網手の指令で、茶の国の大名の茶壷、ミソギをぬすんだ男・五寸釘をつかまえることになったナルト、ヒナタ、キバ、赤丸たち。五寸釘がかくれているという石の国で聞きこみをしようと酒場に入るが、間中道蔵に子供あつかいされ、攻撃されてしまう。ピンチのナルトたちをたすけてくれたのは、悪人をつかまえて賞金をかせぐ男・サザナミだった。

食事をおごってくれるというサザナミは、ナルトたちを町はずれまでつれ出した。そして、「五寸釘はオレの獲物だ。おまえたちには死んでもらう！」と、とつぜんおそいかかってきて…。

キズついたサザナミを看病するナルトたち。サザナミは悪党・五寸釘との因縁（いんねん）を語りはじめる。かつて平凡な村の刀鍛冶（かたなかじ）だったサザナミに、自分の罪をかぶせた相手こそ五寸釘だというのだ。自分の手で五寸釘をとらえて、自分は無実だと証明したいサザナミ。だがそこへ、サザナミをねらうもうひとりの賞金かせぎがあらわれ…。

ガイとリーが出かけているあいだに、２人に変装したニセモノが木ノ葉の里にもぐりこんだ。その名もモンダイ・ガイ＆ポッチャ・リー。あまりにもヘタクソな変装だったのですぐにカカシが見やぶるが、「だれもダマされないだろう」という綱手の判断で、ほうっておくことに。

いっぽう、里の中で修行相手をさがしていたナルトは、なんとこの変装にすっかりダマされ、「オレに体術の修行をつけてくれ！」とニセモノ２人に言いはじめて…。

いま鳥の国には、「呪い武者」とよばれる幽霊があらわれていて、こまっているらしい。はるばるやってきた鳥の国の青年・チシマのけんめいのたのみに押し切られ、綱手はしぶしぶ幽霊退治を引き受けることに。この任務にえらばれたのはナルト、ネジ、リー、テンテン。なんでも呪い武者の正体は、急死した先代大名、オオワシの亡霊らしいのだが…。

幽霊が相手だと聞いてビビるナルト。鳥の国についたとたん、一行はさっそく呪い武者と出会うことになり…。

鳥の国では、大名後見役の孟宗と策士の紅明が対立していた。「呪い武者」にはある陰謀（いんぼう）がかくされていると考えたネジは、事件の背景をさぐるために現大名のサギに会おうとする。

ところがサギは、正体不明の忍者におそわれてしまった。現場にのこされた手裏剣は、紅明がたばねている鳥の国の近衛兵の持ち物にまちがいない。大名の命をねらったのは紅明なのか？　そんなおり、ナルトたちは呪い武者と密会している紅明を目撃する。

呪い武者をあやつっていたのは紅明だった。孟宗によって次々とあばかれていく紅明の野望。だが、そのあまりの手ぎわのよさに、木ノ葉たちは違和感をおぼえるのだった。

「任務終了を告げられた以上、他国の事情に首をつっこむべきではない」というネジの言葉をつっぱねるナルト。助っ人にガマ吉、ガマ竜を呼び出して、納得いくまで事件のナゾをさぐることにする。紅明と呪い武者が密会していた寺でナルトが見たものとは…。

カカシに言われて、しかたなく里へいっしょに帰ることになったテンテンとネジ。その３人をひそかに見はるナゾの忍者のかげがあった。実はカカシは、その尾行者のそんざいにいち早く気づいていたのだが…。はたしてナゾの忍の正体とは？

いっぽう鳥の国では、罪人となった紅明の処刑がとりおこなわれようとしていた。しかし、とつぜん会場にあらわれた呪い武者が、人々の目の前で紅明をさらっていってしまうのだった。

真犯人がわかった以上、自分のの手で孟宗をうちとると宣言するサギ。サギのうらみにゆがんだ表情を見たナルトは、かつて「復讐者（ふくしゅうしゃ）」としての生きかたをえらんだサスケを思い出すのだった。

「復讐のための復讐は心を闇（やみ）に落とす」という紅明の言葉も、ナルトの制止も、亡霊にとりつかれたようになったサギの心にはとどかない。強引にみんなを足どめしたサギは、孟宗の元へ急ぐのだった。

孟宗の屋敷では、渡りの忍者と木ノ葉の忍者のはげしいたたかいがくり広げられていた。チシマの活やくによって幻術からのがれたナルト。だが孟宗はついに「渡りの忍者・ホウキ」としての真のすがたをあらわす。

鳥の国の後継者（こうけいしゃ）であるトキと、ナルト、チシマにおそいかかるホウキ。鳥の国の平和をねがいつつ、チシマはたおれてしまう。ナルトも、ホウキのふくざつな攻撃においつめられるが…。

チョウジとナルトに至福のひと時をもたらす極上の一杯、それは木ノ葉名物一楽のラーメン。連れ立って一楽に向かう二人だが、店に掛かっている臨時休業の札にガッカリ。仕方なく店を後にしようとした時、二人は店の中から漂う芳しい匂いに気付く。店の中では店主のテウチが新作メニュー作りの真っ最中だった。実は「料理忍者（料忍）」と呼ばれる料理のスペシャリストがテウチの持つ「幻のメニュー」欲しさに、店の看板娘のアヤメを攫ってしまったというのだ。アヤメを取り戻すには幻のレシピを渡すか、料忍との料理勝負に勝つしかない。事情を聞いたナルト、チョウジ、サクラはテウチと共に、運命の料理勝負に参戦する。

遠い海の国から、「海魔退治」と「御用金船警護」をしてほしいという依頼がまいこんできた。なんでも「海魔」とよばれる者が、海上を荒らしているらしい。一説によると、海魔は人間ではないというが…。

任務をまかされたのは、アンコをリーダーに、ナルト、いの、シノ。「なんかよせあつめみたいなチームだってばよ」と、ナルトはむくれるが、アンコはなぜかひとりもの思いにくれていた。じつは、アンコと海の国には、意外な接点があったのだ。

ナルトをさがし出せぬまま、海の国の役人と面会することになるアンコたち。警護の依頼を受けた御用金船の出発は明日にせまっていた。木ノ葉たちは手分けしてナルトをさがしはじめる。

いのとシノはある漁村で、むかし鬼界島のそばで起きた「神隠し」の話を聞く。いっぽうそのころ、ナルトは漁火にたすけられ、看病を受けていた。すっかり元気をとりもどすナルトだったが、漁火に「海魔には近づくな」と言われ…。

目をさますとともに、アンコはいくつかの記憶をとりもどしていく──。神隠しの舞台となった鬼界島は、むかしアンコが、師匠であった大蛇丸とおとずれた場所だった。そしてアンコによって明かされる、神隠しの真相と漁火の身体の秘密。大蛇丸のあまりにひどい行動に腹を立てたナルトは、漁火をとりもどすことを決意する。

鬼界島にのりこむ木ノ葉たち。だが、そこには思いがけないものがまちかまえていて…。

アマチ一味による御用金船の襲撃（しゅうげき）がはじまる。なんとか鬼界島を脱出し、ようやく追いついたナルトたちが見たものは、壊滅（かいめつ）寸前の海の国の船団だった。

「やめろ姉ちゃん！　このままじゃ本物の海魔になっちまうぞ」というナルトのさけびは漁火にはとどかない。漁火は、人間にもどるため、ナルトに戦いをいどむ。そして御用金船をめぐり、アマチたちと木ノ葉によるはげしい戦闘が開始され…。

海上で戦いをくり広げる木ノ葉とアマチ一味。ナルトの活躍によってアマチはたおされるが、勝負はまだ終わっていなかった。不死身の口寄せ・海坊主が、ナルトたちの前に立ちふさがったのだ。

海坊主をたおすべくガマブン太をよび出すナルト。海坊主をたおすためのガマブン太の秘策とは？

火の国きっての大金持ち、宝石商クニジロウのなやみは、「金」しか頭にない息子クニヒサのこと。相談をうけたツナデは、クニヒサの１日忍者体験ごっこにナルトをつきあわせることに。下忍の雑用任務をてつだわせようとするナルトだが、クニヒサは札束をばらまいて護衛たちに雑用をさせる『金遁の術（？）』を使い、いっさい自分は動こうとしない。すっかりあきれてしまうナルトだったが、そんなクニヒサを遠くからねらうあやしい影が…。

ナルト、キバ、ヒナタに下される新たな任務。それはツナデの友人、海鮮アガリの依頼による埋蔵金さがしだった。地図もあるので簡単だとたかをくくる３人を「この任務に失敗すれば、アカデミーにもどってもらう」とおどすツナデ。その理由は、このメンバーが組んだ任務の成功率が低いからだった。

絶対に失敗できないというプレッシャーの中、今までの失敗の責任をなすりあいながらも埋蔵金にむかうナルトたち。しかしこの任務には、あるおそるべき秘密があり…。

「おまえらの顔を使って、木ノ葉の里をめちゃくちゃにしてやる」そう言いのこして消える祁答院一族たち。洞くつを脱出したナルトたちは、一族の陰謀（いんぼう）を食い止めるために一丸となって後を追うが、すでに一族は木ノ葉の里に潜入していた。そして、ナルトたちと祁答院一族のはげしい追いかけっこが開始される。

祁答院一族の真の目的とは？　そして任務に失敗すればアカデミーにもどされてしまうナルトたち３人の運命は？

任務帰りに温泉街に立ちよったナルトは、どんちゃんさわぎをしている自来也を発見。「こんなことをしているならオレの修行を見ろ！」と怒るが、自来也は次回作のしめ切りに追われている真っ最中だという。

「原稿が早く上がれば修業の時間をとれるかも」という自来也の言葉を信じて待つナルト。だが、原稿はなかなか上がらない。イライラしたナルトは、ついに見よう見まねで書いた自分の原稿をプロの郵便屋さん集団である「飛脚忍者」にたくしてしまうが…。

熊の国・星隠れの里より、「星」を警護（けいご）してほしいという依頼が木ノ葉にとどいた。星とは、二百年前に熊の国に落ちたいん石で、忍五大国の影たちもうらやむ神秘の力を持っているらしい。さっそく任務にむかうネジ班＋ナルトは、毒ガスが流れる国境の谷で、むかえに来た少年忍者・スマルと出会う。

未来の「星影」（と呼ばれる里長）をめざすスマルに共感をおぼえるナルト。そのころ、里の修業場には、星をねらうナゾの忍の影があったが…。

うばわれた星のゆくえを捜査するナルトたち。星をうばった忍者が里の特殊忍法「孔雀妙法」の使い手であったことから、犯人は里の関係者ではないかと当たりをつけるが、里長のアカホシは明らかに何かをかくしているようす。

星への手がかりを得るため、里の忍の動きをさぐる木ノ葉。いっぽう、ケガを負った少年忍者たちをたずねたナルトは、思いがけずスマルの暗い過去を知ることになる。

スマルを攫ったマスク忍者は地獄谷へと消えた。実はスマルを攫ったのはアカホシとその一味。アカホシはスマルを使い星を奪った忍者を呼び出そうとしていたのだ。その忍の正体とは…？　一方、傷ついた少年忍者達を介抱する木ノ葉達だが、ネジはミズラの命が尽きようとしている事に気付く。星の修業とは術者の力を極限まで活性化させる、死と隣り合わせの修業だったのだ。今までの経緯を振り返るネジは、隠された陰謀の気配を感じ取る。

谷底に転落した覆面忍者とナルト。忍者の正体は、死んだはずのスマルの母、ナツヒだった。キズついたナルトの治療をしながら、ナツヒは星をうばった理由を語る。

星の修行により多くの仲間をうしなったナツヒは、禁じられた修行が再開されることのないよう、三代目星影との約束により外部から星隠れの里を見守っていたのだ。他者の犠牲のことを考えていないアカホシに星をわたすわけにはいかないというナツヒ。しかしアカホシの魔の手はすぐそこまでせまっていた。

ナツヒの身体はすでに「星」の副作用にむしばまれていた。「星」をめぐり、ひっしでアカホシとぶつかるナツヒだが、スマルを人質にとられ、「星」をうばいかえされてしまう。そして、アカホシはナツヒとスマルたちの追放を宣言するのだった。

ナルトたちにたすけられ、スマルとナツヒはようやく親子の再会をはたす。秘められた母の思いを知るスマル。そして、スマルの悲しみを知るナツヒ。「もうこれ以上かなしい母と子を作りたくはない」と考えたナツヒは、元凶である「星」の破壊を決意するのだった。

遠く母の死を感知するスマル。ナルトは怒りにわれをわすれたスマルを止めることができなかった。アカホシはスマルをたおすため、忍たちに総動員をかける。だが、ホクトとミヅラは、スマルを救うため、命がけで星の修行の真実を告げるのだった。

明らかになるアカホシの野望と星影暗殺の真実に、どよめく忍たち。自分にはむかいはじめた忍たちを制圧するため、アカホシがとった最後の手段は…。

他国の忍との交戦で傷を負った赤丸。だが後日の調べで大変な事がわかった。その忍は与えた傷口から菌を侵入させるという特殊な術の使い手だったのだ。侵入した菌は全身に広がり、遂には感染者の自我を奪ってしまうという。忍犬である赤丸が凶暴化した場合の被害は計り知れない。最悪、キバは犬使いとして最も過酷な選択を強いられる事になる。赤丸の無事を信じたいキバだが、その祈りも空しく赤丸にある変化が起きはじめる――。

森にて修行に励むナルトの背中に奇妙な生物が張り付き、取れなくなった｡その生物をツナデは「伝説の生物・オンバア」ではないかと推測。それによればオンバアは生まれて最初に見たものを親と思い、背中に張り付いて大人になるまでその背を離れない習性を持つという。更に成長したオンバアは凶暴性と怪力を併せ持ち、3メートルもの巨体になるらしい。爆弾を背負わされた気分のナルトだが、成長するにつれて次第にナルトに懐いてゆく子オンバアに徐々に心を許していく。

――そんな時、ナルトに山賊退治の任務が下る。子オンバアとの絶妙なコンビネーションで山賊を倒してゆくナルトだが、危機はすぐそこまで迫っていた。

シノとナルトの組み合わせにとどいた任務。それは本吉村の富豪、花月家当主の葬儀（そうぎ）の警備の依頼。しかしこれは表向きで、実は本当の依頼は先代当主の残した遺言（ゆいごん）から次代当主の風太をまもってくれというものだった。その遺言は「葬儀の席で風太が笑ったら彼に相続権はなくなり、財産は一族の分配となる」というもの。葬儀当日には、花月家の親せきたちが風太を笑わせようと手をつくすことが予想された。そこで風太の代理として「絶対笑わない人」シノが葬儀に出席することになるのだが…。

ツナデの旧知、菜の国の城主から依頼が入る。内容は菜の国を訪れた行商人の警護をして欲しいというもの。早速任務に出かけるチョウジ、ヒナタ、ナルトの混合チームは老若男女から成る行商人達と合流する。警護の道すがら菜の国の方角から上がる妙な黒煙を目にするナルト達は、直後に謎の忍者達の襲撃を受ける。「ただの行商人が忍者の攻撃対象になる筈がない」と楽観的に考えるナルト達は、襲撃を何かの間違いだと考え、ルートを迂回して追っ手をやり過ごす事にする。しかしこの動きを敏感に感じ取っている若者達がいた。シュンとキクスケ、ユリノシン。彼らこそが、襲撃者の真の標的だったのだ。

尚も行商人達の追跡を止めない敵。後方の様子を見に行ったナルトは倒されているキクスケを発見する。ユリノシンとシュンを問い詰めた木ノ葉達は恐るべき事実を知る。なんとシュンの正体は菜の国の一人娘、ハルナだったのだ。そしてユリノシンは百合之丞という名の姫の護衛だった。菜の国の大名は近く起こるクーデターの情報を掴み、姫と護衛を行商人達の中に紛れ込ませ、脱出させたのだった。

邪忍ルイガに襲われるナルト達。無尽蔵に湧き出る地下水を武器とするルイガの攻撃に、ナルト達は次第に追い詰められていく。しかし劣勢の戦いの中でナルトは逆転の一手に繋がる、ある発見をするのだった。一方、先をゆくヒナタとハルナ。待機して仲間の合流を待とうとするヒナタに、ハルナは「早く自分を安全な所に連れて行け」と迫る。逡巡するヒナタにハルナは――？

第二の邪忍、ジガに動きをとめられるナルト。かけつけたヒナタは、ナルトの身の安全をたてに、ハルナの居場所を教えるようせまられる。その要求をこばみ、戦いをはじめるヒナタ。柔術をつかって戦うヒナタだったが…。いっぽうナルトは、チョウジと百合之丞によってたすけられていた。しかし、ヒナタの元へ急ぐナルトたちのすがたを、最後の邪忍レンガが見ていて…。

城下町にかけこもうとするナルトとハルナの前に立ちはだかるレンガ。レンガは仲間たちがすでに自分の手に落ちたことを告げ、ハルナをわたすようにナルトにせまる。空気中の水分で作ったレンズをつかい、強力な光線攻撃をはなつレンガ。そして、キズだらけのナルトをかばうハルナに、レンガは二十数年前にさかのぼる自分たちの関係のことを語りはじめる。

大名の姫じきじきの指名で、いのに任務がまいこんだ。ナルトをつれて、得意げに城にのりこむいのだったが──そこで聞かされた任務はなんと「お見合い代行」。姫は食べすぎて太ってしまった自分の代理として、（やせている時の自分ににている）いのに見合いに出てもらい、なんとしてもあこがれの若殿のハートをつかんでほしいというのだ。姫の乙女心に同情し、見合いにのぞむいのだったが……。

「道場破りの方はこちらにどうぞ」任務帰りのナルトは妙な看板を発見する。辿るとそこには出来たばかりのロック・リーの道場があった。最近任務に追われ、効率よく修行できない事に悩んでいたリーは、世の中に『道場破り』なるものがあると知り、道場を開けば道場破りがやってきて有意義な修行ができる、と考えたのだった。ナルトから事のあらましを聞き、リーの心意気に感動するガイ。ならば自分が記念すべき道場破り第一号となろうと変装してリーの道場に向かおうとするが――じっと様子をうかがう謎の忍者の姿があった。

蜜の国の奥方一行が荷物のみをのこしてすがたを消すという事件が起こった。現場である「首崎峠」は、五十年ほど前にほろんだ首崎一族の「首（しゅ）の国」の首都があった場所だという。さっそく任務にむかうナルト、キバ、ヒナタは、街道のまん中にそびえる不気味な城を発見する。奥方たちの手がかりをさぐるため城にもぐりこむナルトたちは、そこで古びた武将の肖像画（しょうぞうが）を見つける。肖像画にえがかれた人物は誰なのか？この城はいったいなんなのか？そしてナルトたちは、ひとり、またひとりと仲間がすがたを消していき…。

里の定期検診で、リーが体調不良であることがわかった。チャクラ系にたまったダメージがあまりにも多いというリーに、綱手は休むよう命令する。任務ができずに落ちこむリーをはげまそうと、アカデミーの道場へさそうガイ。しかし、リーはそこで出会った天才的な体術少年・ヤグラとの模擬戦で敗れてしまい、ケガをしてしまう。じつはヤグラは、ガイが知人からあずかった天才少年だった。特例としてガイの任務についていくことになったヤグラは、リーに「ガイ先生は君を見すてたんだ」とつめたく言うのだった。

ヤグラの正体は、かつてガイによって父をたおされた「龍堂院三兄弟」の末弟、オトだった。かたきうちを果たすべくガイの前にあらわれた三兄弟は、忍法「木人柩」をつかって、ガイを完全に隔離（かくり）する。

いっぽう、ナルト、ネジ、テンテンは、木人城にたどりついたものの、三兄弟の木人操術により無数の木人たちにゆくてをはばまれる。ケガをおしてかけつけたリーは、ガイをすくうため木人城に飛びこんでいくが、三兄弟の用意したワナがまっていて…。

木ノ葉の重要施設の図面がぬすまれた。暗部の調査により、犯人はナルトと仲の良かった老大工、ゲンノウだとわかる。じつはゲンノウは、むかしトラップ忍者として有名な忍者だったのだ。自爆してしまったゲンノウ。だが図面は見つからない。「ゲンノウをやとった何者かが図面を入手し、木ノ葉へせめこむことをたくらんでいるのではないか」と考えた綱手は「超Ｓ級非常警戒態勢」を宣言。里内の忍を国境警備にあたらせる。いっぽう、シカマルをリーダーに、ナルト班、キバ班、ネジ班ら11人は里にのこり、消えた図面をさがしはじめるが…。

ゲンノウの目的をさぐるべく、暗部はナルトに逆行催眠をかけるが、たいした情報はえられない。そんな時、滝隠れの里が国境付近で大がかりな演習をおこなうという情報が入った。「隠れ里が演習の名目で一気に他国に攻め入るのはよくある手段だ」と、気をひきしめる綱手。

いっぽう、下忍をしたがえたシカマルは、ゲンノウの足あとをさぐればさぐるほど、なにかおかしいという思いを強めていた。そのころ、サクラといのはある重大な発見をして…。

ばらまかれた図面をの回収に追われるナルトたち。そんな時、滝隠れの演習もゲンノウとはまったく無関係であったことがわかる。ではゲンノウの真のねらいとは何か？目的はわからないが、ゲンノウは里の注意を外に向けさせたかったのではないかと考えたシカマルは、一枚だけ行方不明になっている忍者アカデミーの設計図に注目する。そして、アカデミーをさぐるナルトたち11人は、しんじられない事実と向き合うことに…。

里中にしかけられた大量の起爆札におどろくナルトたち。そのしかけを察知したことをゲンノウに知られぬよう、注意して解除作業をはじめるが、札の数はあまりに多く、なかなかはかどらない。その時、思わぬ助っ人、ホムラとコハルが登場。起爆札の解除にあたる老忍たちは、起爆札の術式としかけられた場所から、札はかなり昔にしかけられたものと推測する。歴史に消えた「陽炎の里」。木ノ葉の里とゲンノウをつなぐ、三十年前のできごととは…？

生きていたゲンノウと向き合うナルト。「復しゅうなどさせない」と宣言するナルトだったが、しだいに追いこまれていく。いっぽうシカマルは、ゲンノウの今までの行動からひとつの結論をみちびき出す。ここまでのトラップはすべて陽動。ゲンノウのえがく滅亡のシナリオとは、「もどってきた里中の忍がトラップ解除に気をとられているその背後から顔岩の台地を破壊し、すべてを土砂にうめる」というものだった。しかし時すでにおそく、忍たちは次々と里にもどりつつある。ナルトたち11人は木ノ葉の里を滅亡からすくえるのか？

舞台は木ノ葉の里のとあるスタジオ。我らが主人公うずまきナルトとヒロイン春野サクラが司会のマイクを握り、いよいよ番組の収録が始まった。「レディースアンドジェントルメーン！今日は『ＮＡＲＵＴＯ』初の特別企画をお送りしちゃうぜえ！」ゲストを交えてお送りする忍達の名勝負の数々！しかし突然スタジオ内にベルの音が鳴り響く。受話器の向こうから聞こえたのは、最近出演ご無沙汰の気になるあの人の声だった――！！

里外れの山荘で不思議な絵を描く少女八雲と遭遇するナルト。しかし現れた暗部と医療班は、問答無用で八雲をナルトの前から連れ去ってしまう。…一方、里ではある騒動が持ち上がっていた。なんと紅がキバ達の担当上忍を外れると言い出したのだ。引き止め、理由を問う8班だが紅の決意は固く取り付く島がない。見かねてなんとか紅の気持ちを変えようと乗り出したナルトは、偶然サクラから「今回の紅の行動と八雲の間には何か関係があるらしい」という情報を入手する。

医療班に眠らされたナルトは奇妙な夢を見る。それは忍になりたいと懇願する八雲に、紅が能力の封印を宣言するというものだった。八雲の別荘に向かう紅に問いかけるナルト。紅は夢の内容を肯定し、教え子だった八雲の力を封印しその夢を奪ったのは自分だと告げる。一方、その頃八雲の山荘は緊張に包まれていた。突如現れた謎の忍者達が山荘を取り囲み、今にも襲撃を開始しようとしていたのだ。――果たして、忍者達の狙いとは？

襲撃者の正体は同じ木ノ葉の八雲の出身一族、鞍馬一族であった。幻術使いの名門として知られる一族を相手に、紅は壮絶な幻術合戦を繰り広げる。危機を察して山荘に駆けつけるガイ、８班、ナルトとサクラは、八雲を庇い苦境に立たされた紅を救うのだった。何故、同門の八雲を鞍馬一族は襲ったのか？八雲は「木ノ葉は里ぐるみで自分を抹殺しようとしているのだ」と、過去に目にした恐るべき出来事をナルトに語る。

八雲のアトリエに乗り込んでいくナルト。そこには八雲によって絶体絶命の危機にさらされている紅がいた。紅の制止を振り切り八雲に語りかけるナルト。その言葉を受け、ふいに苦しみだす八雲の傍らで、一枚の絵画がおぞましい異変を放ち始める。次第に解き明かされていく鞍馬邸炎上の秘密。そこに現れたという般若面の怪物『イド』の正体とは？イドが一同の前に姿を現した時――紅に任務を託した三代目の真意が明らかになるのだった。夕日紅編、完結。

今回の任務は「小国が買えるほどの値打ちを持つ国宝級のお宝茶碗を展覧会場まで届ける」というもの。万一の場合に備えた追跡要員、キバと共に早速茶碗の警護に赴くナルトは、茶碗の側にいる態度の悪い依頼人・進衛門と出会う。茶碗を「命より大事だ」と豪語する進衛門は、茶碗に訪れる危機をナルトやキバを犠牲にする事で次々と回避しようとする。進衛門のせいでひどい目にあい、怒り心頭のナルトとキバだがこれも任務とぐっとこらえるが――そんな折、茶碗を狙う盗賊団が出現。最大のピンチが一行を襲う。

木ノ葉の隠れの里に、「不忍（しのばず）」のメンバー、丸鉄（がんてつ）を護送してほしいという依頼がまいこんでいきた。「不忍」とは、その名のとおり、「忍びにあらず」といわれている抜け忍で構成される強盗団で、凶悪な手口で知られている連中だ。任務に出かけるナルト、サクラ、リーは、さっそく不忍が丸鉄をうばいかえしにくることを警戒している警護部隊と合流するが、隊長のトドロキは「犯人を守るのは自分たちだけで十分」と言いはなつ。対立しながらも、しかたなくともに警護に当たるトドロキとナルト。どうやらトドロキは丸鉄と何か関係がありそうなのだが…。

「不忍」の襲撃はなんとかかわしたものの、本隊からはぐれてしまったナルト、丸鉄、トドロキ。トドロキの判断により、森をつっきって都を目ざそうとする３人だが、すぐにある異変に気づく。この森は人間の方向感覚を狂わせる「迷いの森」だったのだ。さらに、丸鉄よりこの森に不忍のアジトがかくされていると聞き、おどろくナルト。森の案内を申し出る丸鉄だが、不忍一員の言葉を頭から信じるわけにはいかない。すると丸鉄は、「自分は不忍の金を盗んだため追われている身だ」と思いがけぬ告白をする。真実か、それともワナか？３人は丸鉄を先頭に森を進むことになるが…。

丸鉄とトドロキの因縁が明かされる。トドロキはかつて不忍に襲撃された一家のたった一人の生き残りだった。弟の仇である丸鉄を前に、遂に怒りを押さえきれなくなるトドロキ。丸鉄に切りかかるトドロキと揉み合いになるナルトだが、そんな両者の隙に乗じ、現れた『不忍』の文殊は両者に足止めをくらわせ、まんまと丸鉄を攫っていってしまう。一方、バンダナの少年を追っていたサクラとリーは謎の少年少女に取り囲まれていた。突然の介入者に困惑するサクラとリーに向かい「丸鉄を返せ」と迫る子供達の正体とは――？

ようやく一堂に会す木ノ葉達。激しいバトルの末、文殊を追い詰めるナルトだが、乱入した修羅にバンダナの少年を奪われてしまう。このバンダナの少年こそ、死んだとされていたトドロキの弟、アキオだった。丸鉄は不忍一味に身を置きながらも、密かに襲われた家の子供達を匿い育てていたのだ。しかし真実を知ってもトドロキは丸鉄を許す事ができない。アキオ奪還の為、丸鉄の案内でアジトに乗り込んでいくナルト達を待っていたのは周到な罠だった。燃え上がる炎の中、奇しくもトドロキの前にアキオを失った五年前の光景が再現される。

任務帰りにまぼろしのメンマの材料である麻竹をとりに向かったナルトは、ケガをした少年を発見する。木ノ葉病院にかつぎこまれたその少年は、記憶を失っていた。正体のわからない者を里に置くことは危険だという綱手たち。しかし、火災現場から命がけで赤子をすくったというその少年のやさしい心に感激したナルトは、「自分が保証人になる」と言い、強引に里への滞在を許可させるのだった。「メンマ」と名づけられた少年は、ナルトの部屋にいそうろうすることになるが…。

鳩笛を使った忍術でナルトをすくうメンマ。綱手はその術の特徴から、メンマが音隠れの関係者ではないかと考える。メンマの記憶をさぐるため、田の国へ出発するナルトたち。だがナルトは、同行のネジとテンテンの目的が「メンマの正体をさぐり、先日の襲撃者を捕らえること」だと知り、彼らと対立することに。そんな険悪ムードの一行は、たびかさなる盗賊の襲撃を受けボロボロとなった村に到着する。さっそく盗賊退治を提案するメンマとナルトだったが、ネジとテンテンはそれに反対し…。

メンマの正体が村をおそった盗賊の一員だと聞き、信じられない思いのナルト。村人たちはそれまでの態度を一変させ、メンマを責めはじめる。怒りのおさまらない村人たちがメンマに襲いかかろうとしたその時、またしても盗賊団が村におそいかかってきた。先日の襲撃者でもあるその盗賊の頭領は、メンマを「裏切り者」と呼ぶのだった。人々が逃げまどう戦いの混乱の中、メンマはかくしてきた最大の秘密を告白するが…。

四天象人(シテンショウニン)と名乗る謎の敵の侵入により、砂の里の忍者候補生、マツリが攫われた。マツリ奪還の為、賊を追う砂の三兄弟。――木ノ葉では砂からの援軍要請を受けた綱手がシカマルに三兄弟援護の命を下す。今回の状況は奇しくもサスケ奪還編とちょうど逆の構図になっている。「今こそ砂の連中に恩を返す時…！」シカマル隊長の元、再び召集される木ノ葉の下忍たち。今度こそ任務を完璧にこなす為、シカマルが立てた作戦とは――？

探知能力に優れたシノ、ヒナタ、ネジらに敵の探索を任せ、万端の準備で攻撃の時を待つシカマル隊。一方、マツリ奪取の為四天象人を追う砂の三兄弟は、一忍一殺の戦法で向かってくる四天象人たちと次々と戦いに突入していく。四天象人の狙いは我愛羅ただ一人。はじめは優位に見えた砂の三兄弟だが、四天象人の武器に隠された思わぬ仕掛けにより次第に旗色を悪くしていく。シカマルら『チーム恩返し』は砂のピンチに間に合うのか！？

砂のテマリ、カンクロウの元に駆けつけたシカマル、キバの２マンセル。強大な四天象人の武器に立ち向かう為、即席のスリーマンセルで戦いに挑むが呼吸が合わずに苦戦を強いられる。一方、一人優位な戦闘を進めるように見える我愛羅だが、四天象人の罠は確実に我愛羅を絡め取っていた。周到に用意された四天象人の秘術『逆ウロコの陣』に捕らえられた我愛羅は、一切の砂を封じられてしまう。一転、窮地に立たされる我愛羅。その時――我愛羅の元にナルトとリーが駆けつける！

マツリを取り戻すべく、四天象人最後の一人、宝亀を谷に追い込む我愛羅とナルト。しかし我愛羅の動きの全ては宝亀の読みの範ちゅう内だった。先に敗北した孔雀、水虎、竜眼の武器を呼び寄せる宝亀。宝亀は四天象人の正体が忍五大里にないがしろにされつづけた匠の里の忍である事を明かす。四天象人の真の目的とは我愛羅の中に封じられた化物『守鶴』のチャクラを奪い、究極兵器を完成させて五大里へ対抗し得る力を得る事だったのだ――宝亀はナルトを庇う我愛羅の隙を突いてチャクラを奪い、遂に究極兵器『セイメイ』を完成させる。

復活したセイメイにチャクラを奪い尽くされ、守鶴と化す我愛羅。しかし暴走を覚悟する一同の前で我愛羅は自らの意思で守鶴の力を押さえ込み、見事、己の力でセイメイに勝利するのだった。――前回の任務でサスケ奪還に失敗したシカマルだが、今回の成功によりようやく綱手から合格点を与えられた。――今回の任務を通し、あるものは新たな道を見出し、またあるものは更なる精進を誓う結果となった。ナルトはようやく里に帰還した自来也と共に、更なる成長を仲間たちに約束して修業の旅に出かけるのだった――。