とつぜん、エビスとナルトの前にあらわれたのは、伝説の三忍のひとり・自来也だった。女湯をのぞいていた彼を「エロ仙人」とからかうナルト。だがナルトは、エビスの代わりに修行の先生になってほしいと自来也にたのむのだった。

ナルトの修行を見てやることにした自来也は、ナルトのお腹にある九尾の封印式を見つけ…。

満月の夜、屋根の上にいた我愛羅の前に、音忍・ドスがあらわれる。１回戦余り者のドスは、ここで我愛羅をたおし、本戦でサスケと戦うつもりなのだ。だが、あっさりと我愛羅にたおされてしまう。

そのようすをこっそりと見ていたのは、砂隠れの上忍・バキと音の手先・カブト。木ノ葉と同盟国の砂隠れの里は、音隠れの里とともに木ノ葉をくずす計画を立てていたのだった。

２人の密会を見ていたハヤテはがく然とする。そして、まっさきに火影に伝えようとするハヤテだったが、バキに見つかり、その場で決闘となってしまう。

いっぽう、自来也はナルトに「口寄せの術」を教えるのだが、ナルトが口寄せしたものは…。

ナルトは自来也に、あらゆる時に生き物を忍術でよび出すことができる「口寄せの術」を教えてもらう修業をつづけていたが、自分の中にねむる九尾の狐（きゅうびのきつね）のチャクラをなかなかコントロールすることができず、カエルをよび出そうとしてもオタマジャクシをよび出してしまうようなありさまだった。

いっぽう、サクラは入院しているサスケのことが心配でならず、病院へむかう。サクラがおみまいの花を買いにいくと、そこではいのが店番をしていて、「ぬけがけはゆるさない」と、いっしょにサスケのもとにむかうことに。ところが、病室にはすでにサスケのすがたはなかった。

そのころ、集会部屋では火影が木ノ葉の上忍たちをあつめ、桔梗城の近くでハヤテの死体が発見されたことをほうこくしていたが…。

ナルトが自来也について修業を始めて３週間がすぎた。ナルトは修業の間に何度もたおれてしまうほどクタクタ。しかし自来也は、ナルトが未来の火影になるそしつがあるのだとしんじ、修業をつづけさせる。そして、ナルトに「口寄せの術」のコツを聞かれた自来也は、なぜかナルトに大好きなラーメンを食べさせたり、「好きな女の子にだきつけにいけ」と言ってサクラにだきつかせたりする。その後、自来也は「今から死んで来い」とガケからナルトをつき落とした。自来也のねらいは、死の恐怖（きょうふ）の中から、ナルトが自身の中にねむる「九尾のチャクラ」をひき出すことだったが…。

ついに九尾のチャクラをひきだし、「口寄せの術」をものにしたナルト。それにより出てきたのは、ナルトがそのせなかに乗ってしまうほど巨大なガマガエルの「ガマブン太」だった。しかしガマブン太は「おまえのような子どもがオレをよびだせるはずはない」と、ナルトがよびだしたことをしんじようとはしない。くやしいナルトは、せなかから落ちないことでガマブン太にみとめさせようと、ひっしでしがみつくのだった。

そのころ砂の里では、バキがテマリ、カンクロウ、我愛羅をあつめ、つぎの中忍試験で３人を「砂」から出すことをつたえていたが…。

本選当日、砂の一行がとまる宿からぬけ出した我愛羅は、ナルトやリーたちがいる木ノ葉病院にやって来た。我愛羅はリーの病室にしのびこみ、ベッドでねむるリーをぶきみに見下ろす。そして、我愛羅があやつる砂はリーをおそいはじめた。

その時、シカマルが影真似の術で我愛羅の体の自由をうばい、リーのピンチをすくう。だが我愛羅は、「ただ殺したいから殺す。オレのジャマをすれば、おまえたちも殺す」とぶきみに言いはなち…。

いよいよ本選の日がやって来た。ナルトの一回戦の相手は日向ネジ。強いとひょうばんのネジが相手とあって、きんちょうするナルト。そんなナルトがむかったのは、下忍の合格をもらった演習場だった。そこにはぐうぜん、ナルトに思いをよせるヒナタのすがたが。ネジのしんせきであるヒナタに「ナルトくんは失敗するからこそ、そこに立ちむかっていく真の強さがある」と言われ、ナルトは勇気をとりもどすのだった。

その後、本選会場にむかうナルトだったが、会場まではいがいと遠く、ちこくしそうになってしまう。そこへ木ノ葉丸があらわれ、会場までの近道をおしえてくれるが、トラブルにまきこまれてしまい…。

いよいよ、木ノ葉隠れ中忍選抜試験の予選通過者８名による本選がはじまる日がやって来た。しかし、サスケはまだすがたを見せない。ナルトとサクラは、サスケの身に何かあったのではないかと心配する。

一回戦はナルトＶＳ日向ネジ。ナルトにむかって「落ちこぼれは落ちこぼれだ」とつめたく言いはなつネジに対し、ナルトは「ぜってー勝つ！」と宣言する。そして戦いがはじまった！

第一回戦で日向ネジと対戦することになったナルト。人間の「点穴」のツボを見ぬいてくるネジの前に「影分身の術」も通じず、一方的にやられてしまう。さらにネジは「八卦掌回天」という絶対防御のワザを持っていた。これは、360度の視界を持つ上、攻撃をうける時に体全体からチャクラを大量放出し、その放出力だけで物理的攻撃をふせぐというもの。

ナルトの攻撃をかわしたネジは、「八卦掌回天」でナルトの全身64個の点穴をついた。ついに立つこともできなくなるナルトだったが…。

ナルトにやぶれ、病院にはこびこまれるネジの前に、ネジの伯父（おじ）・ヒアシがあらわれた。ヒアシはネジの父・ヒザシが死んだ時の真実をつたえにきたという。ネジは、ヒアシのためにヒサシがころされたことをうらんでいた。しかしヒアシは、その時自分が死ぬつもりだったこと、そしてヒザシが自分で「運命」をえらんで死んだのだということをつたえる。その話を聞いたネジは、人の「運命」が、今まで思っていたとおり、あらかじめ決められたものなのか、それともナルトが言っていたように、自分でえらぶものなのかを考えるのだった。

つぎの試合はサスケＶＳ我愛羅。しかしサスケはなかなかすがたを見せない。ナルトは、サスケはぜったいに来るとしんじていたが…。

サスケ戦がとばされることになり、急きょ試合に出ることになったのはシカマル。もともとやる気を見せないシカマルだが、「どうせわき役の試合だ」と考えてしまい、さらに相手が女のテマリだと知って、ますますやる気をうしなっていた。

試合中にも雲をながめて、自分が忍者になろうとする理由についてボーッと考えるシカマル。それを観客席から見ていた紅は、シカマルについての意外な事実をアスマに聞かされ…。

シカマルＶＳテマリの試合は、優位に進めていたシカマルがとつぜんギブアップし、テマリの勝利に終わった。次はいよいよ、サスケＶＳ我愛羅の試合だったが、サスケはいまだに会場にあらわれない。タイムリミットはあと10分。「サスケは試合前の修行で大ケガをした」というウワサが飛ぶ中、ナルトはヤキモキし、サクラはひたすらいのる。そして観客の「サスケ」コールがなりひびき…。

一番の注目カード、サスケ対我愛羅の戦いが始まった。我愛羅のまとう砂の鎧を、サスケは驚異的なスピードの攻撃で崩す。その動きは、リーの体術にそっくりだった。体術の修業でリーの「速さ」を身につけたサスケの猛攻に、追い込まれた我愛羅がとった行動とは……。

巨大な砂の繭に閉じこもる我愛羅。全ての攻撃をはね返すその絶対防御に、サスケは新術の発動を決意する。一方、我愛羅の生きる理由が人を殺すためだと知っているナルトは、カカシにこの試合を止めるよう頼むが、カカシはただ見守ったまま。膨大なチャクラを左腕に集中させたサスケの突きが、猛スピードで我愛羅に迫る。

サスケ対我愛羅の試合中、何者かが幻術を使い、会場全体の観客をねむらせてしまう。それは「木ノ葉」の抜け忍・大蛇丸を中心とした「砂」による、「木ノ葉」をたおそうとする作戦開始の合図だった。しかし「砂」の忍者たちは、切り札である我愛羅のキズが深いことから、今回は作戦をおこなうことを見送り、我愛羅をつれて試合会場から去るのだった。

サスケ対我愛羅の試合は中止となり、サスケは我愛羅たちのあとを追う。そして、風影になりすました大蛇丸がすがたをあらわし…。

「木ノ葉」をたおそうとする「音」と「砂」、そして大蛇丸が動きはじめた。戦闘の場となった会場の中で、カカシはサクラに波の国以来のＡランク任務（にんむ）をめいじる。それは、我愛羅のあとを追っているサスケをバックアップするべく、ナルト、シカマルとともにサスケを追いかけることだった。カカシはその手だすけとして、口寄せの術でブルドッグの「パックン」を出す。そして、サクラによって幻術をとかれたナルトとシカマルは、ワケがわからないままサクラにつれられ、サスケのあとを追うことに。

いっぽうやぐらの上では、火影と大蛇丸が向かい合い、戦おうとしていたが…。

忍犬パックンとともに、サスケを追っていたナルト、サクラ、シカマルの３人。しかしそのとちゅう、パックンは後から元木ノ葉の忍・大蛇丸の手下が９人追ってきていることに気づく。９人のレベルは高いと予想され、もし追いつかれればナルトたちは全滅させられる可能性がある。そこで、シカマルは「待ちぶせに見せかけた陽動作戦」を提案。それは、ひとりが残っておとりになり、敵を足止めしている間に３人が逃げるというもの。おとり役となった者は殺される可能性が高いという。そしておとり役として名乗りを上げたのは、なんといつもは逃げ腰のシカマルだった。

火影をとらえ、やぐらの上に連れていった大蛇丸は、結界を張った中で戦いをいどもうとしていた。そして大蛇丸は、死者をこの世によみがえらせる禁術の口寄せ「穢土転生」によって初代と二代目の火影をあの世から呼び寄せ、三代目の火影と戦わせようとする。

そして、初代・二代目火影ＶＳ三代目火影の戦いが始まった。三代目火影は、初代にしかできない伝説の木遁忍術「樹海降誕」により、すさまじい勢いで発生する樹木にとらえられ、がんじがらめにさせられてしまう。しかし、三代目火影は猿魔を口寄せし…。

我愛羅、テマリ、カンクロウの後を追っていたサスケは、ようやく３人に追いついた。カンクロウは我愛羅を連れて逃げ、サスケの前にテマリが立ちはだかる。テマリの「忍法・風砂塵」に苦しめられるサスケ。だが、変わり身の術で相手を制し、ふたたび我愛羅たちの後を追いかける。

いっぽうやぐらの上では、火影と大蛇丸の戦いがつづいていた。大蛇丸の仮面の下に見知らぬ若者の顔があらわれたのを見て、おどろく火影。大蛇丸は、他者の肉体をうばい、その肉体に自らの精神を入れこみ乗っとる転生術「不老不死の術」を使ったのだ。そして、次に大蛇丸がねらっている肉体は、サスケのものだった。かつて大蛇丸が自分の弟子だったころから危険な存在だと気づいていたが、気づかないふりをしていた火影。彼はそんな自分の態度を後悔するのだった。

火影と大蛇丸の戦いは大づめにさしかかっていた。ついに火影は、大蛇丸も知らないとっておきの術「封印術・屍鬼封尽」を発動する。これによって火影は死神を出し、初代火影と二代目火影の魂を体から抜いてしまう。そして、ついに火影と大蛇丸は直接ぶつかり合うことに。

火影の腹からのびた死神の腕は、大蛇丸の腹に食い込み、その魂を抜き去ろうとしていた。屍鬼封尽によって封印された者は、永遠に成仏することなく、死神の腹の中で苦しみつづけるという。しかしこの術は、その効力とひきかえにおのれの魂を死神に引き渡すというもので…。

サスケとカンクロウが戦おうとしているところにあらわれたのは、シノだった。サスケはカンクロウをシノにまかせ、我愛羅を追うことに。

森の中をにげるテマリにせおわれていた我愛羅が目をさました。そこへサスケが追いつき、ふたりは向かい合うことに。その時、とつぜん我愛羅が苦しみだし、顔の半分にヒビが入りはじめた。我愛羅の中で何かがめざめはじめたのだ。サスケに向かって「おまえは…オレの…えものだ！」とさけぶ我愛羅。そしてついにその正体が明らかに…。

半身だけバケモノに変身した我愛羅と向かい合うサスケ。我愛羅がサスケとの戦いにこだわる理由──それは「オレと同じ、力をもとめ、にくしみと殺意に満ちた目をしているから」だという。我愛羅にとって戦いとは、他者を殺すことで自分の存在価値を実感できるという意味を持っていた。サスケに「おまえも同じだ！」と戦いをいどんでくる我愛羅。サスケは、うちは一族の中で自分だけが生き残らされた理由を思い出していたが…。

ナルトとサクラがサスケのもとにかけつけたとき、我愛羅と生死をかけて戦っていたサスケは、力つきてたおれていた。ナルトは半身バケモノに変身した我愛羅のすがたにおどろき、サスケを連れてにげようとする。そのとき、我愛羅はふたたびサスケにおそいかかろうとしてきた。サスケをかばおうとしたサクラは、失神したまま我愛羅の手におさえつけられてしまう。

サスケもサクラもたおれてしまい、どうするべきかおいつめられるナルト。そのとき、とつぜん我愛羅が頭をおさえ、苦しみはじめた。小さいころの記憶が頭の中によみがえったのだ。

我愛羅は、小さいころから「バケモノ」とおそれられ、だれからも愛されずに育ってきたのだが…。

我愛羅の圧倒的な力の前に、手も足も出ないナルト。仲間のために戦うというナルトに対し、我愛羅は自分のためだけに戦うという。そんな我愛羅のすさまじい過去が明らかになる。

バケモノとおそれられ、だれにもみとめてもらえなかった自分の過去と我愛羅の過去を重ね合わせたナルトは、我愛羅に同情する。だが、心の底からわき上がる「負けたくない」という感情が爆発し…。

我愛羅のケタちがいな力の前に手も足も出ないナルト。しかし、体をはってサクラやナルトをすくおうとするサスケの行動を目にしたナルトは、「人は大切な何かをまもりたいと思ったとき、本当に強くなる」という白、イルカのすがたを思い出す。

しんじられない量のチャクラで、我愛羅を圧倒しはじめ、形勢を逆転させるナルト。しかし、ナルトがとどめをさそうとしたそのとき、ものすごい音とともに、ついに我愛羅が本当の姿、「守鶴」の完全体となり…。

我愛羅の狸寝入りの術でその本来の力をはっきしはじめた守鶴。コンビ変化で巨大な九尾のキツネになったナルトとガマブン太は、術でねむっている我愛羅を起こすことによって守鶴の力をうばおうとする。だが、術をといてもなお守鶴の力は強大だった。とうとうガマブン太もジリジリと押されはじめ、我愛羅の攻撃がナルトにせまる。

いっぽう木ノ葉の里では、大蛇丸と三代目火影の戦いがつづいていた。三代目は命がけの封印術「屍鬼封尽」によって大蛇丸を押さえこもうとするが、傷ついた三代目には大蛇丸の魂を封印するだけの力はのこされていなくて…。

死力をつくして戦いをくり広げたナルトと我愛羅。もはやふたりに戦うことはおろか、立ち上がる力ものこされてはいなかった。しかし、それでもサクラをまもるために、はうようにして我愛羅にむかっていくナルト。我愛羅は、なぜナルトはこんなに強いのかと疑問に思う。

里の人間にきらわれ、自分がだれからも必要とされない存在だと思ってそだってきたナルトと我愛羅。しかし、ふたりの決定的なちがいは、そんな自分の存在をみとめてくれた大切な人をまもりたいと思う心だった。「愛情…だからこいつは強いのか…」と我愛羅は悟るようにつぶやき…。

大蛇丸の木ノ葉くずしをなんとかしりぞけた木ノ葉隠れの里。しかしそのキズあとは深く、立ち直るための作業を急いでいた。

ちょうどそのころ、里に見なれぬふたつの人影が。サスケの兄・うちはイタチと手配Ｓランクの重罪人・干柿鬼鮫だ。ただごとではないオーラに気づいたアスマと紅は、いち早くふたりのもとにむかう。そしてその正体を知り、戦いに突入するのだった。

アスマと紅のピンチを、ギリギリのところですくったカカシ。そして、これまでまったく手を出さなかったイタチが、ついに戦いにくわわることに。いよいよ写輪眼をもつ者どうしの戦いが始まった。

最初は互角の展開となるイタチとカカシの勝負。だが、写輪眼の真の継承者（けいしょうしゃ）であるイタチが、「最強」といわれおそれられてきたうちは一族の本当の力を発動させる。はたしてカカシは、その強大な力に対し、勝利することができるのか？

現在行方不明の伝説の三忍のひとり・綱手（つなで）の消息をつかむため、ナルトと旅に出た自来也。彼はこの旅で、謎の組織「暁」の一員となったうちはイタチからナルトを守りながら、自分の弟子として修業をつませようと考えていた。自来也から新しい忍術を教えてもらえると張り切るナルト。そんなナルトに、自来也は、かつて自分の弟子だった故・四代目火影、そして若かりしころの自分の姿を重ねるのだった。

いっぽう、イタチの幻術にかかって昏睡状態になっていたカカシを見舞いに来たサスケは、そこで重大な事実を知る。一族を壊滅に追い込んだ実の兄・イタチが木ノ葉にあらわれたということ、そしてそのイタチがナルトをねらっているということ…。サスケは、ナルトと自来也がむかったという宿場町にむかうが…。

イタチと戦うため、ナルトがいるという宿場町にひた走るサスケ。彼は、いまわしい過去を回想していた。

かつてはサスケのじまんの兄だったイタチは、７歳で忍者学校（アカデミー）をトップの成績で卒業し、わずか13歳で木ノ葉最強の部隊「暗部」の分隊長までつとめていた。しかしある夜、たったひとりで木ノ葉の名門・うちは一族をほろぼしてしまう。ただひとり、弟のサスケだけをのこして…。

いままさにナルトを連れ去ろうとしていたイタチ。サスケは宿場町にとうちゃくするが…。

鬼鮫にやられそうなところを、間一髪、自来也に救われたナルト。イタチたちは、やはりナルトの中に封印されている九尾の狐の力をねらっていたのだ。「ナルトはわたさない」と、イタチと鬼鮫の前に立ちはだかる自来也。しかし、イタチに手首の骨を折られたサスケの「手を出すな」という声が、自来也をおしとどめた。はげしい痛みに顔をゆがめながらも、なおもイタチに立ち向かおうとするサスケ。父と母、そして一族の命をうばったイタチへの復しゅうの戦いが始まるが…。

心身ともに深手を負ったサスケは、ガイの手で木ノ葉の里に送り返されることになった。伝説の三忍のひとり、そして医療スペシャリストである「綱手」がいれば、サスケを、そして里で同じくイタチに深手を負わされたカカシを救える…。自来也とナルトは、綱手の手がかりを求めて歓楽街へむかう。

運悪くヤクザ者の忍者にからまれてしまうふたり。しかし、そこで自来也が見せた技によって、一瞬にしてヤクザ者たちはふっ飛んでしまう。自来也はその強力な技をナルトに伝授しようとしていた。

いよいよナルトの本格的な修行が始まった。「技を教えてもらえる」とはしゃぐナルトだったが…。

いよいよ自来也によるナルトの修行がはじまった。習得しようとしているワザは、あの四代目火影がのこした忍術で、そして天才忍者といわれる四代目でも習得に丸３年かかったという術だった。

修行の第１段階は、手の平から出すチャクラの流れで水風船を割ること。かんたんそうに見えるその修行だったが…。はたしてナルトはこの第１段階をクリアすることができるのか!?

修行の第一段階はなんとかクリアするナルト。だが、次の段階であるゴムボールをチャクラの勢いで破裂させるという修行は、想像以上にむずかしいものだった。なんとかボールに穴をあけるところまではいくが、まだまだ破裂させるレベルにはほど遠い。そんなナルトに、自来也は「手の平に墨で書いた点に意識を集中すれば、思わぬ力を引き出すことができる」というヒントをあたえる。

ふたたび修行をはじめるナルト。しかし、思うように成果が上がらない。そんな時、ナルトは昔なつかしい忍者学校でのできごとを思い出し…。

町のお城を見学する綱手とシズネの前に、とつぜんあらわれた大蛇丸とカブト。三代目火影の封印術によって負った大蛇丸のケガを、医療スペシャリストであり伝説の三忍のひとりである綱手に治療させようというのだ。しかし、木ノ葉の里を裏切り、三代目火影を亡き者にした大蛇丸を、綱手が治療などするはずがない。だがそこには、綱手のかなしい過去を利用したひきょうな取引条件が用意されていて…。

みずからの腕のキズを治させるために大蛇丸が出してきた条件は、綱手の最愛の弟・綱樹とかつての恋人・ダンを禁術の力で生き返らせることだった。しかも腕のキズが治った場合、大蛇丸はただちに木ノ葉崩しを再開するという。返事の期限は１週間。綱手は、木ノ葉の里への思いと、失った最愛の弟と恋人をとりもどせるという誘惑の間で、ゆれるのだった。

そんな中、ようやく綱手と出会えた自来也は、五代目火影就任要請を告げるが…。

歴代の火影たちをバカにするような綱手の言葉にたえ切れず、ケンカを売ったナルト。綱手の一瞬のすきをついて修行中の四代目火影のワザを使うが、あえなくかわされてしまう。すると綱手は、今度は自来也に向けて非難をはじめる。それを聞いて腹を立てたナルトは、３日でワザをマスターすると宣言してしまう。そんなナルトに、綱手は「１週間でワザをマスターできたら初代火影が持っていた首飾りをわたす」と言いはじめた。その首飾りは、綱手の大切な、そしてつらい思い出がつまったものだった。さらに、綱手の悲しい過去が明らかに…。

綱手から首飾りをもらうため、一週間で術をマスターしようと必死になるナルト。いっぽう綱手は、かつて愛した男と弟を生き返らせるという大蛇丸の誘惑に、まだ迷っていた。すぐに返事をしない綱手に、カブトは疑念を感じるが、「かならず条件をのむ」と大蛇丸は自信があるようす。

　そのころ、酒場で酒を飲んでいた自来也は、何者かに薬を盛られ、息も絶え絶えになっていたが…。

綱樹とダンにひと目でいいから会いたいと思う綱手は、一度は大蛇丸の誘惑に乗りかけたが、ふたりの共通した夢をナルトにより思い出させられ、すんでのところで思いとどまる。

どうしても綱手の力によって腕を治したい大蛇丸は、綱手の心の中にあるもっとも「痛い」部分にふれる。そしてそれにより、綱手は再起不能状態におちいってしまうのだった。

いっぽうナルトは、「君には忍の才能はない」とカブトに告げられ、ひるんでいた。そして、自来也VS大蛇丸、ナルトVSカブトの攻防戦の幕が切って落とされるが…。

口寄せの術で大蛇を呼び出す大蛇丸とカブト。それに対し、まだ薬のせいでチャクラをうまく練られない自来也は、小さいガマ吉を登場させてしまった。大蛇丸に自来也をののしられて腹を立てたナルトも、口寄せの術を行うが、現れたのはガマ吉の弟のガマ竜だった。

大蛇丸に押されてしまう自来也。「ナルトには才能がない」という大蛇丸に対し、自来也は「忍の才能で一番大切なのは、あきらめないど根性だ」と言い返す。

いっぽう、シズネとナルトを倒したカブトは、ふるえる綱手に近づき、けりはじめた。それを見て怒りに燃えたナルトは、なんとか体を起こして反撃に出ようとするが…。

「まっすぐ自分の言葉は曲げない」それが自分の忍道だと言うナルト。カブトから受けたキズでフラフラになりながらも、縄樹、ダンが追いかけたのと同じ夢を持つナルトに、綱手は最後の望みをかける。

彼女にとってネックになっていたのが「血液恐怖症」だったが、ナルトを守る気持ちがそれを克服させる。しかし、そのためにある封印を解放してしまい…。

ともに口寄せの術を使う自来也、綱手、大蛇丸。そして死闘がはじまった。

自来也と綱手は、ふたりがかりで大蛇丸に立ち向かうが、やはり元三忍のひとりをそう簡単にはたおせない。キズついた体を引きずりながら、必死に大蛇丸に戦いを挑む綱手だったが、ある違和感を覚えていた。その違和感が意味するものとは…？

五代目火影を綱手が正式に襲名するために、木ノ葉の里に向かうナルトたち。だが綱手の発言により、とちゅうの温泉街に立ちよることに。そこでナルトたちを待ちかまえていたのは、綱手が借金をしていた赤城一味だった。

ナルトたちが入浴している間に、首かざりをぬすむ赤城一味。気づいたナルトは追いかけるが、話を聞くうちに一味に同情してしまう。そしてナルトは、赤城一味と手を組むことにするが…。

火影就任前にサスケとリーのケガを治すよう綱手にたのむナルト。リーをみてあげた綱手は、彼に「忍以外の道をさがせ」ときつい通告をする。中忍試験の時に砂漠の我愛羅と戦ったリーの体は、もうボロボロだったのだ。

「体術だけでもりっぱな忍者になれることを証明する」それがリーの目標だった。しかし、その希望が絶たれたリーは、これからどうするのか？

いっぽう木ノ葉の里は、音忍の襲撃からまだ回復できていなかったが…。

綱手から、忍者をやめるか、もしくは生きるか死ぬか成功率50％の手術をうけるかと言いわたされ、ためらうリー。

いっぽう、三代目火影と衝撃的なわかれかたをした木ノ葉丸は、いまだそのキズがいえず、ひとりカラに閉じこもる毎日。そんな木ノ葉丸は、新しい火影となった綱手のことが気に入らない。こまらせてばかりいる木ノ葉丸を力ずくでなんとかしようとする綱手だったが、ナルトが説得に向かうことになり…。

綱手から「忍者をやめろ」と通告されたリーは、恩師・ガイと出会った時のことを思い出していた。

忍術も幻術もできず、いつも周りから見下されていたリー。だがガイだけは「熱血さえあればいい」と力強く言ってくれた。そんなガイの言葉のおかげで、リーは「体術だけでもりっぱな忍者になれることを証明する！」という夢を持ち、きびしい練習を乗り越えることができたのだ。

いっぽう、リーに死に等しい宣告をした綱手は、彼の無念を痛いほどに感じていた。そこで綱手は、成功率50％、失敗すると命を失うというむずかしい手術を行う決意をかためるが…。

ナルトたち３人にとって、目から下をマスクでかくしているカカシの素顔はきょうみの的。その素顔を見るため、３人はがんばることに。

まずは、カカシにラーメンをごちそうし、マスクをはずして食べる瞬間を見ようとする３人。ふだんとは明らかにちがう３人の行動をあやしく思いながらも、カカシはラーメンを食べようとするが、もうすこしのところでこの作戦は失敗。

なんとしても素顔を見たいナルトたちは、次から次へと作戦を実行するが…。

ナルト、サスケ、サクラにＢランク任務が命令された。綱手によれば、隣国・茶ノ国で４年に一度行われる、トドロキ大社の奉納の儀で開かれるレースに参加する人を護衛してほしいというものらしい。そして３人は、依頼主の茶ノ国・次郎長親分のもとへ送り出される。

茶ノ国へむかうとちゅう、ナルトたちは忍者が大きらいだという謎の男・イタデと出会う。イタデはナルトたちにいちゃもんをつけて走り去ってしまうが、その足の速さはなみはずれたものだった。

そして次郎長親分のもとに着いたナルトたちは、今回の任務の本当の内容を聞かされ、おどろくのだった。

伝統ある大祭でイダテが茶番を演じたと思いこんでいる家老たちは、「このレースに勝たねば一家を取りつぶす」と次郎長をおどす。それでも次郎長は、イダテにはなんらかの策があり、逃亡したのだと信じていた。

いっぽう、逃げ出したイダテに追いついたナルトたちは、雨忍・アオイたちからイダテをまもるために、必死で説得をはじめる。だが、忍者ぎらいのイダテは、耳を貸そうともしない。そうしているうちにも、雨忍の気配がすぐそこまで近づいていたが…。

雨忍との水中戦に苦戦するナルトたちだったが、なんとか逃げることに成功し、イダテに追いついた。しかしそこにいたのは、傷つき意識を失ったイダテと、余裕の笑みをうかべたアオイの姿だった。そのころ、ワガラシ一家の走者・フクスケは勝利を確信し、休憩（きゅうけい）に入っていた。

イダテがなぜ忍者をにくむのか、どうして次郎長親分に命をはってでも忠誠を尽くすのか。介抱したイダテから、その悲しい理由を聞いた３人。ナルトの胸には熱い思いがこみ上げてきたが…。