אוזומאקי נארוטו חוזר לכפר העלה הנסתר מהמסע הארוך בעל השנתיים וחצי שלו. הוא פוגש את כל חבריו הותיקים אשר כבר התקדמו בדרגה אחת מעל, והפכו לצ'ונינים, ג'ונינים או לגנינים, בזמן שנארוטו לא התקדם בדרגה בכלל ונשאר גנין כמו שהיה כאשר עזב. בנתיים, מתגלה כי שני אקאטסוקי חדשים מתקדמים לעבר כפר החול הנסתר על מנת לתפוס את הג'ינצ'וריקי גאארה, אשר הפך לקאזהקאגה של הכפר.

ג'יראיה מספר לקאקאשי על התוכנית של האקאטסוקי לתפוס את החיות בעלי הזנבות. בגלל זה, נארוטו, אשר בתוכו יש את השועל בעל תשעת הזנבות, מסכן את הכפר. ג'יראיה מחליט למסור את נארוטו תחת פיקודו של קאקאשי לזמן מה. לאחר השיחה, קאקאשי נותן לנארוטו וסאקורה אתגר אותו הוא נתן בפעם הראשונה בה הם נפגשו, בו הם צריכים לקחת מקאקאשי שני פעמונים בכוח בכדי להראות עד כמה הם השתפרו. בנתיים, שני האקאטסוקי החדשים אשר התגלו בתור דאידארה וסאסורי הגיעו לכפר החול הנסתר.

הקרב בין קאקאשי לנארוטו וסאקורה התחיל. קאקאשי רואה שיפורים רבים בשניהם, והטריקים בהם השתמש בפעם הראשונה בה פגש אותם לא עבדו עליהם יותר. קאקאשי אפילו נאלץ לחשוף את השארינגאן שלו, ולהלחם ברצינות. בנתיים, סאסורי ודאדיארה הצליחו לחדור לתוך הכפר בעזרת הסוכן החשאי של סאסורי בשם יורה. לאחר החדירה, דאידארה החליט לקחת על עצמו את גאארה, ולאחר יצירת הציפור מחימר על ידי הג'וטסו המיוחד שלו, התעופף באוויר מעל הכפר. אך למרות שהרג את כל השומרים על ידי אותו הג'וטסו חימר אותו הוא פיצץ, גאארה בכל זאת שם לב אליו, והתגלה אליו כאשר דאידארה היה בטוח שאף אחד לא שם לב אליו.

נארוטו וסאקורה התחילו להפסיד בקרב. הם הבינו שלמרות ההתחזקות שלהם, הם לא יצליחו להביס את קאקאשי אשר התחזק גם כן. אך נארוטו המציא את התוכנית שעזרה להם לקחת את הפעמונים על ידי כך, שהתחיל לספר לקאקאשי ספוילרים מהספר אותו הוא קורא. לכן, נאלץ קאקאשי לסגור עם ידיו את אוזניו, ולעצום את עיניו עם השארינגאן. זה איפשר לשניהם לקחת את הפעמונים. בנתיים, דאידארה וגאארה תהחילו להלחם.

לאחר נצחונם של נארוטו וסאקורה, קאקאשי מכריז כי הם יעבדו כשווים, בלי חילוקי תלמידים ומורים מעכשיו. בנתיים, הקרב של דאדיארה נגד גאארה מתפתח. דאידארה מגלה כי להלחם נגד הג'ינצ'וריקי של בעל הזנב האחד לא קל כל כך. לאחר הרבה התחמקויות, גאארה מצליח ללכוד את ידו של דאידארה בחולו, ולרסק אותה. בנתיים, באקי דואג כי גאארה בקרב כה קשה יוציא את השוקאקו ויחריב את הכפר, אך קאנקורו חולק על דעתו ונזכר בשיחתו עם גאארה, אשר השתנה והפך לטוב לב ודואג לכפר. בנתיים, דאידארה יוצר את יצירת המופת שלו. פסל חימר בו מרוכזת צ'אקרת ה-סי-3 של דאידארה בעלת הפיצוץ הכי אדיר שלדאידארה יש. דאידארה עוזב את הפסל, והוא נופל על הכפר ומתפוצץ בפיצוץ אדיר.

רגע האחרון של הפיצוץ גאארה מצליח להציב הגנה ענקית מעל פני הכפר אשר מגנה על הכפר כולו. מיד לאחר מכן, דאידארה זורק פצצה נוספת על גאארה, אשר מגן על עצמו עם החול אשר היה הקרוב אליו ביותר, והוא החול איתו ריסק את ידו של דאידארה. אך לאחר ההגנה, גאארה הופתע לראות פסלי חימר אשר יצאו מתוך החול כלפי גאארה. לפני שהספיק לעשות משהו, דאידארה פיצץ את הפסלים, וגרם להתעלפותו של גאארה. מסתבר, שכאשר ידו של דאידארה נכלאה בתוך החול, הוא הוציא מתוך הפיות שבידיו פסלי חימר קטנים אשר נשארו בתוך החול לאחר שידו התרסקה. לאחר מכן, דאידארה שלט בפצצות האלה וגרם להם לצאת מהחול אשר איתו גאארה התגונן, ובו הוא מחץ את ידו. לאחר שגאארה התחיל ליפול, דאידארה תפס אותו, והתכונן לעזוב את הכפר.

דאידארה וסאסורי יחד עם גאארה חסר ההכרה בורחים מהכפר. קאנקורו, אחיו הגדול של גאארה, יוצא אחריהם במטרה להחזיר את גאארה לכפר. לאחר שהוא מגיע אליהם, סאסורי מתנדב להלחם מולו, ונותן לדאידארה להמשיך הלאה. קאנקורו מזמן את בובותיו, והקרב מתחיל.

קאנקורו מפסיד ומורעל על ידי סאסורי לאחר קרב קצר בו סאסורי הביס אותו בקלות. סאסורי מגלה לקאנקורו את שמו, ואז זהותו כאחד המאסטרים של הבובות הטובים ביותר שהיו בכפר החול הנסתר. הוא זה שבנה את הבובות שבהם קאנקורו משתמש. סאסורי עוזב, ומשאיר את קאנקורו אשר מורעל לשכב על האדמה ולמות. בנתיים, כפר החול שולח הודעה לכפר העלה הנסתר.

קאנקורו הובא בחזרה לכפר ופונה לבית החולים. אך הרופאים בבית החולים לא ידעו כיצד לנטרל את הרעל של סאסורי, ולא מצאו לו תרופה. באקי החליט לבקש את עזרתם של זקני הכפר- צ'יו ואביזו. בנתיים, ההודעה של כפר החול הגיע לכפר העלה, וטסונדה בחרה לשלוח למשימה להצלצ הקאזהקאגה את נארוטו, סאקורה וקאקאשי. בדרך הם פגשו את טמארי, אשר יחד עם סאקורה גילתה לראשונה בזמן שיחתם עם קאקאשי על השד שנמצא בתוך נארוטו.

דאיאדרה וסאסורי מגיעים למחבוא האקאטסוקי, וכאשר נכנסים אליו, מנהיג האקאטסוקי נועל את המחבוא על ידי ג'וטסו מיוחד. לאחר מכן, כל חברי האקאטסוקי מופיעים, והטקס של החתמת השד בעל הזנב האחד מתחיל. בנתיים, מצבו של קאנקורו רק מחמיר, ואפילו צ'יו לא מצליחה לנטרל את הרעל של סאסורי. באותו הזמן, טסונדה, אשר מתחילה להבין את קושי המשימה שולחת אחרי קבוצת קאקאשי, את קבוצת גאי.

לאחר מסע של שלושה ימים, קבוצת קאקאשי יחד עם טמארי סוף סוף מגיעים לכפר החול. סאקורה משתמש בג'וטסו שלה בכדי להוציא את הרעל מגופו של קאנקורו, ולהצילו. לאחר שרוב הרעל הוצא, סאקורה משתמשת בו בכדי ליצור לו תרופת נגד. קאנקורו, אשר פחות או יותר התאושש, נתן לקבוצת קאקאשי פיסת בד מגלימתו של סאסורי, אותה הצליח להשיג בזמן הקרב. קאקאשי מזמן את כלבי הנינג'ה שלו, ונותן להם את פיסת הבד כדי שהם יאתרו את מיקומו של סאסורי על ידי הריח.

קבוצת קאקאשי יוצאת אחרי האקאטסוקי. בדרך, צ'יו מספרת להם מעט על החיות בעלי הזנבות. בנתיים, פאקון יוצא אל קבוצת גאי בכדי להוביל אותם אל המחבוא של האקאטסוקי גם כן. באותו הזמן, מנהיג האקאטסוקי יוצר מתוך הג'וטסו שלו שני העתקים של קיסאמה ואיטאצ'י, בעלי 30% של כוחם, ושולח אותם לתקוף את קבוצות קאקאשי וגאי.

הקרב בין גאי לקיסאמה מתפתח. גאי נאלץ לפתוח את ששת השערים הפנימיים שלו בכדי להביס את קיסאמה. בנתיים, נג'יו מצליח להשתרר ושלחרר את שאר קבוצת גאי מתוך כלאי המים אותם ההעתקים של קיסאמה יצרו. באותו הזמן, נארוטו קולט שהוא נמצא בתוך גנג'וטסו, ומנסה להשתחרר ממנו על ידי הזרמת צ'אקרה רבה מתוכו.

שני הקרבות המתרחשות במקביל נגמרות בפרק זה. גאי פותח את ששת השערים ומשתמש בג'וטסו "אסאקוג'אקו" ומחסל את קיסאמה, בזמן שנארוטו משתחרר מהגנג'וטסו בעזרת צ'יו וסאקורה לאחר שנכשל לעשות זאת בעצמו, ומשתמש על איטאצ'י בג'וטסו "אודומה ראסנגאן", ומחסל אותו. כאשר שתי הקרבות הסתיימו, שתי הצדדים המנצחים הופתעו לגלות, כי בני האדם שהם הביסו לא היו איטאצ'י וקיסאמה, אלא אנשים אחרים לגמרי.

הקבוצות של קאקאשי וגאי הבינו שהקרבות לא היו אמיתיים, ונועדו בשביל עיקובם מפני הגעתם לגאארה. צ'יו מסבירה על הג'ינצ'וריקי, ועל זה שהם מתים כאשר מוציאים מהם את שדם, מה שמפחית את הסיכוים שלהם להציל את גאארה. אחרי הקרבות, שתי הקבוצות נחו בכדי לנוח מהקרבות שהיו, ולהכתונן לקרבות שיהיו. בנתיים, קאנקורו מתאושש לגמרי ומגיע לאסיפה עם האנשים החשובים של כפר החול, בה כועס מאוד על כל אלה שמציעים למנות קאזהקאגה חדש.

הקבוצות של קאקאשי וגאי שוב יוצאות לדרך. בדרך, נארוטו מראה רצון רב להגיע במהירות למקום. קאקאשי מסביר לצ'יו שנארוטו גם כן ג'ינצ'וריקי, והוא מבין ומזדהה עם גאארה. בשיחה זו, מתגלה שצ'יו הייתה זו שחתמה את השוקאקו בתוך גאארה. בנתיים, האקאטסוקי סיימו את טקס ההחתמה, ובעקבות החתימה של השוקאקו, גאארה מת. באותו הזמן, קבוצות גאי וקאקאשי סוף סוף מגיעות למקום, וניצבות בפני הכניסה למחבוא האקאטסוקי.

שתי הקבוצות מגלות כי הכניסה למחבוא האקאטסוקי מוגנת בעזרת חמש חותמים, אשר מוצבים במקומות שונים בסביבה של הכניסה. קבוצת גאי יוצאת אחר החותמים הללו, וכאשר כל חברי הקבוצה מגיעים למקומומם, הם, ביחד עם קאקאשי אשר נמצא ליד הכניסה, מסירים את כל החותמים בו זמנית. זה מאפשר להם להכנס לתוך המחבוא. בנתיים, כל חברי האקאטסוקי מפסיקים את ג'וטסו ההעברה שלהם, ונעלמים. רק דאידארה וסאסורי, אשר באמת נוכחו במקום, ולא השתמש בג'וטסו ההעברה המיוחד נשארו במחבוא על מנת להשגיח על הפולשים.

לאחר ההסרה של הפתקים, בפני קבוצת גאי מופיעים העתקים מדויקים שלהם, אשר בעלי אותם היכולות כמו שלהם. הם מתחילים להלחם. בנתיים, קבוצת קאקאשי יחד עם צ'יו חודרת אל תוך המחבוא ונפגשת עם דאידארה וסאסורי. דאידארה לוקח את גופתו של גאארה. ומוביל את נארוטו וקאקאשי מחוץ למחבוא, בזמן שסאקורה וצ'יו נשארות בתוכו בכדי להלחם נגד סאסורי.

צ'יו מספרת לסאקורה על סאסורי, והיותו אחד המאסטרים של הבובות הטובי ביותר בהסטוריה של כפר החול. אך הוא סולק מהכפר בגלל שהתחיל להשתמש באנשים אמיתיים לבניית הבובות שלו. בנוסף לכך, צ'יו סיפרה כי הסאסורי האמיתי מתחבא בתוך הבובה ששמה הירוקו, ועל מנת להביס את סאסורי, צריך לשבור את הבובה קודם. הקרב מתחיל, ועל ידי שיתוף פעולה, צ'יו וסאקורה מצליחות להרוס את הבובה. בנתיים, דאידארה מספר לקאקאשי ונארוטו את הטעות אותה הם עשו בכך שהשאירו את סאקורה וצ'יו להלחם נגד סאסורי, אשר חזק יותר ממנו לפי דבריו.

כאשר הבובה שלו נהרסה, סאסורי נאלץ להתגלות בפני שתי הקונויצ'י. להפתעתה הרבה של צ'יו, פניו של סאסורי לא השתנו בכלל מאז עזיבתו מהכפר. לאחר יציאתו מהבובה, סאסורי מזמן לשדה הקרב את הקאזהקאגה השלישי אותו הפך לבובה, ומשתמש בנשקים הקטלניים שלו בכדי ללכוד את סאקורה בענן גז רעיל ללא היכולת לזוז. בנתיים, קאנקורו יוצר קבוצה המורכבת מטמארי, אביזו וכמה שינובי מכפר החול. לאחר שכולם התאספו במקום אחד, הם יוצאים אחרי האקאטסוקי על מנת להציל את גאארה.

סאקורה מצליחה לברוח מהעשן על ידי הפצצת פתק הפציוץ קרוב אל עצמה. לאחר מכן, צ'יו מזמנת את הבובות "אמא" ו"אבא" אותן סאסורי יצר. שתי הבובות מתחילות להלחם, ואף מצליחות לדחוק מעט את הקאזהקאגה השלישי לפינה, עד שהוא משתמש בטכניקה שלו- חול הברזל. בנתיים, קבוצת גאי ממשיכה להלחם נגד העתקיהם, ואף מתחילה להתעייף.

חול הברזל התקיף את הבובות ומנע מהם לזוז. גם ידה של צ'יו, אשר אותה היא הפכה ליד של בובה, נוטרלה. צ'יו נכנסת לרגע של נוסטלגיה ונזכרת בפעם הראשונה בה סאסורי ניסה לשלוט בבובות "אמא" ו"אבא". לאחר שהבובות נוטרלו, לא נשאר לצ'יו איך להלחם, וסאקורה מציע את עצמה בתור הבובה של צ'יו. צ'יו מסכימה, ומתחילה לשלוט על סאקורה אשר משתמשת בכוחה בכדי להעיף את חול הברזל.

סאקורה וצ'יו ממשיכות להלחם נגד סאסורי. סאקורה מתחמכת ונותנת מכות חזקות מאוד למבני חול הברזל של הקאזהקאגה השלישי, מה שגורם להרס למערה בה הם נמצאים. לאחר שסאסורי רואה כי אם הצורות הוא לא יצליח לעשות כלום, ומשנה את צורותיהם לכמויות רבות של קוצים המתחברים ברשת גדולה אשר תקפה את סאקורה. מתקפה כזאת לא הייתה ניתנת להתחמקות, וסאקורה נפגעה ממנה. מסתבר, שסאסורי שם בתוך חול הברזל את רעלו, ושריטה קטנה הנגרמת ממנו יכולה להרוג. לאחר שהעשן התפוגג, נראתה סאקורה שוכבת בחסרות אונים על האדמה ללא יכולת לזוז. סאסורי הפנה לכוונה את הקאזהקאגה השלישי אשר הוציא את סכיניו המורעלים מידו, אך ברגע האחרון, סאקורה קמה ונתנה אגרוף הרסני לבובה, אשר גרם להריסותה.

לאחר שסאקורה שברה את הבובה, היא מספרת לצ'יו כי היא השתמשה בנוגדן אותו עשתה עוד בכפר החול הנסתר. סאקורה מספרת שהנוגדן עובד שלוש דקות, ובשלוש דקות הללו, הרעל של סאסורי לא יעבוד עליה. שתי הקונויצ'י מתכוננות לקרב בו הן מתכננות להרוג את סאסורי בשלוש דקות הללו, בזמן שסאסורי מגלה להן כי הפך את עצמו לבובה אנושית. בנתיים, קאקאשי ונארוטו ממשיכים לעקוב אחר דאידארה אשר מפציץ אותם בפסלי החימר שלו. לאחר הפצצה אחת נוספת, קאקאשי מתחיל לספר לנארוטו על תוכניתו.

הקרב השני בין צ'יו וסאקורה לבין סאסורי מתחיל. בהתחלה, נראה כי סאקורה הביסה את סאסורי על ידי פירוקו לחתיכות, אך הוא התחדש. לאחר מכן, צ'יו זימנה את עשרת הבובות מהאוסף של צ'יקאמאטסו בזמן שסאסורי זימן מאוה בובות מהאוסף שלו. הקרב האדיר התחיל. צ'יו התחילה להלחם עם עשרת בובותיה נגד מאה הבובות של סאסורי בזמן שסאקורה לקחה את הכדור שצ'יו נתנה לה, והתכוונה לפגוע עימו בסאסורי בכדי לא לאפשר לו להשתמש בצ'אקרה. במהלך הקרב, סאקורה הצליחה לעשות זאת, אך סאסורי השתמש בקאווארימי נו ג'וטסו והצליח לברוח. כאשר סאקורה לא הבינה מה קרה, סאסורי ניצל את ההזדמנות והופיע ליד צ'יו עם סכין ביד. כאשר הניף את הסכין על צ'יו, הוא דקר את סאקורה אשר במהירות ניגשה אליו בכדי להגן עליה.

צ'יו משתמשת בנוגדן שלה בכדי לנטרל את הרעל שנכנס לתוך סאקורה. לאחר מכן, צ'יו מצליחה לדקור את סאסורי בחלק החי היחידי שיש לו- ליבו בעזרת הבובות "אמא" ו-"אבא". לאחר מכן, צ'יו ניגשת לסאקורה אשר נדקרה בבטן על ידי סאסורי ומתחילה לרפא אותה בעזרת טכניקת התחייה שלה. כמה שניות לפני מותו, סאסורי מספר על כוונתו להיפגש עם מרגלו אשר מתגלה בתור אחד המשרתים של אורוצ'ימארו. בנתיים, קאקאשי חושף את התכונית אותה סיפר לנארוטו, ומשתמש בנגקיו שארינגאן החדש שלו.

קבוצת גאי ממשיכה להלחם נגד ההעתקים שלה. חברי הצוות מתחילים להתעייף, בזמן שההעתקים נלחמים ללא הפסקה בלי טיפת זיעה על פניהם בגלל היותם לא אנושיים. רוק לי מבין כי הדרך היחידיה לנצח את ההעתקים היא להתחזק יותר מהרגע בו הם התחילו להלחם נגד ההעתקים. קבוצת גאי נזכרת בכל האימונים שלה, וזה נותן לה את הכוח להתחזק ולהביס את ההעתקים אשר הפכו בחזרה לחומר הדומם שהיו.

לאחר שקבוצת גאי סיימה עם הקרב, הם מיהרו בחזרה לקבוצת קאקאשי. גם סאקורה וצ'יו גם כן התאוששו מהקרב שלהן, ומיהרו גם הן אל קאקאשי ונארוטו. בנתיים, נארוטו הלך הצידה והחל לטפס על מורד ההר בכדי לצאת מהעמק בזמן שקאקאשי הפעיל את המנגקו שארינגאן שלו על דאידארה. הטכניקה בה השתמש גרמה ליצירת חור שחור קטן אשר שאב את דאידארה לתוך עצמו. בנואשות, דאידארה ניסה לברוח מהחור, ואף עשה זאת, אך קאקאשי הצליח לכרות בעזרת החור את ידו הימנית והיחידה שנשארה לדאידארה. כאשר דאידארה התאושש מהטכניקה המזעזעת, הוא לא שם לב לנארוטו אשר הופיע מעליו עם ראסנגאן ביד, וריסק את הציפור עליה דאידארה ריחף, מה שגרם לגאארה להגיע לידי נארוטו, ולדאידארה לקפוץ הרחק מהציפור. ההעתקים של נארוטו בדקו את גאארה, ובנתיים נארוטו האמיתי תקף בחזקה את דאידארה, אשר מצליח להתחמק.

צ'אקרת השועל מתחילה לצאת מתוך נארוטו ולקחת צורה של שתי זנבות. נארוטו כבר לא מצליח לשלוט בעצמו ואפילו לא מזהה את קאקאשי אשר נמצא בקרבתו. קאקאשי משתמש בחותם שג'יראיה נתן לו בכדי לגרום לנארוטו עייפות רבה והחזרת צ'אקרה הקיובי בחזרה למקומה. בנתיים, קבוצת גאי וצ'יו יחד עם סאקורה מגיעים למקום. דאידארה משתמש בשאריות הצ'אקרה שלו בכדי ליצור פיצוץ אדיר שלי דבריו, הוא פיצוץ התאבדות, אך קאקאשי מצליח להשתמש במנגקו שארינגאן בדיוק בזמן, ושואב את הפיצוץ לחור השחור אותו יצר. לאחר מכן, סאקורה בודקת את גאארה ומסיקה כי הוא מת. כולם נכנסים לצער עמוק. בנתיים, צ'יו מתקרבת לגאארה ומפעילה את טכניקת ההחייה שלה.

עם עזרתו של נארוטו, צ'יו משלימה את טכניקת ההחייה שלה. בזמן שהיא עושה זאת, הוא מדברת עם סאקורה ונארוטו ונותנת להם עצות לעתיד. לאחר סיום הטכניקה, צ'יו מתה וגאארה מתעורר בחיים, ומוצא את עצמו עקוף בעשרות שינובי מכפר החול הנסתר שבאו לעזרתו. ברגע שגאארה מגלה על מותה של צ'יו, הוא מבקש מכולם לעמוד דקת שקט בשבילה.

דאידארה אשר שרד את הפיצוץ מפני שהוא השתמש בהעתק שהתפוצץ, ולא בעצמו, יוצא מתוך האדמה, לאחר שעבד וברח מקבוצת קאקאשי וגאי והולך לחפש את ידו הימנית עם הטבעת שלו. בנתיים, טובי וזטסו מגיעים לשדה הקרב שבו נלחמו סאסורי וסאקורה עם צ'יו, וטובי לוקח את הטבעת של סאסוריף מה שמאפשר לו להצטרף לארגון האקאטסוקי. לאחר מכן, השניים מוצאים את ידו של דאידארה, וטובי מתכוון לקחת גם את הטבעת שלו, אך דאידארה אשר מגיע בדיוק בזמן מתעצבן על טובי ולא מאפשר לו לעשות זאת. באותו הזמן, בקונוהא, דאנזו נותן הוראות לסאי, ומודיע לו כי הוא יצטרף לקבוצת קאקאשי לזמן מה.