Sisko se vraća na DS9 promoviran u kapetana i u pratnji bojnog broda Defiant, konstruiranog za borbu protiv Borga, no sada prilagođenog za borbu protiv Dominiona i opremljen uređajem koji ga može učiniti nevidljivim. Sisko sa svojom posadom novim brodom kreće u potragu za osnivačima Dominiona. No, susreću se s Jem'Hadarom, a Dax i O'Brien su zarobljeni.

Sisko otkriva da Federacija pregovara s Dominionom čime bi Bajor izgubio neovisnost. Odo saznaje da je jedno od stotinu djece čiji je zadatak da istraže galaktiku prije povratka kući. Doma ga ne očekuju još 300 godina.

Quark slučajno ubije Klingona u svađi u baru, ali tvrdi da se s njim borio i pobijedio ga. Laž mu se isplatila, jer je zadivljena klijentela nahrupila u njegov bar. Sve je dobro dok na DS9 ne dođe obitelj mrtvog Klingonca, otme Quarka i na Klingonu ga prisiljavaju da se oženi Klingončevom udovicom Grilkom.

Dax pati od halucinacija i povremenih nesvjetica. Sisko i dr. Bashir odvode je na njezin rodni planet, no vlasti ondje kriju opasnu tajnu i spremne su žrtvovati Jadzijin život kako se ona ne bi otkrila.

Kira dozna neobičan podatak iz svoje prošlosti i odlazi na Bajor istražiti ga no otimaju je Kardasijanci i uvjeravaju da je ona kardasijska špijunka koja već 10 godina tajno radi na Bajoru.

Odo otkriva mladog člana Jem'Hadara i pokušava obuzdati njegovo nasilno ponašanje.

Cijela je posada DS9-a uhvaćena u zamku kad dođe do slučajnog aktiviranja automatskog kardasijskog programa osiguranja i uključeno je samouništenje postaje.

Dax se zaljubi u jednog od stanovnika multi-dimenzionalne planete, dok naDS9 jedan od vanzemaljaca traži holoprogram od kire za kvarka.

Thomas Riker predstavlja se kao blizanac William s namjerom da otme Defiant i preda ga Maquijima čiji je član. Njime će kasnije napasti Kardasiju te se Sisko udružuje s gulom Dukatom kako bi ga zaustavio. Ta je epizoda djelomični nastavak epizode "Druga prilika" serije "Zvjezdane staze: Nova generacija", gdje je zbog nesreće na brodu nastala kopija kapetana fregate Williama Rikera kasnije nazvana Thomas Riker. Kao gost u epizodi glumi Jonathan Frakes.

Izbija zarazna groznica Zanthi u trenutku kad im u posjet dolazi Lwaxana Troi. Posljedica groznice je da na površinu izbijaju sve potisnute želje, što izaziva zanimljivo spajanje parova i namještanje ljubavnih veza.

Zbog nezgode tijekom teleportacije Dax, Sisko i Bashir vraćaju se u 2024. godinu u San Francisco opterećen pobunama i društvenim previranjima. Bashir i Sisko se nađu u zgradi za beskućnike, a Dax zbrinjava bogati biznismen.

Drugi dio epizode u kojoj se zbog nezgode tijekom teleportacije Dax, Sisko i Bashir vraćaju se u 2024. godinu u San Francisco opterećen pobunama i društvenim previranjima. Bashir i Sisko se nađu u zgradi za beskućnike, a Dax zbrinjava bogati biznismen.

Bajorski brod uleti u nezgodu na putu za DS9. Kai Winn ostaje neozlijeđena, ali vedek Bareil teško je ranjen. Bashir ga uspije izvući iz kome, ali organizam uskoro počinje otkazivati i Bareil mora ići u stazu. No on jedini može voditi mirovne pregovore s Kardasijom te se Bashir služi upitnim metodama kako bi ga održao u životu. Hoće li najveća Kirina ljubav žrtvovati svoj život da bi spasio mirovne pregovore?

Kira i Odo patrolnim šatlom progone makijski brod koji se sruši na nenastanjeni mjesec. Ondje se razdvoje tražeći bjegunce, no Kira uskoro pozove Oda u pomoć. Kristalna formacija raste joj naglo oko nogu zarobivši je na mjestu. Odo se koristi svim sredstvima da razbije kristal, no ne uspijeva. Kirin je život u opasnosti, ali Odo je ne napušta, čak joj priznaje da je voli...

Sisko je uzbuđen, jer će s kardasijskim znanstvenicima istraživati mogućnost komunikacije kroz crvotočinu. No vadek Yarka upozorava ga na staro bajorsko proročanstvo prema kojem će tri guje uništiti crvotočinu i vratiti se u svoje gnijezdo na nebu. On zaključuje da su znanstvenici guje. Ali pojavljuju se samo dva znanstvenika i Sisko zanemaruje proročanstvo. Ni treći znanstvenik koji dolazi kasnije ne odvaja ga od zacrtana plana.

Zek, ferengijski veliki nagus, dolazi na DS9 zbog važnoga zadatka. Quarku odaje da nanovo piše pravila stjecanja. Quark i Rom su oduševljeni i čitaju ih nadajući se da će tako imati prednost u stjecanju profita, no razočarano ustanovljuju da su pravila suprotna onima koja su dotada bila na snazi. Dok Rom slijepo vjeruje nagusu, Quark sumnja da se nešto krije iza toga i počinje istraživati. Nova pravila stjecanja za suvremene Ferengije počinju ovako: Pravilo br. 1: Žele li povrat svoga novca, dajte im ga. Pravilo br. 10: Pohlepa ne postoji. Pravilo br. 21: Nikada ne pretpostavi profit prijateljstvu. Pravilo br. 22: Sjaj latinuma tamni, a obitelj je vječna. Pravilo br. 23: Novac nikada ne može zamijeniti dostojanstvo. Pravilo br. 285: Dobro djelo nagrada je samo po sebi.

Kao rezultat nesreće i blagog ozračenja O'Brien skače pet sati u budućnost i vidi sebe kako razgovara s Quarkom. Zatim se vraća u sadašnjost i Bashir ga uvjerava da su halucinacije nuspojave od zračenja. Pet sati poslije O'Brien doista razgovara s Quarkom i opet skače pet sati u budućnost. Bashir i Dax počinju istraživati uzroke tih vremenskih skokova, a O'Brien je u jednom od njih svjedok i vlastite smrti, a još kasnije i uništenju DS9-a. Sad su već svi zabrinuti i počinju istraživati što se zbiva.

U paralelnom svijetu Sisko mora preuzeti ulogu svog mrtvog dvojnika kako bi spasio dvojnicu svoje pokojne žene. U tom svijetu njegov je dvojnik bio teranski vođa pobune protiv klingonsko-kardasijskog saveza. On upoznaje pobunjenike-dvojnike Bashira, Roma, Tuvoka s broda "Voyager" i Dax koja je u tome svijetu Siskova ljubavnica. Kao gost sudjeluje Tim Russ u ulozi Tuvoka.

Eksplozija u Garakovoj krojačnici isprva se čini slučajnom, no nakon površne istrage ispada da je namjerno izazvana. Sisko i Odo pitaju Garaka tko mu želi smrt, no Kardasijanac je, kao i obično, tajnovit. Odo otkrije da je eksplozija izazvana senzorom kakvim se koriste flaksijski atentatori.Flaksijac Retaya tog je jutra stigao na DS9.Potraga se zahuktava.

Nakon što je ponovno sa svojim bivšim mentorom Enabranom Tainom, Garak mu pomaže u planu da uništi Osnivače, Odov narod koji vlada Dominijem. Garak mora ispitati Oda koji je zatočen na Tainovu brodu. No, Odo tvrdi da ne poznaje tajne svoga naroda. Sisko saznaje za Tainovu misiju. Admiral Toddman iz Zvjezdane flote upozorava ga na Jem'Hadara.

S izleta na Bajor Sisko se vraća s nacrtima drevnog svemirskog broda koji je plovio uz pomoć solarnih vjetrova i stigao čak do Kardasije još prije osam stotina godina. Sisko odluči izgraditi takav brod i ponoviti putovanje drevnih Bajoraca. Na to putovanje poziva i svoga sina Jakea.

Quarku stiže agent svemoćnog FCA-a (Farengijska trgovinska vlast, njihova verzija porezne uprave) i zaplijeni mu bar zbog nezakonitih aktivnosti njegove majke. Quark se vraća doma da razjasni događaj i otkriva da je ona prekršila farengijski zakon prema kojem je ženama zabranjeno zarađivati uz profit. Kod kuće iznenađeno otkriva da Ishka nosi odjeću, što je također nezakonito, te da nije zaradila malo kako je dotad vjerovao. Poslovala je po cijelom planetu i zaradila mnogo više nego što bi Quark ikada mogao nadoknaditi vlastima. Ukratko, Quark je poslovno uništen. Hoće li se uspjeti izvući?

Nakon smrti prvog ministra bajorske prijelazne vlade, Kai Winn prihvaća se njegovih dužnosti. Ona zamoli Kiru da pođe kući i uvjeri Shakaara, svog bivšeg vođu otpora, da preda poljoprivredne strojeve koje je dobio, jer su oni potrebniji na drugome mjestu. Kira nevoljko pristaje na misiju protiv svoga ratnog druga, ali za dobrobit Bajora. No, Shakaar joj otkriva svoju verziju slučaja i ona staje na njegovu stranu te još jednom postaje bjegunka i borac za slobodu...

Jadzia se može sresti s bivšim Daxovim domaćinima u trillskoj ceremoniji u kojoj bivši domaćin ulazi u drugu osobu te Jadzia može s njim normalno razgovarati. Za privremene domaćine bivših domaćina Jadzia izabire Kiru, O'Briena, Bashira, Quarka, Leetu, Oda i Siska. Svi spremno pristaju, osim Quarka kojega treba malo nagovarati. Problemi počinju kad jedan od bivših domaćina odbija vratiti novo tijelo Jadzijina prijatelja.

Na logorovanju u kvadrantu Gama Siska i Quarka hvata Jem'Hadar, ozloglašeni vojnici Dominiona. Jake i Nog otkrivaju gdje se zarobljenici nalaze i pokušavaju se vratiti u postaju po pomoć. Nakon upozorenja Jem'Hadara da ne ulazi u kvadrant, Zvjezdana flota šalje brod klase Galaxy kroz crvotočinu ususret Jem'Hadaru.