Brat'ac avertit Teal'c du décès de sa femme. Le veuf se rend sur Shulak pour assister aux funérailles. Il y retrouve son fils, Rya'c, qui l'accuse d'être responsable de la mort de sa mère. Le garçon veut une preuve tangible que les Goa'uld peuvent être anéantis. Le SG-C est alors attaqué par Anubis. Celui-ci veut faire exploser la fameuse Porte des Etoiles...

Le compte à rebours avant la destruction de la Porte des Etoiles et de la Terre a commencé. Les efforts déployés pour déjouer le plan d'Anubis semblent vains. Tandis que Carter cherche désespérément une solution, Teal'c et Brata'c décident d'une ultime mission pour essayer de sauver la planète. Ils partent dans le but de localiser le mécanisme qui doit activer la désintégration de la Porte...

Un vaisseau abandonné des Goa'uld se trouve près de l'atmosphère terrestre. L'équipe SG est envoyée pour l'inspecter, accompagnée de Jacob Carter. Il s'agit de l'engin spatial où Thor avait été retenu prisonnier par Anubis...

Un corps, prisonnier des glaces, est mis au jour à proximité de la Porte des Etoiles, dans l'Antarctique. L'équipe du SG-1 se rend sur place. Il s'agit d'une jeune femme, qu'ils baptisent Ayiana. Une fois réchauffée, sa dépouille semble étonnamment intacte. Et, de fait, Ayiana se réveille, apparemment en bonne santé, comme si elle s'était régénérée ! Les scientifiques voient leur théorie sur l'évolution voler en éclats. La «ressuscitée» appartiendrait à la race qui a créé la Porte, dont le stade d'évolution est beaucoup plus avancé que celui de l'espèce humaine...

L'équipe du SG-1 recherche un scientifique qui avait pris contact avec Carter avant de disparaître mystérieusement. Il travaillait pour un laboratoire de biotechnologie qui a procédé à des expériences génétiques. Mais le clonage d'une larve Goa'uld a dégénéré...

O'Neill se retrouve prisonnier d'un seigneur Goa'uld, Baal. Son symbiote, Kanan, a quitté son corps, préférant mourir plutôt que de se laisser capturer. Baal torture O'Neill pour qu'il lui donne les informations en possession de Kanan. A chaque fois que le colonel refuse de parler, son geôlier le tue avant de la ranimer grâce à un sarcophage...

Partie en mission d'exploration des ruines, l'équipe SG-1 est capturée par des Jaffas. L'un des scientifiques qu'elle était censée escorter suit le groupe à bonne distance pour tenter de leur porter secours. Il décide de monter avec l'un de ses confrères à bord d'un vaisseau mère Goa'uld, faisant fi des ordres formels d'O'Neill...

Les relations entre Jaffas, Tok'ras et plusieurs équipes SG deviennent electriques lorsqu'un mystérieux agresseur les prend pour cible sur le site Alpha du SGC, la colonie spatiale terrienne où ils cohabitent. Lorsque des meurtres sont commis dans leurs camps respectifs, ils commencent à s'accuser mutuellement...

Le SG-1 établit des contacts avec un peuple pacifiste dont l'évolution technologique est proche de celle de la Terre. Les relations, d'abord diplomatiques, deviennent rapidement commerciales. L'équipe se livre au troc : elle propose un vaccin universel contre les coordonnées de la planète d'origine des Goa'ulds...

Une journaliste menace de rendre public un projet militaire classé top secret et baptisé Prometheus. Afin de la dissuader de divulguer ses informations, le SGC lui fait faire une visite guidée du X303. Mais l'équipe découvre bientôt que cette femme n'est qu'un pion...

Les Asgards réclament de l'aide à SG-1 pour repousser de leur planète une invasion des Réplicateurs. Ils expliquent à O'Neill que le vaisseau de l'équipe leur est indispensable pour parvenir jusqu'à une machine assez puissante pour neutraliser les envahisseurs. Encore faut-il réussir à l'activer...

Des civils parviennent à voir des espèces d'insectes inoffensifs présents depuis toujours sur Terre mais vivant sur un plan astral différent, en principe supposé invisible par les humains. SG-1 doit trouver un moyen de stopper ce phénomène afin d'éviter un mouvement de panique. En allant pêcher, O'Neil accélère pourtant le processus... Sam et Jonas décident une mise en quarantaine, mais un militaire, vétéran de la guerre du Golfe, parvient à s'échapper...

Le sénateur Kinsey, un vieil ami de l'équipe du SG-1, est assassiné. Les images enregistrées à partir d'une caméra de surveillance et l'arme du crime découverte dans un lac près du lieu où il était censé pêcher désignent Jack O'Neil comme le suspect numéro un. L'enquête, menée par Samantha et l'agent Barrett, démontre qu'il s'agit d'une conspiration fomentée par un groupe d'hommes d'affaires...

Maybourne contacte le colonel O'Neill afin de lui proposer un marché. S'il obtient une grâce présidentielle pour son accusation de trahison, il s'engage à lui indiquer l'accès à la planète que Simmons souhaitait atteindre...

L'équipe du SG-1 doit, à nouveau, affronter la terrible Nirrti. Les Russes ont introduit dans la base un Oktar qui implore leur aide : Nirrti a emprisonné ses compatriotes malades dans une forteresse et les utilise comme cobayes. Elle a inventé une machine qui modifierait l'ADN dans le but de créer une race humaine supérieure. A peine Oktar leur a-t-il exposé la situation qu'il meurt, victime d'une explosion cellulaire commandée à distance par Nirrti. Le général Hammond dépêche sur les lieux l'équipe du SG-1, mais celle-ci se heurte rapidement à l'aveuglement des Oktars, qui voient en Nirrti une déesse vénérée...

Au cours d'une réunion secrète au Pentagone, les Etats-Unis et la Russie révèlent l'existence du SGC au Royaume-Uni, à la Chine et à la France. Pendant que le major Davis s'entretient avec les ambassadeurs, le sénateur Kinsey veille au bon déroulement des négociations. En effet, les pays en présence ne sont pas enthousiastes à l'idée que le SG demeure sous la coupe des Etats-Unis...

Les membres du SG-1 arrivent sur une nouvelle planète où ils rencontrent des humains issus d'une colonie de Celtes. Ces derniers sont apparemment attaqués sans raison par une race d'extra-terrestres inconnue. Carter tente de réparer leur vaisseau, le Ceberus, qui s'est crashé. Jack et Teal'C découvrent que leur bâtiment est une prison. Ils entrent également en contact avec l'un des extra-terrestres qui prétend être...le capitaine du Ceberus...

Teal'C ne parvient plus à distinguer le réel du surnaturel. Il fait des rêves dans lesquels il se prépare à faire don d'un de ses reins. Pris de visions, il croit apercevoir le Dr Daniel Jackson et Apophis...

A bord du Prométhée pour un vol d'essai, l'équipe du SG-1 doit atterrir d'urgence sur une planète inexplorée. Ils font la connaissance des habitants, les Tagreans, qui semblent avoir oublié qu'ils ont possédé autrefois un Stargate. Jonas et Teal'C découvrent que la planète a été réduite en esclavage par Horus et tentent de localiser l'endroit où le vaisseau a été enfoui. Mais, Calfas, le commandant de l'armée des Tagreans, les fait prisonniers...

L'équipe SG-1 débarque sur une planète dont les habitants vivent depuis des décennies sous le joug du seigneur Mot. Ce dernier oblige la population à extraire du Naquadah afin de l'offrir à leur divinité, Baal. Les autochtones voient dans l'arrivée du colonel O'Neill et de ses amis la réalisation d'une prophétie ancestrale : les étrangers viennent les libérer de la tyrannie...

Les troupes d'Anubis s'apprêtent à débarquer sur la planète Abydos. La résistance s'organise grâce à Daniel Jackson dont l'esprit se matérialise auprès d'O'Neill. Il le prévient : si Anubis met la main sur la pierre « l'oeil de Râ», dissimulée dans une pyramide, il disposera de toutes les pièces lui permettant d'être invincible. Une fois sur place, Jonas, Carter et O'Neill fouillent la pyramide pendant que Teal'C tente de retenir les Jaffas qui viennent d'atterrir. L'équipe SG-1 s'empare de « l'oeil de Râ» avant d'être prise au piège : la Porte des Etoiles est condamnée...