Hathor retient Jack, Sam et Daniel prisonniers. Celle-ci, désirant connaître le code d'ouverture de l'iris de la porte des étoiles sur Terre décide que Jack sera l'hôte d'un Goa'uld bientôt arrivé à maturité. Le SG-C envoit des hommes pour récupérer les membres de SG-1.

Des membres de la Tok’ra, dont Jacob, le père de Sam, arrivent à la base de commandement du SG-C. Ils traquent un dangereux Goa’uld, Setesh, dit « Seth ». Il s’agit de l’ancien dieu égyptien du chaos, incarnation du mal…

Samantha Carter est promue major de l’armée de l’air. Au cours de la cérémonie officielle, le colonel O’Neill disparaît brutalement, alors qu’il s’apprêtait à faire un discours. Il s’avère qu’il a été « transporté » sur le vaisseau mère des Asgards, où il rencontre Thor…

Daniel découvre une tablette qui lui rappelle celle qu'il avait trouvée sur Argos. Il la ramène sur terre mais il est bientôt victime d'hallucinations cauchemardesques qui le rendent à moitié fou. Il semblerait que des parasites aient pris possession de son corps...

Selon Daniel Jackson, les habitants de la planète Orbade forment l'une des sociétés les plus remarquables de la galaxie. Il ne leur a fallu que quelques décennies pour parvenir au même niveau technologique que les humains. Tout semble indiquer qu'ils feraient d'excellents alliés. Le colonel O'Neill rentre à la base du SG-C en compagnie de leur chef, Kalan, et de sa fille Meryn. Ils ont conclu un marché : chacun échangera ses connaissances avec l'autre. Le capitaine Carter pourra ainsi étudier le fameux réacteur Naquada. Meryn restera à la base le temps d'initier Samantha au fonctionnement de l'engin. Le Naquada est un métal extraterestre rare, très recherché par les Goa'uld, qui en font des armes redoutables...

Un couple est arrêté dans une zone de haute sécurité du SG-C. La jeune femme prétend être le Dr Samantha Carter ; l’homme se présente sous le nom de Kawalsky. Ils affirment avoir franchi le miroir quantique que les forces du SG-1 ont verrouillé dans la zone 51…

L’équipe du SG-1 visite une planète inconnue, qui semble avoir été épargnée par la civilisation goa’uld. Dans la forêt, le colonel O’Neill et ses compagnons sont menacés par un mystérieux chasseur de primes, qui affirme avoir neutralisé le dispositif de la Porte des étoiles, empêchant le SG-1 de rentrer…

Dans un village médiéval, la SG-1 libère une jeune femme attachée à un pieu et apprend par le père Simon qu'elle était destinée à servir d'offrande au démon qui terrorise les villageois. Pour les punir, ce dernier exige que cinq humains soient sacrifiés...

L’équipe du SG-1 s’apprête à quitter PX8-873, où les quatre voyageurs ont libéré des esclaves asservis par les Goa’uld. Soudain, Daniel Jackson croit apercevoir la silhouette de sa femme, Sha’re, portée disparue depuis de nombreuses années…

SG-1 arrive sur un planète où ils découvrent que toute la population souffre d'amnésie depuis quelques mois... En aidant ce peuple à "soigner" cette amnésie collective, ils vont faire de mystérieuses découvertes...

Des membres de la Tok'ra viennet prévenir le SGC que Jacob Carter, le père de Sam, a été fait prisonnier sur Netu, la planète de feu commandée par Sokar, un puissant et maléfique Goa'uld.

SG-1 est faite prisonnière par Apophis sur Netu avec Jacob Carter. Seul Teal'c, en orbite dans un chasseur Goa'uld autour de la planète, peut leur venir en aide...

Lors d'un retour de mission, lorsqu'ils passent par l'infirmerie, les membres de SG-1 se font administrer un puissant sédatif. Seul Teal'c arrive à se réveiller et surprend une conversation entre Hammond et un alien. Il comprend alors que la base a été envahie durant leur absence.

Un représentant du peuple Tolla arrive sur Terre pour inviter SG-1 au procès d'un Goa'uld. Mais le Goau'ld en question n'est autre que Skaa'ra, que SG-1 va devoir défendre au "tribunate" Tolla.

De retour de l'exploration d'un monde paradisiaque, les membres de SG-1 commencent à avoir un comportement bizarre, puis à entendre des voix.

SG-1 se trouve sur un planète où va avoir lieu une pluie d'astéroïdes. Carter pense qu'il est préférable d'évacuer les habitants. Mais lors de l'évacuation, O'neill reste coincé avec quelques habitants...

SG-1 est en mission sur Tollana pour essayer d'établir avec les Tollas d'obtenir quelques unes de leurs technologies très avancées. Mais les Tollas refusent de partager. Dans un accès de colère, O'neill vole avant de rentrer un appareil sophistiqué...

A leur arrivée sur une planète, les membres de SG-1 sont capturés (sauf Teal'c) et faits prisonniers.

Bra'tac, le maître de Teal'c, vient demander l'aide de la Terre : Chulak est attaquée par Apophis, qui est à la recherche de l'Arsiesis.

SG-1 découvre un crâne de cristal lors d'une mission. Lorsque Daniel s'en rapproche pour l'observer, il est projeté dans une autre dimension, de sorte que plus personne ne le voit, alors que lui voit tout...

Les Asguards demandent l'aide de la Terre pour affronter leurs pires ennemis : les réplicateurs. Ces sales petites bestioles en fer se reproduisent à une vitesse incroyable et détruisent tout sur leur passage...