Depuis sa mise à l’abandon, la Porte des Etoiles, une passerelle entre la Terre et les autres planètes, est étroitement surveillée par l’Armée de l’Air. Soudainement, elle s’active et une horde d’extraterrestres, les Goa’ulds, débarque et extermine le détachement de soldats en place. La seule survivante, un sergent, est emmenée de force sur leur planète d’origine : Abydos. Dépassé par les évènements, le Général Hammond rappelle d’urgence le Colonel Jack O’Neill pour qu’il reprenne du service. Le programme Stargate est alors relancé et la première équipe d’expédition, le commando SG-1, est paré pour sa mission de sauvetage…

Sur Chulak, un garde sépare les jeunes femmes d'un groupe de prisonniers ; Sha're en fait partie malgré les protestations de Skaara. Sur Terre, Jackson et O'Neill se remémorent leurs souvenirs de la première mission sur Abydos et discutent ensuite sur l'identité du ravisseur : ils arrivent à la conclusion que ce n'est pas Râ. Alors que sur Chulak un être parasitaire ayant l'apparence d'un serpent prend possession du corps de Sha're, le général Hammond créé les neuf premières équipes d'exploration et lance le programme Porte des étoiles. Leur première mission sera d'aller sur Chulak.

De retour de la mission sur Chulak, O’Neill tente de faire intégrer au sein du SGC un extraterrestre qui a sauvé la vie de ses coéquipiers. Ce dernier, nommé Teal'c, est plutôt traité comme un rat de laboratoire parce qu'il a en lui le même type de larve que celle qui a parasité le Major Kawalsky

SG-1 découvre P3X-797, une planète divisée en une terre d’ombre et une terre de lumière. La terre de lumière est peuplée par des humains semblables à ceux de l'âge du bronze, alors que la terre d’ombre est peuplée par des êtres primitifs et violents qui attaquent les membres de SG-1. À leur retour sur Terre, O’Neill commence à régresser à un stade primitif de l'évolution de l'être humain. Bientôt, toute la base est infectée, à l’exception du docteur Fraiser ainsi que de Daniel et Teal'c qui repartent sur la planète afin d'y découvrir la source de la maladie.

L'équipe SG-9 est portée disparue, alors qu'elle était en mission sur une planète. SG-1 est envoyé pour les retrouver. Une fois sur la planète où SG-9 a disparu, ils découvrent que la population locale travaille comme des esclaves pour leur nouveau dieu. Ce dieu n'est autre que le Capitaine Jonas Hanson, le responsable de SG-9. Hanson était autrefois épris de Carter et il a toujours un faible pour elle. Carter profite de cette situation pour essayer de le ramener à la raison. De son côté, O'Neill se prépare à attaquer Hanson et ses hommes. Mais Daniel et Teal'c proposent un autre plan pour arrêter Hanson.

En mission sur le monde désertique P3X-562, SG-1 découvre une vallée où sont entassés des cristaux cassés. Jack O'Neill touche le seul cristal intact et il reçoit une décharge électrique qui le rend inconscient. Après avoir repris connaissance, O'Neill découvre que SG-1 est reparti sans lui. C'est un autre O'Neill qui est rentré sur Terre.

Poussés à rechercher de nouvelles technologies, les membres de SG-1 visitent une planète qui, selon Teal’c, abriterait des créatures volantes ayant le pouvoir de se rendre invisibles, les Fenri. En arrivant sur la planète où vivent ces créatures, ils rencontrent Apophis. Ils en profitent pour lui tendre une embuscade, mais tout se déroule mal. O'Neill, Carter et Jackson sont tués. Mais ils sont ramenés à la vie par les Nox, qui sont les véritables détenteurs du pouvoir d'invisibilité. Les Nox sont un peuple totalement pacifique. Ils paraissent assez primitifs et vulnérables. Ils ont aussi ramené à la vie Shak'l, un Jaffa d'Apophis qui n'hésitera pas à apprendre l'existence des Nox à son maître dès qu'il sera à nouveau d'aplomb.

SG-1 explore Argos, une planète paradisiaque créé par le dieu Goa'uld nommé Pélops. Les habitants d'Argos vieillissent cependant à une vitesse très élevée et ils ne dépassent guère l'âge de 100 jours. O'Neill est séduit par Kynthia, une magnifique Argosienne. Mais sa relation n’est pas sans conséquences. Il est lui aussi victime du phénomène de vieillissement accéléré et il ne lui reste plus que quelques jours à vivre.

Teal'c informe le SGC qu'il existe une planète dont aucun Goa'uld n'est jamais revenu. SG-1 se rend sur place pour y découvrir une arme Asgard : le marteau de Thor.

En regardant des films d'archives, Daniel découvre qu'une équipe de savants a activé la Porte des Étoiles en 1945. Un homme l'a traversée et n'en n'est jamais revenu. Utilisant la même séquence d'activation de la Porte, le SG-1 part à sa recherche de ce héros oublié.

Au péril de sa vie, Teal'c retourne sur sa planète natale pour empêcher l'implantation d'une larve de Goa'uld dans le corps de son fils, Rya'c. Arrivé sur Chulak, il découvre que sa famille est proscrite et que son fils est gravement malade.

SG-1 revient d'une mission sans Daniel, qu'ils pensent avoir vu brûler vif. En réalité, il est détenu dans une prison sous-marine par un alien amphibie et doit déchiffrer un texte pour découvrir ce qui est arrivé à la compagne de la créature... dans l'antique Babylone ! Cette seule condition lui assurera la vie sauve.

Des archéologues trouvent un sarcophage égyptien dans une tombe maya, et libèrent le Goa'uld Hathor. Se servant de son charme fatal, Hathor entreprend de séduire tous les hommes pour faire aboutir son plan de domination mondiale.

Sur P8X-987, SG-1 découvre qu'une étrange maladie a anéanti toute vie sur la planète, à l'exception d'une petite fille nommée Cassandra...

Sur P3X-1279, Hanno, un villageois, accuse Teal'c d'avoir tué son père. Teal'c est alors jugé lors d'un procès. Cependant, ce procès se déroule très différemment d'un procès terrien ; Hanno joue à la fois le rôle de juge et de jury...

Sur P3X-7763, un volcan en éruption expulse des cendres et de la lave ardente aux alentours de la Porte des Étoiles. SG-1 rassemble quelques survivants et traverse la Porte vers la Terre. Les rescapés du cataclysme, les Tollan, ne sont pas reconnaissants de leur avoir sauvé la vie. Leur chef, Omoc, qui ne fait pas confiance à une société humaine si primitive, refuse de répondre à toutes les questions à propos de la technologie très avancée de sa planète. Il demande à être renvoyé avec les siens dans un monde similaire du point de vue technologique. Mais le gouvernement ne souhaite pas perdre une occasion d'acquérir des nouvelles technologies.

Suite à un disfonctionnement de la Porte des Étoiles, le Colonel Jack O'Neill et le Capitaine Samantha Carter sont coincés près d'une autre Porte des Étoiles dans une crevasse glacière sur une planète inconnue.

Sur P3X-989, les membres de SG-1 sont victimes d'un piège électrique qui les rend inconscients. À leur réveil, ils se retrouvent dans un laboratoire souterrain avec Harlan, un habitant de cette planète âgé de 11 000 ans leur disant qu'il a supprimé leurs problèmes et les a améliorés. Quand ils retournent sur Terre, en dépit des recommandations d'Harlan, les membres de l'équipe découvrent ce qu'il voulait dire : ils sont maintenant dans des corps mécaniques immortels.

Sur P3R-233, Daniel Jackson découvre un miroir quantique. En le touchant, il reçoit une légère secousse. Voyant que tous ses coéquipiers ne sont plus là, il retourne sur Terre. Il découvre alors qu'il est dans une réalité alternative. Dans cette réalité, la Terre est sous l'emprise des Goa'uld qui s'apprêtent à envahir le SGC après avoir rayé de la carte plusieurs des grandes villes de la Terre.

Après avoir réussi à s'échapper in extremis de la réalité alternative de l'épisode précédent, Daniel informe le SCG de la menace de l'attaque imminente d'Apophis mais il se heurte au sénateur Kinsey qui ne voit dans le programme Porte des Étoiles qu'un gaspillage d'argent et qui considère les déclarations de Daniel comme celles d'un illuminé.

La Porte des Étoiles est condamnée en dépit des avertissements de Daniel concernant une imminente attaque Goa'uld contre la Terre. Cependant, SG-1 défie tous les ordres et fait un voyage non-autorisé à travers la Porte des Étoiles vers ce qu'ils pensent être l'origine de l'attaque. Ils se retrouvent dans un vaisseau-mère d'Apophis - rempli de guerriers Jaffa - qui traverse l'espace et fonce droit vers la Terre.