לאחר הפלגה ארוכה בים, הספינה של נארוטו מגיעה סוף-סוף לאי. לפני שכולם מספיקים לשמוח, דיונון ענק תוקף את הספינה. למרבה המזל הצוות ניצל על ידי קילר בי, הג'ינצ'וריקי של שמונת הזנבות.

מוטוי מתוודה בפני נארוטו וימאטו כי ניסה להרוג את קילר בי בילדותם בגלל מות אביו שנהרג בעת חתימת שמונת הזנבות לפני 30 שנה.

עם קילר בי כמאסטר החדש שלו, נארוטו מתחיל באימונים לשלוט בכוח של חיית הזנב. כדי לעשות זאת, עליו להילחם בראשה של החיה הזנבית ולספוג את הצ'אקרה שלה.

במוחו, ממשיך נארוטו במאבקו נגד תשעת הזנבות כדי שיוכל להשתלט על כוחו העצום.

נארוטו מביס את הקיובי, לוקח את הצ'אקרה שלו וחותם אותו מחדש בתוכו. קושינה, אמו של נארוטו אשר התגלתה אליו בעולמו הפנימי, מספרת על לידתו ועל האדם המוזר אשר שיחרר את הקיובי.

מינאטו נאלץ להשתמש בג'וטסו התעופה של רייג'ין ומשאיר את אשתו קושינה מאחור כדי להציל את בנם שזה עתה נולד, נארוטו, מתוקף רעול פנים.

גם לאחר שהשתחרר משליטתו של מדארה, תשעת הזנבות ממשיך לזרוע הרס בעיר - מינאטו נאלץ להשתמש בטכניקת הברק שלו בכדי להרחיק את הסכנה הרחק מכפר העלה הנסתר.

נארוטו מביס את הקיובי, חוזר חזרה אל קילר בי ויאמאטו ומציג בפניהם את הכוח החדש. במהלך הצגת כוחו החדש של נארוטו, הוא מצליח לחוש בקיסאמה המתחבא בתוך סאמהאדה ונמלט עם מידע חשוב לפני המלחמה. גיא נאבק בקיסאמה במטרה להחזיר את המידע.

גאי מביס את קיסאמה ולוכד אותו. החברים מנסים להשיג מידע אודות המלחמה והאויב דרך הראש של קיסאמה, כשלפתע דמות מסתורית מופיעה וטוענת שהיא אוצ'יהא מאדארה. קיסאמה מחליט לקחת את סודות המלחמה איתו לעולם הבא, אך לא לפני שהוא הספיק להשאיר הפתעה לנארוטו והחבורה.

מאדארה יוצא מהמחבוא כדי להשיג את הריננגאן מגופתו של נאגאטו, אך קונאן מנסה לעצור בעדו. תוך כדי קרב בין השניים ישנם פלאשבקים אל סאגת נארוטו ופיין וכמובן אל עברם של נאגאטו, יאהיקו וקונאן.

הקרב בין מאדארה לקונאן נמשך ומסתיים באופן לא צפוי. פלאשבק נוסף מפנה אותנו אל עברם של השלושה וגם מעורבותו של ג'ראייה באימונם. מאדארה מגיע אל מקום המסתור שבו נמצאות גופותם של נאגאטו ושל יאהיקו ולוקח את גופתו של נאגאטו.

זטסו מדווח על מודיעין חדש מקיסאמה ומאדארה מגלה על המחבוא של נארוטו. טסונאדה, גארה והרייקאגה צריכים להבין כיצד להוציא את נארוטו מהאי הסודי בלי לספר לו על המלחמה.

קאבוטו ודיידרה שקם לתחייה מנסים לשים את ידם על הג'ינצ'וריקי, אך נבלמים על ידי הטוסצ'ינאגה שהגיע להגן על נארוטו.

מלחמת הנינג'ה הגדולה עומדת להתחיל - נינג'ות עוברות על התצורות שלהם, הציוד הרפואי נבדק וסרטי ראש חדשים מעטרים את ראשיהם. הטוסצ'ינאגה מציל את תשעת הזנבות ושמונה הזנבות, אך יאמטו נלכד.

פילר; חלק ראשון מהפרויקט המיוחד באורך ארבעה שבועות לרגל יום השנה העשירי של לשידור הפרק הראשון - מבט אל השנים הראשונות בהן פגשו את נארוטו וסאסקה לראשונה.

פילר; חלק שני מהפרויקט המיוחד באורך ארבעה שבועות לרגל יום השנה העשירי של לשידור הפרק הראשון - במהלך בחינות הצ'ונין, סאסקה חוזה בהתפתחותו של נארוטו כשינובי.

פילר; חלק שלישי מהפרויקט המיוחד באורך ארבעה שבועות לרגל יום השנה העשירי של לשידור הפרק הראשון - תבוסתו של סאסקה בפני גארה, ובהמשך גם בפני איטאצ'י, מאלצת אותו להבין שהוא לא מספיק חזק כדי לנקום.

פילר; חלק רביעי מהפרויקט המיוחד באורך ארבעה שבועות לרגל יום השנה העשירי של לשידור הפרק הראשון - נארוטו נחוש להציל את סאסקה, שנטש את כפר העלה הנסתר.

זו תחילת המלחמה, וההכנות בעיצומן, הדבר היחיד שנשאר הוא… נאום הפתיחה! קאבוטו ומאדארה יוצאים גם הם לקו הלחימה עם השינובים שקמו לתחייה.

היחידה המונהגת על ידי קאנקורו נכנסת אל תוך טריטוריית האויב ומקימה שם מחנה, לפתע תוקפים אותם שני חברי אקאטסוקי ועוד כמה אנשים מפתיעים.

סיפורם של סאי ואחיו שין מתגלה, פעולות ארגון השינובים של קונוהא וכמובן המשך הקרב בין שתי יחידות המארב, בנוסף לכך סוף הפרק רומז לנו על תוכנית חדשה של מאדארה.

האקו וזאבוזה חוזרים לחיים ואיתם גאי ופאקורה, בעלי הקה-קה גנקאי מהכפרים השונים. קאקאשי ניצב מולם בקרב כאשר קאבוטו מחזק את האדו-טנסיי וגורם לשחרור כוחם האמיתי של חיילי האדו-טנסיי.

שבעת סייפי הערפל מוחזרים לחיים על ידי האדו טנסיי של קאבוטו. קאקשי פוגש יריב וותיק.

הקאגה לשעבר מוחזרים לחיים באמצעות האדו-טנסיי. בהמשך, מתגלה כמות עצומה של זטסואים ושינובים מהעבר שמתקדמים אל קו האש.

השליטים הפיאודליים, בלית ברירה, נאלצים להישאר במקום מסתור בכדי שלא ישומשו בתור מטרה לאוייב. בהמשך, דארוי מתחיל את הקרב בחזית והיחידות מתקדמות.

אטסוי, סאמוי ודראוי מתמודדים מול קינקקו וגינקאקו, האחים המיתולוגיים מהענן הנסתר, מהם מפחד אפילו הרייקאגה.

קינקאקו משנה צורה ונעטף במעטפת הצ'אקרה של הקיובי. דארוי ושאר הלוחמים מנסים לעצור בעדו בזמן שאינו, שיקאמארו וצ'וג'י באים לתגבר את קו הלחימה.

פילר - סאקורה מאבדת את זכרונה, וחבריה מנסים לעזור לה לשחזר אותו.

קאנקורו ויחידת הקומנדו נקלעים לצרה עם האוייבים, תגבורת הסמוראים מגיעה ובמהרה פורץ קרב בין האנזו למיפונה, הקרב משלב זיכרונות מן העבר של השניים.

קאקוזו, דן ואסומה. אינו, שיקאמארו וצ'וג'י מתמודדים נגד המורה שלהם שקם לתחייה עם ג'וטסו האדו טנסיי, דארוי קוטטסו ואיזומו במרדף אחר קאקוזו.

צ'וג'י אינו מסוגל לתקוף את אסומה ומאבד את רצונו להילחם. אינו ושיקאמרו מנסים לנער את צ'וג'י מההלם שלו.

נארוטו ממשיך באימונים שלו עם הקיובי מוד החדש שהשיג, נארוטו מנסה לברוח ממקום המסתור על האי ונקלע לקרב עם אירוקה.