ここは木ノ葉隠れの里。忍者学校（アカデミー）の落ちこぼれの少年・ナルトは、今日もイタズラばかり。そして、またしても卒業試験に落第してしまう。そんなある日、里の英雄である初代火影が残した封印の書をが盗まれるという事件が発生した。犯人はナルトだったが…。

木ノ葉の里の長は代々「火影」と呼ばれ、忍者としての心技体をきわめた者がその地位につくとされている。現在の火影・猿飛は数えて三代目にあたる。そしてこの三代目火影には、木ノ葉丸という孫がいた。

なんとか忍者学校を卒業することのできたナルトが忍者登録書を提出しに行ったとき、木ノ葉丸と出会う。木ノ葉丸はすぐにナルトを「親分」と呼びはじめ、勝手に後をついてまわるようになる。それは、ナルトだけが木ノ葉丸のことを「火影の孫」として特別あつかいしなかったからだった。そして木ノ葉丸は、今すぐにでも火影になってみんなにみとめられたいと考えていたが…。

いよいよ忍者になったナルトは、任務をはたすため三人一組（スリーマンセル）になることに。ナルトと同じ班になったのは、「春野サクラ」と「うちはサスケ」。ナルトはかわいいサクラにゾッコンだったが、かんじんのサクラはサスケに夢中だ。しかもサスケはナルトとちがい、クールでカッコイイだけでなく実力もピカイチのエリート。おもしろくないナルトは、サスケにひとあわふかせようと、ある陰謀をたくらむのだった。

スリーマンセルを組むことになったナルト、サスケ、サクラ。彼ら３人を指導する新しい先生、「はたけカカシ」がやって来た。どこかのん気なカカシは、最初の日から遅刻をし、しかもナルトがしかけたイタズラに簡単にかかってしまうほどのトロくささ。ところがそのカカシが、いきなりきびしい試練をナルトたちに言いわたした。それは、３人のうち１人しか合格できないといわれている「サバイバル演習」だった。この試験に落ちればふたたびアカデミーに戻されてしまうと聞き、ゾッとするナルトたちだったが…。

カカシによってあたえられた試練はすさまじいものだった。そして、ナルトたちの前に立ちはだかったカカシは、いままでの彼とはまったくの別人。本気のナルトを軽くあしらい、里一番のエリートであるサスケでさえもまったく歯が立たない。サクラにいたっては、もはや途方に暮れるばかり。　上忍であるカカシの真の実力の前に、天と地ほどの差を感じ、なす術がない３人。このままでは全員アカデミーに逆もどりになってしまう。あせりはじめるナルトたちだったが、実はカカシはこの試練の中である重要なことを３人におぼえさせようとしていて…。

晴れて任務を受け持つことになったナルトたち。しかし、その任務はといえば、迷子のネコをさがすというようなたいくつな仕事ばかりだった。しだいに不満がたまるナルトは、ついに三代目火影の前でダダをこねはじめる。ヘソを曲げたナルトに少々困惑気味の火影だったが、ナルトのやる気を感じとり、より重要な任務をあたえることにする。新たな任務は、タズナという人物を祖国の「波の国」まで護衛すること。初めての本格的な護衛任務に、やる気満々のナルトだったが…。

波の国にたどり着いたナルトたちは、この国がガトーという悪徳商人に支配されていることを知る。先ほどの追手も、タズナの命をねらうガトーの放った刺客だったのだ。しかも、次にあらわれた敵は「サイレントキリング」とよばれる桃地再不斬。思わぬ強敵出現に興奮するナルト。だがそんなナルトに、カカシが『とうていおまえのかなう相手ではない』と告げる。いつもと様子のちがうカカシに、ただならぬ殺気を感じるナルトたちで・・・。

再不斬の裏をついたカカシが、ついに再不斬のノド元に切先をつきつける。背後から再不斬を封じたカカシの勝利はまちがいないものに思えた。しかし、この再不斬の肉体もまた、「水分身」によって作られたニセモノであった！　一瞬にして形勢は逆転、今度はカカシが再不斬に追いつめられ、「水牢」の中に閉じこめられてしまう。

もはやタズナを守るのはナルトたち３人のみ。しかもナルトとサスケの攻撃もまったく通用しない。圧倒的な力の差にがく然とするナルトたちは、パニックになり、逃げだそうとする。しかし、左手の誓い～二度と逃げない～を思い出し、勇気を振りしぼってふみとどまった。

ナルトの作戦により、水牢がやぶられ自由になったカカシが、ふたたび再不斬に立ち向かう。ついに写輪眼の真の力が発揮されるときが来たのだ。カカシは、再不斬の技・水遁大瀑布をほほ一瞬にしてコピーし、再不斬にたたきつけた。自分の行動のすべてが読みとられ、さらに自分の技で、それも数倍の破壊力を持つカカシの攻撃によりひん死の重傷を負った再不斬。カカシはトドメをさそうとするが、どこからともなく飛んできた千本が再不斬をつらぬいた。そのまま絶命する再不斬。それはとつじょあらわれた「追い忍」と呼ばれる謎の少年のしわざだった。ナルトは、自分と大差ない年齢の少年が、あの再不斬を一瞬にしてしとめたことにおどろき…。

ようやくタズナの家に着いたナルトたち。写輪眼を使ったためスタミナを使い果たしたカカシはしばらくは身動きがとれなくなっていたが、再不斬をたおした安心感から、ナルトたちには余裕ができていた。しかし、冷静なカカシにはひとつの疑問があった。本来の追い忍ならば、抹殺した相手をその場であとかたもなく消去するはずなのに、なぜあの少年は再不斬の遺体を持ち帰ったのか、と？　みちびき出された答えはひとつ…「あの少年は再不斬を助けた」ということ。　「再不斬が生きている！」と、ショックを受けるナルトたち。そしてカカシは、ナルトたちを短期間のうちにパワーアップさせるための修業をはじめるのだった。

タズナといっしょに波の国の街に出かけたサクラは、ガトーのために人々の生活がひどく苦しめられていることを知る。だからこそタズナは、海をこえる橋を建設しようと命をかけてがんばっているのだ。この橋ができれば、海運交通を支配するガトーから人々をすくうことができると信じて…。　一方ナルトとサスケは、カカシにあたえられた、チャクラを使った木登りの修業にはげんでいた。タズナの家にもどるころには、ふたりはボロボロ。そんなふたりを冷ややかに見つめる子供・イナリは、ナルトに「ガトーには勝てっこない」と言い捨てる。実はイナリは、尊敬する養父カイザをガトーに処刑されていたのだが…。

チャクラをコントロールするための修業にはげむナルトの前に、謎の人物が姿をあらわした。「大切なものを守るためにはどこまでも強くなれる」と、語る人物。それは、ナルトがいだいていたものとまったく同じ気持ちだった。どこかで共感しあうふたり。だがそれ以上のことは語らず、どこかへ消えていった。その人物は何者なのか？　そして、なんのためにナルトに近づいたのか？

ついに再不斬との再戦の時が来た。しかも先日の「仮面の少年」も再不斬とともにあらわれた。再不斬たちはサスケを見て一目でその実力をさとり、サスケもまた仮面の少年がただ者ではないことを見ぬく。そして、まるでたがいに引きよせられるかのように、サスケと少年が戦闘を開始する。

そのころ、ガトーの部下が、ツナミを人質にしようとタズナの家に乗りこんできていた。母親が連れ去られそうだというのに、恐怖にふるえ、ただおびえるだけのイナリ。しかしナルトの言葉を思い出し、イナリは勇気をふりしぼって悪党たちに立ち向かう。

白の魔鏡水晶により、ピンチにおちいったサスケ。そこにナルトが飛びこんできた。しかし、魔鏡水晶を内と外からたたこうと考えていたサスケの作戦は、ナルトの思いがけない行動で台なしになってしまう。そしてナルトとサスケは、ふたりとも白の術にはまってしまうのだった。

魔鏡水晶の中で、白の圧倒的なスピードに打ちのめされ、手も足も出ないナルトとサスケ。白は、「血継限界」と呼ばれる異能の力を受けついでいるため、その強烈な力を持っているという。そして白はナルトとサスケに、「大切な人のためにあなたたちを殺します」と告げるのだった。

カカシは知っていた。「忍」にもっとも必要な「実戦」の経験がないいまのナルトたちには、再不斬とともに何度も死線をこえてきた白のことをたおせないことを…。時間が残り少ないことをさとったカカシは、再不斬をたたくために写輪眼を使う決意を固める。しかし、再不斬は「写輪眼は、すでに通用しない」と言いはなつ。再不斬もまた数々の修羅場をくぐりぬけてきた忍。一度見た写輪眼に対抗する方法を、すでにあみ出していたのだ。その再不斬のとった「対抗策」とは？

白の魔鏡氷晶による猛攻を受けつづけるナルトとサスケ。ナルトはすでに立ち上がることもできなくなっていた。しかし、サスケはこの戦いの中で、おのれの中にある「写輪眼」の能力に目ざめつつあった。サスケは、じょじょにではあるが確実に白の攻撃をかわしているのだ。そのこと気づいた白は、サスケが戦いながら自分の能力を開花させていくことにおどろく。そして、このまま長期戦になればサスケに有利になると判断し、一気に勝負に出る。

白の攻撃に身がまえるサスケ。しかし白のねらいはサスケではなく、ボロボロになっているナルトへと向けられていた。不意を突かれたサスケは、自分のの身をなげうってナルトをかばうが…。

ついにナルトが覚醒した！　白にサスケをたおされた怒りが、封印されていた九尾の妖狐の能力を呼びさまさせたのだ。ナルトのすさまじいチャクラは、はなれた場所で刃をまじえていたカカシと再不斬にも感じとれるほど強力なものだった。

ナルトの圧倒的な力の前に、なすすべもなくたおされる白。敗北をさとった白は、ナルトに「自分を殺してくれ」とたのむ。勝つことだけが再不斬の期待に答えることであることを知っていた白は、ナルトに敗れた今、自分の価値がなくなったことを理解していたのだ。どこまでも再不斬を想う白の純粋な気持ちがいたいほどよくわかるナルトは、白にトドメをさせず、苦しむが…。

白は、とまどいつづけるナルトに、トドメをさすよう言う。だが、戦うこと、勝つことだけが自分の存在理由だという白の考え方に、ナルトははげしい疑問を持つ。それが忍の道だということはわかっていても…。

同じころ、再不斬とカカシの戦いにも終止符が打たれようとしていた。カカシの「口寄せの術」により、動きをふうじられる再不斬。そして、勝利を確信したカカシの最強の術「雷切」が、うなりをあげて再不斬におそいかかる。その時、体をはって再不斬をまもったのは、ボロボロになった白だった。

白を思い、怒りにまかせて再不斬を問いつめるナルト。それでも何も感じていないように見える再不斬だったが、実はなみだをながしていた。言葉とは反対に、再不斬は白を誰よりも大切に思っていた。心をゆるせるただひとりの存在だった白を失った再不斬のかなしみは、とても大きなものだったのだ。そして、この非情さこそ忍の宿命であることをナルトは知る。

波の国から帰ってきたナルトたち。あたえられた任務をこなしていた彼らだったが、ナルトはそんな日々に不満を持っていた。初めて里から出て、再不斬・白と死闘をえんじたナルトたちは、これから自分たちが立ち向かっていかなくてはならない世界がとても広く、また強敵がいかにたくさんいるかを肌で感じとっていたのだ。「こんな任務ばっかりでは全然強くなれねー…」と、あせりをつのらせるナルト。だがそんな時、木ノ葉の里にぞくぞくとほかの里の者たちが集まってきたことを知る。彼らこそ、各里を代表して送りこまれた「中忍試験」の受験生たちであった。

木ノ葉の里からも「中忍試験」に代表を送ることになった。そしてその中には、ナルト、サクラ、サスケたちもふくまれていた。だが、ナルトたちの参加にはイルカが強く反対する。まだナルトたちは若すぎ、しかも経験・実力ともに未熟すぎるというのだ。同じようにルーキーでありながら参加するチームには、一回受験をパスし、その間に十分な実力をきたえてきたチームもあるくらいだ。簡単には合格できない…。そのことをイルカはよく知っていたのだ。「未熟なまま、ナルトたちの可能性をつぶしてしまうつもりなのか？」と、イルカは推薦人のカカシにたずねる。しかしカカシは「彼等は十分に成長している」と断言し…。

中忍試験にのぞもうとするナルト・サスケ・サクラの３人の前に、オカッパ頭にゲジゲジまゆ毛の「ロック・リー」があらわれた。リーはサスケに対し、いきなり「勝負しませんか？」といどんできた。うちは一族の能力をもつサスケに対し、とても戦意を燃やすリー。そしてサスケは、リーの挑戦を受けて立つのだった。だがリーは、目にもとまらぬはやさでつぎつぎとワザをしかけ、サスケは防戦一方に追いこまれる。

リーがどんなワザを持っているのか、写輪眼でしらべようとするサスケ。しかし、なぜか写輪眼でさえ見きわめることができない。とまどうサスケは、リーの強さが「体術」にあることにようやく気づくが…。

正式に中忍試験のもうしこみに向かうナルト、サスケ、サクラの３人。この中忍試験は３人が一組で受験し、誰ひとりとして欠けることはゆるされない。仲間とのチームワークが今よりも重要になるのだ。受験教室に入ると、すでにたくさんの受験生たちがいた。雰囲気に飲まれそうになるナルトたち。彼らもまた、自分の夢をかけてここに来ているのだ。ナルトたちは、そうした中のひとり・薬師カブトと出会う。彼はこれまで何度も中忍試験を受けており、不合格つづきではあるものの、受験生たちのデータを大量に持っているのだという。カブトの情報を見せてもらったナルトたちは、この試験にのぞむ者たちがかなりの実力者であり、それぞれの里の名誉をせおってきたエリートであることを知る。

第一試験のペーパーテストにのぞむナルトたち。そして試験官・森乃イビキは、尋問のエキスパートの異名を持ち、顔中に拷問のあとを思わせるたくさんの傷を持つ特別上忍であった。たちまち緊張する受験生たち。そして試験前に、イビキからこの試験のやり方が伝えられた。問題は10問。全問正解ならば10点で、ひとつまちがえるごとに１点ずつ減点される。合格か不合格かはチーム３人の合計点で決まるが、全問不正解の者がいたらチーム全員が不合格になるという。ナルトが全問不正解だったら自分たちも不合格になってしまうと、心配するサクラとサスケ。そして試験が開始され…。

第一試験は、受験生たちの「情報収拾能力」を調べるために行われていた。難問ぞろいのテストを前に、いかに試験官たちにバレないようにカンニングするかをためすものだったのだ。そしていよいよ、第一試験最大の難問である第十問目。この問題をとく前に、イビキから過酷にして理不尽なルールがつきつけられる。それは、もしもこの問題にまちがえたら、この第一試験に不合格になるばかりか、これから一生、中忍試験への受験資格までうしなうというもの。すなわち、忍者になる道を永遠に閉ざされるということだった。このプレッシャーにたえられず、試験を受けずにつぎつぎと去っていく受験生たち。この時サクラは、「もしもナルトが最後の問題に答えられなかったら」と考えて…。

木ノ葉の里の長・三代目火影の孫である木の葉丸が、中忍選抜試験の会場にあらわれた。忍者アカデミーの学級新聞で中忍試験の特集記事をまかされて、モエギ、ウドンとともに取材にやってきたのだ。ナルトを兄貴としたう木の葉丸が、ナルトたちへのインタビューをとおして、これまでの彼らの活躍をしょうかいする。

中忍選抜試験・第二試験の会場「死の森」へ来たナルトたち受験者一同。試験官のアンコが試験内容を説明するが、なんとその内容はサバイバルゲームだった。まずおこなわれるのは、各チームに、２種類の巻物のうち１種類だけわたされる。その後、もう１種類を別のチームからうばって、２種類そろえてゴール地点の塔へ持ってくるというもの。

そして、巻物争奪戦の中で死者も出る可能性があるという試験が開始された。アンコは「死ぬな！」と一言だけアドバイスをするのだった…。

「死の森」で第二試験がスタートした。「小便をしに行く」と、サスケとサクラからはなれ、草かげにかくれたナルト。そして２人のもとへもどってきたナルトを、サスケはなぜかなぐりたおしてしまう。サスケは、敵がナルトに変化していたのを見やぶっていたのだ。相手をおいつめるサスケだったが、取りにがしてしまう。

とらえられていたナルトをたすけるサスケ。そして３人は、バラバラになったときのために合言葉を決める。そのとき、ナルトたちはふたたびおそわれ、またナルトだけはぐれてしまう。サスケは、もどってきたナルトがまたしてもニセモノだと見やぶるが、今度の相手はようすがすこしちがう。命がけで巻物のうばい合いをしようという敵の目に、サスケとサクラは今までに感じたことのない恐怖を感じ…。

サスケとサクラをおそった敵・草忍の実力は、２人の力をはるかにこえていた。あまりの力の差に死の恐怖をいだくサスケ。そこへナルトが登場！　カッコよくあらわれたナルトに、サスケはしかりつける。ところがその直後、巻物をわたしてでもたすかろうとするサスケを、今度はナルトがなぐりたおす。巻物をわたしてもたすかるとはかぎらないと言うナルトは、草忍に向かっていく。戦いのなかでキレたナルトは、しだいにそのかくされた力を見せはじめ…。

一方、試験官のアンコのもとには、受験者にかんするある問題が報告されていた…。

ひっしに草忍にむかってゆくナルトのすがたを見て、この場からにげようとしていた自分がまちがっていたと気づいたサスケ。力つきたナルトにかわり、敵にむかっていったサスケは「写輪眼（しゃりんがん）」の力をフルにつかい、相手を確実においつめてゆく。そして、ついにその身をとらえたサスケが「火遁龍火（かとんりゅうか）の術」をはなった！

術を受け、外見が焼けただれた草忍だったが、なぜかダメージを受けたようには感じられなかった。みずからの名を「大蛇丸（おろちまる）」と名のった草忍は、サスケに「君がほしい」とつげ、その首すじに呪印をのこしてすがたをくらましてしまう。その直後、サスケはくるしみ、たおれてしまい…。

部下の報告を受け、第二試験に大蛇丸が入りこんでいると直感した試験官・アンコ。彼女は、大蛇丸を止めるためについせきを開始する。しかし、特別上忍のアンコの力をもってしても大蛇丸を止めることはできなかった…。

そんな中、サクラを想いつづけているリーのチームは、調子よく試験を進めていた。おなじころ、大蛇丸との戦いと徹夜のかんびょうのつかれがピークになっていたサクラを、大蛇丸の手先・音忍のドスたちがおそってきた！つかれとおそれでふるえる腕をおさえつつ、必死にむかえうつサクラ。するとそこへ、「木の葉の美しき碧（あお）い野獣（やじゅう）」ロック・リーが登場！愛するサクラをまもるため、音忍たちの前に立ちはだかる!!

動けないサクラにかわって、リーは、３人の音忍にたったひとりで向かってゆく。必殺「表・蓮華（おもて・れんげ）」で音忍のひとり、ドスをせめるリー。しかし、彼らにはまったくきかなかった。さらに、音忍の攻撃を受け、リーはたおされてしまう。

一方サクラは、「いつもまもってもらうばかりだった」と、自分の非力さをくやしく思っていた。そして、大切な人たちをまもるため、サクラは立ち上がり…。

たったひとりで音忍たちと戦うサクラの前に、ライバル・いのチームがあらわれた！　木かげからサクラの戦うすがたを見ていたいのたちは、サクラをたすけに来たのだ。フォーメーション「いのシカチョウ」で音忍たちをおいつめようとするいのチームだったが…。

すさまじいな力をもつサスケを前にして、音忍たちは去っていった。そして、傷ついたナルトたち一行に、つかの間の休息がおとずれた。

いっぽう、塔についたキバたちは、数時間前に体験した砂隠れの下忍・我愛羅（ガアラ）のことを思い出していた…。

犬の赤丸をつれたキバたちは、試験が開始してすぐに巻物を手に入れて塔にむかっていた。そのとちゅう、一行がむかう先にだれかがいると感じた赤丸が歩みをとめる。きょうみをもってその先へむかうキバたち。そこでは、砂隠れの里の我愛羅たちと、雨の里のシグレたちがむかいあっていた。「目があったやつはみなごろしする」という我愛羅があやつる砂からは、きょうれつな血のにおいがただよっていて…。

音忍たちとの戦いの後、ナルトたちは傷をいやすため、つかの間の休息についていた。しかし、試験がはじまってすでに４日目。タイムリミットはあと１日ほどにせまっている。そんな中、ナルトがある提案をする。自分が持っている巻物で、試験で使われている「天の書」を作ってしまおうというのだ。さらに、中身までマネるために、開いてはならない「地の書」を開けてみようとする。

いっぽう、木の葉の別のチームは、持っていた「地の書」を開いてしまったが…。

カブトと塔まで行動をともにすることにしたナルトたち。 ところが、そのとちゅうで雨隠れの下忍・朧（おぼろ）たちの幻術のワナにはまってしまう。 ずっと同じところを歩かされて体力をけずられたうえ、幻術で作られたいくつもの分身にかこまれたナルトたちは、 苦戦することに。ナルトは相手の分身をつぎつぎとたおそうとするが、その分身たちはたおされても消滅しない。 一方、サスケは写輪眼で敵の本体を見きわめようとするが、大蛇丸にほどこされた呪印が反応し、 力をうまく使うことができない。いらだつナルトは、影分身で敵の幻影をいっぺんにたおそうとするが…。

塔にたどりついたナルトたちが２つの巻物を開くと、なんとイルカがあらわれた。そこでイルカは、３人に第二試験の合格をつげる。それを聞いて大よろこびのナルト。しかし、イルカには試験合格のほかにもうひとつつたえねばならないことがあった。それは、「中忍」としての心得（こころえ）。イルカは、アカデミーでの教え子たちに、ていねいにせつめいしていく。そのときイルカは、第二試験をのりこえたナルトたちをたのもしく感じていた。　一方アンコは、大蛇丸があらわれたことを火影につたえていた。火影は、大蛇丸の目的がサスケだとわかったうえで、中忍選抜試験をつづけるという。そして、ついに21人の第二試験合格者が決まった。

第二試験通過者21名がそろった。集まった顔ぶれを見て、通過者たちはそれぞれさまざまな思いをめぐらせる。そして、彼らの前に三代目火影があらわれ、中忍試験の本当の目的を語りはじめる。それは、「同盟国間の戦争の縮図（しゅくず）」であるというものだった。命をけずって戦うことで、バランスをたもち、友好をたもってきたそれぞれの忍びの里が、おのおののかかえている忍者の力をしめす場なのだと。　そして、次の試験の課題が発表されることとなるが、その前に、第二試験の通過者が多すぎるため、第三試験の予選をただちに行うということとなり…。

１対１の個人戦となった第三試験予選の最初の対戦は、サスケと大蛇丸の手先・ヨロイ。今年のＮＯ．１ルーキー・サスケに注目が集まる。しかし、開始してすぐ、サスケはヨロイにおいつめられる。サスケの呪印はチャクラに反応するため、得意の写輪眼がつかえず、さらに、サスケはヨロイにチャクラをすいこまれていく。そんな中、サスケはリーの体術とまったく同じワザをくり出した！

さらに、サスケをのみこもうとした呪印の力までもおさえこんで、写輪眼の力を開花させる。そしてサスケは、「獅子連弾」をはなち…。

ぶじサスケに封印をほどこしたカカシのうしろに、大蛇丸があらわれた。大蛇丸はみずからの野望のために、写輪眼を持つ「うちは」の力がほしいとカカシに告げる。　一方、第三試験予選では、サスケにうでをおられたため片うでしか使えない音隠れの下忍・ザクと、木の葉隠れの下忍・シノが戦っていた。ふたりの戦いは、チャクラを食らう大量の寄壊蟲（きかいちゅう）を思うままにあやつるシノが有利にみえた。しかし、じつはザクは両うでが使えたのだ！

予選は順調に進み、次の対戦は砂がくれの我愛羅の仲間・カンクロウと、大蛇丸の手先・ミスミに決まった。試合が開始されてすぐ、あらゆる関節をはずしグニャグニャになった体を思うとおりにあやつるミスミが、カンクロウをとらえた。ところが、彼がとらえたのは、実は人形だったのだ。彼は人形をあやつる傀儡師（くぐつし）だったのだ。形勢は一気に逆転し、カンクロウの勝利に終わる。

次の対戦、サクラＶＳいのが発表された。そして、おさななじみにして、ライバルであるふたりの対戦が始まり…。

第四回戦は、おさななじみでもあり、サスケを間にはさんだ恋のライバルでもあるサクラといのの試合。サクラは小さいころからいのにあこがれにもにた感情をいだいていたが、今は真正面から勝負をいどむ。

ごかくにわたり合う両者。だが、いのはサクラの挑発にのったと見せかけ、心転術でサクラの精神をのっとりにかかる。一度はサクラにのりうつり、試合を棄権（きけん）させようとするのだったが…。

第５回戦は、テンテンＶＳテマリ。飛び道具の達人・テンテンは、さまざまな忍具でテマリにいどむが、巨大扇子を使ったテマリの忍術でことごとくはね返されてしまう。テンテンの武器攻撃を完全にふうじたテマリは勝者となり、砂隠れの里のおそろしさを見せつけた。 　第６回戦は、シカマルＶＳキン。キンが有利に勝負を進めるが、シカマルが忍法・影真似の術を使ったことにより…。

第７回戦はナルトvsキバ。赤丸を連れているキバは、擬獣忍法・四脚の術でナルトを攻撃。ピンチかと思われたナルトだったが、そこからばんかい。煙玉を投げこまれたナルトは、影分身に変化の術を応用してキバに反撃し、その強さをまわりに見せつけた。だが、そこで赤丸とキバは兵糧丸を飲み、ナルトへのはげしい攻撃を開始し…。

第８回戦はヒナタｖｓネジ。彼らはたがいに日向家の宗家と分家、つまり因縁の親戚同士の戦いとなった。気弱なヒナタはネジの迫力に圧倒されるが、ナルトのはげましの声を聞き、戦いにいどむことを決意する。日向家が受けつぐ「白眼」という瞳術を持つ２人は、いかなる戦いを展開させるのか…？

ネジとの戦いに真正面からいどんだヒナタだが、白眼を使ったネジに点穴をつかれ、チャクラの流れをとめられて、気絶しそうになってしまう。だがヒナタは、なにごとに対してもあきらめずに自分の忍道をつらぬきとおすナルトのすがたを思い出し、勇気をふりしぼって立ち上がる。以前のヒナタとはちがい、限界をこえて立ちむかうそのすがたに、みんながおどろくが…。

第９回戦は、いよいよ我愛羅が登場。対戦相手は体術のスペシャリスト、リーだ。ヒョウタンの砂を思いのままにあやつる我愛羅を相手に、リーは超人的な体術を使っておいこむ。そして、とうとう我愛羅の絶対防御「砂の鎧」がはずされることとなったが…。

リーが禁術である表蓮華で我愛羅をてってい攻撃。勝負がついたかに見えたが、それは我愛羅の砂のぬけがらに対する攻撃でしかなかった。そこから我愛羅は、蓮華により体を動かすことができないリーをもて遊びはじめる。おいこまれたリーだが、師匠・ガイのはげましをささえに立ち上がり、表蓮華以上の禁術とされる裏蓮華で勝負をつけようと決意するが…。

すてみの禁術・裏蓮華での攻撃を決意するリー。これは、チャクラ穴の密集した八門のうちのひとつを開ける表蓮華に対し、３つ以上の門を開けることをさす。八門すべてを開いた状態では、そのワザを使用した忍の死すら意味するということからもわかるとおり、これはかなりきけんな禁術なのだ。第五の門まで開けたリーは、超人的な高速連続体術を使い、まさに命がけで我愛羅へ攻撃するが、我愛羅は砂縛柩で猛反撃。気を失ってしまったリーは、自分の忍道を証明するため、またしても立ち上がろうとするが…。

予選最終戦のチョウジと大蛇丸の手先・ドス対戦は、チョウジの肉弾戦車（にくだんせんしゃ）に対して、ドスが音で攻撃して勝利する。予選はすべてぶじに終わり、いよいよ本選の内容が火影から発表されることとなった。

そしてそのうらでは、大蛇丸が思いもよらぬ行動に出ようとたくらんでいた。彼がねらっているサスケのもとには、大蛇丸の右うで・カブトのすがたがあったが…。

ナルトの先生だったカカシは、１か月後の本選にそなえてエビスをナルトの修行の先生に指名。エビスから、チャクラコントロールがうまくできないことを注意されたナルトは、温泉の湯の上を歩く修行にはげむ。いがいに早くコツをつかむナルトに感心するエビス。その時、とつぜん２人の前にある人物があらわれ…。