Après avoir détruit la flotte d'Apophis en créant une supernova, SG-1 et Jacob Carter passent en hyper-espace à bord du vaisseau mère de Cronos mais les choses ne se passent pas aussi bien que prévu car la déflagration interfère sur le passage en hyper-espace et les emmène dans une galaxie inconnue. Pour ne rien arranger, le vaisseau mère d'Apophis les a suivis et une armée de Réplicateurs rôde dans les parages.

Depuis son lavage de cerveau, Teal'c reste psychologiquement loyal envers son ancien Maître, Apophis. Bra'tac suggère de pratiquer un ancien rite Jaffa appelé M'al Sharran afin de ramener Teal'c des abysses. Mais ce rite pourrait aussi le tuer puisqu'il demande de retirer le symbiote de son hôte. Ce processus n'est pas sans rappeler l'afflux des souvenirs d'une vie vécue lorsque l'on frôle la mort.

Après avoir examiné un appareil extraterrestre sur une autre planète, Carter tombe inconsciente. De retour sur Terre, un être invisible lui rend visite chez elle. Cet être, nommé Orlin, appartient à une espèce similaire à celle d'Oma Desala. Il détient des secrets concernant l'appareil mais il choisit de rester invisible aux yeux des autres humains. Nombre de personnes pensent alors que Carter a gagné le droit à une évaluation psychiatrique gratuite.

O'Neill reste sur un monde extraterrestre pour secourir le lieutenant Tyler, le récent nouveau membre de SG-1. Sur Terre, Hammond informe l'équipe que Tyler n'existe pas !

En traversant la Porte des Étoiles vers une planète protégée par les Asgards, le vortex entraîne avec lui du plutonium qui se perd dans le soleil de cette planète. La réaction nucléaire se trouve modifiée et ce monde est condamné à une mort certaine à moins que les Asgards n'acceptent d'intervenir ou que SG-1 parvienne à réparer les dégâts lui même en envoyant un élément super lourd dans ce soleil.

Lorsque Cassandra, maintenant âgée de 16 ans, tombe soudainement malade et devient capable d'utiliser la télékinésie, SG-1 retourne vers Hanka, son monde natal, en essayant de trouver quelque chose qui pourrait l'aider. En effet, le rétrovirus qu'elle a contracté semble issu d'une expérience menée par la Goa'uld Nirrti.

Après avoir quitté l'Unas que Daniel avait baptisé Chaka (voir l'épisode 8 de la saison 4), du matériel de surveillance est laissé sur place pour observer comment évoluent les Unas primitifs. Cependant, les vidéos indiquent que les habitants d'une autre planète auraient capturé Chaka afin de l'utiliser comme esclave. SG-1 compte se rendre sur la planète des ravisseurs pour libérer Chaka.

Sur P2X-338, SG-1 fait équipe avec une escouade de la Porte des Étoiles russe pour rechercher des soldats perdus dans une mystérieuse ziggurat datant de plusieurs milliers d'années. Cette dernière serait le tombeau du Goa'uld Marduk de l'ancienne Babylone. Des tensions vont apparaître entre O'Neill et le chef de l'équipe Russe qui n'ont pas la même approche pour les missions.

Mystérieusement, les Tollans changent d'avis et proposent aux Terriens de leur fournir un canon à ion pour assurer la défense de leur planète. Ce revirement semble louche et il pourrait bien y avoir anguille sous roche.

La rencontre avec les Aschen n'a jamais eu lieu depuis que SG-1 est parvenu à envoyer un message à travers la Porte des Étoiles lors d'une éruption solaire afin de remonter le temps (lors de l'épisode 16 de la saison 4) et plus précisément juste avant qu'ils n'explorent leur planète. Hélas, le message d'avertissement est parvenu sans aucune autre explication et le SGC de notre époque, ignorant que les Aschen constituent une menace, a juste retiré leur planète de la liste des planètes à explorer. SG-1 refera-t-il ma même erreur ou se rendra-t-il compte plus vite du danger que représente les Aschen ?

Après l'enlèvement de Carter, le Colonel O'Neill est forcé de faire à nouveau équipe avec le Colonel Maybourne car toutes les preuves pointent vers le N.I.D.

Lorsque Martin Lloyd est engagé pour diriger un studio de télévision tournant une série télévisée avec un scénario ressemblant suspicieusement à celui de Stargate SG-1, O'Neill est chargé de s'assurer que la sécurité du programme Porte des Étoiles n'est pas compromise.

La session d'entraînement de O'Neill avec de jeunes cadets de l'Air Force, postulants aux nouvelles équipes SG, est brutalement interrompue lorsque O'Neill apprend qu'il y a en ce moment une invasion extraterrestre au SGC.

Après avoir abattu l'Al'kesh de Tannith, Teal'c franchit la Porte des Étoiles mais il demeure prisonnier dans la mémoire tampon du système. En effet, le crash de l'appareil a interrompu le vortex empêchant la rematérialisation de Teal'c. Le Docteur McKay fait son apparition dans la série en planchant avec Carter sur le moyen d'extraire Teal'c de sa prison. Pendant ce temps, O'Neill va devoir refaire équipe avec Maybourne afin d'extorquer des informations concernant les protocoles de la Porte au Goa'uld captif du N.I.D. ; enfin, Daniel demande l'aide de la Russie pour récupérer leur DHD avant que la mémoire tampon ne soit effacée lors de l'ouverture du prochain vortex.

Daniel Jackson est recruté par la Tok'ra pour aller clandestinement à une rencontre secrète entre les Grands Maîtres Goa'uld. Sa mission consiste à profiter de l'occasion pour répandre un gaz qui tuera tous les symbiotes, ce qui sonnera le glas des Grands Maîtres Goa'uld.

Alors que la base Tok’ra a été détruite par les troupes de Lord Zipacna - étant lui même au service d'Anubis - Daniel cherche à quitter le Sommet des Grands Maîtres Goa'uld puisque l'ennemi le plus redoutable de la Terre ne se trouve pas sur place. En effet, Anubis a préféré se faire représenter par Osiris - la Goa'uld qui s'est échappée de la jarre lors de l' épisode 13 de la saison 4 - et exige sa réintégration au sein des Grands Maîtres.

Katano - ancien Prima du Goa'uld Imhotep, qu'il a vaincu - tente de rallier son peuple dans la lutte contre les Goa'uld. Avec l'appui des Jaffa, il essaye de forger une alliance avec la Terre.

Sur une planète sans aucun habitant, SG-1 rencontre Reese, un robot désactivé ressemblant à s'y méprendre à une jeune femme. SG-1 décide de l'emporter sur Terre afin de l'étudier.

Durant les activités illicites du N.I.D. (deux ans auparavant), un moyen de défense surpuissant nommé la Sentinelle a été mis hors service sur une autre planète, la rendant vulnérable aux attaques ennemies. SG-1 est envoyé pour le réparer à présent que les Goa'uld ont eu vent de la panne.

Alors qu'une erreur de manipulation conduit du Naquadria à émettre des doses mortelles de radiation, Daniel n'écoute que son courage pour arrêter la réaction et sauver des millions de vie. Cependant, les doses de radiation auxquelles il a été exposé sont irrémédiables...

Osiris attaque délibérément une planète protégée par les Asgards afin de tester les nouveaux boucliers des vaisseaux offerts par Anubis. Thor intervient et fait feu sans résultat sur le vaisseau mère d'Osiris. En revanche, le Beliskner est abattu par les forces d'Osiris et Thor fait prisonnier. SG-1 est contacté par les Asgards afin de secourir Heimdall, une scientifique Asgard faisant des recherches cruciales sur la survie des Asgards dans le laboratoire de la planète attaquée par Osiris. SG-1 compte également en profiter pour libérer Thor des griffes d'Osiris.