Nekoliko mjeseci nakon što je DS9 predan Dominiju, Federacija gubi rat. Sisko više nije kapetan Defianta. Sada upravlja ratnim brodom Jem'Hadara koji je otkriven nekoliko mjeseci ranije i popravljen. Siskov je zadatak uništiti glavnu tvornicu bijelog ketracela u kvadrantu Alfa. U tomu uspijeva, ali brod ostaje bez warpa i 17 godina udaljen od najbliže baze Federacije.

Oštećeni brod Jem'Hadara pada na nenastanjeni planet i Dax je teško ranjena. Dr. Bashir stabilizira njezino stanje. Pronalazi ih grupa Jem'Hadara koja se također nasukala i vodi ih svom ozlijeđenom vodi koji za Siska ima neobičan i nečastan prijedlog. Sisko, iako zgrožen, neće moći odbiti taj prijedlog.

Klingonski zapovjednik Martok pristaje sa svojim brodom, jer treba pojačanje u posadi. Worf je zapanjen kad sazna da je među pridošlicama i njegov sin Alexander. Worf je poslao Alexandera na Zemlju prije mnogo godina kad je shvatio da mu sin ne želi postati klingonski ratnik. Martok podržava Worfa u nakani da se pomiri sa sinom i da mu pomogne postati ratnik. Ali svi pokušaji padaju u vodu, a jaz između oca i sina sve je dublji...

Glavni razlog uspjeha Dominija u svim bitkama je senzorska zraka kojom Dominij nadzire prolaz svih kroz svih pet sektora. Sisko uskoro smišlja riskantan plan kojim će ga onemogućiti. Na Terok Noru (kardasijansko ime za DS9) Kira i njezina ćelija pokreta otpora (Jake, Rom i Odo) pokušavaju unijeti razdor između Kardasijanaca i Dominija. Ali kad se Odo spoji sa ženom mijenjolikom koja mu je nekoć oduzela moć mijenjanja, Kira ozbiljno posumnja u odanost svoga dugogodišnjeg prijatelja...

Federacija i dalje gubi rat s Dominijem i moral naglo pada. Sisko smišlja plan kako će vratiti Federaciji DS9. Odo se i dalje bori između vjernosti prijateljima i Velike veze, a nakon razgovora sa ženom mjenjolikom pokušava se uzalud ispričati Kiri. Ona mu više ne vjeruje. Sisko saznaje za plan da se uništi minsko polje, te to pokušava iskoristiti da i sam stigne do DS9-a. Ali za to mora probiti zid Jem'Hadarskih brodova s druge strane crvotočine...

Sisko je suočen s tisućama ratnih brodova u pokušaju da opet osvoji DS9. Kira, Jake i Leeta osumnjičeni su da su pokušali osujetiti uništenje minskog polja i zadržani su na ispitivanju, ali spašavaju ih Odo i Ziyal. Tuđinci u crvotočini stupaju u vezu sa Siskom i zatim uništavaju flotu dominijskih brodova. Ziyal priznaje da je oslobodila Kiru, te je Damar ubije, a gul Dukat ostaje na DS9-u shrvan tom viješću dok se Kardasijanci povlače zajedno s dominijskim snagama.

Rat i dalje bijesni galaktikom, ali život se vraća u normalu na postaji DS-9. Worf i Dax se napokon namjeravaju vjenčati. Dax kao klingonska mlada ulazi u Martokovu kuću i mora proći ritual klingonskog vjenčanja. Ali Martokovoj ženi Sirelli Dax se ne sviđa i ma što Dax učinila, Sirella joj nalazi zamjerke. Nastaje svađa nakon koje Sirella proglašava Dax neprijateljem i vjenčanje dolazi u pitanje...

Stranac se teleportira na DS9 i uzima Kiru kao taokinju. Kira je zapanjena, jer on izgleda kao njezina mrtva ljubav Vedek Bareil. On i jest Bareil iz paralelnog svemira i bježi pred zlim Savezom. Iako ju je napao, Kira ga ne želi optužiti nakon što ga uhvate i Sisko se boji da je to zbog sličnosti s njezinim pokojnim ljubavnikom. Ipak, pristane da Bareil ostane na postaji. Do problema dolazi kad Kira dvojniku objašnjava da je njezin ljubavnik bio duhovni vođa Bajora dok je dvojnik običan lopov i varalica.

Bashira mole da pomogne skupini genski pojačanih osoba koje su vrlo inteligentne, ali emotivno nefunkcionalne i zbog toga život provode u zatvorenoj instituciji. Bashir bi im trebao pomoći da se prilagode normalnom životu. Istodobno novi vođa Kardasije gul Damar zajedno s Dominijem pregovara o miru s Federacijom. No, Bashirova skupina iz Damarova govora zaključuje da Kardasija i Dominij pripremaju Federaciji zamku. Sisko na to upozorava zapovjedništvo Zvjezdane flote i ono skupinu uključuje u tajne pregovore koji će dovesti do mira ili krvoprolića u kojem će poginuti milijarde...

Veliki Nagus zove Quarka s viješću da je Dominij uhitio Ishku i traži od njega da je oslobodi. Quark i Rom mole za pomoć Noga Lecka, Gailu i Brunta. Quark je prvo želi osloboditi silom, ali uviđa da je to nemoguće te odluči pregovarati. Sisko pristane da oslobode vortu Keevana i zamijene ga za Quarkovu majku. No i tu postoje zamke, jer, upozoravaju svi Quarka, Jem'Hadari će na zamjeni ubiti Keevana i cijelu grupu Ferengija...

Sisko odlazi na saslušanje o ratnim zločinima gula Dukata. Susreće Dukata, sada kao zatvorenika. Brod koji ih prevozi napadaju Kardasijanci. Sisko je ranjen i Dukat bježi s njim na obližnji planet. Ondje njeguje Siska i istodobno šalje pozive u pomoć.

Morn je poginuo u ionskoj oluji i Quark je njegov jedini nasljednik. Sve upućuje na to da je Morn bio bez ičega. Quark pretražuje njegovu kuću i Mornova bivša žena Larell otkriva mu da je Morn imao skriveni mirovniski fond od tisuća poluga latinuma.

Sisko ima vizije u kojima su on i njegova posada Amerikanci iz 50-ih godina 20. stoljeća. Bashir pregledom uočava neobične stvari, ali prije nego što se sa Siskom dogovori o liječenju, kapetan se nađe u New Yorku u 1953. godini. Sad je on Benny Russell, pisac za ZF časopis. S njim rade O'Brien, Kira, Bashir, Dax i Quark u ljudskom obliku. Glavni urednik Pabst izgleda kao Odo u ljudskom obliku. Svaki pisac svoje zadatke dobiva u obliku crteža oko kojega autor mora ispresti priču. Bennyjev je crtež ilustracija Deep Space Ninea.

Kako bi istražili rijetki podprostorni fenomen Dax, O'Brien i Bashir ukrcaju se na brod smanjen na 12 cm. Uvjeravaju ih da će se vratiti na normalnu veličinu kad izađu iz anomalije. Defiant na kojemu se nalazi mali brod je napadnut i Jem'hadari ga preuzimaju. Minijaturni brod se spašava i izlazi iz anomalije drugom rutom te se brod ne vraća u normalnu veličinu. Brodić se vraća na Defiant i shvaća da mora pomoći Sisku i ostalima da ponovno preuzme Defiant.

Tajna služba Zvjezdane flote regrutira O'Briena. On se mora infiltrirati u sindikat Orion, najveću mafijašku bandu kvadranta Alfa kako bi otkrio doušnika iz redova Zvjezdane flote. Zahvaljujući svojim tehničkim sposobnostima brzo stječe povjerenje svih, a osobito Bilbyja koji mu postaje i blizak prijatelj. O'Brien brzo otkriva identitet doušnika, ali saznaje i da Dominij ima tajne veze s mafijom, koje mora razotkriti do kraja. No, brine se što će biti s njegovim novim prijateljem...

Dax i Worf odlaze na sastanak s dvostrukim kardasijanskim agentom koji zna gdje se u Alfi nalaze Osnivači, ali ne želi im reći sve dok mu Worf i Dax ne pomognu da pobjegne. Tako se mladi bračni par nađe u džungli i kreće na mjesto sastanka s agentom. Upadaju u zamku Jem'hadara i Dax je smrtno ranjena. Worf mora odlučiti hoće li spasiti nju ili obaviti zadatak...

Istraga interne kontrole optužuje dr. Bashira da prenosi poruke Dominiju. Inspektor Sloane dolazi na DS9 i uhiti Bashira, a uskoro je protiv njega i cijela posada. No, vrlo brzo Bashir shvaća da i nije sve onako crno kako se čini.

Sisko shvaća da je jedina nada da Federacija pobijedi u ratu s Dominijem tako da Romulanci objave rat Dominiju. On im mora dokazati da će Dominij napasti Romul premda je potpisan akt o nenapadanju. Moli Garaka da pribavi dokaze. Nekoliko je Kardasijanaca spremno pomoći, no svi su ubrzo ubijeni. Garak predlaže da izmisle dokaze i zatim pozovu romulanskog veleposlanika i podastru ih...

Bashir pokazuje Odu svoj novi hologramski program, pjevača iz 60-ih godina prošlog stoljeća Vica Fontainea. Iako je hologram, Vic odmah osjeća da Odo pati za Kirom i nudi se da mu pomogne. Za početak Vic ga pretvara u klavirista i upoznaje ga s dvije prekrasne hologramske djevojke. Na njima će Odo učiti kako biti opušten u ženskom društvu. Sljedeća je prepreka djevojka identična Kiri. Iako Odo uspješno zavodi Lolu, povlači se kad treba prijeći na djelo opravdavajući se da se hologram ne ponaša poput Kire. Ali Vic ne odustaje i pravu Kiru nagovara da se u hologramskom apartmanu Odu predstavi kao svoja hologramska dvojnica...

Na Bajoru je pronađena drevna ploča na kojoj piše o Izaslaniku i borbi dobrih i zlih proroka. Pobjeda nad zlim prorokom početak je zlatnog doba Bajora. Kad Sisko shvati da je DS9 poprište velike bitke dobra i zla, on evakuira postaju i priprema je za borbu. Kai Wynn je uzrujana jer ona nije uključena u te pripreme...

Noga i Jakea na putu za Ferenginar napada Dominij. Spašava ih posada broda Valiant čija je originalna posada poginula u ratu, a zamijenila ju je specijalna jedinica kadeta Zvjezdane flote. Oni su odlučni u tome da dovrše zadatak na koji je Valiant poslan. Jake i Nog uskoro uviđaju da kadeti ni izdaleka nisu dorasli misiji u koju su krenuli.

Brunt uspije zbaciti velikog nagusa Zeka s vladajuće pozicije u Ferengijskom Carstvu. Zek s Moogi dolazi na DS9 i moli Quarka za pomoć. Brunt je uspio u nakani, jer je Zek pokušao progurati zakon o ženskoj odjeći. Quark zapravo ne zna na čiju bi stranu stao, ali radi se o njegovoj majci i mora pomoći. Kad ona doživi infarkt, on se preodijeva u ženu kako bi važnog dužnosnika Ferengija natjerao da mu pomogne progurati zakon o ženskoj odjeći.

Na obiteljskom pikniku na obližnjem planetu Molly slučajno dospije u vrtlog i odlazi 300 godina u prošlost istog planeta. O'Brien je uspije izvući, ali sitnom pogreškom izlazi Molly koja sada ima 18 godina i potpuno je podivljala. Julian, Miles i Keiko uče je govoriti i ponašati se u društvu. No, na stanici prepunoj ljudi Molly uhvati panika i počne napadati ljude. Uskoro završi u rehabilitacijskom centru osuđena na doživotni zatvor. Keiko i O'Miles su očajni, te smišljaju plan da je izvuku i vrate na njezin divlji planet.

Na povratku s misije posada Defianta prima poziv u pomoć kapetanice Zvjezdane flote Lise koja je zarobljena na pustom planetu nakon pada njezina broda. Zrak na planetu ima visok postotak ugljičnog dioksida i Lisa može preživjeti samo uz trioks koji joj, boji se neće potrajati do dolaska Defianta. U pokušaju da preživi, Lisa moli posadu Defianta da drže otvorenu vezu i naizmjence razgovaraju s njom. Uskoro je svi smatraju bliskom prijateljicom...

Saveznici - Federacija, Klingonci i Romulanci - kreću u odlučnu bitku protiv Dominija napadom na Kardasiju. Sisku nude zapovjedništvo u napadu, ali proroci ga u snu odgovaraju od toga. On ipak prihvati. Uskoro saveznici ostvaruju prve pobjede. Dukat je u međuvremenu uspio osloboditi jednog od zlih proroka koji se sprema uništiti crvotočinu. Na nesreću, Dax mu se nađe na putu i smrtno je ranjena. Sisko traži odsustvo i s Jakeom odlazi u očev restoran da nađe odgovore o Daxinoj smrti i kraju crvotočine.