O'neill, Carter et Teal'c revienne sur Terre. Peu après leur arrivée, Teal'c et O'neill doivent risquer leur vie pour empêcher les Réplicateurs d'envahir la Terre. Entre-temps, Carter accompagne Thor sur une planète Asgard pour l'aider à trouver un moyen de détruire les Réplicateurs qui sont sur le point d'envahir cette planète.

Le SGC reçoit un signal de détresse d'une planète inconnue. Les habitants de cette planète sont sur le point d'être éliminés par leur ennemis et demandent notre aide. Sg-1 franchi donc la Porte des Étoiles pour leur offrir notre aide, mais ils découvrent petit à petit que la situation n'est pas ce qu'elle semble être.

Une scientifique Tok'ra apporte une technologie phénoménale au SGC: des brassards qui augmente la vitesse et la force de la personne qui le porte. Ces brassards avaient été construits par les Atoneikans, une race qui combattaient les Goa'ulds.

Le SGC accueille une ancienne compagne de Teal'c, une Jaffa qui prétends être capable de communiquer avec succès avec son symbiote et aurait été capable de le retourner contre sa race. Si c'est vrai, le symbiote pourrait fournir beaucoup d'informations.

Lorsqu'un membre du SGC devient fou et essaie de tuer l'ambassadeur Tok'ra, Sg-1 découvre que celui-ci avait été la victime de la machine mnémonique Goa'uld . Les Tok'ras testent alors les autres membres du SGC pour detecter les éventuels victimes de cette manipulation.

Le SGC est pris dans une anomalie temporelle, mais seulement Jack et Teal'c s'en rende compte. Ils essayent de convaincre les autres qu'ils revivent constamment les mêmes six heures encore et encore et qu'ils doivent brisés la boucle.

Les Russes ont trouvés une Porte des étoiles au fond de l'océan. Mais lorsqu'une scientifique Russe contacte le SGC pour de l'aide, Sg-1 part à la découverte d'une base militaire et vers un mystère déconcertant.

Pendant une expédition archéologique sur un monde extraterrestre, Daniel Jackson est enlevé et capturé par un Unas et doit utiliser ses nombreux talents pour pouvoir survivre. Le reste de Sg-1 part à sa recherche, mais ils rencontrent assez vite un lot de problèmes.

Sg-1 est pris dans un conflit entre deux civilisations qui essayent de coloniser la même planète. Sg-1 étudie la situation et découvre que le vaisseau extraterrestre est entrain de terraformer la planète pour une autre sorte de vie différente de la physiologie humaine.

Après avoir visiter un monde qui traverse une ère glacière, la mémoire des membres de SG-1 est effacé par les autorités de la planète. Ils sont par la suite forcés de travailler dans un usine souterraine, sous des nouvelles identités qui ont été créées par les autorités de la planète.

Sg-1 rencontre un homme qui aurait entendu des rumeurs à propos de la Porte des étoiles. En plus de cela, il pense qu'il est un extraterrestre et clame avoir des vagues souvenirs de sa vie d'extraterrestre. Sg-1 s'en va au Montana pour enquêter sur cette possible menace

Un professeur d'archéologie découvre l'existence d'un symbiote Goa qui contient le coeur momifié d'un pharaon ayant vécu il y a plus de trois mille ans. Mais il meurt dans une explosion...

A la suite de nombreux massacres, certains survivants annoncent qu'ils sont prêts à se rebeller contre Apophis et son armée. En rendant visite à Chulak, dans l'espoir d'organiser une rebellion, Teal'c est fait prisonnier par les Goa'uld. Pendant ce temps, à Cheyenne Mountain, le SG-C intercepte une conversation entre Apophis et Heru'ur : il y est question d'une alliance secrète pour anéantir les Goa'uld...

Le commandant Hammond annonce brusquement sa démission. Son remplaçant est le major général Bauer, venu du Pentagone. Ce dernier a de nouveaux projets, notamment l'élaboration d'une nouvelle arme nucléaire...

Dix ans ont passé. Les Aschen, une race extraterrestre très avancée, a finalement réussi à vaincre les Goa-uld. Mais l'équipe du SG-1, aujourd'hui dissoute, découvre l'existence d'un terrible complot...

Un mystérieux garçon nommé Shifus transmet sa mémoire génétique à l'archéologue Daniel Jackson. Ce dernier parvient à déchiffrer les données top-secrètes d'un satellite révolutionnaire...

Le lieutenant Barber de SG-5 se suicide en se jetant dans le vortex. Pendant qu'ils enquêtent sur la cause de son suicide, Sg-1 arrive sur une planète où ils trouvent un "centre de villégiature" Goa'uld où ils deviennent hypnotisés par une magnifique et mortelle lumière.

Carter essaie de motiver une brillante, mais rebelle étudiante en l'emmenant à travers la Porte des étoiles. Mais cette promenade devient mortelle lorsqu'ils sont attaqués par des êtres de pure énergie. O'neill ordonne l'évacuation, mais les entités leur bloque le chemin.

Le SGC contacte un monde qui fut découvert grâce au savoir des anciens et envoie une sonde par la Porte. Un virus extraterrestre infiltre les ordinateurs du SGC et ramasse des informations. Croyant le virus détruit, ils découvrent qu'il c'est réfugié dans le corps de Carter.

Les membres de SG-1 rencontre le maître Goa'uld Chronos pendant qu'ils essaient de réparer une erreur qu'ils auraient faite lors d'une mission précédente. Ils affrontent Chronos avec l'aide provenant d'une source inattendue.

Pendant que SG-1 aide les Tok'ras à déménager vers une nouvelle base, un espion révèle leur position à Apophis. L'équipe monte alors un plan ingénieux pour anéantir la flotte de vaisseau Goa'uld, mais l'espion réussi à s'échapper, mettant alors leur plan en danger.