Le Lieutenant Cameron Mitchell, glorieux rescapé de la bataille de l'Arctique contre Anubis, prend le commandement de SG-1 aux côtés du général Laundry, remplaçant et ami d'O'Neill. Mais à la grande déception de Cameron, l'ancienne équipe d'explorateurs n'est plus : Sam Carter est en zone 51, Teal'c proche de son peuple en devenir et Daniel Jackson en transfert vers Atlantis. Lorsque Vala débarque sur le SGC avec une tablette ancienne révélant l'existence du trésor d'Avalon situé sur le sanctuaire du roi Arthur, le lieutenant en profite pour reformer SG-1 avec Daniel et Teal'c.

A Avalon, Vala, Cameron, Daniel et Teal'c résolvent des énigmes ancestrales, combattent un chevalier hologramme armés d'Excalibur et mettent à jour un trésor miroitant. Ils découvrent aussi un livre évoquant l'existence des Altérans, fondateurs d'Avalon et ancêtres des Anciens, ainsi qu'un transmetteur spatial, grâce auquel Vala et Daniel sont télétransportés dans une galaxie lointaine à l'époque de la domination des Orii... Pendant ce temps à Dakara, le pouvoir Jafa tombe aux mains des plus belliqueux conservateurs, au grand regret de Teal'c.

Dans la galaxie lointaine, Daniel rencontre, Doci, le grand prêtre Orii, dont la destinée est d'amener les humains croyants à l'illumination. Les impies étant opprimés. Maintenant que ces redoutables religieux ont découvert leur existence - que les Anciens n'ont cessé de leur dissimuler pour les protéger, des prêcheurs Orii sont envoyés dans la galaxie pour convertir des populations entières et ... déclarer la guerre aux infidèles.

Afin de défaire les liens psychiques qui les unissent toujours une fois les bracelets Jafa retirés, Daniel et Vala, escortés par Cameron et Teal'c, rendent visite au dernier propriétaire des bijoux pour qu'il rompe le charme. Mais les choses ne sont pas si simples. Alors que la menace Orii grandit, la mission SG-1, défendue par le général Laundry devant une commission sénatoriale, est finalement mise sous tutelle pour ne pas perdre les crédits alloués. Atlantis concentrant toute l'attention du Pentagone.

Vala mène le SGC sur une planète où elle est adorée en tant que déesse Qetesh - dont elle usurpe le nom depuis des années, auprès d'un peuple peu éclairé et convoité par un prêcheur Orii. Pour prouver aux habitants que les Orii ne sont pas des vrais dieux, elle avoue sa supercherie et se retrouve devant un tribunal. Pendant son procès, le prosélytisme du prêcheur se heurte à la science de Daniel Jackson, qui espère sauver ce peuple de l'endoctrinement.

Nerus, chef Go'auld, prévient le colonel Laundry de l'invasion imminente des Orii par l'intermédiaire d'une planète Jafa dont l'ennemi bloque la porte des étoiles grâce à un champ magnétique. Autorisé par le gouvernement américain à utiliser la plus puissante des armes nucléaires à leur disposition, le Prométhée - à bord duquel embarque Sam Carter, déclenche une bombe, qui ne fait qu'augmenter le champ de force destiné à alimenter une super porte d'où débarqueront les faux dieux... Désormais, une nouvelle guerre a commencé !

Les Jaffa ont repéré avant tout le monde la présence de Ba'al sur Terre où il se fait passer pour le dirigeant d'une multinationale et un personnage public. Craignant la traque sans merci des Jaffa et des humains, Ba'al menace de faire exploser une bombe au naquadah dissimulée quelque part sur le sol américain.

Lors d'une exploration, l'équipe essuie une attaque surprise des guerriers Sodan, des Jaffa qui blessent et capturent le colonel Mitchel. Ce dernier est ensuite conduit au village où il est entraîné pour le combat de la mort, un rituel destiné à réparer sa faute. Pendant que SG-1 le recherche, le colonel constate sur place la présence d'un prêcheur Orii et tente de prévenir le chef Jaffa du danger encourru.

Sur une planète à l'accès curieusement sécurisé, l'équipe ramène au SGC un cobaye humain nommé Khalek, laissé en stase dans un laboratoire Goa'uld, et sur qui est décelé l'ADN d'Anubis. A l'instar de son procréateur, les pouvoirs de Khalek sont illimités et son ascension est imminente. Alors que Daniel Jackson conseille d'éliminer cette terrible menace, le gouvernement propose de l'étudier. Non sans risque.

Au retour sur Terre d'une équipe d'exploration, le virus mortel des Orii se répand à travers les Etats-Unis, brandissant la menace d'une quarantaine. Au SGC, Orlin, un Ancien, prend la forme humaine d'un enfant pour aider Sam Carter à fabriquer un antidote. Pendant ce temps, Teal'c constate la soumission de Gerak et sa volonté de convertir tout le peuple Jaffa aux dieux Orii.

Alors que la quarantaine est proclamée sur tout le territoire américain, Orlin s'obstine à terminer sa mission sur Terre au péril de sa vie. L'épidémie Orii grandissante, le colonel Mitchell sollicite l'aide des guerriers Sodan pour capturer un prêcheur, utile à la fabrication d'un remède. Loin de là, la résistance Jaffa contre l'engagement religieux de Gerak s'organise autour de Teal'c, prêt à sacrifier sa vie au nom de la liberté fraîchement acquise.

Lors d'un voyage de négoce, le Colonel Mitchell est accusé d'un meurtre qu'il n'a pas commis. Pourtant ses souvenirs prétendent le contraire. Malgré l'immunité dont il jouit, Mitchell se porte volontaire pour que le programme scientifique mis au point par la défunte sonde sa mémoire confuse et identifie le véritable coupable.

En raison d'un dysfonctionnement de la Porte des étoiles, différentes réalités de l'équipe SG-1 et de leurs ennemis apparaissent. L'aide des Asgards sera, une fois de plus, salutaire.

SG-1 et le Prométhée se rendent sur Tegalus pour dissuader le protectorat de Rand d'utiliser une arme très puissante conçue par les Ori pour détruire leurs ennemis les Calédonians.

En enquêtant sur une culture de maïs génétiquement modifié que l'Alliance Lucian marchande comme de la drogue, SG-1 tombe aux mains des trafiquants et ne peut s'échapper car la porte des étoiles s'est volatilisée...

Alors qu'un remède stoppe enfin le virus des Orii, un nouveau fléau vient s'abattre sur le site Gamma où SG1 escorte une poignée de diplomates : des insectes devenus carnivores. La production d'un virus est délicate car il menacerait toute espèce animale et végétale...

Sam, Cameron puis Daniel sont bloqués dans une dimension parallèle. Devenus invisibles par l'activation du journal de Merlin, ils découvrent un important message : la mise au point d'une arme pour détruire les Orii. Pendant ce temps, Teal'c court à l'aide des Sodan, à nouveau victimes de la malédiction d'un prêcheur.

Vala contacte SG1 pour les prévenir de l'invasion imminente des Orii qui sont en train de construire de redoutables vaisseaux de guerre et d'enrôler leurs fidèles dans une véritable croisade interstellaire. Elle a été également choisie pour porter l'enfant de ces faux dieux !

Pendant que le général Landry négocie la conservation du projet Porte des Etoiles avec les Russes, Daniel et Cameron partent à la recherche de l'arme secrète de Merlin dans le village de Camelot. Munis de ce St Graal, les coalitions militaires espèrent repousser l'invasion des Orii...