アオイの妨害にあいながらも、必死にゴールをめざすイダテ。ナルトたちに助けられながらも、決して誰も信じようとはしないイダテの過去が、いま明らかになる。

かつては忍者をめざしていたイダテ。中忍試験の時、試験官としてあらわれたイダテの兄・イビキが出した10問目の問題、それはスリーマンセルどうしの闘いだった。その内容は、3人で課題を競い合い、その中のひとりが落第するというもの。仲間を想いながらも中忍をめざして試験にのぞむ決意をしたイダテに、イビキは全員失格と言いはなつ。わけがわからず、絶望したイダテは、そのあとかこくな運命をたどることに…。

アオイの妨害にあいながらも、必死にゴールをめざすイダテ。ナルトたちに助けられながらも、決して誰も信じようとはしないイダテの過去が、いま明らかになる。

かつては忍者をめざしていたイダテ。中忍試験の時、試験官としてあらわれたイダテの兄・イビキが出した10問目の問題、それはスリーマンセルどうしの闘いだった。その内容は、3人で課題を競い合い、その中のひとりが落第するというもの。仲間を想いながらも中忍をめざして試験にのぞむ決意をしたイダテに、イビキは全員失格と言いはなつ。わけがわからず、絶望したイダテは、そのあとかこくな運命をたどることに…。

ワサビ一家とワガラシ一家が火花を散らす、トドロキ大社の奉納の儀。大名立ち会いのもとで行われたレースも、いよいよ終盤にさしかかる。イダテを信じて、ゴールで待つワサビ一家の次郎長親分。しかし、イダテの前にはワガラシ一家がやとった忍、アオイが立ちはだかる。

ゴールを目前にしてアオイの前にたおれたサスケ。そのサスケを助けようとしたサクラは、サスケとともに崖下へ落とされてしまった。いっぽう傷ついていたナルトは、残された力をふりしぼって立ち上がる。イダテを守り、サスケとサクラを助けるために…。そして、いよいよナルトとアオイの最終対決がはじまった！

中忍をめざして熱戦がくり広げられていた選抜試験。最終試験が中断され「合格者ナシ」かと思われたが、シカマルが推挙され、中忍に昇格することが決定。それを祝って、いの、チョウジ、そしてアスマとともに焼肉屋で祝杯を上げる。楽しげなシカマルたちをよそに、リーはふたたび忍として動ける体を取りもどすために、危険な手術を受ける決意を固めていた。

そのころサスケは、病室でもの思いにふけっていた。ナルトは新しい術を身につけ、日増しに強くなっている。サスケはそんなナルトにはげしい嫉妬（しっと）の炎を燃やしていた。そこへ、ふたたび大蛇丸の魔の手が忍びより…。

とうとう始まったナルトとサスケの真剣勝負。ふたりははげしくぶつかり合い、ついにナルトは螺旋丸を、サスケは千鳥を発動する。もう術を止められないところまで来ていたその時、ふたりの間にサクラが飛び出してきた。そして、間一髪のところでカカシが止めに入るが、ナルトとサスケの間には亀裂が入ってしまうのだった。

ナルトの成長スピードを身近で感じて劣等感をいだくサスケ。イタチへの復讐に燃えるあまりナルトの実力をみとめられずにいる彼の前に、突然音忍四人衆があらわれるが…。

サスケの前に突然現れた、鬼童丸、左近、次郎坊、多由也の音忍四人衆。イタチへの復讐に燃えていたサスケは、その怒りを音忍に向ける。しかし、音忍たちは圧倒的な強さでサスケにおそいかかってきた。

いっぽうサクラとナルトは、ラーメン屋にやって来ていた。サスケの体に刻まれた大蛇丸の呪印についてなやむサクラに、明るく大丈夫だと言い切るナルト。「サスケはあんなヤツのさそいには乗らない」というナルトの言葉に、サクラは救われたように微笑む。

そのころ音忍たちは、左近の手中にいるサスケに、イタチへの復讐のためにも大蛇丸の元へ来いとさそっていたが…。

必死で引き止めるサクラの言葉も届かず、音の四人衆とともに木ノ葉を抜けたサスケ。それを知った綱手はシカマルを呼び、緊急任務を言い渡す。シカマルはすばやい判断でナルト、チョウジ、ネジ、キバを集めた。ナルトはサクラに「かならずサスケを連れもどす」と約束し、シカマル小隊はサスケ奪還に出発する。

呪印の力を覚醒させる薬「醒心丸（せいしんがん）」を飲み、仮死状態となるサスケ。四人衆はサスケを棺桶に入れて封印し、大蛇丸のもとへと運ぶ。一方、任務から帰還中のゲンマたちは森の中でその不穏な気配に気付く。戦闘になる木ノ葉上忍と音の四人衆だが……。

音忍四人衆とともに音隠れの里へ向かう道中、サスケは呪印の力を増幅させるため、醒心丸を飲んで仮死状態となる。音忍たちはサスケをかんおけに入れて封印し、大蛇丸のもとへと運んでゆく。そこへ、木ノ葉の上忍、ライドウとゲンマがぐうぜん通りかかるが、音忍四人衆にやられてしまうのだった。

上忍との戦いで疲れて休んでいる音忍四人衆になんとか追いつくナルトたち。だが、気配をさとられ、先制攻撃を受けてしまう。ナルトたちも反撃するが、次郎坊の術で土壁の結界の中に閉じこめられてしまい…。

次郎坊の術で土壁の結界の中に閉じこめられてしまったナルトたち。しかも、壁の外では次郎坊がナルトたちのチャクラを吸いとり、５人は次第に体力をうばわれていた。しかし、シカマルの好判断とチョウジのパワーで、５人は結界から脱出することに成功。いきおいづいて反撃に出たナルトとキバだが、次郎坊にいともたやすくやられてしまう。

このままではサスケは国境を越え、自分たちの手のとどかないところへ行ってしまうと判断したシカマルは、サスケを追うチームと次郎坊を足止めするチームの二手に分かれると決断。そして、ひとりで残るというチョウジが次郎坊の前に立ちはだかるが…。

飲めば爆発的なパワーを得ることができる青、黄、赤の三色の秘薬を持って今回の任務にのぞんでいたチョウジ。その秘薬には、薬の効果が切れると体中が痛むという副作用があった。まず青のホウレンソウ丸を飲んだチョウジは、次郎坊の攻撃を食い止める。だが次郎坊は手ごわく、続いて黄色のカレー丸にも手をのばすことに。部分倍化の術で腕や足を巨大化させ、次々と攻撃をくり出すチョウジ。しかし次郎坊は呪印を解き、いままでの10倍以上の力で反撃してくる。秘薬の副作用で動けなくなったチョウジにようしゃなくおそいかかり、チャクラを吸い取る次郎坊。遠のく意識の中、チョウジは幼い日のシカマルとの出会いを思い出していたが…。

サスケを入れた棺桶を持って先を急ぐ音忍たちは、ナルトたちが次郎坊をたおして追ってくるとは思いもせず、トラップもかけずに進んで行く。その不意をついて攻撃しようと、術で次郎坊に化けたシカマルが音忍たちと合流する。しかし、すぐに見破られ､シカマルは蜘蛛の糸を吐く鬼童丸の忍法蜘蛛縛りの術で捕まってしまう。すぐさまナルトと影分身たちがおそいかかるが、やはり蜘蛛の糸に捕えられる。さらに、忍法蜘蛛粘金の術で硬い糸を吐き出してくる鬼童丸に対し、ナルトはひっしになって糸を切ろうともがくが…。

互いに一歩も引かないネジと鬼童丸の攻防。接近戦に持ちこみ、柔拳での攻撃に勝機を見出そうとするネジ。いっぽう鬼童丸は、接近戦を避け、口寄せした大蜘蛛が生み出す無数の子蜘蛛を使って攻撃を仕掛ける。それらをことごとく防御するネジの白眼の力に驚きながらも、鬼童丸はあることに気づく。

ネジの白眼に存在するわずかな死角を、鬼童丸は見逃さなかった。状態2に変化し、力を解き放った鬼童丸に追いつめられたネジ。その脳裏に中忍試験でのナルトとの戦いが蘇る。あの日ナルトに言われた言葉をかみしめながら、ネジが決死の反撃に出る！

サスケを明日中に大蛇丸の元へ届けなければならない音忍たちと、そのあとを追うナルト、シカマル、キバ＆赤丸の３人と１匹。なかなか音忍たちに追いつかずに苛立つナルトとキバは、夜のうちに奇襲攻撃をかけようと提案する。しかし、シカマルは夜の攻撃は危険なうえに不利な点が多いと判断し、朝を待って奇襲攻撃をかける作戦を立てる。

その頃、木ノ葉隠れの里の３代目火影によって深手を負わされた大蛇丸は、死の淵をさまよっていた。

ついにサスケをとりもどすことに成功したナルトたち。しかしその背後には、サスケをうばわれ、闘志に燃える左近と多由也がせまる。赤丸は退却しながらも木に起爆札をはりつけ、左近をワナにはめる。しかし、怒りくるった左近につかまり、ワイヤーで木にしばりつけられてしまう。間一髪のところでキバが赤丸を救出するが、その瞬間、起爆札が爆発し、キバと赤丸は左近とともに谷底へと落下してしまうのだった。

いっぽう多由也は、ナルトたちにせまってきていた。とっさに身がまえるナルトたちだったが、次の瞬間、ただならぬ殺気とともに君麻呂がすがたをあらわし…。

森の中で多由也を足止めしたいシカマルは、多由也が口寄せの術でよび寄せた３人の巨人たちに苦しめられていた。巨人たちの攻撃をかわすのが精一杯のシカマル。 いっぽう、草原では君麻呂とナルトの戦いがはじまろうとしていた。ナルトの影分身たちにとりかこまれながらも、不敵な笑みをうかべる君麻呂。

そしてそのころ、谷底で戦うキバと赤丸の前には、新たな敵がすがたをあらわしていた。左近の体から兄の右近が出てきたのだ。

他人の体に侵入することができる右近は、キバの体に入りこみ、その細胞を破壊しようとしていた。そこでキバは、右近を体内にとどめたまま自決を決意し、クナイを腹部に刺す。痛みに顔をゆがめるキバと右近。そしてキバがとどめを刺そうとしたその瞬間、右近はキバの体から出てきた。同じ場所から血を流して苦しむ右近に、キバは力をふりしぼってクナイを放ち…。

そのころ、ナルトは君麻呂の血継限界を目の当たりにし、そのおそろしさにおどろいていた。そしてシカマルは、多由也のあやつる巨人たちに苦戦していた。はたして３人はそれぞれの闘いを制することができるのか!?

右近と左近にキズを負わせ、赤丸をかかえて脱出したキバ。そのころナルトは、君麻呂の骨剣に苦戦を強いられていた。 　 いっぽうシカマルは、多由也のあやつる３人の巨人にてこずっていた。多由也の吹く笛の曲調が変わったとたん、巨人たちは口から物質化霊をはき出す。ときはなたれた物質化霊は、シカマルの腕から身体エネルギーを食いちぎり、なおも迫る。とっさの判断で、のこりすくない起爆札と煙玉をつかって逃れるシカマルだったが、完全に不利な状況。いったん身をかくし、策を練るシカマルは、やがて意を決したように起死回生の反撃を開始するが…。

ついに多由也を影縛りの術で捕まえることに成功したシカマル。しかし、“状態２”となった多由也は、強大なパワーで押し返してきた。一度はなせばやられると確信したシカマルは、奥の手でカタをつける決意をする。

そのころキバは、赤丸を手当てし、自分のキズにも薬をぬっていた。だがその時、迫りくる人影を察知して…。 いっぽうナルトは、大勢の影分身をもってしても君麻呂に一発も入れることができずにいた。君麻呂の強さにがく然とするナルト。その時、かんおけの中からけむりとともにサスケがあらわれた。しかしサスケは、森の奥へと去ってしまい…。

突然すがたをあらわしたリーに君麻呂をまかせ、目ざめたサスケの後を追うナルト。しかし、サスケは不敵な笑みをうかべながら、ナルトを無視して森の中をつき進んでゆく。

君麻呂を足止めしていたリーは、薬とまちがえて持ってきた綱手の酒を飲みほした。じつはリーはすごい酒乱で、酔拳の使い手なのだという。酔えば酔うほど強くなる酔拳。リーは、ふらつきながらも強烈な攻撃をしかける。リーの体術に押される君麻呂だったが…。

音の忍の圧倒的な強さに絶体絶命となるシカマル、キバ、リーの前にあらわれたのは、砂の忍、我愛羅、テマリ、カンクロウだった。

リーにおそいかかる君麻呂を砂の壁で守った我愛羅。そんな我愛羅の態度をうたがうリーだったが、じつは木ノ葉の５代目・綱手が砂の里に応援を依頼していたのだ。

そのころ、多由也のパワーに押されていたシカマルは、攻守を一手でやってのけるテマリの術におどろいていた。

そして、いち早く３人の気配を感じていたキバは、カンクロウの登場にもさほどおどろいていなかった。体内に侵入しようとする左近に、クロアリをしこんだ傀儡人形でむかえうつカンクロウ。たのもしい援護を得て、いよいよ反撃が始まる!!

我愛羅の鉄壁の砂のガードを破るのは困難なうえ、コントロールできる砂の量が限られていると考えた君麻呂は、接近戦をあきらめ、遠距離から攻撃をしかける。しかし、自らの骨を指先から次々と飛ばす君麻呂の攻撃にも我愛羅はひるまず、砂の防御と攻撃を同時にくり出した。さらに我愛羅は、砂で土の中の岩石や鉱物をくだいて砂にし、大量の砂を駆使して、ついに君麻呂を砂の中に閉じこめることに成功する。よろこぶリーだったが、我愛羅は「君麻呂はサスケと同じ目をしている」と言うのだった…。

君麻呂はおさないころ、暗い牢獄の中で育てられた。なぜ自分がそんな仕打ちを受けるのかもわからずに、自分自身さえ見うしないかけていた時、彼に“戦うこと”という指令があたえられ…。

呪印を開放し、変貌する君麻呂。砂の戒めを突き破り、その血継限界の力で我愛羅を追いつめる。さらに最強硬化した骨で我愛羅の絶対防御、守鶴の盾を貫こうとする。互いに最硬を誇る、「矛」と「盾」の激突の行方は……!?

大蛇丸のもとへと急ぐサスケを思いとどまらせようとして、はげしくぶつかっていくナルト。だがサスケは、写輪眼を使わずにナルトの攻撃をいともたやすくかわし、逆に攻撃をしかけてきた。そしてサスケは、兄・イタチに追いつくためには、力と憎しみが必要だと言うのだった。

幼い日のサスケの記憶には、弟思いのやさしいイタチのすがたがあった。サスケはそんなイタチを慕いながらも、父の期待を一身に受けるイタチがうらやましく、また憎らしくもあった。優秀な忍のイタチに追いつくため、幼いサスケは、ひたすらその背中を追いつづけていたが…。

サスケを木ノ葉の里へ連れもどすため、力ずくで立ちむかうナルト。しかし、ナルトの影分身の術もサスケの写輪眼によって見やぶられ、逆に火遁・豪華球の術でたおされてしまう。

サスケには、この火遁の術に強い思い入れがあった。この術はうちは一族に代々伝わるもので、使えるようになって初めて一人前とみとめられる。おさないころ、サスケが初めて父から直接教わったのがこの術だった。それまで兄のイタチにばかり目をかけていた父が、初めて自分に目をむけてくれたのがサスケにはうれしかった。しかし、サスケは父の目の前で術に失敗してしまう。その日から、ボロボロになりながらも必死に修業をかさね、術を習得したサスケは、ようやく父にほめてもらうが…。

ナルトを滝に落としたサスケ。水底へしずんでいくナルトを、サスケは「どんなことがあっても、力を手に入れてやる」と静かに見下ろす。そして、血まみれになったうちは一族の集落を思い出すのだった。

親しい人々、そして両親さえもたおしてしまったのは、ある方法で万華鏡写輪眼を使えるようになったイタチだった。ショックを受けたサスケはイタチを問いつめるが、彼は「己の器をはかるためにみな殺しにした」と冷たく言いはなち…。

木ノ葉隠れの里を出たサスケとナルトを心配して、サクラはカカシに相談する。2人が本当に殺し合いかねないと思ったカカシは、彼らの動向をさぐるために口寄せの印を組んで忍犬軍団を放った。

力を手に入れたいサスケは、ナルトを本気で倒しにかかっていた。もっとも親しい友を倒せば万華鏡写輪眼が手に入るという兄・イタチの言葉があったからだ。ナルトは「オレにとってお前はもっとも親しい友になった…」というサスケの言葉に心を打たれながらも、彼を里に連れ帰すために応戦する。

千鳥を発動するサスケ。ナルトは影分身の術で螺旋丸を作り反撃。2人ははげしくぶつかり合うが…。

ナルトとサスケの戦いははげしさを増していた。すさまじい九尾の気を放ち、サスケをはじき飛ばすナルト。サスケは火遁、豪火球の術で反攻するが、ナルトは炎をけちらした。もうろうとする意識の中、サスケは、親も兄弟もいないナルトに自分の何がわかるのかと言い放つ。しかし、サスケを特別な友達だと考えているナルトは、まるで兄弟のように過ごした日々を思い起こすのだった。

体勢を立て直したサスケは、額当てを取り出し、ナルトとのつながりをたち切る決意をするが…。

ナルトの九尾のチャクラは、まるで意志を持つように動き、サスケに強烈な攻撃を加えていた。やがてサスケの体にも変化があらわれる。もり上がった背から羽がはえてきたのだ。痛みに全身をふるわせながら、もう時間がないことを直感するサスケ。いっぽうナルトは、左手の感覚をなくしていた。力を得た引きかえに、ダメージを負っていたのだ。

滝をはさむ「終末の谷」で、はたして2人の決着はつけられるのか…!?

サスケとの激闘の末にたおれたナルトのもとに、ようやくカカシがかけつけた。いっぽう医療班では、護送された負傷者への懸命な治療がつづいていた。シカマルは軽傷、キバは傷が深いが命に別状なく、チョウジとネジの2人が重体。任務に犠牲はつきものとわかっていても、シカマルははげしく落ちこんでいた。小隊長としての力不足を痛感し、「自分は忍に向いていない」とテマリにグチるシカマル。そこへ、ナルトが帰還したという知らせが入るが…。

早く修行を始めたくて、病室をぬけ出すナルト。だが、医療班に見つかり連れもどされ、ベッドにぐるぐる巻きにされてしまう。

こっそり里を去ろうとするサクラ。彼女の決意に気づいていたナルトは、ベッドの縄を引きちぎってサクラを追いかける。「止めてもムダよ」と言うサクラに、自分もいっしょに行くと告げるナルト。その時、木陰から自来也があらわれた。自来也は「サスケが連れ去られた『田ノ国』を調査し、報告せよ」と火影から任務が下ったという。そしてナルトとサクラは、自来也とともに行動を開始することに…。

「田ノ国」の宿場町で情報をさがすナルトたち。いかがわしい店で楽しそうな自来也を置いて、ナルトとサクラは町外れに向かう。そこで2人は、ケガを負いつつ何者かに追われるササメと出会う。とっさにササメをかばうナルト。

いっぽう自来也は、ホステスから「音の里」のウワサにくわしい人物がいると聞き、路地裏へ向かう。そこへとつぜん、盗賊に身を落とした忍者・ハンザキたちがおそいかかってきた。だが、相手が「木ノ葉の里の伝説の三忍」 である自来也だと気づいたハンザキは、あわてて土下座。そして自来也は、ハンザキから田ノ国の忍者一族の話を聞くが…。

フウマ一族のカミキリ、ジグモ、カゲロウに攻撃されるナルト、サクラ、ササメ。そこに自来也が来て、戦いに参加。劣勢だと考えたカミキリたちは、またたく間に逃げ去るのだった。

ササメの案内で、一同は大蛇丸のアジトがある「音隠れの里」の入り口へ到着した。はりきって道を急ごうとするナルトたちだが、自来也に制止される。本格的な敵地を前に、ゆっくり腹ごしらえをしようという自来也に、ナルトたちはしかたなくしたがうのだった。

にぎり飯を広げるナルトたちのそばで、ササメはこっそりと何かをお茶に混入させる。そしてそれを飲んだ自来也、ナルト、サクラは意識を失い…。

ササメの案内により、ナルト、サクラ、自来也は大蛇丸のアジトに到着。自来也は、偵察のために口寄せの術でガマ吉を出した。ナルトたちはガマ吉の後について曲がりくねった階段や長い通路を進んでいく。やがて三差路に行き当たり、ナルトとサクラ、そして自来也の二手に分かれることに。

ナルトたちはヤリや手裏剣のしかけをかわしながら通路を進んでいく。そしてナルトが落とし穴でサクラをかばった時、そのはずみで自分が落下してしまった。かならず追いつくというナルトの言葉をしんじて、サクラは先を急ぐことに。

いっぽう自来也は、琴を弾いている琴姫と出会っていた。「大蛇丸の指示で遠方からの客人をもてなす」とほほえむ琴姫だったが…。

大蛇丸に追いつめられたサクラ。そしてカブトがサクラに向かいクナイを振りかぶった時、ナルトがかけつけた。

ナルトは影分身の術でカブトを翻弄し、クナイを使い果たさせる。いっぽうカブトは、火遁・霧舞いの術で応戦、ナルトの分身は煙となって消えた。しかし、ナルトの螺旋丸がカブトの胸元に突き刺さり勝負がつくのだった。

サスケの居場所を問いただすナルト。しかしカブトは笑みを浮かべている。カブトはナルトの攻撃中、彼の体にチャクラ糸を巻きつかせていたのだ。

「昔のアラシはもう死んだ」というアラシから、ジグモの半身が盛り上がり、カミキリがくり出される。そして、攻撃されるサクラをかばうナルトの背に、カミキリのハサミが突き刺さってしまった。

ケガをしながらやせガマンするナルトは、影分身の術で応戦するが、しだいに追いつめられていく。そしてフウマ忍法・呪縛曼荼羅のかまえを作るアラシ。それは、フウマでも代々の長しか使えないという秘術だ。ナルトは、アラシが作ったチャクラのオリに閉じこめられてしまい…。

医療忍者をめざしているサクラは、チャクラの微妙なコントロールを練習していた。いっぽう、ケガが回復し、はりきっていたナルトは、急な任務で出かける自来也に置いていかれ、ふてくされていた。自来也はそんなナルトに、留守の間の特別な自主トレだと、巻物をわたすのだった。

火影執務室で山積みの書類の処理にあたっていた綱手たちは、木ノ葉厳重警戒施設の資料を目にする。そこは重罪を犯した忍者を収容する施設で、囚人たちに掘削労働をさせているのだったが…。

トントンの嗅覚をたよりに、厳重警戒施設を脱獄したミズキを追いかけるシズネたち。しかしミズキと風神・雷神によって、シズネはたおされてしまう。

木ノ葉病院では、ミズキの事件に大蛇丸がからんでいることに感づいたナルトが、綱手につめよっていた。そこへ、トントンがもどってきた。必死になって何かを伝えようとしているトントン。ナルトはシズネの危機を察知し、綱手の制止も聞かずに「シズネを助け、大蛇丸をたおしてサスケを連れもどす」と飛び出すのだった。

愚鈍ながら怪力の持ち主である風神・雷神には、ナルトの攻撃が通用しない。そこでナルトは、影分身の術によるオトリ作戦で、時間かせぎをすることに。するとナルトのもとに、ある「最強トリオ」があらわれる。

いっぽうイルカは、ミズキにつめよっていた。ミズキのクナイをかわしながら、「同じ火の意志を受けつぐ木ノ葉の家族にバカなまねはやめろ」と説得をつづけるイルカ。だがミズキは、本気でイルカをたおしにかかり…。

風神・雷神にてこずるナルトのもとに、シカマル、いの、チョウジがやって来た。綱手の命令によりやって来た３人に後をまかせ、ナルトとパックンはミズキを追うことに。

風神・雷神の動きをシカマルが影真似の術で止めている間に、いのが心転身の術で風神に乗りうつり、チョウジが雷神に組みつく。こうして彼らは、「フォーメーション、いのシカチョウ」を完成させる。

そのころイルカは、血のついた笹の葉を目印にミズキを追っていた。しかし幻術や傀儡など、ミズキの高度で多彩な技に翻弄されてしまい…。

椿はミズキの婚約者だと知るナルト。ミズキを引きとめたい椿は、いっしょに連れていってほしいとナルトたちに願い出る。ミズキの行く場所に心当たりがあるという椿。封印の書をうばおうとしたミズキは以前、「大蛇丸の力を手に入れて、彼のもとに行く」と語っていたというのだ。ミズキの本当の目的を知り、おどろくナルトたち。

そのころ、奈良一族の鹿牧場にある薬学研究室にミズキがあらわれていた。彼は研究員らをおそい、薬剤を盗んで逃げる。知らせを受けた綱手は、医療書をひもといてミズキのならいは何かと考える。やがて綱手は、あることに思い当たり…。

ミズキが放つチャクラの質とパワーに、ナルトとイルカは圧倒される。ナルトは影分身の術で立ち向かうが、ミズキに一蹴されてしまう。ナルトを守るため、イルカはついにクナイを取り出した。

はげしい戦いの最中、ミズキの体に異変が起き、虎男のようなすがたに変身。パワーアップしたミズキだったが、イルカはそのスピードがおとろえたことを敏感に感じ取り…。

『劇場版NARUTO ーナルトー「木ノ葉の里の大うん動会」』

「木ノ葉隠れの里」で大運動会が開催された。おなじみのルーキー忍者が、班の威信をかけた絶対に負けられない真剣勝負をくり広げる。だが、ナルトに史上最大のピンチが迫り…。

木ノ葉隠れの里で、キバ、シノ、ヒナタは火影をたずねる。「微香虫」を使ってサスケをさがすというアイディアを伝えるためだった。微香虫とは、忍犬の数千倍もの嗅覚を持つ虫で、においのもとをどこまでも追っていく。かつて油女一族が使っていたらしいが、今ではごくわずかに生息する幻の虫だ。産卵は数年に一度で、今がちょうど孵化の時期にあたるという。キバ、シノ、ヒナタの３人、そして話を聞きつけたナルトに、火影は微香虫さがしを命じる。

忍犬の数千倍もの嗅覚を持つ「微香虫」をさがす任務で、キバ、シノ、ヒナタそしてナルトは虫たちの住む窪地を訪れた。写真を手がかりに微香虫をさがす一行だが、ナルトには虫のちがいがわからない。カブトムシや凶暴な「微香虫もどき」を見つけては、シノたちにダメ出しをされる。

そんなナルトたちのようすを、陰からうかがう忍たちがいた。岩隠れの術で身をかくしたスズメバチ、クロバチ、ジバチの３人だ。彼らもまた、微香虫を手に入れようと画策していたが…。

上水流一族のスズメバチたちに、ヒナタがさらわれてしまった。上水流一族は土の国・岩隠れの里で、主に蜂をあやつる虫遣いの一族。今ではわずか数人しかいないという。さまざまな禁術を記した初代の秘伝書をさがすために、彼らは「微香虫」を手に入れようとしていた。

スズメバチたちは、ナルトらが捕まえた微香虫と、人質にしたヒナタとの交換を要求する。迷うナルトたち。その結論は、ヒナタを取りもどし、さらに微香虫も守るためにスズメバチらと対決するということ。そしてナルトたちは、「微香虫」だと言って、ただのカブトムシをスズメバチにわたし…。

岩隠れ一族のスズメバチらによって、ナルト、キバ、シノは女王蜂の巣に追いこまれた。怒った女王蜂の出す蜜蝋にかためられて、ナルトたちは身動きがとれなくなってしまう。しかしシノは強気で、人質になったヒナタとのひきかえでないと「微香虫」をわたさないと宣言する。孵化の時間もせまり、スズメバチは、シノの要求を飲むことにした。

ヒナタが捕らえられている場所にむかう一同。しかしそこにヒナタのすがたはなかった。激怒するナルト。するとジバチたちは攻撃をしかけてきて…。

木ノ葉隠れの里で修行中のナルトは、急流でロクスケ、ハチダイ、サンゴロウを救助した。３人は川の国・カタバミ金山から、木ノ葉の里へ任務依頼に来たという。有数の鉱山村であるカタバミ金山には、村の警護を口実に「黒鍬ファミリー」と名乗る、ならず者が入り込んでいた。黒鍬雷牙らは村を支配し、村人たちを理由もなく殺しているという。

綱手は、ナルト、リー、ネジ、テンテンに「ロクスケら３人をカタバミ金山に送り届け、黒鍬ファミリーを排除せよ」という任務を命じた。シンプルな任務に思われたが、黒鍬ファミリーのボス・雷牙は、忍刀七人衆の１人だという噂が…。

カタバミ金山の墓場で生きうめにされた仲間を、いのる思いで掘り返すロクスケ。しかし黒鍬衆に囲まれて、捕われてしまう。「おまえの葬式を出してやる」とロクスケに宣言する雷牙。「葬式」が目的で、雷牙は村人たちを殺してきたのだ。

いっぽうナルトは、鉱山でいばりちらす黒鍬衆を目にして、怒りをおさえられないでいた。その時、ロクスケの葬式を知らせる銅鑼（ドラ）が鳴りひびいた。岩陰から葬式のようすを見るナルト。ネジは白眼で、棺桶の中で苦しむロクスケを発見し…。

霧隠れの術でカタバミ金山にひそむ雷牙と蘭丸。ネジが白眼を用いても、彼らの姿は見破れない。やがてネジは人型の経路系を見出した。しかしその正体はただの枯木で、ナルトたちの攻撃も空振りに終わってしまう。そして雷牙の「雷葬・いかづちの宴」に吹き飛ばされ、ナルト、リー、ネジ、テンテンは気絶してしまった。

刀を振り下ろし、とどめを刺そうとする雷牙。しかしリーが咄嗟（とっさ）に素早いキックで応じる。リーは気絶したまま、筋肉の記憶だけで戦っていたのだ。動きが読めずに、雷牙と蘭丸は苦戦する。やがてナルトらも意識を取り戻した。ナルトは雷牙から、力ずくで忍刀７人衆のことを聞き出そうとするが…。

黒鍬ファミリーが退散して、カタバミ金山にも平和がおとずれたかのようにみえた。しかし、芥子は何かをたくらんでいる表情。やがて、ガケの上にひそんでいた黒鍬衆が、大岩を落としてナルトらに奇襲をかけてきた。

黒鍬衆は忍法・黒竜巻と、岩も斬る鉄ツメで次々と攻撃をしかけてくる。それをよけつつ、応戦するナルトだったが…。

よみがえった雷牙が目にしたのは、死んだように横たわる蘭丸。絶望した雷牙は、やり場のない怒りをぶつけ、はげしい雷を呼ぶ。

雷牙を止めようと、必死で応戦するテンテン。しかし雷牙の怒りと悲しみはおさまらない。「木ノ葉の里からナルトたちが来なければ、自分と蘭丸はずっといっしょだったのに」と思い立った雷牙は、芥子に「雷峠にやつらを連れて来い」と命じるのだった。

雷牙による強烈な雷撃を受けたリーだったが、キズつきながらも必死にふんばっていた。しかし、雷牙をつつんだ電撃の竜巻が、龍の形状に。そしてリーは、その龍にのみこまれてしまう。

そのとき、山椒ばあさん、芥子、蘭丸をせおったテンテンは、けわしい道を雷峠にむかって走っていた。そのとちゅう、気絶しているリーを発見。山椒ばあさんのはこんできたカレーによって、リーは意識をとりもどす。そして、ネジとナルトにもカレーをとどけるため、ふたたびテンテンと芥子は走りだした。

木の葉隠れの里にあるアカデミーで、一泊二日の野外演習が行われることになった。ナルトは木の葉丸、モエギ、ウドンをひきいる班長にえらばれる。めざすはタクラミ山のてっぺんのワルダクミ大岩。教官たちがしかけるワナをうまくよけて、かくされた秘密文書を持ち帰らなければならない。

気合いじゅうぶんのナルト班だったが、とちゅうで道にまよってしまった。さらに雨までふってきて…。