קבוצות קאקאשי וגאי מגיעות בחזרה לקונוהא, וקאקאשי מיד נאלץ לשכב בבית החולים בגלל השימוש המרובה שלו במנגקו שארינגאן במשימה. סאקורה מספרת לטסונדה על מה שסאסורי אמר לה לגבי הפגישה שלו עם המרגל שלו אשר נמצא תחת חסותו של אורוצ'ימארו. נשארו אך ורק 6 ימים עד הפגישה איתו, ועל מנת לצאת לדרך, יש לאסוף קבוצה אשר תלך יחד עם נארוטו וסאקורה. נארוטו שומע את השיחה, ומיד יוצא לחפש אחר חברי הצוות הדרושים. בדרך הוא פוגש כמה מהחברים הותיקים שלו, וכאשר מדבר עם צ'וג'י אשר מסכים לעזור, נארוטו יחד עם שיקאמארו וצ'וג'י מותקפים על ידי הבחור המסתורי עליו הם עוד לא יודעים, סאי.

נארוטו שיקאמארו וצ'וג'י מנסים לתפוס את סאי, אך הוא מצליח להמלט. מיד לאחר מכן, אינו מופיע במקום. היועצים של ההוקאגה דואגים לשועל בעל תשעת הזנבות שבתוך נארוטו ולסיכוים של לכידתו על ידי האקאטסוקי. בגלל זה, הם מתגרים הבטסונדה ומתנגדים ושליחתו של נארוטו למשימה. טסונדה מתנגדת לדבריהם, ומבטיחה כי היא תגן עם כל מה שיש לה את כפר העלה הנתסר במידה והאקאטסוקי ישטלתו על השועל. אבל טסונדה בכל זאת נאלצת להכניס לתוך קבוצת קאקאשי את סאי בכדי לספק את דאנזו. בנוסף לכך, טסונדה מצרפת לקבוצה את יאמאטו במקום קאקאשי, ואומרת לו להשגיח היטב על סאי. בסופו של דבר, נארוטו וסאקורה פוגשים את חברי הקבוצה החדשים, ונארוטו מזהה ומתעצבן מיד על סאי.

סאי הופך לחבר זמני בצוות, וממשיך להציק לסאקורה ונארוטו עם ההעלבות שלו, בזמן שיאמאטו לוקח את הפיקוד על הצוות. הקבוצה מוכנה לעזוב. לפני היציאה, סאי נפגש עם חבר באנבו "שורש" של דאנזו, ונמסר לו מידע סודי מדאנזו. בנתיים, סאקורה מנהלת שיחה עם טסונדה. באותו הזמן, יאמאטו הולך לבקר את קאקאשי בבית החולים, ושם פוגש את ג'יראיה, אשר מספר לו על צ'אקרת הקיובי והזנבות אותם הצ'אקרה מרכיבה. בנוסף לכך, הוא מציג בפני כל הנוכחים בבית החולים את הפציעה שעל החזה שלו, אשר נגרמה עקב הופעת הזנב הרביעי. לאחר זמן מה, הקבוצה סוף סוף יוצאת למשימה לפגישת המרגל של סאסורי.

קבוצת קאקאשי החדשה יוצאת לדרך, אך כבר בהתחלה, פורץ ויכוח אלים בין סאי לבין סאקורה ונארוטו בגלל ההעלבות של סאי כלפי סאסקה. יאמאטו מרגיע את השלושה לאחר שמשתמש ביכולת המוקוטון שלו, ויוצר כלוב ענקי מעץ עם הצעה להושיב את השלושה בכלוב עם הם לא יפסיקו לריב, או לבלות בתוך המעיינות החמים הנמצאים בקרבה במקום, אם הם יתנהגו בהתאם. הקבוצה בוחרת באפשרות השנייה, ונרגעת מעט. לאחר הגעתם למעיינות החמים, הקבוצה נהנת מהמעיינות ומארוחת ערב מדהימה.

סאקורה רואה את סאי מצייר, ומגלה כי הוא כישרוני במיוחד, אך לעולם לא נתן לציוריו כותרות או שמות מסוימים. לאחר מכן, הקבוצה יוצאת מהמעיינות החמים, ויוצאת אל עבר גשר גן העדן והאדמה. יאמאטו מחליט לסטות מהדרך בשל החשדות למלכודת, ובלילה מקים מחנה בו יוצר בית גדול על ידי יכולות המוקוטון שלו. בתוך הבית, הקבוצה מתחילה לתכנן תוכנית.

יאמאטו מחלק את הקבוצה לזוגות, ויוצא כי שתי הזוגות הן נארוטו וסאי ויאמאטו וסאקורה. אל מנת לעבוד על עבודה בצוות, יאמאטו מאתגר את נארוטו וסאי, ולאחר שנארוטו עושה טעות ונלכד, סאי עובד לבד בלי לטרוח לשחרר אותו. לאחר שסאי טופס את יאמאטו, נארוטו מתעצבן עליו בשל ההתנהגות שלו בתור לוחם יחיד בלי ההתחשבות בשותפו, מה שנוגד את העבודה בצוות. סאי מגלה לסאקורה כי אין לו רגשות והוא אף פעם לא הבין אותם כל כך. לאחר כל ההתארגנות, הקבוצה יוצאת לגשר הגן עדן והאדמה.

קבוצת קאקאשי החדשה מגיע לגשר גן העדן והאדמה. בעזרת יכולות המוקוטון שלו, יאמאטו מכסה את עצמו בעצים אשר משנים את צורתם להירוקו. לאחר כל ההתארגנות עם הקול וההתנהגות הדומה לשל סאסורי, יאמאטו יוצא אל הגשר. לאחר זמן מה, מופיע הסוכן המסתורי אשר מתגלה בתור יאקושי קאבוטו. קאבוטו מתחיל לדבר עם יאמאטו, אך השיחה שלהם נקטעת בעקבות הופעתו של אורוצ'ימארו אשר ניהל מעקב אחר קאבוטו. קאבוטו קופץ אל עבר יאמאטו, ופתאום מרסק את הירוקו וגורם ליאמאטו לצאת מהבובה. מסתבר שקאבוטו ואורוצ'ימארו הגיעו למקום בכוונה להרוג את סאסורי. יאמאטו קורא לסאקורה, נארוטו וסאי, וכאשר כל השלושה מופיעים על הגשר, הקרב בין קאבוטו ואורוצ'ימארו לבין קבוצת קאקאשי החדשה מתחיל.

מיד לאחר שנארוטו יצא ממחבואו, הוא מתחיל להתעצבן על אורוצ'ימארו ולהזכר בסאסקה, מה שגורם לו לשחרר את צ'אקרת השועל בעל תשעת הזנבות. אורוצ'ימארו מעצבן את נארוטו אפילו יותר עם דיבוריו על סאסקה, מה שגורם לו לנארוטו לשחרר את הזנב השלישי. מתגלה שיאמאטו הוא בעצם שפן הנסיונות של אורוצ'ימארו, והשיג את יכולות המוקוטון מהגנים של הראשון בניסוי שלו.

הקרב בין נארוטו לבין אורוצ'ימארו ממשיך. נארוטו במצב ארבע זנבות הרסני ביותר, ומשמיד את כל מה שיש מסביבו, מה שלא מאפשר לסאי וליאמאטו להתקרב לשדה הקרב. אך אורוצ'ימארו לא מוותר, וממשיך להתקיף, למרות שנארוטו מצליח להתגונן מכל ההתקפות שלו. לאחר זמן מה, אורוצ'ימארו סוף סוף מצליח לפגוע בנארוטו עם חרב הקוסאנאגי שלו, ולהעיף אותו הרחק מהמקום, איפה שיאמאטו וסאקורה נמצאים. סאקורה מוחרדת ביותר כאשר רואה את נארוטו במצבו הנוכחי.

נארוטו מפנה את תשומת הלב אל סאקורה לאחר שהיא מתחילה לבכות ולרוץ אל הכיוון שלו. בלי היכולת לזהות מישהו, נארוטו תוקף אותה כאילו היא אויב, ופוצע אותה בידה. יאמאטו משתמש ביכולות המוקוטון שלו בכדי ללכוד את נארוטו לפני שהוא יבצע עוד נזק. קאבוטו מתקרב אל סאקורה ומתחיל לרפא אותה ואומר כי השינובי מקונוהא הם לא האויבים שלהם בגלל שגם הם רוצים לחסל את האקאטסוקי. לאחר זמן מה, קאבוטו מסתלק ויאמאטו מחזיר בכוח את נארוטו ממצבו על ידי הטכניקה של ההוקאגה הראשון. בנתיים, סאי ואורוצ'ימארו מדברים אחד עם השני וסאי מחליט להעביר לאורוצ'ימארו את ההודעה הסודית של דאנזו.

יאמאטו משלים את הטכניקה ומחזיר את נארוטו למצבו הקודם. נארוטו מביט מסביב ורואה את כל הנזק שנגרם על ידו, ומתעניין מה קרה. סאקורה מחליטה שלא לספר את האמת, ואף אומרת כי הפצע שנגרם לה נעשה על ידי אורוצ'ימארו. סאי מוסר לאורוצ'ימארו את ההודעה של דאנזו, ולאחר מכן יחד עם קאבוטו ואורוצ'ימארו עוזב. אך ההעתק של יאמאטו רואה את המתרחש מאחורי עץ שנמצא בקרבה ולאחר שרואה את סאי עוזב יחד עם אורוצ'ימארו קאבוטו, מחליט לעקוב אחריהם. בנתיים, קבוצת קאקאשי החדשה ללא סאי מגיע אל שדה הקרב בו נארוטו נלחם נגד אורוצ'ימארו, ומוצאים את אלבום התמונות של סאי. יאמאטו מסיק כי מטרתו של דאנזו היא להרוס את קונוהא, ולבנות קונוהא חדשה על ההריסות של הישנה.

קאבוטו יוצר גופה מזויפת של סאי בכדי לבלבל את ההעתק של יאמאטו אשר רודף אחריהם. בנתיים, קבוצת קאקאשי נעצרת לנוח בשל העייפות של נארוטו בגלל שימושו הרב בצ'אקרת הקיובי, והפציעה של סאקורה. הקבוצה מתחילה לתכנן תוכנית, ובמהלך התכנון, יאמאטו לוקח את נארוטו הצידה ומספר את מה שבאמת קרה, ושבעצם נארוטו הוא זה שפצע את סאקורה. דבריו של יאמאטו הדהימו מאוד את נארוטו.

נארוטו מתחיל להבין את הסיבה להרס של הסביבה, ויאמאטו אומר לו להפסיק להסתמך על הצ'אקרה של השד שבתוכו, מכיוון שנארוטו מספיק חזק בלעדיו. בנתיים, סאי מגלה כי איבד את אלבום התמונות שלו. קבוצת קאקאשי פותחת את האלבום ומגלה כי האלבום מחולק לשני חלקים בהם מאויירים שני ילדים אשר נלחמים נגד יריב מסוים, ודף לאחר מכן הם נלחמים נגד יריב אחר אך כבר יחד עם הבגדים והנשק של הלוחם מהעמוד הקודם. בסופו של דבר, היה צריך לצאת כי שני הילדים ילחמו אחד נגד השני, אך שני העמודים האמצעיים בהם זה היה אמור להיות מתואר, היו ריקים. באותו הזמן, אורוצ'ימארו, קאבוטו וסאי מגיעים אל המחבוא של אורוצ'ימארו. שם, סאי רואה צללית של בן אדם אשר מתגלה בתור אוצ'יהא סאסקה.

לאחר ההיכרות הקטנה עם אוצ'יהא סאסקה, סאי נכלא על ידו בתוך גנג'וטסו מחריד לכמה רגעים מה שגורם לו לאבד את הרוגע למשך כמה שניות. קאבוטו מציץ בתוך המעטפה אותה סאי נתן לאורוצ'ימארו ומגלה כי מה שסאי נתן הוא המידע על האנבו של קונוהא, אשר נמצאים תחת פיקודה של ההוקאגה. לאחר מכן, קאבוטו מוביל את סאי לתוך חדרו, ונועל אותו שם. אחרי שקאבוטו נעל את סאי ועזב את המקום, סאי זימן בזכות מגילה שהייתה בתיק שלו ספר בינגו. בנתיים, קבוצת קאקאשי התקרבו למחבואו של אורוצ'ימארו, ויאמאטו נתן לכל אחד מחברי הצוות זרע קטן אותו הם בלעו. זרע זה מאפשר ליאמאטו לאתר את חברי הצוות אם הם ירכזו מעט צ'אקרה. מסתבר שיאמאטו עשה את אותו הטריק עם סאי, כאשר הכניס לתוך בגדיו והאוכל שלו זרעים מסוג זה. לאחר מכן, יאמאטו יצר חור בתוך האדמה, והקבוצה נכנסה לתוך המחבוא בהצלחה ובשקט.

קבוצת קאקאשי אשר פרצה לתוך מחבואו של אורוצ'ימארו מגיע אל חדרו של סאי, בזמן שקאבוטו גם כן פונה לעברו. לאחר שיאמאטו פותח את החדר, סאי נאלץ לספר כי סייע לדאנזו בהשמדת קונוהא בברית עם אורוצ'ימארו ועבד בתור מרגל נגד אורוצ'ימארו. בנוסף לכך, סאי סיפר על הקשר שלו עם אחיו שמת, ונארוטו מספר על הקשרים שלו עם סאסקה, ועד כמה הוא חשוב לו. לאחר השיחות הללו, כל הקבוצה יוצאת מתוך המחבוא של אורוצ'ימארו ומשאירה את סאי קשור תחת ההשגחת ההעתק של יאמאטו.

אחרי שקאבוטו הגיע לחדרו של סאי ולא מצא שם אף אחד, הוא יוצא מהמחבוא של אורוצ'ימארו ומשחרר את סאי. סאי, אשר שינה מעט את השקפת העולם שלו בעקבות השיחה שלו על קשרים עם נארוטו, ובוגד בקאבוטו בכך שלוכד אותו. קאבוטו הלכוד מספר לקבוצת קאקאשי על מיקומו של סאסקה, והם משאירים אותו קשור תחת השגחתו של ההעתק של יאמאטו. בנתיים, קבוצת קאקאשי נכנסת למחבוא ומתפצלת לפי הזוגות שיאמאטו קבע לפני המשימה על מנת למצוא את סאסקה.

קבוצת קאקאשי ממשיכה לחפש אחר סאסקה. נארוטו שואף מאוד למצוא את סאסקה, ומתאמץ יותר מדי, מה שגורם לו להתעלף בגלל העייפתו מהקרב נגד אורוצ'ימארו. כאשר הוא מתעורר, הוא מתחיל לדבר עם סאי, וסאי מגלה לו יותר על אחיו. אך בדיוק באמצע השיחה, מופיע אורוצ'ימארו ומתחיל להלחם נגד נארוטו, בזמן שסאי הסתלק בכדי להמשיך לחפש את סאסקה. סאקורה ויאמאטו מגיעים לעזור לנארוטו בקרב, אך אורוצ'ימארו מחליט לסגת. סאי ממשיך לחפש וסוף סוף מוצא את סאסקה. בנתיים, יאמאטו מוצא את ספר הבינגו של סאי ורואה בתוכו את סאסקה, אשר נמצא ברשימת המטרות לרצח.

סאי נכנס לחדרו של סאסקה ומתחיל לדבר איתו על קשרים. סאסקה לא נרגש במיוחד מהנאום הקטן של סאי, וכמה רגעים אחרי שסאי מסיים לדבר, נשמע פיצוץ ענקי מהחדר שלו. נארוטו יאמאטו וסאקורה ממהירים למקום. בהתחלה, סאקורה תופסת את סאי ומתחילה לאיים עליו בשל ה"שקרים" שלו אליהם, אך רגע לאחר מכן, היא קופאת במקום לאחר שראתה את סאסקה. נארוטו, אשר מגיע כמה רגעים לאחר מכן מביט בסאסקה ותדהמה כאשר סאסקה מביט על כל קבוצת קאקאשי ברוגע וחוסר איכפתיות. סאי מגלה כי המשימה שלו באמת הייתה לרצוח את סאסקה, אך הוא שינה את הגישה שלו, ועכשיו הוא רוצה להחזיר את סאסקה לכפר.

סאסקה מתחיל לתקוף את נארוטו, אך נעצר על ידי סאי. למרות שנארוטו וסאי תופסים את סאסקה, הם עפים כמה רגעים לאחר מכן ממנו על ידי הכוח של צ'ידורי נאגאשי. יאמאטו עושה נסיון לתקוף את סאסקה, אך הוא נעצר על ידי חרבו של סאסקה, אליה הוא מזרים את צ'אקרת הברק שלו. נארוטו מתחיל להוציא את צ'אקרה קיובי, אך לאחר שהבין שזה קורה, הוא מנסה לדחות אותו. סאסקה, אשר מצליח להכנס לתוך התודעה של נארוטו בעזרת השארינגאן שלו מתחיל לנהל שיחה עם הקיובי.

אורוצ'ימארו, קאבוטו וסאסקה עוזבים את המקום, ונארוטו מתחיל לבכות על הכישלון השני שלו להחזיר את סאסקה. סאקורה מנסה לעודד את נארוטו, אך היא בעצמה צריכה עידוד, כי גם היא חשה את הכישלון. קבוצת קאקאשי חוזרת לקונוהא ומדווחת על תוצאות המשימה לטסונדה. לאחר הדיווח, סאי ניגש לדאנזו ומבקש ממנו להישאר בקבוצת קאקאשי. דאנזו מסכים באי רצון, ואחר כך מזהיר כי רגשות לא מובילות לשום דבר טוב. סאי עוזב לביתו ומצייר את הציור הראשון בעל הכותרת, בה מתוארת קבוצת קאקאשי אשר יוצאת למשימה חדשה. הכותרת של הציור היא "חברים".