fouillent la pyramide pendant que Teal'C tente de retenir les Jaffas qui viennent d'atterrir. L'équipe SG-1 s'empare de « l'oeil de Râ» avant d'être prise au piège : la Porte des Etoiles est condamnée...

Apres les découvertes de Jonas Quinn qui pense avoir localisé la Cité Perdue des Anciens, SG-1 part explorer cette planète. Sur place, SG-1 y trouve Daniel Jackson, amnésique, découvert il y a peu par les habitants de la planète... Pendant ce temps, Anubis devient de plus en plus puissant. Jonas, Daniel et Carter élaborent un plan pour affaiblir Anubis en détruisant son arme. Teal'c, lui, est chargé d'aller chercher le soutien du seigneur Yu pour mener à bien l'attaque...

La mission pour détruire l'arme d'Anubis fut un succès, mais Daniel, qui échappe encore aux gardes, et Jonas, lui emprisonné, sont toujours à bord du vaisseau d'Anubis, tandis que Teal'c est toujours le prisonnier de Yu... Anubis a implanté une sonde mentale à Jonas, et a ainsi pris connaissance de son monde, Kelowna, et du Naquadria. Il entreprend alors de s'y attaquer pour récolter la précieuse source d'énergie afin de réparer l'arme de son vaisseau. Les Kelowniens requièrent alors l'aide de la Terre, pendant que Teal'c tente de convaincre le prima de Yu...

Un adolescent a tenté de pénétrer dans le SG-C avec la carte d'accès du Colonel O'Neill. Il est arrêté par la sécurité, et lors de l'interrogatoire, il prétend être Jack O'Neill. Il se serait réveillé avec 30 ans de moins.Pour convaincre le Général Hammond et les autres, il leur donne des détails concernant le projet Stargate et les précédentes missions qu'ils ont faites. Quand le docteur Fraiser examine l'ADN du jeune O'Neil, elle fait une découverte étonnante...

Teal'c est blessé lors d'une mission, et sa convalescence le fait douter sur ses qualités de guerrier. Daniel, qui ne se souvient toujours pas de ce qu'il a vécu après son ascension, parvient à se rappeler d'une planète et découvre dans sa vision Rya'c, le fils de Teal'c et Bra'tac, tous deux prisonniers... Le SG-C sollicite l'aide de Rak'nor qui, avec les descriptions de la planète faites par Daniel, affirme qu'il s'agit de la planète Erebus, où les prisonniers jaffas travaillent jusqu'à la mort...

SG-1 explore une planète où la poulation s'est réfugiée sous un dôme pour échapper à l'atmosphère toxique. Un ordinateur central contrôle toute la ville, et les habitants y sont reliés par un implant afin de consulter diverses informations. Mais l'équipe se rend vite compte du comportement parfois étrange des habitants, sujets à d'étonnants trous de mémoire...

Sur la planète où ils viennent d'arriver, SG-1 explore un vaisseau qui semble s'être écrasé. A l'intérieur, ils y découvrent des centaines de personnes conservées dans un sommeil cryogénique. O'Neill ordonne de faire le décompte des individus endormis. C'est alors que SG-1 est frappé par une arme inconnue. Teal'c reprend connaissance en premier et part chercher les autres. Il retrouve Carter et O'Neill encore inconscients, seul Daniel est reveillé, mais il ne sait plus où il est ni qui il est...

Des troupes de la Terre effectuent des relevés sur une planète afin de déterminer une possible exploitation de Naquadah. Un jour, un des officiers qui faisait un relevé loin du camp de base est tué par une créature. SG-1 est appelé en renfort. Très vite, le Dr Jackson détermine qu'il s'agit de Unas, et que les humains ont probablement profané un territoire interdit. Le gisement de Naquadah étant important, il décide faire appel à Chaka, un Unas avec qui il a sympathisé dans le passé, pour l'aider à traiter pacifiquement avec les autres Unas...

Warrick, un alien que SG-1 avait sauvé d'une planète où son vaisseau s'était crashé, vient demander l'aide du Major Carter. Il a besoin d'elle pour améliorer les capacités de son vaisseau pour participer à une course spatiale où le gagnant décroche un important contrat. En échange, il est prêt à partager la technologie de son monde avec la Terre. Mais il est question de plus qu'une simple course...

Felger, un scientifique qui travaille au SG-C, dont les recherches n'ont que peu de résultat, a créé un virus informatique. Le but du virus est de désactiver une porte pour la rendre inutilisable. Carter est désignée pour l'assister dans ce projet. La planète d'où Ba'al extrait son naquadah est choisie pour tester le virus. Mais peu après, toutes les portes deviennent inutilisables les unes après les autres...

Tombée dans une embuscade, l'équipe de SG-1 est sauvée par un groupe de guerrières Jaffas. Ces dernières leur demandent ensuite de les suivre en leur réclamant de l'aide. En effet, ces femmes sont dépendantes des symbiotes et souhaiterait le soutien de la Terre pour en obtenir. SG-1 leur propose alors un substitut : la Tretonine...

Bra'tac et Teal'c arrivent sur les lieux d'une rencontre entre deux seigneurs Goa'uld mineurs, où tous les Jaffas ont été tués, par un seul super soldat dont l'armure l'a protégé de toutes les attaques. Par chance, Teal'c parvient à le vaincre. Le SG-C appelle alors la Tok'ra et ils décident d'élaborer un plan pour capturer un de ces soldats, pendant que le Dr Jackson part en Amérique du Sud à la recherche d'une technologie des Anciens, à l'origine du mythe de la source de jouvence, en espérant pouvoir s'en servir pour mettre au point une arme contre ces soldats...

Daniel est toujours prisonnier des rebelles, et le Colonel O'Neill est envoyé sur place pour le secourir. Pendant ce temps, après avoir appris du soldat capturé sa planète d'origine, le SG-C avec la Tok'ra met au point un plan pour s'introduire dans la planète et en apprendre plus sur les intentions d'Anubis avec ses soldats...

Carter doit profiter d'une mission du Prometheus pour observer un nuage spatial. C'est alors qu'un vaisseau alien non identifié attaque. Dans la fuite et sous les tirs du vaisseau, Carter perd connaissance. A son réveil, le Prometheus est bloqué dans le nuage, tout l'équipage a disparu, et elle est victime d'hallucinations...

Les Kelowniens, par l'intermédiaire de Jonas Quinn, demandent l'aide du SG-C. Leurs récentes recherches leur ont appris que le précieux minerai était à l'origine du Naquadah ayant subi une transformation. Un profond gisement de Naquadria a été découvert sur Kelowna, mais à cause du processus de transformation, la chaleur et la pression augmentent, et l'instabilité du Naquadria pourrait entraîner une explosion pouvant détruire Kelowna...

Carter a une relation avec un policier que lui a présenté son frère, mais doit bien entendu lui cacher la vérité sur son travail. Jackson, quant à lui, fait depuis peu des rêves dans lesquels il voit Sarah, dont Osiris a pris possession. Durant ces rêves, il se voit quelques années auparavant, travailler avec Sarah. Mais curieusement, celle-ci va lui amener une tablette à étudier, qui parle de la Cité Perdue...

Le Major Carter et son père sont sur le nouveau site Alpha et travaillent sur le développement d'une nouvelle arme pour combattre les supers soldats d'Anubis. Mais ce dernier a découvert la base et a lancé une attaque. L'ordre d'évacuation est donné mais des soldats manquent à l'appel, notamment Carter...

Le Président a ordonné qu'un documentaire soit tourné sur travail effectué par le SG-C. Le Général Hammond est le premier réticent quant à cette initiative mais doit s'y plier. Pendant ce temps, les missions d'exploration continuent. Une équipe SG trouve des ruines d'une cité vraisemblablement construite par les Anciens, mais tombe alors nez-à-nez avec une sonde Goa'uld...

L'équipe de tournage continue de faire son reportage sur les activités du SG-C. Pendant ce temps, les renforts sont arrivés sur la planète où une équipe SG a rencontré une sonde Goa'uld et les combats sont rudes contre les Jaffas en présence. Dans la bataille, O'Neill est touché ainsi que plusieurs autres soldats...

L'agent Barrett fait appel à SG-1 pour enquêter sur les lieux d'un laboratoire secret du NID où 32 personnes ont été retrouvées mortes, à l'exception d'une jeune femme et un chercheur d'origine nazi... En explorant les lieux, Daniel et Teal'c reconnaissent des artefacts Goa'uld appartenant à une certaine Sekhmet, tandis l'agent Barrett montre au Major Carter des foetus partiellement développés...

Un nouveau président des Etats-Unis a été élu. Lors de son premier jour de présidence, le chef d'état major l'informe de l'existence de SGC. Kinsey, le vice-président, ne lui avait encore pas parlé de la porte des étoiles, et tente alors, avec l'appui de Woolsey (qui avait enquêté lors de la mort du Dr Fraiser) de convaincre le Président de l'inaptitude de Hammond et de SG-1 à gérer le SGC...

Daniel a traduit des informations indiquant qu'un dépôt du savoir des Anciens serait présent sur une autre planète. SG-1 s'y rend, mais Anubis attaque alors la planète, O'Neill n'ayant plus d'autre choix, active la borne et télécharge les informations dans son esprit. Pendant ce temps, Hammond a été relevé de ses fonctions et c'est le docteur Elisabeth Weir qui le remplace à la tête du SG-C...

Alors que le vaisseau d'Anubis est en orbite autour de la Terre, O'Neill voit ses connaissances se développer peu à peu depuis qu'il a utilisé le dépôt du savoir des Anciens. Il parvient à localiser une planète où se trouverait peut-être la Cité Perdue, mais les coordonnées de cette planète indiquent que la porte de celle-ci serait enterrée. SG-1 part néanmoins sur place avec un vaisseau cargo que Teal'c et Bra'tac se sont procuré...

Docteur en sciences politiques et expert en négociations internationales, Elisabeth Weir a remplacé le général Hammond à la tête du programme Porte des Etoiles. Alors que les activités de la base en antarctique sontmomentanément suspendues, elle convient de la nécessité d'envoyer Sam et Teal'c requérir l'aide des Asgards ; seule solution pour libérer le colonel O'Neal, tenu en état de stase depuis l'éclaboussante victoire des terriens sur l'armée d'Anubis anéantie. Au même instant, le Haut Conseil des grands maîtres délègue trois émissaires au prétexte de négocier un traité d'alliance contre Ba'al. Celui-ci, profitant de la disparition d'Anubis a annexé ses guerriers drones et représente un danger pour tous...

Les grands maîtres Goa'uld sont faits prisonniers. Thor et Teal'c apprennent que tous les Réplicateurs n'ont pas été détruits et qu'ils commencent à prendre le contrôle de la nouvelle planète des Asgards, Orilla, sur laquelle ils tentaient de reconstruire leur civilisation.

Le SGC a aidé le pilote d'une base russe en orbite, Constantinov, à éviter les débris d'une explosion où la liaison avait été mystérieusement interrompue par une intrusion extra-terrestre. Plus tard, le général O'Neil refuse formellement d'intégrer le colonel Alexi Vaselov, dont les états de service dans l'Armée de l'Air sont pourtant irréprochables. En se plaignant du refus catégorique d'O'Neil auprès de Daniel, Vaselov est victime d'un malaise. Les médecins décèlent un virus dangereusement contagieux, dont Constantinov, ami du colonel, est récemment décédé. O'Neil met le vaisseau en quarantaine car Daniel présente des signes violents de contamination qu'il attribue à Anubis...

Depuis 5 jours qu'il est au commande du SGC, le général Jack O'Neil doit faire face à de multiples épreuves. Premièrement, la croissance exponentielle d'une plante alien rapportée d'une mission. Deuxièmement, la capture de Sam, Daniel et Teal'c par des rebelles Jaffa. Enfin, l'organisation de négociations entre émissaires de l'Alliance puis l'arrivée d'un traitre nommé assistant administratif d'O'Neil, Marc O'Neil. Un générateur datant des Anciens pourrait débloquer une situation apparemment sans issue...

Faisant irruption par une porte des étoile en territoire Calédonien, historiquement divisé entre le Protectorat de Traïdan et la Fédération, le terriens provoquent malgré eux une guerre civile dans laquelle Daniel s'investit pleinement par acquis de conscience. Les troupes du commandeur Gareth qui le protège, sont littéralement anéanties par celles de Soren, le gourou d'une secte de la Fédération qui brigue la régence du territoire calédonien, qu'il rebaptise d'un nom Goa'uld, Avidan. Jack tente alors de négocier avec Soren...

Le SGC teste une nouvelle technologie basée sur les "chaises". Celles-ci vont servir à entraîner les soldats terriens à l'aide d'une simulation ultra-réaliste: Teal'c accepte de se connecter à la machine pour que le programme s'adapte à ses connaissances de l'ennemi afin de rendre le tout plus crédible. Teal'c doit ainsi stopper des super soldats infiltrés dans le SGC mais très vite tout se complique : le programme se perfectionne tellement que Teal'c se fait toujours tuer ou ne parvient pas à empêcher la destruction de la base... et même l'issue de secours prévue ne fonctionne pas !

Teal'c a obtenu l'autorisation de s'installer dans un appartement à l'extérieur de la Base. Malheureusement, le valeureux guerrier Jaffa a du mal à passer inaperçu au milieu des humains et inquiète sérieusement les autorités supérieures. Notamment après avoir fait la connaissance de sa charmante voisine, Krista James, il disparaît avec la jeune femme en laissant le cadavre de son petit-ami derrière-eux. Un mandat d'arrêt est lancé contre lui. Pendant ce temps, Pete Shanahan demande Samantha en fiançailles. Mais à la grande joie dissimulée de O'Neill, cette dernière n'est pas prête à mettre sa carrière entre parenthèse...

Au siège de sa compagnie, Alec Colson, un homme d'affaires reconnu, s'apprête à faire une énorme révélation devant la presse. Son second, Brian, essaye de l'en dissuader, mais Alec pense que tout le monde a le droit de savoir ce que le gouvernement cache. Dans la salle de conférence, Alec salue quelques journalistes, puis monte à la tribune. Il affirme avoir la preuve, qu'il y a 5 mois, la Terre à été attaquée par des extraterrestres. Daniel assiste, avec le Lieutenant Colonel Carter, à la scène depuis son laboratoire. Colson donne 24 heures aux gouvernements concernés par l'affaire pour confirmer cette thèse. Dans la négative, il révélera ses preuves...

Teal'c est courroucé par l'annonce du mariage de son fils Rya'c avec Kar'yn, une Jaffa originaire de la planète Haktyl. Selon lui, cet événement compromet sa carrière de guerrier. Menacée par une attaque de l'armée de Moloc, la base secrète d'Haktyl avec Ishta à sa tête, est soudainement évacuée vers le SG1 en attendant de trouver une planète viable...

Au SGC, le Sergent Davis et un de ses collègues sont de garde. L'un d'eux s'ennuie car il ne se passe pas grand-chose à la base. Davis lui dit qu'une équipe peut arriver à tout moment, et par conséquent qu'ils doivent se tenir prêts. Ils se lèvent pour aller boire du café, quand soudain un flash blanc remplit la salle d'embarquement : la Porte des Etoiles a disparu... Cette disparition permet à SG-1 de découvrir que "Le Trust" possède un vaisseau spatial en orbite autour de la Terre. Pendant ce temps, Teal'c enquête sur la mort de milliers de Jaffas...

Le SGC reçoit un code d'identification à la base. Il s'agit de celui de O'Neal, pourtant présente sur la base. Le signal date de quatre mois et le message contenu demande d'envoyer un MALP. L'engin envoyé détecte une présence : c'est Carter. Ou plutôt, le réplicateur créé à son image par Numéro Cinq, qui veut avertir la Terre d'une invasion imminente et surtout solliciter l'équipe pour la détruite avec le disrupteur. Malgré l'opposition de O'Neal à la venue du réplicateur jugée trop dangereuse, Samantha insiste pour converser avec son double. Elle soupçonne une affaire personnelle et tient à éclaircir le sujet. La base est évacuée pour recevoir la réplicante. Cette dernière explique comment elle a été programmée à tuer et comment elle possède les souvenirs de Samantha. En dépit de sa réticence à trahir les siens, la réplicante aide l'équipage à modifier le disrupteur pour contrer l'attaque imminente de Numéro Cinq. Seulement, la créature est toujours en contact avec son mentor...

Malgré le refus catégorique de O'Neal, Daniel embarque à bord du Prométhée sur les ordres du Général, déterminé à partir à la recherche de la mission Atlantis. Au cours du voyage, il croise un Alkesh Goa'uld abandonné et intercepte un message de détresse d'une femme provenant du navire à bord duquel un terrible affrontement avec les Jaffa a fait rage...

La guerre entre les Goa'uls pousse certains d'entre eux à se réfugier sur les planètes isolées. Malheureusement, celle choisie par le Grand-Maître Ares est aussi celle où la Tok'ra a déposé Harry Maybourne, devenu roi de la contrée en utilisant le savoir des anciens. Ces connaissances lui ont notamment donné accès à la technologie pour voyager à travers le temps. SG1 est chargé de le rapatrier...

En rentrant chez lui, Jack découvre Robert Kinsey, le diplomate déchu, venu le solliciter pour sauver les Etats-Unis d'un complot organisé par la confrérie du NID. Cette organisation terroriste l'a contacté pour rencontrer le ministre de la Défense russe. Le SGC décide d'utiliser Kinsey pour espionner le NID. Mais le jour du rendez-vous, Kinsey et le NID échappent à la vigilance de l'équipe. Daniel est alors envoyé en Russie pour prévenir le ministre du danger, mais en route, il est intercepté par l'armée soviétique qui le soumet à un test sanguin. Il apprend que Kinsey a tenté d'assassiner le ministre et que ce traitre est devenu l'hôte d'un symbiote Goa'uld. Par conséquent, les Russes craignent que le gouvernement américain soit infiltré par l'ennemi, et ils décrètent l'état d'alerte maximum...

Dans une brocante avec sa femme Charlène, Joe Spencer met la main sur une pierre noire d'Egypte au contact de laquelle Joe vit par procuration les aventures du SGC. Durant sept ans, Joe, un modeste coiffeur de l'Indiana, va conter ses visions et passionner l'auditoire de son salon. Sur les conseils de sa femme, il envoie ses scripts dans l'espoir d'être publié, sans succès. A force de consulter la pierre, ce citoyen lambda dont la vie a été profondément bouleversée par ces visions, s'éloigne de la réalité ; son commerce coule et sa femme demande le divorce. Au bord du gouffre, Joe s'enquiert de vérifier l'existence du colonel O'Neil et de la mission Atlantis. Un matin, O'Neil est mis ridiculement en joue à son domicile par Joe qui l'accuse d'avoir ruiné son existence. Finalement, Joe semble terriblement familier à Jack...

Les réplicateurs ont lancé une terrible offensive sur les domaines Go'auld qui disparaissent à vue d'oeil sur les écrans radio, menaçant ainsi la galaxie toute entière. Mis en échec, Ba'al contraint les Jaffa à se soumettre à son autorité et vient solliciter l'aide du commandant O'Neil qui refuse avec humour. Dès lors, Teal'C et Jacob prennent le commandement de la rébellion Jaffa et lancent l'assaut de la dernière chance en direction du temple de Dakara, lieu symbolique de la domination Go'auld sur son peuple. Entre temps, Daniel est capturé par les réplicateurs pour sonder ses savoirs sur le rayon disrupteur, la seule arme efficace contre eux, que Tor et Sam tentent vainement de remettre en marche...

Apprenant que la seule arme capable d'éradiquer les Réplicateurs est contenue dans le temple de Dakara, Ba'al aide Sam et son père Jacob à activer leur fabuleuse découverte afin de doubler son maître Anubis. Sur le vaisseau Réplicant, la doublure de Sam sonde les connaissances des Anciens stockées dans la mémoire de Daniel afin de déjouer les plans des rebelles et des terriens. Les Réplicateurs envahissent soudain la base de Cheyenne Moutain, le commandant O'Neil donne l'ordre d'évacuer et d'utiliser la force nucléaire pour l'autodétruire.

Les Réplicateurs ont été anéantis grâce à l'activation de l'arme des Anciens, mais Anubis persévère pour mettre en oeuvre son grand dessein : éradiquer toute vie dans la galaxie. Pendant que les Jaffa, devenus libres, reforment leur armée pour combattre les guerriers d'Anubis repliés sur Tartarus, Daniel amorce pour la seconde fois son processus d'ascension en compagnie d'Oma et Jim, avec qui il se lance dans de longues discussions. Seulement, Anubis a tendu un piège aux Jaffa : Tartarus est déserte et l'arme absolue est tombée entre ses mains. Sur Terre, Sam prépare son mariage avec Pete jusqu'au moment où son père, mourant, lui enjoint de vivre enfin heureuse. Désormais, le sort de la galaxie repose sur Daniel, en pleine discussion avec Jim/Anubis, qui s'est précédemment joué d'Oma pour parvenir à l'illumination et acquérir les pouvoirs considérables dont il jouit actuellement...

La chercheuse Catherine Langford décédée, Daniel hérite de sa collection d'artefacts antiques. Parmi eux, il découvre une tablette datant de 3000 avant J.C. sur laquelle un E2PZ est gravé. Sitôt, Sam, Jack, Daniel et Teal'c partent en contrôleur temporel voyager dans le temps pour récupérer l'objet de culte du Dieu Rhâ ; permettant de nos jours à ouvrir la voie vers Atlantis et alimenter en énergie les défenses de la Terre contre la menace extraterrestre. Mais l'équipe reste prisonnière en Egypte et lègue une vidéo de l'état de leur mission à la postérité. 5000 ans plus tard, le général Hammond convoque Sam, astrophysicienne, Daniel, égyptologue et Jack, retraité de l'armée pour regarder une vidéo retrouvée lors d'une fouille dans une tombe égyptienne...

Après que Sam ait découvert l'emplacement de la première porte des étoiles en Antarctique, la seconde, normalement basée en Egypte, ne s'y trouve plus en raison de l'échec de la mission SG-1. L'équipe à nouveau reconstituée, le général Hammond et le docteur McKay l'envoient à bord du contrôleur temporel chercher Teal'c, puis remonter à l'époque des pyramides pour modifier le passé afin de sauver le futur. Durant la fuite de Teal'c pour échapper au joug d'Apophis, le faux dieu Go'auld, Daniel est assassiné. Mais la troupe le retrouve en Egypte, où il fomente une rébellion jaffa contre Rhâ, décidé à emporter avec lui la porte des étoiles en cas de fuite.

Le Lieutenant Cameron Mitchell, glorieux rescapé de la bataille de l'Arctique contre Anubis, prend le commandement de SG-1 aux côtés du général Laundry, remplaçant et ami d'O'Neill. Mais à la grande déception de Cameron, l'ancienne équipe d'explorateurs n'est plus : Sam Carter est en zone 51, Teal'c proche de son peuple en devenir et Daniel Jackson en transfert vers Atlantis. Lorsque Vala débarque sur le SGC avec une tablette ancienne révélant l'existence du trésor d'Avalon situé sur le sanctuaire du roi Arthur, le lieutenant en profite pour reformer SG-1 avec Daniel et Teal'c.

A Avalon, Vala, Cameron, Daniel et Teal'c résolvent des énigmes ancestrales, combattent un chevalier hologramme armés d'Excalibur et mettent à jour un trésor miroitant. Ils découvrent aussi un livre évoquant l'existence des Altérans, fondateurs d'Avalon et ancêtres des Anciens, ainsi qu'un transmetteur spatial, grâce auquel Vala et Daniel sont télétransportés dans une galaxie lointaine à l'époque de la domination des Orii... Pendant ce temps à Dakara, le pouvoir Jafa tombe aux mains des plus belliqueux conservateurs, au grand regret de Teal'c.

Dans la galaxie lointaine, Daniel rencontre, Doci, le grand prêtre Orii, dont la destinée est d'amener les humains croyants à l'illumination. Les impies étant opprimés. Maintenant que ces redoutables religieux ont découvert leur existence - que les Anciens n'ont cessé de leur dissimuler pour les protéger, des prêcheurs Orii sont envoyés dans la galaxie pour convertir des populations entières et ... déclarer la guerre aux infidèles.

Afin de défaire les liens psychiques qui les unissent toujours une fois les bracelets Jafa retirés, Daniel et Vala, escortés par Cameron et Teal'c, rendent visite au dernier propriétaire des bijoux pour qu'il rompe le charme. Mais les choses ne sont pas si simples. Alors que la menace Orii grandit, la mission SG-1, défendue par le général Laundry devant une commission sénatoriale, est finalement mise sous tutelle pour ne pas perdre les crédits alloués. Atlantis concentrant toute l'attention du Pentagone.

Vala mène le SGC sur une planète où elle est adorée en tant que déesse Qetesh - dont elle usurpe le nom depuis des années, auprès d'un peuple peu éclairé et convoité par un prêcheur Orii. Pour prouver aux habitants que les Orii ne sont pas des vrais dieux, elle avoue sa supercherie et se retrouve devant un tribunal. Pendant son procès, le prosélytisme du prêcheur se heurte à la science de Daniel Jackson, qui espère sauver ce peuple de l'endoctrinement.

Nerus, chef Go'auld, prévient le colonel Laundry de l'invasion imminente des Orii par l'intermédiaire d'une planète Jafa dont l'ennemi bloque la porte des étoiles grâce à un champ magnétique. Autorisé par le gouvernement américain à utiliser la plus puissante des armes nucléaires à leur disposition, le Prométhée - à bord duquel embarque Sam Carter, déclenche une bombe, qui ne fait qu'augmenter le champ de force destiné à alimenter une super porte d'où débarqueront les faux dieux... Désormais, une nouvelle guerre a commencé !

Les Jaffa ont repéré avant tout le monde la présence de Ba'al sur Terre où il se fait passer pour le dirigeant d'une multinationale et un personnage public. Craignant la traque sans merci des Jaffa et des humains, Ba'al menace de faire exploser une bombe au naquadah dissimulée quelque part sur le sol américain.

Lors d'une exploration, l'équipe essuie une attaque surprise des guerriers Sodan, des Jaffa qui blessent et capturent le colonel Mitchel. Ce dernier est ensuite conduit au village où il est entraîné pour le combat de la mort, un rituel destiné à réparer sa faute. Pendant que SG-1 le recherche, le colonel constate sur place la présence d'un prêcheur Orii et tente de prévenir le chef Jaffa du danger encourru.

Sur une planète à l'accès curieusement sécurisé, l'équipe ramène au SGC un cobaye humain nommé Khalek, laissé en stase dans un laboratoire Goa'uld, et sur qui est décelé l'ADN d'Anubis. A l'instar de son procréateur, les pouvoirs de Khalek sont illimités et son ascension est imminente. Alors que Daniel Jackson conseille d'éliminer cette terrible menace, le gouvernement propose de l'étudier. Non sans risque.

Au retour sur Terre d'une équipe d'exploration, le virus mortel des Orii se répand à travers les Etats-Unis, brandissant la menace d'une quarantaine. Au SGC, Orlin, un Ancien, prend la forme humaine d'un enfant pour aider Sam Carter à fabriquer un antidote. Pendant ce temps, Teal'c constate la soumission de Gerak et sa volonté de convertir tout le peuple Jaffa aux dieux Orii.

Alors que la quarantaine est proclamée sur tout le territoire américain, Orlin s'obstine à terminer sa mission sur Terre au péril de sa vie. L'épidémie Orii grandissante, le colonel Mitchell sollicite l'aide des guerriers Sodan pour capturer un prêcheur, utile à la fabrication d'un remède. Loin de là, la résistance Jaffa contre l'engagement religieux de Gerak s'organise autour de Teal'c, prêt à sacrifier sa vie au nom de la liberté fraîchement acquise.

Lors d'un voyage de négoce, le Colonel Mitchell est accusé d'un meurtre qu'il n'a pas commis. Pourtant ses souvenirs prétendent le contraire. Malgré l'immunité dont il jouit, Mitchell se porte volontaire pour que le programme scientifique mis au point par la défunte sonde sa mémoire confuse et identifie le véritable coupable.

En raison d'un dysfonctionnement de la Porte des étoiles, différentes réalités de l'équipe SG-1 et de leurs ennemis apparaissent. L'aide des Asgards sera, une fois de plus, salutaire.

Ba'al manipule les membres du Conseil Jaffa pour les empêcher d'installer une démocratie et kidnappe Teal'c pour soumettre le peuple à sa volonté d'alliance militaire avec les Goa'uld contre les Orii. Pendant ce temps, le colonel Mitchell veille un ancien camarade proche de la mort dont la dernière volonté est de connaître le programme "Porte des étoiles".

SG-1 et le Prométhée se rendent sur Tegalus pour dissuader le protectorat de Rand d'utiliser une arme très puissante conçue par les Ori pour détruire leurs ennemis les Calédonians.

En enquêtant sur une culture de maïs génétiquement modifié que l'Alliance Lucian marchande comme de la drogue, SG-1 tombe aux mains des trafiquants et ne peut s'échapper car la porte des étoiles s'est volatilisée...

Alors qu'un remède stoppe enfin le virus des Orii, un nouveau fléau vient s'abattre sur le site Gamma où SG1 escorte une poignée de diplomates : des insectes devenus carnivores. La production d'un virus est délicate car il menacerait toute espèce animale et végétale...

Sam, Cameron puis Daniel sont bloqués dans une dimension parallèle. Devenus invisibles par l'activation du journal de Merlin, ils découvrent un important message : la mise au point d'une arme pour détruire les Orii. Pendant ce temps, Teal'c court à l'aide des Sodan, à nouveau victimes de la malédiction d'un prêcheur.

Vala contacte SG1 pour les prévenir de l'invasion imminente des Orii qui sont en train de construire de redoutables vaisseaux de guerre et d'enrôler leurs fidèles dans une véritable croisade interstellaire. Elle a été également choisie pour porter l'enfant de ces faux dieux !

Pendant que le général Landry négocie la conservation du projet Porte des Etoiles avec les Russes, Daniel et Cameron partent à la recherche de l'arme secrète de Merlin dans le village de Camelot. Munis de ce St Graal, les coalitions militaires espèrent repousser l'invasion des Orii...

Les vaisseaux de la flotte Oris s'engagent dans la galaxie où l'équipe du SG-1 semble prise au piège de la bataille qu'elle a perdue. Vala donne naissance à une petite fille qui possède d'étranges pouvoirs. L'enfant mûrit à une vitesse exceptionnelle et devient très vite une jeune femme prête à défendre la cause de ses créateurs maléfiques. Dans le même temps, l'équipe du colonel Mitchell tente de trouver un moyen de sauver Carter, qui dérive dans l'espace. Teal'c, quant à lui, est capturé par un bataillon de Jaffas rebelles.

Alors que les prêtres Oris, dirigés par Adria, la fille de Vala, ont déjà réussi à conquérir six planètes, Daniel découvre que l'arme de Merlin pourrait se trouver sur une planète, dont la localisation est cachée dans l'un des livres du mage. Les membres du SG-1 sont alors envoyés en mission sur la planète Vagonbrei, qu'Arthur a visitée durant sa quête du Graal. Mais sur place, ils sont touchés par une épidémie qui les plonge dans un sommeil profond. Parallèlement, le SGC fait passer à Vala des tests psychologiques pour mesurer son aptitude à intégrer l'équipe du SG-1 et savoir si elle est digne de confiance.

Les membres de SG-1 se rendent à Atlantis pour consulter la base de données des Anciens. Ils espèrent y trouver des indices sur le lieu où pourrait être cachée l'arme de Merlin. Pendant que Vala et Daniel interrogent l'hologramme de la bibliothèque de la cité, Carter et McKay cherchent un moyen d'empêcher une nouvelle super-porte Oris de fonctionner.

Alors que Daniel est à Camelot pour des recherches dans la bibliothèque de Merlin, le SGC est menacé par l'approche d'un vaisseau Goa'uld. Par chance, l'équipage réussit à abattre l'appareil et découvre que celui qui le conduisait n'est autre que Ba'al. Prisonnier du SGC, Ba'al leur avoue qu'il sait peut-être où se trouve l'arme de Merlin, mais que pour leur en révéler l'emplacement, ils devront détruire ses clones, qui se sont rebellés contre lui.

Le général Landry invite SG-1 à passer un week-end paisible dans la maison de campagne du général O'Neill, afin de mieux se connaître mutuellement.Cependant, Vala, Sam et Teal'c sont retenus à la base à cause d'un rapport d'attaques Oris. Mitchell et Landry se retrouvent seuls en plein campagne et doivent faire face à une menace inquiétante.

Michell se prépare à passer la Porte des Etoiles pour la 200e fois, mais une avarie matérielle cloue l'équipe à la base. Martin Lloyd, l'alien qui a créé une série télévisée d'après les aventures de SGC, est de retour à la base pour recueillir l'avis des membres de SG-1 sur son prochain film. L'équipe revisite alors le monde de la science-fiction à travers leurs idées pour le script.

Sur une planète récemment conquise par les Oris, SG-1 assiste au sermon d'un prêtre, suivi par un discours d'Adria, la fille de Vala à moitié Oris. Soudain, un puissant éclair s'abat sur la foule, annihilant toute forme de vie sur la planète, y compris le prêtre. Seuls Adria et SG-1 sortent indemnes de ce massacre.

Amnésique et fugitive, Vala accepte un travail de serveuse dans un restaurant tout en tentant de découvrir qui elle est et ce qui lui est arrivé.

Sam embarque sur l'Odyssée pour retrouver la nouvelle super-porte des Oris et la neutraliser. Mais leur appareil est abattu en plein espace par trois vaisseaux Goa'uld. Sam envoie alors un signal de détresse avant de se faire capturer par l'alliance Luxienne avec le reste de son équipe. A la éception du signal de Carter, Landry envoie SG-1 en mission pour la sauver.

Daniel et Vala arrivent enfin sur la planète où se trouve l'arme de Merlin et tombent sur un village qui ressemble trait pour trait à Camelot.

Après avoir retrouvé le corps de Merlin en stase, l'équipe accompagnée de Ba'al tente de l'aider à construire le Saint Graal.

L'équipe SG-1 tente de défendre une planète contre une invasion des Oris en cachant les habitants dans une autre dimension.

Carter se voit projetée accidentellement dans un univers parallèle de la Terre qui est attaquée par les Oris et n'aura d'autre choix que de porter assistance à ses habitants si elle désire retourner dans son univers.

L'équipe est stupéfaite de découvrir que l'un des leurs, Daniel Jackson, a été transformé en prêcheur par les Oris.

L'Alliance Luxienne ayant mis un prix sur leur tête, les membres de SG-1 sont pourchassés sur Terre par des chasseurs de primes.

Les membres de l'équipe SG-1 débarquent accidentellement dans un musée où ils sont pris pour des rebelles. Enfermés avec des civils dans le musée, ils découvrent qu'endosser le rôle de preneurs d'otages qu'on leur attribue pourrait les sortir de cette embûche.

Lorsqu'un regroupement de Jaffas est sauvagement attaqué, Teal'c part en solitaire pour prendre sa revenge sur l'auteur de cette attaque.

Le père de Vala, Jacek, annonce au SGC qu'il possède des informations capitales qui pourraient avoir une influence sur la survie de la Terre. Le SGC est obligé de conclure un pacte avec celui-ci lorsque la véracité de ces informations est confirmée.

L'équipe SG-1 élabore un stratagème pour attirer Adria et la capturer. Mais c'est sans compter sur l'intervention de Ba'al qui met en péril leur opération...

Les membres de SG-1 doivent vivre le reste de leur vie dans l'Odyssey lorsque le vaisseau est prisonnier d'un champ de dilatation temporelle...