Sisko je šokiran kad na DS9 pristane klingonska flota. Iako se Klingonci ponašaju miroljubivo, Sisko moli za pomoć poručnika Worfa s Enterprisea. Worf zna zašto su Klingonci tu i dvoji treba li to reći Sisku. No, on ipak saznaje da se priprema invazija na Kardasiju i stupa u kontakt s gulom Dukatom.

Sisko je šokiran kad na DS9 pristane klingonska flota. Iako se Klingonci ponašaju miroljubivo, Sisko moli za pomoć poručnika Worfa s Enterprisea. Worf zna zašto su Klingonci tu i dvoji treba li to reći Sisku. No, on ipak saznaje da se priprema invazija na Kardasiju i stupa u kontakt s gulom Dukatom.

Stari Jake Sisko budućoj mladoj spisateljici priča kako mu je nestao otac i o svojoj potrazi za njim. Tijekom jedne misije u crvotočini kapetan Sisko navodno pogine. Jake to teško prihvaća. Jedne noći u kabini pojavi mu se otac i ostane samo trenutak-dva. Nitko ga poslije ne može pronaći. Godinu dana poslije Sisko se ponovno pojavljuje, ovaj put na duže. Dax, Bashir i Worf ga pregledaju, a kad Sisko ponovno nestane, Jake se vraća na Zemlju. Otac mu se opet pojavljuje i tada Jake počinje potragu za njim. Otkriva način da ga vrati za stalno, ali uz užasne posljedice...

Na povratku s misije Bashir i O'Brien dožive nesreću na izoliranom planetu. Ondje ih zarobe vojnici Jem'Hadara. Njihov vođa Goran'Agar zapovijedi da ih ubiju, ali kad sazna da je Bashir liječnik, mijenja odluku i odvodi ih u zatočeništvo. Od Bashira traži da pronađe protulijek za drogu kojom Dominij drži vojnike Jem'Hadara u pokornosti. Bashir je oduševljen, jer u tome vidi mogućnost da se i Jem'Hadari jednom promijene i prestanu biti brutalni strojevi za ubijanje.

Kira saznaje podatke o Ravinoku, kardasijanskom brodu koji je nestao prije šest godina s grupom bajorskih zatvorenika. Odluči istražiti nestanak broda, a s njom kreće i predstavnik Kardasije, omraženi gul Dukat. Pronalaze brod i grobove, ali nakon pregleda tijela Kira je presretna što njezinog prijatelja nema među mrtvima. Tada saznaje i razlog Dukatova inzistiranja da pođe s njom na tu misiju.

Stiže troje znanstvenika s Trilla koji će izvoditi pokuse na Defiantu. Među njima je Lenara Kahn. Jedan od prethodnih domaćina Lenarina simbionta bio je u braku s Daxovim prethodnim domaćinom. Zakoni Trilla zabranjuju obnavljanje veza novih domaćina, ali kod Jadzije i Lenare već na prvi pogled razvijaju se simpatije koje se još produbljuju dok rade na zajedničkom znanstvenom projektu.

Defiant je duboko u kvadrantu Gamma na trgovačkim pregovorima s Hanokom, predstavnikom Karemme. Pojavljuju se dva ratna broda Jem'Hadara. Hanok bježi, Sisko ga slijedi u Defiantu, a Jem'Hadar ih napada i teško oštećuje brod. Posada Defianta mora popraviti brod i istodobno se boriti protiv neprijatelja, daleko od svoje postaje.

Quark i Rom voze Noga na Zemlju na akademiju Zvjezdane flote, no dožive nesreću i završe u Roswellu 1947. Osvijeste se u sobi za ispitivanje. Nasuprot njima sjedi šestero ljudi i njemački ovčar. Univerzalni prevodilac uništen je u nesreći i Ferengiji ne mogu odgovarati na pitanja ljudi koji misle da su oni Marsovci i prethodnica invazijske sile iz svemira. Unatoč opasnosti Quark odbije bježati nadajući se dobrim poslovima s primitivnim Zemljanima.

Worf, Dax i legendarni klingonski ratnik Kor kreću u potragu za mitskim mačem Kahlessa, oružjem prvog klingonskog vođe, koji će, navodno, ujediniti Klingonce. Sisko, u nadi da će time popraviti odnose Klingonskog Carstva i Federacije, daje im brod za potragu. Trojka ubrzo pronalazi mač, ali nailazi na neprijatelje koji im ga pokušavaju oduzeti. No, kad je mač napokon u njihovu posjedu, problemi tek počinju...

Bashir i Garak su se u holoapartmanu uživjeli u igru špijuna iz zemaljskih šezdesetih godina 20. stoljeća. Ali zbog sabotaže prilikom transportiranja ostalih članova posade DS9, svi se nađu u holoapartmanu. Bashir ne smije prekinuti program jer bi time ubio sve svoje prijatelje te on nastavlja igru u kojoj je on tajni agent koji će spasiti svijet ugrožen serijom potresa. Potrese izaziva lukavi Noah u liku Siska sa svojim pomoćnicima Dax i O'Brienom...

Eksplozija na diplomatskoj konferenciji Zemljana i Romulanaca na Zemlji izaziva veliku paniku jer je u njoj ubijeno 27 osoba. Zabrinjava otkriće da je bombu postavio metamorf što je znak da je Dominij krenuo u osvajanje Zemlje. Admiral Leyton poziva u San Francisco Siska i Oda kao savjetnike Zvjezdane flote u obrani protiv Dominija. Putovanje na Zemlju ujedno je prilika Sisku i Jakeu da posjete Siskova oca Josepha koji u New Orleansu ima restoran.

Pripremajući Zemlju za opći rat s Domninijem Sisko i Odo otkrivaju da admiral Leyton namjerava ratnu opasnost iskoristiti za vojni puč i mirnodopsku vladu Federacije zamijeniti vojnom Zvjezdane flote. Leyton pokušava privoljeti Siska da mu pomogne, ali on je odan Federaciji i na svoju se ruku s Odom i svojom vjernom ekipom s DS9 bori protiv nove opasnosti.

Kad prvi ministar Shakaar stiže na postaju, Odo shvaća da mu osjećaji prema Kiri onemogućuju da radi svoj posao. Naime, mora otkriti tko prijeti Shakaaru u kojemu Odo vidi potencijalnog suparnika.

Kira odlazi na kardasijsku postaju na molbu prvog ministra Shakaara. Iznenađena je kad otkriva da je pilot broda kojim se prevozi njezin stari neprijatelj Dukat, koji je u nemilosti na Kardasiji nakon što je kući doveo kćer iz veze s Bajorkom. On i Tora Ziyal sada su otpadnici, a brod kojim prevoze robu i putnike njihov je jedini dom. Na kardasijskoj postaji čeka ih iznenađenje. Klingonski ratni brod pobio je sve živo na postaji. Kira predlaže da na brod prenesu snažno oružje s postaje i pođu u potjeru za klingonskom pticom grabljivicom. Rečeno - učinjeno. Uskoro im je klingonski brod na vidiku. Uspiju li ga uništiti, Dukat će ponovno biti u milosti na Kardasiji. No hoće li doista?

Na DS9 stiže Worfov brat Kurn i traži od njega da ga ubije. Kurn objašnjava da je osramoćen sada kad je Worf stao uz Federaciju, a protiv Klingonskog Carstva, te je s cijelom obitelji postao otpadnik. Jedina mogućnost da vrati čast jest ritual smrti koji mora obaviti Worf. Worf nerado pristaje, no u trenutku kad zarine nož u brata, upadnu Dax i Odo i prebacuju Kurna u ambulantu. Kurnov je život spašen na njegovu veliku žalost. Da bi Kurnu dao smisao života, Worf zamoli Oda da ga uzme za svog pomoćnika u osiguranju. Odo pristaje...

Rom tjednima boluje od infekcije uha sve dok se napokon ne onesvijesti na poslu u baru i završi u ambulanti. Bashir je zgrožen zbog nehumanih uvjeta u kojima rade Quarkovi zaposlenici i predlaže Romu da osnuje sindikat. Kad se Rom vraća na posao, sazna da je Quark svima smanjio plaću kao kompenzaciju za smanjeni profit. Saziva tajni sastanak konobara i dabo djevojaka i objavljuje da želi osnovati sindikat. Iako se neki toga boje, Rom im dokazuje da nemaju što izgubiti, pa čak sastavlja i popis zahtjeva: veću plaću, kraće radno vrijeme i plaćeno bolovanje. Kad zahtjeve preda Quarku, on ih ismije. No, smijeh mu prisjedne kad Rom objavi početak štrajka...

Drevni bajorski brod tajanstveno izlazi iz crvotočine. Njegov jedini putnik, legendarni bajorski pjesnik Akorem Laan odmah je prebačen u ambulantu. Šokiran spoznajom da je star više od 200 godina, priča Kiri i Sisku kako su ga od nesreće u crvotočini spasili proroci i uvjerili ga da je on bajorski izaslanik. Sisko mu rado ustupa svoje mjesto, no kad u prvom javnom govoru Akorem podržava povratak starim bajorskim običajima kao što je strogo pridržavanje sustava kasta prema kojima samo određene osobe mogu obavljati određene poslove, Sisko je uznemiren, jer su takva pravila u izravnom sukobu s federacijskim.

U žaru obrane protiv Klingonaca koji napadaju svim sredstvima Worf zapovijedi paljbu na klingonski brod koji je iznenada iskrsnuo pred Defiantom. Prekasno sazna da je to bio transportni brod sa 400 civila. Slijedi saslušanje na kojemu klingonski tužilac Ch'Pok optužuje Worfa za nemar i traži da ga Federacija izruči Klingonu kako bi mu sudili za ubojstvo 400 duša. Worfov je branitelj Sisko. Sve govori protiv Worfa, a najviše njegova eksplozivna narav.

Potreseni O'Brien vraća se na DS9 nakon što mu je tuđinska rasa usadila u mozak sjećanja na dva desetljeća služenja zatvorske kazne. Iako mu svi govore da sjećanja nisu stvarna, učinak na O'Briena je porazan jer su sjećanja preživa da bi ih olako potisnuo. Bashir istražuje mogućnosti brisanja tih sjećanja, a O'Brien za to vrijeme odlazi psihijatru kako bi ublažio učinak zatvora. Sjećanja su sve življa i O'Brien polako zakazuje na poslu. Sisko ga povlači s posla i zapovijedi mu da nastavi psihijatrijsko liječenje.

Jake ne može vjerovati svojim očima kad ga otac upozna sa ženom koja izgleda, govori i ponaša se kao njegova pokojna majka Jennifer. Ona i jest Jennifer iz suprotnog svemira koji je Sisko jednom posjetio i u kojem je ona bila udana za Siskova, sada mrtvog dvojnika. Sisko ih na neko vrijeme ostavlja same. Kad se vraća, Jennifer i Jakea nigdje nema. Ostala je samo spravica koja ih je oboje prenijela u suprotni svemir. Sisko je aktivira i ulazi u drugi svijet u kojemu sreće pobunjenog O'Briena. Sisko želi vratiti Jakea kući, ali O'Brien ga ne pušta...

Nakon što je opet sa svojim bivšim mentorom Enabranom Tainom, Garak mu pomaže u planu da uništi Osnivače, Odov narod koji vlada Dominijem. Garak mora ispitati Oda koji je zatočen na Tainovu brodu. No Odo tvrdi da ne pozna tajne svoga naroda. Sisko saznaje za Tainovu misiju. Admiral Toddman iz Zvjezdane flote upozorava ga da se pripremi za osvetničke napade Jem'Hadara.

Sukob između Klingona i Kardasije u punom je jeku i Sisko dopušta da pošiljka replikatora prođe kroz DS9. Odo i poručnik Eddington iz Zvjezdane flote preporučuju pojačane mjere sigurnosti kako bi odbili Klingonce i Maquije da se umiješaju. Uskoro Odo dolazi Sisku s dokazima da Kasidy Yates, u koju se Sisko zaljubio, krijumčari za Maquije. On nerado dopušta da joj pretraže brod, a kad kreće na sastanak s Maquijima, polazi za njom u Defiantu.

Jem'Hadari napadaju DS9 i zatim bježe u kvadrant Gama. Sisko ih slijedi s Worfom, Dax, Odom i O'Brienom. Na putu nailaze na oštećeni brod Jem'Hadara i prebacuju preživjele ratnike na Defiant. Weyoun, njihov vorta gospodar objašnjava im da ih je iznenadila grupa Jem'Hadara koja je napala i DS9. To su pobunjenici koji žele pobijediti Dominij i Federaciju, a da bi to uspjeli, trebaju obnoviti drevna Vrata, koja će im omogućiti da trenutačno odu na bilo koje mjesto u svemiru. Sisko pristaje da zajedno s Weyounom uništi Vrata locirana na udaljenom, pustom planetu. Siskovi su časnici iznenađeni kad saznaju da će surađivati s Weyounom i šest vojnika Jem'Hadara. Kasnije Sisko zahtijeva da svi njega priznaju kao vođu misije. Najviši časnik Jem'Hadara Omet'iklan nerado pristaje, ali i nagovijesti da će se sve promijeniti kad završe misiju. On sam predloži da na planetu rade u miješanim grupama, Jem'Hadari i časnici DS9-a rame uz rame, jer to je jedini način da Jem'Hadar poštuje Siska. Iako svjestan da mu je život u opasnosti, Sisko pristaje...

Putujući kvadrantom Gama, Kira, Dax i Bashir nailaze na planet koji su Jem'Hadari uništili 200 godina ranije. Napadači su stanovništvo zarazili smrtonosnom bolešću koja prelazi s naraštaja na naraštaj. Bolest se očituje u obliku plavih rana na licima bolesnika. Prije smrti, razdoblja koje se naziva ubrzanje, rane pocrvene, upale se i postanu vrlo bolne te bolesnici umiru u najvećim mukama. Bashir i Dax na površini planeta susreću jednu ženu i transportiraju je u bolnicu. Otkrivaju da iscjelitelj Trevean zapravo truje pacijente ne bi li brže prošli fazu ubrzanja i umrli. Bashir ih želi izliječiti, ali Trevean tvrdi da lijek ne postoji. Ipak, Ekoria je trudna i ona moli Bashira za pomoć u strahu da neće živa dočekati rođenje svoga djeteta. Bashir i Dax ostaju na planetu u nadi da će pomoći stanovništvu, a Kira odlazi patrolnim brodom kako Jem'Hadari ne bi otkrili njihovu nazočnost. Bashir ubrzo otkriva virus, ali kako je Ekoria u prvoj, plavoj fazi, ne može dovršiti istraživanja. Za to treba pacijente u fazi ubrzanja...

Quark se iz posjeta kući vratio s viješću da boluje od Dorekova sindroma, smrtonosne bolesti od koje će umrijeti za tjedan dana. Kako Ferengi ne smije umrijeti u dugovima, Quark na burzi prodaje svoje tijelo. Isprva nikoga ne zanimaju njegovi organi, no onda stiže tajanstvena ponuda za 500 poluga latinuma i Quark veselo potpisuje ugovor prema kojemu za šest dana mora predati svoje tijelo. U međuvremenu, Bashir, Kira i trudna Keiko vraćaju se na postaju poslije doživljene nezgode. Na iznenađenje svih Keikino dijete sada nosi Kira. O'Brieni se tek moraju naviknuti na to da je sada Kira majka njihova djeteta i pozivaju je da dođe živjeti u njihove odaje... Quark, pak, doznaje da ipak nije bolestan. Dijagnoza je pogrešno postavljena. No kad pokuša raskinuti ugovor o prodaji tijela, shvaća da ne može i odlazi Garaku da ga ubije što bezbolnije i sa što manje krvi...