ここは木ノ葉隠れの里。忍者学校（アカデミー）の落ちこぼれの少年・ナルトは、今日もイタズラばかり。そして、またしても卒業試験に落第してしまう。そんなある日、里の英雄である初代火影が残した封印の書をが盗まれるという事件が発生した。犯人はナルトだったが…。

木ノ葉の里の長は代々「火影」と呼ばれ、忍者としての心技体をきわめた者がその地位につくとされている。現在の火影・猿飛は数えて三代目にあたる。そしてこの三代目火影には、木ノ葉丸という孫がいた。

なんとか忍者学校を卒業することのできたナルトが忍者登録書を提出しに行ったとき、木ノ葉丸と出会う。木ノ葉丸はすぐにナルトを「親分」と呼びはじめ、勝手に後をついてまわるようになる。それは、ナルトだけが木ノ葉丸のことを「火影の孫」として特別あつかいしなかったからだった。そして木ノ葉丸は、今すぐにでも火影になってみんなにみとめられたいと考えていたが…。

いよいよ忍者になったナルトは、任務をはたすため三人一組（スリーマンセル）になることに。ナルトと同じ班になったのは、「春野サクラ」と「うちはサスケ」。ナルトはかわいいサクラにゾッコンだったが、かんじんのサクラはサスケに夢中だ。しかもサスケはナルトとちがい、クールでカッコイイだけでなく実力もピカイチのエリート。おもしろくないナルトは、サスケにひとあわふかせようと、ある陰謀をたくらむのだった。

スリーマンセルを組むことになったナルト、サスケ、サクラ。彼ら３人を指導する新しい先生、「はたけカカシ」がやって来た。どこかのん気なカカシは、最初の日から遅刻をし、しかもナルトがしかけたイタズラに簡単にかかってしまうほどのトロくささ。ところがそのカカシが、いきなりきびしい試練をナルトたちに言いわたした。それは、３人のうち１人しか合格できないといわれている「サバイバル演習」だった。この試験に落ちればふたたびアカデミーに戻されてしまうと聞き、ゾッとするナルトたちだったが…。

カカシによってあたえられた試練はすさまじいものだった。そして、ナルトたちの前に立ちはだかったカカシは、いままでの彼とはまったくの別人。本気のナルトを軽くあしらい、里一番のエリートであるサスケでさえもまったく歯が立たない。サクラにいたっては、もはや途方に暮れるばかり。　上忍であるカカシの真の実力の前に、天と地ほどの差を感じ、なす術がない３人。このままでは全員アカデミーに逆もどりになってしまう。あせりはじめるナルトたちだったが、実はカカシはこの試練の中である重要なことを３人におぼえさせようとしていて…。

晴れて任務を受け持つことになったナルトたち。しかし、その任務はといえば、迷子のネコをさがすというようなたいくつな仕事ばかりだった。しだいに不満がたまるナルトは、ついに三代目火影の前でダダをこねはじめる。ヘソを曲げたナルトに少々困惑気味の火影だったが、ナルトのやる気を感じとり、より重要な任務をあたえることにする。新たな任務は、タズナという人物を祖国の「波の国」まで護衛すること。初めての本格的な護衛任務に、やる気満々のナルトだったが…。

波の国にたどり着いたナルトたちは、この国がガトーという悪徳商人に支配されていることを知る。先ほどの追手も、タズナの命をねらうガトーの放った刺客だったのだ。しかも、次にあらわれた敵は「サイレントキリング」とよばれる桃地再不斬。思わぬ強敵出現に興奮するナルト。だがそんなナルトに、カカシが『とうていおまえのかなう相手ではない』と告げる。いつもと様子のちがうカカシに、ただならぬ殺気を感じるナルトたちで・・・。

再不斬の裏をついたカカシが、ついに再不斬のノド元に切先をつきつける。背後から再不斬を封じたカカシの勝利はまちがいないものに思えた。しかし、この再不斬の肉体もまた、「水分身」によって作られたニセモノであった！　一瞬にして形勢は逆転、今度はカカシが再不斬に追いつめられ、「水牢」の中に閉じこめられてしまう。

もはやタズナを守るのはナルトたち３人のみ。しかもナルトとサスケの攻撃もまったく通用しない。圧倒的な力の差にがく然とするナルトたちは、パニックになり、逃げだそうとする。しかし、左手の誓い～二度と逃げない～を思い出し、勇気を振りしぼってふみとどまった。

ナルトの作戦により、水牢がやぶられ自由になったカカシが、ふたたび再不斬に立ち向かう。ついに写輪眼の真の力が発揮されるときが来たのだ。カカシは、再不斬の技・水遁大瀑布をほほ一瞬にしてコピーし、再不斬にたたきつけた。自分の行動のすべてが読みとられ、さらに自分の技で、それも数倍の破壊力を持つカカシの攻撃によりひん死の重傷を負った再不斬。カカシはトドメをさそうとするが、どこからともなく飛んできた千本が再不斬をつらぬいた。そのまま絶命する再不斬。それはとつじょあらわれた「追い忍」と呼ばれる謎の少年のしわざだった。ナルトは、自分と大差ない年齢の少年が、あの再不斬を一瞬にしてしとめたことにおどろき…。

ようやくタズナの家に着いたナルトたち。写輪眼を使ったためスタミナを使い果たしたカカシはしばらくは身動きがとれなくなっていたが、再不斬をたおした安心感から、ナルトたちには余裕ができていた。しかし、冷静なカカシにはひとつの疑問があった。本来の追い忍ならば、抹殺した相手をその場であとかたもなく消去するはずなのに、なぜあの少年は再不斬の遺体を持ち帰ったのか、と？　みちびき出された答えはひとつ…「あの少年は再不斬を助けた」ということ。　「再不斬が生きている！」と、ショックを受けるナルトたち。そしてカカシは、ナルトたちを短期間のうちにパワーアップさせるための修業をはじめるのだった。

タズナといっしょに波の国の街に出かけたサクラは、ガトーのために人々の生活がひどく苦しめられていることを知る。だからこそタズナは、海をこえる橋を建設しようと命をかけてがんばっているのだ。この橋ができれば、海運交通を支配するガトーから人々をすくうことができると信じて…。　一方ナルトとサスケは、カカシにあたえられた、チャクラを使った木登りの修業にはげんでいた。タズナの家にもどるころには、ふたりはボロボロ。そんなふたりを冷ややかに見つめる子供・イナリは、ナルトに「ガトーには勝てっこない」と言い捨てる。実はイナリは、尊敬する養父カイザをガトーに処刑されていたのだが…。

チャクラをコントロールするための修業にはげむナルトの前に、謎の人物が姿をあらわした。「大切なものを守るためにはどこまでも強くなれる」と、語る人物。それは、ナルトがいだいていたものとまったく同じ気持ちだった。どこかで共感しあうふたり。だがそれ以上のことは語らず、どこかへ消えていった。その人物は何者なのか？　そして、なんのためにナルトに近づいたのか？

Konohamaru likes a girl that is moving on account of her dad's mission. He gives Naruto a mission to go to Akagahara, a restricted area. There, he must find the crimson four leaf clover because of a legend that says that the one who has the clover will be granted a wish. Naruto eventually succeeds in getting the clover.

ついに再不斬との再戦の時が来た。しかも先日の「仮面の少年」も再不斬とともにあらわれた。再不斬たちはサスケを見て一目でその実力をさとり、サスケもまた仮面の少年がただ者ではないことを見ぬく。そして、まるでたがいに引きよせられるかのように、サスケと少年が戦闘を開始する。

そのころ、ガトーの部下が、ツナミを人質にしようとタズナの家に乗りこんできていた。母親が連れ去られそうだというのに、恐怖にふるえ、ただおびえるだけのイナリ。しかしナルトの言葉を思い出し、イナリは勇気をふりしぼって悪党たちに立ち向かう。

白の魔鏡水晶により、ピンチにおちいったサスケ。そこにナルトが飛びこんできた。しかし、魔鏡水晶を内と外からたたこうと考えていたサスケの作戦は、ナルトの思いがけない行動で台なしになってしまう。そしてナルトとサスケは、ふたりとも白の術にはまってしまうのだった。

魔鏡水晶の中で、白の圧倒的なスピードに打ちのめされ、手も足も出ないナルトとサスケ。白は、「血継限界」と呼ばれる異能の力を受けついでいるため、その強烈な力を持っているという。そして白はナルトとサスケに、「大切な人のためにあなたたちを殺します」と告げるのだった。

カカシは知っていた。「忍」にもっとも必要な「実戦」の経験がないいまのナルトたちには、再不斬とともに何度も死線をこえてきた白のことをたおせないことを…。時間が残り少ないことをさとったカカシは、再不斬をたたくために写輪眼を使う決意を固める。しかし、再不斬は「写輪眼は、すでに通用しない」と言いはなつ。再不斬もまた数々の修羅場をくぐりぬけてきた忍。一度見た写輪眼に対抗する方法を、すでにあみ出していたのだ。その再不斬のとった「対抗策」とは？

白の魔鏡氷晶による猛攻を受けつづけるナルトとサスケ。ナルトはすでに立ち上がることもできなくなっていた。しかし、サスケはこの戦いの中で、おのれの中にある「写輪眼」の能力に目ざめつつあった。サスケは、じょじょにではあるが確実に白の攻撃をかわしているのだ。そのこと気づいた白は、サスケが戦いながら自分の能力を開花させていくことにおどろく。そして、このまま長期戦になればサスケに有利になると判断し、一気に勝負に出る。

白の攻撃に身がまえるサスケ。しかし白のねらいはサスケではなく、ボロボロになっているナルトへと向けられていた。不意を突かれたサスケは、自分のの身をなげうってナルトをかばうが…。

ついにナルトが覚醒した！　白にサスケをたおされた怒りが、封印されていた九尾の妖狐の能力を呼びさまさせたのだ。ナルトのすさまじいチャクラは、はなれた場所で刃をまじえていたカカシと再不斬にも感じとれるほど強力なものだった。

ナルトの圧倒的な力の前に、なすすべもなくたおされる白。敗北をさとった白は、ナルトに「自分を殺してくれ」とたのむ。勝つことだけが再不斬の期待に答えることであることを知っていた白は、ナルトに敗れた今、自分の価値がなくなったことを理解していたのだ。どこまでも再不斬を想う白の純粋な気持ちがいたいほどよくわかるナルトは、白にトドメをさせず、苦しむが…。

白は、とまどいつづけるナルトに、トドメをさすよう言う。だが、戦うこと、勝つことだけが自分の存在理由だという白の考え方に、ナルトははげしい疑問を持つ。それが忍の道だということはわかっていても…。

同じころ、再不斬とカカシの戦いにも終止符が打たれようとしていた。カカシの「口寄せの術」により、動きをふうじられる再不斬。そして、勝利を確信したカカシの最強の術「雷切」が、うなりをあげて再不斬におそいかかる。その時、体をはって再不斬をまもったのは、ボロボロになった白だった。

白を思い、怒りにまかせて再不斬を問いつめるナルト。それでも何も感じていないように見える再不斬だったが、実はなみだをながしていた。言葉とは反対に、再不斬は白を誰よりも大切に思っていた。心をゆるせるただひとりの存在だった白を失った再不斬のかなしみは、とても大きなものだったのだ。そして、この非情さこそ忍の宿命であることをナルトは知る。

波の国から帰ってきたナルトたち。あたえられた任務をこなしていた彼らだったが、ナルトはそんな日々に不満を持っていた。初めて里から出て、再不斬・白と死闘をえんじたナルトたちは、これから自分たちが立ち向かっていかなくてはならない世界がとても広く、また強敵がいかにたくさんいるかを肌で感じとっていたのだ。「こんな任務ばっかりでは全然強くなれねー…」と、あせりをつのらせるナルト。だがそんな時、木ノ葉の里にぞくぞくとほかの里の者たちが集まってきたことを知る。彼らこそ、各里を代表して送りこまれた「中忍試験」の受験生たちであった。

木ノ葉の里からも「中忍試験」に代表を送ることになった。そしてその中には、ナルト、サクラ、サスケたちもふくまれていた。だが、ナルトたちの参加にはイルカが強く反対する。まだナルトたちは若すぎ、しかも経験・実力ともに未熟すぎるというのだ。同じようにルーキーでありながら参加するチームには、一回受験をパスし、その間に十分な実力をきたえてきたチームもあるくらいだ。簡単には合格できない…。そのことをイルカはよく知っていたのだ。「未熟なまま、ナルトたちの可能性をつぶしてしまうつもりなのか？」と、イルカは推薦人のカカシにたずねる。しかしカカシは「彼等は十分に成長している」と断言し…。

中忍試験にのぞもうとするナルト・サスケ・サクラの３人の前に、オカッパ頭にゲジゲジまゆ毛の「ロック・リー」があらわれた。リーはサスケに対し、いきなり「勝負しませんか？」といどんできた。うちは一族の能力をもつサスケに対し、とても戦意を燃やすリー。そしてサスケは、リーの挑戦を受けて立つのだった。だがリーは、目にもとまらぬはやさでつぎつぎとワザをしかけ、サスケは防戦一方に追いこまれる。

リーがどんなワザを持っているのか、写輪眼でしらべようとするサスケ。しかし、なぜか写輪眼でさえ見きわめることができない。とまどうサスケは、リーの強さが「体術」にあることにようやく気づくが…。

正式に中忍試験のもうしこみに向かうナルト、サスケ、サクラの３人。この中忍試験は３人が一組で受験し、誰ひとりとして欠けることはゆるされない。仲間とのチームワークが今よりも重要になるのだ。受験教室に入ると、すでにたくさんの受験生たちがいた。雰囲気に飲まれそうになるナルトたち。彼らもまた、自分の夢をかけてここに来ているのだ。ナルトたちは、そうした中のひとり・薬師カブトと出会う。彼はこれまで何度も中忍試験を受けており、不合格つづきではあるものの、受験生たちのデータを大量に持っているのだという。カブトの情報を見せてもらったナルトたちは、この試験にのぞむ者たちがかなりの実力者であり、それぞれの里の名誉をせおってきたエリートであることを知る。

第一試験のペーパーテストにのぞむナルトたち。そして試験官・森乃イビキは、尋問のエキスパートの異名を持ち、顔中に拷問のあとを思わせるたくさんの傷を持つ特別上忍であった。たちまち緊張する受験生たち。そして試験前に、イビキからこの試験のやり方が伝えられた。問題は10問。全問正解ならば10点で、ひとつまちがえるごとに１点ずつ減点される。合格か不合格かはチーム３人の合計点で決まるが、全問不正解の者がいたらチーム全員が不合格になるという。ナルトが全問不正解だったら自分たちも不合格になってしまうと、心配するサクラとサスケ。そして試験が開始され…。

第一試験は、受験生たちの「情報収拾能力」を調べるために行われていた。難問ぞろいのテストを前に、いかに試験官たちにバレないようにカンニングするかをためすものだったのだ。そしていよいよ、第一試験最大の難問である第十問目。この問題をとく前に、イビキから過酷にして理不尽なルールがつきつけられる。それは、もしもこの問題にまちがえたら、この第一試験に不合格になるばかりか、これから一生、中忍試験への受験資格までうしなうというもの。すなわち、忍者になる道を永遠に閉ざされるということだった。このプレッシャーにたえられず、試験を受けずにつぎつぎと去っていく受験生たち。この時サクラは、「もしもナルトが最後の問題に答えられなかったら」と考えて…。

木ノ葉の里の長・三代目火影の孫である木の葉丸が、中忍選抜試験の会場にあらわれた。忍者アカデミーの学級新聞で中忍試験の特集記事をまかされて、モエギ、ウドンとともに取材にやってきたのだ。ナルトを兄貴としたう木の葉丸が、ナルトたちへのインタビューをとおして、これまでの彼らの活躍をしょうかいする。

中忍選抜試験・第二試験の会場「死の森」へ来たナルトたち受験者一同。試験官のアンコが試験内容を説明するが、なんとその内容はサバイバルゲームだった。まずおこなわれるのは、各チームに、２種類の巻物のうち１種類だけわたされる。その後、もう１種類を別のチームからうばって、２種類そろえてゴール地点の塔へ持ってくるというもの。

そして、巻物争奪戦の中で死者も出る可能性があるという試験が開始された。アンコは「死ぬな！」と一言だけアドバイスをするのだった…。

「死の森」で第二試験がスタートした。「小便をしに行く」と、サスケとサクラからはなれ、草かげにかくれたナルト。そして２人のもとへもどってきたナルトを、サスケはなぜかなぐりたおしてしまう。サスケは、敵がナルトに変化していたのを見やぶっていたのだ。相手をおいつめるサスケだったが、取りにがしてしまう。

とらえられていたナルトをたすけるサスケ。そして３人は、バラバラになったときのために合言葉を決める。そのとき、ナルトたちはふたたびおそわれ、またナルトだけはぐれてしまう。サスケは、もどってきたナルトがまたしてもニセモノだと見やぶるが、今度の相手はようすがすこしちがう。命がけで巻物のうばい合いをしようという敵の目に、サスケとサクラは今までに感じたことのない恐怖を感じ…。

サスケとサクラをおそった敵・草忍の実力は、２人の力をはるかにこえていた。あまりの力の差に死の恐怖をいだくサスケ。そこへナルトが登場！　カッコよくあらわれたナルトに、サスケはしかりつける。ところがその直後、巻物をわたしてでもたすかろうとするサスケを、今度はナルトがなぐりたおす。巻物をわたしてもたすかるとはかぎらないと言うナルトは、草忍に向かっていく。戦いのなかでキレたナルトは、しだいにそのかくされた力を見せはじめ…。

一方、試験官のアンコのもとには、受験者にかんするある問題が報告されていた…。

ひっしに草忍にむかってゆくナルトのすがたを見て、この場からにげようとしていた自分がまちがっていたと気づいたサスケ。力つきたナルトにかわり、敵にむかっていったサスケは「写輪眼（しゃりんがん）」の力をフルにつかい、相手を確実においつめてゆく。そして、ついにその身をとらえたサスケが「火遁龍火（かとんりゅうか）の術」をはなった！

術を受け、外見が焼けただれた草忍だったが、なぜかダメージを受けたようには感じられなかった。みずからの名を「大蛇丸（おろちまる）」と名のった草忍は、サスケに「君がほしい」とつげ、その首すじに呪印をのこしてすがたをくらましてしまう。その直後、サスケはくるしみ、たおれてしまい…。

部下の報告を受け、第二試験に大蛇丸が入りこんでいると直感した試験官・アンコ。彼女は、大蛇丸を止めるためについせきを開始する。しかし、特別上忍のアンコの力をもってしても大蛇丸を止めることはできなかった…。

そんな中、サクラを想いつづけているリーのチームは、調子よく試験を進めていた。おなじころ、大蛇丸との戦いと徹夜のかんびょうのつかれがピークになっていたサクラを、大蛇丸の手先・音忍のドスたちがおそってきた！つかれとおそれでふるえる腕をおさえつつ、必死にむかえうつサクラ。するとそこへ、「木の葉の美しき碧（あお）い野獣（やじゅう）」ロック・リーが登場！愛するサクラをまもるため、音忍たちの前に立ちはだかる!!

動けないサクラにかわって、リーは、３人の音忍にたったひとりで向かってゆく。必殺「表・蓮華（おもて・れんげ）」で音忍のひとり、ドスをせめるリー。しかし、彼らにはまったくきかなかった。さらに、音忍の攻撃を受け、リーはたおされてしまう。

一方サクラは、「いつもまもってもらうばかりだった」と、自分の非力さをくやしく思っていた。そして、大切な人たちをまもるため、サクラは立ち上がり…。

たったひとりで音忍たちと戦うサクラの前に、ライバル・いのチームがあらわれた！　木かげからサクラの戦うすがたを見ていたいのたちは、サクラをたすけに来たのだ。フォーメーション「いのシカチョウ」で音忍たちをおいつめようとするいのチームだったが…。

すさまじいな力をもつサスケを前にして、音忍たちは去っていった。そして、傷ついたナルトたち一行に、つかの間の休息がおとずれた。

いっぽう、塔についたキバたちは、数時間前に体験した砂隠れの下忍・我愛羅（ガアラ）のことを思い出していた…。

犬の赤丸をつれたキバたちは、試験が開始してすぐに巻物を手に入れて塔にむかっていた。そのとちゅう、一行がむかう先にだれかがいると感じた赤丸が歩みをとめる。きょうみをもってその先へむかうキバたち。そこでは、砂隠れの里の我愛羅たちと、雨の里のシグレたちがむかいあっていた。「目があったやつはみなごろしする」という我愛羅があやつる砂からは、きょうれつな血のにおいがただよっていて…。

音忍たちとの戦いの後、ナルトたちは傷をいやすため、つかの間の休息についていた。しかし、試験がはじまってすでに４日目。タイムリミットはあと１日ほどにせまっている。そんな中、ナルトがある提案をする。自分が持っている巻物で、試験で使われている「天の書」を作ってしまおうというのだ。さらに、中身までマネるために、開いてはならない「地の書」を開けてみようとする。

いっぽう、木の葉の別のチームは、持っていた「地の書」を開いてしまったが…。

カブトと塔まで行動をともにすることにしたナルトたち。 ところが、そのとちゅうで雨隠れの下忍・朧（おぼろ）たちの幻術のワナにはまってしまう。 ずっと同じところを歩かされて体力をけずられたうえ、幻術で作られたいくつもの分身にかこまれたナルトたちは、 苦戦することに。ナルトは相手の分身をつぎつぎとたおそうとするが、その分身たちはたおされても消滅しない。 一方、サスケは写輪眼で敵の本体を見きわめようとするが、大蛇丸にほどこされた呪印が反応し、 力をうまく使うことができない。いらだつナルトは、影分身で敵の幻影をいっぺんにたおそうとするが…。

塔にたどりついたナルトたちが２つの巻物を開くと、なんとイルカがあらわれた。そこでイルカは、３人に第二試験の合格をつげる。それを聞いて大よろこびのナルト。しかし、イルカには試験合格のほかにもうひとつつたえねばならないことがあった。それは、「中忍」としての心得（こころえ）。イルカは、アカデミーでの教え子たちに、ていねいにせつめいしていく。そのときイルカは、第二試験をのりこえたナルトたちをたのもしく感じていた。　一方アンコは、大蛇丸があらわれたことを火影につたえていた。火影は、大蛇丸の目的がサスケだとわかったうえで、中忍選抜試験をつづけるという。そして、ついに21人の第二試験合格者が決まった。

第二試験通過者21名がそろった。集まった顔ぶれを見て、通過者たちはそれぞれさまざまな思いをめぐらせる。そして、彼らの前に三代目火影があらわれ、中忍試験の本当の目的を語りはじめる。それは、「同盟国間の戦争の縮図（しゅくず）」であるというものだった。命をけずって戦うことで、バランスをたもち、友好をたもってきたそれぞれの忍びの里が、おのおののかかえている忍者の力をしめす場なのだと。　そして、次の試験の課題が発表されることとなるが、その前に、第二試験の通過者が多すぎるため、第三試験の予選をただちに行うということとなり…。

１対１の個人戦となった第三試験予選の最初の対戦は、サスケと大蛇丸の手先・ヨロイ。今年のＮＯ．１ルーキー・サスケに注目が集まる。しかし、開始してすぐ、サスケはヨロイにおいつめられる。サスケの呪印はチャクラに反応するため、得意の写輪眼がつかえず、さらに、サスケはヨロイにチャクラをすいこまれていく。そんな中、サスケはリーの体術とまったく同じワザをくり出した！

さらに、サスケをのみこもうとした呪印の力までもおさえこんで、写輪眼の力を開花させる。そしてサスケは、「獅子連弾」をはなち…。

ぶじサスケに封印をほどこしたカカシのうしろに、大蛇丸があらわれた。大蛇丸はみずからの野望のために、写輪眼を持つ「うちは」の力がほしいとカカシに告げる。　一方、第三試験予選では、サスケにうでをおられたため片うでしか使えない音隠れの下忍・ザクと、木の葉隠れの下忍・シノが戦っていた。ふたりの戦いは、チャクラを食らう大量の寄壊蟲（きかいちゅう）を思うままにあやつるシノが有利にみえた。しかし、じつはザクは両うでが使えたのだ！

予選は順調に進み、次の対戦は砂がくれの我愛羅の仲間・カンクロウと、大蛇丸の手先・ミスミに決まった。試合が開始されてすぐ、あらゆる関節をはずしグニャグニャになった体を思うとおりにあやつるミスミが、カンクロウをとらえた。ところが、彼がとらえたのは、実は人形だったのだ。彼は人形をあやつる傀儡師（くぐつし）だったのだ。形勢は一気に逆転し、カンクロウの勝利に終わる。

次の対戦、サクラＶＳいのが発表された。そして、おさななじみにして、ライバルであるふたりの対戦が始まり…。

第四回戦は、おさななじみでもあり、サスケを間にはさんだ恋のライバルでもあるサクラといのの試合。サクラは小さいころからいのにあこがれにもにた感情をいだいていたが、今は真正面から勝負をいどむ。

ごかくにわたり合う両者。だが、いのはサクラの挑発にのったと見せかけ、心転術でサクラの精神をのっとりにかかる。一度はサクラにのりうつり、試合を棄権（きけん）させようとするのだったが…。

第５回戦は、テンテンＶＳテマリ。飛び道具の達人・テンテンは、さまざまな忍具でテマリにいどむが、巨大扇子を使ったテマリの忍術でことごとくはね返されてしまう。テンテンの武器攻撃を完全にふうじたテマリは勝者となり、砂隠れの里のおそろしさを見せつけた。 　第６回戦は、シカマルＶＳキン。キンが有利に勝負を進めるが、シカマルが忍法・影真似の術を使ったことにより…。

第７回戦はナルトvsキバ。赤丸を連れているキバは、擬獣忍法・四脚の術でナルトを攻撃。ピンチかと思われたナルトだったが、そこからばんかい。煙玉を投げこまれたナルトは、影分身に変化の術を応用してキバに反撃し、その強さをまわりに見せつけた。だが、そこで赤丸とキバは兵糧丸を飲み、ナルトへのはげしい攻撃を開始し…。

兵糧丸を飲んでチャクラを倍増させたキバと赤丸は、ナルトに対して一気に反撃に出た。一方ナルトは、変化の術をうまく使って、すぐれた嗅覚（きゅうかく）を持つキバをまどわせ、新しい必殺技でたおそうとする。そこで出されたナルトの奥の手とは…?!

第８回戦はヒナタｖｓネジ。彼らはたがいに日向家の宗家と分家、つまり因縁の親戚同士の戦いとなった。気弱なヒナタはネジの迫力に圧倒されるが、ナルトのはげましの声を聞き、戦いにいどむことを決意する。日向家が受けつぐ「白眼」という瞳術を持つ２人は、いかなる戦いを展開させるのか…？

ネジとの戦いに真正面からいどんだヒナタだが、白眼を使ったネジに点穴をつかれ、チャクラの流れをとめられて、気絶しそうになってしまう。だがヒナタは、なにごとに対してもあきらめずに自分の忍道をつらぬきとおすナルトのすがたを思い出し、勇気をふりしぼって立ち上がる。以前のヒナタとはちがい、限界をこえて立ちむかうそのすがたに、みんながおどろくが…。

第９回戦は、いよいよ我愛羅が登場。対戦相手は体術のスペシャリスト、リーだ。ヒョウタンの砂を思いのままにあやつる我愛羅を相手に、リーは超人的な体術を使っておいこむ。そして、とうとう我愛羅の絶対防御「砂の鎧」がはずされることとなったが…。

リーが禁術である表蓮華で我愛羅をてってい攻撃。勝負がついたかに見えたが、それは我愛羅の砂のぬけがらに対する攻撃でしかなかった。そこから我愛羅は、蓮華により体を動かすことができないリーをもて遊びはじめる。おいこまれたリーだが、師匠・ガイのはげましをささえに立ち上がり、表蓮華以上の禁術とされる裏蓮華で勝負をつけようと決意するが…。

すてみの禁術・裏蓮華での攻撃を決意するリー。これは、チャクラ穴の密集した八門のうちのひとつを開ける表蓮華に対し、３つ以上の門を開けることをさす。八門すべてを開いた状態では、そのワザを使用した忍の死すら意味するということからもわかるとおり、これはかなりきけんな禁術なのだ。第五の門まで開けたリーは、超人的な高速連続体術を使い、まさに命がけで我愛羅へ攻撃するが、我愛羅は砂縛柩で猛反撃。気を失ってしまったリーは、自分の忍道を証明するため、またしても立ち上がろうとするが…。

予選最終戦のチョウジと大蛇丸の手先・ドス対戦は、チョウジの肉弾戦車（にくだんせんしゃ）に対して、ドスが音で攻撃して勝利する。予選はすべてぶじに終わり、いよいよ本選の内容が火影から発表されることとなった。

そしてそのうらでは、大蛇丸が思いもよらぬ行動に出ようとたくらんでいた。彼がねらっているサスケのもとには、大蛇丸の右うで・カブトのすがたがあったが…。

ナルトの先生だったカカシは、１か月後の本選にそなえてエビスをナルトの修行の先生に指名。エビスから、チャクラコントロールがうまくできないことを注意されたナルトは、温泉の湯の上を歩く修行にはげむ。いがいに早くコツをつかむナルトに感心するエビス。その時、とつぜん２人の前にある人物があらわれ…。

とつぜん、エビスとナルトの前にあらわれたのは、伝説の三忍のひとり・自来也だった。女湯をのぞいていた彼を「エロ仙人」とからかうナルト。だがナルトは、エビスの代わりに修行の先生になってほしいと自来也にたのむのだった。

ナルトの修行を見てやることにした自来也は、ナルトのお腹にある九尾の封印式を見つけ…。

満月の夜、屋根の上にいた我愛羅の前に、音忍・ドスがあらわれる。１回戦余り者のドスは、ここで我愛羅をたおし、本戦でサスケと戦うつもりなのだ。だが、あっさりと我愛羅にたおされてしまう。

そのようすをこっそりと見ていたのは、砂隠れの上忍・バキと音の手先・カブト。木ノ葉と同盟国の砂隠れの里は、音隠れの里とともに木ノ葉をくずす計画を立てていたのだった。

２人の密会を見ていたハヤテはがく然とする。そして、まっさきに火影に伝えようとするハヤテだったが、バキに見つかり、その場で決闘となってしまう。

いっぽう、自来也はナルトに「口寄せの術」を教えるのだが、ナルトが口寄せしたものは…。

ナルトは自来也に、あらゆる時に生き物を忍術でよび出すことができる「口寄せの術」を教えてもらう修業をつづけていたが、自分の中にねむる九尾の狐（きゅうびのきつね）のチャクラをなかなかコントロールすることができず、カエルをよび出そうとしてもオタマジャクシをよび出してしまうようなありさまだった。

いっぽう、サクラは入院しているサスケのことが心配でならず、病院へむかう。サクラがおみまいの花を買いにいくと、そこではいのが店番をしていて、「ぬけがけはゆるさない」と、いっしょにサスケのもとにむかうことに。ところが、病室にはすでにサスケのすがたはなかった。

そのころ、集会部屋では火影が木ノ葉の上忍たちをあつめ、桔梗城の近くでハヤテの死体が発見されたことをほうこくしていたが…。

ナルトが自来也について修業を始めて３週間がすぎた。ナルトは修業の間に何度もたおれてしまうほどクタクタ。しかし自来也は、ナルトが未来の火影になるそしつがあるのだとしんじ、修業をつづけさせる。そして、ナルトに「口寄せの術」のコツを聞かれた自来也は、なぜかナルトに大好きなラーメンを食べさせたり、「好きな女の子にだきつけにいけ」と言ってサクラにだきつかせたりする。その後、自来也は「今から死んで来い」とガケからナルトをつき落とした。自来也のねらいは、死の恐怖（きょうふ）の中から、ナルトが自身の中にねむる「九尾のチャクラ」をひき出すことだったが…。

ついに九尾のチャクラをひきだし、「口寄せの術」をものにしたナルト。それにより出てきたのは、ナルトがそのせなかに乗ってしまうほど巨大なガマガエルの「ガマブン太」だった。しかしガマブン太は「おまえのような子どもがオレをよびだせるはずはない」と、ナルトがよびだしたことをしんじようとはしない。くやしいナルトは、せなかから落ちないことでガマブン太にみとめさせようと、ひっしでしがみつくのだった。

そのころ砂の里では、バキがテマリ、カンクロウ、我愛羅をあつめ、つぎの中忍試験で３人を「砂」から出すことをつたえていたが…。

本選当日、砂の一行がとまる宿からぬけ出した我愛羅は、ナルトやリーたちがいる木ノ葉病院にやって来た。我愛羅はリーの病室にしのびこみ、ベッドでねむるリーをぶきみに見下ろす。そして、我愛羅があやつる砂はリーをおそいはじめた。

その時、シカマルが影真似の術で我愛羅の体の自由をうばい、リーのピンチをすくう。だが我愛羅は、「ただ殺したいから殺す。オレのジャマをすれば、おまえたちも殺す」とぶきみに言いはなち…。

いよいよ本選の日がやって来た。ナルトの一回戦の相手は日向ネジ。強いとひょうばんのネジが相手とあって、きんちょうするナルト。そんなナルトがむかったのは、下忍の合格をもらった演習場だった。そこにはぐうぜん、ナルトに思いをよせるヒナタのすがたが。ネジのしんせきであるヒナタに「ナルトくんは失敗するからこそ、そこに立ちむかっていく真の強さがある」と言われ、ナルトは勇気をとりもどすのだった。

その後、本選会場にむかうナルトだったが、会場まではいがいと遠く、ちこくしそうになってしまう。そこへ木ノ葉丸があらわれ、会場までの近道をおしえてくれるが、トラブルにまきこまれてしまい…。

いよいよ、木ノ葉隠れ中忍選抜試験の予選通過者８名による本選がはじまる日がやって来た。しかし、サスケはまだすがたを見せない。ナルトとサクラは、サスケの身に何かあったのではないかと心配する。

一回戦はナルトＶＳ日向ネジ。ナルトにむかって「落ちこぼれは落ちこぼれだ」とつめたく言いはなつネジに対し、ナルトは「ぜってー勝つ！」と宣言する。そして戦いがはじまった！

第一回戦で日向ネジと対戦することになったナルト。人間の「点穴」のツボを見ぬいてくるネジの前に「影分身の術」も通じず、一方的にやられてしまう。さらにネジは「八卦掌回天」という絶対防御のワザを持っていた。これは、360度の視界を持つ上、攻撃をうける時に体全体からチャクラを大量放出し、その放出力だけで物理的攻撃をふせぐというもの。

ナルトの攻撃をかわしたネジは、「八卦掌回天」でナルトの全身64個の点穴をついた。ついに立つこともできなくなるナルトだったが…。

ナルトとネジの対戦は、ネジの圧倒的優勢のままつづいていた。ネジはナルトの胸を手で突き、とどめをさしたかに見えたが、ナルトはボロボロになりながらも立ち上がり、勝負をあきらめようとしない。しかし、ネジの柔拳により全身の点穴をすべて閉じられているため、ナルトはチャクラを出すことができないのだった。

そんなとき、ナルトの頭の中に自来也の言葉がよみがえる。それは、ナルトの中にねむる、強大なパワーをもつ九尾の狐のチャクラのこと。そしてナルトは、決死の思いで印をむすび…。

ナルトにやぶれ、病院にはこびこまれるネジの前に、ネジの伯父（おじ）・ヒアシがあらわれた。ヒアシはネジの父・ヒザシが死んだ時の真実をつたえにきたという。ネジは、ヒアシのためにヒサシがころされたことをうらんでいた。しかしヒアシは、その時自分が死ぬつもりだったこと、そしてヒザシが自分で「運命」をえらんで死んだのだということをつたえる。その話を聞いたネジは、人の「運命」が、今まで思っていたとおり、あらかじめ決められたものなのか、それともナルトが言っていたように、自分でえらぶものなのかを考えるのだった。

つぎの試合はサスケＶＳ我愛羅。しかしサスケはなかなかすがたを見せない。ナルトは、サスケはぜったいに来るとしんじていたが…。

サスケ戦がとばされることになり、急きょ試合に出ることになったのはシカマル。もともとやる気を見せないシカマルだが、「どうせわき役の試合だ」と考えてしまい、さらに相手が女のテマリだと知って、ますますやる気をうしなっていた。

試合中にも雲をながめて、自分が忍者になろうとする理由についてボーッと考えるシカマル。それを観客席から見ていた紅は、シカマルについての意外な事実をアスマに聞かされ…。

シカマルＶＳテマリの試合は、優位に進めていたシカマルがとつぜんギブアップし、テマリの勝利に終わった。次はいよいよ、サスケＶＳ我愛羅の試合だったが、サスケはいまだに会場にあらわれない。タイムリミットはあと10分。「サスケは試合前の修行で大ケガをした」というウワサが飛ぶ中、ナルトはヤキモキし、サクラはひたすらいのる。そして観客の「サスケ」コールがなりひびき…。

一番の注目カード、サスケ対我愛羅の戦いが始まった。我愛羅のまとう砂の鎧を、サスケは驚異的なスピードの攻撃で崩す。その動きは、リーの体術にそっくりだった。体術の修業でリーの「速さ」を身につけたサスケの猛攻に、追い込まれた我愛羅がとった行動とは……。

巨大な砂の繭に閉じこもる我愛羅。全ての攻撃をはね返すその絶対防御に、サスケは新術の発動を決意する。一方、我愛羅の生きる理由が人を殺すためだと知っているナルトは、カカシにこの試合を止めるよう頼むが、カカシはただ見守ったまま。膨大なチャクラを左腕に集中させたサスケの突きが、猛スピードで我愛羅に迫る。

サスケ対我愛羅の試合中、何者かが幻術を使い、会場全体の観客をねむらせてしまう。それは「木ノ葉」の抜け忍・大蛇丸を中心とした「砂」による、「木ノ葉」をたおそうとする作戦開始の合図だった。しかし「砂」の忍者たちは、切り札である我愛羅のキズが深いことから、今回は作戦をおこなうことを見送り、我愛羅をつれて試合会場から去るのだった。

サスケ対我愛羅の試合は中止となり、サスケは我愛羅たちのあとを追う。そして、風影になりすました大蛇丸がすがたをあらわし…。

「木ノ葉」をたおそうとする「音」と「砂」、そして大蛇丸が動きはじめた。戦闘の場となった会場の中で、カカシはサクラに波の国以来のＡランク任務（にんむ）をめいじる。それは、我愛羅のあとを追っているサスケをバックアップするべく、ナルト、シカマルとともにサスケを追いかけることだった。カカシはその手だすけとして、口寄せの術でブルドッグの「パックン」を出す。そして、サクラによって幻術をとかれたナルトとシカマルは、ワケがわからないままサクラにつれられ、サスケのあとを追うことに。

いっぽうやぐらの上では、火影と大蛇丸が向かい合い、戦おうとしていたが…。

忍犬パックンとともに、サスケを追っていたナルト、サクラ、シカマルの３人。しかしそのとちゅう、パックンは後から元木ノ葉の忍・大蛇丸の手下が９人追ってきていることに気づく。９人のレベルは高いと予想され、もし追いつかれればナルトたちは全滅させられる可能性がある。そこで、シカマルは「待ちぶせに見せかけた陽動作戦」を提案。それは、ひとりが残っておとりになり、敵を足止めしている間に３人が逃げるというもの。おとり役となった者は殺される可能性が高いという。そしておとり役として名乗りを上げたのは、なんといつもは逃げ腰のシカマルだった。

火影をとらえ、やぐらの上に連れていった大蛇丸は、結界を張った中で戦いをいどもうとしていた。そして大蛇丸は、死者をこの世によみがえらせる禁術の口寄せ「穢土転生」によって初代と二代目の火影をあの世から呼び寄せ、三代目の火影と戦わせようとする。

そして、初代・二代目火影ＶＳ三代目火影の戦いが始まった。三代目火影は、初代にしかできない伝説の木遁忍術「樹海降誕」により、すさまじい勢いで発生する樹木にとらえられ、がんじがらめにさせられてしまう。しかし、三代目火影は猿魔を口寄せし…。

我愛羅、テマリ、カンクロウの後を追っていたサスケは、ようやく３人に追いついた。カンクロウは我愛羅を連れて逃げ、サスケの前にテマリが立ちはだかる。テマリの「忍法・風砂塵」に苦しめられるサスケ。だが、変わり身の術で相手を制し、ふたたび我愛羅たちの後を追いかける。

いっぽうやぐらの上では、火影と大蛇丸の戦いがつづいていた。大蛇丸の仮面の下に見知らぬ若者の顔があらわれたのを見て、おどろく火影。大蛇丸は、他者の肉体をうばい、その肉体に自らの精神を入れこみ乗っとる転生術「不老不死の術」を使ったのだ。そして、次に大蛇丸がねらっている肉体は、サスケのものだった。かつて大蛇丸が自分の弟子だったころから危険な存在だと気づいていたが、気づかないふりをしていた火影。彼はそんな自分の態度を後悔するのだった。

火影と大蛇丸の戦いは大づめにさしかかっていた。ついに火影は、大蛇丸も知らないとっておきの術「封印術・屍鬼封尽」を発動する。これによって火影は死神を出し、初代火影と二代目火影の魂を体から抜いてしまう。そして、ついに火影と大蛇丸は直接ぶつかり合うことに。

火影の腹からのびた死神の腕は、大蛇丸の腹に食い込み、その魂を抜き去ろうとしていた。屍鬼封尽によって封印された者は、永遠に成仏することなく、死神の腹の中で苦しみつづけるという。しかしこの術は、その効力とひきかえにおのれの魂を死神に引き渡すというもので…。

サスケとカンクロウが戦おうとしているところにあらわれたのは、シノだった。サスケはカンクロウをシノにまかせ、我愛羅を追うことに。

森の中をにげるテマリにせおわれていた我愛羅が目をさました。そこへサスケが追いつき、ふたりは向かい合うことに。その時、とつぜん我愛羅が苦しみだし、顔の半分にヒビが入りはじめた。我愛羅の中で何かがめざめはじめたのだ。サスケに向かって「おまえは…オレの…えものだ！」とさけぶ我愛羅。そしてついにその正体が明らかに…。

半身だけバケモノに変身した我愛羅と向かい合うサスケ。我愛羅がサスケとの戦いにこだわる理由──それは「オレと同じ、力をもとめ、にくしみと殺意に満ちた目をしているから」だという。我愛羅にとって戦いとは、他者を殺すことで自分の存在価値を実感できるという意味を持っていた。サスケに「おまえも同じだ！」と戦いをいどんでくる我愛羅。サスケは、うちは一族の中で自分だけが生き残らされた理由を思い出していたが…。

ナルトとサクラがサスケのもとにかけつけたとき、我愛羅と生死をかけて戦っていたサスケは、力つきてたおれていた。ナルトは半身バケモノに変身した我愛羅のすがたにおどろき、サスケを連れてにげようとする。そのとき、我愛羅はふたたびサスケにおそいかかろうとしてきた。サスケをかばおうとしたサクラは、失神したまま我愛羅の手におさえつけられてしまう。

サスケもサクラもたおれてしまい、どうするべきかおいつめられるナルト。そのとき、とつぜん我愛羅が頭をおさえ、苦しみはじめた。小さいころの記憶が頭の中によみがえったのだ。

我愛羅は、小さいころから「バケモノ」とおそれられ、だれからも愛されずに育ってきたのだが…。

我愛羅の圧倒的な力の前に、手も足も出ないナルト。仲間のために戦うというナルトに対し、我愛羅は自分のためだけに戦うという。そんな我愛羅のすさまじい過去が明らかになる。

バケモノとおそれられ、だれにもみとめてもらえなかった自分の過去と我愛羅の過去を重ね合わせたナルトは、我愛羅に同情する。だが、心の底からわき上がる「負けたくない」という感情が爆発し…。

我愛羅のケタちがいな力の前に手も足も出ないナルト。しかし、体をはってサクラやナルトをすくおうとするサスケの行動を目にしたナルトは、「人は大切な何かをまもりたいと思ったとき、本当に強くなる」という白、イルカのすがたを思い出す。

しんじられない量のチャクラで、我愛羅を圧倒しはじめ、形勢を逆転させるナルト。しかし、ナルトがとどめをさそうとしたそのとき、ものすごい音とともに、ついに我愛羅が本当の姿、「守鶴」の完全体となり…。

我愛羅の狸寝入りの術でその本来の力をはっきしはじめた守鶴。コンビ変化で巨大な九尾のキツネになったナルトとガマブン太は、術でねむっている我愛羅を起こすことによって守鶴の力をうばおうとする。だが、術をといてもなお守鶴の力は強大だった。とうとうガマブン太もジリジリと押されはじめ、我愛羅の攻撃がナルトにせまる。

いっぽう木ノ葉の里では、大蛇丸と三代目火影の戦いがつづいていた。三代目は命がけの封印術「屍鬼封尽」によって大蛇丸を押さえこもうとするが、傷ついた三代目には大蛇丸の魂を封印するだけの力はのこされていなくて…。

死力をつくして戦いをくり広げたナルトと我愛羅。もはやふたりに戦うことはおろか、立ち上がる力ものこされてはいなかった。しかし、それでもサクラをまもるために、はうようにして我愛羅にむかっていくナルト。我愛羅は、なぜナルトはこんなに強いのかと疑問に思う。

里の人間にきらわれ、自分がだれからも必要とされない存在だと思ってそだってきたナルトと我愛羅。しかし、ふたりの決定的なちがいは、そんな自分の存在をみとめてくれた大切な人をまもりたいと思う心だった。「愛情…だからこいつは強いのか…」と我愛羅は悟るようにつぶやき…。

大蛇丸の木ノ葉くずしをなんとかしりぞけた木ノ葉隠れの里。しかしそのキズあとは深く、立ち直るための作業を急いでいた。

ちょうどそのころ、里に見なれぬふたつの人影が。サスケの兄・うちはイタチと手配Ｓランクの重罪人・干柿鬼鮫だ。ただごとではないオーラに気づいたアスマと紅は、いち早くふたりのもとにむかう。そしてその正体を知り、戦いに突入するのだった。

アスマと紅のピンチを、ギリギリのところですくったカカシ。そして、これまでまったく手を出さなかったイタチが、ついに戦いにくわわることに。いよいよ写輪眼をもつ者どうしの戦いが始まった。

最初は互角の展開となるイタチとカカシの勝負。だが、写輪眼の真の継承者（けいしょうしゃ）であるイタチが、「最強」といわれおそれられてきたうちは一族の本当の力を発動させる。はたしてカカシは、その強大な力に対し、勝利することができるのか？

現在行方不明の伝説の三忍のひとり・綱手（つなで）の消息をつかむため、ナルトと旅に出た自来也。彼はこの旅で、謎の組織「暁」の一員となったうちはイタチからナルトを守りながら、自分の弟子として修業をつませようと考えていた。自来也から新しい忍術を教えてもらえると張り切るナルト。そんなナルトに、自来也は、かつて自分の弟子だった故・四代目火影、そして若かりしころの自分の姿を重ねるのだった。

いっぽう、イタチの幻術にかかって昏睡状態になっていたカカシを見舞いに来たサスケは、そこで重大な事実を知る。一族を壊滅に追い込んだ実の兄・イタチが木ノ葉にあらわれたということ、そしてそのイタチがナルトをねらっているということ…。サスケは、ナルトと自来也がむかったという宿場町にむかうが…。

イタチと戦うため、ナルトがいるという宿場町にひた走るサスケ。彼は、いまわしい過去を回想していた。

かつてはサスケのじまんの兄だったイタチは、７歳で忍者学校（アカデミー）をトップの成績で卒業し、わずか13歳で木ノ葉最強の部隊「暗部」の分隊長までつとめていた。しかしある夜、たったひとりで木ノ葉の名門・うちは一族をほろぼしてしまう。ただひとり、弟のサスケだけをのこして…。

いままさにナルトを連れ去ろうとしていたイタチ。サスケは宿場町にとうちゃくするが…。

鬼鮫にやられそうなところを、間一髪、自来也に救われたナルト。イタチたちは、やはりナルトの中に封印されている九尾の狐の力をねらっていたのだ。「ナルトはわたさない」と、イタチと鬼鮫の前に立ちはだかる自来也。しかし、イタチに手首の骨を折られたサスケの「手を出すな」という声が、自来也をおしとどめた。はげしい痛みに顔をゆがめながらも、なおもイタチに立ち向かおうとするサスケ。父と母、そして一族の命をうばったイタチへの復しゅうの戦いが始まるが…。

心身ともに深手を負ったサスケは、ガイの手で木ノ葉の里に送り返されることになった。伝説の三忍のひとり、そして医療スペシャリストである「綱手」がいれば、サスケを、そして里で同じくイタチに深手を負わされたカカシを救える…。自来也とナルトは、綱手の手がかりを求めて歓楽街へむかう。

運悪くヤクザ者の忍者にからまれてしまうふたり。しかし、そこで自来也が見せた技によって、一瞬にしてヤクザ者たちはふっ飛んでしまう。自来也はその強力な技をナルトに伝授しようとしていた。

いよいよナルトの本格的な修行が始まった。「技を教えてもらえる」とはしゃぐナルトだったが…。

いよいよ自来也によるナルトの修行がはじまった。習得しようとしているワザは、あの四代目火影がのこした忍術で、そして天才忍者といわれる四代目でも習得に丸３年かかったという術だった。

修行の第１段階は、手の平から出すチャクラの流れで水風船を割ること。かんたんそうに見えるその修行だったが…。はたしてナルトはこの第１段階をクリアすることができるのか!?

修行の第一段階はなんとかクリアするナルト。だが、次の段階であるゴムボールをチャクラの勢いで破裂させるという修行は、想像以上にむずかしいものだった。なんとかボールに穴をあけるところまではいくが、まだまだ破裂させるレベルにはほど遠い。そんなナルトに、自来也は「手の平に墨で書いた点に意識を集中すれば、思わぬ力を引き出すことができる」というヒントをあたえる。

ふたたび修行をはじめるナルト。しかし、思うように成果が上がらない。そんな時、ナルトは昔なつかしい忍者学校でのできごとを思い出し…。

町のお城を見学する綱手とシズネの前に、とつぜんあらわれた大蛇丸とカブト。三代目火影の封印術によって負った大蛇丸のケガを、医療スペシャリストであり伝説の三忍のひとりである綱手に治療させようというのだ。しかし、木ノ葉の里を裏切り、三代目火影を亡き者にした大蛇丸を、綱手が治療などするはずがない。だがそこには、綱手のかなしい過去を利用したひきょうな取引条件が用意されていて…。

みずからの腕のキズを治させるために大蛇丸が出してきた条件は、綱手の最愛の弟・綱樹とかつての恋人・ダンを禁術の力で生き返らせることだった。しかも腕のキズが治った場合、大蛇丸はただちに木ノ葉崩しを再開するという。返事の期限は１週間。綱手は、木ノ葉の里への思いと、失った最愛の弟と恋人をとりもどせるという誘惑の間で、ゆれるのだった。

そんな中、ようやく綱手と出会えた自来也は、五代目火影就任要請を告げるが…。

歴代の火影たちをバカにするような綱手の言葉にたえ切れず、ケンカを売ったナルト。綱手の一瞬のすきをついて修行中の四代目火影のワザを使うが、あえなくかわされてしまう。すると綱手は、今度は自来也に向けて非難をはじめる。それを聞いて腹を立てたナルトは、３日でワザをマスターすると宣言してしまう。そんなナルトに、綱手は「１週間でワザをマスターできたら初代火影が持っていた首飾りをわたす」と言いはじめた。その首飾りは、綱手の大切な、そしてつらい思い出がつまったものだった。さらに、綱手の悲しい過去が明らかに…。

綱手から首飾りをもらうため、一週間で術をマスターしようと必死になるナルト。いっぽう綱手は、かつて愛した男と弟を生き返らせるという大蛇丸の誘惑に、まだ迷っていた。すぐに返事をしない綱手に、カブトは疑念を感じるが、「かならず条件をのむ」と大蛇丸は自信があるようす。

　そのころ、酒場で酒を飲んでいた自来也は、何者かに薬を盛られ、息も絶え絶えになっていたが…。

綱樹とダンにひと目でいいから会いたいと思う綱手は、一度は大蛇丸の誘惑に乗りかけたが、ふたりの共通した夢をナルトにより思い出させられ、すんでのところで思いとどまる。

どうしても綱手の力によって腕を治したい大蛇丸は、綱手の心の中にあるもっとも「痛い」部分にふれる。そしてそれにより、綱手は再起不能状態におちいってしまうのだった。

いっぽうナルトは、「君には忍の才能はない」とカブトに告げられ、ひるんでいた。そして、自来也VS大蛇丸、ナルトVSカブトの攻防戦の幕が切って落とされるが…。

口寄せの術で大蛇を呼び出す大蛇丸とカブト。それに対し、まだ薬のせいでチャクラをうまく練られない自来也は、小さいガマ吉を登場させてしまった。大蛇丸に自来也をののしられて腹を立てたナルトも、口寄せの術を行うが、現れたのはガマ吉の弟のガマ竜だった。

大蛇丸に押されてしまう自来也。「ナルトには才能がない」という大蛇丸に対し、自来也は「忍の才能で一番大切なのは、あきらめないど根性だ」と言い返す。

いっぽう、シズネとナルトを倒したカブトは、ふるえる綱手に近づき、けりはじめた。それを見て怒りに燃えたナルトは、なんとか体を起こして反撃に出ようとするが…。

「まっすぐ自分の言葉は曲げない」それが自分の忍道だと言うナルト。カブトから受けたキズでフラフラになりながらも、縄樹、ダンが追いかけたのと同じ夢を持つナルトに、綱手は最後の望みをかける。

彼女にとってネックになっていたのが「血液恐怖症」だったが、ナルトを守る気持ちがそれを克服させる。しかし、そのためにある封印を解放してしまい…。

ともに口寄せの術を使う自来也、綱手、大蛇丸。そして死闘がはじまった。

自来也と綱手は、ふたりがかりで大蛇丸に立ち向かうが、やはり元三忍のひとりをそう簡単にはたおせない。キズついた体を引きずりながら、必死に大蛇丸に戦いを挑む綱手だったが、ある違和感を覚えていた。その違和感が意味するものとは…？

五代目火影を綱手が正式に襲名するために、木ノ葉の里に向かうナルトたち。だが綱手の発言により、とちゅうの温泉街に立ちよることに。そこでナルトたちを待ちかまえていたのは、綱手が借金をしていた赤城一味だった。

ナルトたちが入浴している間に、首かざりをぬすむ赤城一味。気づいたナルトは追いかけるが、話を聞くうちに一味に同情してしまう。そしてナルトは、赤城一味と手を組むことにするが…。

火影就任前にサスケとリーのケガを治すよう綱手にたのむナルト。リーをみてあげた綱手は、彼に「忍以外の道をさがせ」ときつい通告をする。中忍試験の時に砂漠の我愛羅と戦ったリーの体は、もうボロボロだったのだ。

「体術だけでもりっぱな忍者になれることを証明する」それがリーの目標だった。しかし、その希望が絶たれたリーは、これからどうするのか？

いっぽう木ノ葉の里は、音忍の襲撃からまだ回復できていなかったが…。

綱手から、忍者をやめるか、もしくは生きるか死ぬか成功率50％の手術をうけるかと言いわたされ、ためらうリー。

いっぽう、三代目火影と衝撃的なわかれかたをした木ノ葉丸は、いまだそのキズがいえず、ひとりカラに閉じこもる毎日。そんな木ノ葉丸は、新しい火影となった綱手のことが気に入らない。こまらせてばかりいる木ノ葉丸を力ずくでなんとかしようとする綱手だったが、ナルトが説得に向かうことになり…。

綱手から「忍者をやめろ」と通告されたリーは、恩師・ガイと出会った時のことを思い出していた。

忍術も幻術もできず、いつも周りから見下されていたリー。だがガイだけは「熱血さえあればいい」と力強く言ってくれた。そんなガイの言葉のおかげで、リーは「体術だけでもりっぱな忍者になれることを証明する！」という夢を持ち、きびしい練習を乗り越えることができたのだ。

いっぽう、リーに死に等しい宣告をした綱手は、彼の無念を痛いほどに感じていた。そこで綱手は、成功率50％、失敗すると命を失うというむずかしい手術を行う決意をかためるが…。

ナルトたち３人にとって、目から下をマスクでかくしているカカシの素顔はきょうみの的。その素顔を見るため、３人はがんばることに。

まずは、カカシにラーメンをごちそうし、マスクをはずして食べる瞬間を見ようとする３人。ふだんとは明らかにちがう３人の行動をあやしく思いながらも、カカシはラーメンを食べようとするが、もうすこしのところでこの作戦は失敗。

なんとしても素顔を見たいナルトたちは、次から次へと作戦を実行するが…。

ナルト、サスケ、サクラにＢランク任務が命令された。綱手によれば、隣国・茶ノ国で４年に一度行われる、トドロキ大社の奉納の儀で開かれるレースに参加する人を護衛してほしいというものらしい。そして３人は、依頼主の茶ノ国・次郎長親分のもとへ送り出される。

茶ノ国へむかうとちゅう、ナルトたちは忍者が大きらいだという謎の男・イタデと出会う。イタデはナルトたちにいちゃもんをつけて走り去ってしまうが、その足の速さはなみはずれたものだった。

そして次郎長親分のもとに着いたナルトたちは、今回の任務の本当の内容を聞かされ、おどろくのだった。

伝統ある大祭でイダテが茶番を演じたと思いこんでいる家老たちは、「このレースに勝たねば一家を取りつぶす」と次郎長をおどす。それでも次郎長は、イダテにはなんらかの策があり、逃亡したのだと信じていた。

いっぽう、逃げ出したイダテに追いついたナルトたちは、雨忍・アオイたちからイダテをまもるために、必死で説得をはじめる。だが、忍者ぎらいのイダテは、耳を貸そうともしない。そうしているうちにも、雨忍の気配がすぐそこまで近づいていたが…。

雨忍との水中戦に苦戦するナルトたちだったが、なんとか逃げることに成功し、イダテに追いついた。しかしそこにいたのは、傷つき意識を失ったイダテと、余裕の笑みをうかべたアオイの姿だった。そのころ、ワガラシ一家の走者・フクスケは勝利を確信し、休憩（きゅうけい）に入っていた。

イダテがなぜ忍者をにくむのか、どうして次郎長親分に命をはってでも忠誠を尽くすのか。介抱したイダテから、その悲しい理由を聞いた３人。ナルトの胸には熱い思いがこみ上げてきたが…。

アオイの妨害にあいながらも、必死にゴールをめざすイダテ。ナルトたちに助けられながらも、決して誰も信じようとはしないイダテの過去が、いま明らかになる。

かつては忍者をめざしていたイダテ。中忍試験の時、試験官としてあらわれたイダテの兄・イビキが出した10問目の問題、それはスリーマンセルどうしの闘いだった。その内容は、3人で課題を競い合い、その中のひとりが落第するというもの。仲間を想いながらも中忍をめざして試験にのぞむ決意をしたイダテに、イビキは全員失格と言いはなつ。わけがわからず、絶望したイダテは、そのあとかこくな運命をたどることに…。

アオイの妨害にあいながらも、必死にゴールをめざすイダテ。ナルトたちに助けられながらも、決して誰も信じようとはしないイダテの過去が、いま明らかになる。

かつては忍者をめざしていたイダテ。中忍試験の時、試験官としてあらわれたイダテの兄・イビキが出した10問目の問題、それはスリーマンセルどうしの闘いだった。その内容は、3人で課題を競い合い、その中のひとりが落第するというもの。仲間を想いながらも中忍をめざして試験にのぞむ決意をしたイダテに、イビキは全員失格と言いはなつ。わけがわからず、絶望したイダテは、そのあとかこくな運命をたどることに…。

ワサビ一家とワガラシ一家が火花を散らす、トドロキ大社の奉納の儀。大名立ち会いのもとで行われたレースも、いよいよ終盤にさしかかる。イダテを信じて、ゴールで待つワサビ一家の次郎長親分。しかし、イダテの前にはワガラシ一家がやとった忍、アオイが立ちはだかる。

ゴールを目前にしてアオイの前にたおれたサスケ。そのサスケを助けようとしたサクラは、サスケとともに崖下へ落とされてしまった。いっぽう傷ついていたナルトは、残された力をふりしぼって立ち上がる。イダテを守り、サスケとサクラを助けるために…。そして、いよいよナルトとアオイの最終対決がはじまった！

中忍をめざして熱戦がくり広げられていた選抜試験。最終試験が中断され「合格者ナシ」かと思われたが、シカマルが推挙され、中忍に昇格することが決定。それを祝って、いの、チョウジ、そしてアスマとともに焼肉屋で祝杯を上げる。楽しげなシカマルたちをよそに、リーはふたたび忍として動ける体を取りもどすために、危険な手術を受ける決意を固めていた。

そのころサスケは、病室でもの思いにふけっていた。ナルトは新しい術を身につけ、日増しに強くなっている。サスケはそんなナルトにはげしい嫉妬（しっと）の炎を燃やしていた。そこへ、ふたたび大蛇丸の魔の手が忍びより…。

とうとう始まったナルトとサスケの真剣勝負。ふたりははげしくぶつかり合い、ついにナルトは螺旋丸を、サスケは千鳥を発動する。もう術を止められないところまで来ていたその時、ふたりの間にサクラが飛び出してきた。そして、間一髪のところでカカシが止めに入るが、ナルトとサスケの間には亀裂が入ってしまうのだった。

ナルトの成長スピードを身近で感じて劣等感をいだくサスケ。イタチへの復讐に燃えるあまりナルトの実力をみとめられずにいる彼の前に、突然音忍四人衆があらわれるが…。

サスケの前に突然現れた、鬼童丸、左近、次郎坊、多由也の音忍四人衆。イタチへの復讐に燃えていたサスケは、その怒りを音忍に向ける。しかし、音忍たちは圧倒的な強さでサスケにおそいかかってきた。

いっぽうサクラとナルトは、ラーメン屋にやって来ていた。サスケの体に刻まれた大蛇丸の呪印についてなやむサクラに、明るく大丈夫だと言い切るナルト。「サスケはあんなヤツのさそいには乗らない」というナルトの言葉に、サクラは救われたように微笑む。

そのころ音忍たちは、左近の手中にいるサスケに、イタチへの復讐のためにも大蛇丸の元へ来いとさそっていたが…。

必死で引き止めるサクラの言葉も届かず、音の四人衆とともに木ノ葉を抜けたサスケ。それを知った綱手はシカマルを呼び、緊急任務を言い渡す。シカマルはすばやい判断でナルト、チョウジ、ネジ、キバを集めた。ナルトはサクラに「かならずサスケを連れもどす」と約束し、シカマル小隊はサスケ奪還に出発する。

呪印の力を覚醒させる薬「醒心丸（せいしんがん）」を飲み、仮死状態となるサスケ。四人衆はサスケを棺桶に入れて封印し、大蛇丸のもとへと運ぶ。一方、任務から帰還中のゲンマたちは森の中でその不穏な気配に気付く。戦闘になる木ノ葉上忍と音の四人衆だが……。

音忍四人衆とともに音隠れの里へ向かう道中、サスケは呪印の力を増幅させるため、醒心丸を飲んで仮死状態となる。音忍たちはサスケをかんおけに入れて封印し、大蛇丸のもとへと運んでゆく。そこへ、木ノ葉の上忍、ライドウとゲンマがぐうぜん通りかかるが、音忍四人衆にやられてしまうのだった。

上忍との戦いで疲れて休んでいる音忍四人衆になんとか追いつくナルトたち。だが、気配をさとられ、先制攻撃を受けてしまう。ナルトたちも反撃するが、次郎坊の術で土壁の結界の中に閉じこめられてしまい…。

次郎坊の術で土壁の結界の中に閉じこめられてしまったナルトたち。しかも、壁の外では次郎坊がナルトたちのチャクラを吸いとり、５人は次第に体力をうばわれていた。しかし、シカマルの好判断とチョウジのパワーで、５人は結界から脱出することに成功。いきおいづいて反撃に出たナルトとキバだが、次郎坊にいともたやすくやられてしまう。

このままではサスケは国境を越え、自分たちの手のとどかないところへ行ってしまうと判断したシカマルは、サスケを追うチームと次郎坊を足止めするチームの二手に分かれると決断。そして、ひとりで残るというチョウジが次郎坊の前に立ちはだかるが…。

飲めば爆発的なパワーを得ることができる青、黄、赤の三色の秘薬を持って今回の任務にのぞんでいたチョウジ。その秘薬には、薬の効果が切れると体中が痛むという副作用があった。まず青のホウレンソウ丸を飲んだチョウジは、次郎坊の攻撃を食い止める。だが次郎坊は手ごわく、続いて黄色のカレー丸にも手をのばすことに。部分倍化の術で腕や足を巨大化させ、次々と攻撃をくり出すチョウジ。しかし次郎坊は呪印を解き、いままでの10倍以上の力で反撃してくる。秘薬の副作用で動けなくなったチョウジにようしゃなくおそいかかり、チャクラを吸い取る次郎坊。遠のく意識の中、チョウジは幼い日のシカマルとの出会いを思い出していたが…。

サスケを入れた棺桶を持って先を急ぐ音忍たちは、ナルトたちが次郎坊をたおして追ってくるとは思いもせず、トラップもかけずに進んで行く。その不意をついて攻撃しようと、術で次郎坊に化けたシカマルが音忍たちと合流する。しかし、すぐに見破られ､シカマルは蜘蛛の糸を吐く鬼童丸の忍法蜘蛛縛りの術で捕まってしまう。すぐさまナルトと影分身たちがおそいかかるが、やはり蜘蛛の糸に捕えられる。さらに、忍法蜘蛛粘金の術で硬い糸を吐き出してくる鬼童丸に対し、ナルトはひっしになって糸を切ろうともがくが…。

互いに一歩も引かないネジと鬼童丸の攻防。接近戦に持ちこみ、柔拳での攻撃に勝機を見出そうとするネジ。いっぽう鬼童丸は、接近戦を避け、口寄せした大蜘蛛が生み出す無数の子蜘蛛を使って攻撃を仕掛ける。それらをことごとく防御するネジの白眼の力に驚きながらも、鬼童丸はあることに気づく。

ネジの白眼に存在するわずかな死角を、鬼童丸は見逃さなかった。状態2に変化し、力を解き放った鬼童丸に追いつめられたネジ。その脳裏に中忍試験でのナルトとの戦いが蘇る。あの日ナルトに言われた言葉をかみしめながら、ネジが決死の反撃に出る！

サスケを明日中に大蛇丸の元へ届けなければならない音忍たちと、そのあとを追うナルト、シカマル、キバ＆赤丸の３人と１匹。なかなか音忍たちに追いつかずに苛立つナルトとキバは、夜のうちに奇襲攻撃をかけようと提案する。しかし、シカマルは夜の攻撃は危険なうえに不利な点が多いと判断し、朝を待って奇襲攻撃をかける作戦を立てる。

その頃、木ノ葉隠れの里の３代目火影によって深手を負わされた大蛇丸は、死の淵をさまよっていた。

ついにサスケをとりもどすことに成功したナルトたち。しかしその背後には、サスケをうばわれ、闘志に燃える左近と多由也がせまる。赤丸は退却しながらも木に起爆札をはりつけ、左近をワナにはめる。しかし、怒りくるった左近につかまり、ワイヤーで木にしばりつけられてしまう。間一髪のところでキバが赤丸を救出するが、その瞬間、起爆札が爆発し、キバと赤丸は左近とともに谷底へと落下してしまうのだった。

いっぽう多由也は、ナルトたちにせまってきていた。とっさに身がまえるナルトたちだったが、次の瞬間、ただならぬ殺気とともに君麻呂がすがたをあらわし…。

森の中で多由也を足止めしたいシカマルは、多由也が口寄せの術でよび寄せた３人の巨人たちに苦しめられていた。巨人たちの攻撃をかわすのが精一杯のシカマル。 いっぽう、草原では君麻呂とナルトの戦いがはじまろうとしていた。ナルトの影分身たちにとりかこまれながらも、不敵な笑みをうかべる君麻呂。

そしてそのころ、谷底で戦うキバと赤丸の前には、新たな敵がすがたをあらわしていた。左近の体から兄の右近が出てきたのだ。

他人の体に侵入することができる右近は、キバの体に入りこみ、その細胞を破壊しようとしていた。そこでキバは、右近を体内にとどめたまま自決を決意し、クナイを腹部に刺す。痛みに顔をゆがめるキバと右近。そしてキバがとどめを刺そうとしたその瞬間、右近はキバの体から出てきた。同じ場所から血を流して苦しむ右近に、キバは力をふりしぼってクナイを放ち…。

そのころ、ナルトは君麻呂の血継限界を目の当たりにし、そのおそろしさにおどろいていた。そしてシカマルは、多由也のあやつる巨人たちに苦戦していた。はたして３人はそれぞれの闘いを制することができるのか!?

右近と左近にキズを負わせ、赤丸をかかえて脱出したキバ。そのころナルトは、君麻呂の骨剣に苦戦を強いられていた。 　 いっぽうシカマルは、多由也のあやつる３人の巨人にてこずっていた。多由也の吹く笛の曲調が変わったとたん、巨人たちは口から物質化霊をはき出す。ときはなたれた物質化霊は、シカマルの腕から身体エネルギーを食いちぎり、なおも迫る。とっさの判断で、のこりすくない起爆札と煙玉をつかって逃れるシカマルだったが、完全に不利な状況。いったん身をかくし、策を練るシカマルは、やがて意を決したように起死回生の反撃を開始するが…。

ついに多由也を影縛りの術で捕まえることに成功したシカマル。しかし、“状態２”となった多由也は、強大なパワーで押し返してきた。一度はなせばやられると確信したシカマルは、奥の手でカタをつける決意をする。

そのころキバは、赤丸を手当てし、自分のキズにも薬をぬっていた。だがその時、迫りくる人影を察知して…。 いっぽうナルトは、大勢の影分身をもってしても君麻呂に一発も入れることができずにいた。君麻呂の強さにがく然とするナルト。その時、かんおけの中からけむりとともにサスケがあらわれた。しかしサスケは、森の奥へと去ってしまい…。

突然すがたをあらわしたリーに君麻呂をまかせ、目ざめたサスケの後を追うナルト。しかし、サスケは不敵な笑みをうかべながら、ナルトを無視して森の中をつき進んでゆく。

君麻呂を足止めしていたリーは、薬とまちがえて持ってきた綱手の酒を飲みほした。じつはリーはすごい酒乱で、酔拳の使い手なのだという。酔えば酔うほど強くなる酔拳。リーは、ふらつきながらも強烈な攻撃をしかける。リーの体術に押される君麻呂だったが…。

音の忍の圧倒的な強さに絶体絶命となるシカマル、キバ、リーの前にあらわれたのは、砂の忍、我愛羅、テマリ、カンクロウだった。

リーにおそいかかる君麻呂を砂の壁で守った我愛羅。そんな我愛羅の態度をうたがうリーだったが、じつは木ノ葉の５代目・綱手が砂の里に応援を依頼していたのだ。

そのころ、多由也のパワーに押されていたシカマルは、攻守を一手でやってのけるテマリの術におどろいていた。

そして、いち早く３人の気配を感じていたキバは、カンクロウの登場にもさほどおどろいていなかった。体内に侵入しようとする左近に、クロアリをしこんだ傀儡人形でむかえうつカンクロウ。たのもしい援護を得て、いよいよ反撃が始まる!!

我愛羅の鉄壁の砂のガードを破るのは困難なうえ、コントロールできる砂の量が限られていると考えた君麻呂は、接近戦をあきらめ、遠距離から攻撃をしかける。しかし、自らの骨を指先から次々と飛ばす君麻呂の攻撃にも我愛羅はひるまず、砂の防御と攻撃を同時にくり出した。さらに我愛羅は、砂で土の中の岩石や鉱物をくだいて砂にし、大量の砂を駆使して、ついに君麻呂を砂の中に閉じこめることに成功する。よろこぶリーだったが、我愛羅は「君麻呂はサスケと同じ目をしている」と言うのだった…。

君麻呂はおさないころ、暗い牢獄の中で育てられた。なぜ自分がそんな仕打ちを受けるのかもわからずに、自分自身さえ見うしないかけていた時、彼に“戦うこと”という指令があたえられ…。

呪印を開放し、変貌する君麻呂。砂の戒めを突き破り、その血継限界の力で我愛羅を追いつめる。さらに最強硬化した骨で我愛羅の絶対防御、守鶴の盾を貫こうとする。互いに最硬を誇る、「矛」と「盾」の激突の行方は……!?

火の国国境付近の峡谷で、ついにサスケに追いついたナルト。しかし、サスケはすでに以前のサスケではなかった。非情に決別の意志を露にし、命懸けで助けにきた仲間たちの想いを踏みにじるようなサスケに怒りを爆発させたナルトは、激しくぶつかっていく。

大蛇丸のもとへと急ぐサスケを思いとどまらせようとして、はげしくぶつかっていくナルト。だがサスケは、写輪眼を使わずにナルトの攻撃をいともたやすくかわし、逆に攻撃をしかけてきた。そしてサスケは、兄・イタチに追いつくためには、力と憎しみが必要だと言うのだった。

幼い日のサスケの記憶には、弟思いのやさしいイタチのすがたがあった。サスケはそんなイタチを慕いながらも、父の期待を一身に受けるイタチがうらやましく、また憎らしくもあった。優秀な忍のイタチに追いつくため、幼いサスケは、ひたすらその背中を追いつづけていたが…。

サスケを木ノ葉の里へ連れもどすため、力ずくで立ちむかうナルト。しかし、ナルトの影分身の術もサスケの写輪眼によって見やぶられ、逆に火遁・豪華球の術でたおされてしまう。

サスケには、この火遁の術に強い思い入れがあった。この術はうちは一族に代々伝わるもので、使えるようになって初めて一人前とみとめられる。おさないころ、サスケが初めて父から直接教わったのがこの術だった。それまで兄のイタチにばかり目をかけていた父が、初めて自分に目をむけてくれたのがサスケにはうれしかった。しかし、サスケは父の目の前で術に失敗してしまう。その日から、ボロボロになりながらも必死に修業をかさね、術を習得したサスケは、ようやく父にほめてもらうが…。

ナルトを滝に落としたサスケ。水底へしずんでいくナルトを、サスケは「どんなことがあっても、力を手に入れてやる」と静かに見下ろす。そして、血まみれになったうちは一族の集落を思い出すのだった。

親しい人々、そして両親さえもたおしてしまったのは、ある方法で万華鏡写輪眼を使えるようになったイタチだった。ショックを受けたサスケはイタチを問いつめるが、彼は「己の器をはかるためにみな殺しにした」と冷たく言いはなち…。

木ノ葉隠れの里を出たサスケとナルトを心配して、サクラはカカシに相談する。2人が本当に殺し合いかねないと思ったカカシは、彼らの動向をさぐるために口寄せの印を組んで忍犬軍団を放った。

力を手に入れたいサスケは、ナルトを本気で倒しにかかっていた。もっとも親しい友を倒せば万華鏡写輪眼が手に入るという兄・イタチの言葉があったからだ。ナルトは「オレにとってお前はもっとも親しい友になった…」というサスケの言葉に心を打たれながらも、彼を里に連れ帰すために応戦する。

千鳥を発動するサスケ。ナルトは影分身の術で螺旋丸を作り反撃。2人ははげしくぶつかり合うが…。

ナルトとサスケの戦いははげしさを増していた。すさまじい九尾の気を放ち、サスケをはじき飛ばすナルト。サスケは火遁、豪火球の術で反攻するが、ナルトは炎をけちらした。もうろうとする意識の中、サスケは、親も兄弟もいないナルトに自分の何がわかるのかと言い放つ。しかし、サスケを特別な友達だと考えているナルトは、まるで兄弟のように過ごした日々を思い起こすのだった。

体勢を立て直したサスケは、額当てを取り出し、ナルトとのつながりをたち切る決意をするが…。

ナルトの九尾のチャクラは、まるで意志を持つように動き、サスケに強烈な攻撃を加えていた。やがてサスケの体にも変化があらわれる。もり上がった背から羽がはえてきたのだ。痛みに全身をふるわせながら、もう時間がないことを直感するサスケ。いっぽうナルトは、左手の感覚をなくしていた。力を得た引きかえに、ダメージを負っていたのだ。

滝をはさむ「終末の谷」で、はたして2人の決着はつけられるのか…!?

サスケとの激闘の末にたおれたナルトのもとに、ようやくカカシがかけつけた。いっぽう医療班では、護送された負傷者への懸命な治療がつづいていた。シカマルは軽傷、キバは傷が深いが命に別状なく、チョウジとネジの2人が重体。任務に犠牲はつきものとわかっていても、シカマルははげしく落ちこんでいた。小隊長としての力不足を痛感し、「自分は忍に向いていない」とテマリにグチるシカマル。そこへ、ナルトが帰還したという知らせが入るが…。

早く修行を始めたくて、病室をぬけ出すナルト。だが、医療班に見つかり連れもどされ、ベッドにぐるぐる巻きにされてしまう。

こっそり里を去ろうとするサクラ。彼女の決意に気づいていたナルトは、ベッドの縄を引きちぎってサクラを追いかける。「止めてもムダよ」と言うサクラに、自分もいっしょに行くと告げるナルト。その時、木陰から自来也があらわれた。自来也は「サスケが連れ去られた『田ノ国』を調査し、報告せよ」と火影から任務が下ったという。そしてナルトとサクラは、自来也とともに行動を開始することに…。

「田ノ国」の宿場町で情報をさがすナルトたち。いかがわしい店で楽しそうな自来也を置いて、ナルトとサクラは町外れに向かう。そこで2人は、ケガを負いつつ何者かに追われるササメと出会う。とっさにササメをかばうナルト。

いっぽう自来也は、ホステスから「音の里」のウワサにくわしい人物がいると聞き、路地裏へ向かう。そこへとつぜん、盗賊に身を落とした忍者・ハンザキたちがおそいかかってきた。だが、相手が「木ノ葉の里の伝説の三忍」 である自来也だと気づいたハンザキは、あわてて土下座。そして自来也は、ハンザキから田ノ国の忍者一族の話を聞くが…。

フウマ一族のカミキリ、ジグモ、カゲロウに攻撃されるナルト、サクラ、ササメ。そこに自来也が来て、戦いに参加。劣勢だと考えたカミキリたちは、またたく間に逃げ去るのだった。

ササメの案内で、一同は大蛇丸のアジトがある「音隠れの里」の入り口へ到着した。はりきって道を急ごうとするナルトたちだが、自来也に制止される。本格的な敵地を前に、ゆっくり腹ごしらえをしようという自来也に、ナルトたちはしかたなくしたがうのだった。

にぎり飯を広げるナルトたちのそばで、ササメはこっそりと何かをお茶に混入させる。そしてそれを飲んだ自来也、ナルト、サクラは意識を失い…。

ササメの案内により、ナルト、サクラ、自来也は大蛇丸のアジトに到着。自来也は、偵察のために口寄せの術でガマ吉を出した。ナルトたちはガマ吉の後について曲がりくねった階段や長い通路を進んでいく。やがて三差路に行き当たり、ナルトとサクラ、そして自来也の二手に分かれることに。

ナルトたちはヤリや手裏剣のしかけをかわしながら通路を進んでいく。そしてナルトが落とし穴でサクラをかばった時、そのはずみで自分が落下してしまった。かならず追いつくというナルトの言葉をしんじて、サクラは先を急ぐことに。

いっぽう自来也は、琴を弾いている琴姫と出会っていた。「大蛇丸の指示で遠方からの客人をもてなす」とほほえむ琴姫だったが…。

大蛇丸に追いつめられたサクラ。そしてカブトがサクラに向かいクナイを振りかぶった時、ナルトがかけつけた。

ナルトは影分身の術でカブトを翻弄し、クナイを使い果たさせる。いっぽうカブトは、火遁・霧舞いの術で応戦、ナルトの分身は煙となって消えた。しかし、ナルトの螺旋丸がカブトの胸元に突き刺さり勝負がつくのだった。

サスケの居場所を問いただすナルト。しかしカブトは笑みを浮かべている。カブトはナルトの攻撃中、彼の体にチャクラ糸を巻きつかせていたのだ。

「昔のアラシはもう死んだ」というアラシから、ジグモの半身が盛り上がり、カミキリがくり出される。そして、攻撃されるサクラをかばうナルトの背に、カミキリのハサミが突き刺さってしまった。

ケガをしながらやせガマンするナルトは、影分身の術で応戦するが、しだいに追いつめられていく。そしてフウマ忍法・呪縛曼荼羅のかまえを作るアラシ。それは、フウマでも代々の長しか使えないという秘術だ。ナルトは、アラシが作ったチャクラのオリに閉じこめられてしまい…。

医療忍者をめざしているサクラは、チャクラの微妙なコントロールを練習していた。いっぽう、ケガが回復し、はりきっていたナルトは、急な任務で出かける自来也に置いていかれ、ふてくされていた。自来也はそんなナルトに、留守の間の特別な自主トレだと、巻物をわたすのだった。

火影執務室で山積みの書類の処理にあたっていた綱手たちは、木ノ葉厳重警戒施設の資料を目にする。そこは重罪を犯した忍者を収容する施設で、囚人たちに掘削労働をさせているのだったが…。

トントンの嗅覚をたよりに、厳重警戒施設を脱獄したミズキを追いかけるシズネたち。しかしミズキと風神・雷神によって、シズネはたおされてしまう。

木ノ葉病院では、ミズキの事件に大蛇丸がからんでいることに感づいたナルトが、綱手につめよっていた。そこへ、トントンがもどってきた。必死になって何かを伝えようとしているトントン。ナルトはシズネの危機を察知し、綱手の制止も聞かずに「シズネを助け、大蛇丸をたおしてサスケを連れもどす」と飛び出すのだった。

愚鈍ながら怪力の持ち主である風神・雷神には、ナルトの攻撃が通用しない。そこでナルトは、影分身の術によるオトリ作戦で、時間かせぎをすることに。するとナルトのもとに、ある「最強トリオ」があらわれる。

いっぽうイルカは、ミズキにつめよっていた。ミズキのクナイをかわしながら、「同じ火の意志を受けつぐ木ノ葉の家族にバカなまねはやめろ」と説得をつづけるイルカ。だがミズキは、本気でイルカをたおしにかかり…。

風神・雷神にてこずるナルトのもとに、シカマル、いの、チョウジがやって来た。綱手の命令によりやって来た３人に後をまかせ、ナルトとパックンはミズキを追うことに。

風神・雷神の動きをシカマルが影真似の術で止めている間に、いのが心転身の術で風神に乗りうつり、チョウジが雷神に組みつく。こうして彼らは、「フォーメーション、いのシカチョウ」を完成させる。

そのころイルカは、血のついた笹の葉を目印にミズキを追っていた。しかし幻術や傀儡など、ミズキの高度で多彩な技に翻弄されてしまい…。

椿はミズキの婚約者だと知るナルト。ミズキを引きとめたい椿は、いっしょに連れていってほしいとナルトたちに願い出る。ミズキの行く場所に心当たりがあるという椿。封印の書をうばおうとしたミズキは以前、「大蛇丸の力を手に入れて、彼のもとに行く」と語っていたというのだ。ミズキの本当の目的を知り、おどろくナルトたち。

そのころ、奈良一族の鹿牧場にある薬学研究室にミズキがあらわれていた。彼は研究員らをおそい、薬剤を盗んで逃げる。知らせを受けた綱手は、医療書をひもといてミズキのならいは何かと考える。やがて綱手は、あることに思い当たり…。

ミズキが放つチャクラの質とパワーに、ナルトとイルカは圧倒される。ナルトは影分身の術で立ち向かうが、ミズキに一蹴されてしまう。ナルトを守るため、イルカはついにクナイを取り出した。

はげしい戦いの最中、ミズキの体に異変が起き、虎男のようなすがたに変身。パワーアップしたミズキだったが、イルカはそのスピードがおとろえたことを敏感に感じ取り…。

『劇場版NARUTO ーナルトー「木ノ葉の里の大うん動会」』

「木ノ葉隠れの里」で大運動会が開催された。おなじみのルーキー忍者が、班の威信をかけた絶対に負けられない真剣勝負をくり広げる。だが、ナルトに史上最大のピンチが迫り…。

木ノ葉隠れの里で、キバ、シノ、ヒナタは火影をたずねる。「微香虫」を使ってサスケをさがすというアイディアを伝えるためだった。微香虫とは、忍犬の数千倍もの嗅覚を持つ虫で、においのもとをどこまでも追っていく。かつて油女一族が使っていたらしいが、今ではごくわずかに生息する幻の虫だ。産卵は数年に一度で、今がちょうど孵化の時期にあたるという。キバ、シノ、ヒナタの３人、そして話を聞きつけたナルトに、火影は微香虫さがしを命じる。

忍犬の数千倍もの嗅覚を持つ「微香虫」をさがす任務で、キバ、シノ、ヒナタそしてナルトは虫たちの住む窪地を訪れた。写真を手がかりに微香虫をさがす一行だが、ナルトには虫のちがいがわからない。カブトムシや凶暴な「微香虫もどき」を見つけては、シノたちにダメ出しをされる。

そんなナルトたちのようすを、陰からうかがう忍たちがいた。岩隠れの術で身をかくしたスズメバチ、クロバチ、ジバチの３人だ。彼らもまた、微香虫を手に入れようと画策していたが…。

上水流一族のスズメバチたちに、ヒナタがさらわれてしまった。上水流一族は土の国・岩隠れの里で、主に蜂をあやつる虫遣いの一族。今ではわずか数人しかいないという。さまざまな禁術を記した初代の秘伝書をさがすために、彼らは「微香虫」を手に入れようとしていた。

スズメバチたちは、ナルトらが捕まえた微香虫と、人質にしたヒナタとの交換を要求する。迷うナルトたち。その結論は、ヒナタを取りもどし、さらに微香虫も守るためにスズメバチらと対決するということ。そしてナルトたちは、「微香虫」だと言って、ただのカブトムシをスズメバチにわたし…。

岩隠れ一族のスズメバチらによって、ナルト、キバ、シノは女王蜂の巣に追いこまれた。怒った女王蜂の出す蜜蝋にかためられて、ナルトたちは身動きがとれなくなってしまう。しかしシノは強気で、人質になったヒナタとのひきかえでないと「微香虫」をわたさないと宣言する。孵化の時間もせまり、スズメバチは、シノの要求を飲むことにした。

ヒナタが捕らえられている場所にむかう一同。しかしそこにヒナタのすがたはなかった。激怒するナルト。するとジバチたちは攻撃をしかけてきて…。

木ノ葉隠れの里で修行中のナルトは、急流でロクスケ、ハチダイ、サンゴロウを救助した。３人は川の国・カタバミ金山から、木ノ葉の里へ任務依頼に来たという。有数の鉱山村であるカタバミ金山には、村の警護を口実に「黒鍬ファミリー」と名乗る、ならず者が入り込んでいた。黒鍬雷牙らは村を支配し、村人たちを理由もなく殺しているという。

綱手は、ナルト、リー、ネジ、テンテンに「ロクスケら３人をカタバミ金山に送り届け、黒鍬ファミリーを排除せよ」という任務を命じた。シンプルな任務に思われたが、黒鍬ファミリーのボス・雷牙は、忍刀七人衆の１人だという噂が…。

カタバミ金山の墓場で生きうめにされた仲間を、いのる思いで掘り返すロクスケ。しかし黒鍬衆に囲まれて、捕われてしまう。「おまえの葬式を出してやる」とロクスケに宣言する雷牙。「葬式」が目的で、雷牙は村人たちを殺してきたのだ。

いっぽうナルトは、鉱山でいばりちらす黒鍬衆を目にして、怒りをおさえられないでいた。その時、ロクスケの葬式を知らせる銅鑼（ドラ）が鳴りひびいた。岩陰から葬式のようすを見るナルト。ネジは白眼で、棺桶の中で苦しむロクスケを発見し…。

霧隠れの術でカタバミ金山にひそむ雷牙と蘭丸。ネジが白眼を用いても、彼らの姿は見破れない。やがてネジは人型の経路系を見出した。しかしその正体はただの枯木で、ナルトたちの攻撃も空振りに終わってしまう。そして雷牙の「雷葬・いかづちの宴」に吹き飛ばされ、ナルト、リー、ネジ、テンテンは気絶してしまった。

刀を振り下ろし、とどめを刺そうとする雷牙。しかしリーが咄嗟（とっさ）に素早いキックで応じる。リーは気絶したまま、筋肉の記憶だけで戦っていたのだ。動きが読めずに、雷牙と蘭丸は苦戦する。やがてナルトらも意識を取り戻した。ナルトは雷牙から、力ずくで忍刀７人衆のことを聞き出そうとするが…。

黒鍬ファミリーが退散して、カタバミ金山にも平和がおとずれたかのようにみえた。しかし、芥子は何かをたくらんでいる表情。やがて、ガケの上にひそんでいた黒鍬衆が、大岩を落としてナルトらに奇襲をかけてきた。

黒鍬衆は忍法・黒竜巻と、岩も斬る鉄ツメで次々と攻撃をしかけてくる。それをよけつつ、応戦するナルトだったが…。

よみがえった雷牙が目にしたのは、死んだように横たわる蘭丸。絶望した雷牙は、やり場のない怒りをぶつけ、はげしい雷を呼ぶ。

雷牙を止めようと、必死で応戦するテンテン。しかし雷牙の怒りと悲しみはおさまらない。「木ノ葉の里からナルトたちが来なければ、自分と蘭丸はずっといっしょだったのに」と思い立った雷牙は、芥子に「雷峠にやつらを連れて来い」と命じるのだった。

雷牙による強烈な雷撃を受けたリーだったが、キズつきながらも必死にふんばっていた。しかし、雷牙をつつんだ電撃の竜巻が、龍の形状に。そしてリーは、その龍にのみこまれてしまう。

そのとき、山椒ばあさん、芥子、蘭丸をせおったテンテンは、けわしい道を雷峠にむかって走っていた。そのとちゅう、気絶しているリーを発見。山椒ばあさんのはこんできたカレーによって、リーは意識をとりもどす。そして、ネジとナルトにもカレーをとどけるため、ふたたびテンテンと芥子は走りだした。

木の葉隠れの里にあるアカデミーで、一泊二日の野外演習が行われることになった。ナルトは木の葉丸、モエギ、ウドンをひきいる班長にえらばれる。めざすはタクラミ山のてっぺんのワルダクミ大岩。教官たちがしかけるワナをうまくよけて、かくされた秘密文書を持ち帰らなければならない。

気合いじゅうぶんのナルト班だったが、とちゅうで道にまよってしまった。さらに雨までふってきて…。

網手の指令で、茶の国の大名の茶壷、ミソギをぬすんだ男・五寸釘をつかまえることになったナルト、ヒナタ、キバ、赤丸たち。五寸釘がかくれているという石の国で聞きこみをしようと酒場に入るが、間中道蔵に子供あつかいされ、攻撃されてしまう。ピンチのナルトたちをたすけてくれたのは、悪人をつかまえて賞金をかせぐ男・サザナミだった。

食事をおごってくれるというサザナミは、ナルトたちを町はずれまでつれ出した。そして、「五寸釘はオレの獲物だ。おまえたちには死んでもらう！」と、とつぜんおそいかかってきて…。

キズついたサザナミを看病するナルトたち。サザナミは悪党・五寸釘との因縁（いんねん）を語りはじめる。かつて平凡な村の刀鍛冶（かたなかじ）だったサザナミに、自分の罪をかぶせた相手こそ五寸釘だというのだ。自分の手で五寸釘をとらえて、自分は無実だと証明したいサザナミ。だがそこへ、サザナミをねらうもうひとりの賞金かせぎがあらわれ…。

ガイとリーが出かけているあいだに、２人に変装したニセモノが木ノ葉の里にもぐりこんだ。その名もモンダイ・ガイ＆ポッチャ・リー。あまりにもヘタクソな変装だったのですぐにカカシが見やぶるが、「だれもダマされないだろう」という綱手の判断で、ほうっておくことに。

いっぽう、里の中で修行相手をさがしていたナルトは、なんとこの変装にすっかりダマされ、「オレに体術の修行をつけてくれ！」とニセモノ２人に言いはじめて…。

いま鳥の国には、「呪い武者」とよばれる幽霊があらわれていて、こまっているらしい。はるばるやってきた鳥の国の青年・チシマのけんめいのたのみに押し切られ、綱手はしぶしぶ幽霊退治を引き受けることに。この任務にえらばれたのはナルト、ネジ、リー、テンテン。なんでも呪い武者の正体は、急死した先代大名、オオワシの亡霊らしいのだが…。

幽霊が相手だと聞いてビビるナルト。鳥の国についたとたん、一行はさっそく呪い武者と出会うことになり…。

鳥の国では、大名後見役の孟宗と策士の紅明が対立していた。「呪い武者」にはある陰謀（いんぼう）がかくされていると考えたネジは、事件の背景をさぐるために現大名のサギに会おうとする。

ところがサギは、正体不明の忍者におそわれてしまった。現場にのこされた手裏剣は、紅明がたばねている鳥の国の近衛兵の持ち物にまちがいない。大名の命をねらったのは紅明なのか？　そんなおり、ナルトたちは呪い武者と密会している紅明を目撃する。

呪い武者をあやつっていたのは紅明だった。孟宗によって次々とあばかれていく紅明の野望。だが、そのあまりの手ぎわのよさに、木ノ葉たちは違和感をおぼえるのだった。

「任務終了を告げられた以上、他国の事情に首をつっこむべきではない」というネジの言葉をつっぱねるナルト。助っ人にガマ吉、ガマ竜を呼び出して、納得いくまで事件のナゾをさぐることにする。紅明と呪い武者が密会していた寺でナルトが見たものとは…。

カカシに言われて、しかたなく里へいっしょに帰ることになったテンテンとネジ。その３人をひそかに見はるナゾの忍者のかげがあった。実はカカシは、その尾行者のそんざいにいち早く気づいていたのだが…。はたしてナゾの忍の正体とは？

いっぽう鳥の国では、罪人となった紅明の処刑がとりおこなわれようとしていた。しかし、とつぜん会場にあらわれた呪い武者が、人々の目の前で紅明をさらっていってしまうのだった。

An event has come to Konoha and it's for all ninjas, Jounin to Genin. The winner get to make one rule that will be put into play in Konoha and Suna. But you must have your crystal at the end. Naruto wants to fight Kakashi-sensei but will he ever find him? And when he does will he get Kakashi's crystal? Who will win?

真犯人がわかった以上、自分のの手で孟宗をうちとると宣言するサギ。サギのうらみにゆがんだ表情を見たナルトは、かつて「復讐者（ふくしゅうしゃ）」としての生きかたをえらんだサスケを思い出すのだった。

「復讐のための復讐は心を闇（やみ）に落とす」という紅明の言葉も、ナルトの制止も、亡霊にとりつかれたようになったサギの心にはとどかない。強引にみんなを足どめしたサギは、孟宗の元へ急ぐのだった。

孟宗の屋敷では、渡りの忍者と木ノ葉の忍者のはげしいたたかいがくり広げられていた。チシマの活やくによって幻術からのがれたナルト。だが孟宗はついに「渡りの忍者・ホウキ」としての真のすがたをあらわす。

鳥の国の後継者（こうけいしゃ）であるトキと、ナルト、チシマにおそいかかるホウキ。鳥の国の平和をねがいつつ、チシマはたおれてしまう。ナルトも、ホウキのふくざつな攻撃においつめられるが…。

チョウジとナルトに至福のひと時をもたらす極上の一杯、それは木ノ葉名物一楽のラーメン。連れ立って一楽に向かう二人だが、店に掛かっている臨時休業の札にガッカリ。仕方なく店を後にしようとした時、二人は店の中から漂う芳しい匂いに気付く。店の中では店主のテウチが新作メニュー作りの真っ最中だった。実は「料理忍者（料忍）」と呼ばれる料理のスペシャリストがテウチの持つ「幻のメニュー」欲しさに、店の看板娘のアヤメを攫ってしまったというのだ。アヤメを取り戻すには幻のレシピを渡すか、料忍との料理勝負に勝つしかない。事情を聞いたナルト、チョウジ、サクラはテウチと共に、運命の料理勝負に参戦する。

遠い海の国から、「海魔退治」と「御用金船警護」をしてほしいという依頼がまいこんできた。なんでも「海魔」とよばれる者が、海上を荒らしているらしい。一説によると、海魔は人間ではないというが…。

任務をまかされたのは、アンコをリーダーに、ナルト、いの、シノ。「なんかよせあつめみたいなチームだってばよ」と、ナルトはむくれるが、アンコはなぜかひとりもの思いにくれていた。じつは、アンコと海の国には、意外な接点があったのだ。

ナルトをさがし出せぬまま、海の国の役人と面会することになるアンコたち。警護の依頼を受けた御用金船の出発は明日にせまっていた。木ノ葉たちは手分けしてナルトをさがしはじめる。

いのとシノはある漁村で、むかし鬼界島のそばで起きた「神隠し」の話を聞く。いっぽうそのころ、ナルトは漁火にたすけられ、看病を受けていた。すっかり元気をとりもどすナルトだったが、漁火に「海魔には近づくな」と言われ…。

目をさますとともに、アンコはいくつかの記憶をとりもどしていく──。神隠しの舞台となった鬼界島は、むかしアンコが、師匠であった大蛇丸とおとずれた場所だった。そしてアンコによって明かされる、神隠しの真相と漁火の身体の秘密。大蛇丸のあまりにひどい行動に腹を立てたナルトは、漁火をとりもどすことを決意する。

鬼界島にのりこむ木ノ葉たち。だが、そこには思いがけないものがまちかまえていて…。

アマチ一味による御用金船の襲撃（しゅうげき）がはじまる。なんとか鬼界島を脱出し、ようやく追いついたナルトたちが見たものは、壊滅（かいめつ）寸前の海の国の船団だった。

「やめろ姉ちゃん！　このままじゃ本物の海魔になっちまうぞ」というナルトのさけびは漁火にはとどかない。漁火は、人間にもどるため、ナルトに戦いをいどむ。そして御用金船をめぐり、アマチたちと木ノ葉によるはげしい戦闘が開始され…。

海上で戦いをくり広げる木ノ葉とアマチ一味。ナルトの活躍によってアマチはたおされるが、勝負はまだ終わっていなかった。不死身の口寄せ・海坊主が、ナルトたちの前に立ちふさがったのだ。

海坊主をたおすべくガマブン太をよび出すナルト。海坊主をたおすためのガマブン太の秘策とは？

火の国きっての大金持ち、宝石商クニジロウのなやみは、「金」しか頭にない息子クニヒサのこと。相談をうけたツナデは、クニヒサの１日忍者体験ごっこにナルトをつきあわせることに。下忍の雑用任務をてつだわせようとするナルトだが、クニヒサは札束をばらまいて護衛たちに雑用をさせる『金遁の術（？）』を使い、いっさい自分は動こうとしない。すっかりあきれてしまうナルトだったが、そんなクニヒサを遠くからねらうあやしい影が…。

ナルト、キバ、ヒナタに下される新たな任務。それはツナデの友人、海鮮アガリの依頼による埋蔵金さがしだった。地図もあるので簡単だとたかをくくる３人を「この任務に失敗すれば、アカデミーにもどってもらう」とおどすツナデ。その理由は、このメンバーが組んだ任務の成功率が低いからだった。

絶対に失敗できないというプレッシャーの中、今までの失敗の責任をなすりあいながらも埋蔵金にむかうナルトたち。しかしこの任務には、あるおそるべき秘密があり…。

「おまえらの顔を使って、木ノ葉の里をめちゃくちゃにしてやる」そう言いのこして消える祁答院一族たち。洞くつを脱出したナルトたちは、一族の陰謀（いんぼう）を食い止めるために一丸となって後を追うが、すでに一族は木ノ葉の里に潜入していた。そして、ナルトたちと祁答院一族のはげしい追いかけっこが開始される。

祁答院一族の真の目的とは？　そして任務に失敗すればアカデミーにもどされてしまうナルトたち３人の運命は？

任務帰りに温泉街に立ちよったナルトは、どんちゃんさわぎをしている自来也を発見。「こんなことをしているならオレの修行を見ろ！」と怒るが、自来也は次回作のしめ切りに追われている真っ最中だという。

「原稿が早く上がれば修業の時間をとれるかも」という自来也の言葉を信じて待つナルト。だが、原稿はなかなか上がらない。イライラしたナルトは、ついに見よう見まねで書いた自分の原稿をプロの郵便屋さん集団である「飛脚忍者」にたくしてしまうが…。

熊の国・星隠れの里より、「星」を警護（けいご）してほしいという依頼が木ノ葉にとどいた。星とは、二百年前に熊の国に落ちたいん石で、忍五大国の影たちもうらやむ神秘の力を持っているらしい。さっそく任務にむかうネジ班＋ナルトは、毒ガスが流れる国境の谷で、むかえに来た少年忍者・スマルと出会う。

未来の「星影」（と呼ばれる里長）をめざすスマルに共感をおぼえるナルト。そのころ、里の修業場には、星をねらうナゾの忍の影があったが…。

うばわれた星のゆくえを捜査するナルトたち。星をうばった忍者が里の特殊忍法「孔雀妙法」の使い手であったことから、犯人は里の関係者ではないかと当たりをつけるが、里長のアカホシは明らかに何かをかくしているようす。

星への手がかりを得るため、里の忍の動きをさぐる木ノ葉。いっぽう、ケガを負った少年忍者たちをたずねたナルトは、思いがけずスマルの暗い過去を知ることになる。

スマルを攫ったマスク忍者は地獄谷へと消えた。実はスマルを攫ったのはアカホシとその一味。アカホシはスマルを使い星を奪った忍者を呼び出そうとしていたのだ。その忍の正体とは…？　一方、傷ついた少年忍者達を介抱する木ノ葉達だが、ネジはミズラの命が尽きようとしている事に気付く。星の修業とは術者の力を極限まで活性化させる、死と隣り合わせの修業だったのだ。今までの経緯を振り返るネジは、隠された陰謀の気配を感じ取る。

谷底に転落した覆面忍者とナルト。忍者の正体は、死んだはずのスマルの母、ナツヒだった。キズついたナルトの治療をしながら、ナツヒは星をうばった理由を語る。

星の修行により多くの仲間をうしなったナツヒは、禁じられた修行が再開されることのないよう、三代目星影との約束により外部から星隠れの里を見守っていたのだ。他者の犠牲のことを考えていないアカホシに星をわたすわけにはいかないというナツヒ。しかしアカホシの魔の手はすぐそこまでせまっていた。

ナツヒの身体はすでに「星」の副作用にむしばまれていた。「星」をめぐり、ひっしでアカホシとぶつかるナツヒだが、スマルを人質にとられ、「星」をうばいかえされてしまう。そして、アカホシはナツヒとスマルたちの追放を宣言するのだった。

ナルトたちにたすけられ、スマルとナツヒはようやく親子の再会をはたす。秘められた母の思いを知るスマル。そして、スマルの悲しみを知るナツヒ。「もうこれ以上かなしい母と子を作りたくはない」と考えたナツヒは、元凶である「星」の破壊を決意するのだった。

遠く母の死を感知するスマル。ナルトは怒りにわれをわすれたスマルを止めることができなかった。アカホシはスマルをたおすため、忍たちに総動員をかける。だが、ホクトとミヅラは、スマルを救うため、命がけで星の修行の真実を告げるのだった。

明らかになるアカホシの野望と星影暗殺の真実に、どよめく忍たち。自分にはむかいはじめた忍たちを制圧するため、アカホシがとった最後の手段は…。

他国の忍との交戦で傷を負った赤丸。だが後日の調べで大変な事がわかった。その忍は与えた傷口から菌を侵入させるという特殊な術の使い手だったのだ。侵入した菌は全身に広がり、遂には感染者の自我を奪ってしまうという。忍犬である赤丸が凶暴化した場合の被害は計り知れない。最悪、キバは犬使いとして最も過酷な選択を強いられる事になる。赤丸の無事を信じたいキバだが、その祈りも空しく赤丸にある変化が起きはじめる――。

森にて修行に励むナルトの背中に奇妙な生物が張り付き、取れなくなった｡その生物をツナデは「伝説の生物・オンバア」ではないかと推測。それによればオンバアは生まれて最初に見たものを親と思い、背中に張り付いて大人になるまでその背を離れない習性を持つという。更に成長したオンバアは凶暴性と怪力を併せ持ち、3メートルもの巨体になるらしい。爆弾を背負わされた気分のナルトだが、成長するにつれて次第にナルトに懐いてゆく子オンバアに徐々に心を許していく。

――そんな時、ナルトに山賊退治の任務が下る。子オンバアとの絶妙なコンビネーションで山賊を倒してゆくナルトだが、危機はすぐそこまで迫っていた。

シノとナルトの組み合わせにとどいた任務。それは本吉村の富豪、花月家当主の葬儀（そうぎ）の警備の依頼。しかしこれは表向きで、実は本当の依頼は先代当主の残した遺言（ゆいごん）から次代当主の風太をまもってくれというものだった。その遺言は「葬儀の席で風太が笑ったら彼に相続権はなくなり、財産は一族の分配となる」というもの。葬儀当日には、花月家の親せきたちが風太を笑わせようと手をつくすことが予想された。そこで風太の代理として「絶対笑わない人」シノが葬儀に出席することになるのだが…。

ツナデの旧知、菜の国の城主から依頼が入る。内容は菜の国を訪れた行商人の警護をして欲しいというもの。早速任務に出かけるチョウジ、ヒナタ、ナルトの混合チームは老若男女から成る行商人達と合流する。警護の道すがら菜の国の方角から上がる妙な黒煙を目にするナルト達は、直後に謎の忍者達の襲撃を受ける。「ただの行商人が忍者の攻撃対象になる筈がない」と楽観的に考えるナルト達は、襲撃を何かの間違いだと考え、ルートを迂回して追っ手をやり過ごす事にする。しかしこの動きを敏感に感じ取っている若者達がいた。シュンとキクスケ、ユリノシン。彼らこそが、襲撃者の真の標的だったのだ。

尚も行商人達の追跡を止めない敵。後方の様子を見に行ったナルトは倒されているキクスケを発見する。ユリノシンとシュンを問い詰めた木ノ葉達は恐るべき事実を知る。なんとシュンの正体は菜の国の一人娘、ハルナだったのだ。そしてユリノシンは百合之丞という名の姫の護衛だった。菜の国の大名は近く起こるクーデターの情報を掴み、姫と護衛を行商人達の中に紛れ込ませ、脱出させたのだった。

邪忍ルイガに襲われるナルト達。無尽蔵に湧き出る地下水を武器とするルイガの攻撃に、ナルト達は次第に追い詰められていく。しかし劣勢の戦いの中でナルトは逆転の一手に繋がる、ある発見をするのだった。一方、先をゆくヒナタとハルナ。待機して仲間の合流を待とうとするヒナタに、ハルナは「早く自分を安全な所に連れて行け」と迫る。逡巡するヒナタにハルナは――？

第二の邪忍、ジガに動きをとめられるナルト。かけつけたヒナタは、ナルトの身の安全をたてに、ハルナの居場所を教えるようせまられる。その要求をこばみ、戦いをはじめるヒナタ。柔術をつかって戦うヒナタだったが…。いっぽうナルトは、チョウジと百合之丞によってたすけられていた。しかし、ヒナタの元へ急ぐナルトたちのすがたを、最後の邪忍レンガが見ていて…。

城下町にかけこもうとするナルトとハルナの前に立ちはだかるレンガ。レンガは仲間たちがすでに自分の手に落ちたことを告げ、ハルナをわたすようにナルトにせまる。空気中の水分で作ったレンズをつかい、強力な光線攻撃をはなつレンガ。そして、キズだらけのナルトをかばうハルナに、レンガは二十数年前にさかのぼる自分たちの関係のことを語りはじめる。

大名の姫じきじきの指名で、いのに任務がまいこんだ。ナルトをつれて、得意げに城にのりこむいのだったが──そこで聞かされた任務はなんと「お見合い代行」。姫は食べすぎて太ってしまった自分の代理として、（やせている時の自分ににている）いのに見合いに出てもらい、なんとしてもあこがれの若殿のハートをつかんでほしいというのだ。姫の乙女心に同情し、見合いにのぞむいのだったが……。

「道場破りの方はこちらにどうぞ」任務帰りのナルトは妙な看板を発見する。辿るとそこには出来たばかりのロック・リーの道場があった。最近任務に追われ、効率よく修行できない事に悩んでいたリーは、世の中に『道場破り』なるものがあると知り、道場を開けば道場破りがやってきて有意義な修行ができる、と考えたのだった。ナルトから事のあらましを聞き、リーの心意気に感動するガイ。ならば自分が記念すべき道場破り第一号となろうと変装してリーの道場に向かおうとするが――じっと様子をうかがう謎の忍者の姿があった。

蜜の国の奥方一行が荷物のみをのこしてすがたを消すという事件が起こった。現場である「首崎峠」は、五十年ほど前にほろんだ首崎一族の「首（しゅ）の国」の首都があった場所だという。さっそく任務にむかうナルト、キバ、ヒナタは、街道のまん中にそびえる不気味な城を発見する。奥方たちの手がかりをさぐるため城にもぐりこむナルトたちは、そこで古びた武将の肖像画（しょうぞうが）を見つける。肖像画にえがかれた人物は誰なのか？この城はいったいなんなのか？そしてナルトたちは、ひとり、またひとりと仲間がすがたを消していき…。

里の定期検診で、リーが体調不良であることがわかった。チャクラ系にたまったダメージがあまりにも多いというリーに、綱手は休むよう命令する。任務ができずに落ちこむリーをはげまそうと、アカデミーの道場へさそうガイ。しかし、リーはそこで出会った天才的な体術少年・ヤグラとの模擬戦で敗れてしまい、ケガをしてしまう。じつはヤグラは、ガイが知人からあずかった天才少年だった。特例としてガイの任務についていくことになったヤグラは、リーに「ガイ先生は君を見すてたんだ」とつめたく言うのだった。

ヤグラの正体は、かつてガイによって父をたおされた「龍堂院三兄弟」の末弟、オトだった。かたきうちを果たすべくガイの前にあらわれた三兄弟は、忍法「木人柩」をつかって、ガイを完全に隔離（かくり）する。

いっぽう、ナルト、ネジ、テンテンは、木人城にたどりついたものの、三兄弟の木人操術により無数の木人たちにゆくてをはばまれる。ケガをおしてかけつけたリーは、ガイをすくうため木人城に飛びこんでいくが、三兄弟の用意したワナがまっていて…。

木ノ葉の重要施設の図面がぬすまれた。暗部の調査により、犯人はナルトと仲の良かった老大工、ゲンノウだとわかる。じつはゲンノウは、むかしトラップ忍者として有名な忍者だったのだ。自爆してしまったゲンノウ。だが図面は見つからない。「ゲンノウをやとった何者かが図面を入手し、木ノ葉へせめこむことをたくらんでいるのではないか」と考えた綱手は「超Ｓ級非常警戒態勢」を宣言。里内の忍を国境警備にあたらせる。いっぽう、シカマルをリーダーに、ナルト班、キバ班、ネジ班ら11人は里にのこり、消えた図面をさがしはじめるが…。

ゲンノウの目的をさぐるべく、暗部はナルトに逆行催眠をかけるが、たいした情報はえられない。そんな時、滝隠れの里が国境付近で大がかりな演習をおこなうという情報が入った。「隠れ里が演習の名目で一気に他国に攻め入るのはよくある手段だ」と、気をひきしめる綱手。

いっぽう、下忍をしたがえたシカマルは、ゲンノウの足あとをさぐればさぐるほど、なにかおかしいという思いを強めていた。そのころ、サクラといのはある重大な発見をして…。

ばらまかれた図面をの回収に追われるナルトたち。そんな時、滝隠れの演習もゲンノウとはまったく無関係であったことがわかる。ではゲンノウの真のねらいとは何か？目的はわからないが、ゲンノウは里の注意を外に向けさせたかったのではないかと考えたシカマルは、一枚だけ行方不明になっている忍者アカデミーの設計図に注目する。そして、アカデミーをさぐるナルトたち11人は、しんじられない事実と向き合うことに…。

里中にしかけられた大量の起爆札におどろくナルトたち。そのしかけを察知したことをゲンノウに知られぬよう、注意して解除作業をはじめるが、札の数はあまりに多く、なかなかはかどらない。その時、思わぬ助っ人、ホムラとコハルが登場。起爆札の解除にあたる老忍たちは、起爆札の術式としかけられた場所から、札はかなり昔にしかけられたものと推測する。歴史に消えた「陽炎の里」。木ノ葉の里とゲンノウをつなぐ、三十年前のできごととは…？

生きていたゲンノウと向き合うナルト。「復しゅうなどさせない」と宣言するナルトだったが、しだいに追いこまれていく。いっぽうシカマルは、ゲンノウの今までの行動からひとつの結論をみちびき出す。ここまでのトラップはすべて陽動。ゲンノウのえがく滅亡のシナリオとは、「もどってきた里中の忍がトラップ解除に気をとられているその背後から顔岩の台地を破壊し、すべてを土砂にうめる」というものだった。しかし時すでにおそく、忍たちは次々と里にもどりつつある。ナルトたち11人は木ノ葉の里を滅亡からすくえるのか？

舞台は木ノ葉の里のとあるスタジオ。我らが主人公うずまきナルトとヒロイン春野サクラが司会のマイクを握り、いよいよ番組の収録が始まった。「レディースアンドジェントルメーン！今日は『ＮＡＲＵＴＯ』初の特別企画をお送りしちゃうぜえ！」ゲストを交えてお送りする忍達の名勝負の数々！しかし突然スタジオ内にベルの音が鳴り響く。受話器の向こうから聞こえたのは、最近出演ご無沙汰の気になるあの人の声だった――！！

里外れの山荘で不思議な絵を描く少女八雲と遭遇するナルト。しかし現れた暗部と医療班は、問答無用で八雲をナルトの前から連れ去ってしまう。…一方、里ではある騒動が持ち上がっていた。なんと紅がキバ達の担当上忍を外れると言い出したのだ。引き止め、理由を問う8班だが紅の決意は固く取り付く島がない。見かねてなんとか紅の気持ちを変えようと乗り出したナルトは、偶然サクラから「今回の紅の行動と八雲の間には何か関係があるらしい」という情報を入手する。

医療班に眠らされたナルトは奇妙な夢を見る。それは忍になりたいと懇願する八雲に、紅が能力の封印を宣言するというものだった。八雲の別荘に向かう紅に問いかけるナルト。紅は夢の内容を肯定し、教え子だった八雲の力を封印しその夢を奪ったのは自分だと告げる。一方、その頃八雲の山荘は緊張に包まれていた。突如現れた謎の忍者達が山荘を取り囲み、今にも襲撃を開始しようとしていたのだ。――果たして、忍者達の狙いとは？

襲撃者の正体は同じ木ノ葉の八雲の出身一族、鞍馬一族であった。幻術使いの名門として知られる一族を相手に、紅は壮絶な幻術合戦を繰り広げる。危機を察して山荘に駆けつけるガイ、８班、ナルトとサクラは、八雲を庇い苦境に立たされた紅を救うのだった。何故、同門の八雲を鞍馬一族は襲ったのか？八雲は「木ノ葉は里ぐるみで自分を抹殺しようとしているのだ」と、過去に目にした恐るべき出来事をナルトに語る。

紅、八雲の治療の為に里に戻る一同を待っていたのは、無人の廃墟と化した木ノ葉の里だった。その異変に驚愕しつつも木ノ葉病院に辿り付いたナルトの前に、里見ヶ丘の山荘を襲った忍者・雲海が現れる。「今は争っている時ではない」と身構えるナルトを制する雲海。雲海はナルトにある信じがたい事実を告げる。一方その頃里の探索をしていたシノ、キバ、ヒナタの三人は蟲たちの動きから一つの仮説に辿り付く。

八雲のアトリエに乗り込んでいくナルト。そこには八雲によって絶体絶命の危機にさらされている紅がいた。紅の制止を振り切り八雲に語りかけるナルト。その言葉を受け、ふいに苦しみだす八雲の傍らで、一枚の絵画がおぞましい異変を放ち始める。次第に解き明かされていく鞍馬邸炎上の秘密。そこに現れたという般若面の怪物『イド』の正体とは？イドが一同の前に姿を現した時――紅に任務を託した三代目の真意が明らかになるのだった。夕日紅編、完結。

今回の任務は「小国が買えるほどの値打ちを持つ国宝級のお宝茶碗を展覧会場まで届ける」というもの。万一の場合に備えた追跡要員、キバと共に早速茶碗の警護に赴くナルトは、茶碗の側にいる態度の悪い依頼人・進衛門と出会う。茶碗を「命より大事だ」と豪語する進衛門は、茶碗に訪れる危機をナルトやキバを犠牲にする事で次々と回避しようとする。進衛門のせいでひどい目にあい、怒り心頭のナルトとキバだがこれも任務とぐっとこらえるが――そんな折、茶碗を狙う盗賊団が出現。最大のピンチが一行を襲う。

木ノ葉の隠れの里に、「不忍（しのばず）」のメンバー、丸鉄（がんてつ）を護送してほしいという依頼がまいこんでいきた。「不忍」とは、その名のとおり、「忍びにあらず」といわれている抜け忍で構成される強盗団で、凶悪な手口で知られている連中だ。任務に出かけるナルト、サクラ、リーは、さっそく不忍が丸鉄をうばいかえしにくることを警戒している警護部隊と合流するが、隊長のトドロキは「犯人を守るのは自分たちだけで十分」と言いはなつ。対立しながらも、しかたなくともに警護に当たるトドロキとナルト。どうやらトドロキは丸鉄と何か関係がありそうなのだが…。