אורוצ'ימארו מבין כי הוא מתחיל לדחות את הגוף החדש שלו, ומשתוקק יותר מתמיד לקחת את גופו של סאסוקה. הוא אף נזכר איך הם נפגשו, ואת הפונטציאל שהוא איתר בו עוד מההתחלה. בעוד שקאבוטו הולך להכין תרופה בשביל אורוצ'ימארו החולה, סאסוקה פורץ לחדר, ואף מחליט להלחם בו. סאסוקה טוען כי אורוצ'ימארו חלש יותר ממנו, ופותח בקרב ללא רחמים. אורוצ'ימארו חושף בפני סאסוקה את גופו האמיתי; נחש לבן וגדול ממדים. סאסוקה מחליט לתקוף את אורוצ'ימארו בכל הכוח.

במהלך הקרב בין סאסוקה לאורוצ'ימארו, אורוצ'ימארו נזכר בעברו כילד, אשר כוללים גם את חייו כשינובי ועד לעריקתו מכפר העלה הנסתר. עוד בימים שבהם אוצ'יהא איטאצ'י הצטרף לארגון, והוא, אורוצ'ימארו עצמו, ניסה לקחת שליטה על גופו. לבסוף, סאסוקה מצליח להכניע את גופו של אורוצ'ימארו, אך זה מחליט להקדים את תהליך הפולחן, ולבצע אותו מיידית. דקות ספורות לאחר מכן, קאבוטו מגיע לחדר, ומוצא את סאסוקה לבדו. סאסוקה מראה לקאבוטו את כל מה שקרה במהלך הקרב שלהם, ואת העובדה שסאסוקה עצמו הפך את טכניקת גלגול הנשמות של אורוצ'ימארו באמצעות השארינגאן. כעת, אורוצ'ימארו הובס.

סאסוקה משחרר את סוויגטסו; שינובי שהיה כלוי בבסיס של אורוצ'ימארו. לאחר שהוא מבהיר לו כי הוא לא רואה בו כאדונו, מחליט סויגטסו להצטרף לשורותיו. השניים מגיעים לקיריגאקורה, לאור העובדה שסויגטסו מעוניין בחרבו של מומוצ'י זאבוזה- קוביקירי הוצ'ו. לצערו, החרב לא נמצאת בקברו של זאבוזה, מה שגורם לשניים להסיק כי היא נלקחה על ידי אחד מהשינובים בכפר. השניים מוצאים לבסוף שינובי בשם טנזן ואת עוזרו, אשר טענו כי הם הרגו את זאבוזה, ואף לקחו את קוביקירי הוצ'ו. לאחר שסויגטסו חושף את יכולותיו, הוא מביס אותם, לוקח את החרב ופונה ביחד עם סאסוקה לבסיס נוסף של אורוצ'ימארו.

לאחר שצירף את הוזוקי סויגטסו לשורותיו, סאסוקה פונה לבסיס נוסף של אורוצ'ימארו. בואו לבסיס מוכיח לשומרת, קארין, ולשאר האסירים כי השמועות היו נכונות, וסאסוקה הרג את אורוצ'ימארו. סאסוקה חושף כי הוא מעוניין לצרף את קארין לשורותיו, וכך, למרות הוויכוחים הבלתי נפסקים עם סויגטסו, קארין מצטרפת לסאסוקה מתוך אהבתה כלפיו. לבסוף, הצוות מחליט לפנות לבסיס הדרומי של אורוצ'ימארו, שנחשב בעיני רבים כבסיס לא רגיל.

עם צירופה של קארין לשורותיו, סאסוקה והשאר יוצאים לבסיס הצפוני של אורוצ'ימארו, שנחשב בעיני רבים כלא רגיל. הם מותקפים ע"י שינובים שמשתמשים בחותם המקולל, וסויגטסו מחליט להישאר ולתת לקארין וסאסוקה להיכנס לבסיס. ביינתים בקונוהאגאקורה, נארוטו וסאקורה מגלים כי סאסוקה הביס את אורוצ'ימארו. סאסוקה וקארין מגיעים לכלאו של ג'וגו, אחד האסירים בבסיס הנ"ל. לאחר שהוא פותח את דלת החדר, ג'וגו מתפרץ עליו וסאסוקה מנסה לעצור אותו בכל הכוח.

בימים של מלחמת השינובי השלישית, האטקה קאקאשי מקבל את המשימה הראשונה שלו כג'ונין. קאקאשי יוצא למשימה ביחד עם חבריו לצוות; אוצ'יהא אוביטו ורין, והסנסיי שלו; יונדאימה הוקאגה לעתיד. השניים נקלעים לעימות עם שינובי מאיווגאקורה, וקאקאשי חושף את ה"צ'ידורי" - הג'וטסו המקורי שלו. קאקאשי נכשל בהריגת השינובי, שנהרג בהמשך על ידי הסנסיי שלו. יום למחרת, קאקאשי, אוביטו ורין נקלעים לעימות נוסף עם שינובים מאיווגאקורה, ואלה מצליחים לקחת בשבי את רין. קאקאשי מתכווח עם חברו לקבוצה, אוביטו, על פעולתיו של שינובי בזמן מלחמה. לבסוף, אוביטו מחליט ללכת להציל את רין, עם או בלי עזרתו של קאקאשי.

קאקאשי מחליט לעזור בחילוץ רין. ביחד עם אוביטו, השניים מוצאים את המחבוא של השינובים. לצערם, אחד מהשינובים תוקף אותם בהפתעה. אוביטו, שמפעיל לראשונה את השארינגאן, מצליח להרוג אותו. החילוץ של רין עובר בהצלחה, אך מפולת סלעים שפורצת במקום מרסקת את מחצית מגופו של אוביטו. זה מבקש מרין להעביר לקאקאשי את עין השארינגאן שלו, כמתנה לעלייתו לדרגת הג'ונין. לאחר שהעברה מצליחה, קאקאשי הורג את השינובי השני שחטף את רין. לאחר מותו של אוביטו, ורין וקאקאשי מוצאים את עצמם מול שלל שינובים מאיוואגאקורה. הם ניצלים על ידי הסנסיי שלהם, וקוברים את אוביטו. בנוסף, קונוהא מנצחים במלחמה מול איווא.

קיסאמה מצליח להביס את רושי, הג'ינצ'וריקי של יונבי. מיד לאחר מכן, חברי האקאטסוקי מתחילים בחתימת סאנבי ויונבי. מנהיג האקאטסוקי חושף את מותם את הידאן וקאקוזו, וכן את מותו של אורוצ'ימארו, על ידי אוצ'יהא סאסוקה. אקאטסוקי מבינים שסאסוקה הפך לאיום עליהם, ודאידרה, המצוות עם טובי, מחליט לצאת ולהרוג אותו. בעוד שצוות הבי מגיע למגורם של חתולי הנינג'ה, קונוהא מארגנת קבוצה של שמונה שינובים, ביניהם נארוטו וסאקורה, לאתר את מיקומו של אוצ'יהא איטאצ'י.

קונוהא מתחילים במשימה לאתר את אוצ'יהא איטאצ'י וסאסוקה, בעוד שהבי יוצאים לאתר את איטאצ'י. לאחר שכל השינובים מקונוהא מתפצלים לקבוצות, נארוטו, הינאטה ויאמאטו פוגשים את יאקושי קאבוטו, שחושף בפניהם את מה שקרה לו אחרי מותו של אורוצ'ימארו, ואת העובדה שהוא שילב בגופו תאים של גופת הנחש שלו. בנוסף, קאבוטו נותן לנארוטו מידע על האקאטסוקי, ונעלם, לא לפני שהוא מבטיח שהוא יחזור בשביל נארוטו עצמו, אחרי שיטפל בסאסוקה. אחרי הפיצול של הבי, סאסוקה פוגש בדאידרה וטובי, שמתאגרים אותו לקרב.

סאסוקה ודאידרה מתחילים בקרב. לאחר כישלון של אחת מהטכניקות שלו, דאידרה משתמש ב-סי-2, בעוד שטובי מכין מכרה חימר סביב שדה הקרב. סאסוקה כלוא משני הכיוונים; ה-סי-2 של דאידרה בשמיים, ומכרה החימר של טובי באדמה. למרות השימוש ב-סי-2, דאידרה מצליח לגבור על סאסוקה, אך זה מהתל בו ומפיל אותו למלכודת בלתי צפויה. לבסוף, מתברר שדאידרה שרד. הוא נזכר ביום בו הוא הצטרף לאקאטסוקי, ואת הרצון להביס את אוצ'יהא איטאצ'י. בשיא הקרב, דאידרה משתמש ביצירת המופת שלו - גארודה - שנועדה במקור להביס את איטאצ'י, ויוצר העתק רב ממדים של עצמו.

דאידרה מוציא לפועל את ההטכניקה שנועדה להביס את איטאצ'י. למרות שהוא בטוח שהוא הביס את סאסקה אחת ולתמיד, זה חוזר במפתיע, אחרי שהצליח לשרוד עם השימוש בשארינגאן. סאסקה מצליח לתפוס את דאידרה, אך החלקיקים הזעירים שמתלווים לטכניקה נכנסים לגופו. דאידרה, שתשוש מהקרב, מגלה שסאסקה הצליח לשרוד בשנית, הפעם באמצעות שימוש באלמנט הראיטון שלו, שמוליך את כל גופו, וכך משמיד את החלקיקים הזעירים. דאידרה מחליט לסיים את הקרב בטכניקה היוצרת פיצוץ ברדיוס של קילומטרים. למרות הידיעה שגם טובי נמצא באזור, דאידרה מחליט להוציא את הטכניקה לפועל.

הקרב בין דאידרה לסאסקה הגיע לסופו, וזטסו מודיע לחברי האקאטסוקי על מותם של דאידרה וטובי. הצוות מקונוהא מגיע לזירת הקרב, בעוד שהבי מוצאים את סאסקה באפיסת כוחות, לאחר שהשתמש במאנדה כמגן. זה מוצא את מותו מספר שניות לאחר מכן. ביינתים, באמגאקורה, מנהיג האקאטסוקי פיין והשותפה שלו, קונאן, פוגשים אדם מסתורי, שמטיל על פיין לתפוס את הקיובי, בטענה שמנהיג לא יכול להיכשל בשום אופן. קיבה עולה על מיקומו של סאסקה, ויוצא ביחד עם הצוות של קונוהא, בעוד שהבי מחליטים לנוח ולתת לסאסקה מעט מנוחה. לבסוף, אותו האדם המסתורי באמגאקורה מתגלה כטובי, או בשמו האמיתי, אוצ'יהא מאדארה.

ג'יראייה מגיע למשדרה של טסונאדה, בטענה שהוא סוף סוף עלה על מיקומו של מנהיג האקאטסוקי - אמגאקורה. הבי מחליטים לצאת לדרך בשנית, לאחר שקיבה עולה על עקבותיו של סאסקה. רעיון מתוחכם של קארין מצליח לבלבל את השינובים מקונוהא, ונארוטו משתמש במספר מאסיבי של קאגה בונשין, על מנת לאתר את סאסקה. במהלך החיפוש, נארוטו פוגש את אוצ'יהא איטאצ'י, שרוצה רק לדבר איתו. לאחר השיחה, הצוות מקונוהא ממשיך את החיפוש אחר סאסקה, והבי מנסים לעלות על המחבוא של האקאטסוקי. לפני שהוא יוצא לאמגאקורה, ג'יראייה וטסונאדה מזכירים בשיחתם את הוריו של נארוטו, נאמיקאזה מינאטו ואוזומאקי קושינה.

כשינובי צעיר, ג'יראייה היה תלמיד ישיר של סארוטובי - הסנדאימה הוקאגה לעתיד, ביחד עם אורוצ'ימארו וטסונאדה. לאחר שנכשל במשימה לתפיסת הפעמונים, סארוטובי משוחח עם ג'יראייה וחושף בפניו את טכניקת הזימון. מאז אותו היום, ג'יראייה התאמן ברצינות על מנת לנסות ולבצע גם את הטכניקה הזו. בפעם הראשונה בה השתמש בטכניקת הזימון, ג'יראייה מצא את עצמו אצל הצפרדעים בהר מיובוקו. מאז, הוא התאמן שם במקביל לאימוניו עם סארוטובי. לאחר מספר שנים, ג'יראייה פגש את נזיר הצפרדע הגדול, שסיפר לו על חיזיון שקשור לג'יראייה עצמו; בעתיד, לג'יראייה יהיה תלמיד, שישפיע בצורה דרסטית על גורל העולם. מאז, ג'יראייה התחיל לשוטט בעולם, בניסיון למצוא את אותו התלמיד. לאחר שפגש מספר שינובים בדרכו, ג'יראייה נקרא בחזרה לקונוהא, וביחד עם אורוצ'ימארו וטסונאדה, הוא יוצא להלחם במלחמת השינובי הגדולה, באמגאקורה.

לאחר קרב של שלושת השינובים מול המנהיג האדיר של אמגאקורה, האנזו, קיבלו השלושה את התואר "סאנין". מאוחר יותר, השינובים מקונוהא פוגשים בשלושה יתומים מהמלחמה באמגאקורה - יאהיקו, קונאן ונאגאטו. ג'יראייה נותן לאורוצ'ימארו וטסונאדה להמשיך בדרכם, ומחליט להשאר עם היתומים, במטרה שיוכלו להגן על עצמם. באחד מן הימים, שינובי מאיוואגאקורה תוקף את יאהיקו, ונאגאטו, שחזה בקרב, הרג אותו לנגד עיני יאהיקו. שג'יראייה מגיע למקום, הוא מוצא את נאגאטו עם עיני הדוג'וטסו האלוהי - "הרינ'נגאן" - שהיו שייכות לנזיר ששת הדרכים. ג'יראייה האמין שנאגאטו הוא הילד מהנבואה, והתחיל ללמד את השלושה נינג'וטסו. מאוחר יותר, ג'יראייה עזב את השלושה לדרכיהם, לאחר שלימד אותם להגן על עצמם. לאחר שג'יראייה חזר להלחם לצדם של טסונאדה וג'יראייה, הוא שומע על מותם של השלושה. מספר שנים לאחר הקרבות באמגאקורה, ג'יראייה נותן לנאמיקאזה מינאטו לקרוא את ספרו, "סיפור הנינג'ה האמיצה", וביחד עם אשתו, קושינה, מחליט מינאטו לקרוא לבן על שם הדמות הראשית בסיפור - נארוטו.

ג'יראייה מגיע לאמגאקורה, לאחר שגילה על מיקומו של מנהיג האקאטסוקי. להפתעתו, הוא מגלה שאמגאקורה כבר לא נמצאת במלחמת אזרחים, וכעת, הכל רואים את המנהיג החדש שלהם, פיין, כאלוהים. על מנת לברר עוד על פיין המסתורי, ג'יראייה מצליח ללכוד שני שינובים בדרגה נמוכה, ולוכד אותם בלוע צפרדע ענקי. לבסוף, אחד מהשינובים מספר לג'יראייה על הבסתו של סאלאמאנדר האנזו, המנהיג לשעבר של אמגאקורה, על ידי פיין עצמו. בנוסף, פיין הרג את קרוביו של האנזו, משפחתו וכל מי שקיים איתו קשר כלשהו. באותו הזמן, פיין מבקש מקונאן למצוא את הפולש באמצעות אוריגאמי, וזאת מצליחה לאתר את ג'יראייה. בעוד שקונאן יוצאת לעכב אותו, פיין נכנס לחדר מסתורי, המחזיק בתוכו עוד חמישה אנשים נוספים עם מדי האקאטסוקי. כעת, שהוא בגוף אחר לגמרי, פיין יוצא להרוג את ג'יראייה.

ג'יראייה מסיים את השיחה עם השינובי שלכד, לא לפני שהוא מזמן צפרדע עם מגילה מיוחדת, המסוגלת לשחרר את מלוא הכוח של הקיובי. ג'יראייה מורה לצפרדע להעניק את המגילה לנארוטו, במידה ויקרה לו משהו במהלך הקרב. ג'יראייה יוצא מלוע הקרפדע בגופו של השינובי מאמגאקורה, ומוצא את עצמו מול קונאן. הוא מבין עד מהרה כי מדובר באותה קונאן שפגש לפני מספר שנים במלחמה, ומנסה להוציא ממנה מידע בנוגע לנאגאטו ויאהיקו. בדיוק אז, פיין מגיע אל זירת הקרב. ג'יראייה מסיק כי מדובר בנאגאטו, לאור העובדה שהוא מחזיק את עיני הרינ'נגאן, ושומע מפיין עצמו שיאהיקו נהרג. פיין מגלה לג'יראייה את המטרה העיקרית באסיפת הביג'ואים; יצירת קינג'וטסו, שיגרום לעולם להרגיש כאב ולהביא לשלום עולמי. בעוד שפיין מבצע מספר זימונים שונים, ג'יראייה מזמן את גאמאקן, והקרב בין השניים מתחיל.

הקרב בין פיין לג'יראייה ממשיך. ג'יראייה מחליט להיכנס לסנין מוד, ומנסה להרוויח כמה שיותר זמן. ביחד עם גאמאקן, השניים מתמודדים מול מספר זימונים של פיין, בעוד שזה מסתתר בלוע הזיקית שזימן. לבסוף, ג'יראייה מצליח להיכנס לסנין מוד, ומזמן לזירה את פוקאסאקו ושימה, בעוד שגאמאקן חוזר למיובוקוזאן. לבסוף, שתי הצפרדעים מביסים על הזיקית של פיין. לאחר שאיבד את הזיקית שלו, פיין מזמן שני אנשים לשדה הקרב.

ג'יראיה מתמודד כעת עם שני כפילי פיין חדשים ששניהם בעלי יכולות שונות מזה שבו הוא נלחם. רק מי הוא פיין וכמה כפילים שלו יש?

בעודו חוזה בששת האנשים המחזיקים ברינ'נגאן, ג'יראייה מגלה כי אחד מהם הוא בעצם יאהיקו. לאחר שהוא מסיק כי נאגאטו הוא לא אחד מהאנשים העומדים מולו, ששת יריביו, החולקים את השם "פיין", תוקפים אותו במפתיע. ג'ראייה מצליח ללכוד ולהרוג אחד מששת הפיינים, ומגלה כי הוא במקור שינובי מפומה, שנלחם בעברו מול ג'יראייה עצמו. למרות ההזדמנות לברוח, ג'יראייה מחליט לחזור לשדה הקרב, ביחד עם פוקאסאקו, על מנת לאמת את ההשערה שלו. שהוא עומד שוב מול פיין, ג'יראייה מבין כי כל האנשים הללו היו שינובים שפגש בעבר. בלי היסוס, חמשת יריביו של ג'יראייה משספים את גופו. ברגעיו האחרונים, ג'יראייה משתמש בגופו של פוקאסאקו לכתיבת קוד מסוים, וצולל אל מותו באגם.

בשעה שנארוטו והאחרים מחפשים אחר סאסוקה, זה נפגש עם איטאצ'י במערה. איטאצ'י אומר לו לפגוש אותו במחבוא האוצ'יהא, ונעלם. סאסוקה והצוות נתקלים בבונשין של נארוטו, שמובס בקלות, אך מגלה לנארוטו האמיתי את מיקומו של סאסוקה. כשנארוטו והאחרים יוצאים בעקבותיו, הם פוגשים בטובי. בנתיים, צוות הבי מתעמת עם קיסאמה, ואילו סאסוקה ממשיך הלאה אל איטאצ'י.

כשסאסוקה נפגש עם איטאצ'י, האח מעלה זיכרונות מן העבר, כיצד רצח את שבטו שלו בלילה ההוא. סאסוקה נחוש לחסל את אחיו הבכור, והקרב הגורלי בין שני אחי האוצ'יהא מתחיל. בזמן שסאסוקה ואיטאצ'י מחליפים גנג'וטסו אחד עם השני, איטאצ'י מספר לו שאדם נוסף היה שותף לטבח האוצ'יהא - אוצ'יהא מאדארה, מייסד הכפר של קונוהא בכבודו ובעצמו.

בשעה שזטסו צופה בהם, איטאצ'י מספר לסאסוקה את האמת מאחורי המאנגקיו שארינגאן וחושף את הסודות האפלים של הקקאי גנקאי של שבט האוצ'יהא. לבסוף, איטאצ'י דוחק את סאסוקה לפינה ומתכונן לעקור את עיניו.

סאסוקה שובר את הטסוקויומי שהוטל עליו, ומשתחרר מהגנג'וטסו. כעת שאשליות הן חסרות תועלת, השניים עוברים לשימוש בנינג'וטסו, וידו של סאסוקה על העליונה, עד שאיטאצ'י משתמש באמאטראסו, אך סאסוקה ניצל הודות לטכניקת ההחלפה. בסופו של דבר, איטאצ'י טוען שלסאסוקה לא נותרה צ'אקרה, אך מסתבר שסאסוקה הגיע לקרב מוכן, ונשארה לו טכניקה אחת אחרונה שתאפשר לו לחסל את איטאצ'י.

סאסוקה חושף את טכניקת הברק שלו, קירין, ומנסה לחסל את איטאצ'י. איטאצ'י שורד את ההתקפה הקטלנית הודות לסוסאנו'או, טכניקת המאנגקיו השלישית והאחרונה. עכשיו שסאסוקה נותר ללא צ'אקרה, אורוצ'ימארו משתחרר החוצה, אך נכלא בגנג'וטסו נצחי על ידי איטאצ'י. כשסאסוקה נמצא בידיו של איטאצ'י, איטאצ'י אומר לו דבר מה ומתעלף.

בעודם ממשיכים להלחם בטובי, זטסו מגיע ומודיע לטובי על תבוסתו של איטאצ'י בקרב נגד סאסוקה. טובי נפרד מנארוטו והאחרים ונעלם מהמקום ביחד עם זטסו. לאחר שאסף את סאסוקה וגופתו של איטאצ'י, סאסוקה מתעורר במערה, שם טובי מציג את עצמו כאוצ'יהא מאדארה ומגלה לו שאיטאצ'י ניסה להגן עליו.

מאדארה מספר לסאסוקה על ההיסטוריה של הן שבט האוצ'יהא והן שבט הסנג'ו, תחת הנהגתו של האשיראמה סנג'ו, ההוקאגה הראשון לעתיד. הוא מספר כיצד האוצ'יהא, שהורחקו מהחברה ונחשדו, תיכננו מהפכה בכפר. איטאצ'י היה זה שנבחר על ידי יועצי הכפר ודאנזו כדי לחסל את האוצ'יהא.

לאחר שגילה את כל האמת על האוצ'יהא ואחיו הבכור, איטאצ'י, מפי מאדארה, סאסוקה נזכר במילותיו האחרונות של איטאצ'י. הוא פורץ בבכי, חושף את המאנגקיו שארינגאן שלו, ומכריז שמעתה והלאה הם יקראו "צוות טאקה" ומטרתם: חיסול קונוהא.

לאחר שנכשלו במשימתם למצוא את סאסוקה, נארוטו והאחרים פונים לחזור לכפר. בנתיים, סאסוקה וצוות טאקה מקבלים ממאדארה משימה ללכוד את אחד מהביג'ו הנותרים, ההאצ'יבי, ולהביא אותם לבסיס. סאסוקה והאחרים מאתרים את הג'ינצ'וריקי, קילרבי, באונראיקיו שבמדינת הברק. קרב מתפתח ביניהם, אך קילרבי גובר עליהם ללא יותר מידי מאמץ.

סאסקה נפצע במהלך הקרב, אך נרפא הודות לקארין, אולם נפצע פעם נוספת ונרפא על ידי ג'וגו. קילרבי מחליט להשתמש בכוחו של הביג'ו שבתוכו, ומשתנה באופן מוחלט להאצ'יבי. סאסקה נזכר בצוות 7 ומשחרר אמאטראסו על קילרבי, שכתוצאה מכך מובס. בנתיים, שני שינובי מקומוגאקורה צופים במתרחש וממהרים להודיע על כך לאחיו הגדול של קילרבי, הראיקאגה.