Tri mjeseca nakon zatvaranja crvotočine i nakon što su bajorske kugle postale beskorisne Sisko mora pronaći Kuglu za izaslanika kako bi ponovno otvorio crvotočinu i aktivirao kugle. Kira je sada zapovjednica na DS9-u. Saznaje da Romulanci žele osnovati bolnicu na bajorskome mjesecu. Sisko upoznaje Ezri, novu domaćicu simbionta Daxa.

Worf je naumio uništiti dominijsko gradilište brodova kako bi Jadziji osigurao mjesto u klingonskom raju. Ezri se želi pridružiti Benu, Josephu i Jakeu Sisku u potrazi za Kuglom izaslanika. Kad je otkriju, crvotočina se otvara, a kugle su reaktivirane. Sisko sazna da je prorok opsjeo njegovu majku. Kira mora otkriti način da spriječi Romulance u stvaranju oružja na bajorskome mjesecu.

Na DS9-u Ezri se suočava s različitim reakcijama osoba: Kira se ponaša prijateljski, Quark očijuka, Worf je se kloni, a Sisko je sretan što je vidi. Ezri odluči otići jer je Worfu očito neugodno u njezinu prisustvu, ali Sisko je poziva da ostane kao njegova savjetnica.

Sisko izaziva staroga znanca, vulkanskog kapetana Soloka na igru bejzbola u holoapartmanu.

Skupina genski pojačanih ljudi moli dr. Bashira da izliječi njihovu prijateljicu Sarinu koja je neobjašnjivo pala u katatonično stanje.

Odo mora kloniranog Weyouna odvesti na DS9, a da njihov brod pritom ne unište Jem'hadari. Odo sazna da virus uništava Osnivače.

Worf prihvaća Kora kao člana posade u trenutku kad napadaju Dominij. Napetost se javlja kad Martok sreće Kora. Nekada davno Kor mu je odbio status časnika jer je Martok potjecao iz plebejske kuće.

Sisko planira napad na planet AR-558 kako bi se uključio u komunikacijsku zraku Dominija u kvadrantu Alfa. Mora također otkriti način deaktiviranja Houdinijevih rudnika koji se skrivaju u podprostoru i nenadano eksplodiraju. Nog u bici gubi nogu.

Dukat uvjerava Kiru da se pridruži neobičnom kultu kad se ona odjednom nađe na Empok Noru.

Nog je na bolovanju u holoapartmanu. Nalazi se u Las Vegasu 1962. godine. Iako mu je nova noga funkcionalna, još se koristi štapom, koji mu treba psihički, a ne fizički. U prevladavanju toga pomoći će mu hologram Vic Fontaine.

Miles O'Brien nestaje na tajnom putu u New Sydney koji je u sistemu u kojem Ezrina majka ima rudarsku kompaniju. Na tom putu Ezri se ponovno susreće s obitelji od koje se udaljila. Kao gošća nastupa Leigh Taylor-Young.

Nagusa Zeka otimaju članovi pokreta otpora iz suprotnog svemira. Na DS9 stiže Ezri iz suprotnog svemira i nudi razmjenu. Zek za napravu za skrivanje. Quark i Rom prate Ezri u njezin svemir, ali ih ondje zarobe...

Ezri pomaže u hvatanju serijskog ubojice koji luta DS9-om. Kako bi shvatila ubojičin um, koristi se iskustvima ubojice i bivšeg Daxova domaćina Jorana.

Odo susreće metamorfa u kojemu prepoznaje jedno od stotinu djece koja su, poput njega, bila poslana da istražuju svemirska prostranstva. Laars nudi Odu mogućnost da mu se pridruži u traženju ostalih koji su bili poslani u svemir.

Posada DS9-a počinje glumiti u holoapartmanu kako bi spriječila da životni prostor Vica Fontainea ne preuzme mafija.

Dr. Bashir odlazi na liječničku konvenciju na Romul. Član Odjela 31 traži od njega da skupi što više podataka o romulskoj vladi. Uskoro je očito da je Bashir uhvaćen u mrežu dvostruke igre...

Dukat prolazi operaciju kako bi sličio Bajorcu i nastoji zadobiti povjerenje kai Winn. Sisko raskida zaruke s Kasidy, ali predomisli se i oni se vjenčaju unatoč upozorenju proročice. Breen postaje član dominijsko-kardasijskog saveza.

Ezri i Worf su na dominijskom brodu na kojem se potpisuje ugovor Breena i Dominija. Zarobljenici saznaju da će ih pogubiti. Kasidy se teško prilagođuje novoj ulozi supruge Izaslanika. Damar pomaže u bijegu Worfu i Ezri neposredno prije nego što ih odvedu u komoru za pogubljenje.

Worf i Ezri vraćaju se na DS9. Breen napada stožer Federacije dok Damar potajno planira osloboditi Kardasiju vlasti Dominija. Sisko sazna da je Breen napao jedinu utvrdu koju Federacija ima na teritoriju Dominija.

Sisko zapovijedi Kiri da Damara i njegove trupe nauči taktici otpora. Bashir zamoli Oda za pomoć u traženju lijeka za virus koji polako ubija Osnivače. Tada sazna da je i Odo zaražen. Gowron smjenjuje Martoka kao zapovjednika klingonskih snaga. Kai Winn i dalje traga za tajnim tekstom, a Bashir optužuje Odjel 31 za stvaranje i oslobađanje virusa koji je zarazio Osnivače.

Bashir danonoćno radi na otkrivanju lijeka protiv zaraze Osnivača. Kira planira ukrasti tehnologiju Breena kako bi Federacija postala otporna na oružje Breena i Dominija. Damar sazna da je njegovu obitelj pobio Dominij. Worf izazove Gowrona na dvoboj i ubije ga. Bashir i O'Brien žele uhvatiti jednog člana Odjela 31 koji možda posjeduje tajnu lijeka za Odovu bolest.

Bashir i O'Brien namame Sloana, člana Odjela 31 na DS9. Ondje mu ulaze u um kako bi otkrili tajnu virusa koji ubija Osnivače i kojim je zaražen i Odo.

Sisko preuzima zapovjedništvo nad brodom Defiant, nazvanom po svom slavnom prethodniku dok Kira, Garak i Damar jedva prežive dominijsku zasjedu. Bashir i Ezri otkriju uzajamnu privlačnost. Quark postaje Zekov nasljednik i namjerava povući sve demokratske promjene na Ferenginaru. Garak, Damar i Kira uspješno postavljaju bombu u dominijskoj vojarni na Kardasiji. Iznenada Zek proglašava Roma svojim nasljednikom iako je već objavio da će ga naslijediti Quark...

Sisko kreće u veliki napad protiv Dominija i Kardasije. Kira, Damar i Garak uništavaju izvore struje na Kardasiji u trenutku kad se narod diže protiv dominijske vladavine. Bashir i Ezri provode zajedno noć. Vođa Osnivača zapovijedi pogubljenje Kire, Damara i Garaka, ali kardasijska ih vojska oslobađa.

Ratna se sreća osmjehuje Federaciji i njezinim saveznicima kad im se pridruži i Kardasija. Za osvetu Osnivači naređuju genocid na Kardasiji. Kira, Garak i Damar osvajaju dominijski stožer. Garak ubije Weyouna, a Kira na nišanu drži vođu Osnivača i zapovijedi mu da prekine rat i preda se. Sisko zapovijedi Odu da se poveže s vođom Osnivača. U toj vezi Odo sazna tajnu izliječenja od virusa. Nakon toga Odo se vraća na svoj rodni planet. Nakon što je predaja Dominija potpisana, O'Brien objavljuje da se s obitelji vraća na Zemlju. Worf postaje federacijski veleposlanik na Kronosu. Sisko odlazi na Bajor i nakon niza događaja postaje prorok. U viziji se javlja Kasidy i obeća joj da će se jednom vratiti. Kira postaje zapovjednica DS9-a i tješi Jakea koji je ostao bez oca.