אוזומאקי נארוטו חוזר לכפר העלה הנסתר מהמסע הארוך בעל השנתיים וחצי שלו. הוא פוגש את כל חבריו הותיקים אשר כבר התקדמו בדרגה אחת מעל, והפכו לצ'ונינים, ג'ונינים או לגנינים, בזמן שנארוטו לא התקדם בדרגה בכלל ונשאר גנין כמו שהיה כאשר עזב. בנתיים, מתגלה כי שני אקאטסוקי חדשים מתקדמים לעבר כפר החול הנסתר על מנת לתפוס את הג'ינצ'וריקי גאארה, אשר הפך לקאזהקאגה של הכפר.

ג'יראיה מספר לקאקאשי על התוכנית של האקאטסוקי לתפוס את החיות בעלי הזנבות. בגלל זה, נארוטו, אשר בתוכו יש את השועל בעל תשעת הזנבות, מסכן את הכפר. ג'יראיה מחליט למסור את נארוטו תחת פיקודו של קאקאשי לזמן מה. לאחר השיחה, קאקאשי נותן לנארוטו וסאקורה אתגר אותו הוא נתן בפעם הראשונה בה הם נפגשו, בו הם צריכים לקחת מקאקאשי שני פעמונים בכוח בכדי להראות עד כמה הם השתפרו. בנתיים, שני האקאטסוקי החדשים אשר התגלו בתור דאידארה וסאסורי הגיעו לכפר החול הנסתר.

הקרב בין קאקאשי לנארוטו וסאקורה התחיל. קאקאשי רואה שיפורים רבים בשניהם, והטריקים בהם השתמש בפעם הראשונה בה פגש אותם לא עבדו עליהם יותר. קאקאשי אפילו נאלץ לחשוף את השארינגאן שלו, ולהלחם ברצינות. בנתיים, סאסורי ודאדיארה הצליחו לחדור לתוך הכפר בעזרת הסוכן החשאי של סאסורי בשם יורה. לאחר החדירה, דאידארה החליט לקחת על עצמו את גאארה, ולאחר יצירת הציפור מחימר על ידי הג'וטסו המיוחד שלו, התעופף באוויר מעל הכפר. אך למרות שהרג את כל השומרים על ידי אותו הג'וטסו חימר אותו הוא פיצץ, גאארה בכל זאת שם לב אליו, והתגלה אליו כאשר דאידארה היה בטוח שאף אחד לא שם לב אליו.

נארוטו וסאקורה התחילו להפסיד בקרב. הם הבינו שלמרות ההתחזקות שלהם, הם לא יצליחו להביס את קאקאשי אשר התחזק גם כן. אך נארוטו המציא את התוכנית שעזרה להם לקחת את הפעמונים על ידי כך, שהתחיל לספר לקאקאשי ספוילרים מהספר אותו הוא קורא. לכן, נאלץ קאקאשי לסגור עם ידיו את אוזניו, ולעצום את עיניו עם השארינגאן. זה איפשר לשניהם לקחת את הפעמונים. בנתיים, דאידארה וגאארה תהחילו להלחם.

לאחר נצחונם של נארוטו וסאקורה, קאקאשי מכריז כי הם יעבדו כשווים, בלי חילוקי תלמידים ומורים מעכשיו. בנתיים, הקרב של דאדיארה נגד גאארה מתפתח. דאידארה מגלה כי להלחם נגד הג'ינצ'וריקי של בעל הזנב האחד לא קל כל כך. לאחר הרבה התחמקויות, גאארה מצליח ללכוד את ידו של דאידארה בחולו, ולרסק אותה. בנתיים, באקי דואג כי גאארה בקרב כה קשה יוציא את השוקאקו ויחריב את הכפר, אך קאנקורו חולק על דעתו ונזכר בשיחתו עם גאארה, אשר השתנה והפך לטוב לב ודואג לכפר. בנתיים, דאידארה יוצר את יצירת המופת שלו. פסל חימר בו מרוכזת צ'אקרת ה-סי-3 של דאידארה בעלת הפיצוץ הכי אדיר שלדאידארה יש. דאידארה עוזב את הפסל, והוא נופל על הכפר ומתפוצץ בפיצוץ אדיר.

רגע האחרון של הפיצוץ גאארה מצליח להציב הגנה ענקית מעל פני הכפר אשר מגנה על הכפר כולו. מיד לאחר מכן, דאידארה זורק פצצה נוספת על גאארה, אשר מגן על עצמו עם החול אשר היה הקרוב אליו ביותר, והוא החול איתו ריסק את ידו של דאידארה. אך לאחר ההגנה, גאארה הופתע לראות פסלי חימר אשר יצאו מתוך החול כלפי גאארה. לפני שהספיק לעשות משהו, דאידארה פיצץ את הפסלים, וגרם להתעלפותו של גאארה. מסתבר, שכאשר ידו של דאידארה נכלאה בתוך החול, הוא הוציא מתוך הפיות שבידיו פסלי חימר קטנים אשר נשארו בתוך החול לאחר שידו התרסקה. לאחר מכן, דאידארה שלט בפצצות האלה וגרם להם לצאת מהחול אשר איתו גאארה התגונן, ובו הוא מחץ את ידו. לאחר שגאארה התחיל ליפול, דאידארה תפס אותו, והתכונן לעזוב את הכפר.

דאידארה וסאסורי יחד עם גאארה חסר ההכרה בורחים מהכפר. קאנקורו, אחיו הגדול של גאארה, יוצא אחריהם במטרה להחזיר את גאארה לכפר. לאחר שהוא מגיע אליהם, סאסורי מתנדב להלחם מולו, ונותן לדאידארה להמשיך הלאה. קאנקורו מזמן את בובותיו, והקרב מתחיל.

קאנקורו מפסיד ומורעל על ידי סאסורי לאחר קרב קצר בו סאסורי הביס אותו בקלות. סאסורי מגלה לקאנקורו את שמו, ואז זהותו כאחד המאסטרים של הבובות הטובים ביותר שהיו בכפר החול הנסתר. הוא זה שבנה את הבובות שבהם קאנקורו משתמש. סאסורי עוזב, ומשאיר את קאנקורו אשר מורעל לשכב על האדמה ולמות. בנתיים, כפר החול שולח הודעה לכפר העלה הנסתר.

קאנקורו הובא בחזרה לכפר ופונה לבית החולים. אך הרופאים בבית החולים לא ידעו כיצד לנטרל את הרעל של סאסורי, ולא מצאו לו תרופה. באקי החליט לבקש את עזרתם של זקני הכפר- צ'יו ואביזו. בנתיים, ההודעה של כפר החול הגיע לכפר העלה, וטסונדה בחרה לשלוח למשימה להצלצ הקאזהקאגה את נארוטו, סאקורה וקאקאשי. בדרך הם פגשו את טמארי, אשר יחד עם סאקורה גילתה לראשונה בזמן שיחתם עם קאקאשי על השד שנמצא בתוך נארוטו.

דאיאדרה וסאסורי מגיעים למחבוא האקאטסוקי, וכאשר נכנסים אליו, מנהיג האקאטסוקי נועל את המחבוא על ידי ג'וטסו מיוחד. לאחר מכן, כל חברי האקאטסוקי מופיעים, והטקס של החתמת השד בעל הזנב האחד מתחיל. בנתיים, מצבו של קאנקורו רק מחמיר, ואפילו צ'יו לא מצליחה לנטרל את הרעל של סאסורי. באותו הזמן, טסונדה, אשר מתחילה להבין את קושי המשימה שולחת אחרי קבוצת קאקאשי, את קבוצת גאי.

לאחר מסע של שלושה ימים, קבוצת קאקאשי יחד עם טמארי סוף סוף מגיעים לכפר החול. סאקורה משתמש בג'וטסו שלה בכדי להוציא את הרעל מגופו של קאנקורו, ולהצילו. לאחר שרוב הרעל הוצא, סאקורה משתמשת בו בכדי ליצור לו תרופת נגד. קאנקורו, אשר פחות או יותר התאושש, נתן לקבוצת קאקאשי פיסת בד מגלימתו של סאסורי, אותה הצליח להשיג בזמן הקרב. קאקאשי מזמן את כלבי הנינג'ה שלו, ונותן להם את פיסת הבד כדי שהם יאתרו את מיקומו של סאסורי על ידי הריח.

קבוצת קאקאשי יוצאת אחרי האקאטסוקי. בדרך, צ'יו מספרת להם מעט על החיות בעלי הזנבות. בנתיים, פאקון יוצא אל קבוצת גאי בכדי להוביל אותם אל המחבוא של האקאטסוקי גם כן. באותו הזמן, מנהיג האקאטסוקי יוצר מתוך הג'וטסו שלו שני העתקים של קיסאמה ואיטאצ'י, בעלי 30% של כוחם, ושולח אותם לתקוף את קבוצות קאקאשי וגאי.

ההעתקים של איטאצ'י וקיסאמה מגיעים ליעדם. הקרב בין קיסאמה לקבוצת גאי מתחיל, בנתיים שקאקאשי מסביר לקבוצתו על מה שהוא גילה לגבי המנגקיו שארינגאן של איטאצ'י. קבוצת גאי נלכדת מהר על ידי קיסאמה, ומשאירה את גאי להלחם נגד קיסאמה לבד. באותו הזמן, קאקאשי ונארוטו מתחילים לתקוף את איטאצ'י, בזמן שקאקאשי תוקף מקדימה, ונארוטו- מאחורה. אך נארוטו לפתע נכנס לתוך גנג'וטסו נוראי שנוצר על ידי איטאצ'י.

הקרב בין גאי לקיסאמה מתפתח. גאי נאלץ לפתוח את ששת השערים הפנימיים שלו בכדי להביס את קיסאמה. בנתיים, נג'יו מצליח להשתרר ושלחרר את שאר קבוצת גאי מתוך כלאי המים אותם ההעתקים של קיסאמה יצרו. באותו הזמן, נארוטו קולט שהוא נמצא בתוך גנג'וטסו, ומנסה להשתחרר ממנו על ידי הזרמת צ'אקרה רבה מתוכו.

שני הקרבות המתרחשות במקביל נגמרות בפרק זה. גאי פותח את ששת השערים ומשתמש בג'וטסו "אסאקוג'אקו" ומחסל את קיסאמה, בזמן שנארוטו משתחרר מהגנג'וטסו בעזרת צ'יו וסאקורה לאחר שנכשל לעשות זאת בעצמו, ומשתמש על איטאצ'י בג'וטסו "אודומה ראסנגאן", ומחסל אותו. כאשר שתי הקרבות הסתיימו, שתי הצדדים המנצחים הופתעו לגלות, כי בני האדם שהם הביסו לא היו איטאצ'י וקיסאמה, אלא אנשים אחרים לגמרי.

הקבוצות של קאקאשי וגאי הבינו שהקרבות לא היו אמיתיים, ונועדו בשביל עיקובם מפני הגעתם לגאארה. צ'יו מסבירה על הג'ינצ'וריקי, ועל זה שהם מתים כאשר מוציאים מהם את שדם, מה שמפחית את הסיכוים שלהם להציל את גאארה. אחרי הקרבות, שתי הקבוצות נחו בכדי לנוח מהקרבות שהיו, ולהכתונן לקרבות שיהיו. בנתיים, קאנקורו מתאושש לגמרי ומגיע לאסיפה עם האנשים החשובים של כפר החול, בה כועס מאוד על כל אלה שמציעים למנות קאזהקאגה חדש.

הקבוצות של קאקאשי וגאי שוב יוצאות לדרך. בדרך, נארוטו מראה רצון רב להגיע במהירות למקום. קאקאשי מסביר לצ'יו שנארוטו גם כן ג'ינצ'וריקי, והוא מבין ומזדהה עם גאארה. בשיחה זו, מתגלה שצ'יו הייתה זו שחתמה את השוקאקו בתוך גאארה. בנתיים, האקאטסוקי סיימו את טקס ההחתמה, ובעקבות החתימה של השוקאקו, גאארה מת. באותו הזמן, קבוצות גאי וקאקאשי סוף סוף מגיעות למקום, וניצבות בפני הכניסה למחבוא האקאטסוקי.

שתי הקבוצות מגלות כי הכניסה למחבוא האקאטסוקי מוגנת בעזרת חמש חותמים, אשר מוצבים במקומות שונים בסביבה של הכניסה. קבוצת גאי יוצאת אחר החותמים הללו, וכאשר כל חברי הקבוצה מגיעים למקומומם, הם, ביחד עם קאקאשי אשר נמצא ליד הכניסה, מסירים את כל החותמים בו זמנית. זה מאפשר להם להכנס לתוך המחבוא. בנתיים, כל חברי האקאטסוקי מפסיקים את ג'וטסו ההעברה שלהם, ונעלמים. רק דאידארה וסאסורי, אשר באמת נוכחו במקום, ולא השתמש בג'וטסו ההעברה המיוחד נשארו במחבוא על מנת להשגיח על הפולשים.

לאחר ההסרה של הפתקים, בפני קבוצת גאי מופיעים העתקים מדויקים שלהם, אשר בעלי אותם היכולות כמו שלהם. הם מתחילים להלחם. בנתיים, קבוצת קאקאשי יחד עם צ'יו חודרת אל תוך המחבוא ונפגשת עם דאידארה וסאסורי. דאידארה לוקח את גופתו של גאארה. ומוביל את נארוטו וקאקאשי מחוץ למחבוא, בזמן שסאקורה וצ'יו נשארות בתוכו בכדי להלחם נגד סאסורי.

צ'יו מספרת לסאקורה על סאסורי, והיותו אחד המאסטרים של הבובות הטובי ביותר בהסטוריה של כפר החול. אך הוא סולק מהכפר בגלל שהתחיל להשתמש באנשים אמיתיים לבניית הבובות שלו. בנוסף לכך, צ'יו סיפרה כי הסאסורי האמיתי מתחבא בתוך הבובה ששמה הירוקו, ועל מנת להביס את סאסורי, צריך לשבור את הבובה קודם. הקרב מתחיל, ועל ידי שיתוף פעולה, צ'יו וסאקורה מצליחות להרוס את הבובה. בנתיים, דאידארה מספר לקאקאשי ונארוטו את הטעות אותה הם עשו בכך שהשאירו את סאקורה וצ'יו להלחם נגד סאסורי, אשר חזק יותר ממנו לפי דבריו.

כאשר הבובה שלו נהרסה, סאסורי נאלץ להתגלות בפני שתי הקונויצ'י. להפתעתה הרבה של צ'יו, פניו של סאסורי לא השתנו בכלל מאז עזיבתו מהכפר. לאחר יציאתו מהבובה, סאסורי מזמן לשדה הקרב את הקאזהקאגה השלישי אותו הפך לבובה, ומשתמש בנשקים הקטלניים שלו בכדי ללכוד את סאקורה בענן גז רעיל ללא היכולת לזוז. בנתיים, קאנקורו יוצר קבוצה המורכבת מטמארי, אביזו וכמה שינובי מכפר החול. לאחר שכולם התאספו במקום אחד, הם יוצאים אחרי האקאטסוקי על מנת להציל את גאארה.

סאקורה מצליחה לברוח מהעשן על ידי הפצצת פתק הפציוץ קרוב אל עצמה. לאחר מכן, צ'יו מזמנת את הבובות "אמא" ו"אבא" אותן סאסורי יצר. שתי הבובות מתחילות להלחם, ואף מצליחות לדחוק מעט את הקאזהקאגה השלישי לפינה, עד שהוא משתמש בטכניקה שלו- חול הברזל. בנתיים, קבוצת גאי ממשיכה להלחם נגד העתקיהם, ואף מתחילה להתעייף.

חול הברזל התקיף את הבובות ומנע מהם לזוז. גם ידה של צ'יו, אשר אותה היא הפכה ליד של בובה, נוטרלה. צ'יו נכנסת לרגע של נוסטלגיה ונזכרת בפעם הראשונה בה סאסורי ניסה לשלוט בבובות "אמא" ו"אבא". לאחר שהבובות נוטרלו, לא נשאר לצ'יו איך להלחם, וסאקורה מציע את עצמה בתור הבובה של צ'יו. צ'יו מסכימה, ומתחילה לשלוט על סאקורה אשר משתמשת בכוחה בכדי להעיף את חול הברזל.

סאקורה וצ'יו ממשיכות להלחם נגד סאסורי. סאקורה מתחמכת ונותנת מכות חזקות מאוד למבני חול הברזל של הקאזהקאגה השלישי, מה שגורם להרס למערה בה הם נמצאים. לאחר שסאסורי רואה כי אם הצורות הוא לא יצליח לעשות כלום, ומשנה את צורותיהם לכמויות רבות של קוצים המתחברים ברשת גדולה אשר תקפה את סאקורה. מתקפה כזאת לא הייתה ניתנת להתחמקות, וסאקורה נפגעה ממנה. מסתבר, שסאסורי שם בתוך חול הברזל את רעלו, ושריטה קטנה הנגרמת ממנו יכולה להרוג. לאחר שהעשן התפוגג, נראתה סאקורה שוכבת בחסרות אונים על האדמה ללא יכולת לזוז. סאסורי הפנה לכוונה את הקאזהקאגה השלישי אשר הוציא את סכיניו המורעלים מידו, אך ברגע האחרון, סאקורה קמה ונתנה אגרוף הרסני לבובה, אשר גרם להריסותה.

לאחר שסאקורה שברה את הבובה, היא מספרת לצ'יו כי היא השתמשה בנוגדן אותו עשתה עוד בכפר החול הנסתר. סאקורה מספרת שהנוגדן עובד שלוש דקות, ובשלוש דקות הללו, הרעל של סאסורי לא יעבוד עליה. שתי הקונויצ'י מתכוננות לקרב בו הן מתכננות להרוג את סאסורי בשלוש דקות הללו, בזמן שסאסורי מגלה להן כי הפך את עצמו לבובה אנושית. בנתיים, קאקאשי ונארוטו ממשיכים לעקוב אחר דאידארה אשר מפציץ אותם בפסלי החימר שלו. לאחר הפצצה אחת נוספת, קאקאשי מתחיל לספר לנארוטו על תוכניתו.

הקרב השני בין צ'יו וסאקורה לבין סאסורי מתחיל. בהתחלה, נראה כי סאקורה הביסה את סאסורי על ידי פירוקו לחתיכות, אך הוא התחדש. לאחר מכן, צ'יו זימנה את עשרת הבובות מהאוסף של צ'יקאמאטסו בזמן שסאסורי זימן מאוה בובות מהאוסף שלו. הקרב האדיר התחיל. צ'יו התחילה להלחם עם עשרת בובותיה נגד מאה הבובות של סאסורי בזמן שסאקורה לקחה את הכדור שצ'יו נתנה לה, והתכוונה לפגוע עימו בסאסורי בכדי לא לאפשר לו להשתמש בצ'אקרה. במהלך הקרב, סאקורה הצליחה לעשות זאת, אך סאסורי השתמש בקאווארימי נו ג'וטסו והצליח לברוח. כאשר סאקורה לא הבינה מה קרה, סאסורי ניצל את ההזדמנות והופיע ליד צ'יו עם סכין ביד. כאשר הניף את הסכין על צ'יו, הוא דקר את סאקורה אשר במהירות ניגשה אליו בכדי להגן עליה.

צ'יו משתמשת בנוגדן שלה בכדי לנטרל את הרעל שנכנס לתוך סאקורה. לאחר מכן, צ'יו מצליחה לדקור את סאסורי בחלק החי היחידי שיש לו- ליבו בעזרת הבובות "אמא" ו-"אבא". לאחר מכן, צ'יו ניגשת לסאקורה אשר נדקרה בבטן על ידי סאסורי ומתחילה לרפא אותה בעזרת טכניקת התחייה שלה. כמה שניות לפני מותו, סאסורי מספר על כוונתו להיפגש עם מרגלו אשר מתגלה בתור אחד המשרתים של אורוצ'ימארו. בנתיים, קאקאשי חושף את התכונית אותה סיפר לנארוטו, ומשתמש בנגקיו שארינגאן החדש שלו.

קבוצת גאי ממשיכה להלחם נגד ההעתקים שלה. חברי הצוות מתחילים להתעייף, בזמן שההעתקים נלחמים ללא הפסקה בלי טיפת זיעה על פניהם בגלל היותם לא אנושיים. רוק לי מבין כי הדרך היחידיה לנצח את ההעתקים היא להתחזק יותר מהרגע בו הם התחילו להלחם נגד ההעתקים. קבוצת גאי נזכרת בכל האימונים שלה, וזה נותן לה את הכוח להתחזק ולהביס את ההעתקים אשר הפכו בחזרה לחומר הדומם שהיו.

לאחר שקבוצת גאי סיימה עם הקרב, הם מיהרו בחזרה לקבוצת קאקאשי. גם סאקורה וצ'יו גם כן התאוששו מהקרב שלהן, ומיהרו גם הן אל קאקאשי ונארוטו. בנתיים, נארוטו הלך הצידה והחל לטפס על מורד ההר בכדי לצאת מהעמק בזמן שקאקאשי הפעיל את המנגקו שארינגאן שלו על דאידארה. הטכניקה בה השתמש גרמה ליצירת חור שחור קטן אשר שאב את דאידארה לתוך עצמו. בנואשות, דאידארה ניסה לברוח מהחור, ואף עשה זאת, אך קאקאשי הצליח לכרות בעזרת החור את ידו הימנית והיחידה שנשארה לדאידארה. כאשר דאידארה התאושש מהטכניקה המזעזעת, הוא לא שם לב לנארוטו אשר הופיע מעליו עם ראסנגאן ביד, וריסק את הציפור עליה דאידארה ריחף, מה שגרם לגאארה להגיע לידי נארוטו, ולדאידארה לקפוץ הרחק מהציפור. ההעתקים של נארוטו בדקו את גאארה, ובנתיים נארוטו האמיתי תקף בחזקה את דאידארה, אשר מצליח להתחמק.

צ'אקרת השועל מתחילה לצאת מתוך נארוטו ולקחת צורה של שתי זנבות. נארוטו כבר לא מצליח לשלוט בעצמו ואפילו לא מזהה את קאקאשי אשר נמצא בקרבתו. קאקאשי משתמש בחותם שג'יראיה נתן לו בכדי לגרום לנארוטו עייפות רבה והחזרת צ'אקרה הקיובי בחזרה למקומה. בנתיים, קבוצת גאי וצ'יו יחד עם סאקורה מגיעים למקום. דאידארה משתמש בשאריות הצ'אקרה שלו בכדי ליצור פיצוץ אדיר שלי דבריו, הוא פיצוץ התאבדות, אך קאקאשי מצליח להשתמש במנגקו שארינגאן בדיוק בזמן, ושואב את הפיצוץ לחור השחור אותו יצר. לאחר מכן, סאקורה בודקת את גאארה ומסיקה כי הוא מת. כולם נכנסים לצער עמוק. בנתיים, צ'יו מתקרבת לגאארה ומפעילה את טכניקת ההחייה שלה.

עם עזרתו של נארוטו, צ'יו משלימה את טכניקת ההחייה שלה. בזמן שהיא עושה זאת, הוא מדברת עם סאקורה ונארוטו ונותנת להם עצות לעתיד. לאחר סיום הטכניקה, צ'יו מתה וגאארה מתעורר בחיים, ומוצא את עצמו עקוף בעשרות שינובי מכפר החול הנסתר שבאו לעזרתו. ברגע שגאארה מגלה על מותה של צ'יו, הוא מבקש מכולם לעמוד דקת שקט בשבילה.

דאידארה אשר שרד את הפיצוץ מפני שהוא השתמש בהעתק שהתפוצץ, ולא בעצמו, יוצא מתוך האדמה, לאחר שעבד וברח מקבוצת קאקאשי וגאי והולך לחפש את ידו הימנית עם הטבעת שלו. בנתיים, טובי וזטסו מגיעים לשדה הקרב שבו נלחמו סאסורי וסאקורה עם צ'יו, וטובי לוקח את הטבעת של סאסוריף מה שמאפשר לו להצטרף לארגון האקאטסוקי. לאחר מכן, השניים מוצאים את ידו של דאידארה, וטובי מתכוון לקחת גם את הטבעת שלו, אך דאידארה אשר מגיע בדיוק בזמן מתעצבן על טובי ולא מאפשר לו לעשות זאת. באותו הזמן, בקונוהא, דאנזו נותן הוראות לסאי, ומודיע לו כי הוא יצטרף לקבוצת קאקאשי לזמן מה.

קבוצות קאקאשי וגאי מגיעות בחזרה לקונוהא, וקאקאשי מיד נאלץ לשכב בבית החולים בגלל השימוש המרובה שלו במנגקו שארינגאן במשימה. סאקורה מספרת לטסונדה על מה שסאסורי אמר לה לגבי הפגישה שלו עם המרגל שלו אשר נמצא תחת חסותו של אורוצ'ימארו. נשארו אך ורק 6 ימים עד הפגישה איתו, ועל מנת לצאת לדרך, יש לאסוף קבוצה אשר תלך יחד עם נארוטו וסאקורה. נארוטו שומע את השיחה, ומיד יוצא לחפש אחר חברי הצוות הדרושים. בדרך הוא פוגש כמה מהחברים הותיקים שלו, וכאשר מדבר עם צ'וג'י אשר מסכים לעזור, נארוטו יחד עם שיקאמארו וצ'וג'י מותקפים על ידי הבחור המסתורי עליו הם עוד לא יודעים, סאי.

נארוטו שיקאמארו וצ'וג'י מנסים לתפוס את סאי, אך הוא מצליח להמלט. מיד לאחר מכן, אינו מופיע במקום. היועצים של ההוקאגה דואגים לשועל בעל תשעת הזנבות שבתוך נארוטו ולסיכוים של לכידתו על ידי האקאטסוקי. בגלל זה, הם מתגרים הבטסונדה ומתנגדים ושליחתו של נארוטו למשימה. טסונדה מתנגדת לדבריהם, ומבטיחה כי היא תגן עם כל מה שיש לה את כפר העלה הנתסר במידה והאקאטסוקי ישטלתו על השועל. אבל טסונדה בכל זאת נאלצת להכניס לתוך קבוצת קאקאשי את סאי בכדי לספק את דאנזו. בנוסף לכך, טסונדה מצרפת לקבוצה את יאמאטו במקום קאקאשי, ואומרת לו להשגיח היטב על סאי. בסופו של דבר, נארוטו וסאקורה פוגשים את חברי הקבוצה החדשים, ונארוטו מזהה ומתעצבן מיד על סאי.

סאי הופך לחבר זמני בצוות, וממשיך להציק לסאקורה ונארוטו עם ההעלבות שלו, בזמן שיאמאטו לוקח את הפיקוד על הצוות. הקבוצה מוכנה לעזוב. לפני היציאה, סאי נפגש עם חבר באנבו "שורש" של דאנזו, ונמסר לו מידע סודי מדאנזו. בנתיים, סאקורה מנהלת שיחה עם טסונדה. באותו הזמן, יאמאטו הולך לבקר את קאקאשי בבית החולים, ושם פוגש את ג'יראיה, אשר מספר לו על צ'אקרת הקיובי והזנבות אותם הצ'אקרה מרכיבה. בנוסף לכך, הוא מציג בפני כל הנוכחים בבית החולים את הפציעה שעל החזה שלו, אשר נגרמה עקב הופעת הזנב הרביעי. לאחר זמן מה, הקבוצה סוף סוף יוצאת למשימה לפגישת המרגל של סאסורי.

קבוצת קאקאשי החדשה יוצאת לדרך, אך כבר בהתחלה, פורץ ויכוח אלים בין סאי לבין סאקורה ונארוטו בגלל ההעלבות של סאי כלפי סאסקה. יאמאטו מרגיע את השלושה לאחר שמשתמש ביכולת המוקוטון שלו, ויוצר כלוב ענקי מעץ עם הצעה להושיב את השלושה בכלוב עם הם לא יפסיקו לריב, או לבלות בתוך המעיינות החמים הנמצאים בקרבה במקום, אם הם יתנהגו בהתאם. הקבוצה בוחרת באפשרות השנייה, ונרגעת מעט. לאחר הגעתם למעיינות החמים, הקבוצה נהנת מהמעיינות ומארוחת ערב מדהימה.

סאקורה רואה את סאי מצייר, ומגלה כי הוא כישרוני במיוחד, אך לעולם לא נתן לציוריו כותרות או שמות מסוימים. לאחר מכן, הקבוצה יוצאת מהמעיינות החמים, ויוצאת אל עבר גשר גן העדן והאדמה. יאמאטו מחליט לסטות מהדרך בשל החשדות למלכודת, ובלילה מקים מחנה בו יוצר בית גדול על ידי יכולות המוקוטון שלו. בתוך הבית, הקבוצה מתחילה לתכנן תוכנית.

יאמאטו מחלק את הקבוצה לזוגות, ויוצא כי שתי הזוגות הן נארוטו וסאי ויאמאטו וסאקורה. אל מנת לעבוד על עבודה בצוות, יאמאטו מאתגר את נארוטו וסאי, ולאחר שנארוטו עושה טעות ונלכד, סאי עובד לבד בלי לטרוח לשחרר אותו. לאחר שסאי טופס את יאמאטו, נארוטו מתעצבן עליו בשל ההתנהגות שלו בתור לוחם יחיד בלי ההתחשבות בשותפו, מה שנוגד את העבודה בצוות. סאי מגלה לסאקורה כי אין לו רגשות והוא אף פעם לא הבין אותם כל כך. לאחר כל ההתארגנות, הקבוצה יוצאת לגשר הגן עדן והאדמה.

קבוצת קאקאשי החדשה מגיע לגשר גן העדן והאדמה. בעזרת יכולות המוקוטון שלו, יאמאטו מכסה את עצמו בעצים אשר משנים את צורתם להירוקו. לאחר כל ההתארגנות עם הקול וההתנהגות הדומה לשל סאסורי, יאמאטו יוצא אל הגשר. לאחר זמן מה, מופיע הסוכן המסתורי אשר מתגלה בתור יאקושי קאבוטו. קאבוטו מתחיל לדבר עם יאמאטו, אך השיחה שלהם נקטעת בעקבות הופעתו של אורוצ'ימארו אשר ניהל מעקב אחר קאבוטו. קאבוטו קופץ אל עבר יאמאטו, ופתאום מרסק את הירוקו וגורם ליאמאטו לצאת מהבובה. מסתבר שקאבוטו ואורוצ'ימארו הגיעו למקום בכוונה להרוג את סאסורי. יאמאטו קורא לסאקורה, נארוטו וסאי, וכאשר כל השלושה מופיעים על הגשר, הקרב בין קאבוטו ואורוצ'ימארו לבין קבוצת קאקאשי החדשה מתחיל.

מיד לאחר שנארוטו יצא ממחבואו, הוא מתחיל להתעצבן על אורוצ'ימארו ולהזכר בסאסקה, מה שגורם לו לשחרר את צ'אקרת השועל בעל תשעת הזנבות. אורוצ'ימארו מעצבן את נארוטו אפילו יותר עם דיבוריו על סאסקה, מה שגורם לו לנארוטו לשחרר את הזנב השלישי. מתגלה שיאמאטו הוא בעצם שפן הנסיונות של אורוצ'ימארו, והשיג את יכולות המוקוטון מהגנים של הראשון בניסוי שלו.

נארוטו ממשיך להשתגע וחוסם בקלות את ההתקפה של קאבוטו בכך שמעיף אותו על סאקורה. כאשר קאבוטו מתנגש בסאקורה, היא מאבדת את הכרתה. נארוטו מתחיל להרוס את גשר גן העדן והאדמה בזמן שאורוצ'ימארו צופה במהלכיו ומתמודד נגד כוחו. סאי יוצר ציפור ועף עליה אל אורוצ'ימארו ונארוטו אשר הספיקו להתרחק מעט מהמקום. סאקורה מתחילה להחליק מהגשר שקורס, אך סאי מעדיף לטוס אל הקרב בין נארוטו לאורוצ'ימארו מאשר להציל אותה. ברגע האחרון, יאמאטו משתמש ביכולות מוקוטון שלו בכדי לטפוס אותה באוויר כמה מטרים מעל האדמה. אחרי הצלת סאקורה, יאמאטו יוצר העתק מעץ אשר הולך לבדוק את העניינים בקרב של נארוטו נגד אורוצ'ימארו. בנתיים, נארוטו נלחם נגד אורוצ'ימארו והזנב הרביעי יוצא מתוכו, מה שהופך אותו לגרסה קטנה יותר של קיובי.

הקרב בין נארוטו לבין אורוצ'ימארו ממשיך. נארוטו במצב ארבע זנבות הרסני ביותר, ומשמיד את כל מה שיש מסביבו, מה שלא מאפשר לסאי וליאמאטו להתקרב לשדה הקרב. אך אורוצ'ימארו לא מוותר, וממשיך להתקיף, למרות שנארוטו מצליח להתגונן מכל ההתקפות שלו. לאחר זמן מה, אורוצ'ימארו סוף סוף מצליח לפגוע בנארוטו עם חרב הקוסאנאגי שלו, ולהעיף אותו הרחק מהמקום, איפה שיאמאטו וסאקורה נמצאים. סאקורה מוחרדת ביותר כאשר רואה את נארוטו במצבו הנוכחי.

נארוטו מפנה את תשומת הלב אל סאקורה לאחר שהיא מתחילה לבכות ולרוץ אל הכיוון שלו. בלי היכולת לזהות מישהו, נארוטו תוקף אותה כאילו היא אויב, ופוצע אותה בידה. יאמאטו משתמש ביכולות המוקוטון שלו בכדי ללכוד את נארוטו לפני שהוא יבצע עוד נזק. קאבוטו מתקרב אל סאקורה ומתחיל לרפא אותה ואומר כי השינובי מקונוהא הם לא האויבים שלהם בגלל שגם הם רוצים לחסל את האקאטסוקי. לאחר זמן מה, קאבוטו מסתלק ויאמאטו מחזיר בכוח את נארוטו ממצבו על ידי הטכניקה של ההוקאגה הראשון. בנתיים, סאי ואורוצ'ימארו מדברים אחד עם השני וסאי מחליט להעביר לאורוצ'ימארו את ההודעה הסודית של דאנזו.

יאמאטו משלים את הטכניקה ומחזיר את נארוטו למצבו הקודם. נארוטו מביט מסביב ורואה את כל הנזק שנגרם על ידו, ומתעניין מה קרה. סאקורה מחליטה שלא לספר את האמת, ואף אומרת כי הפצע שנגרם לה נעשה על ידי אורוצ'ימארו. סאי מוסר לאורוצ'ימארו את ההודעה של דאנזו, ולאחר מכן יחד עם קאבוטו ואורוצ'ימארו עוזב. אך ההעתק של יאמאטו רואה את המתרחש מאחורי עץ שנמצא בקרבה ולאחר שרואה את סאי עוזב יחד עם אורוצ'ימארו קאבוטו, מחליט לעקוב אחריהם. בנתיים, קבוצת קאקאשי החדשה ללא סאי מגיע אל שדה הקרב בו נארוטו נלחם נגד אורוצ'ימארו, ומוצאים את אלבום התמונות של סאי. יאמאטו מסיק כי מטרתו של דאנזו היא להרוס את קונוהא, ולבנות קונוהא חדשה על ההריסות של הישנה.

קאבוטו יוצר גופה מזויפת של סאי בכדי לבלבל את ההעתק של יאמאטו אשר רודף אחריהם. בנתיים, קבוצת קאקאשי נעצרת לנוח בשל העייפות של נארוטו בגלל שימושו הרב בצ'אקרת הקיובי, והפציעה של סאקורה. הקבוצה מתחילה לתכנן תוכנית, ובמהלך התכנון, יאמאטו לוקח את נארוטו הצידה ומספר את מה שבאמת קרה, ושבעצם נארוטו הוא זה שפצע את סאקורה. דבריו של יאמאטו הדהימו מאוד את נארוטו.

קונוהא היא בית ספר תיכון, שם לומדים כולם כמו תלמידים רגילים, עם בגרויות ומבחנים. אך תלמיד חדש מגיע לבית ספר והלא הוא אוזומאקי נארוטו, ונארוטו רוצה לשלוט בכל הכנופיות.

נארוטו מתחיל להבין את הסיבה להרס של הסביבה, ויאמאטו אומר לו להפסיק להסתמך על הצ'אקרה של השד שבתוכו, מכיוון שנארוטו מספיק חזק בלעדיו. בנתיים, סאי מגלה כי איבד את אלבום התמונות שלו. קבוצת קאקאשי פותחת את האלבום ומגלה כי האלבום מחולק לשני חלקים בהם מאויירים שני ילדים אשר נלחמים נגד יריב מסוים, ודף לאחר מכן הם נלחמים נגד יריב אחר אך כבר יחד עם הבגדים והנשק של הלוחם מהעמוד הקודם. בסופו של דבר, היה צריך לצאת כי שני הילדים ילחמו אחד נגד השני, אך שני העמודים האמצעיים בהם זה היה אמור להיות מתואר, היו ריקים. באותו הזמן, אורוצ'ימארו, קאבוטו וסאי מגיעים אל המחבוא של אורוצ'ימארו. שם, סאי רואה צללית של בן אדם אשר מתגלה בתור אוצ'יהא סאסקה.

לאחר ההיכרות הקטנה עם אוצ'יהא סאסקה, סאי נכלא על ידו בתוך גנג'וטסו מחריד לכמה רגעים מה שגורם לו לאבד את הרוגע למשך כמה שניות. קאבוטו מציץ בתוך המעטפה אותה סאי נתן לאורוצ'ימארו ומגלה כי מה שסאי נתן הוא המידע על האנבו של קונוהא, אשר נמצאים תחת פיקודה של ההוקאגה. לאחר מכן, קאבוטו מוביל את סאי לתוך חדרו, ונועל אותו שם. אחרי שקאבוטו נעל את סאי ועזב את המקום, סאי זימן בזכות מגילה שהייתה בתיק שלו ספר בינגו. בנתיים, קבוצת קאקאשי התקרבו למחבואו של אורוצ'ימארו, ויאמאטו נתן לכל אחד מחברי הצוות זרע קטן אותו הם בלעו. זרע זה מאפשר ליאמאטו לאתר את חברי הצוות אם הם ירכזו מעט צ'אקרה. מסתבר שיאמאטו עשה את אותו הטריק עם סאי, כאשר הכניס לתוך בגדיו והאוכל שלו זרעים מסוג זה. לאחר מכן, יאמאטו יצר חור בתוך האדמה, והקבוצה נכנסה לתוך המחבוא בהצלחה ובשקט.

קבוצת קאקאשי אשר פרצה לתוך מחבואו של אורוצ'ימארו מגיע אל חדרו של סאי, בזמן שקאבוטו גם כן פונה לעברו. לאחר שיאמאטו פותח את החדר, סאי נאלץ לספר כי סייע לדאנזו בהשמדת קונוהא בברית עם אורוצ'ימארו ועבד בתור מרגל נגד אורוצ'ימארו. בנוסף לכך, סאי סיפר על הקשר שלו עם אחיו שמת, ונארוטו מספר על הקשרים שלו עם סאסקה, ועד כמה הוא חשוב לו. לאחר השיחות הללו, כל הקבוצה יוצאת מתוך המחבוא של אורוצ'ימארו ומשאירה את סאי קשור תחת ההשגחת ההעתק של יאמאטו.

אחרי שקאבוטו הגיע לחדרו של סאי ולא מצא שם אף אחד, הוא יוצא מהמחבוא של אורוצ'ימארו ומשחרר את סאי. סאי, אשר שינה מעט את השקפת העולם שלו בעקבות השיחה שלו על קשרים עם נארוטו, ובוגד בקאבוטו בכך שלוכד אותו. קאבוטו הלכוד מספר לקבוצת קאקאשי על מיקומו של סאסקה, והם משאירים אותו קשור תחת השגחתו של ההעתק של יאמאטו. בנתיים, קבוצת קאקאשי נכנסת למחבוא ומתפצלת לפי הזוגות שיאמאטו קבע לפני המשימה על מנת למצוא את סאסקה.

קבוצת קאקאשי ממשיכה לחפש אחר סאסקה. נארוטו שואף מאוד למצוא את סאסקה, ומתאמץ יותר מדי, מה שגורם לו להתעלף בגלל העייפתו מהקרב נגד אורוצ'ימארו. כאשר הוא מתעורר, הוא מתחיל לדבר עם סאי, וסאי מגלה לו יותר על אחיו. אך בדיוק באמצע השיחה, מופיע אורוצ'ימארו ומתחיל להלחם נגד נארוטו, בזמן שסאי הסתלק בכדי להמשיך לחפש את סאסקה. סאקורה ויאמאטו מגיעים לעזור לנארוטו בקרב, אך אורוצ'ימארו מחליט לסגת. סאי ממשיך לחפש וסוף סוף מוצא את סאסקה. בנתיים, יאמאטו מוצא את ספר הבינגו של סאי ורואה בתוכו את סאסקה, אשר נמצא ברשימת המטרות לרצח.

סאי נכנס לחדרו של סאסקה ומתחיל לדבר איתו על קשרים. סאסקה לא נרגש במיוחד מהנאום הקטן של סאי, וכמה רגעים אחרי שסאי מסיים לדבר, נשמע פיצוץ ענקי מהחדר שלו. נארוטו יאמאטו וסאקורה ממהירים למקום. בהתחלה, סאקורה תופסת את סאי ומתחילה לאיים עליו בשל ה"שקרים" שלו אליהם, אך רגע לאחר מכן, היא קופאת במקום לאחר שראתה את סאסקה. נארוטו, אשר מגיע כמה רגעים לאחר מכן מביט בסאסקה ותדהמה כאשר סאסקה מביט על כל קבוצת קאקאשי ברוגע וחוסר איכפתיות. סאי מגלה כי המשימה שלו באמת הייתה לרצוח את סאסקה, אך הוא שינה את הגישה שלו, ועכשיו הוא רוצה להחזיר את סאסקה לכפר.

סאסקה מתחיל לתקוף את נארוטו, אך נעצר על ידי סאי. למרות שנארוטו וסאי תופסים את סאסקה, הם עפים כמה רגעים לאחר מכן ממנו על ידי הכוח של צ'ידורי נאגאשי. יאמאטו עושה נסיון לתקוף את סאסקה, אך הוא נעצר על ידי חרבו של סאסקה, אליה הוא מזרים את צ'אקרת הברק שלו. נארוטו מתחיל להוציא את צ'אקרה קיובי, אך לאחר שהבין שזה קורה, הוא מנסה לדחות אותו. סאסקה, אשר מצליח להכנס לתוך התודעה של נארוטו בעזרת השארינגאן שלו מתחיל לנהל שיחה עם הקיובי.

אורוצ'ימארו, קאבוטו וסאסקה עוזבים את המקום, ונארוטו מתחיל לבכות על הכישלון השני שלו להחזיר את סאסקה. סאקורה מנסה לעודד את נארוטו, אך היא בעצמה צריכה עידוד, כי גם היא חשה את הכישלון. קבוצת קאקאשי חוזרת לקונוהא ומדווחת על תוצאות המשימה לטסונדה. לאחר הדיווח, סאי ניגש לדאנזו ומבקש ממנו להישאר בקבוצת קאקאשי. דאנזו מסכים באי רצון, ואחר כך מזהיר כי רגשות לא מובילות לשום דבר טוב. סאי עוזב לביתו ומצייר את הציור הראשון בעל הכותרת, בה מתוארת קבוצת קאקאשי אשר יוצאת למשימה חדשה. הכותרת של הציור היא "חברים".

בלילה, נארוטו סבל מסיוטים על השחרור של בעל תשעת הזנבות מתוכו. למחרת, קבוצת קאקאשי הלכה לבקר את קאקאשי בבית החולים, בו קאקאשי התחיל לספר לנארוטו על אימוניו החדשים, אך נקטע על ידי קבוצה 10, אשר נכנסה לתא. לאחר הביקור, שתי הקבוצות הלכו למסעדה. שם, סאי ניסה להכיר יותר אנשים על ידי השימוש בכינוים, והרגיז את סאקורה לאחר שקרא לאינו "יפה" כאשר הסיק שנשים לא אוהבות כאשר אומרים עליהן את מה שהן באמת.

קאקאשי משתחרר מבית החולים, והאימונים החדשים של נארוטו מתחילים. נארוטו מגלה כי הצ'אקרה שלו בעלת האלמנט "רוח". בנוסף לכך, הוא מגלה כי בעזרת העתקי הצל שלו, נארוטו יכול ללמוד יותר מהר, כי כאשר ההעתקים נעלמים, כל המידע שהם קיבלו עובר אל המקור. וכך, האימונים של נארוטו מתחילים בשלב הראשון, בו הוא צריך לחתוך עלה בעזרת צ'אקרת הרוח שלו.

אימוניו של נארוטו ממשיכים, והוא ממשיך לחתוך עלים בעזרת צ'אקרת הרוח שלו. לאחר כמה זמן, נארוטו החליט לבקש עצה מאסומה, אשר גם כן משתמש בצ'אקרת רוח. לאחר ששמע את העצה, נארוטו הצליח לחתוך את העלה לחצי והשלים את השלב הראשון. בנתיים, יאמאטו ואסומה הולכים למשימה החדשה שלהם. מתגלה כי אסומה הוא בנו של ההוקאגה השלישי, ובעל מערכת יחסים עם יוהי קורנאי. באותו הזמן, ארבע צלליות של אנשים אשר עמדו ליד קונוהא ניהלו דיון על השיפור של ארץ האש על ידי השמדת קונוהא.

פילר - נארוטו, סאקורה, יאמאטו וסאי יוצאים למשימתם החדשה אל מקדש האש. הם עוצרים במקום המפגש ומחכים לקבוצה השנייה שתופיע אך לאחר שזה לא קורה, הם מתפצלים ונארוטו מגיע אל אחד מארבעת הקברים אותם הם באו להגן. שם הוא פוגש נזיר ממקדש האש, ומתחיל להלחם נגדו בעקבות אי הבנה משני הצדדים. סורה משתמש גם הוא בצ'אקרה הרוח בטכניקות שלו. אחרי שהאי הבנה נגמרת, קבוצת קאקאשי והנזירים יוצאים אל עבר מקדש האש. נארוטו נזכר כי ראה את זה בסיוט שלו.

פילר - הנזירים של מקדש האש מסבירים כי ארבעת הקברים מכילים בתוכם את שומרי הראש של הלורד של ארץ האש לשעבר. בנתיים, נארוטו צופה בסורה, אשר נלחם נגד נזירים אחרים, ומתעצבן לראות כי הוא לא משתמש במלוא כוחו. נארוטו מאתגר את סורה, והקרב בינהם מתחיל. בשיא הקרב, אחד הנזירים עוצר אותם. באותו הרגע, נארוטו רואה את השנאה של הנזירים כלפי סורה, ומרגיש כי סורה דומה לו. בגלל זה, הוא רוצה להתחבר אליו. לאחר זמן מה, נארוטו מבקר את סורה ורואה את אימוניו על אלמנט הרוח. סורה מנסה להפוך לחזק יותר בכדי לנקום את מות אביו. מאוחר יותר, מתגלה כי קבר נוסף נשדד.

פילר - טסונדה חושדת כי דאנזו מתכנן משהו רע, ונותנת את הפקודה להשגיח עליו. בנתיים, בפני קבוצת קאקאשי יחד עם סורה וצ'יריקו מופיעים ארונות קבורה אשר זזים בעצמם. לאחר שהקבוצה רודפת אחריהם, הארונות בפתאומיות נכנסות למתחת לאדמה. הארונות יוצאות מתוך האדמה הרחק מהקבוצה ליד המנהיג של שינובי האויב. המנהיג אומר לחברי הקבוצה שלו לטפל בקבוצת קאקאשי יחד עם סורה וצ'יריקו. לאחר מכן, חברי הקבוצה יוצרים שדה מלא בהרים וגבעות מאבן, המלאים במלכודות מסוכנות. בתוך השדה הזה, קבוצת קאקאשי יחד עם סורה אשר נלכדו בתוכו מוצאים את עצמם מפוצלים ונלחמים נגד שינובי האויב. יאמאטו מסיק כי גניבת הארונות הייתה טכסיס בכדי למשוך את אחד מחברי הקבוצה שלו וללכוד אותו.

פילר - קבוצת קאקאשי מתחילה את הקרב נגד השינובים האויבים. נארוטו נלחם נגד פוקה אשר יכולה להרוג על ידי הנשיקה שלה ובעלת שליטה מצוינת באלמנטים אדמה, מים, ברק ואש. יאמאטו מצליח להתחמק מהיריב שלו- פודו, בכך שמזייף את מותו. סאי גם כן מצליח לעבוד ולברוח מיריבתו- פואן, ומציל את סאקורה מעכביש גדול, מה שגורם לו להפצע. סורה נפגש עם מנהיג החבורה- פורידו. לאחר שיחה קטנה בינהם, סורה מגלה כי הוא המטרה של השינובי האויבים.

פילר - פורידו וסורה מתחילים להלחם, עד שסורה מתחיל להשתמש ביכולתיו האמיתיות. נארוטו ממשיך את הקרב שלו נגד פוקה ומגלה שהיא יכולה לשלוט בכל חמשת האלמנטים. פוקה מצליחה לנשק את נארוטו, ומתחילה לשאוב את הצ'אקרה שלו. סורה, אשר הרגיש שנארוטו בצרה הפסיק את הקרב ומיהר אל נארוטו. יאמאטו וסאקורה מיהרו אליו גם כן, אך הם נעצרו על ידי פודו ופואן. פוקה שואבת את הצ'אקרה של נארוטו ובתהליך, היא טועמת מעט מצ'אקרה הקיובי, מה שמנתק את הנשיקה ומפסיק את השאיבה. לאחר הגעתו של צ'יריקו יחד עם תגבורת של נזירים, קבוצת האויב עוזבת.

פילר - אסומה חוזר ממשימתו, כאשר גילה כי הרבה כפרים הותקפו על ידי משהו הדומה לכפר אחר. קבוצת קאקאשי יחד עם סורה גם כן חוזרת לקונוהא, וסורה מיד בורח מהקבוצה. זמן מה לאחר הבריחה, סורה פוגש את קיבה ואת צ'יוג'י ומתעמת איתם. לאחר מכן, גם נארוטו ורוק לי הצטרפו לקרב. מיד לאחר מכן, אסומה ושיקאמארו עוצרים את הקרב וכולם הולכים לבארביקיו. שם, אסומה סיפר כי הכיר את אביו של סורה ואמר כי השתייך לקבוצת שניים עשר השינובי המגנים. בנוסף לכך, הוא מראה לסורה את התקפת הלהב השחור שלו. בנתיים, פורידו וגופה חטופה נוספת הולכים להתקיף את שבט הקוהאקו.

פילר - אסומה מתחיל לאמן את סורה ואת נארוטו באימוני צ'אקרת הרוח, ושם לב כי לסורה, בדיוק כמו לנארוטו, יש צ'אקרה חזקה במיוחד. בנתיים, צ'יריקו מספר לטסונדה וליאמאטו כי סורה היה אחראי על התקרית בה מקדש האש נחרב. באותו הזמן, אסומה נותן לסורה טופר חדש אשר עשוי מאותו החומר ממנו עשויים האגרופנים של אסומה. לאחר מכן, אסומה נזכר בתקרית בה נאלץ להרוג את קאזומה, אביו של סורה, בגלל שהוא התנקש על חייו של ההוקאגה. מאוחר יותר, סורה פוגש את פורידו אשר מספר לו את האמת על מותו של קאזומה ונותן לו שני כלי ה"מלך" מהמשחק "שוגי". מאוחר יותר, נארוטו רואה את סורה המעוצבן מוציא את העצבים שלו על אימוניו, בהם הוא מרכז צ'אקרה לתוך הקונאים שלו ועל ידי הזריקה של הקונאים הללו חודר דרך העץ ומשמיד את האבן שמאחוריו לגמרי. בנתיים, מתגלה כי דאנזו נעלם.

פילר - דאנזו נתפס בשיחה עם שינובי מכפר הגשם הנסתר והובא לחקירה בה מתגלה ששינובי הגשם היה מרגל של דאנזו. סורה, אשר הגיע לחדר החקירה בטעות ותהחבא שם, שמע את השיחה בה נודע כי הכפרים שנפגעו, סבלו בגלל שמישהו חיפש את סורה. האנשים שנכחו דרשו מטסונדה להפטר מסורה, ובדיוק כאשר טסונדה רצתה לסרב, סורה יצא ממחבואו. הוא שאל את אסומה, אשר גם כן היה נוכח, האם הוא באמת הרג את אביו ואסומה אמר שכן. סורה התעצבן והתחיל להתקיף את אסומה. לאחר זמן מה, אסומה וסורה אשר כבר התחילו בקרב יצאו החוצה ושם סורה הותקף על ידי אנבו מה"שורש" אך נארוטו הגיע בדיוק בזמן בכדי להגן על סורה מההתקפה. לאחר מכן, סורה ברח מהמקום ופגש את פורידו, אשר שיכנע אותו להרוג את ההוקאגה ואת אסומה. סורה ניסה להתנקש על טסונדה, אך ההתקפה שלו נעצרה על ידי נארוטו. סורה נסוג, ובדיוק ברגע הזה, ברק מוזר מכה בקונוהא ומנטרל את ספק הכוח של הכפר.

פילר - בעקבות הברק שפגע בספק הכוח, קונוהא מתכסה בחשיכה. טסונדה מודיע על מצב חרום ושולחת את אסומה אחרי סורה. בנתיים, נודע כי ארבעת השינובי האויבים מתכוונים להשמיד את קונוהא בעזרת ג'וטסו ברק עוצמתי אשר אותו הם יבצעו על ידי הגופות אותן הן גנבו מארונות הקבורה. אסומה, אשר מגלה את המטרה מספר אותה לסורה, מה שמזעזע את סורה. אסומה עוזב את סורה ואומר לנארוטו להמשיך לעקוב אחר סורה, בנתיים כשהוא ילך להגן על קונוהא. בנתיים, ארבעת השינובי האויבים יוצרים צבא שלם של זומבים משבט הקוהאקו.

פילר - השינובי של קונוהא מתחילים להילחם נגד חברי שבט הקוהאקו. בנתיים, ארבעת השינובי מתוך שניים עשר המגנים: סאיטו, טוו, נאומה וקיטאנה קמים לתחייה והולכים לעמדותיהם בכדי להפעיל את ג'וטסו הברק העוצמתי בשם "אורות הבמה". אסומה, סאקורה ויאמאטו מנסים לעצור את השינובי הללו, אך נעצרים על ידי השינובי האויבים ונאלצים להלחם בהם. יאמאטו נלחם נגד פודו, סאקורה נגד פואן, ויאמאטו נלחם נגד אחד השינובי שקמו לתחייה- קיטאנה. באותו הזמן, נארוטו ממשיך לרדוף אחר סורה, אך נעצר ומתחיל להלחם נגד פוקה אשר מופיע בפניו. מאוחר יותר, סורה מגיע אל פורידו אשר מגלה לו את כוונתו להרוס את קונוהא.

סורה לא מסכים עם כוונתו של פורידו, למרות השנאה שלו לאסומה וההוקאגה. הוא מתחיל להלחם נגדו, למרות שזמן מה לאחר תחילת הקרב, הוא מתחיל להפסיק. פורידו טוען כי לאביו של סורה הייתה אותה המטרה. בנתיים, אסומה נכלא בתוך שדה חשמלי על ידי קיטאנה. באותו הזמן, יאמאטו וסאקורה מנצחים ומביסים את אויביהם, מה שגורם לטכניקת הזומבים משבט קוהאקו להפסיק לעבוד בדיוק כאשר שיקאמארו מגיע לשדה הקרב עם תוכנית לחסלם.

פילר - נארוטו ממשיך להלחם נגד פוקה ומגלה את הסוד שלה. פוקה בעצם מחליפה גופות כאשר היא משתמשת בחמשת האלמנטים, והשיער שלה הוא זה ששומר על הצעירות של הגוף שלה. לאחר שהבין את זה, נארוטו פוצע את שיערה וגורם לגופה להיעלם, ולאחר מכן, גומר את הקרב עם הראסנגאן. בנתיים, אסומה משתחרר משדה החשמלי, ומגיע אל קיטאנה, אותו מנצח בקרב קצר. פורידו מגלה על תבוסתו של קיטאנה, וגורם לשאר שלושת הגופות להיעלם בגלל שללא קיטאנה, ג'וטסו "אורות הבמה" לא יעבוד יותר. אך כוונתו של פורידו נשארת יציבה בגלל תוכנית ב'- השימוש בסורה.

פורידו מספר לסורה על היותו פסבדו-שד ומשחרר את החותם שלו, מה שגורם לסורה לשחרר את צ'אקרה הקיובי המזויף שלו. בדיוק אז, מגיעים לשם נארוטו, אסומה, יאמאטו, סאקורה, רוק לי, קיבה, שיקאמארו אינו וצ'וג'י. אסומה מזהה בפורידו את אביו של סורה: קאזומה. בנתיים, כל הקבוצה שהגיעה מנסה לעצור את סורה, אך הכוח של השד חזק מדי, וסורה משחרר את זנבו השלישי.

פילר - סורה ממשיך להשתגע ולמנוע מנארוטו והאחרים לעצור אותו. אסומה וקאזומה מתחילים להלחם אחד נגד השני. בנתיים, חלק מהצ'אקרה שלו סורה נדבקת אל נארוטו, ונגד רצונו, הצ'אקרה האדומה מתחילה לזרום ולהשתלט גם על נארוטו. יאמאטו מנסה לדחות את הצ'אקרה מנארוטו, אך ללא הצלחה. הצ'אקרה האדומה לא נובעת מהשד בתוך נארוטו אלא ממקור אחר שהוא כנראה הפסבדו-שד של סורה, שאותו יאמאטו לא יכול לעצור מפני שסורה לא לובש את השרשרת של ההוקאגה הראשון. סורה מתחיל לשנות את צורתו ולהוציא את הזנב הרביעי בזמן שנארוטו מתנגד לצ'אקרת קיובי העוטפת אותו ומצליח לדחות אותה.

פילר - הקרב בין נארוטו לסורה ממשיך. אסומה וקאזומה גם כן ממשיכים להלחם, אך אחרי זמן מה, אסומה מנצח והורג אותו. באותו הזמן, נארוטו סוף סוף מצליח לתקשר עם סורה ולהוציא אותו מהמצב אליו הוא נכנס, ואף לסלק את הפסבדו-שד מתוך סורה לצמיתות. מאוחר יותר, כאשר כולם חזרו לקונוהא, סורה מחליט לטייל בעולם ונפרד מנארוטו והאחרים. בנתיים, שיקאמארו ואסומה משחקים בשוגי ודנים על אישיותו של המלך. בסוף הפרק, מתגלים שני חברי אקאטסוקי חדשים ושמם "הידאן ו"קאקוזו".

אסומה עומד בפני הקבר של ההוקאגה השלישי ומצטער על אי הבנתו לגבי ה-"מלך" של ארץ האש. בנתיים, סאי ונארוטו נכים בבית החולים למרות הרצון הרב של נארוטו להמשיך באימוניו. באותו הזמן, הידאן ןקאקוזו מתחילים להלחם נגד יוגיטו ני אשר משחררת את בעלת שתי הזנבות אך מובסת על ידי השניים. לאחר הקרב, מתגלה כי המטרה הבאה של הזוג החדש היא ארץ האש.

נארוטו משתחרר מבית החולים ומתחיל בשלב השני של אימוניו- לחתוך מפל מים. בנתיים, הידאן וקאקוזו מגיעים למקדש האש בו נלחמים נגד צ'יריקו בכדי לקבל עליו פרס, ולאחר ניצחונם, הם מתכוונים לקבל את הפרס על גופתו של צ'יריקו ואז ללכת אל בעל תשעת הזנבות בכדי ללכוד אותו.

נארוטו ממשיך את אימוניו בשלב השני, ולאחר זמן מה, משלים אותו. מיד אחרי זה, הוא מתעלף מעייפות ורעב. בנתיים, טסונדה שולחת עשרים גדודים כדי שיטפלו באקאטסוקי שפלשו לתוך ארץ האש. שיקאמארו, אסומה, איזומו וקוטטסו נכנסו לאותה הקבוצה, בזמן שאינו, צ'וג'י, אובה וראידו- לקבוצה אחרת.

קבוצת אסומה מגיעה למקדש האש ומגלה על מותו של צ'יריקו. בנוסף לכך, היא מגלה כי המטרה של האקאטסוקי ברצח צ'יריקו הייתה לקבל פרס עליו, ולאחר שהקבוצה בדקה את נקודות המפגשים בהם נותנים את הגופה ותמורתה את הפרס, הקבוצה שולחת את המידע לקבוצות האחרות ובעצמה הולכת אל אחת הנקודות הקרובות. בנתיים, קאקאשי מתחיל להסביר לגבי השלב הבא של אימוניו של נארוטו, ומראה את שליטתו בראסנגאן. באותו הזמן, ההידאן וקאקוזו מגיעים לנקודת המפגש.

קאקאשי טוען כי לראסנגאן שיצר הוא לא יכול להכניס צ'אקרת ברק, ואף ההוקאגה הרביעי, ממציא הג'וטסו, לא הצליח לעשות זאת. בנתיים, הידאן יוצא מנקודת המפגש, וקאקוזו, אשר מוסר את הגופה אומר כי הוא השותף של הידאן בגלל שהוא היחידי אותו הוא לא יכול להרוג. באותו הזמן, נארוטו מתחיל באימוני השלב השלישי, אך שלב זה קשה יותר מהקודמים וגורם לנארוטו לשחרר את צ'אקרת קיובי, אשר נדחת בנתיים בהצלחה על ידי יאמאטו.

הצוות של אסומה מגיע לנקודת המפגש בא נמצאים הידאן וקאקוזו ואיזומו וקוטטסו תוקפים את הידאן. לאחר שהשניים דקרו את הידאן באופן קטלני, הוא בכל זאת לא מת ואף מסוגל לזוז. חברי הצוות לא מבינים מה קורה, ואסומה אומר כי היריב חזק ובעל יכולות מדהימות, מה שלא יאפשר להם לסגת ומצריך אותם להלחם. הקרב בין קבוצת אסומה להידאן מתחיל. אסומה תוקף את הידאן מקרוב כאשר שיקאמארו מנסה לטפוס אותו על ידי הצל שלו. לאחר זמן מה, אסומה נשרט בלחי, והידאן נכנס לתוך המעגל אותו צייר על האדמה. באותו הרגע, אסומה משחרר ענן של פיח אל הידאן, ולאחר מכן, מפוצץ אותו.

ג'וטסו האש של אסומה מכה את היידן, אך להפתעת הצוות, גם אסומה נשרף. היידן מגלה את יכולתו: על ידי נטילת דמו של יריב ועמידה במעגל פולחן מצויר בדם, "הקללה" קושרת אותו ליריבו וכל הנזק שנגרם לו נגרם גם הוא ליריב. אסומה ממהר לעבר היידן אך מתמוטט לאחר שהיידן דוקר את עצמו ברגלו. שקאמארו מבין שהיידן צריך להיות במעגל כדי שהקללה תיכנס לתוקף, ומשתמש בג'וטסו שבידיו צל להחזיק את היידן לצאת ממנו. אסומה מאלץ את עצמו לקום ולערער את היידן המאופק.

לאחר שראשו נכרת, להפתעתם הרבה של קבוצת אסומה, הידאן נשאר בחיים, למרות שהוא לא יכול להזיז את גופו. קאקוזו, אשר נמצא בסביבה מחבר בחזרה את ראשו של הידאן בעזרת החוטים שיש לו בגוף. איזומו וקוטטסו מנסים לתקוף את קאקוזו, אך הוא לוכד אותם ומתחיל לחנוק אותם בעזרת ידיו. בנתיים, הידאן חוזר אל תוך המעגל שלו ודוקר את עצמו בחזה, מה שגורם לאסומה להיפצע באופן קטלני.

אסומה מתעלף לאחר קבלת הפציעה הקטלנית. זמן לא רב לאחר מכן, צ'וג'י, אינו, אובה וראידו מגיעים בתור תגבורת. הם לא מצליחים להביס את האקאטסוקי, אך למזלם, הידאן וקאקוזו נסוגים בעקבות פקודותיו של מנהיג האקאטסוקי. בנתיים, אסומה נותן את עצותיו האחרונות לתלמידיו, ומגלה לשיקאמארו באוזן על אישיותו של ה-"מלך" של קונוהא, עליו צריך להגן.

לאחר נסיונות רבים שנגמרו בכישלון, נארוטו מבין שהוא צריך להשתמש בשני העתקים נוספים בכדי לשלב עם הראסנגאן שלו את האלמנט "רוח". בדיוק כאשר קלט את זה, הוא מגלה על החדשות לגבי המוות של אסומה. בנתיים, האקאטסוקי מתחילים בהחתמת השד בעל שני הזנבות, ומנהיג האקאטסוקי מגלה את התוכנית שלו לגבי ההשתלטות על העולם.

מתבצעת הלוויה לאסומה, אך שיקאמארו לא מופיע בה, ומעדיף לטייל בכפר. לאחר מכן, הוא משחק עם אביו בשוגי ומראה במשחק זה רגשות סוערים בגלל מותו של המורה שלו. לאחר מכן, שיקאמארו גובר על העצב ומתחיל לתכנן תוכנית להבסת הידאן וקאקוזו במטרה לנקום. כאשר קבוצה 10 מוכנה לצאת אחרי שני האקאטסוקי, טסונדה עוצרת אותם וטוענת שזאת טיפשות, ושהם לא יכולים לצאת להלחם נגד האקאטסוקי לבדם. בדיוק אז, מופיע קאקאשי ומציע את עצמו בתור הקפטן של הקבוצה. לטסונדה אין שום ברירה אלא להסכים, וקבוצה 10 יוצאת לדרך.

טסונדה אומרת לסאקורה שקבוצה 7 תשמש כתגבורת לקבוצה 10 אם נארוטו יסיים את אימוניו תוך 24 השעות הקרובות. בנתיים, שיקאמארו מספר לקבוצתו על התוכנית אותה תיכנן, ולאחר מכן, הם מוצאים את הידאן וקאקוזו ויוצאים לדרך. לאחר שהזוג נמצא, שיקאמארו מצליח ללכוד את שניהם על ידי האגרופנים של אסומה אותם ירש, בהם ספוגה הצ'אקרה שלו ודרכם מתבצע הג'וטסו שלו. אז, שיקאמארו משתמש בהידאן בכדי לתקוף את קאקוזו, אך קאקוזו מצליח לנטרל את הג'וטסו של האגרופן בזכות ידו, אותה הכניס למתחת לאדמה לפני שנלכד. אך שמחתו של קאקוזו לא נמשכה הרבה זמן, והוא הותקף על ידי צ'וג'י מלמעלה.

ההתקפה של צ'וג'י לא גורמת לקאקוזו שום נזק בעקבות שימושו בג'וטסו אדמה אשר על ידו הוא מצליח להקשיח את עורו. אך מיד לאחר השימוש בג'וטסו זה, הוא מותקף על ידי הראיקירי של קאקאשי, אשר חודרת לתוכו ישר דרך הלב. למרות זאת, קאקוזו מצליח לשרוד ואף ממשיך להלחם. מאוחר יותר, הוא חושף ארבעה גופים בעלי מסכות, ואחד מהם מת בעקבות הראיקירי של קאקאשי. לאחר מכן, קאקוזו משתמש במסכות אלו בכדי לתקוף את קבוצה 10 בטכניקות רוח, ברק ואש.

שיקאמארו מבין שלקאקוזו יש חמש לבבות ברשותו, והן נמצאות בתוך הגופים בעלי המסיכות. כאשר הלב של קאקוזו נפגע מהראיקירי, אחת הלבבות הללו הושמדה, וזה נראה לאחר שקאקוזו הוציא את מסיכותיו מגופו. מה שאומר שבכדי להרוג את קאקוזו, צריך להרוג אותו חמש פעמים. לאחר ששיקאמארו רואה כי זה בלתי אפשרי להלחם נגד הידאן וקאקוזו ביחד, הוא לוכד את הידאן על ידי צילו ומוביל אותו הרחק משופתו אל תוך היער. לאחר מכן, קאקוזו משלב את מסיכות האש ורוח ומתכונן להשיג את הלב של קאקאשי במקום הלב אותו קאקאשי השמיד. בנתיים, הידאן משיג את דמו של שיקאמארו ומצייר על האדמה את המעגל, אליו נכנס מיד לאחר מכן.

הידאן דוקר את עצמו בלב, אך שיקאמארו לא מת. במקומו, קאקוזו נפצע רגע לפני שלקח את ליבו של קאקאשי. מסתבר, שכאשר קאקאשי פגע בקאקוזו עם הראיקירי, הוא הצליח להשיג ממנו מעט דם, אותו הכניס לתוך קאפסולה. לאחר מכן, הוא נתן את הקאפסולה לשיקאמארו, ורגע לפני שהידאן פגע בשיקאמארו בכדי להשיג את דמו, שיקאמארו שפך על הלהב שלו את הדם שנמצא בקאקוזו, מה שגרם להידאן לטעום מדמו של קאקוזו, ולהשתמש בג'וטסו שלו עליו. שיקאמארו קם ותוקף את הידאן, אך לא מצליח לכרות את ראשו לאחר שהידאן שם לב אליו ברגע האחרון. באותו הזמן, קאקוזו לוכד את קבוצה 10 ועומד להשתמש בג'וטסו האש והרוח שלו בכדי להרגם. אך ברגע האחרון, הג'וטסו נעצר על ידי הג'וטסו המשלוב של מים ורוח של נארוטו ויאמאטו, אשר מגיעים יחד עם סאקורה לסאי לשדה הקרב.

סאקורה וסאי עוזבים בכדי לעזור לשיקאמארו. בנתיים, הידאן מנסה לתקוף את שיקאמארו, אך שיקאמארו משתמש בג'וטסו שלו, ולוכד את הידאן על ידי פתקים מתפוצצים. לאחר מכן, הוא יוצר בור עמוק מתחת להידאן, ואחרי שהוא רואה את רוחו של אסומה, אשר מעביר לו את "צוואת האש", שיקאמארו מעיף על הידאן את המצית הדלוק של אסומה, מה שגורם לו להתפוצץ. באותו הזמן, נארוטו חושף את הג'וטסו החדש שלו- פוטון: ראסנשוריקן.

נארוטו מנסה לפגוע בקאקוזו עם הראסנשוריקן שלו, אך בנתיים ללא הצלחה. באותו הזמן, חתיכות גופו של הידאן נופלות לתוך הבור, וראשו, אשר עדיין חי, מקלל וצורח על שיקאמארו. אך כל זה לא עובד על שיקאמארו, והוא משתמש בפתק מתפוצץ בכדי לקבור את הידאן בבור לנצח. לאחר נצחונו, שיקאמארו פוגש את סאקורה וסאי, ושלושתם חוזרים לשדה הקרב בו נארוטו נלחם נגד קאקוזו. לאחר כמה נסיונות, נארוטו עובד על קאקוזו עם טריק של הסחת דעת, ופוגע בקאקוזו עם הראסנשורקין, מה שגורם לקאקוזו להיפצע ולאבד שתי לבבות.

קאקאשי גומר את קאקוזו הפצוע, וכולם חוזרים לקונוהא. שיקאמארו הולך אל קברו של אסומה ושם פוגש את קורנאי. הוא אומר לה כי הוא יהיה המורה של התינוק אשר יוולד לה מאסומה. בנתיים, טסונדה חוקרת את גופתו של קאקוזו ומוצאת כי כל כלי הצ'אקרה שלו מנותקים. היא אומרת לקאקאשי לאסור על נארוטו להשתמש בראסנשוריקן כי זה גורם גם לו לנזק רב. באותו הזמן, אורוצ'ימארו מגלה על מותם של הידאן וקאקוזו ושולח את קאבוטו אחרי אישה בשם גורן.

פילר - כמה רגעים לפני מותו, שינובי מהאנבו שולח לקונוהא הודעה לגבי המחבוא של אורוצ'ימארו. בנתיים, גוראן נלחמת נגד מספר רב של שפני נסיונות אנושיים. מאוחר יותר, קאקאשי מודיע לנארוטו על איסורו בשימוש בראסנשוריקן, ונראה כי נארוטו כבר נפצע וחובש תחבושת על ידו בעקבות הטכניקה ההרסנית שלו. לאחר מכן, נארוטו מתאחד שוב עם ג'יראיה, אשר רוצה לאמן אותו שוב פעם. באותו הזמן, סאסקה פוגש ילד בשם יוקימארו. בנתיים, טסונדה מקבלת את ההודעה של האנבו, ושולחת למשימה את קאקאשי יחד עם אבורמה שינו, היוגה הינאטה ואינוזוקה קיבה.

פילר - לאחר הקרב שלה, גוראן לוקחת 21 אנשים אשר שרדו, ועוזבת את כל השאר שפצועים או מתים. בנתיים, קבוצת קאקאשי מגיע למחבוא של אורוצ'ימארו ומגלה כי הוא ננטש. בנוסף לכך, הם רואים את תוצאות הקרב של שפני הנסיונות נגד גוראן, ומיד לאחר מכן, כל הגופות ואף הפצועים שעוד לא מתו נשטפים על ידי ג'וטסו מלכודת. באותו הזמן, גוראן הורגת שש עשר מהאנשים אותם היא לקחה איתה בעקבות המרידה שלהם. נשארים אך ורק חמישה אשר מסכימים ללכת איתה. בנתיים, נארוטו מנסה ללמוד ג'וטסו אלמנטים משולב, אך הוא לא מסתדר עם גאמאריקי, צפרדע איתה הוא אומר לבצע את הטכניקה.

פילר - קאבוטו ויוקימארו מגיעים לאגם מסתורי בו קאבוטו מנסה להוציא מתוך המים יצור מסוים על ידי מכשיר אותו שם על יוקימארו, אשר גרם לו להוציא כמויות גדולות של צ'אקרה. בנתיים, גוראן שלוחת את אנשיה שיחפשו את אורוצ'ימארו, איתו נמצא סאסקה. באותו הזמן, סאסקה מביס צבא שלם, בתור אימוניו. אך למרות זאת, סאסקה חס על חייהם וטוען כי הבן אדם שהוא רוצה להרוג זה איטאצ'י, ואין לו שום כוונה להרוג אותם. בנתיים, נארוטו מזמן את גאמאקיצ'י וגאמאטאטסו בכדי ללמוד על ההתחברות לליבו של הבן אדם, אך עדיין לא קולט את הדרך לעשות זאת. באותו הזמן, קאבוטו ויוקימארו מגיעים לכפר המעיינות החמים, איפה שנמצאים נארוטו וג'יראיה, ושם, יוקימארו נפגש עם נארוטו, ונארוטו מספר לו על קשריו עם סאסקה.

פילר - נארוטו ממשיך להתאמן עם גאמאקיצ'י וגאמאטאטסו ובהמשך עוזב לקונוהא, וג'יראיה עוזב בכדי לעשות מעקב נוסף אחר האקאטסוקי. כאשר נארוטו מגיע לקונוהא, הוא מגלה כי גאמאקיצ'י וגאמאטאטסו בעצם לא שולטים באלמנט מים בכלל. בנתיים, החרק של שינו שנמצא בתוך ג'וטסו הקריסטל של גורן נשלח לאגף הדיון בקונוהא. באותו הזמן, רינג'י, אחד המשרתים של גורן מגלה על נוכחותה של קבוצת קאקאשי.

פילר - נארוטו ממשיך להתאמן עם גאמאקיצ'י וגאמאטאטסו ובהמשך עוזב לקונוהא, וג'יראיה עוזב בכדי לעשות מעקב נוסף אחר האקאטסוקי. כאשר נארוטו מגיע לקונוהא, הוא מגלה כי גאמאקיצ'י וגאמאטאטסו בעצם לא שולטים באלמנט מים בכלל. בנתיים, החרק של שינו שנמצא בתוך ג'וטסו הקריסטל של גורן נשלח לאגף הדיון בקונוהא. באותו הזמן, רינג'י, אחד המשרתים של גורן מגלה על נוכחותה של קבוצת קאקאשי.

פילר - גורן ויוקימארו חוזרים לבסיס שלהם. קאקאשי והצוות יוצאים בעקבותיהם, בשעה ששינו נותר מאחור בנסיון להרבות חרקים החסינים מפני השוטון של גורן. גורן פונה חזרה, אך לפני כן יוקימארו נותן לה מזכרת מאמו, בזמן שגאמאטאטסו לומד להשתמש בסויטון. נארוטו, שנתקל בסאי ומגלה על המשימה של קאקאשי, מבקש מטסונאדה להצטרף. צוות שמונה, תחת פיקודו של קאקאשי, מתכננים להתקיף את גורן, בשעה שנארוטו לומד לשלוט בג'וטסו החדש שלו.

פילר - ביער, הצוות של קורנאי נלחם באנשיה של גורן. הינאטה וקיבה נתקעים במסך העשן של קיגירי, והינאטה נפצעת קשה מהתקפותיו של נורארי. קאקאשי, שנלחם בגוזו, לא מצליח להביס אותו בגלל כוחו ומהירותו שמתעלים על כוחו של קאקאשי. רינג'י והאחרים עומדים לחסל את הינאטה, קיבה ואקאמארו, אך נאלצים לסגת כששינו והחרקים שלו מגיעים למקום. יוקימארו נזכר באמו.

פילר - בקונוהא, טסונאדה מגלה כי האויב שאיתו הם מתמודדים משתמש בשוטון. במשימה, נארוטו פוגש את יוקימארו ומדבר איתו. גורן כולאת את צוותה של קורנאי ביער ומתקיפה אותם עם הכפילים שלה. הינאטה נכלאת בתוך כלא השוטון של גורן, לאחר שהביסה את אחד מהכפילים. צוות קאקאשי מגיעים לגבולות הכלא שכלא את צוות קורנאי ביער ונארוטו מצליח לפרוץ פתח הודות לג'וטסו החדש שלו.

פילר - צוות קאקאשי מגיעים לסייע לצוות קורנאי בקרב ומצליחים להשיג את הינאטה. גורן מחליטה לסגת. סאי וסאקורה נשארים עם הינאטה, בעוד שהאחרים יוצאים בעקבותיה של גורן. בבסיס, קאבוטו מגיע ולוקח אותם לאגם, שם הוא מחבר את יוקימארו למכונה שמגבירה את הצ'אקרה של יוקימארו, וסאנבי עולה אל מעל פני השטח.

פילר - לאחר שזימנו את סאנבי, גורן מנסה ללכוד אותו אך נכשלת והוא משתחרר. נארוטו נשלח לחקור את האגם כשצוות קאקאשי נתקל באנשיה של גורן. נארוטו מתקרב לסאנבי על גבם של גאמאטאטסו וגאמאקיצ'י, שם הוא מגלה על האמונים של יוקימארו לגורן. בניסיון להציל את גורן, יוקימארו גובר על סאנבי והם נמלטים.

פילר - גורן נזכרת בעברה, בעוד שקאקאשי וצוות קורונאי מצליח למצוא את נארוטו, אשר לכוד בגנג'וטסו. לאחר שטסונאדה שומעת על הקרב מול סאנבי, היא שולחת קבוצה של שינובים; הכוללת בתוכה את שיזונה, טנטן, לי ואינו, במטרה לסייע לצוות קורונאי והשאר, ובנוסף, להקדים את אקאטסוקי, אשר כמו אורוצ'ימארו, מעוניינים לחתום את סאנבי. באותו הזמן, לאחר שיחה עם סאקורה, נארוטו מחליט לצאת ולמצוא את יוקימארו האובד, בעוד שזה נמצא בידיה של גורן, ונראה כי הוא מת.

פילר - נארוטו, אשר מנסה למצוא את יוקימארו, נעצר ע"י קאקאשי ויאמאטו. גורן נפגשת עם קאבוטו, אשר חושף בפניה כי יוקימארו היה כלי עזר בעל משמעות קטנה בתוכנית של אורוצ'יאמארו, והוא נועד בשביל שליטה על סאנבי. באותה שעה, המשלחת של טסונאדה מצליחה למצוא את שאר השינובים, ואף חושפת בפניהם את פרטי המשימה החדשה; לחתום את סאנבי, לפני שאורוצ'ימארו יעשה זאת. לפני יציאתם למשימה החדשה, צוות קורונאי והשאר מצליחים למצוא את יוקימארו, לחלץ אותו ואף להביאו אל הכפר.

פילר - לאחר האירוע עם סאנבי באגם, צוות קאקאשי פוגש את הצוות מקונוהא. הכל שומעים את תוכניתה החדשה של טסונאדה; חתימת סאנבי. קאקאקשי מחליט לחלק את השינובים ל- 3 קבוצות; קבוצת הלחימה, החתימה וההגנה. לאחר שצוות השינובי הוראות מדויקות בשביל המשימה אליה הם יוצאים, נארוטו מקבל מגילה מיוחדת בשביל המשימה, מטסונאדה עצמה. הפרק נגמר כאשר רינג'י הופך להיות המרגל של קאבוטו, במטרה לעקוב אחרי גורן ומעשיה לעתיד.

פילר - משימת החתימה של סאנבי יוצאת לדרך. לאחר שנארוטו מציג את סאי בפני שאר השינובים, יוצא צוות החתימה לאגם, במטרה לחתום את סאנבי. בד בבד, גורן וגוזו מבצעים מארב על צוות הלחימה. כך, נוצר קרב בין השינובים של רינג'י לבין השינובים מקונוהא, אשר מסתיים בניצחון של קיבה, לי וטנטן. הקרב מגיע לשיאו כאשר נארוטו מתעמת עם גורן, ואף מבקר את היחס המזלזל שלה כלפי יוקימארו.

פילר - הקרב באגם על חתימת שלושת הזנבות ממשיך. ביינתים, טובי מחליט לנסות ולמצוא את סאנבי לבדו, ומוצא את צוות החתימה מקונוהא. הקרב בין השינובים לצוותה של גורן מגיע לשיאו, כאשר גוזו מחליט לתת את חייו ולהציל את גורן ממתקפה ישירה של קאקאשי. באותו הזמן, גורן נזכרת בעובדה המרה שאותה שכחה - היא זאת שהרגה את אמא של יוקימארו. עובדה זו מערערת את גורן לחלוטין, ונותנת לקאבוטו להתל בה כרצונו.

פילר - לאחר שרינג'י נכשל בניסיונותיו לעצור את צוות החתימה, סאנבי מופיע באגם. רינג'י נעזר בגורן, אשר מגיעה במהירות למקום. סאנבי משתולל בצורה אגרסיבית, ואף תוקף את כל השינובים אשר נמצאים באגם. בדיוק לפני שהוא מצליח לפגוע בגורן, סאנבי נעצר על ידי יוקימארו, אשר מחליט להציל אותה, גם אם זה יעלה לו בחייו. מכאן מתגלה מטרת התוכנית של אורוצ'ימארו; לגרום ליוקימארו לפתח אובססיה כלפי גורן. בעוד שסאנבי ממשיך להשתולל באגם, טובי מאתר אותו, ומחליט לספר זאת לדאידרה.

פילר - באגם, גורן מותקפת על ידי סאנבי. יוקימארו מנסה להגן עליה, אך נכשל, עקב חוסר צ'אקרה. גורן מחליטה לתת הכל על מנת להגן עליו, ומשתמש במגן הקריסטל הייחודי שלה. באותו הזמן, נארוטו מוצא את יוקימארו, ובלית ברירה, מתמודד מול שלושת הזנבות ביחד עם גורן. סאנבי הזועם מחליט לבלוע את נארוטו וגורן, בעוד שקאקאשי, שינו וסאי מוצאים את יוקימארו חסר ההכרה, ואף לוקחים אותו איתם, לצערו של קאבוטו.

פילר - הקרב בין שלושת הזנבות לנארוטו וגורן ממשיך. סאנבי הזועם בולע לבסוף את נארוטו וגורן, ואף משסה בהם סאנבי זעירים בתוך בטנו. השניים מתגברים על תוכניתיו של סאנבי, ואף מתווכחים בנוגע ליוקימארו. על מנת למצוא דרך לצאת מבטנו של סאנבי, נארוטו מפזר "קאגה בונשין" בבטנו של סאנבי. ביינתים, מתחיל חיפוש אחרי נארוטו, בעוד שאינו וסאקורה מחליטות לרפא את יוקימארו הפצוע. לבסוף, קאבוטו משסה בצוות בקונוהא את רינג'י ואנשיו, ואף מעניק להם את הג'וין ג'וטסו.

פילר - נארוטו וגורן ממשיכים לנסות ולצאת מבטנו של שלושת הזנבות, ונתקפים, כרגיל, על ידי הסאנבי הזעירים. באותו הזמן, צוותו של רינג'י תוקף את הצוות מקונוהא, באמצעות הג'וין ג'וטסו אשר מחזק אותם. קאקאשי, ביחד עם יוקימארו, מחליט לאתר את שלושת הזנבות באמצעות יוקימארו עצמו. ביינתים, גורן ונארוטו נכנסים לאשלית ערפל בבטנו של סאנבי. לבסוף, יוקימארו מוצא את שלושת הזנבות, וקאקאשי מצליח ליצור פתח בשביל נארוטו וגורן, אשר מוצאים את דרכם החוצה.

פילר - לאחר שהצוות מקונוהא מוצא את סאנבי, צוות החתימה חוזר לפעולה, ומתחיל לחתום את שלושת הזנבות. באותו הזמן, השאר מותקפים על ידי אנשיו של רינג'י, ורינג'י עצמו, אשר קיבלו את החותם המקולל. רינג'י מחליט לא לשרת את אורוצ'ימארו יותר, וכך לפעול על דעת עצמו. למרות זאת, אנשיו ורינג'י עצמו נעצרים על ידי קאקאשי, יאמאטו ושינו. רינג'י מנסה להשתמש ביוקימארו בכוח, ואף מכריח אותו לקחת עוד גלולות, כדי לשלוט טוב יותר בשלושת הזנבות.

פילר - בעוד שיוקימארו נמצא עם רינג'י, צוות החתימה ממשיך לבצע את עבודתו, ואף נעזר בקאטסוי של טסונאדה. קאקאשי והשאר ממשיכים להתמודד מול אנשיו של רינג'י, ומצליחים לבסוף להביסם. כעת, הם פונים למציאת יוקימארו. נארוטו וגורן מוצאים את יוקימארו, שנחרד לגלות כי גורן היא זאת שהרגה את אימו. למרות זאת, הוא סולח לה. נארוטו תוקף את רינג'י, ומגלה כי הוא בעצם קאבוטו, אשר מאיים על חייו של נארוטו עצמו.

פילר - קאבוטו חושף בפני הנוכחים כי רינג'י מת, ואורוצ'ימארו רוצה את סאנבי למטרותיו האישיות בלבד. הוא שולח את גופתו של רינג'י להרוג את גורן, וזאת לא מצליחה להגן על עצמה. לבסוף, גורן לוכדת את עצמה בקריסטל ביחד עם רינג'י, ושולחת את עצמה לתחתית הנהר. יוקימארו, שמבין כי גורן מתה, עוצר את תהליך חתימת הביג'ו. נארוטו משתמש בטכניקה המשולבת עם גאמאקיצ'י וגאמאטטסו, וסאנבי חוזר למקומו באגם. לאחר שהוא מוצא את יוקימארו, נארוטו חושף בפניו כי הם הולכים לחזור ביחד לקונוהא.

פילר - בלילה, גוזו מחליט להציל את גורן, אשר כלואה בתחתית האגם ביחד עם הקריסטל. לאחר שכולם נרדמים, יוקימארו מחליט לברוח ולמצוא את גורן. בבוקר שלמחרת, הוא עוזב ביחד איתה ועם גוזו. הצוות מקונוהא מודאג לגביו, אך קאקאשי ונארוטו משכנעים אותם שהוא יצא מכלל סכנה, לאור העובדה שאין לו את היכולת לשלוט בשלושת הזנבות יותר. לבסוף, הצוות חוזר לקונוהא, וטסונאדה שולחת את האנבו, בשביל להשגיח על האגם וסאנבי. דאידרה וטובי הורגים את כל חברי האנבו במקום, ואף מתמודדים מול שלושת הזנבות. לבסוף, הם מביסים אותו.

אורוצ'ימארו מבין כי הוא מתחיל לדחות את הגוף החדש שלו, ומשתוקק יותר מתמיד לקחת את גופו של סאסוקה. הוא אף נזכר איך הם נפגשו, ואת הפונטציאל שהוא איתר בו עוד מההתחלה. בעוד שקאבוטו הולך להכין תרופה בשביל אורוצ'ימארו החולה, סאסוקה פורץ לחדר, ואף מחליט להלחם בו. סאסוקה טוען כי אורוצ'ימארו חלש יותר ממנו, ופותח בקרב ללא רחמים. אורוצ'ימארו חושף בפני סאסוקה את גופו האמיתי; נחש לבן וגדול ממדים. סאסוקה מחליט לתקוף את אורוצ'ימארו בכל הכוח.

במהלך הקרב בין סאסוקה לאורוצ'ימארו, אורוצ'ימארו נזכר בעברו כילד, אשר כוללים גם את חייו כשינובי ועד לעריקתו מכפר העלה הנסתר. עוד בימים שבהם אוצ'יהא איטאצ'י הצטרף לארגון, והוא, אורוצ'ימארו עצמו, ניסה לקחת שליטה על גופו. לבסוף, סאסוקה מצליח להכניע את גופו של אורוצ'ימארו, אך זה מחליט להקדים את תהליך הפולחן, ולבצע אותו מיידית. דקות ספורות לאחר מכן, קאבוטו מגיע לחדר, ומוצא את סאסוקה לבדו. סאסוקה מראה לקאבוטו את כל מה שקרה במהלך הקרב שלהם, ואת העובדה שסאסוקה עצמו הפך את טכניקת גלגול הנשמות של אורוצ'ימארו באמצעות השארינגאן. כעת, אורוצ'ימארו הובס.

סאסוקה משחרר את סוויגטסו; שינובי שהיה כלוי בבסיס של אורוצ'ימארו. לאחר שהוא מבהיר לו כי הוא לא רואה בו כאדונו, מחליט סויגטסו להצטרף לשורותיו. השניים מגיעים לקיריגאקורה, לאור העובדה שסויגטסו מעוניין בחרבו של מומוצ'י זאבוזה- קוביקירי הוצ'ו. לצערו, החרב לא נמצאת בקברו של זאבוזה, מה שגורם לשניים להסיק כי היא נלקחה על ידי אחד מהשינובים בכפר. השניים מוצאים לבסוף שינובי בשם טנזן ואת עוזרו, אשר טענו כי הם הרגו את זאבוזה, ואף לקחו את קוביקירי הוצ'ו. לאחר שסויגטסו חושף את יכולותיו, הוא מביס אותם, לוקח את החרב ופונה ביחד עם סאסוקה לבסיס נוסף של אורוצ'ימארו.

לאחר שצירף את הוזוקי סויגטסו לשורותיו, סאסוקה פונה לבסיס נוסף של אורוצ'ימארו. בואו לבסיס מוכיח לשומרת, קארין, ולשאר האסירים כי השמועות היו נכונות, וסאסוקה הרג את אורוצ'ימארו. סאסוקה חושף כי הוא מעוניין לצרף את קארין לשורותיו, וכך, למרות הוויכוחים הבלתי נפסקים עם סויגטסו, קארין מצטרפת לסאסוקה מתוך אהבתה כלפיו. לבסוף, הצוות מחליט לפנות לבסיס הדרומי של אורוצ'ימארו, שנחשב בעיני רבים כבסיס לא רגיל.

עם צירופה של קארין לשורותיו, סאסוקה והשאר יוצאים לבסיס הצפוני של אורוצ'ימארו, שנחשב בעיני רבים כלא רגיל. הם מותקפים ע"י שינובים שמשתמשים בחותם המקולל, וסויגטסו מחליט להישאר ולתת לקארין וסאסוקה להיכנס לבסיס. ביינתים בקונוהאגאקורה, נארוטו וסאקורה מגלים כי סאסוקה הביס את אורוצ'ימארו. סאסוקה וקארין מגיעים לכלאו של ג'וגו, אחד האסירים בבסיס הנ"ל. לאחר שהוא פותח את דלת החדר, ג'וגו מתפרץ עליו וסאסוקה מנסה לעצור אותו בכל הכוח.

בעודו משתמש בכוח של הג'וין ג'וטסו, סאסוקה מצליח להדוף את ההתקפה של ג'וגו. ג'וגו שוקע בזיכרונות על היום בו פגש לראשונה את קאגויה קימימארו, שהצליח לעצור את התקפי הזעם שלו, וכך זה העריץ אותו יותר מכל. ברגע לא צפוי, סויגטסו מתפרץ לשדה הקרב ותוקף את ג'וגו. סאסוקה עוצר את השניים ומספר לג'וגו על הקרבתו של קימימארו עבורו. ג'וגו מחליט להצטרף לסאסוקה, והצוות מקבל את השם "הבי". סאסוקה חושף בפני הצוות את המטרה העיקרית והיחידה שלהם - להרוג את אוצ'יהא איטאצ'י מאקאטסוקי.

בימים של מלחמת השינובי השלישית, האטקה קאקאשי מקבל את המשימה הראשונה שלו כג'ונין. קאקאשי יוצא למשימה ביחד עם חבריו לצוות; אוצ'יהא אוביטו ורין, והסנסיי שלו; יונדאימה הוקאגה לעתיד. השניים נקלעים לעימות עם שינובי מאיווגאקורה, וקאקאשי חושף את ה"צ'ידורי" - הג'וטסו המקורי שלו. קאקאשי נכשל בהריגת השינובי, שנהרג בהמשך על ידי הסנסיי שלו. יום למחרת, קאקאשי, אוביטו ורין נקלעים לעימות נוסף עם שינובים מאיווגאקורה, ואלה מצליחים לקחת בשבי את רין. קאקאשי מתכווח עם חברו לקבוצה, אוביטו, על פעולתיו של שינובי בזמן מלחמה. לבסוף, אוביטו מחליט ללכת להציל את רין, עם או בלי עזרתו של קאקאשי.

קאקאשי מחליט לעזור בחילוץ רין. ביחד עם אוביטו, השניים מוצאים את המחבוא של השינובים. לצערם, אחד מהשינובים תוקף אותם בהפתעה. אוביטו, שמפעיל לראשונה את השארינגאן, מצליח להרוג אותו. החילוץ של רין עובר בהצלחה, אך מפולת סלעים שפורצת במקום מרסקת את מחצית מגופו של אוביטו. זה מבקש מרין להעביר לקאקאשי את עין השארינגאן שלו, כמתנה לעלייתו לדרגת הג'ונין. לאחר שהעברה מצליחה, קאקאשי הורג את השינובי השני שחטף את רין. לאחר מותו של אוביטו, ורין וקאקאשי מוצאים את עצמם מול שלל שינובים מאיוואגאקורה. הם ניצלים על ידי הסנסיי שלהם, וקוברים את אוביטו. בנוסף, קונוהא מנצחים במלחמה מול איווא.

קיסאמה מצליח להביס את רושי, הג'ינצ'וריקי של יונבי. מיד לאחר מכן, חברי האקאטסוקי מתחילים בחתימת סאנבי ויונבי. מנהיג האקאטסוקי חושף את מותם את הידאן וקאקוזו, וכן את מותו של אורוצ'ימארו, על ידי אוצ'יהא סאסוקה. אקאטסוקי מבינים שסאסוקה הפך לאיום עליהם, ודאידרה, המצוות עם טובי, מחליט לצאת ולהרוג אותו. בעוד שצוות הבי מגיע למגורם של חתולי הנינג'ה, קונוהא מארגנת קבוצה של שמונה שינובים, ביניהם נארוטו וסאקורה, לאתר את מיקומו של אוצ'יהא איטאצ'י.

קונוהא מתחילים במשימה לאתר את אוצ'יהא איטאצ'י וסאסוקה, בעוד שהבי יוצאים לאתר את איטאצ'י. לאחר שכל השינובים מקונוהא מתפצלים לקבוצות, נארוטו, הינאטה ויאמאטו פוגשים את יאקושי קאבוטו, שחושף בפניהם את מה שקרה לו אחרי מותו של אורוצ'ימארו, ואת העובדה שהוא שילב בגופו תאים של גופת הנחש שלו. בנוסף, קאבוטו נותן לנארוטו מידע על האקאטסוקי, ונעלם, לא לפני שהוא מבטיח שהוא יחזור בשביל נארוטו עצמו, אחרי שיטפל בסאסוקה. אחרי הפיצול של הבי, סאסוקה פוגש בדאידרה וטובי, שמתאגרים אותו לקרב.

סאסוקה ודאידרה מתחילים בקרב. לאחר כישלון של אחת מהטכניקות שלו, דאידרה משתמש ב-סי-2, בעוד שטובי מכין מכרה חימר סביב שדה הקרב. סאסוקה כלוא משני הכיוונים; ה-סי-2 של דאידרה בשמיים, ומכרה החימר של טובי באדמה. למרות השימוש ב-סי-2, דאידרה מצליח לגבור על סאסוקה, אך זה מהתל בו ומפיל אותו למלכודת בלתי צפויה. לבסוף, מתברר שדאידרה שרד. הוא נזכר ביום בו הוא הצטרף לאקאטסוקי, ואת הרצון להביס את אוצ'יהא איטאצ'י. בשיא הקרב, דאידרה משתמש ביצירת המופת שלו - גארודה - שנועדה במקור להביס את איטאצ'י, ויוצר העתק רב ממדים של עצמו.

דאידרה מוציא לפועל את ההטכניקה שנועדה להביס את איטאצ'י. למרות שהוא בטוח שהוא הביס את סאסקה אחת ולתמיד, זה חוזר במפתיע, אחרי שהצליח לשרוד עם השימוש בשארינגאן. סאסקה מצליח לתפוס את דאידרה, אך החלקיקים הזעירים שמתלווים לטכניקה נכנסים לגופו. דאידרה, שתשוש מהקרב, מגלה שסאסקה הצליח לשרוד בשנית, הפעם באמצעות שימוש באלמנט הראיטון שלו, שמוליך את כל גופו, וכך משמיד את החלקיקים הזעירים. דאידרה מחליט לסיים את הקרב בטכניקה היוצרת פיצוץ ברדיוס של קילומטרים. למרות הידיעה שגם טובי נמצא באזור, דאידרה מחליט להוציא את הטכניקה לפועל.

הקרב בין דאידרה לסאסקה הגיע לסופו, וזטסו מודיע לחברי האקאטסוקי על מותם של דאידרה וטובי. הצוות מקונוהא מגיע לזירת הקרב, בעוד שהבי מוצאים את סאסקה באפיסת כוחות, לאחר שהשתמש במאנדה כמגן. זה מוצא את מותו מספר שניות לאחר מכן. ביינתים, באמגאקורה, מנהיג האקאטסוקי פיין והשותפה שלו, קונאן, פוגשים אדם מסתורי, שמטיל על פיין לתפוס את הקיובי, בטענה שמנהיג לא יכול להיכשל בשום אופן. קיבה עולה על מיקומו של סאסקה, ויוצא ביחד עם הצוות של קונוהא, בעוד שהבי מחליטים לנוח ולתת לסאסקה מעט מנוחה. לבסוף, אותו האדם המסתורי באמגאקורה מתגלה כטובי, או בשמו האמיתי, אוצ'יהא מאדארה.

ג'יראייה מגיע למשדרה של טסונאדה, בטענה שהוא סוף סוף עלה על מיקומו של מנהיג האקאטסוקי - אמגאקורה. הבי מחליטים לצאת לדרך בשנית, לאחר שקיבה עולה על עקבותיו של סאסקה. רעיון מתוחכם של קארין מצליח לבלבל את השינובים מקונוהא, ונארוטו משתמש במספר מאסיבי של קאגה בונשין, על מנת לאתר את סאסקה. במהלך החיפוש, נארוטו פוגש את אוצ'יהא איטאצ'י, שרוצה רק לדבר איתו. לאחר השיחה, הצוות מקונוהא ממשיך את החיפוש אחר סאסקה, והבי מנסים לעלות על המחבוא של האקאטסוקי. לפני שהוא יוצא לאמגאקורה, ג'יראייה וטסונאדה מזכירים בשיחתם את הוריו של נארוטו, נאמיקאזה מינאטו ואוזומאקי קושינה.

כשינובי צעיר, ג'יראייה היה תלמיד ישיר של סארוטובי - הסנדאימה הוקאגה לעתיד, ביחד עם אורוצ'ימארו וטסונאדה. לאחר שנכשל במשימה לתפיסת הפעמונים, סארוטובי משוחח עם ג'יראייה וחושף בפניו את טכניקת הזימון. מאז אותו היום, ג'יראייה התאמן ברצינות על מנת לנסות ולבצע גם את הטכניקה הזו. בפעם הראשונה בה השתמש בטכניקת הזימון, ג'יראייה מצא את עצמו אצל הצפרדעים בהר מיובוקו. מאז, הוא התאמן שם במקביל לאימוניו עם סארוטובי. לאחר מספר שנים, ג'יראייה פגש את נזיר הצפרדע הגדול, שסיפר לו על חיזיון שקשור לג'יראייה עצמו; בעתיד, לג'יראייה יהיה תלמיד, שישפיע בצורה דרסטית על גורל העולם. מאז, ג'יראייה התחיל לשוטט בעולם, בניסיון למצוא את אותו התלמיד. לאחר שפגש מספר שינובים בדרכו, ג'יראייה נקרא בחזרה לקונוהא, וביחד עם אורוצ'ימארו וטסונאדה, הוא יוצא להלחם במלחמת השינובי הגדולה, באמגאקורה.

לאחר קרב של שלושת השינובים מול המנהיג האדיר של אמגאקורה, האנזו, קיבלו השלושה את התואר "סאנין". מאוחר יותר, השינובים מקונוהא פוגשים בשלושה יתומים מהמלחמה באמגאקורה - יאהיקו, קונאן ונאגאטו. ג'יראייה נותן לאורוצ'ימארו וטסונאדה להמשיך בדרכם, ומחליט להשאר עם היתומים, במטרה שיוכלו להגן על עצמם. באחד מן הימים, שינובי מאיוואגאקורה תוקף את יאהיקו, ונאגאטו, שחזה בקרב, הרג אותו לנגד עיני יאהיקו. שג'יראייה מגיע למקום, הוא מוצא את נאגאטו עם עיני הדוג'וטסו האלוהי - "הרינ'נגאן" - שהיו שייכות לנזיר ששת הדרכים. ג'יראייה האמין שנאגאטו הוא הילד מהנבואה, והתחיל ללמד את השלושה נינג'וטסו. מאוחר יותר, ג'יראייה עזב את השלושה לדרכיהם, לאחר שלימד אותם להגן על עצמם. לאחר שג'יראייה חזר להלחם לצדם של טסונאדה וג'יראייה, הוא שומע על מותם של השלושה. מספר שנים לאחר הקרבות באמגאקורה, ג'יראייה נותן לנאמיקאזה מינאטו לקרוא את ספרו, "סיפור הנינג'ה האמיצה", וביחד עם אשתו, קושינה, מחליט מינאטו לקרוא לבן על שם הדמות הראשית בסיפור - נארוטו.

ג'יראייה מגיע לאמגאקורה, לאחר שגילה על מיקומו של מנהיג האקאטסוקי. להפתעתו, הוא מגלה שאמגאקורה כבר לא נמצאת במלחמת אזרחים, וכעת, הכל רואים את המנהיג החדש שלהם, פיין, כאלוהים. על מנת לברר עוד על פיין המסתורי, ג'יראייה מצליח ללכוד שני שינובים בדרגה נמוכה, ולוכד אותם בלוע צפרדע ענקי. לבסוף, אחד מהשינובים מספר לג'יראייה על הבסתו של סאלאמאנדר האנזו, המנהיג לשעבר של אמגאקורה, על ידי פיין עצמו. בנוסף, פיין הרג את קרוביו של האנזו, משפחתו וכל מי שקיים איתו קשר כלשהו. באותו הזמן, פיין מבקש מקונאן למצוא את הפולש באמצעות אוריגאמי, וזאת מצליחה לאתר את ג'יראייה. בעוד שקונאן יוצאת לעכב אותו, פיין נכנס לחדר מסתורי, המחזיק בתוכו עוד חמישה אנשים נוספים עם מדי האקאטסוקי. כעת, שהוא בגוף אחר לגמרי, פיין יוצא להרוג את ג'יראייה.

ג'יראייה מסיים את השיחה עם השינובי שלכד, לא לפני שהוא מזמן צפרדע עם מגילה מיוחדת, המסוגלת לשחרר את מלוא הכוח של הקיובי. ג'יראייה מורה לצפרדע להעניק את המגילה לנארוטו, במידה ויקרה לו משהו במהלך הקרב. ג'יראייה יוצא מלוע הקרפדע בגופו של השינובי מאמגאקורה, ומוצא את עצמו מול קונאן. הוא מבין עד מהרה כי מדובר באותה קונאן שפגש לפני מספר שנים במלחמה, ומנסה להוציא ממנה מידע בנוגע לנאגאטו ויאהיקו. בדיוק אז, פיין מגיע אל זירת הקרב. ג'יראייה מסיק כי מדובר בנאגאטו, לאור העובדה שהוא מחזיק את עיני הרינ'נגאן, ושומע מפיין עצמו שיאהיקו נהרג. פיין מגלה לג'יראייה את המטרה העיקרית באסיפת הביג'ואים; יצירת קינג'וטסו, שיגרום לעולם להרגיש כאב ולהביא לשלום עולמי. בעוד שפיין מבצע מספר זימונים שונים, ג'יראייה מזמן את גאמאקן, והקרב בין השניים מתחיל.

הקרב בין פיין לג'יראייה ממשיך. ג'יראייה מחליט להיכנס לסנין מוד, ומנסה להרוויח כמה שיותר זמן. ביחד עם גאמאקן, השניים מתמודדים מול מספר זימונים של פיין, בעוד שזה מסתתר בלוע הזיקית שזימן. לבסוף, ג'יראייה מצליח להיכנס לסנין מוד, ומזמן לזירה את פוקאסאקו ושימה, בעוד שגאמאקן חוזר למיובוקוזאן. לבסוף, שתי הצפרדעים מביסים על הזיקית של פיין. לאחר שאיבד את הזיקית שלו, פיין מזמן שני אנשים לשדה הקרב.

ג'יראיה מתמודד כעת עם שני כפילי פיין חדשים ששניהם בעלי יכולות שונות מזה שבו הוא נלחם. רק מי הוא פיין וכמה כפילים שלו יש?

בעודו חוזה בששת האנשים המחזיקים ברינ'נגאן, ג'יראייה מגלה כי אחד מהם הוא בעצם יאהיקו. לאחר שהוא מסיק כי נאגאטו הוא לא אחד מהאנשים העומדים מולו, ששת יריביו, החולקים את השם "פיין", תוקפים אותו במפתיע. ג'ראייה מצליח ללכוד ולהרוג אחד מששת הפיינים, ומגלה כי הוא במקור שינובי מפומה, שנלחם בעברו מול ג'יראייה עצמו. למרות ההזדמנות לברוח, ג'יראייה מחליט לחזור לשדה הקרב, ביחד עם פוקאסאקו, על מנת לאמת את ההשערה שלו. שהוא עומד שוב מול פיין, ג'יראייה מבין כי כל האנשים הללו היו שינובים שפגש בעבר. בלי היסוס, חמשת יריביו של ג'יראייה משספים את גופו. ברגעיו האחרונים, ג'יראייה משתמש בגופו של פוקאסאקו לכתיבת קוד מסוים, וצולל אל מותו באגם.

בשעה שנארוטו והאחרים מחפשים אחר סאסוקה, זה נפגש עם איטאצ'י במערה. איטאצ'י אומר לו לפגוש אותו במחבוא האוצ'יהא, ונעלם. סאסוקה והצוות נתקלים בבונשין של נארוטו, שמובס בקלות, אך מגלה לנארוטו האמיתי את מיקומו של סאסוקה. כשנארוטו והאחרים יוצאים בעקבותיו, הם פוגשים בטובי. בנתיים, צוות הבי מתעמת עם קיסאמה, ואילו סאסוקה ממשיך הלאה אל איטאצ'י.

כשסאסוקה נפגש עם איטאצ'י, האח מעלה זיכרונות מן העבר, כיצד רצח את שבטו שלו בלילה ההוא. סאסוקה נחוש לחסל את אחיו הבכור, והקרב הגורלי בין שני אחי האוצ'יהא מתחיל. בזמן שסאסוקה ואיטאצ'י מחליפים גנג'וטסו אחד עם השני, איטאצ'י מספר לו שאדם נוסף היה שותף לטבח האוצ'יהא - אוצ'יהא מאדארה, מייסד הכפר של קונוהא בכבודו ובעצמו.

בשעה שזטסו צופה בהם, איטאצ'י מספר לסאסוקה את האמת מאחורי המאנגקיו שארינגאן וחושף את הסודות האפלים של הקקאי גנקאי של שבט האוצ'יהא. לבסוף, איטאצ'י דוחק את סאסוקה לפינה ומתכונן לעקור את עיניו.

סאסוקה שובר את הטסוקויומי שהוטל עליו, ומשתחרר מהגנג'וטסו. כעת שאשליות הן חסרות תועלת, השניים עוברים לשימוש בנינג'וטסו, וידו של סאסוקה על העליונה, עד שאיטאצ'י משתמש באמאטראסו, אך סאסוקה ניצל הודות לטכניקת ההחלפה. בסופו של דבר, איטאצ'י טוען שלסאסוקה לא נותרה צ'אקרה, אך מסתבר שסאסוקה הגיע לקרב מוכן, ונשארה לו טכניקה אחת אחרונה שתאפשר לו לחסל את איטאצ'י.

סאסוקה חושף את טכניקת הברק שלו, קירין, ומנסה לחסל את איטאצ'י. איטאצ'י שורד את ההתקפה הקטלנית הודות לסוסאנו'או, טכניקת המאנגקיו השלישית והאחרונה. עכשיו שסאסוקה נותר ללא צ'אקרה, אורוצ'ימארו משתחרר החוצה, אך נכלא בגנג'וטסו נצחי על ידי איטאצ'י. כשסאסוקה נמצא בידיו של איטאצ'י, איטאצ'י אומר לו דבר מה ומתעלף.

בעודם ממשיכים להלחם בטובי, זטסו מגיע ומודיע לטובי על תבוסתו של איטאצ'י בקרב נגד סאסוקה. טובי נפרד מנארוטו והאחרים ונעלם מהמקום ביחד עם זטסו. לאחר שאסף את סאסוקה וגופתו של איטאצ'י, סאסוקה מתעורר במערה, שם טובי מציג את עצמו כאוצ'יהא מאדארה ומגלה לו שאיטאצ'י ניסה להגן עליו.

מאדארה מספר לסאסוקה על ההיסטוריה של הן שבט האוצ'יהא והן שבט הסנג'ו, תחת הנהגתו של האשיראמה סנג'ו, ההוקאגה הראשון לעתיד. הוא מספר כיצד האוצ'יהא, שהורחקו מהחברה ונחשדו, תיכננו מהפכה בכפר. איטאצ'י היה זה שנבחר על ידי יועצי הכפר ודאנזו כדי לחסל את האוצ'יהא.

לאחר שגילה את כל האמת על האוצ'יהא ואחיו הבכור, איטאצ'י, מפי מאדארה, סאסוקה נזכר במילותיו האחרונות של איטאצ'י. הוא פורץ בבכי, חושף את המאנגקיו שארינגאן שלו, ומכריז שמעתה והלאה הם יקראו "צוות טאקה" ומטרתם: חיסול קונוהא.

לאחר שנכשלו במשימתם למצוא את סאסוקה, נארוטו והאחרים פונים לחזור לכפר. בנתיים, סאסוקה וצוות טאקה מקבלים ממאדארה משימה ללכוד את אחד מהביג'ו הנותרים, ההאצ'יבי, ולהביא אותם לבסיס. סאסוקה והאחרים מאתרים את הג'ינצ'וריקי, קילרבי, באונראיקיו שבמדינת הברק. קרב מתפתח ביניהם, אך קילרבי גובר עליהם ללא יותר מידי מאמץ.

סאסקה נפצע במהלך הקרב, אך נרפא הודות לקארין, אולם נפצע פעם נוספת ונרפא על ידי ג'וגו. קילרבי מחליט להשתמש בכוחו של הביג'ו שבתוכו, ומשתנה באופן מוחלט להאצ'יבי. סאסקה נזכר בצוות 7 ומשחרר אמאטראסו על קילרבי, שכתוצאה מכך מובס. בנתיים, שני שינובי מקומוגאקורה צופים במתרחש וממהרים להודיע על כך לאחיו הגדול של קילרבי, הראיקאגה.

פילר - כשאדם זקן, נערה ובחור צעיר מותקפים בידי קבוצת שינובי, קונוהא מתבקשים לסייע לבחור, אוטאקאטה, להגן על הנערה, הוטארו. טסונאדה מספרת לשיזונה על שבט טסוצ'יגומו, ואן נו גיוג'ה שפיתח ג'וטסו אסור ורב עוצמה, ותפקידה של קונוהא להגן על הג'וטסו. צוות יאמאטו נשלח למשימה.

פילר - קבוצת השינובי האויבת נפגשת עם המנהיג שלה, ובנתיים צוות יאמאטו מרמה את הוטארו וגורם לה לבקש מהם להשאר שומרי הראש שלה. אוטאקאטה נתקל בשינובי האויבים, ונכלא בג'וטסו המגן שלהם, שמתפוצץ מיד לאחר מכן. נארוטו והאחרים מגיעים סוף כל סוף אל כפרה של הוטארו, ומשאירים אותה שם. אולם נארוטו לא חושד בתושבים וחוזר לשם.

פילר - נארוטו חוזר לכפר, אך הוטארו נמלטת משם לאחר שהוסגרה לידי השינובי. היא מותקפת על ידם, וניצלת הודות לאוטאקאטה. כשהמנהיג של הכנופייה מופיע, הוא חושף שאוטאקאטה מבוקש בקיריגאקורה, על שרצח את המאסטר הקודם שלו. נארוטו ויאמאטו מגיעים למקום.

פילר - קאקאשי מחליט לעזור בחילוץ רין. ביחד עם אוביטו, השניים מוצאים את המחבוא של השינובים. לצערם, אחד מהשינובים תוקף אותם בהפתעה. אוביטו, שמפעיל לראשונה את השארינגאן, מצליח להרוג אותו. החילוץ של רין עובר בהצלחה, אך מפולת סלעים שפורצת במקום מרסקת את מחצית מגופו של אוביטו. זה מבקש מרין להעביר לקאקאשי את עין השארינגאן שלו, כמתנה לעלייתו לדרגת הג'ונין. לאחר שהעברה מצליחה, קאקאשי הורג את השינובי השני שחטף את רין. לאחר מותו של אוביטו, ורין וקאקאשי מוצאים את עצמם מול שלל שינובים מאיוואגאקורה. הם ניצלים על ידי הסנסיי שלהם, וקוברים את אוביטו. בנוסף, קונוהא מנצחים במלחמה מול איווא.

פילר - קיסאמה מצליח להביס את רושי, הג'ינצ'וריקי של יונבי. מיד לאחר מכן, חברי האקאטסוקי מתחילים בחתימת סאנבי ויונבי. מנהיג האקאטסוקי חושף את מותם את הידאן וקאקוזו, וכן את מותו של אורוצ'ימארו, על ידי אוצ'יהא סאסוקה. אקאטסוקי מבינים שסאסוקה הפך לאיום עליהם, ודאידרה, המצוות עם טובי, מחליט לצאת ולהרוג אותו. בעוד שצוות הבי מגיע למגורם של חתולי הנינג'ה, קונוהא מארגנת קבוצה של שמונה שינובים, ביניהם נארוטו וסאקורה, לאתר את מיקומו של אוצ'יהא איטאצ'י.

נארוטו מצליח למצוא את מיקומו של שיראנאמי אך הוא מגלה שהשיראנאמי שמצא הוא למעשה שודדי הנינג'ה שהתחפשו לו. הוטארו מוצא את שיראנמי האמיתי בו האחרון משכנע את הוטארו שלא תוסר את הג'וטסו האסור, ומחזיר אותה לכפר טסוצ'יגומו. לאחר שנארוטו ניצל על ידי אוטוקאטה משודדי הנינג'ה, השניים חוזרים לכפר טסוצ'יגומו, שם הם מגלים שלשיראנאמי יש את כל הכפר בשליטתו.

בזמן ששאר צוות קאקאשי מפסיק את תושבי הכפר המחזיקים ושודדי הנינג'ה, נארוטו ואוטקאטה הולכים להציל את חוטארו. כאשר הם מוצאים אותה, הם מגלים ששיראנאמי הפעיל את הג'וטסו והוטארו נמצאת גם בשליטתו של שיראנאמי. האם נארוטו ואוטקאטה יכולים לעצור את שיראנאמי ולהציל את חוטארו לפני שג'וטסו האסור טעון במלואו?

לאחר תפקוד הג'וטסו האסור, הוטארו נחרד לראות את הנזק שגרם הג'וטסו. שיראנאמי מבחין אז בג'טסו האסור שעלה על גדותיו של הצ'אקרה והעובדה שהוא ישמיד את עצמו יחד עם חוטארו. בעוד נארוטו רודף אחרי שיראנאמי הנמלט, אוטאקאטה מנסה להציל את הוטארו באמצעות הכוח הנסתר שבתוכו. האם אוטוקאטה יכול להציל את הוטארו?

האקאטסוקי מסיימים לחתום את הרוקובי. בינתיים בקונוהא, נארוטו נזכר בשיחתו האחרונה עם איטצ'י על סאסקה, ובכוח שהעניק לו. סאסקה וג'וגו מביאים את קילרבי אל מאדארה. למחרת, טסונאדה מזמנת את קבוצת קאקשי אל חדרה. שם, פוקאסאקו מספר על מותו של ג'יראיה, ומוסר להם את הודעתו האחרונה. נארוטו יוצא נסער מחדר ההוקאגה.

פוקאסאקו חוזר להר מיובוקו, לאחר שהוא מפקיד בידי קונוהא את ממצאיו האחרונים של ג'יראיה. נארוטו עדין מתקשה להתמודד עם מותו של ג'יראייה. שיקאמארו מחפש את המפתח לפיצוח הקוד שהשאיר אחריו ג'יראיה, ולבסוף פונה אל נארוטו. לאחר שהוא מתעודד, נארוטו מחליט לעזור.

נארוטו מגלה כי הספרה הראשונה בקוד, היא בעצם האות טה בקאטאקאנה. האות מובילה אותם לסדרת ספרי ה-"איצ'ה איצ'ה" ומשם, נארוטו, קאקשי, שיקאמארו ושיהו מצליחים להרכיב את ההודעה:"האחד האמיתי לא ביניהם". לאחר-מכן הקבוצה מפקידה את ההודעה המפוענחת בידי טסונאדה. פוקאסאקו לוקח את נארוטו אל הר מיובוקו בכדי ללמד אותו סנג'וטסו לקראת קרב הנקמה פיין.

פוקאסאקו מספר לנארוטו כי אימוני הסנג'וטסו עלולים להפוך אותו לצפרדע, למרות זאת בהשארת ג'יראיה, נארוטו עדיין נחוש בדעתו ללמוד את הטכניקה. פיין וקונאן יוצאים ללכוד את הקיובי בקונוהא. בעזרת שמן צפרדעים נארוטו מתחיל להבין כיצד להשתמש באנרגיית טבע, ומצליח להרים את פסל הצפרדע הגדול. פוקאסאקו מעניק לנארוטו את הספר-"סיפורי הנינג'ה האמיצה", וזה נזכר ברצונו של ג'יראיה לשנות את העולם. בעוד מאדרה, זטסו וקיסאמה מנסים לחתום את קילרבי, הם מגלים כי סאסקה טעה, והביא מישהו אחר.

נארוטו מתחיל ללמוד כיצד לשאוב אנרגיית טבע ללא שמן הצפרדעים, ומגלה שזה קשה הרבה יותר. למרות זאת, לאחר שפוקאסאקו מדרבן אותו, הוא מתחיל להתאמן במרץ רב. לבסוף נארוטו מצליח להגיע למצב סנין, ועובר ללימודי אומנות לחימת הצפרדעים. בינתיים קבוצת טאקה מצליחה לגלות שינובי בשם ג'יי מקומוגאקורה שעקב אחריה, והורגת אותו. הראיקאגה שולח לקונוהא את צוות סאמואי עם הודעה להוקאגה.

פלישתו של פיין לקונוהא מתחילה. במחלקת המודיעין בכפר, אינואיצ'י מגלה כי מוחו של השינובי מאמגאקורה מלא במחסומי גנג'וטסו. פיין מחלק את הגופות שלו לשתי קבוצות-הסחה וחיפוש, ומגלה כי קיים מחסום המגן על קונוהא מפני פולשים. בזמן שצ'יקושודו נשלח בתור הסחה, שאר הגופות חודרות אל קונוהא. לאחר החדירה לקונוהא, פיין מחפש אחר נארוטו וגורם להרס רב. בינתיים בחדר הנתיחות, מתברר כי הפירסינגים של פיין הם למעשה מקלטי צ'אקרה. אירוקה פוגש את סאקורה, ושולח אותה לטפל בפצועים הממלאים את בית החולים. טסונאדה שמקבלת את הדיווחים על פלישת האקאטסוקי לכפר, פוקדת להכריז על מצב חירום ולקרוא לנארוטו.

דאנזו מספר להומורה וקוהרו על החלטתה של טסונאדה לקרוא לנארוטו. בעקבות זאת, השניים מתעמתים בטסונאדה, אשר מטיחה בהם את כעסה על חוסר האמונה שלהם בנארוטו. שיזונה מוסרת לטסונאדה את ממצאי הנתיחות.

קאקאשי ממשיך להילחם נגד פיין. עם בואם של צ'וג'י וצ'וזה, הדברים מתחילים להתשפר, אך פיין עדיין לא נגמר.

יחידת המודיעין מנסה לדלות מידע מזיכרונותיו של השינובי מאמגאקורה. נארוטו ופוקאסאקו מנסים להתאמן על המיזוג ביניהם, אך הקיובי דוחה את פוקאסאקו. בזמן שאיביקי והאנבו נלחמים בצ'יקושודו, אינואיצ'י ושיזונה עולים על חשדות, וממהרים למחלקת פיצוח הקוד יחד עם אינו בכדי לחשוף את סודו של פיין. איביקי מזמן את חדר העינויים, ומנסה לסחוט מצ'יקושודו מידע בעזרת כאב. אך מגלה כי היא אינה חשה בו. בינתיים צ'יקושודו מצליחה להשתחרר מהכבלים, ולפצוע את איביקי.

קבוצת קונוהאמארו נפגשת ומחליטה לפנות את תושבי קונוהא אל מקום מבטחים. בזמן שקונוהאמארו מחלץ תושבים, הוא נתקל בג'יגוקודו וצופה בו הורג צ'ונין בקלות. לרועה המזל ג'יגוקודו מגלה אותו, אך בדיוק אז אביסו מתעמת בו ומאפשר לקונוהאמארו לברוח משם. אביסו מתנגד להסגיר את נארוטו, וג'יגוקודו מתכוון להרוג אותו. אולם לפתע קונוהאמארו יוצא ממחבואו, ומתערב בקרב. ג'יגוקודו מצליח לתפוס בקונוהאמרו, אך מסתבר כי זהו כפיל צל, וכך קונוהאמארו האמיתי שמנצל זאת לטובתו, פוגע בו בראסנגאן. בינתיים נארוטו ממשיך להתאמן במרץ, ומקבל רעיון חדש מפוקאסאקו.

בזמן שהשבטים אינוזוקה ואבוראמה נלחמים בגאקידו ובקונאן, טנדו נפגש עם טסונאדה ותובע ממנה להיכנע. אינואיצ'י, אינו ושיזונה חושפים את האמת על פיין, אך אז נינגנדו מגיע אליהם. נינגנדו קורא את מחשבותיה של שיזונה, ומסיר את נשמתה. כך מתגלה מקומו של נארוטו לששת הגופות, אשר לפתע נעלמות. פיין משתמש בשינרא טנסיי כאשר הוא מצהיר כי-"העולם הזה יידע כאב" ויוצר פיצוץ ענקי. באותו הרגע, שימה מזמנת את נארוטו, פוקאסאקו, גמאיצ'י, גאמאבונטה, גאמאירו וגאמאקן שמופיעים מיד אחרי הפיצוץ.

נארוטו שהמום למראה הריסותיה של קונוהא, מגלה כי פיין הוא האשם בכך. שורדו מנסה לפגוע בטסונאדה, אך נארוטו מצליח להרוס אותו במכה אחת. הוא שולח את טסונאדה אל מקום בטוח, ביחד עם גאמאיצ'י ומבקש ממנה להרחיק משם את תושבי הכפר. הקרב בין ששת הגופות של פיין, נגד נארוטו והצפרדעים מתחיל כאשר ידם של אלה על העליונה. אולם לפתע פיין מגלה לנארוטו כי שניהם למדו אצל ג'יראיה, ואומר לו כי בכדי להשיג שלום עליו להקריב את עצמו. מנגד, נארוטו הכועס זורק על פיין ראסן-שוריקן.

נארוטו מצליח להביס את צ'יקושודו בתוך פיו של גאמאבונטה, אך יוצא ממצב סנין. פוקאסאקו מזמן כפיל צל של נארוטו ממיובוקו, אשר מחזיר את האמיתי למצב סנין. גאקידוו חוזר לחיים בעזרת ג'יגוקודו, ומגן על טנדו מפני הראסנשוריקן השלישי שנזרק עליו על ידי נארוטו. בזמן שנארוטו מצליח להביס את ג'יגוקודו, כוחותיו של טנדו חוזרים אליו והוא הודף את גאמאבונטה, גאמאהירו וגאמאקן באמצעות שינרא טנסיי.

לאחר הניסיון לשאוב מנארוטו צ'אקרה, גאקידו הופך לפסל צפרדע מכיוון ששאב ממנו יותר מדי צ'אקרת סנג'וטסו. פוקאסאקו ושימה מתכוננים להשתמש בגנג'וטסו שלהם, אך טנדו מושך אליו את פוקאסאקו ודוקר אותו למוות. בעוד נארוטו מרותק לקרקע, טנדו מספר לו על חורבן הכפר שלו, על הצדק ועל השנאה בעולם השינובים. הוא שואל את נארוטו כיצד הוא יפתור את בעיית השנאה, וחושף בפניו את תוכניתו ליצירת שלום. במחבוא, נאגאטו מדבר בפיו של טנדו ובטוח שהשלום במרחק נגיעה.

הינטאה נזכרת כיצד הזהירו אותה מפני נארוטו בילדותה, וכיצד הוא הציל אותה מפני התעללותם של ילדים אחרים, ונטע בה תקווה. נחושה בדעתה לגמול לו על כך, היא באה לעזרתו של נארוטו, ומתוודה בפניו על אהבתה. מנגד פיין אשר מצליח להביס אותה בקלות, לא מבין מדוע היא כה עקשנית בעודה חלשה. לבסוף, נחוש בדעתו להכאיב לנארוטו טנדו תוקע בהינטאה – אשר מאבדת את הכרתה – מוטות ברזל. כוחותיו של הקיובי משתחררים בפיצוץ.

לאחר שנארוטו רואה את פיין מביס את הינטאה למול עיניו, כוחותיו של הקיובי משתחררים והחותם נשבר. עקב כך, ששת זנבות הקיובי מצליחים להשתחרר. דבר המאלץ את פיין להשתמש בצ'יבאקו טנסיי, בכדי לכלוא אותו. הקיובי מורה לנארוטו הכלוא להסיר את החותם בתמורה לעזרה. בינתיים יאמאטו אשר נמצא בדרכו לקונוהא, מגלה את שחרור הזנב השמיני של הקיובי. בדיוק ברגע בו נארוטו מתחיל להסיר את החותם, מינאטו מופיע ועוצר בעדו.

מינאטו מגלה לנארוטו כי הוא אביו, וכן כי מאחורי תקיפת הקיובי בקונוהא, עמד טובי. הוא מספר שפיין מנוצל בשל השנאה שלו, ונותן בנארוטו את אמונתו בכך שימצא דרך לפתור את בעיית השנאה בעולם השינובים. לאחר שהוא מחדש את החותם בפעם האחרונה, מינאטו נעלם. נארוטו חוזר למצבו הרגיל, ומחליט להלחם בטנדו בכדי להגיע אל נאגאטו. הוא מנצל את הפוגת חמש השניות, בכדי לתקוף ופוגע בו בראסנגאן.

לאחר שהוא מביס את טנדו, נארוטו מוציא ממנו את מקלטי הצ'אקרה ומאתר בעזרתם את פיין האמיתי. קבוצת גאי מתכוונת להצטרף אל נארוטו, על אף רצונו לדבר עם פיין ביחידות. לאחר עימות עם אינואיצ'י בדרך, נארוטו מצליח להגיע לבד אל מחבואו של פיין. נאגאטו פוגע בנארוטו במוט, אך צ'אקרת הקיובי משבשת את הצ'אקרה של נאגאטו עצמו. לאחר שהוא משתלט על זעמו, נארוטו שואל את נאגאטו כיצד הפך לחבר באקאטסוקי. נאגאטו משיב כי יספר לו את סיפור הכאב.

פילר - הסיפור מתרחש בזמן האימונים לגמר בחינות הצ'ונין: נארוטו וסאקורה יוצאים לחפש את מורשתו של ההוקאגה הרביעי בשטחי הונגאמי, לאחר שנארוטו שומע את ג'יראיה אומר כי זה עשוי לעזור לו בגמר. אולם הדבר נודע גם לקבוצה 10, ושתי הקבוצות מתחרות זו בזו על השגת המורשה. הקבוצות נלכדות במכשול הראשון- גשר קורי עכביש. בעזרתו של שיקאמרו חברי הקבוצות מצליחים להיחלץ מהקורים, אך מגלים כי המלכודת תוכננה מראש.

פילר - על אף שפזיזותו של נארוטו מסבה לחבורה צרות, הם מצליחים לעבור את שני המכשולים הבאים ומגיעים אל המקדש- המכשול הרביעי. מנגד, השינובים מאמגאקורה אשר ממשיכים לעקוב אחריהם, מסקלים את המשימה על ידי הצפת המקדש בגשם של טינה. אולם אז, סאסקה מתערב בנעשה ומביס אותם. נארוטו וחבריו מגיעים אל סוף המסע בהצלחה, שם הם מגלים כי מטרתה של המשימה הייתה לחזק את הקשר בין המתמודדים של קונוהא בגמר.

נאגאטו מספר לנארוטו כיצד פגש את יאהיקו וקונאן, לאחר שהוריו נרצחו בידי שינובים מקונוהא, וכיצד נאבקו יחדיו בכדי לשרוד. אפילו בזמנים קשים יאהיקו לא מאבד את התקווה, וחולם להפוך לאלוהים. בעקבות החלום שלושת היתומים שואפים להתחזק, ולאחר שהם רואים כי הסנינים מקונוהא שרדו את הקרב נגד האנזו, הם מחליטים לעקוב אחריהם בכדי ללמוד מהם נינג'וטסו. כך המסע של השלושה ממשיך עד שהם מוצאים את הסנינים.

נאגאטו מספר כיצד ג'יראייה תמך בו עד שעזב את שלושת היתומים, כאשר הוא מבטיח להם שיביא את השלום. יאהיקו מקים ארגון אשר מטרתו להביא שלום באמצעות משא ומתן, ללא אלימות. מחשש למעמדו, האנזו לא יכול להתעלם מהקבוצה, ועושה איתה הסכם שמתגלה כתחבולה. הוא מאיים להרוג את קונאן אם נאגאטו לא יהרוג את יאהיקו. לאחר מותו של יאהיקו, נאגאטו מחליף אותו כמנהיג הקבוצה. זהו המקור השני לכאב של נאגאטו.

עם סיום סיפורו של נגאטו, נארוטו אומר לו את תשובתו, כשהוא מצהיר שהוא לא מוכן לנטוש את מורשתו של אדונו, והוא ימשיך לשאוף לשלום לא משנה איזה כאב עבר עליו. נגאטו משקף את דבריו של נארוטו בהרהור לימיו האחרונים כאחד מתלמידיו של ג'יראיה. כיצד יגיב בסופו של דבר נגאטו לתשובתו של נארוטו?

נגאטו מאמין בנארוטו ומשתמש בג'וטסו של רין, תוך שהוא מרחיב את הצ'אקרה שלו, ובכך נותן את חייו, להחיות כל אדם בכפר שמת בפיגוע, באומרו שזה המעט שהוא יכול לעשות . כאשר נגאטו מת, קאנאן עוזב את אקאטסוקי, לוקח את ממלכת האל של נגאטו וכאב (שהיא בעצם גופתו של יחיקו) עמה, נפרד מנארוטו ואומר שמאחר שנאגאטו האמין בו כדי להשיג שלום אמיתי, היא גם תעשה זאת. כשנארוטו חוזר לעלה, הוא נדהם למצוא את כל הכפר שממתין לשובו, כשהוא מגהד אותו כגיבור אמיתי. אחרי כל השנים הללו, נארוטו קיבל סוף סוף את ההכרה שתמיד רצה.

In the aftermath of the destruction of the Leaf Village, Iruka thinks back to the time when the Third Hokage first gave him the task of being Naruto's homeroom teacher at the Academy, since no one else would take him in.

Iruka struggles to deal with his hate for the Nine-Tailed Fox inside Naruto as he tries to connect with Naruto after seeing him shunned by his peers.

After discovering a kunai knife with a secret message on it, Naruto winds up being pursued by three kunoichi from the Hidden Waterfall Village. Iruka mangaes to find him, but when the situation grows worse, Kakashi appears to save them both.

Kakashi has a flashback back when he was assigned to be the sensei of Team 7. In a bid to know his students, Naruto, Sasuke & Sakura, better, Kakashi spies on them and to see how they would all get along as a group. Angered by Sakura's talk about calling Naruto a brat and that he has no family to tell him right or wrong, Sasuke tells Sakura she is annoying. Realizing Sakura's sadness, Naruto goes to battle Sasuke, but gets defeated. It then goes back to the present and Kakashi claims that it is up to him to stop Sasuke.

As the ninja of the Hidden Leaf Village work on repairing their village in the aftermath of Pain's invasion, Naruto and Sakura come across a familiar face among the carpenters: Inari and Tazuna have arrived to help out. Inari recalls what happened after Gato's death and how Naruto and Sasuke came to his rescue.

In a flashback of Naruto and Sakura's, Team 7 is on a mission to take an ostrich called Mr. Ostrich to his home. They arrive at a village where they see a swordsman named Tsukado who has a vendetta to carry on a man named Katazu who killed his distant relative Shikazo. Tsukado fails to defeat him so Naruto decides to teach him unusual revenge lessons. Katazu has then took his brother's identity and attracted Shikazo's pursuers while Kageki and his family went into hiding. Tsukado decides not to kill him and ends their years of fighting though Kanabun wants them to keep fighting. The swordsmen, Team 7 and Mr. Ostrich chase the Kanabun Gang out of town.

After hearing the news about Akatsuki's attack on the Hidden Leaf Village, Gaara worries about Naruto's well-being. He remembers a time in the past where Team 7 was assigned to help him out with a problem, and how nobody, especially Naruto, was eager to trust him. Yet, when his life was put in danger by people he had wronged, Naruto was the first to come to his rescue.

Sakura reflects upon a time when she was infected with a strange disease by Naruto. In order to find a cure, an order was issued for Naruto to be quarantined at all costs before he could infect anybody else.

While she and Neji prepare to visit an old man who makes ninja weapons, Tenten remembers the first time she visited him alongside Naruto and Neji. Utilizing a strange new weapon she had never seen before, Tenten fought against two ninja who had stolen two of the man's powerful weapons.

An ostrich tells a story of when Naruto, Rock Lee, and Shino, all led by Kotetsu, entered the Leaf Village's animal district in an effort to find and subdue him. However, he and the other animals proved that they weren't willing to go down without a fight.

Back before Rock Lee had his surgery, Naruto, after donning the suit given to him by Guy, set out on a mission with Sakura and Ino to obtain a special flower which was a necessary ingredient for Lee's medicine. When Naruto picked one of the flowers, however, he had to face a strange technique that had taken on the form of Gaara.

During the two-and-a-half-year time period in which Naruto was training under Jiraiya, the latter decided that it was time for Naruto to learn how to repel genjutsu. During this training session, the two traveled to a village which Jiraiya had previously been associated with, but they discovered that something dark was amidst.

After having discovered that the village was under the control of rebels from the Hidden Rain Village, led by Hanzo, Naruto and Jiraiya decided to take action to help save the women and children taken hostage and free the village from the Rain's tyrannical control.

In the past, Naruto and Sakura joined Sasuke on a mission to collect the paw print of Nekomata, a large and powerful two-tailed ninja cat that ruled over all of the ninja cats.

Naruto, two jonin and an elder known as "the Eternal Genin" set off to a mission to patrol the border of the Land of Fire following Orochimaru's attack. After some days with no incidents, a group of enemy ninjas cross the borders. The Eternal Genin proves to be a brave ninja and remembering the lessons he learned with the 2nd and 3rd hokages, sees the similarities between Naruto and his father.

A female spy, Hanare, from the Hidden Lock Village (Land of Key) is caught by ANBU pretending to be a musician. She is interrogated. However, the interrogation proves unsuccessful. Slowly, her past is revealed and so is her relationship with Kakashi. Team 7 spy on the two as they go around town, under the impression that the two are dating. After The Lock Village keeps a Leaf Village ninja hostage, they exchange Hanare for the ninja. It is then revealed that Hanare has a special ability, causing a large chase to occur. In the end, Kakashi lets Hanare free. The musician seen at the beginning entertaining Konoha ninja reminds Kakashi of Hanare which prompts the flashback.

Konohamaru's team asks Neji to talk about Naruto's heroism. Instead, Neji tells them about an incident during the Chunin exams three years prior. While Orochimaru attacked Konoha, two rogue ninja take advantage of the commotion and kidnap Hinata. Neji, Tenten, Kiba, and Akamaru rush out to save her. They're in trouble until Hiashi shows up and saves them, telling Neji that he's the beloved memory of Hiashi's younger brother. Neji realizes Naruto's speech about destiny was right; he isn't just a slave to the clan name. Konohamaru's team complains that Naruto wasn't in the story at all, and Neji cryptically answers that Naruto was the most important part.

אובה המסכמת באופן מהיר את היחסים בין נארוטו לסאסקה, החברות ביניהם והקשר העמוק שלהם - הם נלחמים אחד כנגד השני בכל כוחם, עד לסוף המר.

Naruto thinks back to the time when he encountered the soul of a man named Kisuke. Kisuke didn't recall anything about who he was, but a visit to the Leaf Village's hospital revealed something startling. Meanwhile, higher-ups of the Fire Country met to decide on a new security system for the Leaf Village put together by a ninja named Sabiru. Who exactly were Kisuke and Sabiru, and what connection did the two have?

Naruto thinks back to the time when Team 7 was on a mission to capture a group of thieves who stole a golden statue. When making a move on the thieves, Naruto and Sasuke had managed to take back the statue but were separated from Sakura, who was captured. On top of that, the thieves' leader had used a special thread-like technique to bind one of Naruto's hands to one of Sasuke's. Literally stuck to each other, would Naruto and Sasuke be able to work together to save Sakura and keep the golden statue safe at the same time?

Shikamaru remembers the time when Teams 7 and 10 joined together to flush out a band of bandits who were terrorizing a nearby village and had kidnapped the headman's granddaughter. With no assistance available from Kakashi or Asuma, Shikamaru was forced to lead the team of genin to the bandits' fort and come up with a plan to rescue the headman's granddaughter.

Sasuke has a flashback while traveling to Konoha with his team, Taka. He once saved a girl named Naho not knowing that she's a relative of the Feudal Lord. Meanwhile, Naruto and Sakura are sent on a mission to accompany Naho and act as her bodyguards while Kakashi and Sasuke are sent to discover the reason why internationally wanted bandits have entered their border. Kakashi and Sasuke later find out that the bandits intend to abduct Naho. Naruto and Sakura are defeated by the bandits and are taken hostage. Sasuke finds them first and proceeds to defeat the leader and mercilessly punches him because of his jealousy for Naruto's growing power. A cut to the present reveals Naruto contemplating on his promise to have Sasuke return to the village.

Naruto and Sakura learn that Danzo has been made Hokage and that his first order is to eliminate Sasuke. The two go to Sai and inquire about Danzo, but Sai reveals that a curse mark given to all members of the Foundation prevent him from revealing anything about the new Hokage. Soon afterward, Karui and Darui attack them, demanding information about Sasuke.

Karui decides to get information about Sasuke from Naruto by any means necessary. When Naruto refuses to sell Sasuke out, Karui takes out her frustration upon the former. Meanwhile, Danzo prepares for the Kage Summit, and determines to keep Naruto confined to the Leaf Village.

The time has come for each Kage to leave for the Kage Summit in the Land of Iron. On his way to the meeting, Danzo gets attacked by shinobi from the Wood Country who want to take his head. Meanwhile, Naruto, with Kakashi and Yamato by his side, heads off to find the Raikage to convince him to spare Sasuke.

Naruto stands before the Raikage and begs him to forgive Sasuke. Will the Raikage listen to what he has to say? Later, the Five Kage Summit gets underway. Mifune suggests that the Five Great Nations should form the first alliance of its kind; but also nominates Danzo to be the leader. How will the other Kages react to the latter proposal?

As chaos breaks out at the Five Kage Summit regarding Mifune's proposal to make Danzo leader of the alliance, Ao discovers something unsettling about the new Hokage. Meanwhile, Shikamaru goes to Sakura and asks permission to take decisive action against Sasuke. How will Sakura react, and what is Danzo's secret?

Without any warning, Zetsu bursts through the floor in the middle of the Five Kage Summit and announces that Sasuke is somewhere in the vicinity. The Summit is immediately put on hold, and the Kages and samurai begin searching for him. Meanwhile, Naruto receives an unexpected visit from Madara, who says that he needs to talk to him. How will Sasuke respond to being discovered, and what are Madara's intentions?

With Team Hawk exposed, Sasuke begins to ruthlessly take down all opposing samurai. Raikage, along with Darui and Shii, track down Sasuke. The two sides engage in battle, and Suigetsu and Juugo join the fray. Which side will win this battle of overwhelming power?

Sasuke uses Susano'o to slip past Gaara and the Raikage and heads towards Danzo. Just as the latter is within Sasuke's grasp, however, the Mizukage stands in his way.

The four Kage are startled by the sudden appearance of Madara Uchiha. Having sent Sasuke away to safety using the Transportation Technique, Madara unveils to the Kage his “Project Tsuki no Me.”

Sakura, not wanting to cause Naruto any more pain, tells him that he can let go of his promise about bringing Sasuke back, and claims that she doesn't feel anything more for Sasuke. To top it off, Sakura confesses her feelings for Naruto, taking everyone by surprise. How will Naruto respond? Meanwhile, Kisame tracks down Killer Bee and the battle for the Eight-Tails begins.

As Killer Bee's battle with Kisame rages on, the latter reveals a hidden trump card ability connected with Samehada. Meanwhile, Ao chases down Danzo, Fuu, and Torune, but they anticipate this and set a trap for him. Can Killer Bee and Ao make it through their individual clashes in one piece?

One of Sai's clones tells Naruto the truth surrounding Sasuke, something that Sakura couldn't bring herself to do. Before Naruto can even comprehend what Sai just said, they are interrupted by Gaara. What additional bad news concerning Sasuke does Gaara bring for Naruto?

Madara brings Sasuke out of his dimension to battle Danzo. When Sasuke demands answers concerning Itachi, things turn ugly, and Danzo reveals a few tricks he has up his sleeves (literally). What is Danzo's true strength, and can Sasuke summon enough power to suppress it?

Danzo brings forth a forbidden genjutsu known as Izanagi, which has the astounding power to turn dreams into reality and vice versa. Izanagi's great power comes with a time limit, but Sasuke's strength is rapidly dwindling as well. Can Sasuke resist long enough, or will Danzo completely overpower him?

As the fight between Sasuke and Danzo comes to a close, the latter will do whatever it takes to finish off the former. Meanwhile, Sakura and her team close in on Sasuke.

ההיסטוריה של סאקורה וסאסקה מנקודת מבטה של סאקורה. כל האירועים שהתרחשו בעבר מודגשים עם הקשר שבין השניים, בנוסף, מאדארה לקח את גופתו של דאנזו למקום המסתור וסאסקה מתכנן להרוג את קארין אך מפריעים לו.

ההיסטוריה של נארוטו וסאסקה מנקודת המבט של נארוטו. כל האירועים שהתרחשו בעבר מודגשים עם הקשר שבין השניים, בנוסף, נארוטו מתעורר ומהרהר לגבי השאלה: "אם אצטרך להגן על כפר העלה, מה עלי לעשות?"

קאקאשי מציל את סאקורה ממוות בטוח בידי סאסקה ומשתלט על הקרב. ממש כשסאקורה מתקרבת למוות בפעם השנייה, נארוטו מתערב ומציל אותה. אחרי כל כך הרבה זמן, צוות 7 המקורי מתאחד מחדש.

נארוטו נוזף בסאסקה על נסיונו להרוג את סאקורה. ואז חושף סאסוקה שהוא הרג את דאנזו במו ידיו. הוא ממשיך ומצהיר על כוונתו לטהר את שם שבט אוצ'יהא על ידי השמדת העלה הנסתר.

כשנארוטו וסאסקה מתנגשים, הראסנגן והצ'ידורי מתפוצצים ומעיפים את שניהם. כאשר זטסו ומאדארה מתגלים, הם מחליטים לסגת. אולם לפני כן, לנארוטו יש דבר אחד אחרון לומר לסאסקה.

נארוטו חוזר לכפר העלה. כשחבריו לקבוצה דורשים לדעת מדוע לא שם קץ לחייו של סאסקה, הוא משיב שבבוא העת, הוא יתמודד מולו. בינתיים, חבר אקאטסוקי מסתנן לכפר הענן הנסתר.