У вступі, який, щодо цих подій, переносить глядача в майбутнє, з'являється Саске в лігві Орочімару разом з Командою Какаші: Наруто, Сакурою та їх новим членом команди — Саєм. Наруто говорить із Саске про минуле, про Долину Завершення, і розуміє, що найкращий друг вже не той. Більше того, Саске демонструє Узумакі свої здібності, заглянувши у внутрішній світ Наруто та побачивши там Дев'ятихвостого Лиса. Реальна ж історія серіалу починається з повернення Наруто та Джирайї в Коноху. Глядачам знову представляють деяких персонажів аніме, таких як Сакура, Конохамару, Шикамару, Темарі та Какаші.

Цунаде хоче подивитись на прогрес Наруто після двох років тренувань. Для їхньої перевірки, Какаші ставить перед ними ту ж саму мету, що й декілька років тому — відібрати у нього дзвіночки.

Члени Акацукі Дейдара і Сасорі починають атаку на Селище Піску з метою викрасти Кадзекаґе Ґаару. Дейдара атакує з повітря, використовуючи створених ним глиняних тварин, які вибухають.

Наруто і Сакура виконують завдання — відбирають дзвіночки у Какаші. Ґаара протистоїть Дейдарі.

Цунаде оголошує про створення команди Какаші — тепер Наруто і Сакура не учні, а рівноцінні з Какаші ніндзя. Джирайя знову відправляється збирати інформацію про Акацукі. Ґаара відриває ліву руку ворогу, Дейдара, в свою чергу, виробляє потужний вибух в Селищі Піску.

Ґаара створоє величезний піщаний щит для захисту Селища Піску від руйнувань, Дейдара користується моментом, щоб атакувати Кадзекаґе. Ослаблений Ґаара потрапляє в руки Акацукі.

Канкуро переслідує Дейдару та Сасорі. Селище Піску відправляє в Коноху послання з проханням про допомогу.

Канкуро б'ється із Сасорі, який, якк виявляється і є творцем ляльок Карасу, Куроарі та Саншоуо, яких в бою використовує брат Ґаари. Команда Какаші відправляється на поміч.

Команда переслідування Селища Піску знаходить Канкуро в пустелі без свідомості. Команда Какаші по дорозі зустрічає Темарі. Один із джонінів Селища Піску, Бакі, звертається за допомгою до бабусі Сасорі — Чійо та її братові Ебізо.

На допомогу Команді Какаші, яка в даний момент перечікує бурю в пустелі, в Селище Піску відправляється Команда Гая: Рок Лі, Тен-Тен і Неджі. Члени Акацукі проводять ритуал над тілом Гаари з метою вилучення Однохвостого, який живе в ньому.

Команда Какаші прибуває в Селище Піску. Сакура виліковує отруєного Канкуро. Какаші розповідає про свого батька, який отримав прізвисько «Біле Ікло Конохи». Викликані ним же собаки намагаються знайти по запаху Дейдару і Сасорі.

Команда Какаші та Чійо відправляються у висліжене собаками лігво Акацукі. По дорозі Чійо розповідає про існувати дев'яти біджу — легендарних хвостатих створінь (Наприклад, Дев'ятихвостий біджу в Наруто, Однохвостий біджу в Гаарі). Пакун (пес Какаші) попереджує Команду Гая; вони також направляються до лігва Акацукі, але на них нападає Кісаме, член організації. На шляху Команди Какаші встає Ітачі Учіха.

Битва між командою Гая й Кісаме та командою Какаші з Ітачі.

Ґай готується використати заборонене секретне дзюцу. Тим часом Наруто потрапляє під ґендзюцу Ітачі, і всі тренування проти ґендзюцу, які він пройшов з Джірайєю, проносяться в голові Наруто.

Бабуся Чіо та Сакура рятують Наруто від ґендзюцу Ітачі. Не зволікаючи ні хвилини, Какаші починає контратаку.

Чіо і Какаші розуміють, що напад був лише відволікаючим маневром, і що Акацукі вже розпочали процес викрадення Хвостатого Звіра з Ґаари.

Команди Какаші та Ґая беруть короткий перепочинок. Бабуся Чіо спостерігає, як дрімає Наруто, і згадує Сасорі в дитинстві. Переслідування поновлюється, і коли Чіо дивується, чому Наруто докладає стільки зусиль, щоб...

Команди Какаші та Ґая дістаються до схованки Акацукі. Вони поспішають проникнути всередину, але їм заважає бар'єр з п'яти печаток. Єдиний спосіб подолати бар'єр - зняти всі п'ять печаток одночасно.

Зламавши бар'єр з п'ятьма печатками, вони потрапили в пастку, в якій тепер команда Ґая бореться з напрочуд точними копіями самих себе. Повернувшись до схованки Акацукі, Дейдара та Сасорі борються за Дев'ятихвостого Джинчурікі.

Нарешті починаються розбірки між старенькою та її онуком. Сакура збентежена дивною появою Сасорі, а бабуся Чіо пояснює, що це Хіруко...

Бабусі Чіо та Сакурі вдається викрити Сасорі, який на диво виглядає не старшим, ніж двадцять років тому.

Сакура потрапляє в тенета Сасорі і оточується хмарою отрути.

Чіо та Сакура ховаються в укриття, а Сасорі, не гаючи часу, починає безжальну атаку.

Сакура з надлюдською силою відбиває атаку Залізного Піску Третього Кадзекаґе.

Сакура знищує маріонетку Третього Кадзекаґе завдяки секретній протиотруті, яку вона прийняла.

Сакура та бабуся Чіо ведуть запеклу боротьбу з Сасорі, який вміє перетворювати себе на людську маріонетку. Їм вдається вкластися у відведений час, але Сасорі відроджується.

Хоча бабуся Чіо сама була вжалена отрутою, вона використовує останню протиотруту для Сакури. Висміюючи ніжну сцену між бабусею Чіо та Сакурою, Сасорі намагається покінчити з життям бабусі Чіо.

Команда Ґая відчуває результат відчайдушної боротьби Сакури та Бабусі Чійо, які все ще перебувають у бою зі своєю смертоносною копією. Хоча члени команди Ґая демонструють втому, їхні копії залишаються сильними!

Сакура поспішає до Наруто разом з бабусею Чіо, яка страждає від отрути. Члени команди Ґая поспішають на допомогу команді Какаші. Тим часом, коли всі приготування завершені, Какаші розкриває свій шаринган Мангекьо.

Наруто втрачає будь-яку причину для гніву, і його поступово опановує Дух Дев'ятихвостого Лиса. Отримавши попередження від Джирайї, Какаші ледве вдається придушити Дев'ятихвостого Лиса.

Покладаючись на силу Наруто, Бабуся Чіо застосовує дзюцу Переміщення на Ґаарі.

Ґаара та його рятівники тріумфально повертаються до Селища Прихованих Пісків.

Команди Какаші та Гая повертаються додому в Коноху. Поки Какаші відпочиває в лазареті, Сакура розповідає Цунаде про інформацію, яку Сасорі дав їй у нагороду за перемогу над ним. За 10 днів Сасорі призначив зустріч зі шпигуном з лав Орочімару. Минуло 4 дні відтоді, як Сакура отримала цю інформацію, і тепер Наруто і Сакура повинні завербувати нового члена команди для розслідування. Поки Наруто шукає в Конохі охочих, він зустрічає своїх старих друзів. Щойно Чодзі погоджується допомогти, як на Шикамару, Чодзі та Наруто нападає невідомий їм шинобі Конохи Сай.

Наруто, Чодзі та Шикамару намагаються схопити та допитати Сая, але той відступає, образивши Наруто. Незабаром після цього з'являється Іно. Занепокоєні тим, що демонічний лис може потрапити до рук Акацукі, старійшини села ставлять під сумнів план Цунаде відправити Наруто з села без прикутого до ліжка Какаші. Цунаде обіцяє захищати Коноху власним життям, якщо Наруто потрапить у полон, але все одно змушена піти на компроміс з Данзо, долучивши Сая до команди Какаші. Вона також тимчасово замінює Какаші на члена АНБУ Ямато і попереджає його не спускати очей з Сая. Наруто і Сакура нарешті знайомляться з новими членами своєї команди і Наруто одразу ж гнівається через появу Сая.

Ямато тимчасово очолює команду Какаші, а Сай ображає Наруто і Сакуру. Готуючись до від'їзду, Сай отримує конверт від шинобі Кореня з таємними наказами від Данзо, а Сакура радиться з Цунаде. Джірайя зустрічається з Цунаде та Ямато в лікарняній палаті Какаші, щоб розповісти Ямато про демонічного лиса всередині Наруто, детально описуючи "покрив демонічного лиса" та показуючи шрам, який він отримав від Наруто, коли сформувався четвертий хвіст. Нарешті нова команда Какаші вирушила на нову місію - перехопити шпигуна Акацукі та зібрати інформацію про Саске.

Нова команда Какаші вирушає на міст Неба і Землі. Саї, Сакура та Наруто сваряться вже через 5 хвилин перебування в одній команді через те, що Саї насміхається над Саске. Тому Ямато вирішує, що їм потрібно покращити командну роботу, і використовує Мокутон, щоб створити дерев'яну клітку, погрожуючи замкнути команду, якщо вони не будуть поводитися добре. Отримавши ультиматум: бути замкненими або провести ніч на гарячому джерелі, команда обирає відвідати джерело, щоб покращити командну згуртованість. Незважаючи на це, Наруто все ще зневажає Сая, а кілька образливих зауважень від Сая погіршують стосунки в команді.

Сакура бачить, як Сай малює на березі річки, і дізнається, що Сай має художній талант, але ніколи не дає назв тому, що намалював. Наруто і Сакура починають розуміти причину відразливої особистості Сай. Після гарячих джерел команда вирушає до мосту, щоб зустрітися зі шпигуном. Ямато підозрює, що на них чекають пастки, тому вони звертають з головної дороги до лісу. Розбивши табір на ніч, Ямато створює двоповерховий будинок, знову використовуючи своє дзюцу Мокутон. Усередині цього будинку команда формулює свій план.

Наруто об'єднується з Саєм у команду "Бадді" з двох осіб, незважаючи на їхні з Сакурою заперечення, тоді як Сакуру призначають для підтримки Ямато. Ямато проводить симуляцію шпигунської зустрічі з самим собою в ролі шпигуна, щоб оцінити здібності Наруто і Сая та їхню командну роботу. Після того, як Наруто припускається помилки під час нападу на Ямато, Сай знерухомлює його і продовжує захоплення Ямато наодинці. Наруто злиться на Сая за те, що той вчинив не як товариш, але вирішує працювати разом з ним, якщо це допоможе повернути Саске. Сай відкриває Сакурі, що він не має емоцій і мало що розуміє в них. Група готується йти до мосту.

Створивши дерев'яну копію Хіруко, Ямато маскується під Сасорі і вирушає на зустріч зі шпигуном. Шпигун виявляється правою рукою Орочімару, Кабуто Якуші, який розкриває Ямато місцезнаходження схованки Орочімару. Орочімару перериває зустріч, начебто нападаючи на Кабуто, і хоча спочатку здається, що Орочімару прийшов за Кабуто, Кабуто нападає на Ямато і показує, що він насправді відданий Орочімару. Орочімару кличе Наруто, Сакуру і Сая, які ховаються і спостерігають за зустріччю і готується до бою з командою.

Одразу після того, як Ямато подає Наруто та іншим сигнал вийти на міст, де на них чекають Орочімару та Кабуто, чакра Наруто починає закипати разом з чакрою Дев'ятихвостого Лиса. Поступово у Наруто з'являється все більше хвостів, а Орочімару глузує з нього, чим ще більше його злить. Тим часом Ямато згадує, як Джірайя розповідав про те, скільки хвостів він бачив у Наруто. Джірайя розповідає більше про те, що сталося, і про те, як поводиться Наруто, коли він у формі Дев'ятихвостого.

Наруто продовжує ще більше розлючуватися і легко відбиває атаку Кабуто, відкидаючи його геть. У відповідь Наруто кидає Кабуто в Сакуру, від чого вона втрачає свідомість. Орочімару продовжує спостерігати за тим, як Наруто все більше розлючується і врешті-решт руйнує Міст Неба і Землі. Коли міст руйнується, Сакура зісковзує з його краю. Сай малює птаха, щоб полетіти, але замість того, щоб врятувати Сакуру, вирішує піти за Наруто та Орочімару. Ямато рятує її в останню мить і створює дерев'яного клона, щоб наздогнати в битві. Зрештою з'являється четвертий хвіст, що дозволяє чакрі повністю контролювати тіло Наруто, перетворюючи його на мініатюрного Дев'ятихвостого Лиса.

Наруто у стані чотирихвостого починає атакувати Орочімару з неймовірною силою, руйнуючи навколишній ландшафт і не даючи дерев'яному клону Сая та Ямато наблизитися до нього. Більшість атак Орочімару виявляються неефективними, але Наруто також не може вбити Орочімару, оскільки той регенерує після отриманих травм. Тим часом Кабуто наближається до Сакури та Ямато, здогадуючись, що Сасорі загинув. Орочімару нарешті вдається вдарити Наруто лезом меча з його рота, і Сакура з жахом реагує, коли бачить чотирихвостого Наруто.

Кабуто коментує, що стан Наруто є наслідком його відчайдушного прагнення повернути Саске. Сакура починає плакати і наближається до Наруто, але отримує поранення, коли його увага переключається на неї. Ямато використовує дзюцу мокутон, щоб зв'язати Наруто, перш ніж той завдасть ще більшої шкоди. Кабуто зцілює Сакуру, мотивуючи це тим, що ніндзя Конохи не є ворогами Орочімару, бо вони також борються з Акацукі. Ямато використовує здібності 1-го Хокаґе, щоб силою повернути Наруто до нормального стану. Тим часом Сай протистоїть Орочімару з повідомленням від Данзо. Орочімару у відповідь пронизує Сая кусанаґі.

Ямато використовує чакру першого Хокаґе, щоб придушити чакру демонічного лиса і Наруто повертається до нормального стану, але з важкими пораненнями. Сакура починає лікувати його, але зауважує, що медичне ніндзюцу мало впливає на його рани. Виявляється, що меч Орочімару пронизав лише одного з клонів Сая. З'являється справжній Сай, розмовляє з Орочімару і віддає йому листа від Данзо. Потім Сай йде з Орочімару і Кабуто, але дерев'яний клон Ямато залишається на їхньому шляху. Наруто приходить до тями і цікавиться, що сталося, але Сакура вирішує не розповідати йому правду. Вони дістаються місця зустрічі, прихопивши книжку з картинками, яку залишив Сай. Ямато здогадується, що Данзо прагне знищити і переробити Коноху, співпрацюючи з Орочімару.

Кабуто створює фальшивий труп, схожий на Сая, з прихованими пастками, щоб уповільнити клон Ямато, коли той його відчує. Наруто ще не повністю відновився після використання чакри Демонічного Лиса і Ямато каже, що він залишиться позаду, якщо не зможе йти в ногу з часом. Наруто сповнений рішучості завершити свою місію і не відставати від команди. Однак команда Какаші змушена зробити перерву, коли з'ясовується, що Сакура не повністю оговталася від власних травм. Ямато користується цією можливістю, щоб поговорити з Наруто наодинці і розповідає йому, що той, хто поранив Сакуру - це сам Наруто. Наруто шокований тим, що говорить йому Ямато.

Наруто нарешті розуміє сенс руйнувань, які він бачив навколо себе раніше. Ямато каже Наруто, щоб той не покладався на демона, бо Наруто достатньо сильний, щоб протистояти жахливій чакрі демона. Під час відпочинку Сай виявляє зникнення своєї книги. Команда Какаші переглядає книгу Сая і помічає, що в ній (яку можна читати з обох кінців) описані різні шляхи двох хлопчиків, які зустрічаються посередині. На кожній сторінці хлопчики б'ються з кимось новим, щоразу збираючи обладунки та зброю супротивника на наступну сторінку. Сторінки, на яких двоє хлопців зустрічаються, є незавершеними. Група Орочімару досягає своєї бази, не підозрюючи, що дерев'яний клон Ямато йде за ними по п'ятах. Сай бачить силует і очі Саске і розуміє, що саме його шукають Наруто і Сакура.

Сай отримує крижаний відблиск шаринґана Саске, який лякає його. Сай віддає Орочімару згорток з інформацією про АНБУ Конохи. Ямато дає Сакурі та Наруто насіння із своєю чакрою, яка дозволяє йому відстежувати їх у лігві і розповідає, що зміг вистежити Сая, бо поклав насіння в одяг та їжу Сая під час візиту до гарячих джерел. Кабуто замикає Сая в кімнаті, а хлопець викликає книгу лото із сувоїв, які має при собі. Ямато використовує дзюцу, щоб відкрити тунель до схованки Орочімару і він, Наруто та Сакура непоміченими потрапляють до кімнати Сая.

Ямато з командою заходять до кімнати Сая і вступають з ним у конфронтацію, поки Кабуто також прямує туди. Сай розповідає команді Какаші, що він мав не лише допомогти знищити Коноху, але й виступити шпигуном проти Орочімару. Ямато розкриває таємницю "Кореня" - його членів навчали, як і учнів Кіріґакуре, вбивати своїх друзів, щоб позбутися їхніх емоцій. Сакура повертає йому книгу Сая, зауважуючи, що у нього все ще є емоції, бо він дорожить нею. Потім Саї розповідає групі про свій зв'язок з братом. Нарешті команда вирішує, що робити зі зрадою Сая за межами лігва. При цьому Наруто розповідає групі про свій власний зв'язок і про те, як далеко він готовий зайти, щоб повернути Саске.

Кабуто бореться з командою Какаші і звільняє Сая. Однак Сай, який має намір дізнатися більше про свій зв'язок з братом через зв'язок Наруто з Саске, зраджує його. Захоплений у полон, Кабуто дає команді нечіткий опис місцезнаходження Саске. Залишивши дерев'яного клона Ямато наглядати за Кабуто, команда Какаші заходить у схованку Орочімару і розділяється, щоб знайти Саске.

Поки команда Какаші продовжує пошуки Саске, Наруто раптово втрачає свідомість через свою попередню сутичку з Орочімару. Коли Наруто приходить до тями, Сай починає розповідати більше про свого брата, але Орочімару раптово нападає на них. Сакура і Ямато приходять на допомогу Наруто проти Орочімару, а Сай продовжує пошуки. Так само, як Сай знаходить Саске, Ямато знаходить книгу лото Сая, в якій Саске вказаний як мішень для вбивства.

Поки команда Какаші продовжує пошуки Саске, Сай підходить до кімнати Саске і будить його. Вражений зображенням шарінґана Саске, який він бачив раніше, Сай намагається стримати його. Відбувається сильний вибух і Сакура, Наруто та Ямато наздоганяють його. Спочатку Сакура намагається стримати Сая, щоб з'ясувати його справжню мету, але зупиняється, приголомшена, побачивши свого колишнього товариша. Всупереч тому, що решта команди вважала його місією, Сай каже їм, що хоче повернути Саске до Конохи.

Саске починає нападати на Наруто, але Сай стримує його лише для того, щоб їх обох здуло Чідорі Наґасі Саске. Сакура кидається на Саске, але втручається Ямато і отримує удар унікальним клинком Саске, наповненим його Чідорі. Дев'ятихвостий Лис спокушає Наруто своєю силою, але той відмовляється. Саске бачить це за допомогою свого Шарінґана, з'являючись у свідомості Наруто. Дев'ятихвостий каже, що чакра Саске нагадує йому Мадару Учіха, після чого Саске пригнічує чакру Дев'ятихвостого Лиса. Перед тим, як Дев'ятихвостий Лис повертається до своєї клітки, він застерігає Саске не вбивати Наруто, кажучи, що той житиме і шкодуватиме про це вічно.

Орочімару і Кабуто переконують Саске піти з ними і Наруто плаче через те, що не зміг повернути Саске до села, але Сакура запевняє його, що вони повернуть Саске разом. Команда Наруто доповідає Цунаде про результати місії і Цунаде дуже розлючена через план Данзо, особливо через те, що він злив секретну інформацію для його реалізації. Сай просить Данзо дозволити йому залишитися в команді Какаші і Данзо неохоче погоджується. Сай вирушає на місію зі своєю командою, вважаючи їх своїми друзями.

Наруто бачить кошмари про вивільнення сили Дев'ятихвостого. Згодом Какаші повідомляє Наруто, що має для нього спеціальне тренування, яке швидко зробить його сильним. Їх застає Команда 10, яка також прийшла в гості. Сай обідає з ними намагаючись подружитися за допомогою прізвиськ, розлючує Сакуру, називаючи Іно "розкішною", після того, як дійшов висновку, що жінкам не подобається чути, якими вони є насправді.

Какаші виписується з лікарні і починає тренувальну програму Наруто. Наруто дізнається, що у нього є чакра стилю Вітру. Ямато допомагає йому, облаштовуючи тренувальне поле зі своїм особливим дзюцу. Наруто також дізнається, що може використовувати своє дзюцу Багатотіньового клона для прискорення тренувань, оскільки все, чому навчаються клони, оригінальний користувач дізнається після того, як клон розсіюється. Наруто та його маса клонів беруть по листу і намагаються розрізати його навпіл за допомогою чакри вітру, як перший крок до створення нового дзюцу.

Наруто та його клони продовжують працювати над маніпуляціями з природою чакри, нарізаючи листя. Після деякої боротьби Наруто звертається до Асуми, який також належить до стихії вітру, за порадою, після чого Асума дає клону Наруто кілька підказок. Згодом Наруто може розрізати листок навпіл. Асума та Ямато вирушають зі своїми командами на нові місії. З'ясовується, що Асума - син Третього Хокаге, і що він має стосунки з Куренай. Тим часом на пагорбі, що височіє над спаленим селом, чотири постаті в плащах обговорюють пробудження Країни Вогню шляхом знищення селища Листя.

Наруто, Сакура, Сай та Ямато вирушають на нову місію поблизу Храму Вогню. Коли друга сторона не з'являється на місці зустрічі, команда розділяється, Наруто натрапляє на одну з чотирьох прихованих гробниць, які вони прийшли захищати. Через непорозуміння він б'ється з одним з монахів-тренерів з Храму Вогню, Сорою, який також використовує техніки, засновані на чакрі вітру. Після плутанини ченці та команда Какаші вирушають до Храму Вогню і Наруто впізнає його зі свого нічного кошмару.

Ченці храму пояснюють, що в гробницях поховані вірні охоронці феодала Країни Вогню. Наруто спостерігає, як Сора спарингує з іншими ченцями, і ображається, зрозумівши, що той стримується. Наруто кидає виклик Сорі, але щойно справа стає серйозною, його зупиняє інший монах. Наруто розуміє, що інші монахи зневажають Сору так само, як і він сам і хоче подружитися з ним. Наруто знову відвідує Сору і спостерігає, як той серйозно практикує дзюцу вітру, сподіваючись стати достатньо сильним, щоб помститися за свого батька. Пізніше вони повертаються до храму, щоб отримати звістку про пограбування ще однієї гробниці.

Цунаде підозрює, що Данзоу щось замишляє і наказує провести розслідування. Команда Какаші, Чіріку та Сора помічають, що труни рухаються самостійно, але перехопити їх не вдається. Труни з'являються на скелі, де ватажок ворожих ніндзя наказує своїм підлеглим розправитися з ворогами. Ніндзя перетворюють місцевість на лабіринт скелястих каньйонів і ям, повних смертельних пасток. Члени команди відокремлюються один від одного і починають протистояти ворогу. Ямато припускає, що ніндзя, можливо, організував крадіжку, щоб поцілити в когось із його команди.

Команда Какаші починає протистояння з ворожими шинобі. Ямато вислизає від свого супротивника Фудо, інсценувавши свою смерть. Сора, не бажаючи шукати Наруто, йде сам. Повернувшись до Конохи, Данзо виявляє, що знає, що за ним стежить АНБУ Цунаде. Наруто б'ється з Фукою, поцілунок якої виявляється фатальним і показує її здатність використовувати дзюцу землі, вогню, води і блискавки. Сайу вдається втекти від нападника Фуена, а згодом рятує Сакуру від величезного павука, отримавши при цьому поранення. Потім Сора натрапляє на лідера ворогів, Фурідо, і з'ясовується, що саме він був метою групи.

Фурідо знущається над Сорою, доки той не розкриває свої справжні сили, а потім повідомляє Сору, що планує використати чотири трупи для порятунку Країни Вогню. Наруто продовжує боротьбу з Фукою і дізнається, що вона може використовувати всі п'ять стихій. Фука встигає поцілувати Наруто і починає висмоктувати з нього чакру. Зрозумівши, що Наруто в біді через екстрасенсорне сприйняття, Сора поспішає його врятувати. Сакура, Сай та Ямато прибувають на допомогу, але потрапляють у пастку до Фудо та Фуена. Фука висмоктує чакру Наруто, доки не починає черпати чакру Дев'ятихвостого, що є надто неприродним для неї, щоб успішно поглинути її. Ворожа команда відступає, коли Чіріку приводить підкріплення.

Команда Асуми повертається з місії. Команда Какаші також повертається до Конохи, а Сора замінює Сая в команді. Наруто намагається показати Сорі Коноху, але Сора йде своїм шляхом. Образи Сори спричиняють бійку з Кібою та Чодзі, до якої приєднуються Наруто та Рок Лі. Шикамару та Асума зупиняють бійку. Пізніше Асума розповідає Сорі, що знав батька Сори, який виявився одним з Вартових, причетних до спроби перевороту. Він також показує Сорі свою атаку чакровим клинком. Фурідо та інші викрадачі тіл починають атаку на клан Кохаку.

Асума спостерігає за тренуванням чакри вітру Наруто і Сори помічающи що Сора, як і Наруто, має дуже потужну чакру. Цунаде та Ямато дізнаються від Чіріку, що Сора ненавмисно спричинився до інциденту, внаслідок якого було зруйновано Храм Вогню. Пізніше Асума дає Сорі кіготь, зроблений з тих же матеріалів, що і його чакральні леза. З'ясовується, що Асума вбив батька Сори, Казуму, який планував вбити Хокаге. Фурідо підходить до Сори, каже йому, що Асума відповідальний за смерть його батька і передає йому дві "королівські" фігури з набору сьоґі для Асуми. Данзо таємниче зникає. На тренувальному полігоні Наруто стикається з розлюченим Сорою, який з легкістю кидає кунай, що живиться чакрою, через дерево і руйнує камінь, що стоїть за ним.

Дандзоу викликають на допит після того, як його спіймали на зустрічі з молодим ніндзя Дощу. Сора стикається з Асумою і Асума зізнається, що вбив Казуму. Він нападає на Асуму, його рука знову набуває демонічної форми. Згодом Наруто отримує поранення, прикриваючи Сору від нападу невідомого, ймовірно, з Коріння. Потім до Сори підходить Фурідо і каже йому вбити Асуму і Хокаге, щоб помститися за свого батька. Пізніше Наруто застає Сору, коли той йде за Цунаде. Сора відступає, коли прибувають Шізуне та кілька інших ніндзя, але Наруто переслідує його. У цей момент починається таємнича гроза, яка знеструмлює все село.

У повній темряві поселення Коноха намагається захиститися від чотирьох нападників, які забарикадували все село за бар'єром. Усе село перебуває у стані надзвичайної ситуації. Асума, якому Цунаде наказала слідувати за Сорою та Наруто, нарешті наздоганяє їх. Асума розуміє, що четверо загарбників планують знищити все село, використовуючи блискавичну силу вкрадених ними трупів. Одкровення шокує Сору. Коли Асума йде, щоб допомогти стримати нападників, він доручає Наруто продовжувати переслідувати Сору.

Ніндзя Конохи відбиваються від воскреслих зомбі-членів клану Кохаку. Чотири ніндзя-охоронці - Сейто, Тоу, Наума та Кітане - також оживають. Асума розуміє, що вони планують використати Проміння, дзюцу, за допомогою якого четверо створюють блискавку, достатньо потужну, щоб знищити Коноху. Асума відправляє Сакуру та Ямато за трьома іншими, а сам залишається битися з Кітане, але Фуен б'ється з Сакурою, а Фудо - з Ямато. Тим часом Наруто наздоганяє Сору, але Сора тікає в пошуках Фурідо. Наруто намагається переслідувати його, але на нього нападає Фуука. Невдовзі Сора знаходить Фурідо, який зізнається, що планував знищити Коноху.

Сора відмовляється дозволити Фурідо знищити село, незважаючи на свою злобу на Асуму та Хокаге. Його б'є Фурідо, який стверджує, що його батько мав подібну ваду. Асума потрапляє в пастку Кітане у силовому полі блискавки. Тим часом Ямато і Сакура вбивають своїх супротивників, а Шикамару вирушає на поле бою з планом перемоги над зомбі. Однак щойно він починає його втілювати, як падає бар'єр Фуена, закінчується техніка відродження Фудо і зомбі перетворюються на пил.

Наруто здогадується, що секрет Фууки полягає в тому, що вона змінює тіла, щоб використовувати кожну відповідну стихію, і що її волосся зберігає її молодість і тіло. Наруто пошкоджує її волосся, і воно починає жити власним життям, але врешті-решт Наруто вбиває його расенґаном. Тим часом Асумі вдається звільнитися від електричного бар'єру, наздогнати Кітане і перемогти його в короткій сутичці. Зрозумівши, що Кітане більше немає, а троє його товаришів загинули, Фурідо змушує зникнути трьох інших ніндзя-охоронців. Але у Фурідо є запасний план, Сора.

Фурідо знімає з Сори печатку і розповідає йому правду: Сора - псевдо-джинчуурікі. Чакра, що витекла з Дев'ятихвостого Лиса, коли він напав на Коноху 15 з половиною років тому, була зібрана та імплантована в Сору. Саме тоді на місце події прибуває Асума з Наруто. Асума впізнає Фурідо, і з'ясовується, що він - Казума, батько Сори. Також з'являються Ямато, Сакура, Кіба, Лі, Іно, Чодзі та Шикамару. Розлючений Сора хоче все знищити і перетворюється на Трихвостого у формі Дев'ятихвостого. Однак Ямато не в змозі стримати його, адже на ньому немає намиста Першого.

Чакра Дев'ятихвостого виходить з-під контролю в Сори, заважаючи Наруто та іншим підкорити його. Асума і Казума відновлюють свою стару битву, при цьому Казума виправдовує свої дії обов'язком пішака перед "королем" Країни Вогню. Наруто неодноразово падає з ніг, намагаючись стримати Сору, а чакра просочується і в нього, перетворюючи його. Ямато не може придушити чакру Дев'ятихвостого в обох Джинчурікі, оскільки йому заважає невідома зовнішня сила. У Сори з'являється четвертий хвіст, і плащ Дев'ятихвостого огортає його тіло. Він тимчасово приходить до тями, коли бачить, як Наруто завдає собі удар ножем у ногу і успішно запобігає появі оригінального Плаща Дев'ятихвостого.

Боротьба між Наруто та Сорою триває. Асума і Казума б'ються. З'являється Сай, який втік з лікарні і зв'язує Казуму чорнильною змією. Казума виривається з-під дзюцу Сая і нападає на Асуму, але гине. Зрештою Наруто добирається до Сори, якому вдається вивільнити чакру Дев'ятихвостого. Після цього Сора залишає село, щоб подорожувати світом. Асума та Шикамару грають у сьоґі та обговорюють, хто є королем Конохи. В іншому місці з'являються двоє членів Акацукі, Хідан і Какудзу, які переслідують Двохвостого Джинчурікі.

Асума просить вибачення на могилі Третього Хокаге за те, що не зрозумів його поради щодо того, хто такий "король" Країни Вогню. У лікарні Наруто і Сай одужують, незважаючи на бажання Наруто відновити тренування. Цунаде отримує повідомлення від Какаші, що Акацукі втекли. В іншому місці Юґіто Нії, двохвостий Джинчурікі, бореться проти Хідана та Какудзу і звільняє Двохвостого, але зазнає поразки і потрапляє в полон. Тоді Хідан і Какудзу звертають свою увагу на Країну Вогню як на наступну ціль.

Наруто переходить до наступного етапу своїх тренувань - перерізання водоспаду. Хідан і Какудзу досягають Храму Вогню і б'ються з Чіріку, щоб отримати винагороду за його голову. Перемігши його, вони вирушають за винагородою, а згодом стають мішенню для Дев'ятихвостого Джинчурікі Наруто.

Другий етап тренувань Наруто триває, а Цунаде відправляє двадцять команд по чотири ніндзя в кожній, щоб розібратися з членами Акацукі в Країні Вогню. Шикамару вирушає з Асумою, Ідзумо та Котецу, а Іно та Чодзі - з Райдо та Аоба. Доклавши чималих зусиль, Наруто проходить другий етап тренувань, але майже одразу після цього падає від голоду та виснаження.

Асума оплакує смерть Чіріку і розуміє, що Хідан і Какудзу намагаються отримати винагороду за його голову. Хідан і Какудзу забирають Чіріку, щоб отримати винагороду. Тим часом Какаші показує Наруто справжню мету його тренувань.

Какаші виявляє, що хоча він знає, як виконувати Расенган, він не може об'єднати свою власну чакру, засновану на блискавці. Він додає, що навіть Четвертий Хокаге, який створив дану техніку, не зміг поєднати свою стихійну чакру з технікою, але, можливо, Наруто зможе. Асума сповіщає інші команди про місцезнаходження Акацукі і йде далі, незважаючи на свою стурбованість силою Акацукі. Какудзу здає труп Чіріку, незважаючи на скарги Хідана, і каже, що він у парі з Хіданом, бо не може його вбити. Стрес від тренувань призводить до того, що Наруто огортається "плащем" демонічного лиса Дев'ятихвостого, але Ямато пригнічує його.

Команда Асуми добирається до станції і влаштовує засідку на Хідана. Ідзумо та Котецу нападають на Хідана, але не можуть його вбити, хоча й наносять удари по життєво важливих органах. Асума каже своїм товаришам по команді, що якщо вони відступлять, то будуть вбиті, а Коноха опиниться в небезпеці. Шикамару розуміє, що Асума хоче пожертвувати собою, щоб допомогти перемогти ворога, виходячи з того, що він знає про стратегію сьоґі Асуми. Асума починає битися з Хіданом, а Шікамару відволікає його, змушуючи ухилятися від тіньового удару. Хідан розсікає щоку Асуми і ступає в криваве коло, а Асума використовує дзюцу, щоб поглинути Хідана хмарою попелу. Асума підпалює хмару, нібито вбиваючи Хідана.

Вогняне дзюцу Асуми вражає Хідана, але на превеликий подив команди, Асума теж обпікається. Хідан розкриває свою здатність. Проковтнувши кров супротивника і ставши в ритуальне коло, намальоване кров'ю, "прокляття" пов'язує його з супротивником і всі пошкодження, завдані йому, також наносяться супротивнику. Асума кидається на Хідана, але падає після того, як Хідан завдає собі удар ножем у ногу. Шикамару розуміє, що для того, щоб прокляття подіяло, Хідану потрібно бути в колі, і використовує своє дзюцу володіння тінню, щоб змусити Хідана вийти з нього. Асума змушує себе встати і відрубує голову зв'язаному Хідану.

Команда Асума продовжує боротьбу з Хіденом і Какудзу Акацукі.

Заклик ватажка Акацукі змушує Хідана та Какудзу відступити, але після цього не всі повертаються до Конохи живими.

Поки Акацукі обговорюють справжні цілі їхньої організації, Наруто продовжує тренування. Тим часом Цунаде отримує трагічну звістку.

Вся Коноха оплакує трагічну втрату Асуми Сарутобі. Знаючи, що Хідан і Какудзу обов'язково повернуться, Шикамару, Чодзі та Іно готуються вирушити в дорогу, щоб помститися дуету, а Какаші тимчасово очолить команду.

Завдяки ретельному плануванню групі вдається знайти і заманити в пастку Хідана і Какудзу. Однак здається, все йде надто гладко.

Коли Какаші влучає Какудзу в серце, здається, що битва закінчилася. Однак, коли Какудзу не лише виживає після удару, але й виривається з пастки Шикамару, стає зрозуміло, що битва тільки починається...

Поки Какаші та інші продовжують боротися проти дуету Акацукі, Какудзу виявляє, що у нього не одне, а цілих п'ять сердець! Щоб вбити його, треба витягти всі п'ять сердець. Тим часом Шикамару вирішує кинути виклик Хідану наодинці і змушує його відійти від свого напарника.

Шикамару продовжує боротьбу з Хіданом. Хідану вдається поранити Шикамару і проклинає його так само, як і Асуму, але коли Шикамару виживає після нападу Хідана, Хідан розуміє, що щось не зовсім так.

Хідан потрапляє в пастку Шикамару, але тепер, коли він загнав його в кут, чи зможе він знайти спосіб перемогти безсмертя Хідана? У той же час, Какаші, Чодзі та Іно продовжують боротися з Какудзу, але несподівано на місце події прибуває підкріплення, яке надає їм вкрай необхідну допомогу.

Наруто кидає виклик Какудзу своєю новою технікою - Расенґан-сюрікеном, але чи зможе він перемогти Какудзу, коли його техніка ще навіть не завершена?

Після битви Команди 7 і 10 повертаються до Конохи. Вивчивши Наруто, Цунаде офіційно класифікує нову техніку Наруто як заборонене дзюцу і попереджає Какаші, щоб він більше ніколи не дозволяв йому використовувати її. У чому ж полягає страшна таємниця расенґан-сюрікена, що приголомшила своєю силою навіть Цунаде? Тим часом Орочімару наказує Кабуто знайти жінку, яка допоможе йому досягти його мети.

Поки Наруто одужує після поранення, Какаші готується повідомити йому сумну новину про свою нову техніку. Тим часом Саске таємно тренується і зустрічається з дивною дівчиною.

Какаші відправляє Кібу, Хінату та Шино на місію, щоб проникнути до лігва Орочімару. Які жахи та пастки чекають на них?

Кабуто і Юкімару вирушають до озера, де Кабуто намагається витягти таємничу істоту. Ґурен відокремлюється від своїх людей, щоб знайти Орочімару, який змушує Саске битися з армією Звукових ніндзя в якості тренування. Саске перемагає їх усіх, але заявляє, що хоче вбити Ітачі більше, ніж їх. Наруто продовжує тренування, викликаючи Ґамакічі та Гаматацу, але все ще не розуміє концепції з'єднання з серцем іншої людини. Кабуто та Юкімару прибувають до села Гарячих Джерел, де перебувають Наруто та Джирайя.

Наруто стикається з несподіваними труднощами під час тренувань з Ґамакічі та Ґаматацу. Поки група Какаші шукає Ґурен та її банду, Юкімару, здається, починає цікавитися Наруто.

Кабуто доручає Ґурену доглядати за Юкімару. Ґурен не надто радіє цьому призначенню, і все стає ще гірше, коли Юкімару занедужує дощової ночі. Тим часом Кіба з'ясовує таємницю, звідки лунає собачий свист, а Цунаде надсилає допомогу Какаші та Команді 8.

Поки Наруто продовжує тренування з Ґамакічі та Ґаматацу, Ямато, Сакура та Сай готуються до відходу і прикривають групу Какаші. У той час як Ґурен та її банда готуються перехопити групу Какаші, Юкімару турбується за її безпеку і дарує їй амулет, сподіваючись на безпечне повернення.

Поки Наруто продовжує відпрацьовувати комбіновану атаку з Ґаматацу, Какаші, Кіба, Хіната і Шино стикаються з бандою Ґурена. Чи зможуть Какаші та Команда 8 перемогти цих дивних ворогів?

У Конохі Цунаде виявляє, що у них є ворог, який використовує Кришталевий Стиль. Під час місії з командою Какаші, Наруто знову зустрічає Юкімару і розмовляє з ним. Ґурен будує гігантську Кришталеву В'язницю над лісом, замикаючи в ній команду Куренаї. Потім Ґурен готує шість Кришталевих клонів і нападає з ними на команду Куріная. Хіната перемагає одного клона, але потрапляє до Кришталевої в'язниці через іншого. Команда Какаші досягає кордонів гігантської в'язниці і Наруто використовує своє нове дзюцу з Ґаматацу, щоб прорватися всередину.

Наруто успішно розбиває кристалічний лабіринт за допомогою свого нового дзюцу і він разом з рештою команди Какаші приходить до Какаші, Кіби та помічника Шино, а також рятує Хінату. Тим часом Кабуто, Ґурен, Юкімару та Ґозу вирушають до озера, до якого раніше ходили Кабуто та Юкімару. Що може бути в озері, що хоче Орочімару?

Юкімару викликає Трихвостого і знерухомлює його, а Ґурен намагається його схопити. Йому вдається вирватися і напасти. Какаші наказує Наруто дослідити озеро, поки вони шукають Рінджі та інших. Рінджі та його люди готують засідку, але Хіната, Сакура та Сай прибувають, щоб запобігти цьому. Наруто викликає Ґамакічі та Ґаматацу і вони йдуть до Трихвостого, де бачать Юкімару і дізнаються про його вірність Ґурену. Намагаючись врятувати Ґурен, Юкімару знову намагається придушити Трихвостого, перш ніж йому вдається втекти з нею.

Ґурен втрачає свідомість і переживає своє минуле, а Наруто потрапляє в ілюзію щодо Саске. Після того, як Какаші знаходить його, команди Какаші та Куренай приходять до висновку, що туман навколо них спричинений ґендзюцу, яке створив Трихвостий. Після того, як Ґурен прокидається, Юкімару знову лихоманить і він втрачає свідомість. Цунаде чує про Трихвостого і збирає Шізуне, Іно, Тентена і Лі, щоб піти і запечатати його до того, як це зроблять Акацукі. Наруто і Сакура говорять про дім, до якого мають повернутися люди, перш ніж Наруто вирушає на пошуки Юкімару.

Намагаючись знайти Юкімару, Наруто стикається з Ґуреном. Ямато і Какаші знаходять Наруто і повертають його до групи. Кабуто розповідає Ґурену, що Юкімару - лише інструмент для контролю над Трихвостим, що засмучує Ґурена. Тим часом Шізуне, Іно, Тентен і Лі зустрічаються з командою і повідомляють, що їхня нова місія - врятувати Юкімару і захопити Трихвостого до того, як його захопить група Орочімару.

Прибувають Шізуне, Іно, Лі та Тентен, а Какаші, Шізуне та Ямато обговорюють стратегію запечатування Санбі та порятунку Юкімару. Тим часом Кабуто і Рінджі помічають турботу Ґурена про Юкімару і починають хвилюватися.

Підрозділ запечатування готує запечатувальний бар'єр, а дві інші команди вступають у бій з Ґурен та її поплічниками. Какаші, Наруто і Сай затримують Ґурен і Ґозу, а Шино готується протистояти кришталевому стилю Ґурен. Тим часом Лі йде проти інших поплічників Ґурен і потрапляє в пастку їхньої димової завіси. Чи зможе Лі знайти спосіб перемогти їх?

Після того, як Шіно закінчує готувати комах, він йде проти кришталевого стилю Ґурена. В іншому місці, поки Шізуне, Сакура, Іно та Хіната несуть запечатувальний бар'єр до Санбі, за ними спостерігають Тобі та Рінджі.

Кабуто планує зламати Чотирикутний запечатаний бар'єр Ліфа зсередини, використовуючи силу Юкімару, і змусити Трихвостого Звіра розбушуватися.

Юкімару спотикається і Трихвостий ранить Ґурен. Рінджі наказує Юкімару придушити звіра, щоб врятувати її, але він не може цього зробити. Ґурен залишає свою позицію і захищає Юкімару щитом Кришталевого стилю. Наруто вирушає на пошуки Юкімару, але потрапляє на битву з Трихвостим разом з Ґурен. Незважаючи на їхні зусилля, чудовисько перемагає їх обох, а потім ковтає їх. Тим часом Какаші, Шіно та Сай знаходять Юкімару непритомним і тікають з ним, залишаючи Кабуто розчарованим.

Ґурен намагається напасти на Наруто всередині Трихвостого, але в ослабленому стані не може цього зробити і втрачає свідомість. Тим часом Какаші просить Сакуру та Іно вилікувати Юкімару, поки він, Шізуне, Кіба, Сай та Хіната шукатимуть Наруто. Незабаром Наруто і Ґурен стикаються з ордою міні-трихвостів, які намагаються напасти на них, але вони ухиляються від них і починають сперечатися про Юкімару. Поки Юкімару прокидається, Наруто скликає групу Тіньових клонів, щоб знайти вихід зі шлунку звіра. В іншому місці Кабуто роздає прокляті знаки людям Рінджі.

Юкімару повідомляє Какаші та іншим про місцезнаходження Наруто і Ґурена, вони намагаються звільнити їх за допомогою Юкімару. Кіба, Тентен і Лі знову б'ються з Кіхоу, Кігірі та Нурарі, отримавши більше сили від Кабуто. Наруто і Ґурен продовжують шукати вихід, натрапляючи на санбі-подібних істот та ілюзії, схожих на людей. Чи знайдуть Наруто і Ґурен вихід?

Команда Запечатувальників готова почати запечатувати Трихвостого і сказати Саю, щоб він забрав Юкімару в безпечне місце, але на нього нападають люди Кабуто. Кабуто тим часом готує свої плани, а на Лі, Тентен і Кібу також нападають. Рінджі знаходить своїх людей і переманює їх на свій бік, наказуючи атакувати Запечатувальників, їх зупиняють Какаші, Ямато та Шино. Потім Рінджі змушує Юкімару з'їсти пігулки, щоб контролювати Трихвостого, про що дізнаються Наруто та Ґурен.

Кацую прибуває, щоб допомогти команді запечатувальників із запечатуванням бар'єру. Наруто і Ґурен прибувають, щоб врятувати Юкімару від Рінджі, але після короткої розмови між Ґуреном і Юкімару, Рінджі відкриває Юкімару правду про Ґурена, сподіваючись, що той розлютить Санбі. Якою буде реакція Юкімару, коли він дізнається, що Ґурен вбив його матір?

Команда запечатувальників продовжує свої зусилля по запечатуванню Санбі, в той час як Какаші та інші протистоять монстру, якого створили Кігірі, Нурарі та Кіхоу. Кабуто розкриває плани Орочімару щодо Санбі і вони з Наруто починають боротьбу. Захищаючи Юкімару, Ґурен бореться проти справжнього Рінджі, якого воскресив Кабуто. Коли Ґурен жертвує своїм життям, щоб врятувати Юкімару, сили Юкімару вступають у повну силу. Тепер, щоб захистити Юкімару, Наруто готується виступити проти несамовитого Санбі.

Битва за Санбі добігає кінця, оскільки ні ніндзя Конохи, ні Орочімару не вдається її здобути. Цунаде класифікує місію зловити Санбі як провальну, бо вона надто небезпечна для виконання. Коли Наруто та інші готуються до повернення додому, Юкімару зникає. Невідомо для всіх, Акацукі вичікує, і у них є свої плани щодо Санбі.

Тіло Орочімару досягло своєї межі і настав час ритуалу. Однак у Саске інші плани і він прагне стати мішенню для прикутого до ліжка Орочімару.

Орочімару виявляє справжню огидну форму, якої набуло його тіло в результаті багаторічних експериментів над собою. Чи зможе Саске перемогти цю загрозливу форму, чи Орочімару все ще має кілька козирів у рукавах?

Після того як Саске за допомогою свого шарінґана повертає Орочімару назад, він звільняє одного з піддослідних Орочімару, Суйґецу. Вирішивши зібрати команду для досягнення своїх цілей, він вирішує звернутися за допомогою до Суйґецу. Суйґецу погоджується, але лише за умови, що спершу зробить обхідний шлях до Країни Хвиль.

Другим членом команди Саске виявляється жінка на ім'я Карін. Після того, як Саске і Суйґецу прибувають до Південної Притулку, Саске просить Карін піти з ними. Незважаючи на вагання та сварки з Суйґецу, Карін зрештою погоджується, згадавши свою першу зустріч з Саске. Саске наказує Суйґецу звільнити полонених, після чого вони вирушають вербувати останнього члена команди - Дзюґо.

Успішно завербувавши Карін, Саске шукає останнього члена свого взводу - Джуґо. Карін попереджає Саске та Суйґецу про неконтрольовані вбивчі інстинкти Дзюґо, але коли вони прибувають до північної криївки, то знаходять іншу справу, яку мають вирішити першочергово. У той же час ніндзя Конохи дізнаються шокуючу новину.

Успішно переконавши Дзюґо приєднатися до його команди, Саске нарешті має всіх, хто потрібен для його взводу. Він називає свій взвод "Команда Хебі" і пояснює справжню причину, чому він зібрав їх усіх разом. Повернувшись до Конохи, Наруто здогадується, що планує Саске і пропонує всім новий план: вони повинні знайти і захопити Ітачі Учіху.

Понад десять років тому П'ять Великих Націй були в розпалі Третьої Великої Війни Ніндзя. Майбутній Четвертий Хокаге Мінато Намікадзе доручає молодому Какаші, Обіто з клану Учіха, та Рін місію на мосту Каннабі...

Обіто ігнорує наказ Какаші продовжувати місію і вирушає рятувати Рін, яку викрали Скелясті ніндзя. Але вороги виявляють прибуття Обіто і перемагають його. Какаші прибуває в останню хвилину і рятує Обіто...

Коли Акацукі запечатує ще одного хвостатого звіра, Ітачі та Кісаме отримують попередження, що за ними полює Саске зі своєю групою. І Коноха, команда Хебі готуються вирушати на пошуки Ітачі, але Саске спершу вирушає до старого сховища Учіхи.

Какаші розділяє дві команди на п'ять окремих груп, кожній з яких допомагає пара його собак-ніндзя, щоб знайти підказки про місцезнаходження Ітачі та Саске. Несподівано для всіх, знайомі вороги поклали око на групу Наруто і Саске.

Зустрівшись, Саске та Дейдара вступають у бій. Обмінявшись кількома ударами, щоб перевірити Саске на міцність, Дейдара викликає свого особливого глиняного дракона і наносить дальні удари по Саске з висоти пташиного польоту. Завдяки підтримці Тобі, битва, здається, переходить до Дейдари.

Шаринґан Саске виявляється кращим за вибухівку Дейдари. Дейдара створює один зі своїх найкращих витворів, C4 Karura, щоб знищити його. Що тепер робитиме Саске?

Використовуючи себе як вибухівку, Дейдара створює вибух діаметром десять кілометрів, від якого не зможе втекти навіть Саске. Це кінець Саске? В іншому місці хтось підходить до лідера Акацукі і дає йому наказ зловити самого Наруто. Хто ж цей справжній організатор змови Акацукі, що ховається в тіні?

Поки Саске відпочиває після битви з Дейдарою, ніндзя Листя натрапляють на його слід. Помітивши, що за ними стежать, Карін намагається направити їх у хибному напрямку, а члени команди Хебі вирушають до найближчої схованки Акацукі в надії знайти Ітачі. Що станеться, коли Наруто і Саске зустрінуться з Ітачі окремо?

Ставши ґенинами, Джірайя, Цунаде та Орочімару потрапляють до майбутнього взводу Третього Хокаґе. Спостерігаючи за просторово-часовим ніндзюцу Сарутобі, Джирайя з головою поринає у його вивчення. Одного разу Джірайя збивається зі шляху і натрапляє на гору Міубоку. Там він зустрічає Великого Жаб'ячого Мудреця, який передбачив його прихід. Дізнайтеся про походження Жаб'ячого Мудреця Джірайї!

У Країні Дощу Джірайя вирішує деякий час опікуватися трьома маленькими сиротами. Яхіко, веселий хлопець, хоче, щоб Джірайя навчив його, Конана та Наґато бути шинобі, але він не наважується на це, доки не побачить дивний феномен у Наґато. Який секрет ховається за очима Рінненґана Наґато? Що станеться з цими трьома дітьми?

Поки члени команди Хебі прямують до місцезнаходження Ітачі, Джірайя проникає в Село Прихованого Дощу в надії зібрати інформацію про лідера Акацукі. Джірайя захоплює двох ніндзя Дощу і допитує їх про Пейна, але те, що він дізнається, шокує навіть його.

Маючи підозри щодо нападу Дев'ятихвостого на Село Прихованого Листя багато років тому, Джірайя розповідає одній зі своїх жаб, що може настати час, коли Наруто знадобиться доступ до повної сили лиса. Закінчивши допити, Джирайя вирушає на пошуки Пейна, але натрапляє на Конана. Чи існує зв'язок між Джирайєю, Конаном і таємничим Пейном? В іншому місці один з тіньових клонів Наруто натрапляє на команду Хебі.

Не маючи іншого вибору проти потужних і дивних викликів Пейна, Джірайя зазнає потужної трансформації, щоб виступити проти Пейна за допомогою Жаб'ячих Мудреців. Чи вистачить Джірайї цього режиму відлюдника, щоб здолати не лише Пейна, з яким він бореться, а й ще двох?

Тепер Джірайя протистоїть двом новим Пейнам, кожен з яких володіє іншими здібностями, ніж той, з яким він боровся. Хто ж такий Біль і скільки їх існує?

Джірайя усвідомлює, що всі шестеро Пейнів - це ніндзя, яких він зустрічав раніше. Зібравши докупи різні шматочки інформації, Джірайя з'ясовує справжню особистість Пейна, але Пейн не має наміру дозволити Джірайї піти з цією інформацією живим. В іншому місці відбувається доленосна зустріч Ітачі та Саске, і Саске передбачає смерть Ітачі.

Довгоочікувана битва Саске з Ітачі починається з того, що брати Учіха кидають один в одного ґендзюцу за ґендзюцу. Саске, здається, загнав Ітачі в кут і ставить йому кілька запитань про різанину в Учіха.

Чи Ітачі не єдиний, хто брав участь у різанині в Учіха? І чи Саске все ще не володіє достатньою ненавистю, щоб перемогти Ітачі?

Ітачі відкриває Саске, що Мадара - другий винуватець вбивства Учіха, а також історію шаринґану Манґекьо та перших двох Учіха, які його здобули: Мадара та його брат. Одне питання все ще залишається відкритим: Чому Ітачі насправді зберіг життя Саске?

Успішно вирвавшись із Цукійомі Ітачі, Саске бере гору над ослабленим братом. Не маючи іншого виходу, Ітачі активує свою другу здатність Манґекьо - Аматерасу, чорне полум'я, яке, як кажуть, горітиме вічно.

Саске думає, що нарешті вбив Ітачі за допомогою своєї найпотужнішої техніки, Кірін, але у Ітачі залишився ще один козир у рукаві. Використавши Цукійомі та Аматерасу, Ітачі звертається до своєї третьої і останньої здатності Манґекьо - Сусано. Ітачі переломив хід битви проти Саске, але останній отримує допомогу з несподіваного джерела. Битва між братами Учіха наближається до свого шокуючого завершення!

Коли Саске нарешті виконав свою мету - вбив Ітачі та помстився за свій клан, він втрачає свідомість від виснаження. Звістка про його перемогу доходить до ніндзя Листя і Тобі, які мчать до місця, де знаходиться Саске. Що Тобі планує з ним зробити і хто першим дістанеться до Саске?

Прагнучи завоювати довіру Саске, Мадара відкриває йому походження Конохи. Мадара і майбутній Перший Хокаґе заснували село дуже давно, але суперництво між ними одного дня спричинило ланцюг подій, що привели до ТОЇ ночі, ночі, коли Ітачі Учіха знищив клан Учіха.

Після того, як Мадара закінчує розповідати Саске про своє минуле, він відкриває незбагненну правду про різанину Ітачі з кланом Учіха. Що насправді сталося тієї ночі? Чому Ітачі приєднався до Акацукі? І з якої причини він зберіг життя Саске?

Команди Конохи вирішують повернутися додому, коли Саске згадує, що бачив, як Ітачі плакав після різанини. Він усвідомлює, що не може відновити клан Учіха так, як це уявляв собі Ітачі. Мадара, щасливий, що може використати Саске для себе, доручає Таку захопити Восьмихвостого, поки Акацукі полює на двох останніх. Така вистежує господаря, Бі-Вбивцю, у Країні Блискавок і вступає з ним у бій. Бі вдається здолати Джуґо та Суґецу, перш ніж Саске виходить на нього сам на сам.

Саске б'ється з Бі-Вбивцею і отримує поранення від його мечів. Карін зцілює його, Саске, Суйґецу та Джуґо починають спільну атаку на Бі, доки той не вирішує використати силу Восьмихвостого. Саске отримує поранення і знову відроджується Джуґо, який в результаті регресує у віці. Зцілившись, Саске напускає на Бі Аматерасу, і нарешті йому вдається підкорити його. Тим часом двоє Хмарних ніндзя спостерігають за боєм зі скелі і помічають на Саске герб Учіхи. Вони поспішають повідомити новину старшому братові Бі, Райкаґе.

Не зумівши повернути Саске, ніндзя Листя повертаються до Поселення Прихованого Листя. Однак Цунаде посилає Кацую повідомити їм, що бар'єр гори Кацунагі клану Цучіґумо, яка володіє потужним забороненим дзюцу, зламано. Поки Какаші та Команда 8 повертаються до Поселення Листя, Команда 7 на чолі з Ямато має з'ясувати, що там відбувається.

Наруто, Сай та Ямато супроводжують Хотару до таємного села клану Цучіґумо. Однак, коли вони прибувають, мешканці села не надто раді бачити Хотару. В іншому місці, після того, як Утаката розмірковує про час, проведений з нею, він стикається віч-на-віч з Акабоші та його групою.

Коли Наруто повертається до села клану Цучіґумо, Акабоші та його група знаходять Хотару за допомогою дядька Хотару. Хотару вдається втекти, але ніндзя-бандити оточують її в лісі. На допомогу їй приходить Утаката, якому вдається забрати її і втекти від бандитів-ніндзя. Акабоші та його група збираються переслідувати їх, аж поки не з'являється їхній бос і не розповідає їм, що Утаката є в Книзі Бінго Селища Прихованого Туману.

Наруто, Сай та Ямато прибувають, щоб врятувати Хотару та Утакату від нападу ніндзя, які, як вони з'ясовують, є Анбу з Села Прихованого Туману. Ямато намагається домовитися з головою Анбу Туману Цуруґі, і після їхньої розмови Цуруґі розмовляє з Утакатою наодинці. Цуруґі намагається переконати Утакату повернутися до Села Прихованого Туману, але той відмовляється, пам'ятаючи про жахливий біль, якого він зазнав від рук свого колишнього господаря.

Наруто і його команда разом з Хотару та Утакатою повертаються на гору Кацураґі, щоб спланувати свій наступний крок. Тонбей відкриває спосіб видалити заборонене дзюцу з тіла Хотару, що призведе до того, що дзюцу втратить свою силу. Хотару стверджує, що якщо людина на ім'я Ширанами повернеться, клан буде відновлено. Наруто вирішує шукати Ширані протягом двох днів. Але вони не знають, що людина, яку вони шукають, насправді є тим, хто полює за забороненим дзюцу. Тим часом Утаката задається питанням, чи говорив Цуруґі правду про свого вчителя.

Наруто вдається знайти місцезнаходження Ширані, але він виявляє, що Ширані, якого він знайшов, насправді був замаскованим під нього ніндзя-бандитом. Хотару знаходить справжню Ширанами і та переконує Хотару не вилучати заборонене дзюцу і відвозить її назад до села Цучіґумо. Після того, як Наруто врятував Утакату від бандитів-ніндзя, вони повертаються до села Цучіґумо, де виявляють, що Ширанамі тримає під своїм контролем усіх мешканців села.

Поки решта команди Какаші стримує одержимих селян і ніндзя-бандитів, Наруто й Утаката вирушають на порятунок Хотару. Знайшовши її, вони дізнаються, що Ширанімі активував дзюцу і Хотару також перебуває під контролем Ширанімі. Чи зможуть Наруто та Утаката зупинити Ширані та врятувати Хотару до того, як заборонений дзюцу буде повністю заряджений?

Після виконання забороненого дзюцу Хотару з жахом бачить, якої шкоди воно завдало. Потім Ширані помічає, що заборонене дзюцу переповнене чакрою і що воно знищить себе разом з Хотару. Поки Наруто переслідує втікача Ширанами, Утаката намагається врятувати Хотару, використовуючи приховану в ньому силу. Чи зможе Утаката врятувати Хотару?

Команда Какаші повертається до Поселення Прихованого Листа після завершення своєї місії. Поки Наруто згадує розмову з Ітачі, його викликає Цунаде, де він дізнається шокуючі новини про Джирайю.

Шикамару намагається розшифрувати передсмертне послання, яке залишив Джирайя, але не може збагнути, про що в ньому йдеться. Шикамару звертається по допомогу до Наруто, гадаючи, що той може знати шифр. Чи зможе засмучений Наруто розшифрувати передсмертне послання Джирайї?

Код, який залишив Джирайя, нарешті розшифровано, але що саме він означає? Тим часом Наруто продовжує тренування.

Прочитавши першу книгу Джирайї, Наруто стає більш рішучим, ніж будь-коли, щоб завершити своє навчання. Тим часом розлючений Райкаґе планує скликати всіх каґе на нараду.

Наруто досягає успіху в оволодінні своїм режимом мудреця, просуваючись далі, ніж навіть Джірайя. Однак для Конохи справи виглядають не так добре, оскільки Пейн готується зробити свій хід.

Лідер Акацукі, Пейн, починає своє вторгнення в поселення Прихованого Листа. Ніндзя Листя збираються, щоб захистити місцезнаходження Наруто, але коли Пейн націлився на Іруку, Какаші доводиться зіткнутися з ним.

Цунаде віддає наказ покликати Наруто до поселення, але старійшини не довіряють її рішенню. Поки Цунаде намагається переконати їх і сама готується приєднатися до битви, Какаші бореться з Пейном, намагаючись з'ясувати свої здібності.

Какаші продовжує боротися з Пейном. З прибуттям Чоудзі та Чоузи справи починають йти на краще, але Пейн ще не вичерпав свої вміння.

Коли Какаші падає перед Пейном, ситуація для Конохи лише погіршується. Шізуне та Іноічі близькі до розгадки таємниці Пейна, але коли перед ними постають Тваринний і Людський шляхи Пейна, чи зможуть вони втекти з правдою про Пейна?

Ебісу захищає Конохамару від Пейна і відмовляється розголошувати будь-яку інформацію про Наруто. Ебісу готовий віддати своє життя, щоб захистити і Наруто, і Конохамару. Конохамару не збирається дозволити своєму вчителеві змарнувати життя, але що він може зробити проти Пейна?

Пейн стикається з Цунаде і розпитує її про місцезнаходження Наруто. Цунаде сперечається з Пейном про його мотиви, але незабаром Пейн отримує потрібну йому інформацію з іншого джерела. Перед тим, як зібратись у дорогу, Пейн завдає нищівного удару по поселенню! Тим часом Наруто готується повернутися до поселення Листя, але може запізнитися.

Наруто повертається і виявляє, що поселення спустошене внаслідок нападу Шинра Тенсей Пейна. Наруто просить усіх триматися подалі, оскільки він готується вступити на всі шість шляхів Пейна одночасно.

Наруто успішно починає знищувати тіла Пейна одне за одним, але коли його режим мудреця досягає своєї межі, Пейн намагається взяти битву під свій контроль. Чи наближається момент перемоги Пейна, чи у Наруто є план?

Царство Бога Пейна нарешті вступає в бій. Коли жаби-союзники Наруто падають один за одним, ситуація починає виглядати похмурою. Чи зможе Наруто перемогти Пейна?

Поки Пейн розповідає Наруто про те, чому він робить те, що робить, на сцені з'являється Хіната, яка зізнається Наруто у своїх почуттях. Щоб врятувати його, вона нападає на Пейна... Ситуація стає дуже заплутаною і Наруто ось-ось переступить межу!

Лють Наруто підштовхує його до того, що він випускає шість хвостів Кюбі проти Пейна. Щоб протистояти цій загрозі, Пейн змушений покластися на свою найпотужнішу техніку, щоб зупинити Наруто. Чи вдасться Пейну перемогти Наруто, або ж найнесподіваніший союзник заспокоїть Наруто?

Четвертий Хокаґе з'являється у свідомості Наруто і заважає йому нерозумно звільнити Кюбі. Чи дасть це протистояння батька і сина Наруто впевненість, необхідну для того, щоб зупинити Пейна раз і назавжди?

Наруто зустрічається з Наґато і каже, що дасть йому відповідь на запитання, яке раніше поставив йому Пейн, після того, як дізнається про те, що змусило Наґато стати на лихий шлях. Якою буде відповідь Наруто і якого висновку дійде Наґато?

Четвертий Хокаґе, Мінато Наміказе, перед смертю залишив свій спадок. Наруто, Сакура і Саске намагаються знайти спадок Мінато до того, як до нього дістануться інші команди шинобі.

Наруто, Сакура, Шикамару, Іно та Чодзі продовжують пошуки Спадщини Четвертого Хокаґе, одночасно відганяючи несподіваних гостей.

Наґато розповідає Наруто про те, як він познайомився з Яхіко та Конаном, а згодом став учнем Джирайї.

Наґато розповідає правду про те, що сталося з Яхіко і що змусило його знехтувати ідеалами Джирайї. Закінчивши свою розповідь, він вимагає почути відповіді Наруто. Чи буде відповіді Наруто достатньо, щоб переконати Наґато відмовитися від своїх злих планів, чи Наруто буде змушений вбити Наґато?

Закінчивши розповідь Наґато, Наруто дає йому свою відповідь, заявляючи, що він не відмовиться від спадщини свого вчителя і продовжуватиме прагнути до миру, незважаючи на те, через який біль йому довелося пройти. Нагато розмірковує над словами Наруто, згадуючи свої останні дні, коли він був одним з учнів Джирайї. Як Наґато зрештою відреагує на відповідь Наруто?

Вирішивши повірити в Наруто, Нагато використовує мистецтво Ґедо: Рінне Відродження дзюцу, витрачаючи останню чакру, і таким чином віддаючи своє життя, щоб оживити всіх людей в селі, які загинули під час нападу, кажучи, що це найменше, що він може зробити. Після смерті Наґато Конан залишає Акацукі, забираючи з собою Наґато та Божество Пейна (який насправді є тілом Яхіко), прощаючись з Наруто, кажучи, що оскільки Наґато повірила в нього, щоб досягти справжнього миру, то і вона повірить у нього. Коли Наруто повертається до Листка, він з подивом виявляє, що все село чекає на його повернення, вітаючи його як справжнього героя. Після всіх цих років Наруто нарешті отримав визнання, якого завжди прагнув.

In the aftermath of the destruction of the Leaf Village, Iruka thinks back to the time when the Third Hokage first gave him the task of being Naruto's homeroom teacher at the Academy, since no one else would take him in.

Iruka struggles to deal with his hate for the Nine-Tailed Fox inside Naruto as he tries to connect with Naruto after seeing him shunned by his peers.

After discovering a kunai knife with a secret message on it, Naruto winds up being pursued by three kunoichi from the Hidden Waterfall Village. Iruka mangaes to find him, but when the situation grows worse, Kakashi appears to save them both.

Kakashi has a flashback back when he was assigned to be the sensei of Team 7. In a bid to know his students, Naruto, Sasuke & Sakura, better, Kakashi spies on them and to see how they would all get along as a group. Angered by Sakura's talk about calling Naruto a brat and that he has no family to tell him right or wrong, Sasuke tells Sakura she is annoying. Realizing Sakura's sadness, Naruto goes to battle Sasuke, but gets defeated. It then goes back to the present and Kakashi claims that it is up to him to stop Sasuke.

As the ninja of the Hidden Leaf Village work on repairing their village in the aftermath of Pain's invasion, Naruto and Sakura come across a familiar face among the carpenters: Inari and Tazuna have arrived to help out. Inari recalls what happened after Gato's death and how Naruto and Sasuke came to his rescue.

In a flashback of Naruto and Sakura's, Team 7 is on a mission to take an ostrich called Mr. Ostrich to his home. They arrive at a village where they see a swordsman named Tsukado who has a vendetta to carry on a man named Katazu who killed his distant relative Shikazo. Tsukado fails to defeat him so Naruto decides to teach him unusual revenge lessons. Katazu has then took his brother's identity and attracted Shikazo's pursuers while Kageki and his family went into hiding. Tsukado decides not to kill him and ends their years of fighting though Kanabun wants them to keep fighting. The swordsmen, Team 7 and Mr. Ostrich chase the Kanabun Gang out of town.

After hearing the news about Akatsuki's attack on the Hidden Leaf Village, Gaara worries about Naruto's well-being. He remembers a time in the past where Team 7 was assigned to help him out with a problem, and how nobody, especially Naruto, was eager to trust him. Yet, when his life was put in danger by people he had wronged, Naruto was the first to come to his rescue.

Sakura reflects upon a time when she was infected with a strange disease by Naruto. In order to find a cure, an order was issued for Naruto to be quarantined at all costs before he could infect anybody else.

While she and Neji prepare to visit an old man who makes ninja weapons, Tenten remembers the first time she visited him alongside Naruto and Neji. Utilizing a strange new weapon she had never seen before, Tenten fought against two ninja who had stolen two of the man's powerful weapons.

An ostrich tells a story of when Naruto, Rock Lee, and Shino, all led by Kotetsu, entered the Leaf Village's animal district in an effort to find and subdue him. However, he and the other animals proved that they weren't willing to go down without a fight.

Back before Rock Lee had his surgery, Naruto, after donning the suit given to him by Guy, set out on a mission with Sakura and Ino to obtain a special flower which was a necessary ingredient for Lee's medicine. When Naruto picked one of the flowers, however, he had to face a strange technique that had taken on the form of Gaara.

During the two-and-a-half-year time period in which Naruto was training under Jiraiya, the latter decided that it was time for Naruto to learn how to repel genjutsu. During this training session, the two traveled to a village which Jiraiya had previously been associated with, but they discovered that something dark was amidst.

After having discovered that the village was under the control of rebels from the Hidden Rain Village, led by Hanzo, Naruto and Jiraiya decided to take action to help save the women and children taken hostage and free the village from the Rain's tyrannical control.

In the past, Naruto and Sakura joined Sasuke on a mission to collect the paw print of Nekomata, a large and powerful two-tailed ninja cat that ruled over all of the ninja cats.

Naruto, two jonin and an elder known as "the Eternal Genin" set off to a mission to patrol the border of the Land of Fire following Orochimaru's attack. After some days with no incidents, a group of enemy ninjas cross the borders. The Eternal Genin proves to be a brave ninja and remembering the lessons he learned with the 2nd and 3rd hokages, sees the similarities between Naruto and his father.

A female spy, Hanare, from the Hidden Lock Village (Land of Key) is caught by ANBU pretending to be a musician. She is interrogated. However, the interrogation proves unsuccessful. Slowly, her past is revealed and so is her relationship with Kakashi. Team 7 spy on the two as they go around town, under the impression that the two are dating. After The Lock Village keeps a Leaf Village ninja hostage, they exchange Hanare for the ninja. It is then revealed that Hanare has a special ability, causing a large chase to occur. In the end, Kakashi lets Hanare free. The musician seen at the beginning entertaining Konoha ninja reminds Kakashi of Hanare which prompts the flashback.

Konohamaru's team asks Neji to talk about Naruto's heroism. Instead, Neji tells them about an incident during the Chunin exams three years prior. While Orochimaru attacked Konoha, two rogue ninja take advantage of the commotion and kidnap Hinata. Neji, Tenten, Kiba, and Akamaru rush out to save her. They're in trouble until Hiashi shows up and saves them, telling Neji that he's the beloved memory of Hiashi's younger brother. Neji realizes Naruto's speech about destiny was right; he isn't just a slave to the clan name. Konohamaru's team complains that Naruto wasn't in the story at all, and Neji cryptically answers that Naruto was the most important part.

Naruto thinks back to the time when he encountered the soul of a man named Kisuke. Kisuke didn't recall anything about who he was, but a visit to the Leaf Village's hospital revealed something startling. Meanwhile, higher-ups of the Fire Country met to decide on a new security system for the Leaf Village put together by a ninja named Sabiru. Who exactly were Kisuke and Sabiru, and what connection did the two have?

Naruto thinks back to the time when Team 7 was on a mission to capture a group of thieves who stole a golden statue. When making a move on the thieves, Naruto and Sasuke had managed to take back the statue but were separated from Sakura, who was captured. On top of that, the thieves' leader had used a special thread-like technique to bind one of Naruto's hands to one of Sasuke's. Literally stuck to each other, would Naruto and Sasuke be able to work together to save Sakura and keep the golden statue safe at the same time?

Shikamaru remembers the time when Teams 7 and 10 joined together to flush out a band of bandits who were terrorizing a nearby village and had kidnapped the headman's granddaughter. With no assistance available from Kakashi or Asuma, Shikamaru was forced to lead the team of genin to the bandits' fort and come up with a plan to rescue the headman's granddaughter.

Sasuke has a flashback while traveling to Konoha with his team, Taka. He once saved a girl named Naho not knowing that she's a relative of the Feudal Lord. Meanwhile, Naruto and Sakura are sent on a mission to accompany Naho and act as her bodyguards while Kakashi and Sasuke are sent to discover the reason why internationally wanted bandits have entered their border. Kakashi and Sasuke later find out that the bandits intend to abduct Naho. Naruto and Sakura are defeated by the bandits and are taken hostage. Sasuke finds them first and proceeds to defeat the leader and mercilessly punches him because of his jealousy for Naruto's growing power. A cut to the present reveals Naruto contemplating on his promise to have Sasuke return to the village.

Naruto and Sakura learn that Danzo has been made Hokage and that his first order is to eliminate Sasuke. The two go to Sai and inquire about Danzo, but Sai reveals that a curse mark given to all members of the Foundation prevent him from revealing anything about the new Hokage. Soon afterward, Karui and Darui attack them, demanding information about Sasuke.

Karui decides to get information about Sasuke from Naruto by any means necessary. When Naruto refuses to sell Sasuke out, Karui takes out her frustration upon the former. Meanwhile, Danzo prepares for the Kage Summit, and determines to keep Naruto confined to the Leaf Village.

The time has come for each Kage to leave for the Kage Summit in the Land of Iron. On his way to the meeting, Danzo gets attacked by shinobi from the Wood Country who want to take his head. Meanwhile, Naruto, with Kakashi and Yamato by his side, heads off to find the Raikage to convince him to spare Sasuke.

Naruto stands before the Raikage and begs him to forgive Sasuke. Will the Raikage listen to what he has to say? Later, the Five Kage Summit gets underway. Mifune suggests that the Five Great Nations should form the first alliance of its kind; but also nominates Danzo to be the leader. How will the other Kages react to the latter proposal?

As chaos breaks out at the Five Kage Summit regarding Mifune's proposal to make Danzo leader of the alliance, Ao discovers something unsettling about the new Hokage. Meanwhile, Shikamaru goes to Sakura and asks permission to take decisive action against Sasuke. How will Sakura react, and what is Danzo's secret?

Without any warning, Zetsu bursts through the floor in the middle of the Five Kage Summit and announces that Sasuke is somewhere in the vicinity. The Summit is immediately put on hold, and the Kages and samurai begin searching for him. Meanwhile, Naruto receives an unexpected visit from Madara, who says that he needs to talk to him. How will Sasuke respond to being discovered, and what are Madara's intentions?

With Team Hawk exposed, Sasuke begins to ruthlessly take down all opposing samurai. Raikage, along with Darui and Shii, track down Sasuke. The two sides engage in battle, and Suigetsu and Juugo join the fray. Which side will win this battle of overwhelming power?

Sasuke uses Susano'o to slip past Gaara and the Raikage and heads towards Danzo. Just as the latter is within Sasuke's grasp, however, the Mizukage stands in his way.

The four Kage are startled by the sudden appearance of Madara Uchiha. Having sent Sasuke away to safety using the Transportation Technique, Madara unveils to the Kage his “Project Tsuki no Me.”

Sakura, not wanting to cause Naruto any more pain, tells him that he can let go of his promise about bringing Sasuke back, and claims that she doesn't feel anything more for Sasuke. To top it off, Sakura confesses her feelings for Naruto, taking everyone by surprise. How will Naruto respond? Meanwhile, Kisame tracks down Killer Bee and the battle for the Eight-Tails begins.

As Killer Bee's battle with Kisame rages on, the latter reveals a hidden trump card ability connected with Samehada. Meanwhile, Ao chases down Danzo, Fuu, and Torune, but they anticipate this and set a trap for him. Can Killer Bee and Ao make it through their individual clashes in one piece?

One of Sai's clones tells Naruto the truth surrounding Sasuke, something that Sakura couldn't bring herself to do. Before Naruto can even comprehend what Sai just said, they are interrupted by Gaara. What additional bad news concerning Sasuke does Gaara bring for Naruto?

Madara brings Sasuke out of his dimension to battle Danzo. When Sasuke demands answers concerning Itachi, things turn ugly, and Danzo reveals a few tricks he has up his sleeves (literally). What is Danzo's true strength, and can Sasuke summon enough power to suppress it?

Danzo brings forth a forbidden genjutsu known as Izanagi, which has the astounding power to turn dreams into reality and vice versa. Izanagi's great power comes with a time limit, but Sasuke's strength is rapidly dwindling as well. Can Sasuke resist long enough, or will Danzo completely overpower him?

As the fight between Sasuke and Danzo comes to a close, the latter will do whatever it takes to finish off the former. Meanwhile, Sakura and her team close in on Sasuke.

Sakura ditches her team and goes alone to Sasuke's location. Meanwhile, Madara advises Sasuke to finish off Karin, but at the last second Sakura intervenes. After so long, what interaction will take place between Sasuke and Sakura?

As he is resting, Naruto starts dreaming his past experiences with Sasuke that made the two friends closer. When he tries to follow Kakashi, who is in pursuit of Sakura, he is stopped by Yamato, saying that he has orders from Kakashi to return Naruto to Konoha. Naruto devises a plan to sneak out and leaving a shadow clone to fool Yamato. He goes into Sage Mode to locate Kakashi. He then starts remembering the experiences that brought Sasuke pain in his life. Naruto decides what he can do for Sasuke if they come face to face.