Benjamin Sisko nadzire popravke na nekadašnjoj kardasijskoj svemirskoj postaji Terok Nor koja se sada zove Deep Space Nine. Patrolirajući s Jadzijom Dax, otkriva crvotočinu koja vodi u kvadrant Gamma. U crvotočini doživi prvi kontakt s rasom tuđinaca koja će kasnije biti poznata kao Bajoranski sveci.

Benjamin Sisko nadzire popravke na nekadašnjoj kardasijskoj svemirskoj postaji Terok Nor koja se sada zove Deep Space Nine. Patrolirajući s Jadzijom Dax, otkriva crvotočinu koja vodi u kvadrant Gamma. U crvotočini doživi prvi kontakt s rasom tuđinaca koja će kasnije biti poznata kao Bajoranski sveci.

Postavlja se pitanje Kirine odanosti kad pomaže starom prijatelju koji je sada osumnjičen za terorizam i pokušaj uništavanja bajoranske crvotočine.

Pronađeno je bajoransko truplo i za ubojstvo je optužen Odo. Zakon rulje zahvaća postaju.

Miles O'Brien nehotice otvara kardasijsku stupicu koja oslobađa smrtonosni virus. Virus se širi postajom, a prvi je znak zaraze da žrtva počinje nesuvislo govoriti.

O'Brien se sprijatelji s tuđincem koji pripada rasi uzgojenoj za lov drugih vrsta.

Q dolazi na DS9 nakon što je s Vashom istražio kvadrant Gamma. Snažne promjene struje zahvaćaju postaju.

Curzon je optužen za ubojstvo počinjeno prije 30 godina. Jadzia ga ne želi braniti, iako prikriva dokaze kojima bi mogla dokazati da je nevin.

Bashira obuzima svijest tuđinskog kriminalca koji namjerava ukrasti važan teret.

Quark je uhvaćen u prijevari i tuđinska delegacija iz kvadranta Gamma osvećuje se tako što ekipu pretvori u figure u igri na život i smrt. Samo ih Quark može spasiti.

Quark postaje vladar carstva Ferengija kad Grand Negus odlazi u mirovinu. Ali nije sve onako kako izgleda.

Odo je uhitio kriminalca iz kvadranta Gama, koji mu je ponudio da ga odvede njegovu narodu na drugom kraju crvotočine. U epizodi se pojavljuje Gordon Clapp poznat po ulozi detektiva Medavoya u seriji "Newyorški plavci".

Sisko, Bashir, Kira i Kai Opaka nasukali su se na planetu na kojemu bjesni rat, a stanovnici ne mogu umrijeti niti otići s planeta. Kai Opaka pogine, ali uskrsne i shvati da nikada ne može otići odande.

O'Brien postaje duhovni vođa bajorskog sela nakon što on i Bashir nisu uspjeli spasiti njegova prethodnika. O'Brien mora braniti selo od tajanstvene, razorne sile.

Nadgledajući evakuaciju, Kira nastoji uvjeriti tvrdoglava seljaka da napusti svoj dom.

O'Brien iznenađeno ustanovi da se u Mollynoj sobi pojavio lik iz bajke. Uskoro i drugi u postaji shvaćaju da se ostvaruju njihove fantazije. No, sve je to samo uvod u opasnost koja prijeti uništenjem cijelog Bajorskog sustava.

Kad tuđinsko biće unese nered u glavni komjutor postaje, nezaustavljiva Lwaxana Troi počinje ljubavnu vezu s Odom.

Pod tuđinskim utjecajem Kira i Sisko bore se za moć, a Odo je rastrzan između njih dvoje. Može li Odo spriječiti da borba za vlast prijeđe u sveopći rat?

Kira otkriva da je Kardasijanac koji stiže na DS9 možda ozloglašeni ratni zločinac. No nije sve kako izgleda, jer Gul Dukat otkriva pravi identitet zarobljenog Kardasijanca.

Ambiciozni i beskrupulozni bajorski duhovni vođe protivi se Keikinom svjetovnom poučavanju. Problemi se brzo šire i prijete narušavanjem odnosa između Bajora i Federacije. Može li Keiko i dalje upravljati školom?

Kira riskira život pa čak i početak rata s Kardasijancima kako bi oslobodila mitskog bajorskog junaka iz udaljene zatvoreničke kolonije.

Kira se vratila na Bajor nakon opoziva svog položaja u postaji. Ondje otkriva skrivenu silu iza Kruga i strašnu tajnu koja ih može sve uništiti.

Dok Sisko predvodi posljednji otpor protiv bajorske osvajačke sile, Kira i Dax kreću u očajničku misiju kako bi otkrile pravu istinu o napadu na postaju.

Posada DS9-a borit će se za Jadzijin život kad očajni Trill uzme taoce i Jadziji ukrade simbionta s namjerom da ga presadi u sebe.

Mladi Kardasijanac u ratu je ostao siroče i odrastao je s Bajorcima. U postaji DS9 izaziva opću gužvu kad Kardasijanci traže da ponovno živi s njima.

Bashir se zaljubi u ženu čija vrsta ne može hodati u uvjetima normalne gravitacije te on razvija tehnologiju koja će je zauvijek osloboditi invalidskih kolica.

Ferengijka je prekršila zakon i prerušila se u muškarca, ali riskira sve što je postigla kad se zaljubi u Quarka.

Zbog napada na Quarka Odo mora riješiti ubojstvo staro pet godina, za koje je Kira prvoosumnjičena.

Sisko se zaljubi po prvi put od ženine smrti. No voljena žena nije ono kako izgleda na prvi pogled.

Kira je potresena kad u postaju DS9 stiže prognana tuđinska rasa i tvrdi da je Bajor njihova mitska domovina.

Quark se osjeća ugroženim kad u postaju stigne šarmantni varalica i otvara bar na promenadi. Sportsko natjecanje između Bashira i O'Briena postaje osobno.

U postaju DS9 stiže Odov mentor u namjeri da otkrije Odovo podrijetlo. Nakon nesreće u kvadrantu Gama oni se vraćaju u postaju s opasnim organizmom koji se oslobađa.

Bashir i O'Brien rade na dogovoru o razoružanju dviju tuđinskih rasa, ali ne znaju da ih njihovi domaćini žele žrtvovati kako bi mirovni proces uspio.

Po povratku sa sigurnosne misije O'Brien primjećuje da su se svi u postaji okrenuli protiv njega.

Sisko i O'Brien nasukali su se na planetu nastanjenom ljudima koji su odbacili sve oblike tehnologije. No, je li to doista raj kako na prvi pogled izgleda?

Odo i Dax pokušavaju riješiti tajnu tuđinskog planeta na kojemu stanovnici nestaju bez ikakva objašnjenja.

Mladi Trill Argen koji se nada spajanju, dolazi u postaju gdje će od Jadzije učiti o tome. Istodobno, postaja je suočena sa smrtnom opasnošću od svemira koji se širi nevjerojatnom brzinom.

Kad Quark ponovno sretne ljubav svog života, Kardasijanku koja je sada bjegunka, spreman je žrtvovati sve da bi je ponovno pridobio.

Dax riskira život i budućnost u Zvjezdanoj floti kako bi ispunila krvnu zakletvu koju je položila s tri stara Klingonca.

Sisko razotkriva grupu federacijskih terorista čije djelovanje može započeti novi rat s Kardasijancima zbog kolonija koje su ostale u demilitariziranoj zoni između federacijskog i kardasijanskog prostora.

Sisko i Gul Dukat udružuju se kako bi spriječili rat između Kardasijanaca i grupe federacijskih kolonista, koju predvodi stari Siskov prijatelj.

Bashir se bori za život svog kardasijanskog prijatelja Garaka kojega polako ubija moždani implantat o kojemu je postao ovisan. Kako bi doznao dovoljno podataka koji će mu pomoći da spasi Garaka, Bashir mora pročeprkati po Garakovoj prošlosti i tako otkriva nevjerojatne tajne.

Nesreća u crvotočini odbaci Kiru i Bashira u paralelni svemir u kojemu je Bajor tiranska sila, a ljudi su robovi. Može li Kira spriječiti svoju okrutnu dvojnicu da ubije Bashira?

Kira započinje istragu nad voljenim muškarcem (Vedek Bariel) kad sazna da je on možda kardasijanski kolaborator odgovoran za pokolj 43 Bajorca.

Kardasijanci uhite O'Briena i sude mu za zločin za koji on tvrdi da nije počinio. Dok njegovi prijatelji u postaji pokušavaju otkriti o kakvom se zločinu radi, otkrivaju da je nestala pošiljka oružja. Svi tragovi upućuju na O'Briena.

Na logorovanju u kvadrantu Gama Siska i Quarka hvata Jem'Hadar, ozloglašeni vojnici Dominiona. Jake i Nog otkrivaju gdje se zarobljenici nalaze i pokušavaju se vratiti u postaju po pomoć. Nakon upozorenja Jem'Hadara da ne ulazi u kvadrant, Zvjezdana flota šalje brod klase Galaxy kroz crvotočinu ususret Jem'Hadaru.

Sisko se vraća na DS9 promoviran u kapetana i u pratnji bojnog broda Defiant, konstruiranog za borbu protiv Borga, no sada prilagođenog za borbu protiv Dominiona i opremljen uređajem koji ga može učiniti nevidljivim. Sisko sa svojom posadom novim brodom kreće u potragu za osnivačima Dominiona. No, susreću se s Jem'Hadarom, a Dax i O'Brien su zarobljeni.

Sisko otkriva da Federacija pregovara s Dominionom čime bi Bajor izgubio neovisnost. Odo saznaje da je jedno od stotinu djece čiji je zadatak da istraže galaktiku prije povratka kući. Doma ga ne očekuju još 300 godina.

Quark slučajno ubije Klingona u svađi u baru, ali tvrdi da se s njim borio i pobijedio ga. Laž mu se isplatila, jer je zadivljena klijentela nahrupila u njegov bar. Sve je dobro dok na DS9 ne dođe obitelj mrtvog Klingonca, otme Quarka i na Klingonu ga prisiljavaju da se oženi Klingončevom udovicom Grilkom.

Dax pati od halucinacija i povremenih nesvjetica. Sisko i dr. Bashir odvode je na njezin rodni planet, no vlasti ondje kriju opasnu tajnu i spremne su žrtvovati Jadzijin život kako se ona ne bi otkrila.

Kira dozna neobičan podatak iz svoje prošlosti i odlazi na Bajor istražiti ga no otimaju je Kardasijanci i uvjeravaju da je ona kardasijska špijunka koja već 10 godina tajno radi na Bajoru.

Odo otkriva mladog člana Jem'Hadara i pokušava obuzdati njegovo nasilno ponašanje.

Cijela je posada DS9-a uhvaćena u zamku kad dođe do slučajnog aktiviranja automatskog kardasijskog programa osiguranja i uključeno je samouništenje postaje.

Dax se zaljubi u jednog od stanovnika multi-dimenzionalne planete, dok naDS9 jedan od vanzemaljaca traži holoprogram od kire za kvarka.

Thomas Riker predstavlja se kao blizanac William s namjerom da otme Defiant i preda ga Maquijima čiji je član. Njime će kasnije napasti Kardasiju te se Sisko udružuje s gulom Dukatom kako bi ga zaustavio. Ta je epizoda djelomični nastavak epizode "Druga prilika" serije "Zvjezdane staze: Nova generacija", gdje je zbog nesreće na brodu nastala kopija kapetana fregate Williama Rikera kasnije nazvana Thomas Riker. Kao gost u epizodi glumi Jonathan Frakes.

Izbija zarazna groznica Zanthi u trenutku kad im u posjet dolazi Lwaxana Troi. Posljedica groznice je da na površinu izbijaju sve potisnute želje, što izaziva zanimljivo spajanje parova i namještanje ljubavnih veza.

Zbog nezgode tijekom teleportacije Dax, Sisko i Bashir vraćaju se u 2024. godinu u San Francisco opterećen pobunama i društvenim previranjima. Bashir i Sisko se nađu u zgradi za beskućnike, a Dax zbrinjava bogati biznismen.

Drugi dio epizode u kojoj se zbog nezgode tijekom teleportacije Dax, Sisko i Bashir vraćaju se u 2024. godinu u San Francisco opterećen pobunama i društvenim previranjima. Bashir i Sisko se nađu u zgradi za beskućnike, a Dax zbrinjava bogati biznismen.

Bajorski brod uleti u nezgodu na putu za DS9. Kai Winn ostaje neozlijeđena, ali vedek Bareil teško je ranjen. Bashir ga uspije izvući iz kome, ali organizam uskoro počinje otkazivati i Bareil mora ići u stazu. No on jedini može voditi mirovne pregovore s Kardasijom te se Bashir služi upitnim metodama kako bi ga održao u životu. Hoće li najveća Kirina ljubav žrtvovati svoj život da bi spasio mirovne pregovore?

Kira i Odo patrolnim šatlom progone makijski brod koji se sruši na nenastanjeni mjesec. Ondje se razdvoje tražeći bjegunce, no Kira uskoro pozove Oda u pomoć. Kristalna formacija raste joj naglo oko nogu zarobivši je na mjestu. Odo se koristi svim sredstvima da razbije kristal, no ne uspijeva. Kirin je život u opasnosti, ali Odo je ne napušta, čak joj priznaje da je voli...

Sisko je uzbuđen, jer će s kardasijskim znanstvenicima istraživati mogućnost komunikacije kroz crvotočinu. No vadek Yarka upozorava ga na staro bajorsko proročanstvo prema kojem će tri guje uništiti crvotočinu i vratiti se u svoje gnijezdo na nebu. On zaključuje da su znanstvenici guje. Ali pojavljuju se samo dva znanstvenika i Sisko zanemaruje proročanstvo. Ni treći znanstvenik koji dolazi kasnije ne odvaja ga od zacrtana plana.

Zek, ferengijski veliki nagus, dolazi na DS9 zbog važnoga zadatka. Quarku odaje da nanovo piše pravila stjecanja. Quark i Rom su oduševljeni i čitaju ih nadajući se da će tako imati prednost u stjecanju profita, no razočarano ustanovljuju da su pravila suprotna onima koja su dotada bila na snazi. Dok Rom slijepo vjeruje nagusu, Quark sumnja da se nešto krije iza toga i počinje istraživati. Nova pravila stjecanja za suvremene Ferengije počinju ovako: Pravilo br. 1: Žele li povrat svoga novca, dajte im ga. Pravilo br. 10: Pohlepa ne postoji. Pravilo br. 21: Nikada ne pretpostavi profit prijateljstvu. Pravilo br. 22: Sjaj latinuma tamni, a obitelj je vječna. Pravilo br. 23: Novac nikada ne može zamijeniti dostojanstvo. Pravilo br. 285: Dobro djelo nagrada je samo po sebi.

Kao rezultat nesreće i blagog ozračenja O'Brien skače pet sati u budućnost i vidi sebe kako razgovara s Quarkom. Zatim se vraća u sadašnjost i Bashir ga uvjerava da su halucinacije nuspojave od zračenja. Pet sati poslije O'Brien doista razgovara s Quarkom i opet skače pet sati u budućnost. Bashir i Dax počinju istraživati uzroke tih vremenskih skokova, a O'Brien je u jednom od njih svjedok i vlastite smrti, a još kasnije i uništenju DS9-a. Sad su već svi zabrinuti i počinju istraživati što se zbiva.

Bashir je u komi i umre nakon napada tuđinca. U svojim halucinacijama vidi sebe kako naglo stari i svoje kolege na DS9-u koji kao da ne primjećuju njegove nedaće. On shvaća da mora proučiti razne dijelove svoje osobnosti, koji preuzimaju oblik njegovih prijatelja, kako bi spasio vlastiti život.

U paralelnom svijetu Sisko mora preuzeti ulogu svog mrtvog dvojnika kako bi spasio dvojnicu svoje pokojne žene. U tom svijetu njegov je dvojnik bio teranski vođa pobune protiv klingonsko-kardasijskog saveza. On upoznaje pobunjenike-dvojnike Bashira, Roma, Tuvoka s broda "Voyager" i Dax koja je u tome svijetu Siskova ljubavnica. Kao gost sudjeluje Tim Russ u ulozi Tuvoka.

Eksplozija u Garakovoj krojačnici isprva se čini slučajnom, no nakon površne istrage ispada da je namjerno izazvana. Sisko i Odo pitaju Garaka tko mu želi smrt, no Kardasijanac je, kao i obično, tajnovit. Odo otkrije da je eksplozija izazvana senzorom kakvim se koriste flaksijski atentatori.Flaksijac Retaya tog je jutra stigao na DS9.Potraga se zahuktava.

Nakon što je ponovno sa svojim bivšim mentorom Enabranom Tainom, Garak mu pomaže u planu da uništi Osnivače, Odov narod koji vlada Dominijem. Garak mora ispitati Oda koji je zatočen na Tainovu brodu. No, Odo tvrdi da ne poznaje tajne svoga naroda. Sisko saznaje za Tainovu misiju. Admiral Toddman iz Zvjezdane flote upozorava ga na Jem'Hadara.

S izleta na Bajor Sisko se vraća s nacrtima drevnog svemirskog broda koji je plovio uz pomoć solarnih vjetrova i stigao čak do Kardasije još prije osam stotina godina. Sisko odluči izgraditi takav brod i ponoviti putovanje drevnih Bajoraca. Na to putovanje poziva i svoga sina Jakea.

Quarku stiže agent svemoćnog FCA-a (Farengijska trgovinska vlast, njihova verzija porezne uprave) i zaplijeni mu bar zbog nezakonitih aktivnosti njegove majke. Quark se vraća doma da razjasni događaj i otkriva da je ona prekršila farengijski zakon prema kojem je ženama zabranjeno zarađivati uz profit. Kod kuće iznenađeno otkriva da Ishka nosi odjeću, što je također nezakonito, te da nije zaradila malo kako je dotad vjerovao. Poslovala je po cijelom planetu i zaradila mnogo više nego što bi Quark ikada mogao nadoknaditi vlastima. Ukratko, Quark je poslovno uništen. Hoće li se uspjeti izvući?

Nakon smrti prvog ministra bajorske prijelazne vlade, Kai Winn prihvaća se njegovih dužnosti. Ona zamoli Kiru da pođe kući i uvjeri Shakaara, svog bivšeg vođu otpora, da preda poljoprivredne strojeve koje je dobio, jer su oni potrebniji na drugome mjestu. Kira nevoljko pristaje na misiju protiv svoga ratnog druga, ali za dobrobit Bajora. No, Shakaar joj otkriva svoju verziju slučaja i ona staje na njegovu stranu te još jednom postaje bjegunka i borac za slobodu...

Jadzia se može sresti s bivšim Daxovim domaćinima u trillskoj ceremoniji u kojoj bivši domaćin ulazi u drugu osobu te Jadzia može s njim normalno razgovarati. Za privremene domaćine bivših domaćina Jadzia izabire Kiru, O'Briena, Bashira, Quarka, Leetu, Oda i Siska. Svi spremno pristaju, osim Quarka kojega treba malo nagovarati. Problemi počinju kad jedan od bivših domaćina odbija vratiti novo tijelo Jadzijina prijatelja.

Na logorovanju u kvadrantu Gama Siska i Quarka hvata Jem'Hadar, ozloglašeni vojnici Dominiona. Jake i Nog otkrivaju gdje se zarobljenici nalaze i pokušavaju se vratiti u postaju po pomoć. Nakon upozorenja Jem'Hadara da ne ulazi u kvadrant, Zvjezdana flota šalje brod klase Galaxy kroz crvotočinu ususret Jem'Hadaru.

Sisko je šokiran kad na DS9 pristane klingonska flota. Iako se Klingonci ponašaju miroljubivo, Sisko moli za pomoć poručnika Worfa s Enterprisea. Worf zna zašto su Klingonci tu i dvoji treba li to reći Sisku. No, on ipak saznaje da se priprema invazija na Kardasiju i stupa u kontakt s gulom Dukatom.

Sisko je šokiran kad na DS9 pristane klingonska flota. Iako se Klingonci ponašaju miroljubivo, Sisko moli za pomoć poručnika Worfa s Enterprisea. Worf zna zašto su Klingonci tu i dvoji treba li to reći Sisku. No, on ipak saznaje da se priprema invazija na Kardasiju i stupa u kontakt s gulom Dukatom.

Stari Jake Sisko budućoj mladoj spisateljici priča kako mu je nestao otac i o svojoj potrazi za njim. Tijekom jedne misije u crvotočini kapetan Sisko navodno pogine. Jake to teško prihvaća. Jedne noći u kabini pojavi mu se otac i ostane samo trenutak-dva. Nitko ga poslije ne može pronaći. Godinu dana poslije Sisko se ponovno pojavljuje, ovaj put na duže. Dax, Bashir i Worf ga pregledaju, a kad Sisko ponovno nestane, Jake se vraća na Zemlju. Otac mu se opet pojavljuje i tada Jake počinje potragu za njim. Otkriva način da ga vrati za stalno, ali uz užasne posljedice...

Na povratku s misije Bashir i O'Brien dožive nesreću na izoliranom planetu. Ondje ih zarobe vojnici Jem'Hadara. Njihov vođa Goran'Agar zapovijedi da ih ubiju, ali kad sazna da je Bashir liječnik, mijenja odluku i odvodi ih u zatočeništvo. Od Bashira traži da pronađe protulijek za drogu kojom Dominij drži vojnike Jem'Hadara u pokornosti. Bashir je oduševljen, jer u tome vidi mogućnost da se i Jem'Hadari jednom promijene i prestanu biti brutalni strojevi za ubijanje.

Kira saznaje podatke o Ravinoku, kardasijanskom brodu koji je nestao prije šest godina s grupom bajorskih zatvorenika. Odluči istražiti nestanak broda, a s njom kreće i predstavnik Kardasije, omraženi gul Dukat. Pronalaze brod i grobove, ali nakon pregleda tijela Kira je presretna što njezinog prijatelja nema među mrtvima. Tada saznaje i razlog Dukatova inzistiranja da pođe s njom na tu misiju.

Stiže troje znanstvenika s Trilla koji će izvoditi pokuse na Defiantu. Među njima je Lenara Kahn. Jedan od prethodnih domaćina Lenarina simbionta bio je u braku s Daxovim prethodnim domaćinom. Zakoni Trilla zabranjuju obnavljanje veza novih domaćina, ali kod Jadzije i Lenare već na prvi pogled razvijaju se simpatije koje se još produbljuju dok rade na zajedničkom znanstvenom projektu.

Defiant je duboko u kvadrantu Gamma na trgovačkim pregovorima s Hanokom, predstavnikom Karemme. Pojavljuju se dva ratna broda Jem'Hadara. Hanok bježi, Sisko ga slijedi u Defiantu, a Jem'Hadar ih napada i teško oštećuje brod. Posada Defianta mora popraviti brod i istodobno se boriti protiv neprijatelja, daleko od svoje postaje.

Quark i Rom voze Noga na Zemlju na akademiju Zvjezdane flote, no dožive nesreću i završe u Roswellu 1947. Osvijeste se u sobi za ispitivanje. Nasuprot njima sjedi šestero ljudi i njemački ovčar. Univerzalni prevodilac uništen je u nesreći i Ferengiji ne mogu odgovarati na pitanja ljudi koji misle da su oni Marsovci i prethodnica invazijske sile iz svemira. Unatoč opasnosti Quark odbije bježati nadajući se dobrim poslovima s primitivnim Zemljanima.

Worf, Dax i legendarni klingonski ratnik Kor kreću u potragu za mitskim mačem Kahlessa, oružjem prvog klingonskog vođe, koji će, navodno, ujediniti Klingonce. Sisko, u nadi da će time popraviti odnose Klingonskog Carstva i Federacije, daje im brod za potragu. Trojka ubrzo pronalazi mač, ali nailazi na neprijatelje koji im ga pokušavaju oduzeti. No, kad je mač napokon u njihovu posjedu, problemi tek počinju...

Bashir i Garak su se u holoapartmanu uživjeli u igru špijuna iz zemaljskih šezdesetih godina 20. stoljeća. Ali zbog sabotaže prilikom transportiranja ostalih članova posade DS9, svi se nađu u holoapartmanu. Bashir ne smije prekinuti program jer bi time ubio sve svoje prijatelje te on nastavlja igru u kojoj je on tajni agent koji će spasiti svijet ugrožen serijom potresa. Potrese izaziva lukavi Noah u liku Siska sa svojim pomoćnicima Dax i O'Brienom...

Eksplozija na diplomatskoj konferenciji Zemljana i Romulanaca na Zemlji izaziva veliku paniku jer je u njoj ubijeno 27 osoba. Zabrinjava otkriće da je bombu postavio metamorf što je znak da je Dominij krenuo u osvajanje Zemlje. Admiral Leyton poziva u San Francisco Siska i Oda kao savjetnike Zvjezdane flote u obrani protiv Dominija. Putovanje na Zemlju ujedno je prilika Sisku i Jakeu da posjete Siskova oca Josepha koji u New Orleansu ima restoran.

Pripremajući Zemlju za opći rat s Domninijem Sisko i Odo otkrivaju da admiral Leyton namjerava ratnu opasnost iskoristiti za vojni puč i mirnodopsku vladu Federacije zamijeniti vojnom Zvjezdane flote. Leyton pokušava privoljeti Siska da mu pomogne, ali on je odan Federaciji i na svoju se ruku s Odom i svojom vjernom ekipom s DS9 bori protiv nove opasnosti.

Kad prvi ministar Shakaar stiže na postaju, Odo shvaća da mu osjećaji prema Kiri onemogućuju da radi svoj posao. Naime, mora otkriti tko prijeti Shakaaru u kojemu Odo vidi potencijalnog suparnika.

Kira odlazi na kardasijsku postaju na molbu prvog ministra Shakaara. Iznenađena je kad otkriva da je pilot broda kojim se prevozi njezin stari neprijatelj Dukat, koji je u nemilosti na Kardasiji nakon što je kući doveo kćer iz veze s Bajorkom. On i Tora Ziyal sada su otpadnici, a brod kojim prevoze robu i putnike njihov je jedini dom. Na kardasijskoj postaji čeka ih iznenađenje. Klingonski ratni brod pobio je sve živo na postaji. Kira predlaže da na brod prenesu snažno oružje s postaje i pođu u potjeru za klingonskom pticom grabljivicom. Rečeno - učinjeno. Uskoro im je klingonski brod na vidiku. Uspiju li ga uništiti, Dukat će ponovno biti u milosti na Kardasiji. No hoće li doista?

Na DS9 stiže Worfov brat Kurn i traži od njega da ga ubije. Kurn objašnjava da je osramoćen sada kad je Worf stao uz Federaciju, a protiv Klingonskog Carstva, te je s cijelom obitelji postao otpadnik. Jedina mogućnost da vrati čast jest ritual smrti koji mora obaviti Worf. Worf nerado pristaje, no u trenutku kad zarine nož u brata, upadnu Dax i Odo i prebacuju Kurna u ambulantu. Kurnov je život spašen na njegovu veliku žalost. Da bi Kurnu dao smisao života, Worf zamoli Oda da ga uzme za svog pomoćnika u osiguranju. Odo pristaje...

Rom tjednima boluje od infekcije uha sve dok se napokon ne onesvijesti na poslu u baru i završi u ambulanti. Bashir je zgrožen zbog nehumanih uvjeta u kojima rade Quarkovi zaposlenici i predlaže Romu da osnuje sindikat. Kad se Rom vraća na posao, sazna da je Quark svima smanjio plaću kao kompenzaciju za smanjeni profit. Saziva tajni sastanak konobara i dabo djevojaka i objavljuje da želi osnovati sindikat. Iako se neki toga boje, Rom im dokazuje da nemaju što izgubiti, pa čak sastavlja i popis zahtjeva: veću plaću, kraće radno vrijeme i plaćeno bolovanje. Kad zahtjeve preda Quarku, on ih ismije. No, smijeh mu prisjedne kad Rom objavi početak štrajka...

Drevni bajorski brod tajanstveno izlazi iz crvotočine. Njegov jedini putnik, legendarni bajorski pjesnik Akorem Laan odmah je prebačen u ambulantu. Šokiran spoznajom da je star više od 200 godina, priča Kiri i Sisku kako su ga od nesreće u crvotočini spasili proroci i uvjerili ga da je on bajorski izaslanik. Sisko mu rado ustupa svoje mjesto, no kad u prvom javnom govoru Akorem podržava povratak starim bajorskim običajima kao što je strogo pridržavanje sustava kasta prema kojima samo određene osobe mogu obavljati određene poslove, Sisko je uznemiren, jer su takva pravila u izravnom sukobu s federacijskim.

U žaru obrane protiv Klingonaca koji napadaju svim sredstvima Worf zapovijedi paljbu na klingonski brod koji je iznenada iskrsnuo pred Defiantom. Prekasno sazna da je to bio transportni brod sa 400 civila. Slijedi saslušanje na kojemu klingonski tužilac Ch'Pok optužuje Worfa za nemar i traži da ga Federacija izruči Klingonu kako bi mu sudili za ubojstvo 400 duša. Worfov je branitelj Sisko. Sve govori protiv Worfa, a najviše njegova eksplozivna narav.

Potreseni O'Brien vraća se na DS9 nakon što mu je tuđinska rasa usadila u mozak sjećanja na dva desetljeća služenja zatvorske kazne. Iako mu svi govore da sjećanja nisu stvarna, učinak na O'Briena je porazan jer su sjećanja preživa da bi ih olako potisnuo. Bashir istražuje mogućnosti brisanja tih sjećanja, a O'Brien za to vrijeme odlazi psihijatru kako bi ublažio učinak zatvora. Sjećanja su sve življa i O'Brien polako zakazuje na poslu. Sisko ga povlači s posla i zapovijedi mu da nastavi psihijatrijsko liječenje.

Jake ne može vjerovati svojim očima kad ga otac upozna sa ženom koja izgleda, govori i ponaša se kao njegova pokojna majka Jennifer. Ona i jest Jennifer iz suprotnog svemira koji je Sisko jednom posjetio i u kojem je ona bila udana za Siskova, sada mrtvog dvojnika. Sisko ih na neko vrijeme ostavlja same. Kad se vraća, Jennifer i Jakea nigdje nema. Ostala je samo spravica koja ih je oboje prenijela u suprotni svemir. Sisko je aktivira i ulazi u drugi svijet u kojemu sreće pobunjenog O'Briena. Sisko želi vratiti Jakea kući, ali O'Brien ga ne pušta...

Nakon što je opet sa svojim bivšim mentorom Enabranom Tainom, Garak mu pomaže u planu da uništi Osnivače, Odov narod koji vlada Dominijem. Garak mora ispitati Oda koji je zatočen na Tainovu brodu. No Odo tvrdi da ne pozna tajne svoga naroda. Sisko saznaje za Tainovu misiju. Admiral Toddman iz Zvjezdane flote upozorava ga da se pripremi za osvetničke napade Jem'Hadara.

Sukob između Klingona i Kardasije u punom je jeku i Sisko dopušta da pošiljka replikatora prođe kroz DS9. Odo i poručnik Eddington iz Zvjezdane flote preporučuju pojačane mjere sigurnosti kako bi odbili Klingonce i Maquije da se umiješaju. Uskoro Odo dolazi Sisku s dokazima da Kasidy Yates, u koju se Sisko zaljubio, krijumčari za Maquije. On nerado dopušta da joj pretraže brod, a kad kreće na sastanak s Maquijima, polazi za njom u Defiantu.

Jem'Hadari napadaju DS9 i zatim bježe u kvadrant Gama. Sisko ih slijedi s Worfom, Dax, Odom i O'Brienom. Na putu nailaze na oštećeni brod Jem'Hadara i prebacuju preživjele ratnike na Defiant. Weyoun, njihov vorta gospodar objašnjava im da ih je iznenadila grupa Jem'Hadara koja je napala i DS9. To su pobunjenici koji žele pobijediti Dominij i Federaciju, a da bi to uspjeli, trebaju obnoviti drevna Vrata, koja će im omogućiti da trenutačno odu na bilo koje mjesto u svemiru. Sisko pristaje da zajedno s Weyounom uništi Vrata locirana na udaljenom, pustom planetu. Siskovi su časnici iznenađeni kad saznaju da će surađivati s Weyounom i šest vojnika Jem'Hadara. Kasnije Sisko zahtijeva da svi njega priznaju kao vođu misije. Najviši časnik Jem'Hadara Omet'iklan nerado pristaje, ali i nagovijesti da će se sve promijeniti kad završe misiju. On sam predloži da na planetu rade u miješanim grupama, Jem'Hadari i časnici DS9-a rame uz rame, jer to je jedini način da Jem'Hadar poštuje Siska. Iako svjestan da mu je život u opasnosti, Sisko pristaje...

Putujući kvadrantom Gama, Kira, Dax i Bashir nailaze na planet koji su Jem'Hadari uništili 200 godina ranije. Napadači su stanovništvo zarazili smrtonosnom bolešću koja prelazi s naraštaja na naraštaj. Bolest se očituje u obliku plavih rana na licima bolesnika. Prije smrti, razdoblja koje se naziva ubrzanje, rane pocrvene, upale se i postanu vrlo bolne te bolesnici umiru u najvećim mukama. Bashir i Dax na površini planeta susreću jednu ženu i transportiraju je u bolnicu. Otkrivaju da iscjelitelj Trevean zapravo truje pacijente ne bi li brže prošli fazu ubrzanja i umrli. Bashir ih želi izliječiti, ali Trevean tvrdi da lijek ne postoji. Ipak, Ekoria je trudna i ona moli Bashira za pomoć u strahu da neće živa dočekati rođenje svoga djeteta. Bashir i Dax ostaju na planetu u nadi da će pomoći stanovništvu, a Kira odlazi patrolnim brodom kako Jem'Hadari ne bi otkrili njihovu nazočnost. Bashir ubrzo otkriva virus, ali kako je Ekoria u prvoj, plavoj fazi, ne može dovršiti istraživanja. Za to treba pacijente u fazi ubrzanja...

Quark se iz posjeta kući vratio s viješću da boluje od Dorekova sindroma, smrtonosne bolesti od koje će umrijeti za tjedan dana. Kako Ferengi ne smije umrijeti u dugovima, Quark na burzi prodaje svoje tijelo. Isprva nikoga ne zanimaju njegovi organi, no onda stiže tajanstvena ponuda za 500 poluga latinuma i Quark veselo potpisuje ugovor prema kojemu za šest dana mora predati svoje tijelo. U međuvremenu, Bashir, Kira i trudna Keiko vraćaju se na postaju poslije doživljene nezgode. Na iznenađenje svih Keikino dijete sada nosi Kira. O'Brieni se tek moraju naviknuti na to da je sada Kira majka njihova djeteta i pozivaju je da dođe živjeti u njihove odaje... Quark, pak, doznaje da ipak nije bolestan. Dijagnoza je pogrešno postavljena. No kad pokuša raskinuti ugovor o prodaji tijela, shvaća da ne može i odlazi Garaku da ga ubije što bezbolnije i sa što manje krvi...

Oda prebacuju u ambulantu nakon što se iznenada srušio. Bashir shvaća da Odo gubi sposobnost zadržavanja čvrstog oblika, no nije mu jasno zašto. Zapovijedi mu da ostane u ambulanti, ali kad Odo ipak izlazi i ponovno kolabira, jasno je da se mora vratiti kući i ući u Veliku Vezu jer to je jedini način da sazna uzrok bolesti i pokuša naći lijek. Doma ga vode Sisko, O'Brien, Worf, Dax, Bashir i Garak. Uskoro se na brodu materijalizira žena metamorf koja ga je već pozivala da se vrati. Ona priznaje da je zarazila Oda kako bi došao doma gdje će mu suditi jer je on jedini metamorf u povijesti koji je ubio metamorfa. Da bi mu sudili, Odo mora ući u Veliku Vezu...

Nastavak zadnje epizode 4. sezone. Nakon što su u prošloj epizodi otkrili da je Klingonac Gowron zapravo metamorf, Sisko, O'Brien i Odo maskiraju se u Klingonce i prate Worfa u tvrđavu duboko u srcu Klingona. Pomaže im gul Dukat čija ptica grabljivica pomaže u tome da zametu trag. U klingonskoj utvrdi traže prijam kod Gowrona u nadi da će uspjeti uključiti pokusnu napravu koja će ga razotkriti kao metamorfa.

Ekipa s DS9 proučava planet u kvadrantu Gama kako bi pronašla potrebnu rudaču. Tada vide kako nedaleko od njih pada brod. Požure u pomoć nastradalima. To je ratni brod Jem'Hadara i nitko od posade nije preživio. Nesreću je očito prouzročio kvar upravljačkog sustava na brodu. Dok oni istražuju, stiže drugi brod Jem'Hadara i uništi njihov patrolni brod. Posada DS9-a nalazi se na uništenu brodu Jem'Hadara, opkoljena smrtnim neprijateljem...

Na postaju iznenada stiže Quarkova bivša žena Klingonka Grilka i uz pomoć Worfa i Dax Quark joj se počne udvarati. Ipak, očito je da je Worf protiv toga i sam se počinje udvarati Grilki na veliku Daxinu žalost. I Miles O'Brien sve se neugodnije osjeća u Kirinoj nazočnosti jer shvaća da je voli sve više te je počinje izbjegavati. No sve je uzalud... Redatelj epizode je Andrew J. Robinson, glumac koji inače portretira Kardasijanca Garaka.

Jake Sisko treba napisati članak o dr. Bashiru, ali kad ga intervjuira, zbunjen je poplavom nerazumljivog medicinskog žargona kojim ga Bashir obasipa. Kad prime poziv u pomoć medicinske ekipe na planetu koji napadaju Klingonci, Jake uspije uvjeriti Juliana da mu pomogne. Odjednom se Jake nađe usred najžešćeg rata. Iako pokušava pomoći, shvaća da to nadilazi njegove snage, osobito slučaj vojnika koji je ustrijelio sama sebe kako bi ga maknuli s prve crta bojišnice...

Keiko O'Brien vraća se s botaničkog puta na Bajoru i kad ostane nasamo s Milesom, povjerava mu da su je obuzele demonske sile te traži od Milesa da promijeni sustave na postaji u tajne svrhe. Ispočetka se Miles smije, ali kad mu demonstrira snagu, pristane na suradnju. Ubrzo Odo i Dax otkrivaju promjene i istraga počinje...

Sisko putuje u prošlost, u bitni trenutak povijesti prvog Enterprisea, kako bi spriječio Klingonca da otruje pošiljku žita koju brod prevozi...

Warf, Dax, Leeta, Rom i Bashir odlaze u posjet na planet Risu. Sve pođe po zlu kad banda pobunjenika napadne regulator vremena te pokuša preplašiti posjetioce i pokazati im da Federacija nije spremna za napad Dominija...

Sisko, Odo, Dax i Garak odlaze u prošlost, u vrijeme kad je DS9 još bio poznat kao Terok Nor. Oni si međusobno izgledaju normalno, ali drugima se pojavljuju u obličju bajorskih robova. Bit će optuženi za podmetanje bombe i osušeni na smrt...

Odo prati Quarka na saslušanje, put od osam dana. Na pola puta Quark čuje zujanje i nakon istrage Odo otkriva bombu na brodu. Iako prežive eksploziju, brod je teško oštećen i prisilno se spuštaju na pust planet. Sve mogućnosti komunikacije uništene su eksplozijom. Mogu skapati ili se smrznuti na planetu ili odvući glomazni aparat na vrh planine gdje je zrak rjeđi toliko da pošalju poziv u pomoć. Ali nisu računali na to da će uspon trajati danima...

Sisko otkriva položaj legendarnog bajorskog grada B'hale. Ali kad ode onamo, ima vizije praćene jakim glavoboljama u kojima vidi opasnost za Federaciju ako Bajor uđe u savez. Hoće li ga uglednici Federacije i Bajora poslušati?

Jedan po jedan član Shakaarove ćelije su ubijeni i svaki put Kira dobiva poruku po kojoj zna da će i ona doći na red. Odo i Sisko istražuju kako bi spasili nju i nerođeno dijete O'Brienovih. No bez obzira na pomoć na kraju će se morati sama obračunati s ubojicom.

Kira je napokon dobila trudove. No, Odo nije zainteresiran jer se brine za vlastito dijete, malog metamorfa kojega je Quark našao u svemiru i prodao Odu. Dr. Mora, kojemu Odo još nije oprostio metode primijenjene na njemu, stiže na DS9 da mu pomogne. Odo u početku odbija njegove metode, no kasnije ih prihvaća jer jedino s njima postiže rezultate...

Sisko već osam mjeseci neuspješno lovi Eddingtona, svog časnika osiguranja koji je prešao na stranu Maquija. Tada sazna da je Federacija odredila drugog časnika da uhvati Eddingtona, i njegova je opsesija jača nego ikada. No Eddington i Sisko morat će zamijeniti uloge prije nego što se Eddington napokon preda.

Nakon kodirane kardasijske poruke iz kvadranta Gamma, Garak i Worf odlaze u pomoć, ali uhvaćeni su i nalaze se u em'Hadara u i pravi Julian Bashir.

Omjer snaga se mijenja, jer se Kardasija, na čelu s gulom Dukatom, priključila Dominiju i priprema se preuzeti kvadrant Alfa. Gul Dukat šalje poruku Sisku da preda DS9. Sisko mora uvjeriti Klingonce da se pridruže Federaciji u borbi protiv Dominija. Iako Federacija pobjeđuje u toj prvoj bitki, gul Dukat šalje poruku da je rat za kvadrant Alfa tek počeo.

Dr. Louis Zimmerman dolazi u posjet DS9-u, jer želi napraviti novu seriju holografskih doktora identičnih dr. Bashiru. Bashiru se ideja svidjela, ali kako Zimmerman sve dublje ulazi u njegovu prošlost, Bashir postaje sve tajanstveniji, a ta šutnja prelazi u paniku kad na postaju stignu njegovi roditelji. Kakvu to mračnu tajnu krije Bashir?

U Quarkovu baru Odo upoznaje tajanstvenu neznanku Arissu i zaljubi se u nju. No, ona ima mnogo lica i mnogo tajnih ciljeva i Odo, otkrivajući ih, upada iz nevolje u nevolju. Na kraju sazna da su joj izbrisali sjećanje koje ona pokušava vratiti. Uspijeva uz Odovu pomoć, ali sa spoznajom svog identiteta Arissa mora ostaviti Oda i slomiti mu srce.

Na DS9 stiže Quarkov ozloglašeni rođak Galen i poziva ga da mu se pridruži u trgovini oružja i tako zaradi golemo bogatstvo. Quark je spreman na sve samo da zaradi i ne smeta mu što ga gosti ostavljaju zgađeni poslovima koje vodi. No kad dođe klijent koji treba oružje za genocid cijeloga planeta, pokazuje se da čak i Quarkova pohlepa ima granica. Ali sad je on u nevolji, jer povuče li se iz posla, klijent će ga pokušati ubiti.

Kardasijski legat koji je jednom iskreno vjerovao da je Kira njegova izgubljena kći izgnan je s nove Kardasije i dolazi na DS9. Smrtno je bolestan i nudi Kiri da mu bude nasljednica u materijalnim bogatstvima, ali i duhovnim. Kira, iz sažaljenja prema bolesnom starcu, ali i svjesna koristi koje će imati Bajor i Federacija ako starac na nju prenese sve svoje strateško znanje s Kardasiji, pristaje. Stiže i gul Dukat i pokušava starca vratiti na Kardasiju, a kad ne uspije, okreće se Kiri...

Nakon niza nesreća Quark padne u depresiju i prihvaća bratov savjet da ode na Ferengiar. Ondje otkriva da mu je majka zaljubljena u velikog Nagusa. Uskoro mu dolazi protivnik Brunt i nudi mu ponovno uspostavljanje radne dozvole ako zagorči ljubav majci i Nagusu. Quark brzopleto pristaje, ali ubrzo shvaća da je samo pijun u Bruntovim velikim planovima...

Worf i Dax prelaze kao časnici na grabljivicu generala Martoka. Worf počinje sumnjati u Martokove sposobnosti i riskira život u borbi s njim, što Martoku pomaže da izgubi strah od Dominija i Jem'Hadara.

Defiant se našao na planetu u kvadrantu Gama. Posada otkriva da je, zahvaljujući neobičnoj nesreći prilikom putovanja kroz vrijeme, već bila nasukana na tom planetu 200 godina ranije i osnovala naselje koje se razvilo u grad s 8000 stanovnika - njihovih potomaka.

Stardate: Unknown. Driven to desperation by the Dominion, the Maquis launch a massive bio-weapons strike towards Cardassia. Sisko must trust the traitor Eddington to try to stop them.

O'Brien, Nog i ekipa inženjera putuju na Empok Nor, napuštenu kardasijsku postaju identičnu DS9-u, kako bi našli dijelove potrebne za popravak svoje postaje, a koje O'Brien nije uspio replicirati. Pridružuje im se Garak kao zaštita protiv kardasijskih zamki. Nitko ne računa na kardasijske čuvare u krio-snu.

Stardate: 50929.4. Jake and Nog go through hell and high water, from participating in an auction to dealing with the Dominion, to receiving a Willie Mays baseball card to cheer up the war-fatigued Captain Sisko.

Da bi spriječila ulazak dominijskih brodova u kvadrant Alfa, Federacija odluči minirati ulaz u crvotočinu. Mine je dizajnirao Rom, one se same repliciraju pa je minska polja teško očistiti. Za osvetu Dominij se sprema napasti DS9. Sisko požuruje Bajor da s Dominijem potpiše pakt o nenapadanju koji bi zaštitio planet. DS9 odolijeva napadu dovoljno dugo da Federaciji i Klingonu omogući napad i prvu pobjedu u ratu protiv Dominija. Nakon toga DS9 je evakuiran. Rom se ženi Leetom, a Jake počinje raditi kao novinar i ostaje na DS9-u kao ratni dopisnik. Dax prihvaća Worfovu prošnju.

Nekoliko mjeseci nakon što je DS9 predan Dominiju, Federacija gubi rat. Sisko više nije kapetan Defianta. Sada upravlja ratnim brodom Jem'Hadara koji je otkriven nekoliko mjeseci ranije i popravljen. Siskov je zadatak uništiti glavnu tvornicu bijelog ketracela u kvadrantu Alfa. U tomu uspijeva, ali brod ostaje bez warpa i 17 godina udaljen od najbliže baze Federacije.

Oštećeni brod Jem'Hadara pada na nenastanjeni planet i Dax je teško ranjena. Dr. Bashir stabilizira njezino stanje. Pronalazi ih grupa Jem'Hadara koja se također nasukala i vodi ih svom ozlijeđenom vodi koji za Siska ima neobičan i nečastan prijedlog. Sisko, iako zgrožen, neće moći odbiti taj prijedlog.

Klingonski zapovjednik Martok pristaje sa svojim brodom, jer treba pojačanje u posadi. Worf je zapanjen kad sazna da je među pridošlicama i njegov sin Alexander. Worf je poslao Alexandera na Zemlju prije mnogo godina kad je shvatio da mu sin ne želi postati klingonski ratnik. Martok podržava Worfa u nakani da se pomiri sa sinom i da mu pomogne postati ratnik. Ali svi pokušaji padaju u vodu, a jaz između oca i sina sve je dublji...

Glavni razlog uspjeha Dominija u svim bitkama je senzorska zraka kojom Dominij nadzire prolaz svih kroz svih pet sektora. Sisko uskoro smišlja riskantan plan kojim će ga onemogućiti. Na Terok Noru (kardasijansko ime za DS9) Kira i njezina ćelija pokreta otpora (Jake, Rom i Odo) pokušavaju unijeti razdor između Kardasijanaca i Dominija. Ali kad se Odo spoji sa ženom mijenjolikom koja mu je nekoć oduzela moć mijenjanja, Kira ozbiljno posumnja u odanost svoga dugogodišnjeg prijatelja...

Federacija i dalje gubi rat s Dominijem i moral naglo pada. Sisko smišlja plan kako će vratiti Federaciji DS9. Odo se i dalje bori između vjernosti prijateljima i Velike veze, a nakon razgovora sa ženom mjenjolikom pokušava se uzalud ispričati Kiri. Ona mu više ne vjeruje. Sisko saznaje za plan da se uništi minsko polje, te to pokušava iskoristiti da i sam stigne do DS9-a. Ali za to mora probiti zid Jem'Hadarskih brodova s druge strane crvotočine...

Sisko je suočen s tisućama ratnih brodova u pokušaju da opet osvoji DS9. Kira, Jake i Leeta osumnjičeni su da su pokušali osujetiti uništenje minskog polja i zadržani su na ispitivanju, ali spašavaju ih Odo i Ziyal. Tuđinci u crvotočini stupaju u vezu sa Siskom i zatim uništavaju flotu dominijskih brodova. Ziyal priznaje da je oslobodila Kiru, te je Damar ubije, a gul Dukat ostaje na DS9-u shrvan tom viješću dok se Kardasijanci povlače zajedno s dominijskim snagama.

Rat i dalje bijesni galaktikom, ali život se vraća u normalu na postaji DS-9. Worf i Dax se napokon namjeravaju vjenčati. Dax kao klingonska mlada ulazi u Martokovu kuću i mora proći ritual klingonskog vjenčanja. Ali Martokovoj ženi Sirelli Dax se ne sviđa i ma što Dax učinila, Sirella joj nalazi zamjerke. Nastaje svađa nakon koje Sirella proglašava Dax neprijateljem i vjenčanje dolazi u pitanje...

Stranac se teleportira na DS9 i uzima Kiru kao taokinju. Kira je zapanjena, jer on izgleda kao njezina mrtva ljubav Vedek Bareil. On i jest Bareil iz paralelnog svemira i bježi pred zlim Savezom. Iako ju je napao, Kira ga ne želi optužiti nakon što ga uhvate i Sisko se boji da je to zbog sličnosti s njezinim pokojnim ljubavnikom. Ipak, pristane da Bareil ostane na postaji. Do problema dolazi kad Kira dvojniku objašnjava da je njezin ljubavnik bio duhovni vođa Bajora dok je dvojnik običan lopov i varalica.

Bashira mole da pomogne skupini genski pojačanih osoba koje su vrlo inteligentne, ali emotivno nefunkcionalne i zbog toga život provode u zatvorenoj instituciji. Bashir bi im trebao pomoći da se prilagode normalnom životu. Istodobno novi vođa Kardasije gul Damar zajedno s Dominijem pregovara o miru s Federacijom. No, Bashirova skupina iz Damarova govora zaključuje da Kardasija i Dominij pripremaju Federaciji zamku. Sisko na to upozorava zapovjedništvo Zvjezdane flote i ono skupinu uključuje u tajne pregovore koji će dovesti do mira ili krvoprolića u kojem će poginuti milijarde...

Veliki Nagus zove Quarka s viješću da je Dominij uhitio Ishku i traži od njega da je oslobodi. Quark i Rom mole za pomoć Noga Lecka, Gailu i Brunta. Quark je prvo želi osloboditi silom, ali uviđa da je to nemoguće te odluči pregovarati. Sisko pristane da oslobode vortu Keevana i zamijene ga za Quarkovu majku. No i tu postoje zamke, jer, upozoravaju svi Quarka, Jem'Hadari će na zamjeni ubiti Keevana i cijelu grupu Ferengija...

Sisko odlazi na saslušanje o ratnim zločinima gula Dukata. Susreće Dukata, sada kao zatvorenika. Brod koji ih prevozi napadaju Kardasijanci. Sisko je ranjen i Dukat bježi s njim na obližnji planet. Ondje njeguje Siska i istodobno šalje pozive u pomoć.

Morn je poginuo u ionskoj oluji i Quark je njegov jedini nasljednik. Sve upućuje na to da je Morn bio bez ičega. Quark pretražuje njegovu kuću i Mornova bivša žena Larell otkriva mu da je Morn imao skriveni mirovniski fond od tisuća poluga latinuma.

Sisko ima vizije u kojima su on i njegova posada Amerikanci iz 50-ih godina 20. stoljeća. Bashir pregledom uočava neobične stvari, ali prije nego što se sa Siskom dogovori o liječenju, kapetan se nađe u New Yorku u 1953. godini. Sad je on Benny Russell, pisac za ZF časopis. S njim rade O'Brien, Kira, Bashir, Dax i Quark u ljudskom obliku. Glavni urednik Pabst izgleda kao Odo u ljudskom obliku. Svaki pisac svoje zadatke dobiva u obliku crteža oko kojega autor mora ispresti priču. Bennyjev je crtež ilustracija Deep Space Ninea.

Kako bi istražili rijetki podprostorni fenomen Dax, O'Brien i Bashir ukrcaju se na brod smanjen na 12 cm. Uvjeravaju ih da će se vratiti na normalnu veličinu kad izađu iz anomalije. Defiant na kojemu se nalazi mali brod je napadnut i Jem'hadari ga preuzimaju. Minijaturni brod se spašava i izlazi iz anomalije drugom rutom te se brod ne vraća u normalnu veličinu. Brodić se vraća na Defiant i shvaća da mora pomoći Sisku i ostalima da ponovno preuzme Defiant.

Tajna služba Zvjezdane flote regrutira O'Briena. On se mora infiltrirati u sindikat Orion, najveću mafijašku bandu kvadranta Alfa kako bi otkrio doušnika iz redova Zvjezdane flote. Zahvaljujući svojim tehničkim sposobnostima brzo stječe povjerenje svih, a osobito Bilbyja koji mu postaje i blizak prijatelj. O'Brien brzo otkriva identitet doušnika, ali saznaje i da Dominij ima tajne veze s mafijom, koje mora razotkriti do kraja. No, brine se što će biti s njegovim novim prijateljem...

Dax i Worf odlaze na sastanak s dvostrukim kardasijanskim agentom koji zna gdje se u Alfi nalaze Osnivači, ali ne želi im reći sve dok mu Worf i Dax ne pomognu da pobjegne. Tako se mladi bračni par nađe u džungli i kreće na mjesto sastanka s agentom. Upadaju u zamku Jem'hadara i Dax je smrtno ranjena. Worf mora odlučiti hoće li spasiti nju ili obaviti zadatak...

Gul Dukat javlja Kiri da je njezina majka, koja je navodno umrla kad su Kiri bile tri godine, bila dugogodišnja Dukatova ljubavnica. Istragom ne može dokazati da Dukat laže te se uz pomoć bajorske vremenske kugle vraća u prošlost i u logoru za izbjeglice susreće svoju obitelj. Ondje će saznati pravu istinu o svojoj majci.

Istraga interne kontrole optužuje dr. Bashira da prenosi poruke Dominiju. Inspektor Sloane dolazi na DS9 i uhiti Bashira, a uskoro je protiv njega i cijela posada. No, vrlo brzo Bashir shvaća da i nije sve onako crno kako se čini.

Sisko shvaća da je jedina nada da Federacija pobijedi u ratu s Dominijem tako da Romulanci objave rat Dominiju. On im mora dokazati da će Dominij napasti Romul premda je potpisan akt o nenapadanju. Moli Garaka da pribavi dokaze. Nekoliko je Kardasijanaca spremno pomoći, no svi su ubrzo ubijeni. Garak predlaže da izmisle dokaze i zatim pozovu romulanskog veleposlanika i podastru ih...

Bashir pokazuje Odu svoj novi hologramski program, pjevača iz 60-ih godina prošlog stoljeća Vica Fontainea. Iako je hologram, Vic odmah osjeća da Odo pati za Kirom i nudi se da mu pomogne. Za početak Vic ga pretvara u klavirista i upoznaje ga s dvije prekrasne hologramske djevojke. Na njima će Odo učiti kako biti opušten u ženskom društvu. Sljedeća je prepreka djevojka identična Kiri. Iako Odo uspješno zavodi Lolu, povlači se kad treba prijeći na djelo opravdavajući se da se hologram ne ponaša poput Kire. Ali Vic ne odustaje i pravu Kiru nagovara da se u hologramskom apartmanu Odu predstavi kao svoja hologramska dvojnica...

Na Bajoru je pronađena drevna ploča na kojoj piše o Izaslaniku i borbi dobrih i zlih proroka. Pobjeda nad zlim prorokom početak je zlatnog doba Bajora. Kad Sisko shvati da je DS9 poprište velike bitke dobra i zla, on evakuira postaju i priprema je za borbu. Kai Wynn je uzrujana jer ona nije uključena u te pripreme...

Noga i Jakea na putu za Ferenginar napada Dominij. Spašava ih posada broda Valiant čija je originalna posada poginula u ratu, a zamijenila ju je specijalna jedinica kadeta Zvjezdane flote. Oni su odlučni u tome da dovrše zadatak na koji je Valiant poslan. Jake i Nog uskoro uviđaju da kadeti ni izdaleka nisu dorasli misiji u koju su krenuli.

Brunt uspije zbaciti velikog nagusa Zeka s vladajuće pozicije u Ferengijskom Carstvu. Zek s Moogi dolazi na DS9 i moli Quarka za pomoć. Brunt je uspio u nakani, jer je Zek pokušao progurati zakon o ženskoj odjeći. Quark zapravo ne zna na čiju bi stranu stao, ali radi se o njegovoj majci i mora pomoći. Kad ona doživi infarkt, on se preodijeva u ženu kako bi važnog dužnosnika Ferengija natjerao da mu pomogne progurati zakon o ženskoj odjeći.

Na obiteljskom pikniku na obližnjem planetu Molly slučajno dospije u vrtlog i odlazi 300 godina u prošlost istog planeta. O'Brien je uspije izvući, ali sitnom pogreškom izlazi Molly koja sada ima 18 godina i potpuno je podivljala. Julian, Miles i Keiko uče je govoriti i ponašati se u društvu. No, na stanici prepunoj ljudi Molly uhvati panika i počne napadati ljude. Uskoro završi u rehabilitacijskom centru osuđena na doživotni zatvor. Keiko i O'Miles su očajni, te smišljaju plan da je izvuku i vrate na njezin divlji planet.

Na povratku s misije posada Defianta prima poziv u pomoć kapetanice Zvjezdane flote Lise koja je zarobljena na pustom planetu nakon pada njezina broda. Zrak na planetu ima visok postotak ugljičnog dioksida i Lisa može preživjeti samo uz trioks koji joj, boji se neće potrajati do dolaska Defianta. U pokušaju da preživi, Lisa moli posadu Defianta da drže otvorenu vezu i naizmjence razgovaraju s njom. Uskoro je svi smatraju bliskom prijateljicom...

Saveznici - Federacija, Klingonci i Romulanci - kreću u odlučnu bitku protiv Dominija napadom na Kardasiju. Sisku nude zapovjedništvo u napadu, ali proroci ga u snu odgovaraju od toga. On ipak prihvati. Uskoro saveznici ostvaruju prve pobjede. Dukat je u međuvremenu uspio osloboditi jednog od zlih proroka koji se sprema uništiti crvotočinu. Na nesreću, Dax mu se nađe na putu i smrtno je ranjena. Sisko traži odsustvo i s Jakeom odlazi u očev restoran da nađe odgovore o Daxinoj smrti i kraju crvotočine.

Tri mjeseca nakon zatvaranja crvotočine i nakon što su bajorske kugle postale beskorisne Sisko mora pronaći Kuglu za izaslanika kako bi ponovno otvorio crvotočinu i aktivirao kugle. Kira je sada zapovjednica na DS9-u. Saznaje da Romulanci žele osnovati bolnicu na bajorskome mjesecu. Sisko upoznaje Ezri, novu domaćicu simbionta Daxa.

Worf je naumio uništiti dominijsko gradilište brodova kako bi Jadziji osigurao mjesto u klingonskom raju. Ezri se želi pridružiti Benu, Josephu i Jakeu Sisku u potrazi za Kuglom izaslanika. Kad je otkriju, crvotočina se otvara, a kugle su reaktivirane. Sisko sazna da je prorok opsjeo njegovu majku. Kira mora otkriti način da spriječi Romulance u stvaranju oružja na bajorskome mjesecu.

Na DS9-u Ezri se suočava s različitim reakcijama osoba: Kira se ponaša prijateljski, Quark očijuka, Worf je se kloni, a Sisko je sretan što je vidi. Ezri odluči otići jer je Worfu očito neugodno u njezinu prisustvu, ali Sisko je poziva da ostane kao njegova savjetnica.

Sisko izaziva staroga znanca, vulkanskog kapetana Soloka na igru bejzbola u holoapartmanu.

Skupina genski pojačanih ljudi moli dr. Bashira da izliječi njihovu prijateljicu Sarinu koja je neobjašnjivo pala u katatonično stanje.

Odo mora kloniranog Weyouna odvesti na DS9, a da njihov brod pritom ne unište Jem'hadari. Odo sazna da virus uništava Osnivače.

Worf prihvaća Kora kao člana posade u trenutku kad napadaju Dominij. Napetost se javlja kad Martok sreće Kora. Nekada davno Kor mu je odbio status časnika jer je Martok potjecao iz plebejske kuće.

Sisko planira napad na planet AR-558 kako bi se uključio u komunikacijsku zraku Dominija u kvadrantu Alfa. Mora također otkriti način deaktiviranja Houdinijevih rudnika koji se skrivaju u podprostoru i nenadano eksplodiraju. Nog u bici gubi nogu.

Dukat uvjerava Kiru da se pridruži neobičnom kultu kad se ona odjednom nađe na Empok Noru.

Nog je na bolovanju u holoapartmanu. Nalazi se u Las Vegasu 1962. godine. Iako mu je nova noga funkcionalna, još se koristi štapom, koji mu treba psihički, a ne fizički. U prevladavanju toga pomoći će mu hologram Vic Fontaine.

Miles O'Brien nestaje na tajnom putu u New Sydney koji je u sistemu u kojem Ezrina majka ima rudarsku kompaniju. Na tom putu Ezri se ponovno susreće s obitelji od koje se udaljila. Kao gošća nastupa Leigh Taylor-Young.

Nagusa Zeka otimaju članovi pokreta otpora iz suprotnog svemira. Na DS9 stiže Ezri iz suprotnog svemira i nudi razmjenu. Zek za napravu za skrivanje. Quark i Rom prate Ezri u njezin svemir, ali ih ondje zarobe...

Ezri pomaže u hvatanju serijskog ubojice koji luta DS9-om. Kako bi shvatila ubojičin um, koristi se iskustvima ubojice i bivšeg Daxova domaćina Jorana.

Odo susreće metamorfa u kojemu prepoznaje jedno od stotinu djece koja su, poput njega, bila poslana da istražuju svemirska prostranstva. Laars nudi Odu mogućnost da mu se pridruži u traženju ostalih koji su bili poslani u svemir.

Posada DS9-a počinje glumiti u holoapartmanu kako bi spriječila da životni prostor Vica Fontainea ne preuzme mafija.

Dr. Bashir odlazi na liječničku konvenciju na Romul. Član Odjela 31 traži od njega da skupi što više podataka o romulskoj vladi. Uskoro je očito da je Bashir uhvaćen u mrežu dvostruke igre...

Sisko kupuje zemlju na Bajoru. Worf je nestao i Ezri krade brod kako bi ga našla. Sisko prosi Kasidy no proročica Sarah upozorava ga da raskine zaruke.

Dukat prolazi operaciju kako bi sličio Bajorcu i nastoji zadobiti povjerenje kai Winn. Sisko raskida zaruke s Kasidy, ali predomisli se i oni se vjenčaju unatoč upozorenju proročice. Breen postaje član dominijsko-kardasijskog saveza.

Ezri i Worf su na dominijskom brodu na kojem se potpisuje ugovor Breena i Dominija. Zarobljenici saznaju da će ih pogubiti. Kasidy se teško prilagođuje novoj ulozi supruge Izaslanika. Damar pomaže u bijegu Worfu i Ezri neposredno prije nego što ih odvedu u komoru za pogubljenje.

Worf i Ezri vraćaju se na DS9. Breen napada stožer Federacije dok Damar potajno planira osloboditi Kardasiju vlasti Dominija. Sisko sazna da je Breen napao jedinu utvrdu koju Federacija ima na teritoriju Dominija.

Sisko zapovijedi Kiri da Damara i njegove trupe nauči taktici otpora. Bashir zamoli Oda za pomoć u traženju lijeka za virus koji polako ubija Osnivače. Tada sazna da je i Odo zaražen. Gowron smjenjuje Martoka kao zapovjednika klingonskih snaga. Kai Winn i dalje traga za tajnim tekstom, a Bashir optužuje Odjel 31 za stvaranje i oslobađanje virusa koji je zarazio Osnivače.

Bashir danonoćno radi na otkrivanju lijeka protiv zaraze Osnivača. Kira planira ukrasti tehnologiju Breena kako bi Federacija postala otporna na oružje Breena i Dominija. Damar sazna da je njegovu obitelj pobio Dominij. Worf izazove Gowrona na dvoboj i ubije ga. Bashir i O'Brien žele uhvatiti jednog člana Odjela 31 koji možda posjeduje tajnu lijeka za Odovu bolest.

Bashir i O'Brien namame Sloana, člana Odjela 31 na DS9. Ondje mu ulaze u um kako bi otkrili tajnu virusa koji ubija Osnivače i kojim je zaražen i Odo.

Sisko preuzima zapovjedništvo nad brodom Defiant, nazvanom po svom slavnom prethodniku dok Kira, Garak i Damar jedva prežive dominijsku zasjedu. Bashir i Ezri otkriju uzajamnu privlačnost. Quark postaje Zekov nasljednik i namjerava povući sve demokratske promjene na Ferenginaru. Garak, Damar i Kira uspješno postavljaju bombu u dominijskoj vojarni na Kardasiji. Iznenada Zek proglašava Roma svojim nasljednikom iako je već objavio da će ga naslijediti Quark...

Sisko kreće u veliki napad protiv Dominija i Kardasije. Kira, Damar i Garak uništavaju izvore struje na Kardasiji u trenutku kad se narod diže protiv dominijske vladavine. Bashir i Ezri provode zajedno noć. Vođa Osnivača zapovijedi pogubljenje Kire, Damara i Garaka, ali kardasijska ih vojska oslobađa.

Ratna se sreća osmjehuje Federaciji i njezinim saveznicima kad im se pridruži i Kardasija. Za osvetu Osnivači naređuju genocid na Kardasiji. Kira, Garak i Damar osvajaju dominijski stožer. Garak ubije Weyouna, a Kira na nišanu drži vođu Osnivača i zapovijedi mu da prekine rat i preda se. Sisko zapovijedi Odu da se poveže s vođom Osnivača. U toj vezi Odo sazna tajnu izliječenja od virusa. Nakon toga Odo se vraća na svoj rodni planet. Nakon što je predaja Dominija potpisana, O'Brien objavljuje da se s obitelji vraća na Zemlju. Worf postaje federacijski veleposlanik na Kronosu. Sisko odlazi na Bajor i nakon niza događaja postaje prorok. U viziji se javlja Kasidy i obeća joj da će se jednom vratiti. Kira postaje zapovjednica DS9-a i tješi Jakea koji je ostao bez oca.