Команди Какаші та Гая повертаються додому в Коноху. Поки Какаші відпочиває в лазареті, Сакура розповідає Цунаде про інформацію, яку Сасорі дав їй у нагороду за перемогу над ним. За 10 днів Сасорі призначив зустріч зі шпигуном з лав Орочімару. Минуло 4 дні відтоді, як Сакура отримала цю інформацію, і тепер Наруто і Сакура повинні завербувати нового члена команди для розслідування. Поки Наруто шукає в Конохі охочих, він зустрічає своїх старих друзів. Щойно Чодзі погоджується допомогти, як на Шикамару, Чодзі та Наруто нападає невідомий їм шинобі Конохи Сай.

Наруто, Чодзі та Шикамару намагаються схопити та допитати Сая, але той відступає, образивши Наруто. Незабаром після цього з'являється Іно. Занепокоєні тим, що демонічний лис може потрапити до рук Акацукі, старійшини села ставлять під сумнів план Цунаде відправити Наруто з села без прикутого до ліжка Какаші. Цунаде обіцяє захищати Коноху власним життям, якщо Наруто потрапить у полон, але все одно змушена піти на компроміс з Данзо, долучивши Сая до команди Какаші. Вона також тимчасово замінює Какаші на члена АНБУ Ямато і попереджає його не спускати очей з Сая. Наруто і Сакура нарешті знайомляться з новими членами своєї команди і Наруто одразу ж гнівається через появу Сая.

Ямато тимчасово очолює команду Какаші, а Сай ображає Наруто і Сакуру. Готуючись до від'їзду, Сай отримує конверт від шинобі Кореня з таємними наказами від Данзо, а Сакура радиться з Цунаде. Джірайя зустрічається з Цунаде та Ямато в лікарняній палаті Какаші, щоб розповісти Ямато про демонічного лиса всередині Наруто, детально описуючи "покрив демонічного лиса" та показуючи шрам, який він отримав від Наруто, коли сформувався четвертий хвіст. Нарешті нова команда Какаші вирушила на нову місію - перехопити шпигуна Акацукі та зібрати інформацію про Саске.

Нова команда Какаші вирушає на міст Неба і Землі. Саї, Сакура та Наруто сваряться вже через 5 хвилин перебування в одній команді через те, що Саї насміхається над Саске. Тому Ямато вирішує, що їм потрібно покращити командну роботу, і використовує Мокутон, щоб створити дерев'яну клітку, погрожуючи замкнути команду, якщо вони не будуть поводитися добре. Отримавши ультиматум: бути замкненими або провести ніч на гарячому джерелі, команда обирає відвідати джерело, щоб покращити командну згуртованість. Незважаючи на це, Наруто все ще зневажає Сая, а кілька образливих зауважень від Сая погіршують стосунки в команді.

Сакура бачить, як Сай малює на березі річки, і дізнається, що Сай має художній талант, але ніколи не дає назв тому, що намалював. Наруто і Сакура починають розуміти причину відразливої особистості Сай. Після гарячих джерел команда вирушає до мосту, щоб зустрітися зі шпигуном. Ямато підозрює, що на них чекають пастки, тому вони звертають з головної дороги до лісу. Розбивши табір на ніч, Ямато створює двоповерховий будинок, знову використовуючи своє дзюцу Мокутон. Усередині цього будинку команда формулює свій план.

Наруто об'єднується з Саєм у команду "Бадді" з двох осіб, незважаючи на їхні з Сакурою заперечення, тоді як Сакуру призначають для підтримки Ямато. Ямато проводить симуляцію шпигунської зустрічі з самим собою в ролі шпигуна, щоб оцінити здібності Наруто і Сая та їхню командну роботу. Після того, як Наруто припускається помилки під час нападу на Ямато, Сай знерухомлює його і продовжує захоплення Ямато наодинці. Наруто злиться на Сая за те, що той вчинив не як товариш, але вирішує працювати разом з ним, якщо це допоможе повернути Саске. Сай відкриває Сакурі, що він не має емоцій і мало що розуміє в них. Група готується йти до мосту.

Створивши дерев'яну копію Хіруко, Ямато маскується під Сасорі і вирушає на зустріч зі шпигуном. Шпигун виявляється правою рукою Орочімару, Кабуто Якуші, який розкриває Ямато місцезнаходження схованки Орочімару. Орочімару перериває зустріч, начебто нападаючи на Кабуто, і хоча спочатку здається, що Орочімару прийшов за Кабуто, Кабуто нападає на Ямато і показує, що він насправді відданий Орочімару. Орочімару кличе Наруто, Сакуру і Сая, які ховаються і спостерігають за зустріччю і готується до бою з командою.

Одразу після того, як Ямато подає Наруто та іншим сигнал вийти на міст, де на них чекають Орочімару та Кабуто, чакра Наруто починає закипати разом з чакрою Дев'ятихвостого Лиса. Поступово у Наруто з'являється все більше хвостів, а Орочімару глузує з нього, чим ще більше його злить. Тим часом Ямато згадує, як Джірайя розповідав про те, скільки хвостів він бачив у Наруто. Джірайя розповідає більше про те, що сталося, і про те, як поводиться Наруто, коли він у формі Дев'ятихвостого.

Наруто продовжує ще більше розлючуватися і легко відбиває атаку Кабуто, відкидаючи його геть. У відповідь Наруто кидає Кабуто в Сакуру, від чого вона втрачає свідомість. Орочімару продовжує спостерігати за тим, як Наруто все більше розлючується і врешті-решт руйнує Міст Неба і Землі. Коли міст руйнується, Сакура зісковзує з його краю. Сай малює птаха, щоб полетіти, але замість того, щоб врятувати Сакуру, вирішує піти за Наруто та Орочімару. Ямато рятує її в останню мить і створює дерев'яного клона, щоб наздогнати в битві. Зрештою з'являється четвертий хвіст, що дозволяє чакрі повністю контролювати тіло Наруто, перетворюючи його на мініатюрного Дев'ятихвостого Лиса.

Наруто у стані чотирихвостого починає атакувати Орочімару з неймовірною силою, руйнуючи навколишній ландшафт і не даючи дерев'яному клону Сая та Ямато наблизитися до нього. Більшість атак Орочімару виявляються неефективними, але Наруто також не може вбити Орочімару, оскільки той регенерує після отриманих травм. Тим часом Кабуто наближається до Сакури та Ямато, здогадуючись, що Сасорі загинув. Орочімару нарешті вдається вдарити Наруто лезом меча з його рота, і Сакура з жахом реагує, коли бачить чотирихвостого Наруто.

Кабуто коментує, що стан Наруто є наслідком його відчайдушного прагнення повернути Саске. Сакура починає плакати і наближається до Наруто, але отримує поранення, коли його увага переключається на неї. Ямато використовує дзюцу мокутон, щоб зв'язати Наруто, перш ніж той завдасть ще більшої шкоди. Кабуто зцілює Сакуру, мотивуючи це тим, що ніндзя Конохи не є ворогами Орочімару, бо вони також борються з Акацукі. Ямато використовує здібності 1-го Хокаґе, щоб силою повернути Наруто до нормального стану. Тим часом Сай протистоїть Орочімару з повідомленням від Данзо. Орочімару у відповідь пронизує Сая кусанаґі.

Ямато використовує чакру першого Хокаґе, щоб придушити чакру демонічного лиса і Наруто повертається до нормального стану, але з важкими пораненнями. Сакура починає лікувати його, але зауважує, що медичне ніндзюцу мало впливає на його рани. Виявляється, що меч Орочімару пронизав лише одного з клонів Сая. З'являється справжній Сай, розмовляє з Орочімару і віддає йому листа від Данзо. Потім Сай йде з Орочімару і Кабуто, але дерев'яний клон Ямато залишається на їхньому шляху. Наруто приходить до тями і цікавиться, що сталося, але Сакура вирішує не розповідати йому правду. Вони дістаються місця зустрічі, прихопивши книжку з картинками, яку залишив Сай. Ямато здогадується, що Данзо прагне знищити і переробити Коноху, співпрацюючи з Орочімару.

Кабуто створює фальшивий труп, схожий на Сая, з прихованими пастками, щоб уповільнити клон Ямато, коли той його відчує. Наруто ще не повністю відновився після використання чакри Демонічного Лиса і Ямато каже, що він залишиться позаду, якщо не зможе йти в ногу з часом. Наруто сповнений рішучості завершити свою місію і не відставати від команди. Однак команда Какаші змушена зробити перерву, коли з'ясовується, що Сакура не повністю оговталася від власних травм. Ямато користується цією можливістю, щоб поговорити з Наруто наодинці і розповідає йому, що той, хто поранив Сакуру - це сам Наруто. Наруто шокований тим, що говорить йому Ямато.

Наруто нарешті розуміє сенс руйнувань, які він бачив навколо себе раніше. Ямато каже Наруто, щоб той не покладався на демона, бо Наруто достатньо сильний, щоб протистояти жахливій чакрі демона. Під час відпочинку Сай виявляє зникнення своєї книги. Команда Какаші переглядає книгу Сая і помічає, що в ній (яку можна читати з обох кінців) описані різні шляхи двох хлопчиків, які зустрічаються посередині. На кожній сторінці хлопчики б'ються з кимось новим, щоразу збираючи обладунки та зброю супротивника на наступну сторінку. Сторінки, на яких двоє хлопців зустрічаються, є незавершеними. Група Орочімару досягає своєї бази, не підозрюючи, що дерев'яний клон Ямато йде за ними по п'ятах. Сай бачить силует і очі Саске і розуміє, що саме його шукають Наруто і Сакура.

Сай отримує крижаний відблиск шаринґана Саске, який лякає його. Сай віддає Орочімару згорток з інформацією про АНБУ Конохи. Ямато дає Сакурі та Наруто насіння із своєю чакрою, яка дозволяє йому відстежувати їх у лігві і розповідає, що зміг вистежити Сая, бо поклав насіння в одяг та їжу Сая під час візиту до гарячих джерел. Кабуто замикає Сая в кімнаті, а хлопець викликає книгу лото із сувоїв, які має при собі. Ямато використовує дзюцу, щоб відкрити тунель до схованки Орочімару і він, Наруто та Сакура непоміченими потрапляють до кімнати Сая.

Ямато з командою заходять до кімнати Сая і вступають з ним у конфронтацію, поки Кабуто також прямує туди. Сай розповідає команді Какаші, що він мав не лише допомогти знищити Коноху, але й виступити шпигуном проти Орочімару. Ямато розкриває таємницю "Кореня" - його членів навчали, як і учнів Кіріґакуре, вбивати своїх друзів, щоб позбутися їхніх емоцій. Сакура повертає йому книгу Сая, зауважуючи, що у нього все ще є емоції, бо він дорожить нею. Потім Саї розповідає групі про свій зв'язок з братом. Нарешті команда вирішує, що робити зі зрадою Сая за межами лігва. При цьому Наруто розповідає групі про свій власний зв'язок і про те, як далеко він готовий зайти, щоб повернути Саске.

Кабуто бореться з командою Какаші і звільняє Сая. Однак Сай, який має намір дізнатися більше про свій зв'язок з братом через зв'язок Наруто з Саске, зраджує його. Захоплений у полон, Кабуто дає команді нечіткий опис місцезнаходження Саске. Залишивши дерев'яного клона Ямато наглядати за Кабуто, команда Какаші заходить у схованку Орочімару і розділяється, щоб знайти Саске.

Поки команда Какаші продовжує пошуки Саске, Наруто раптово втрачає свідомість через свою попередню сутичку з Орочімару. Коли Наруто приходить до тями, Сай починає розповідати більше про свого брата, але Орочімару раптово нападає на них. Сакура і Ямато приходять на допомогу Наруто проти Орочімару, а Сай продовжує пошуки. Так само, як Сай знаходить Саске, Ямато знаходить книгу лото Сая, в якій Саске вказаний як мішень для вбивства.

Саске починає нападати на Наруто, але Сай стримує його лише для того, щоб їх обох здуло Чідорі Наґасі Саске. Сакура кидається на Саске, але втручається Ямато і отримує удар унікальним клинком Саске, наповненим його Чідорі. Дев'ятихвостий Лис спокушає Наруто своєю силою, але той відмовляється. Саске бачить це за допомогою свого Шарінґана, з'являючись у свідомості Наруто. Дев'ятихвостий каже, що чакра Саске нагадує йому Мадару Учіха, після чого Саске пригнічує чакру Дев'ятихвостого Лиса. Перед тим, як Дев'ятихвостий Лис повертається до своєї клітки, він застерігає Саске не вбивати Наруто, кажучи, що той житиме і шкодуватиме про це вічно.

Орочімару і Кабуто переконують Саске піти з ними і Наруто плаче через те, що не зміг повернути Саске до села, але Сакура запевняє його, що вони повернуть Саске разом. Команда Наруто доповідає Цунаде про результати місії і Цунаде дуже розлючена через план Данзо, особливо через те, що він злив секретну інформацію для його реалізації. Сай просить Данзо дозволити йому залишитися в команді Какаші і Данзо неохоче погоджується. Сай вирушає на місію зі своєю командою, вважаючи їх своїми друзями.